单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 3641 - 3660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3641 | 2024-08-08 |
Apelin Alleviates Meniscus Endothelial Cell Apoptosis in Osteoarthritis
2022, Disease markers
DOI:10.1155/2022/3556372
PMID:35069930
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研究论文 | 本研究探讨了apelin在骨关节炎中对半月板内皮细胞凋亡的保护作用 | 利用单细胞RNA测序和流式细胞术，首次识别出半月板中表达HOXA13和RASGRF2的两个内皮细胞亚群，并证实apelin通过下调caspase 3和BID来抑制这些亚群的凋亡 | NA | 研究apelin在骨关节炎中对半月板内皮细胞的保护作用 | 骨关节炎中的半月板内皮细胞 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从患者中纯化的半月板内皮细胞 |
| 3642 | 2024-08-08 |
Dynamic inference of cell developmental complex energy landscape from time series single-cell transcriptomic data
2022-01, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009821
PMID:35073331
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研究论文 | 本研究提出了一种基于图的非线性Fokker-Planck方程模型GraphFP，用于从时间序列单细胞转录组数据中重建细胞状态转换的复杂势能景观 | GraphFP模型明确考虑了细胞间的非线性相互作用，并通过动态最优传输框架和伴随方法有效解决了模型推断问题 | NA | 旨在从时间序列单细胞转录组数据中重建细胞状态转换过程并揭示细胞间的非线性相互作用 | 时间序列单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非线性Fokker-Planck方程 | 转录组数据 | 小鼠胚胎大脑皮层发育的时间序列scRNA-seq数据集 |
| 3643 | 2024-08-08 |
Cryopreservation and post-thaw characterization of dissociated human islet cells
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0263005
PMID:35081145
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研究论文 | 本研究旨在优化分离的人胰岛细胞的冷冻保存方法，并获得可用于单细胞转录组研究的功能性细胞，以探讨糖尿病的病理和治疗方法 | 本研究采用迭代分级冷冻方法，成功地在冷冻保存后维持了细胞的膜完整性、分子和功能表型 | NA | 优化分离的人胰岛细胞的冷冻保存方法，并获得功能性细胞用于糖尿病的病理和治疗研究 | 分离的人胰岛细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA | NA |
| 3644 | 2024-08-08 |
Clinical challenges of tissue preparation for spatial transcriptome
2022-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.669
PMID:35083877
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研究论文 | 本文研究了影响空间转录组学质量的潜在因素，特别是在肺癌、癌旁或正常组织中的应用 | 强调了样本处理时间及干燥条件对空间转录组学样本质量的关键影响 | 未发现组织学评分与RNA完整性数（RIN）和唯一分子标识符（UMI）之间的显著相关性 | 旨在定义影响空间转录组学质量的潜在因素 | 研究了肺癌、癌旁或正常组织的空间转录组学质量 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学测序 | NA | 组织样本 | 具体样本数量未提及 |
| 3645 | 2024-08-08 |
Molecular mechanisms governing circulating immune cell heterogeneity across different species revealed by single-cell sequencing
2022-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.689
PMID:35092700
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，比较了12个物种的免疫细胞单细胞转录组，揭示了循环免疫细胞在不同物种间的异质性和组成 | 首次提供了跨物种外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞转录组图谱的综合分析 | NA | 深入理解外周血单核细胞的细胞分类学和基本功能，以及在进化生物学、发育生物学和免疫系统疾病中的应用 | 12个物种的免疫细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | 12个物种的免疫细胞 |
| 3646 | 2024-08-08 |
Dissecting the heterogeneity of the microenvironment in primary and recurrent nasopharyngeal carcinomas using single-cell RNA sequencing
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2026583
PMID:35096485
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研究论文 | 本研究首次使用单细胞RNA测序技术分析了四例原发性鼻咽癌和两例复发性鼻咽癌的约60,000个细胞的转录组，以深入了解复发性鼻咽癌在放射治疗区域内的动态变化 | 首次对复发性鼻咽癌的免疫微环境进行单细胞RNA测序分析，揭示了免疫细胞和肿瘤细胞的异质性及其在复发性鼻咽癌中的变化 | 研究样本相对有限，可能影响结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术深入了解复发性鼻咽癌的免疫微环境，以促进针对性的免疫治疗 | 原发性鼻咽癌和复发性鼻咽癌的免疫细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约60,000个细胞，来自四例原发性鼻咽癌和两例复发性鼻咽癌病例 |
| 3647 | 2024-08-08 |
Identification of a unique tumor cell subset employing myeloid transcriptional circuits to create an immunomodulatory microenvironment in glioblastoma
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2030020
PMID:35096487
