单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-09-08	Reprogramming landscape highlighted by dynamic transcriptomes in therapy-induced neuroendocrine differentiation 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.10.031 PMID:36382181	研究论文	本文研究了在药物治疗诱导的神经内分泌分化过程中，动态转录组学揭示的重编程景观	通过结合单细胞和批量mRNA测序工作流程，本文首次在时间解析的方式下展示了前列腺癌细胞在AR抑制剂enzalutamide作用下，从上皮形态转变为神经内分泌样形态，并激活了特定的神经内分泌相关转录程序	本文主要集中在AR抑制剂诱导的神经内分泌分化过程，未涉及其他治疗方式或不同类型前列腺癌的影响	探讨在AR抑制剂治疗下，前列腺癌从AR阳性腺癌向AR阴性神经内分泌前列腺癌转变的分子机制	前列腺癌细胞在AR抑制剂治疗下的转录组变化和形态学转变	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序和批量mRNA测序	NA	转录组数据	涉及17-25%接受AR抑制剂治疗的患者样本
322	2024-09-08	A review of spatial profiling technologies for characterizing the tumor microenvironment in immuno-oncology 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.996721 PMID:36389765	综述	本文综述了空间分析技术在免疫肿瘤学中表征肿瘤微环境的作用	介绍了最新的基于成像和下一代单细胞测序技术的空间转录组学方法，这些技术为系统量化整个肿瘤微环境中所有或大多数基因的表达提供了平台	NA	探讨空间分析技术在免疫肿瘤学中的应用及其对肿瘤生物学和精准治疗靶点的潜在影响	肿瘤微环境中的基因表达和转录活性	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
323	2024-09-08	Alzheimer's disease alters the transcriptomic profile of natural killer cells at single-cell resolution 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1004885 PMID:36405736	研究论文	研究阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	首次在单细胞分辨率下分析了阿尔茨海默病患者自然杀伤细胞的转录组特征，并发现了一个独特的自然杀伤细胞亚群	研究仅限于血液中的自然杀伤细胞，未涵盖其他组织或器官中的细胞	探讨阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	阿尔茨海默病患者和对照组血液中的自然杀伤细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	转录组数据	阿尔茨海默病患者和对照组的血液样本
324	2024-09-08	Immune niches orchestrated by intestinal mesenchymal stromal cells lining the crypt-villus 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1057932 PMID:36405734	综述	本文综述了肠道间质基质细胞在免疫微环境中的作用及其空间分布和功能异质性	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了肠道间质基质细胞在不同肠段的功能多样性及其对免疫细胞和上皮细胞的调节作用	NA	提供对肠道间质基质细胞异质性及其与免疫细胞相互作用的整体视图，以丰富对这些细胞免疫调节功能的理解	肠道间质基质细胞及其在免疫微环境中的作用	NA	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
325	2024-09-08	Increased stromal PFKFB3-mediated glycolysis in inflammatory bowel disease contributes to intestinal inflammation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.966067 PMID:36405760	研究论文	研究探讨了PFKFB3在炎症性肠病（IBD）中的作用及其对肠道炎症的影响	首次揭示了PFKFB3在IBD患者中的表达增加，并探讨了其在肠道炎症中的作用	NA	研究PFKFB3在IBD中的作用及其对肠道炎症的影响	炎症性肠病患者的肠道样本和纤维母细胞	NA	炎症性肠病	单细胞测序、ssGSEA、海马实时细胞代谢分析	NA	基因表达数据	IBD患者和健康对照者的肠道样本
326	2024-09-08	Single-cell and single-nuclei RNA sequencing as powerful tools to decipher cellular heterogeneity and dysregulation in neurodegenerative diseases 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.884748 PMID:36353512	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的细胞异质性和失调方面的最新进展	介绍了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的应用，提供了新的细胞类型和状态的识别方法	讨论了在研究阿尔茨海默病和帕金森病中应用这些技术的挑战和局限性	探讨单细胞和单核RNA测序技术在理解神经退行性疾病中的应用	阿尔茨海默病和帕金森病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
327	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis and cell-cluster deconvolution of the human preovulatory follicular fluid cells provide insights into the pathophysiology of ovarian hyporesponse 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.945347 PMID:36339426	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和细胞簇反卷积，探讨了人类排卵前卵泡液细胞在卵巢低反应性中的病理生理机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢低反应患者与正常反应患者在卵泡液细胞类型和基因表达上的差异，并发现了与卵巢反应性相关的关键细胞簇	研究样本量较小，仅包括18名IVF患者，可能影响结果的普适性	探讨卵巢低反应性的病理生理机制，并评估其在IVF临床结果预测中的作用	人类排卵前卵泡液中的体细胞	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18名接受IVF治疗的患者
