单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3661 - 3680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3661 | 2024-08-08 |
sc-REnF: An entropy guided robust feature selection for single-cell RNA-seq data
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab517
PMID:35037023
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研究论文 | 介绍了一种基于熵的鲁棒特征选择方法sc-REnF，用于单细胞RNA测序数据的基因选择，以提高细胞聚类的准确性 | 利用Rényi和Tsallis熵在基因选择中的优势，通过调整参数$q$显著改善了聚类结果 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 基因数据 | 小样本，大特征的单细胞RNA测序数据 |
| 3662 | 2024-08-08 |
hDirect-MAP: projection-free single-cell modeling of response to checkpoint immunotherapy
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab575
PMID:35037026
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研究论文 | 本文开发了hDirect-MAP算法，用于在多种癌症类型中预测免疫检查点阻断反应的单细胞建模 | hDirect-MAP算法能够在高维表达空间中将T细胞按共同表型分组，而不是通过降维特征或这些特征的扭曲视图 | NA | 开发一种新的算法来预测免疫检查点阻断治疗的反应 | T细胞及其在不同癌症类型中的功能 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | 五个单细胞RNA测序或质谱流式细胞术数据集 |
| 3663 | 2024-08-08 |
Network-based integrative analysis of single-cell transcriptomic and epigenomic data for cell types
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab546
PMID:35043143
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络的集成聚类算法（NIC），用于通过融合单细胞转录组（scRNA-seq）和表观基因组（scATAC-seq或DNA甲基化）数据来识别细胞类型 | NIC算法通过自动学习细胞间相似性图，将多组学数据的融合转化为多网络分析，并利用联合非负矩阵分解学习细胞的共享特征，提供了一种更好的细胞特征表征方法 | NA | 研究目的是开发一种有效的集成分析方法，用于处理单细胞多组学数据的异质性、噪声和稀疏性问题 | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, DNA甲基化 | 非负矩阵分解 | 转录组数据, 表观基因组数据 | 13个来自不同组织和生物的单细胞多组学数据集 |
| 3664 | 2024-08-08 |
Accurate and fast cell marker gene identification with COSG
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab579
PMID:35048116
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研究论文 | 本文介绍了一种基于余弦相似度的标记基因识别方法COSG，用于单细胞测序数据的细胞分类 | COSG方法在标记基因识别方面具有更高的准确性和可扩展性，适用于大规模数据集 | NA | 开发一种更准确和高效的标记基因识别方法 | 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 余弦相似度 | 测序数据 | 百万级细胞 |
| 3665 | 2024-08-08 |
A universal approach for integrating super large-scale single-cell transcriptomes by exploring gene rankings
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab573
PMID:35048121
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研究论文 | 本文介绍了一种名为iSEEEK的通用方法，用于通过探索高表达基因的表达排名来整合超大规模的单细胞表达数据 | iSEEEK方法能够有效地整合超大规模的单细胞表达数据，并在新数据集上应用其从大规模数据中学到的知识 | NA | 开发一种能够整合超大规模单细胞表达数据的通用方法，并验证其在不同数据集上的有效性 | 超大规模的单细胞表达数据 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | 1190万单细胞 |
| 3666 | 2024-08-08 |
Comprehensive evaluation of noise reduction methods for single-cell RNA sequencing data
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab565
PMID:35048125
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研究论文 | 本研究评估了28种单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降噪方法在55种不同场景下的性能 | 提供了选择合适降噪程序的综合指南，并指出了该领域未解决的问题 | 特别强调了评估不可察觉的细胞类型混合批次校正的指标开发的迫切需求 | 评估不同场景下scRNA-seq数据降噪方法的性能 | 28种scRNA-seq数据降噪方法在55种场景下的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 使用模拟和真实数据集进行评估 |
| 3667 | 2024-08-08 |
Single-cell immune profiling reveals functional diversity of T cells in tuberculous pleural effusion
2022-03-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20211777
PMID:35061012
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和T细胞受体测序技术，分析了结核性胸腔积液患者胸腔积液和外周血中的单核细胞群，揭示了结核性胸腔积液中T细胞免疫的功能多样性 | 首次详细描述了结核性胸腔积液中局部T细胞免疫的景观，特别是CD8和CD4 T细胞亚群的特定效应功能 | 研究样本仅限于结核性胸腔积液患者，可能限制了结果的普遍性 | 揭示结核性胸腔积液中局部T细胞免疫的功能多样性 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的单核细胞群 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞转录组学和T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血样本 |