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了一种计算方法来描绘胶质母细胞瘤的免疫特征并识别新的分子亚群，以用于免疫治疗 | 发现了新的胶质母细胞瘤细胞亚群TC-6，该亚群具有免疫入侵特征，并与肿瘤相关巨噬细胞相互作用，形成免疫抑制性微环境 | NA | 揭示胶质母细胞瘤免疫微环境的异质性，并为优化胶质母细胞瘤免疫治疗提供新见解 | 胶质母细胞瘤细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 3648 | 2024-08-08 |
Identification of prognostic biomarkers in papillary renal cell carcinoma and PTTG1 may serve as a biomarker for predicting immunotherapy response
2022-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2021.2011956
PMID:35037540
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研究论文 | 本研究旨在识别乳头状肾细胞癌（pRCC）中的潜在预后和治疗生物标志物，并探讨PTTG1作为预测免疫治疗反应的生物标志物的可能性。 | 本研究通过分析基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络，首次发现PTTG1与肿瘤微环境中的淋巴细胞、免疫调节剂和趋化因子显著相关，并可能作为免疫检查点阻断（ICB）反应的预测因子。 | 本研究主要基于两个微阵列数据集和单细胞RNA测序数据，未来研究需要更多的临床样本和多中心数据来验证这些发现。 | 识别乳头状肾细胞癌中的预后和治疗生物标志物。 | 乳头状肾细胞癌（pRCC）患者及其肿瘤微环境中的生物标志物。 | 数字病理学 | 肾癌 | 微阵列分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个微阵列数据集和复旦大学上海癌症中心（FUSCC）队列 |
| 3649 | 2024-08-08 |
Pre-existing Castration-resistant Prostate Cancer-like Cells in Primary Prostate Cancer Promote Resistance to Hormonal Therapy
2022-05, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2021.12.039
PMID:35058087
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研究论文 | 研究揭示了在前列腺癌早期存在的去势抵抗性前列腺癌样细胞，这些细胞促进了激素治疗的抵抗 | 发现了在激素治疗前就存在于前列腺癌中的去势抵抗性前列腺癌样细胞，这些细胞与疾病进展和远处转移有关 | 研究仅限于从新鲜的人类前列腺癌病例中分离的细胞，可能无法完全代表所有前列腺癌病例 | 理解早期前列腺癌中的亚克隆如何发展成去势抵抗性前列腺癌的机制 | 从新鲜的人类前列腺癌病例中分离的腺癌细胞，包括原发性腺癌、局部复发的去势抵抗性前列腺癌和转移性去势抵抗性前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 23226个上皮细胞 |
| 3650 | 2024-08-08 |
scJoint integrates atlas-scale single-cell RNA-seq and ATAC-seq data with transfer learning
2022-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01161-6
PMID:35058621
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scJoint的迁移学习方法，用于整合大规模异构的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | scJoint利用半监督框架中的注释scRNA-seq数据，并通过神经网络同时训练标记和未标记数据，实现了标签转移和联合可视化 | NA | 开发一种方法以克服不同数据模式的异质性，从而更全面地理解细胞表型 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 迁移学习 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 使用图谱数据以及通过ASAP-seq和CITE-seq生成的多模态数据集进行验证 |
| 3651 | 2024-08-08 |
Transient Cell Cycle Induction in Cardiomyocytes to Treat Subacute Ischemic Heart Failure
2022-04-26, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过引入4个细胞周期因子（4F）促进心肌细胞增殖，以治疗亚急性缺血性心力衰竭 | 使用新型瞬时且心肌细胞特异性的病毒构建体，减少了细胞周期因子的致癌潜力 | NA | 研究强制心肌细胞增殖的过程，并推进该方法的临床可行性 | 心肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠模型每组10只，猪模型每组6-7只 |
| 3652 | 2024-08-08 |
Age-related differences in immune dynamics during SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques
2022-04, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202101314
PMID:35039442
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研究论文 | 研究使用恒河猴模型探讨年龄相关的SARS-CoV-2感染免疫动力学差异 | 首次在恒河猴模型中详细分析了年龄对SARS-CoV-2感染后免疫反应的影响，特别是在急性后期阶段 | 研究仅限于恒河猴模型，可能不完全适用于人类 | 探究年龄对SARS-CoV-2感染免疫反应的影响 | 老年和年轻恒河猴的SARS-CoV-2感染免疫反应 | NA | COVID-19 | 单细胞转录组学、多参数流式细胞术、多重免疫组织化学、细胞因子检测、脂质组学分析 | NA | RNA、临床观察、胸部X光片、细胞因子、脂质 | 16只恒河猴（8只老年，8只年轻） |
| 3653 | 2024-08-08 |
Automation enables high-throughput and reproducible single-cell transcriptomics library preparation
2022-04, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2021.10.018
PMID:35058211
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研究论文 | 本文开发了一种自动化工作流程，用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）文库制备的通量并减少操作时间 | 通过自动化流程，将scRNA-seq文库制备的通量提高至48个反应，并将操作时间减少75% | NA | 提高单细胞RNA测序的效率和可重复性 | 单细胞RNA测序文库制备的自动化流程 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | RNA | 最多48个反应 |