328	2024-09-07	speedingCARs: accelerating the engineering of CAR T cells by signaling domain shuffling and single-cell sequencing 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34141-8 PMID:36323661	研究论文	本文介绍了一种名为speedingCARs的方法，通过信号域重排和单细胞测序加速CAR T细胞工程	利用CRISPR-Cas9技术生成180种独特的CAR变体，并通过单细胞RNA测序和单细胞CAR测序进行高通量筛选，识别出具有肿瘤杀伤特性的变体	NA	扩展CAR信号域组合空间，为CAR T细胞的工程化提供工具	CAR T细胞及其信号域	生物工程	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 单细胞CAR测序	NA	基因组数据, 单细胞RNA数据	180种独特的CAR变体
329	2024-09-07	spliceJAC: transition genes and state-specific gene regulation from single-cell transcriptome data 2022-11, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202211176 PMID:36321549	研究论文	本文介绍了一种名为spliceJAC的方法，用于从单细胞转录组数据中量化多变量mRNA剪接，并构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络	spliceJAC方法通过利用未剪接和剪接的mRNA计数矩阵，构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络，并应用稳定性分析预测细胞状态转换中的关键驱动基因	NA	本文旨在从单细胞转录组数据中提取动态信息，以增进对细胞状态转换和基因间相互作用的理解	本文研究了胰腺内皮发育和A549肺癌细胞中的上皮-间质转化（EMT）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及胰腺内皮发育和A549肺癌细胞的单细胞转录组数据
330	2024-09-07	Cell therapy attenuates endothelial dysfunction in hypertensive rats with heart failure and preserved ejection fraction 2022-11-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00287.2022 PMID:36083797	研究论文	研究细胞疗法对高血压伴心力衰竭和保留射血分数大鼠的血管内皮功能障碍的影响	首次使用心脏球来源的细胞（CDCs）治疗高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠，发现其能减少炎症和纤维化，改善功能、结构和生存率	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证其疗效	验证炎症在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的作用，并测试细胞疗法的效果	高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠	心血管疾病	心力衰竭	单细胞RNA测序	NA	RNA	Dahl盐敏感大鼠，分为CDCs治疗组和对照组
331	2024-09-07	Patient-Derived Organoids from Colorectal Cancer with Paired Liver Metastasis Reveal Tumor Heterogeneity and Predict Response to Chemotherapy 2022-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204097 PMID:36058001	研究论文	本文构建了一个包含50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并分析了其多组学数据，揭示了肿瘤异质性并预测化疗反应	首次构建了结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并利用多组学数据全面分析了肿瘤异质性，预测了化疗反应和临床预后	NA	开发一种有效的方法来预测结直肠癌肝转移患者的化疗反应和术后预后	结直肠癌肝转移患者及其来源的类器官	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	多组学数据	50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官
332	2024-09-07	Epidermal growth factor induces a trophectoderm lineage transcriptome resembling that of human embryos during reconstruction of blastoids from extended pluripotent stem cells 2022-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13317 PMID:35880490	研究论文	研究通过添加表皮生长因子（EGF）优化人类扩展多能干细胞（EPSC）向滋养层（TE）样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	通过添加EGF，增强了EPSC向TE样细胞的分化，并使重建的胚泡更接近人类胚胎的转录组特征	研究规模较小，需要进一步验证和优化	优化人类扩展多能干细胞向滋养层样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	人类扩展多能干细胞（EPSC）及其向滋养层（TE）样细胞的分化	干细胞生物学	NA	RNA测序	NA	RNA	多个人类多能干细胞（hPSCs）和胚胎样本
333	2024-09-07	PlantPhoneDB: A manually curated pan-plant database of ligand-receptor pairs infers cell-cell communication 2022-11, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13893 PMID:35842742	研究论文	本文开发了一个名为PlantPhoneDB的植物泛数据库，包含大量手动筛选的高可信度配体-受体对，用于推断细胞间通信	首次为植物物种提供了一个可靠的配体-受体相互作用数据库，并开发了相应的R包和可视化功能	NA	开发一个用于推断植物细胞间通信的配体-受体对数据库	植物细胞间的配体-受体对及其在细胞通信中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GSE121619数据集中的拟南芥热激根细胞样本
