单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3461	2024-08-08	Defined tumor antigen-specific T cells potentiate personalized TCR-T cell therapy and prediction of immunotherapy response 2022-06, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-022-00627-9 PMID:35165422	研究论文	本文研究了通过单细胞mRNA测序和TCR测序技术，从肿瘤及其邻近组织中鉴定肿瘤特异性T细胞，并利用这些T细胞的TCR进行个性化TCR-T细胞治疗，以预测免疫治疗反应	首次发现CXCL13作为CD4和CD8肿瘤特异性T细胞的独特标记，并利用Tas TCRs进行个性化TCR-T细胞治疗	NA	开发个性化TCR-T细胞治疗策略，并预测免疫治疗反应	肿瘤特异性T细胞及其TCR	免疫学	肿瘤	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），TCR测序（TCR-seq），流式细胞术（FACS）	TCR-T细胞	细胞	NA
3462	2024-08-08	Optimising protein detection with fixable custom oligo-labelled antibodies for single-cell multi-omics approaches 2022-Jun, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202100213 PMID:35174641	研究论文	本文介绍了一种可调节的寡核苷酸-抗体偶联方法，用于优化单细胞多组学方法中的蛋白质检测	提出了一种简单的可调节寡核苷酸-抗体偶联方法，提高了低表达目标蛋白的检测灵敏度	需要进一步优化大型抗体面板，并确保寡核苷酸标记抗体的功能协同性	优化寡核苷酸标记抗体，以提高单细胞RNA测序多组学实验中弱蛋白目标的检测	单细胞RNA测序多组学实验中的蛋白质检测	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	寡核苷酸标记抗体的批次中，每个抗体的平均标记数从1到6不等
3463	2024-08-08	Assessing reproducibility of high-throughput experiments in the case of missing data 2022-05-10, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.9334 PMID:35178743	研究论文	本文开发了一种回归模型，用于评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响，特别是在大量测量数据缺失的情况下	本文通过引入潜在变量方法，扩展了用于评估操作因素对可重复性影响的对应曲线回归方法，以纳入缺失值，提高了检测可重复性差异的准确性	NA	评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响	高吞吐量生物实验中的可重复性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	回归模型	基因表达数据	使用HCT116细胞的单细胞RNA测序数据集
3464	2024-08-08	BHLHE40 Regulates the T-Cell Effector Function Required for Tumor Microenvironment Remodeling and Immune Checkpoint Therapy Efficacy 2022-05-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0129 PMID:35181783	研究论文	本文研究了转录因子BHLHE40在免疫检查点疗法（ICT）中调控T细胞效应功能的作用，以及其在肿瘤微环境重塑和ICT疗效中的关键角色	首次报道了BHLHE40在ICT中对肿瘤抗原特异性CD8+和CD4+ T细胞的上调作用，并揭示了BHLHE40依赖的基因表达变化和免疫细胞重塑	研究主要在免疫编辑的肿瘤小鼠模型中进行，可能需要进一步在人类样本中验证	阐明BHLHE40在免疫检查点疗法中的作用机制及其作为预测或预后生物标志物的潜力	BHLHE40在T细胞中的作用及其对ICT疗效的影响	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	免疫编辑的肿瘤小鼠模型
3465	2024-08-08	Intra- and extra-cranial BCOR-ITD tumours are separate entities within the BCOR-rearranged family 2022-05, The journal of pathology. Clinical research DOI:10.1002/cjp2.255 PMID:35174661	研究论文	研究探讨了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的同质性，通过临床、影像学、组织病理学和分子特征进行分析	首次通过全转录组测序和DNA甲基化分析，揭示了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的分子差异	研究基于回顾性病例，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	旨在探究BCOR-ITD肿瘤家族中不同部位肿瘤的同质性和分子特征	BCOR-ITD肿瘤家族中的脑内和脑外肿瘤	数字病理学	NA	全转录组测序，DNA甲基化分析	NA	表达数据，DNA甲基化数据	33例，包括10例CNS BCOR-ITD和23例BCOR-ITD肉瘤
3466	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing data analysis based on non-uniform ε-neighborhood network 2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac114 PMID:35188181	研究论文	本文提出了一种基于非均匀ε-邻域网络的单细胞RNA测序数据分析框架	该框架通过非均匀ε-邻域网络一致地实现了数据可视化、细胞聚类和轨迹推断，相较于现有方法在聚类和细胞伪时间排序方面表现更优	NA	研究单细胞RNA测序数据分析中的数据可视化、细胞聚类和轨迹推断	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非均匀ε-邻域网络	基因表达数据	合成数据集和真实数据集
3467	2024-08-08	scGAC: a graph attentional architecture for clustering single-cell RNA-seq data 2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac099 PMID:35176138	研究论文	本文提出了一种新的无监督聚类方法scGAC，用于单细胞RNA测序数据，通过构建细胞图并利用图注意力自动编码器学习细胞的聚类友好表示，最终通过自优化方法获得细胞聚类	scGAC方法通过图注意力自动编码器捕捉细胞间的潜在关系，并采用网络去噪技术优化细胞图，从而提高了聚类性能	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图注意力自动编码器	RNA测序数据	16个真实单细胞RNA测序数据集