| 3654 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy
2022-04-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-0551
PMID:35061025
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了增生性糖尿病视网膜病变（PDR）中的纤维血管膜（FVM），揭示了微胶质细胞在FVM中的新角色 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了PDR-FVM中微胶质细胞的GPNMB+亚群，及其在纤维化和纤维生成中的作用 | NA | 探讨微胶质细胞在增生性糖尿病视网膜病变中的病理生理作用 | 增生性糖尿病视网膜病变中的纤维血管膜 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 手术采集的PDR-FVM样本 |
| 3655 | 2024-08-08 |
AlzCode: a platform for multiview analysis of genes related to Alzheimer's disease
2022-03-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac033
PMID:35040932
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研究论文 | 介绍了一个名为AlzCode的平台，用于多视角分析与阿尔茨海默病相关的基因 | AlzCode平台整合了多种类型的组学数据和方法，为分析候选基因提供了丰富的功能基因组数据和多种分析方法 | NA | 为了深入理解候选基因与阿尔茨海默病的相关性，并筛选出适合实验测试的基因 | 与阿尔茨海默病相关的基因 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 基因表达分析，单细胞RNA测序，蛋白质表达分析 | NA | 基因表达数据，生物网络数据，神经病理学和临床特征数据 | NA |
| 3656 | 2024-08-08 |
Identify, quantify and characterize cellular communication from single-cell RNA sequencing data with scSeqComm
2022-03-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac036
PMID:35043939
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研究论文 | 本文介绍了scSeqComm方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别、量化和表征细胞间和细胞内信号传导 | scSeqComm方法能够同时考虑细胞间和细胞内信号传导，并提供功能性表征，增加了推断通信的可靠性 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别和量化细胞通信 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间和细胞内信号传导 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3657 | 2024-08-08 |
sc-REnF: An entropy guided robust feature selection for single-cell RNA-seq data
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab517
PMID:35037023
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研究论文 | 介绍了一种基于熵的鲁棒特征选择方法sc-REnF，用于单细胞RNA测序数据的基因选择，以提高细胞聚类的准确性 | 利用Rényi和Tsallis熵在基因选择中的优势，通过调整参数$q$显著改善了聚类结果 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 基因数据 | 小样本，大特征的单细胞RNA测序数据 |
| 3658 | 2024-08-08 |
hDirect-MAP: projection-free single-cell modeling of response to checkpoint immunotherapy
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab575
PMID:35037026
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研究论文 | 本文开发了hDirect-MAP算法，用于在多种癌症类型中预测免疫检查点阻断反应的单细胞建模 | hDirect-MAP算法能够在高维表达空间中将T细胞按共同表型分组，而不是通过降维特征或这些特征的扭曲视图 | NA | 开发一种新的算法来预测免疫检查点阻断治疗的反应 | T细胞及其在不同癌症类型中的功能 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | 五个单细胞RNA测序或质谱流式细胞术数据集 |
| 3659 | 2024-08-08 |
Network-based integrative analysis of single-cell transcriptomic and epigenomic data for cell types
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab546
PMID:35043143
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络的集成聚类算法（NIC），用于通过融合单细胞转录组（scRNA-seq）和表观基因组（scATAC-seq或DNA甲基化）数据来识别细胞类型 | NIC算法通过自动学习细胞间相似性图，将多组学数据的融合转化为多网络分析，并利用联合非负矩阵分解学习细胞的共享特征，提供了一种更好的细胞特征表征方法 | NA | 研究目的是开发一种有效的集成分析方法，用于处理单细胞多组学数据的异质性、噪声和稀疏性问题 | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, DNA甲基化 | 非负矩阵分解 | 转录组数据, 表观基因组数据 | 13个来自不同组织和生物的单细胞多组学数据集 |
| 3660 | 2024-08-08 |
Accurate and fast cell marker gene identification with COSG
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab579
PMID:35048116
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研究论文 | 本文介绍了一种基于余弦相似度的标记基因识别方法COSG，用于单细胞测序数据的细胞分类 | COSG方法在标记基因识别方面具有更高的准确性和可扩展性，适用于大规模数据集 | NA | 开发一种更准确和高效的标记基因识别方法 | 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 余弦相似度 | 测序数据 | 百万级细胞 |