334	2024-09-07	Bioinformatics roadmap for therapy selection in cancer genomics 2022-11, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13286 PMID:35811332	综述	本文综述了癌症基因组学中治疗选择的生物信息学方法	本文介绍了针对肿瘤异质性的不同类型（如肿瘤间异质性和肿瘤内异质性）的治疗选择策略，并讨论了这些策略如何整合到临床实践中	NA	探讨精准肿瘤学中基于生物信息学工具的治疗选择方法	肿瘤异质性及其对治疗选择的影响	生物信息学	癌症	下一代测序（NGS）	NA	基因组变异数据、表达数据、多组学数据	NA
335	2024-09-07	The Single-Cell Revelation of Thermogenic Adipose Tissue 2022-Oct-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2022.0092 PMID:36254709	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的应用	利用单细胞转录组学技术，揭示了产热脂肪组织的复杂细胞网络和组成动态	NA	总结和评估单细胞转录组学在理解产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的贡献	产热脂肪组织	NA	肥胖	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
336	2024-09-07	A missense variant in the nuclear localization signal of DKC1 causes Hoyeraal-Hreidarsson syndrome 2022-Oct-30, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00335-8 PMID:36309505	研究论文	本文报道了一个位于DKC1基因核定位信号区域的错义突变导致Hoyeraal-Hreidarsson综合征的病例	首次发现DKC1基因核定位信号区域的突变与Hoyeraal-Hreidarsson综合征相关，并提供了治疗方案	样本量较小，仅限于一个家庭的男性兄弟	研究DKC1基因突变在Hoyeraal-Hreidarsson综合征中的作用及潜在治疗方案	DKC1基因突变、Hoyeraal-Hreidarsson综合征患者及其诱导多能干细胞	NA	遗传性皮肤病	单细胞RNA测序、诱导多能干细胞培养	NA	RNA	一个家庭的两位男性兄弟
337	2024-09-07	De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34271-z PMID:36310179	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习框架的空间反卷积算法Bulk2Space，用于在单细胞分辨率下分析批量RNA-seq数据	Bulk2Space能够利用现有的单细胞和空间转录组学参考数据，同时揭示批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	NA	揭示组织分子结构在单细胞分辨率下的空间和细胞异质性，以更好地理解生物和病理过程	批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习框架	RNA-seq数据	来自两个不同小鼠脑区域的批量转录组数据
338	2024-09-07	Deep transfer learning of cancer drug responses by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34277-7 PMID:36310235	研究论文	本文提出了一种名为scDEAL的深度迁移学习框架，用于整合大规模的批量细胞系数据和单细胞RNA测序数据，以预测单细胞水平的癌症药物反应	scDEAL通过整合药物相关的批量RNA-seq数据和scRNA-seq数据，并将训练好的批量RNA-seq模型迁移到scRNA-seq数据上，实现了单细胞水平药物反应的预测	NA	开发计算方法以预测和解释从临床样本收集的单细胞数据中的癌症药物反应	单细胞RNA测序数据和批量基因表达数据	机器学习	癌症	RNA-seq	深度迁移学习框架	基因表达数据	六个scRNA-seq数据集
339	2024-09-07	Single-cell profiling reveals distinct adaptive immune hallmarks in MDA5+ dermatomyositis with therapeutic implications 2022-10-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34145-4 PMID:36309526	研究论文	通过单细胞RNA测序、流式细胞术和多重免疫组化技术，研究了MDA5阳性皮肌炎患者的免疫特征，揭示了其与治疗相关的免疫标志	首次通过单细胞RNA测序等技术详细描述了MDA5阳性皮肌炎的免疫特征，并发现了与预后相关的免疫标志	研究样本仅限于一名患者，可能影响结果的普适性	揭示MDA5阳性皮肌炎的免疫病理特征，并为未来个性化治疗提供基础	MDA5阳性皮肌炎患者的周围B细胞、T细胞及受影响的肺组织	免疫学	皮肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化	NA	RNA	一名患者
340	2024-09-07	Smoking modulates different secretory subpopulations expressing SARS-CoV-2 entry genes in the nasal and bronchial airways 2022-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-17832-6 PMID:36307504	研究论文	研究吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响	首次在大规模队列中比较鼻腔和支气管样本中SARS-CoV-2进入基因的表达差异，并揭示吸烟状态对这些基因表达的影响	研究仅限于鼻腔和支气管样本，未涵盖其他可能影响SARS-CoV-2感染的组织或器官	探讨吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响及其对疾病严重程度的可能影响	鼻腔和支气管通道中的SARS-CoV-2进入基因表达	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	793个鼻腔样本和1673个支气管样本