| 3668 | 2024-08-08 |
Targeting PI3Kγ/AKT Pathway Remodels LC3-Associated Phagocytosis Induced Immunosuppression After Radiofrequency Ablation
2022-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202102182
PMID:35037422
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研究论文 | 研究通过阻断PI3Kγ/AKT通路，探讨其对放射频率消融后残留肿瘤中LC3相关吞噬作用诱导的免疫抑制的影响 | 发现阻断PI3Kγ/AKT通路能增强PD-1阻断剂的抗肿瘤活性，抑制残留肿瘤的生长并提高生存率 | NA | 探讨LC3与巨噬细胞之间的机制，并寻找增强残留肿瘤免疫治疗的方法 | 放射频率消融后的残留肿瘤及其中的巨噬细胞 | NA | 肿瘤 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 在小鼠模型和患者中进行研究 |
| 3669 | 2024-08-08 |
A single-cell RNA-seq analysis of Brachyury-expressing cell clusters suggests a morphogenesis-associated signal center of oral ectoderm in sea urchin embryos
2022-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.01.005
PMID:35038441
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了海胆胚胎中表达Brachyury的细胞集群，揭示了口腔外胚层在形态发生中的信号中心作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了海胆胚胎中Brachyury表达细胞在体计划形成中的重要作用 | 细胞和分子机制如何使Brachyury在这些过程中发挥作用仍有待未来研究阐明 | 探讨Brachyury表达细胞在海胆胚胎形态发生和腹侧组织者身份中的作用 | 海胆胚胎中的Brachyury表达细胞集群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 早期紫红刺海胆胚胎的22个细胞集群 |
| 3670 | 2024-08-08 |
dCITI-Seq: droplet combinational indexed transposon insertion sequencing
2022-Mar, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-022-03902-1
PMID:35043260
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research paper | 本文介绍了一种名为dCITI-Seq的新型测序方法，通过直接插入含索引的适配器进行样本索引 | dCITI-Seq通过稳健的液滴配对和合并平台实现了两组已知条形码适配器的随机组合和大规模并行转座，扩大了索引容量并减少了索引串扰 | NA | 开发一种新型的高通量并行测序方法，以应对大规模条形码和测序文库构建的新挑战 | 新型测序技术dCITI-Seq的开发与应用 | 高通量测序 | NA | 转座子插入测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 3671 | 2024-08-08 |
Human Nasal Epithelial Cells Sustain Persistent SARS-CoV-2 Infection In Vitro, despite Eliciting a Prolonged Antiviral Response
2022-02-22, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03436-21
PMID:35038898
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研究论文 | 本研究使用人鼻上皮细胞模型探讨了SARS-CoV-2感染的长期动态，发现尽管细胞表现出长期的抗病毒反应，但仍能维持持续的病毒感染。 | 研究揭示了SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中的持续感染机制，以及细胞内抗病毒反应的特征。 | 研究主要集中在体外模型，可能与体内实际情况存在差异。 | 探讨SARS-CoV-2在COVID-19患者中的长期感染动态及其机制。 | 人鼻上皮细胞（NEC）及其对SARS-CoV-2的长期感染反应。 | NA | COVID-19 | 单细胞转录组测序（sc-seq） | NA | 转录组数据 | 研究涉及不同时间点的鼻上皮细胞样本，包括3天和28天感染后。 |
| 3672 | 2024-08-08 |
Multi-layered regulation of neuroectoderm differentiation by retinoic acid in a primitive streak-like context
2022-02-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.014
PMID:35063128
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研究论文 | 本文通过结合小鼠胚胎干细胞（mESCs）的体外重建过程和报告基因mESC系的敲除收集，研究了视黄酸（RA）在原条样背景下对神经外胚层分化的多层调控作用 | 发现了在缺乏RA合成酶Aldh1a2的情况下，一种先前未被识别的残留RA信号指定神经命运的现象，并揭示了RA降解酶Cyp26a1在保护原条样细胞免受神经诱导中的作用 | NA | 研究视黄酸在早期神经分化中的调控作用 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs）和神经外胚层的分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 3673 | 2024-08-08 |
CRISPR activation enables high-fidelity reprogramming into human pluripotent stem cells
2022-02-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.017
PMID:35063129
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研究论文 | 本文描述了一种使用优化CRISPR激活（CRISPRa）将人类体细胞高效重编程为诱导多能干细胞（iPSCs）的方法 | 通过CRISPRa激活内源性多能性因子，减少了重编程过程中的异质性，提高了重编程的效率和质量 | NA | 探索使用CRISPRa进行高质量人类细胞多能性重编程的方法 | 人类体细胞和诱导多能干细胞 | NA | NA | CRISPR激活（CRISPRa） | NA | 单细胞转录组 | 未具体说明样本数量 |
| 3674 | 2024-08-08 |
Identification of a glioma functional network from gene fitness data using machine learning
