单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3601	2024-08-08	Lung cancer scRNA-seq and lipidomics reveal aberrant lipid metabolism for early-stage diagnosis 2022-02-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abk2756 PMID:35108060	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和脂质组学分析，揭示了早期肺癌中脂质代谢的异常，并开发了一种基于液相色谱-质谱法的检测方法，用于早期肺癌的诊断。	本文首次结合单细胞RNA测序和脂质组学技术，识别出与早期肺癌诊断相关的关键脂质标志物，并开发了一种高灵敏度和特异性的检测方法。	NA	开发一种新的血液检测方法，用于早期肺癌的诊断和大规模高风险人群的筛查。	早期肺癌患者的脂质代谢异常及其在诊断中的应用。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、脂质组学、液相色谱-质谱法	支持向量机算法	RNA序列、脂质组数据、质谱数据	探索性队列311名参与者，独立验证队列1036名参与者，前瞻性临床队列109名参与者
3602	2024-08-08	NF-κB perturbation reveals unique immunomodulatory functions in Prx1+ fibroblasts that promote development of atopic dermatitis 2022-02-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abj0324 PMID:35108061	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了Prx1+成纤维细胞在NF-κB通路扰动下对特应性皮炎发展的独特免疫调节作用	发现Prx1+成纤维细胞在NF-κB通路扰动下能诱导皮肤炎症，这一发现为特应性皮炎的病理机制提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型和人类特应性皮炎皮肤样本，未来需在更广泛的人群中验证这些发现	探讨NF-κB通路在特应性皮炎发展中的作用及其潜在的免疫调节机制	Prx1+成纤维细胞在NF-κB通路扰动下的免疫调节功能	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	随机森林	RNA测序数据	包括小鼠模型和人类特应性皮炎皮肤样本
3603	2024-08-08	Prdm6 controls heart development by regulating neural crest cell differentiation and migration 2022-02-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.156046 PMID:35108221	研究论文	本文通过转录组分析和遗传命运图谱方法，揭示了Prdm6作为表观遗传修饰因子在调控心脏神经嵴细胞（CNCCs）分化和迁移中的关键作用	首次识别Prdm6作为调控CNCCs命运的决定因子，并揭示其通过调节CNCCs特异性基因网络影响心脏发育	研究主要基于转基因小鼠模型，可能需要进一步在其他模型或人类样本中验证	探讨Prdm6在心脏神经嵴细胞分化和迁移中的分子机制及其在先天性心脏病治疗中的潜在应用	Prdm6基因在心脏神经嵴细胞分化和迁移中的作用及其调控的基因网络	NA	先天性心脏病	转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	转基因小鼠样本
3604	2024-08-08	Spatial maps of hepatocellular carcinoma transcriptomes highlight an unexplored landscape of heterogeneity and a novel gene signature for survival 2022-Feb-02, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-021-02430-9 PMID:35109839	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了肝细胞癌肿瘤及其邻近非肿瘤组织的基因表达异质性，并构建了一个新的6基因标志物模型用于肝细胞癌的预后预测	本研究首次利用空间转录组学技术揭示了肝细胞癌的基因表达异质性，并构建了一个新的6基因标志物模型，为肝细胞癌的预后预测提供了新的工具	本研究主要依赖于空间转录组学技术，可能存在技术本身的局限性；此外，研究结果需要在更大规模和更多样化的患者群体中进行验证	揭示肝细胞癌的基因表达异质性，并开发新的预后预测工具	肝细胞癌肿瘤及其邻近非肿瘤组织的基因表达	数字病理学	肝细胞癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	近10,820个组织区域
