单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3461 - 3480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3461 | 2024-08-08 |
Dimensionality Reduction and Louvain Agglomerative Hierarchical Clustering for Cluster-Specified Frequent Biomarker Discovery in Single-Cell Sequencing Data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.828479
PMID:35198011
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研究论文 | 本文介绍了一种利用降维和层次凝聚聚类Louvain的方法，用于在单细胞测序数据中发现特定聚类的频繁生物标志物。 | 本文提出了一种结合降维和层次凝聚聚类的框架，有效发现单细胞RNA测序数据中的特定聚类频繁生物标志物。 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中高维度聚类面临的挑战，并发现特定聚类的频繁生物标志物。 | 单细胞RNA测序数据中的特定聚类频繁生物标志物。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 单细胞RNA测序数据 | 23,630个特征和1,872个样本（细胞） |
| 3462 | 2024-08-08 |
A multi-omics approach to identify molecular alterations in a mouse model of heart failure
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.68232
PMID:35198060
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研究论文 | 本研究通过多组学方法分析了压力超负荷诱导的心力衰竭小鼠模型中的分子改变 | 本研究首次综合分析了scRNA-seq、scATAC-seq、bulk ATAC-seq和miRNA-seq数据，揭示了心力衰竭发病机制中的基因表达改变和免疫细胞功能 | NA | 探究压力超负荷诱导的心力衰竭发病机制中的分子改变 | 心力衰竭小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, bulk ATAC-seq, miRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 心力衰竭小鼠模型与对照组小鼠 |
| 3463 | 2024-08-08 |
Analysis of unc-62 expression pattern in C. elegans embryonic AWC neurons
2022, microPublication biology
DOI:10.17912/micropub.biology.000530
PMID:35198862
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研究论文 | 本文分析了C. elegans胚胎AWC神经元中unc-62表达模式 | 使用了综合的fosmid拯救转基因技术来分析unc-62在AWC发育中的表达模式 | 结果表明unc-62在AWC神经元中的表达水平可能无法检测或稳定性较低 | 研究unc-62在C. elegans胚胎AWC神经元发育中的功能 | C. elegans胚胎AWC神经元中的unc-62表达 | NA | NA | fosmid拯救转基因技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 3464 | 2024-08-08 |
Single Cell RNA Sequencing in NASH
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2128-8_15
PMID:35212995
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中肝脏非实质细胞的异质性 | 采用微滴式单细胞RNA测序技术，能够识别和表征不同的肝细胞类型，特别是肝巨噬细胞 | NA | 探讨NASH中肝脏非实质细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 小鼠肝脏中的髓系细胞群体 | 数字病理学 | 脂肪肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自健康和NASH肝脏的细胞样本 |
| 3465 | 2024-08-08 |
QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability
2022-07, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1038/s41374-022-00743-5
PMID:35169222
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研究论文 | 本文介绍了一种名为QuantISH的开源RNA原位杂交图像分析框架，用于量化特定细胞类型中的目标RNA表达及其变异性。 | QuantISH框架是模块化的，可适应多种图像和样本类型及染色协议，提高了RNA-ISH图像分析的自动化程度。 | NA | 开发一种自动化分析方法，用于处理大量RNA原位杂交实验数据，并量化特定细胞类型中的RNA表达及其变异性。 | 高级别浆液性癌（HGSC）中的癌细胞分类和信号表达量化。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA原位杂交（RNA-ISH） | NA | 图像 | NA |
| 3466 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals B cell-T cell interactions in vascular adventitia of hyperhomocysteinemia-accelerated atherosclerosis
2022-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-021-00904-0
PMID:35175542
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3467 | 2024-08-08 |
Defined tumor antigen-specific T cells potentiate personalized TCR-T cell therapy and prediction of immunotherapy response
2022-06, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-022-00627-9
PMID:35165422
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研究论文 | 本文研究了通过单细胞mRNA测序和TCR测序技术，从肿瘤及其邻近组织中鉴定肿瘤特异性T细胞，并利用这些T细胞的TCR进行个性化TCR-T细胞治疗，以预测免疫治疗反应 | 首次发现CXCL13作为CD4和CD8肿瘤特异性T细胞的独特标记，并利用Tas TCRs进行个性化TCR-T细胞治疗 | NA | 开发个性化TCR-T细胞治疗策略，并预测免疫治疗反应 | 肿瘤特异性T细胞及其TCR | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq），TCR测序（TCR-seq），流式细胞术（FACS） | TCR-T细胞 | 细胞 | NA |
| 3468 | 2024-08-08 |
