单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-09-06 |
Characterization of cancer-related fibroblasts (CAF) in hepatocellular carcinoma and construction of CAF-based risk signature based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1009789
PMID:36211448
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研究论文 | 研究探讨了肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建了CAF相关的风险特征 | 首次基于单细胞RNA测序数据识别出肝细胞癌中的四个CAF簇，并构建了包含六个基因的CAF相关风险特征，用于预测肝细胞癌的预后 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探索肝细胞癌中CAF的特征，并建立基于CAF的风险特征以预测肝细胞癌患者的预后 | 肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）及其相关的风险特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | Lasso回归 | RNA测序数据 | 使用了来自GEO和TCGA数据库的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 |
| 322 | 2024-09-06 |
Prognostic characteristics of immune subtypes associated with acute myeloid leukemia and their identification in cell subsets based on single-cell sequencing analysis
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.990034
PMID:36211454
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研究论文 | 研究分析了急性髓系白血病（AML）患者的免疫亚型特征及其在细胞亚群中的识别 | 通过单细胞测序分析，识别了与AML预后相关的九个关键免疫基因，并构建了预测模型 | 研究结果需要在更大样本量的研究中进一步验证 | 探讨AML患者的免疫微环境特征及其在细胞亚群中的表达，并构建预后评估模型 | 急性髓系白血病（AML）患者的免疫亚型和细胞亚群 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞测序 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据 | 151名AML患者 |
| 323 | 2024-09-05 |
Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma
2022-Sep-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01110-1
PMID:36153593
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研究论文 | 研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和B细胞受体测序，以及空间转录组学分析，探讨原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中的肿瘤内异质性和T细胞耗竭现象。 | 首次详细描述了PCNSL中恶性B细胞的转录和空间异质性，以及T细胞耗竭与恶性细胞的共定位现象。 | 研究受限于从中枢神经系统活检中获得的材料有限。 | 深入了解PCNSL的肿瘤内异质性和T细胞耗竭机制。 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤的细胞和分子特征。 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、B细胞受体测序、空间转录组学 | NA | 细胞、RNA | 活检材料、血液和脑脊液中的PCNSL细胞 |
| 324 | 2024-09-05 |
Evaluation of classification in single cell atac-seq data with machine learning methods
2022-Sep-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04774-z
PMID:36131234
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研究论文 | 本研究评估了六种著名机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 首次系统评估了多种机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能，并比较了其在不同数据集间的稳定性 | 整体性能不如在scRNA-seq分析中的表现 | 评估机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | SVM, NMC | scATAC-seq数据 | 4个公共scATAC-seq数据集，涉及不同组织、大小和技术 |
| 325 | 2024-09-05 |
Identification of spatially variable genes with graph cuts
2022-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33182-3
PMID:36123336
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图割优化隐马尔可夫随机场的方法scGCO，用于识别空间变异基因 | scGCO方法在降低假阳性率和提高特异性方面表现更优，且在噪声存在时更稳健，运行时间和内存需求远低于现有方法 | NA | 开发一种高效的方法来分析具有位置信息的单细胞基因表达数据 | 空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 图割优化隐马尔可夫随机场 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA |
| 326 | 2024-09-05 |
Purkinje Cell Patterning-Insights from Single-Cell Sequencing
2022-09-18, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11182918
PMID:36139493
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，深入研究了小脑浦肯野细胞在发育和成熟过程中的分子多样性 | 利用单细胞RNA测序技术，提供了对小脑浦肯野细胞转录组的高分辨率分析，增进了对浦肯野细胞发育和功能的理解 | NA | 探讨浦肯野细胞在发育过程中的分子多样性及其对功能的影响 | 小脑浦肯野细胞的分子表型、生理特性及其在发育中的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类的小脑样本 |
| 327 | 2024-09-05 |
Single-cell analysis of menstrual endometrial tissues defines phenotypes associated with endometriosis
2022-09-15, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-022-02500-3
PMID:36104692