3605	2024-08-08	Cyclic multiplex fluorescent immunohistochemistry and machine learning reveal distinct states of astrocytes and microglia in normal aging and Alzheimer's disease 2022-Feb-02, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02383-4 PMID:35109872	研究论文	本文开发了一种循环多重荧光免疫组织化学方法，结合机器学习，对阿尔茨海默病（AD）患者死后人脑中的星形胶质细胞和微胶质细胞进行形态学定量表征，并分析它们与斑块和缠结的空间关系。	本文创新性地结合了循环多重荧光免疫组织化学和机器学习方法，揭示了星形胶质细胞和微胶质细胞的三种不同表型，并扩展了传统的“稳态与反应性”二分类。	NA	研究目的是深入理解胶质细胞反应的复杂性和异质性，并为转录组学研究提供信息。	研究对象是阿尔茨海默病患者死后人脑中的星形胶质细胞和微胶质细胞。	数字病理学	阿尔茨海默病	循环多重荧光免疫组织化学	卷积神经网络	图像	5172个ALDH1L1+星形胶质细胞和6226个IBA1+微胶质细胞
3606	2024-08-08	Time-resolved single-cell sequencing identifies multiple waves of mRNA decay during the mitosis-to-G1 phase transition 2022-02-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.71356 PMID:35103592	研究论文	研究揭示了在人类细胞从有丝分裂到G1期过渡期间，通过广泛且时间控制的mRNA降解作为基因表达调控的额外机制	发现了在细胞周期中，mRNA降解作为基因表达调控的新机制，并识别了参与此过程的deadenylase CNOT1	NA	探讨细胞周期中基因表达调控的新机制	人类细胞中的mRNA降解及其在细胞周期中的作用	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	mRNA	未具体说明样本数量
3607	2024-08-08	Diagnostic Evidence GAuge of Single cells (DEGAS): a flexible deep transfer learning framework for prioritizing cells in relation to disease 2022-02-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01012-2 PMID:35105355	研究论文	提出了一种名为DEGAS的深度迁移学习框架，用于将疾病信息从患者转移到单个细胞	DEGAS框架能够将疾病信息（称为“印象”）转移到单个细胞，使细胞与疾病属性如诊断、预后和治疗反应相关联	NA	开发一种新的深度迁移学习框架，用于优先考虑与疾病相关的细胞	单细胞和患者大量组织转录组数据	机器学习	NA	深度迁移学习	深度学习框架	转录组数据	使用模拟数据和来自胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病和多发性骨髓瘤的十个不同单细胞和患者大量组织转录组数据集
3608	2024-08-08	PD-1 blockade therapy promotes infiltration of tumor-attacking exhausted T cell clonotypes 2022-02-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110331 PMID:35108529	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了PD-1阻断疗法对肿瘤微环境中肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的影响，特别是对具有耗竭表型的T细胞克隆型的影响	首次展示了PD-1阻断疗法能够促进肿瘤微环境中非预存的肿瘤特异性T细胞克隆型的出现，这些克隆型主要来源于肿瘤引流淋巴结	NA	研究PD-1阻断疗法如何影响肿瘤微环境中的T细胞克隆型，特别是具有耗竭表型的T细胞	肿瘤微环境中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和肿瘤特异性T细胞克隆型	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中明确
3609	2024-08-08	Diversity of satellite glia in sympathetic and sensory ganglia 2022-02-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110328 PMID:35108545	research paper	本研究利用单细胞RNA测序分析，识别了交感神经和感觉神经节中五种不同的卫星胶质细胞群体	首次揭示了交感神经和感觉神经节中卫星胶质细胞的分子多样性及其在免疫反应、早期基因反应和离子通道/细胞外基质相互作用中的富集情况	NA	探究交感神经和感觉神经节中卫星胶质细胞的分子多样性	交感神经和感觉神经节中的卫星胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3610	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals a low CD8+ T cell infiltrating