2022-02, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17182
PMID:35044082
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研究论文 | 本研究利用机器学习算法，结合高通量CRISPR-Cas9筛选数据，构建了胶质瘤功能网络，并预测了可能的Wnt/β-catenin信号通路靶向基因 | 本研究首次系统地整合了高通量CRISPR-Cas9筛选数据与机器学习算法，构建了胶质瘤功能网络，并预测了新的潜在靶向基因 | NA | 旨在通过机器学习方法，从基因适应性数据中识别胶质瘤的功能网络，以发现新的生物标志物 | 胶质母细胞瘤（GBM）及其相关生物标志物 | 机器学习 | 脑肿瘤 | CRISPR-Cas9 | 机器学习算法 | 基因适应性数据 | NA |
| 3675 | 2024-08-08 |
A muscle cell-macrophage axis involving matrix metalloproteinase 14 facilitates extracellular matrix remodeling with mechanical loading
2022-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202100182RR
PMID:35044708
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研究论文 | 研究揭示了肌肉细胞与巨噬细胞通过基质金属蛋白酶14（MMP14）轴促进机械负荷下的细胞外基质（ECM）重塑的机制 | 首次发现肌肉细胞通过白血病抑制因子（LIF）影响巨噬细胞行为，促进ECM重塑 | NA | 探讨机械负荷下肌肉组织适应性变化的分子机制 | 肌肉细胞、巨噬细胞及ECM重塑 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括老年人的大型队列及小鼠模型 |
| 3676 | 2024-08-08 |
LOW VULNERABILITY OF THE POSTERIOR EYE SEGMENT TO SARS-COV-2 INFECTION: Chorioretinal SARS-CoV-2 Vulnerability
2022-02-01, Retina (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1097/IAE.0000000000003320
PMID:35050927
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2病毒是否能直接感染后眼部组织，特别是视网膜和脉络膜细胞，并通过单细胞RNA测序数据分析了相关宿主因子基因的表达水平。 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因ACE2和TMPRSS2在后眼部组织的表达情况，揭示了后眼部组织对SARS-CoV-2感染的低易感性。 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行直接的病毒感染实验，因此关于后眼部组织对SARS-CoV-2的实际感染能力仍需进一步验证。 | 探究SARS-CoV-2病毒是否能直接感染后眼部组织，并评估其对COVID-19患者眼部病变的可能影响。 | 视网膜和脉络膜细胞中的SARS-CoV-2宿主因子基因表达水平。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3677 | 2024-08-08 |
IQGAP1-mediated mechanical signaling promotes the foreign body response to biomedical implants
2022-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202101354
PMID:35051300
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研究论文 | 本研究旨在进一步阐明介导生物医学植入物病理异物反应（FBR）的分子机制 | 识别了IQGAP1作为人类和小鼠FBR的关键分子介质，并发现IQGAP1缺陷小鼠的FBR显著降低 | NA | 探索减少病理FBR的分子靶点和机制 | 生物医学植入物的异物反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 人类FBR样本和小鼠FBR模型 |
| 3678 | 2024-08-08 |
Neuronal identities derived by misexpression of the POU IV sensory determinant in a protovertebrate
2022-01-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2118817119
PMID:35042818
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研究论文 | 研究在原脊椎动物中通过错误表达POU IV感觉决定因子导致神经元身份的变化 | 发现错误表达POU IV感觉决定因子会导致表皮细胞转变为具有混合感觉细胞类型特性的细胞，这些细胞同时表达PSC和BTN的特性 | NA | 探讨通过靶向错误表达细胞决定因子来重编程细胞类型的机会和挑战 | 原脊椎动物中的感觉细胞类型及其转变 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 3679 | 2024-08-08 |
Pathogenic TNF-α drives peripheral nerve inflammation in an Aire-deficient model of autoimmunity
2022-01-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2114406119
PMID:35058362
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研究论文 | 本文研究了在自身免疫调节因子（Aire）缺陷的小鼠模型中，病理性TNF-α如何驱动外周神经炎症，并探讨了其对自身免疫性脱髓鞘的影响。 | 通过单细胞RNA测序和细胞间配体-受体相互作用的分析，揭示了巨噬细胞介导的TNF-α信号轴在自身免疫性脱髓鞘中的作用机制。 | NA | 探索在自身免疫性神经炎症中，免疫细胞从修复状态转变为炎症状态的分子机制，并寻找新的治疗靶点。 | Aire缺陷小鼠模型的坐骨神经，以及其中的多种髓样、先天淋巴样和淋巴样细胞类型。 | 自身免疫疾病 | 自身免疫性神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Aire缺陷小鼠模型的坐骨神经样本 |
| 3680 | 2024-08-08 |
Statistics or biology: the zero-inflation controversy about scRNA-seq data
2022-01-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02601-5
PMID:35063006
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序数据中大量零值的来源和处理方式，并评估了非生物学零值对数据分析的影响 | 介绍了五种在计算基准测试中添加非生物学零值的机制，并讨论了非生物学零值的开放性问题 | NA | 解决关于单细胞RNA测序数据中零值处理的争议 | 单细胞RNA测序数据中的零值 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 测序数据 | NA |