3468	2024-08-08	NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI 2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac108 PMID:35176143	research paper	本文介绍了一个基于神经网络的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具——NeuCA网络服务器，该工具通过网页应用和图形用户界面自动分配细胞标签。	NeuCA网络服务器是首个实现神经网络架构的网页应用工具，提供了超过20个预训练的分类器，适用于常用的组织类型。	NA	开发一个自动化的工具，用于准确注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型。	单细胞RNA测序数据中的细胞类型。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	神经网络	RNA测序数据	NA
3469	2024-08-08	ACTIVA: realistic single-cell RNA-seq generation with automatic cell-type identification using introspective variational autoencoders 2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac095 PMID:35179571	研究论文	本文介绍了一种名为ACTIVA的新框架，用于生成真实的单细胞RNA测序（scRNAseq）合成数据，并自动识别细胞类型	ACTIVA使用了一种结合细胞类型信息的单流对抗变分自编码器，能够在单一框架内扩展现有数据集并按需生成特定亚群，相较于传统的scGAN和cscGAN模型，ACTIVA生成的细胞更真实且基因间的成对相关性更好	NA	旨在解决单细胞RNA测序中由于数据量不足导致的下游分析不准确或不可重复的问题	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	基因表达数据	多个公共scRNAseq数据集
3470	2024-08-08	Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19 2022-04-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157255 PMID:35175937	研究论文	本研究开发了一个名为TrendCatcher的开源R包，用于识别和可视化纵向转录组数据中的动态转录基因特征和生物过程	TrendCatcher应用平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了时间序列转录组数据的分析方法	NA	研究疾病进展过程中基因表达变化的时间特征，以揭示适应性和非适应性反应的生物学机制	COVID-19患者的外周血转录组数据，包括批量和单细胞RNA-Seq时间序列数据	生物信息学	COVID-19	RNA-Seq	平滑样条ANOVA模型	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
3471	2024-08-08	Zebrafish information network, the knowledgebase for Danio rerio research 2022-04-04, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac016 PMID:35166825	研究论文	本文介绍了斑马鱼信息网络（Zebrafish Information Network, zfin.org），这是一个为斑马鱼（Danio rerio）研究提供遗传和基因组数据的核心数据库。	斑马鱼信息网络最近与其他六个模型生物知识库合作成立了基因组资源联盟，旨在开发可持续的基因组信息资源，以利用模型生物理解人类生物学和疾病的遗传和基因组基础。	NA	提供斑马鱼研究的遗传和基因组数据，并促进这些数据的可发现性、可访问性、互操作性和可重用性。	斑马鱼的基因、等位基因、人类疾病模型、基因表达、表型和基因功能等数据。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
3472	2024-08-08	Key genes in the liver fibrosis process are mined based on single-cell transcriptomics 2022-04-02, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.01.094 PMID:35168183	研究论文	本研究通过分析60,000多个人的单细胞转录组，在9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本中，识别了调节肌成纤维细胞转化的关键调控因子和核心驱动基因	首次在单细胞水平上分析肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的核心驱动基因，为肝纤维化的靶向基因诊断和治疗提供了有价值的信息	NA	识别肝纤维化过程中肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的关键基因	肝纤维化过程中的关键基因和调控因子	数字病理学	肝纤维化	单细胞转录组分析	单核共识加权基因共表达网络分析（scWGCNA）	转录组	60,000多个单细胞，包括9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本
3473	2024-08-08	Retinal organoids derived from rhesus macaque iPSCs undergo accelerated differentiation compared to human stem cells 2022-Apr, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13198 PMID:35165951	研究论文	比较猕猴诱导多能干细胞（rhiPSC）与人类胚胎干细胞（hESC）来源的视网膜类器官的发育时间和效率	猕猴iPSCs来源的视网膜类器官比人类干细胞来源的类器官分化速度更快	猕猴iPSCs的培养相对困难	研究非人灵长类动物（NHP）与人类干细胞来源的视网膜类器官的发育差异	猕猴iPSCs与人类hESCs来源的视网膜类器官	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个猕猴iPSCs和人类hESCs系
3474	2024-08-08	A road map for happiness: The psychological factors related cell types in various parts of human body from single cell RNA-seq data analysis 2022-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105286 PMID:35183972	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了心理因素“幸福”在人体不同部位细胞类型中的基因表达情况	研究发现幸福相关基因的表达不仅限于神经调节细胞或组织驻留免疫细胞，而是广泛存在于非神经系统直接调节的组织和器官特有细胞中	研究主要基于现有公开数据，未涉及实验验证，且为初步探索，需进一步详细机制研究	探讨心理因素在细胞层面的生理效应机制	心理因素‘幸福’在人体不同细胞类型中的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
3475	2024-08-08	The expression pattern of VISTA in the PBMCs of relapsing-remitting multiple sclerosis patients: A single-cell RNA sequencing-based study 2022-Apr, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2022.112725 PMID:35183994	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了复发缓解型多发性硬化症（RRMS）患者外周血单个核细胞（PBMCs）中VISTA的表达模式及其受不同药物影响的表达情况	首次详细研究了RRMS患者PBMCs中VISTA的表达模式，并探讨了不同药物对其表达的影响	需要进一步研究阐明VISTA在上述免疫细胞中的作用	研究RRMS患者PBMCs中VISTA的表达模式及其受药物影响的情况	复发缓解型多发性硬化症患者的外周血单个核细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
3476	2024-08-08	Targeting IRE1 endoribonuclease activity alleviates cardiovascular lesions in a murine model of Kawasaki disease vasculitis 2022-03-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157203 PMID:35167493	研究论文	研究通过遗传和药物手段减轻内质网应激，探讨其在川崎病血管炎小鼠模型中心血管病变发展的作用	首次探讨了内质网应激在川崎病病理生理学中的潜在作用，并证明了内质网应激与川崎病发病机制的因果关系	NA	研究内质网应激在川崎病心血管病变发展中的作用及潜在治疗靶点	川崎病小鼠模型及人类患者数据	心血管疾病	川崎病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型及人类患者
3477	2024-08-08	Deep structural clustering for single-cell RNA-seq data jointly through autoencoder and graph neural network 2022-03-10, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac018 PMID:35172334	研究论文	提出了一种名为scDSC的深度结构聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，结合了基于零膨胀负二项（ZINB）模型的自动编码器和图神经网络（GNN）模块	scDSC方法通过引入ZINB模型和GNN模块，有效处理了单细胞RNA测序数据中的噪声、高维度和缺失事件问题，并采用相互监督策略统一了两种深度神经架构	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，以识别潜在的细胞类型	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器和图神经网络	RNA测序数据	涉及六个真实的单细胞RNA测序数据集
3478	2024-08-08	A human pluripotent stem cell-based model of SARS-CoV-2 infection reveals an ACE2-independent inflammatory activation of vascular endothelial cells through TLR4 2022-03-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.01.015 PMID:35180397	研究论文	本文报道了一种基于人多能干细胞的SARS-CoV-2感染模型，揭示了血管内皮细胞通过TLR4的ACE2非依赖性炎症激活	首次揭示了SARS-CoV-2通过TLR4途径在ACE2缺乏的内皮细胞中诱导炎症激活，并提供了单细胞RNA测序数据支持	研究主要集中在细胞和分子层面，未涉及临床患者的广泛验证	探究SARS-CoV-2诱导的血管内皮炎症的直接致病机制	人多能干细胞衍生的内皮细胞及SARS-CoV-2感染	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括轻度和重度COVID-19患者的循环内皮细胞
3479	2024-08-08	Deterministic scRNA-seq captures variation in intestinal crypt and organoid composition 2022-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01391-1 PMID:35165449	研究论文	本文开发了一种名为DisCo的确定性mRNA捕获珠和细胞共封装滴落系统，用于处理低输入样本（<500个细胞），并展示了其在分析肠道类器官和隐窝细胞异质性方面的应用	DisCo系统通过结合机器视觉和多层微流控技术，实现了对低输入单细胞悬液的高效连续处理，捕获效率超过70%，速度可达每小时350个细胞	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以高效处理小规模个体组织样本	肠道类器官和隐窝的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	分析了31个不同发育阶段的肠道类器官和多个小鼠肠道隐窝
3480	2024-08-08	Aberrant translation regulated by METTL1/WDR4-mediated tRNA N7-methylguanosine modification drives head and neck squamous cell carcinoma progression 2022-03, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12273 PMID:35179319	研究论文	本文研究了tRNA N7-甲基鸟苷（m7G）修饰在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）发生和发展中的功能及机制	首次揭示了METTL1/WDR4介导的tRNA m7G修饰在HNSCC进展中的作用	NA	探究tRNA m7G修饰在HNSCC中的功能和机制	tRNA m7G甲基转移酶复合物成分METTL1/WDR4在HNSCC中的作用	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用细胞功能丧失和功能获得实验、异种移植模型、条件性敲除和敲入小鼠模型进行研究