Optimising protein detection with fixable custom oligo-labelled antibodies for single-cell multi-omics approaches
2022-Jun, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202100213
PMID:35174641
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研究论文 | 本文介绍了一种可调节的寡核苷酸-抗体偶联方法，用于优化单细胞多组学方法中的蛋白质检测 | 提出了一种简单的可调节寡核苷酸-抗体偶联方法，提高了低表达目标蛋白的检测灵敏度 | 需要进一步优化大型抗体面板，并确保寡核苷酸标记抗体的功能协同性 | 优化寡核苷酸标记抗体，以提高单细胞RNA测序多组学实验中弱蛋白目标的检测 | 单细胞RNA测序多组学实验中的蛋白质检测 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 寡核苷酸标记抗体的批次中，每个抗体的平均标记数从1到6不等 |
| 3469 | 2024-08-08 |
Assessing reproducibility of high-throughput experiments in the case of missing data
2022-05-10, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9334
PMID:35178743
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研究论文 | 本文开发了一种回归模型，用于评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响，特别是在大量测量数据缺失的情况下 | 本文通过引入潜在变量方法，扩展了用于评估操作因素对可重复性影响的对应曲线回归方法，以纳入缺失值，提高了检测可重复性差异的准确性 | NA | 评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响 | 高吞吐量生物实验中的可重复性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 回归模型 | 基因表达数据 | 使用HCT116细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 3470 | 2024-08-08 |
BHLHE40 Regulates the T-Cell Effector Function Required for Tumor Microenvironment Remodeling and Immune Checkpoint Therapy Efficacy
2022-05-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0129
PMID:35181783
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研究论文 | 本文研究了转录因子BHLHE40在免疫检查点疗法（ICT）中调控T细胞效应功能的作用，以及其在肿瘤微环境重塑和ICT疗效中的关键角色 | 首次报道了BHLHE40在ICT中对肿瘤抗原特异性CD8+和CD4+ T细胞的上调作用，并揭示了BHLHE40依赖的基因表达变化和免疫细胞重塑 | 研究主要在免疫编辑的肿瘤小鼠模型中进行，可能需要进一步在人类样本中验证 | 阐明BHLHE40在免疫检查点疗法中的作用机制及其作为预测或预后生物标志物的潜力 | BHLHE40在T细胞中的作用及其对ICT疗效的影响 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 免疫编辑的肿瘤小鼠模型 |
| 3471 | 2024-08-08 |
Intra- and extra-cranial BCOR-ITD tumours are separate entities within the BCOR-rearranged family
2022-05, The journal of pathology. Clinical research
DOI:10.1002/cjp2.255
PMID:35174661
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研究论文 | 研究探讨了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的同质性，通过临床、影像学、组织病理学和分子特征进行分析 | 首次通过全转录组测序和DNA甲基化分析，揭示了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的分子差异 | 研究基于回顾性病例，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在探究BCOR-ITD肿瘤家族中不同部位肿瘤的同质性和分子特征 | BCOR-ITD肿瘤家族中的脑内和脑外肿瘤 | 数字病理学 | NA | 全转录组测序，DNA甲基化分析 | NA | 表达数据，DNA甲基化数据 | 33例，包括10例CNS BCOR-ITD和23例BCOR-ITD肉瘤 |
| 3472 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing data analysis based on non-uniform ε-neighborhood network
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac114
PMID:35188181
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研究论文 | 本文提出了一种基于非均匀ε-邻域网络的单细胞RNA测序数据分析框架 | 该框架通过非均匀ε-邻域网络一致地实现了数据可视化、细胞聚类和轨迹推断，相较于现有方法在聚类和细胞伪时间排序方面表现更优 | NA | 研究单细胞RNA测序数据分析中的数据可视化、细胞聚类和轨迹推断 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非均匀ε-邻域网络 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实数据集 |
| 3473 | 2024-08-08 |
scGAC: a graph attentional architecture for clustering single-cell RNA-seq data
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac099
PMID:35176138
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研究论文 | 本文提出了一种新的无监督聚类方法scGAC，用于单细胞RNA测序数据，通过构建细胞图并利用图注意力自动编码器学习细胞的聚类友好表示，最终通过自优化方法获得细胞聚类 | scGAC方法通过图注意力自动编码器捕捉细胞间的潜在关系，并采用网络去噪技术优化细胞图，从而提高了聚类性能 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力自动编码器 | RNA测序数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 3474 | 2024-08-08 |
NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac108
PMID:35176143