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了月经期子宫内膜组织，定义了与子宫内膜异位症相关的表型 | 首次使用单细胞RNA测序技术比较了子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜组织，发现了与子宫内膜异位症相关的独特细胞亚群 | NA | 旨在通过分析月经期子宫内膜组织，提供一种有效的子宫内膜异位症筛查工具 | 月经期子宫内膜组织，包括子宫内膜异位症患者和对照组 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 33名受试者，包括确诊的子宫内膜异位症患者、对照组和有慢性症状但未确诊的受试者 |
| 328 | 2024-09-05 |
Binary organization of epidermal basal domains highlights robustness to environmental exposure
2022-09-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110488
PMID:35949182
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研究论文 | 本文通过标记表达和单细胞转录组学研究了小鼠和人类皮肤中表皮基底层的分子和细胞状态，揭示了两种基底细胞分化路径，并发现了Sox6作为UV诱导的转录因子在表皮基底层的生理作用。 | 本文首次揭示了小鼠尾部和人体皮肤中表皮基底层的空间域组织与环境适应性的关系，并发现了Sox6在UV暴露下的新作用。 | NA | 阐明表皮基底层的分子和细胞状态，以及其在环境暴露下的适应性和鲁棒性。 | 小鼠和人类皮肤的表皮基底层。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类皮肤样本 |
| 329 | 2024-09-05 |
omicsGAT: Graph Attention Network for Cancer Subtype Analyses
2022-Sep-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231810220
PMID:36142140
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研究论文 | 本文介绍了一种名为omicsGAT的图注意力网络模型，用于整合基于图的学习和注意力机制，以分析RNA-seq数据，特别是在癌症亚型分析中的应用 | omicsGAT模型通过多头部注意力机制，能够为特定样本的邻居分配不同的注意力系数，从而更有效地获取样本信息 | NA | 提高疾病表型预测、癌症患者分层和细胞聚类的准确性 | 乳腺癌和膀胱癌的RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | 图注意力网络（GAT） | RNA-seq数据 | 涉及TCGA乳腺癌和膀胱癌的bulk RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 |
| 330 | 2024-09-05 |
Single-Cell Profiling of the Immune Atlas of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Endometrial Carcinoma
2022-Sep-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14174311
PMID:36077846
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术分析，对子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）进行了免疫图谱绘制 | 首次鉴定出三种转录上不同的NK细胞亚群，并发现了CD103+ CD8+ T细胞的内在异质性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序等技术绘制I型子宫内膜癌中TILs的免疫图谱 | 子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs） | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、流式细胞术 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 |
| 331 | 2024-09-05 |
Production and characterization of virus-free, CRISPR-CAR T cells capable of inducing solid tumor regression
2022-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004446
PMID:36382633
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研究论文 | 本研究利用CRISPR/Cas9技术生产并表征了无病毒的CRISPR-CAR T细胞，这些细胞能够诱导实体瘤消退 | 本研究首次展示了利用无病毒的CRISPR/Cas9技术生产的CAR T细胞，这些细胞具有TRAC基因特异性整合CAR转基因、增强的转录和蛋白质特征以及低基础信号传导等特点 | 目前尚不清楚这种策略是否能影响实体瘤的治疗效果 | 研究旨在开发一种无病毒的CAR T细胞生产方法，以改善包括实体瘤在内的癌症治疗 | 研究对象为抗GD2 CAR T细胞及其在实体瘤治疗中的应用 | 生物技术 | 实体瘤 | CRISPR/Cas9 | CAR T细胞 | 基因组、转录组、蛋白质组和分泌组数据 | NA |
| 332 | 2024-09-05 |
Recent Advances in Monitoring Stem Cell Status and Differentiation Using Nano-Biosensing Technologies
2022-Aug-25, Nanomaterials (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/nano12172934
PMID:36079970
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综述 | 本文回顾了再生医学中使用各种干细胞的细胞疗法，并介绍了监测干细胞分化过程的最新技术进展 | 介绍了单细胞RNA测序和拉曼光谱等新技术，用于分析干细胞异质性和监测分化过程中的生化变化 | 单细胞RNA测序方法具有破坏性和扭曲性，且无法连续跟踪特定细胞的分化过程 | 综述干细胞工程中使用的分析方法，并展望纳米生物传感技术在原位监测干细胞状态和分化中的未来应用 | 干细胞及其分化过程 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序、拉曼光谱 | NA | 基因表达数据 | 单细胞级别 |
| 333 | 2024-09-05 |
A New Model Organism to Investigate Extraocular Photoreception: Opsin and Retinal Gene Expression in the Sea Urchin Paracentrotus lividus
2022-08-24, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11172636
PMID:36078045
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研究论文 | 本研究探讨了海胆发育阶段中的额外眼外光感受器细胞系统，并使用单细胞转录组学分析了成熟原基阶段的细胞类型家族，特别是光感受器细胞的复杂性。 | 首次在海胆中发现并详细描述了多种光感受器细胞类型及其基因表达模式，揭示了海胆作为研究额外眼外光感受的新模型生物的潜力。 | NA | 研究海胆中的额外眼外光感受器细胞系统，探索其在进化上的保守性和功能。 | 海胆发育阶段中的光感受器细胞及其基因表达。 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组学, qPCR, 原位杂交, 免疫组织化学分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 334 | 2024-09-05 |
Practical Considerations for Single-Cell Genomics
2022-Aug, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.498
PMID:35926125
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研究论文 | 本文概述了单细胞基因组学的多种流行技术，并讨论了与研究设计、样本准备、质量控制和测序策略相关的常见问题 | 介绍了单细胞基因组学领域的新分子生物学技巧，这些技巧允许研究人员探索新的模式或将项目扩展到数百万个细胞 | 尽管技术迅速发展，但文章主要集中在单细胞RNA测序上，可能忽略了其他单细胞基因组学技术的讨论 | 帮助用户避免实验工作流程中的陷阱，并利用所选平台的优势 | 单细胞基因组学技术，包括RNA表达、DNA改变、蛋白质丰度、染色质可及性等的测量 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 数百万个细胞 |
| 335 | 2024-09-05 |
Deregulation of ceRNA Networks in Frontal Cortex and Choroid Plexus of Brain during SARS-CoV-2 Infection Aggravates Neurological Manifestations: An Insight from Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analyses
2022-08, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202101310
PMID:35661455
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研究论文 | 本研究通过分析SARS-CoV-2感染大脑前额叶皮质和脉络丛的批量和单细胞转录组数据，揭示了ceRNA网络失调对神经系统表现的影响 | 首次详细阐述了SARS-CoV-2感染大脑中特定细胞类型调控电路的失调情况，并追踪了可能的治疗性miRNAs | 研究主要集中在特定的lncRNA和miRNA的调控作用，可能忽略了其他潜在的调控因子 | 探讨SARS-CoV-2感染后神经系统表现的潜在机制并开发相应的治疗策略 | SARS-CoV-2感染的大脑前额叶皮质和脉络丛中的ceRNA网络 | 转录组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及多种细胞类型的前额叶皮质和脉络丛样本 |
| 336 | 2024-09-05 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.935749
PMID:36186467
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别与鼻咽癌（NPC）相关的潜在分子标志物PKP1和肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs），并探讨其在NPC治疗中的潜在价值 | 首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了PKP1与肿瘤浸润B细胞在鼻咽癌发展中的相互作用及其治疗潜力 | NA | 旨在通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别鼻咽癌中的新型生物标志物 | 鼻咽癌（NPC）中的分子标志物和免疫细胞 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 337 | 2024-09-05 |
Tumor vessel co-option: The past & the future
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.965277
PMID:36119528
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综述 | 本文综述了肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用，并探讨了利用新一代技术如单细胞RNA测序来研究VCO的可能性 | 提出利用单细胞RNA测序等新技术来深入研究VCO过程中肿瘤内皮细胞（ECs）和其他细胞类型的生物学特性 | 目前对VCO的分子机制和共选血管细胞类型的特征了解不足，缺乏抑制VCO的治疗策略 | 探讨VCO的分子机制，并利用新技术研究VCO过程中的细胞类型，以开发新的治疗策略 | 肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 338 | 2024-09-05 |
TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0272302
PMID:36084081
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research paper | 本文介绍了TMExplorer，一个用于肿瘤微环境单细胞RNA测序数据的数据库和搜索工具 | TMExplorer提供了一个易于访问的界面，用于收集和展示多种癌症类型的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据 | NA | 构建一个全面的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据库，并创建相应的R包TMExplorer以促进对肿瘤微环境的研究 | 肿瘤微环境中的各种细胞类型，包括间质成纤维细胞、免疫细胞和恶性细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 涉及多种癌症类型的数据集 |
| 339 | 2024-09-04 |
miRSCAPE - inferring miRNA expression from scRNA-seq data
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104962
PMID:36060076
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研究论文 | 介绍了一种名为miRSCAPE的新工具，用于从scRNA-seq数据中推断miRNA表达 | miRSCAPE能够准确推断细胞类型特异性的miRNA活性，并在多个肿瘤和正常队列中展示了其优于其他方法的准确性 | NA | 旨在解决标准scRNA-seq协议无法捕获miRNA的问题，并推断miRNA表达 | miRNA在细胞分辨率下的活性 | 生物信息学 | 胰腺癌, 肺癌 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 10个肿瘤和正常队列，两个独立的scRNA-seq数据集，56种人类细胞景观中的细胞类型 |
| 340 | 2024-09-04 |
Integrative analysis of spatial transcriptome with single-cell transcriptome and single-cell epigenome in mouse lungs after immunization
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104900
PMID:36039299
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研究论文 | 本研究利用10x Genomics Chromium和Visium平台，对免疫后小鼠肺细胞进行空间转录组与单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的整合分析 | 构建了优化的解卷积流程，准确解析了特定细胞类型的解剖位置组成，发现结合scATAC-seq和scRNA-seq数据能更稳健地识别细胞类型，特别是谱系特异性辅助T细胞 | 本研究为初步研究，样本量较小，未来需在大规模样本中验证结果 | 揭示肺部免疫的空间和细胞类型依赖机制 | 免疫后小鼠肺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据 | 免疫后小鼠肺细胞 |