state mediated by fibroblasts in recurrent renal cell carcinoma 2022-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004206 PMID:35121646	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了复发性肾细胞癌中由成纤维细胞介导的低CD8+ T细胞浸润状态	首次在复发性肾细胞癌中应用单细胞转录组学技术，揭示了成纤维细胞通过Gal1抑制CD8+ T细胞的新机制	NA	探索复发性肾细胞癌与原发性肾细胞癌在肿瘤微环境和基因表达模式上的差异	复发性肾细胞癌和原发性肾细胞癌的肿瘤微环境及基因表达模式	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	32,073个细胞来自2个原发性肾细胞癌、2个复发性肾细胞癌和3个邻近正常肾样本，以及41对原发性肾细胞癌和复发性肾细胞癌样本作为验证队列
3611	2024-08-08	Single-cell Transcriptomic Analysis Reveals the Cellular Heterogeneity of Mesenchymal Stem Cells 2022-02, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.01.005 PMID:35123072	研究论文	通过单细胞RNA测序分析骨髓和脐带华通胶来源的61,296个间充质干细胞，揭示了五个不同的亚群及其发育轨迹	首次揭示了间充质干细胞的五个不同亚群及其从干细胞样活跃增殖细胞到多能祖细胞的分化路径，并发现了具有自我更新和免疫调节潜力的亚群	NA	揭示间充质干细胞的细胞异质性及其功能	间充质干细胞的亚群及其功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	61,296个间充质干细胞
3612	2024-08-08	Inter-tissue convergence of gene expression during ageing suggests age-related loss of tissue and cellular identity 2022-01-31, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.68048 PMID:35098922	研究论文	研究分析了小鼠大脑皮层、肺、肝和肌肉在发育和衰老过程中的基因表达变化，发现衰老过程中基因表达出现逆转现象，导致不同组织间的基因表达趋向一致	首次提出并验证了衰老过程中不同组织基因表达趋向一致的现象，即DiCo（divergence followed by convergence）	NA	探讨衰老过程中基因表达的变化及其对组织和细胞身份的影响	小鼠的大脑皮层、肺、肝和肌肉组织	基因表达	NA	转录组分析	NA	转录组数据	16只小鼠
3613	2024-08-08	A Rapid Adaptable Method for Isolation of Endothelial Cells from Human Adipose Tissue 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2059-5_18 PMID:35099741	research paper	本文介绍了一种从人类脂肪组织中快速分离内皮细胞的可靠且灵活的方法	该方法可以用于各种分析，包括单细胞RNA测序、体外培养和下游应用	NA	研究旨在开发一种有效的方法来分离和研究脂肪组织中的内皮细胞	人类脂肪组织中的内皮细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
3614	2024-08-08	Isolation of Cardiac Endothelial Cells for Transcriptomic Analysis of the Zebrafish and Mouse Heart 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2059-5_23 PMID:35099746	研究论文	本文描述了一种使用酶解和机械解离以及荧光激活细胞分选（FACS）从斑马鱼和老鼠心脏中分离高质量心脏内皮细胞的协议	该方法能够获得高活性和纯度的心脏内皮细胞，适用于下游转录分析应用	NA	研究心脏内皮细胞的转录组分析	斑马鱼和老鼠的心脏内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	细胞	涉及幼体和成体斑马鱼心脏以及健康和缺血成年老鼠心脏的内皮细胞
3615	2024-08-08	CD73+ Epithelial Progenitor Cells That Contribute to Homeostasis and Renewal Are Depleted in Eosinophilic Esophagitis 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.01.018 PMID:35108658	研究论文	研究探讨了CD73+CD104+细胞在嗜酸性食管炎（EoE）中的作用及其对上皮更新和稳态的影响	首次研究了CD73+CD104+细胞在EoE中的生物学意义，并探讨了其在EoE上皮更新和稳态中的作用	NA	探讨CD73+CD104+细胞在EoE中的作用及其对上皮更新和稳态的影响	CD73+CD104+细胞在EoE中的数量和功能	数字病理学	嗜酸性食管炎	流式细胞术，免疫组织化学，定量逆转录聚合酶链反应，单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选	NA	细胞	EoE和非EoE患者的食管活检样本，患者来源和永生化细胞系来源的食管类器官
3616	2024-08-08	CD4+ T cells in classical Hodgkin lymphoma express exhaustion associated transcription factors TOX and TOX2: Characterizing CD4+ T cells in Hodgkin lymphoma 2022, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2033433 PMID:35111387	研究论文	本研究通过RNA测序和T细胞受体可变基因片段使用分析，比较了经典霍奇金淋巴瘤（cHL）中CD4+CD26-和CD4+CD26+ T细胞的特征	发现CD4+CD26- T细胞虽经历抗原暴露但未克隆扩增，表达与耗竭相关的转录因子TOX和TOX2，以及免疫检查点和趋化因子	NA	研究经典霍奇金淋巴瘤中CD4+ T细胞的特征及其与肿瘤细胞生存的关系	经典霍奇金淋巴瘤中的CD4+CD26-和CD4+CD26+ T细胞	免疫学	霍奇金淋巴瘤	RNA测序	NA	RNA	来自cHL淋巴结细胞悬液的CD4+CD26-和CD4+CD26+ T细胞
3617	2024-08-08	Notch-Regulated c-Kit-Positive Liver Sinusoidal Endothelial Cells Contribute to Liver Zonation and Regeneration 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.01.019 PMID:35114417	研究论文	本研究探讨了c-kit阳性肝窦内皮细胞在肝再生过程中的作用及其机制	首次鉴定并研究了c-kit阳性肝窦内皮细胞在肝再生中的具体作用及其通过Wnt2依赖性方式调节肝细胞再生的机制	NA	研究c-kit阳性肝窦内皮细胞在肝再生中的作用及其机制	c-kit阳性肝窦内皮细胞及其在肝再生中的作用	NA	肝病	定量逆转录聚合酶链反应, 免疫荧光染色, 流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	RNA	使用部分肝切除小鼠模型进行研究
3618	2024-08-08	Functional New Transcription Factors (TFs) Associated with Cervical Cancer 2022, Journal of healthcare engineering DOI:10.1155/2022/8381559 PMID:35126951	研究论文	本研究旨在发现与宫颈癌发生相关的新转录因子（TFs）	揭示了EMX2作为宫颈癌中的肿瘤抑制因子，并发现PDZRN3可能是EMX2在宫颈癌中的潜在靶点	NA	发现与宫颈癌发生相关的新转录因子	宫颈癌中的转录因子及其潜在靶点	NA	宫颈癌	RNA-seq, 微阵列, 实时PCR	NA	基因表达数据	10个宫颈癌数据集
3619	2024-08-08	Allosteric inhibition reveals SHP2-mediated tumor immunosuppression in colon cancer by single-cell transcriptomics 2022-Jan, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2021.08.006 PMID:35127377	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术探讨了SHP2在结直肠癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用	首次揭示了SHP2通过调节STING-TBK1-IRF3介导的I型干扰素信号通路在肿瘤微环境中发挥免疫抑制作用	研究仅基于小鼠MC38异种移植模型，可能与人类结直肠癌存在差异	探讨SHP2在结直肠癌中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌中的SHP2及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠MC38异种移植模型中的肿瘤微环境细胞
3620	2024-08-08	Haploinsufficiency of PSMD12 Causes Proteasome Dysfunction and Subclinical Autoinflammation 2022-06, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42070 PMID:35080150	研究论文	本研究探讨了由PSMD12半合子不足引起的新型蛋白酶体相关自身炎症综合征（PRAAS）的致病机制	首次发现PSMD12半合子不足导致的炎症标志物及神经发育障碍，扩展了PRAAS的基因型和表型谱	NA	研究PSMD12半合子不足引起的新型PRAAS的致病机制	家族成员的皮肤疹、先天性葡萄膜炎和发育迟缓	NA	自身炎症性疾病	全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	RNA	2个家族成员