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research paper | 本文介绍了一个基于神经网络的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具——NeuCA网络服务器，该工具通过网页应用和图形用户界面自动分配细胞标签。 | NeuCA网络服务器是首个实现神经网络架构的网页应用工具，提供了超过20个预训练的分类器，适用于常用的组织类型。 | NA | 开发一个自动化的工具，用于准确注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA测序数据 | NA |
| 3475 | 2024-08-08 |
ACTIVA: realistic single-cell RNA-seq generation with automatic cell-type identification using introspective variational autoencoders
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac095
PMID:35179571
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ACTIVA的新框架，用于生成真实的单细胞RNA测序（scRNAseq）合成数据，并自动识别细胞类型 | ACTIVA使用了一种结合细胞类型信息的单流对抗变分自编码器，能够在单一框架内扩展现有数据集并按需生成特定亚群，相较于传统的scGAN和cscGAN模型，ACTIVA生成的细胞更真实且基因间的成对相关性更好 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序中由于数据量不足导致的下游分析不准确或不可重复的问题 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 多个公共scRNAseq数据集 |
| 3476 | 2024-08-08 |
Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19
2022-04-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157255
PMID:35175937
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研究论文 | 本研究开发了一个名为TrendCatcher的开源R包，用于识别和可视化纵向转录组数据中的动态转录基因特征和生物过程 | TrendCatcher应用平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了时间序列转录组数据的分析方法 | NA | 研究疾病进展过程中基因表达变化的时间特征，以揭示适应性和非适应性反应的生物学机制 | COVID-19患者的外周血转录组数据，包括批量和单细胞RNA-Seq时间序列数据 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA-Seq | 平滑样条ANOVA模型 | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3477 | 2024-08-08 |
Zebrafish information network, the knowledgebase for Danio rerio research
2022-04-04, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyac016
PMID:35166825
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研究论文 | 本文介绍了斑马鱼信息网络（Zebrafish Information Network, zfin.org），这是一个为斑马鱼（Danio rerio）研究提供遗传和基因组数据的核心数据库。 | 斑马鱼信息网络最近与其他六个模型生物知识库合作成立了基因组资源联盟，旨在开发可持续的基因组信息资源，以利用模型生物理解人类生物学和疾病的遗传和基因组基础。 | NA | 提供斑马鱼研究的遗传和基因组数据，并促进这些数据的可发现性、可访问性、互操作性和可重用性。 | 斑马鱼的基因、等位基因、人类疾病模型、基因表达、表型和基因功能等数据。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 3478 | 2024-08-08 |
Key genes in the liver fibrosis process are mined based on single-cell transcriptomics
2022-04-02, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.01.094
PMID:35168183
|
研究论文 | 本研究通过分析60,000多个人的单细胞转录组，在9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本中，识别了调节肌成纤维细胞转化的关键调控因子和核心驱动基因 | 首次在单细胞水平上分析肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的核心驱动基因，为肝纤维化的靶向基因诊断和治疗提供了有价值的信息 | NA | 识别肝纤维化过程中肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的关键基因 | 肝纤维化过程中的关键基因和调控因子 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞转录组分析 | 单核共识加权基因共表达网络分析（scWGCNA） | 转录组 | 60,000多个单细胞，包括9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本 |
| 3479 | 2024-08-08 |
Retinal organoids derived from rhesus macaque iPSCs undergo accelerated differentiation compared to human stem cells
2022-Apr, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13198
PMID:35165951
|
研究论文 | 比较猕猴诱导多能干细胞（rhiPSC）与人类胚胎干细胞（hESC）来源的视网膜类器官的发育时间和效率 | 猕猴iPSCs来源的视网膜类器官比人类干细胞来源的类器官分化速度更快 | 猕猴iPSCs的培养相对困难 | 研究非人灵长类动物（NHP）与人类干细胞来源的视网膜类器官的发育差异 | 猕猴iPSCs与人类hESCs来源的视网膜类器官 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个猕猴iPSCs和人类hESCs系 |
| 3480 | 2024-08-08 |
A road map for happiness: The psychological factors related cell types in various parts of human body from single cell RNA-seq data analysis
2022-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105286
PMID:35183972
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研究论文 | 本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了心理因素“幸福”在人体不同部位细胞类型中的基因表达情况 | 研究发现幸福相关基因的表达不仅限于神经调节细胞或组织驻留免疫细胞，而是广泛存在于非神经系统直接调节的组织和器官特有细胞中 | 研究主要基于现有公开数据，未涉及实验验证，且为初步探索，需进一步详细机制研究 | 探讨心理因素在细胞层面的生理效应机制 | 心理因素‘幸福’在人体不同细胞类型中的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |