单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 4053 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-12-11 |
Multiscale PHATE identifies multimodal signatures of COVID-19
2022-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01186-x
PMID:35228707
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Multiscale PHATE的方法，通过扫描数据的所有粒度级别来学习直接预测疾病结果的抽象生物特征 | 提出了Multiscale PHATE方法，结合扩散凝聚过程，能够在不同分辨率下分析数据拓扑结构，从而提取生物学见解 | NA | 开发一种能够处理复杂和高维数据的计算工具，以提取生物学见解 | COVID-19患者的细胞数据，包括5400万细胞来自168名住院患者 | 生物信息学 | COVID-19 | Multiscale PHATE, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单细胞转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq) | NA | 细胞数据 | 5400万细胞来自168名住院患者 | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-12-08 |
Differential expression of single-cell RNA-seq data using Tweedie models
2022-08-15, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9430
PMID:35656596
|
研究论文 | 本文提出使用Tweedie广义线性模型来建模跨平台单细胞RNA测序数据的技术变异性，并比较了其与现有差异表达方法的性能 | 本文提出了一种新的Tweedie广义线性模型和零膨胀Tweedie模型，用于建模单细胞RNA测序数据中的技术变异性和零膨胀现象 | NA | 研究如何更好地识别单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Tweedie广义线性模型 | 基因表达数据 | 使用了合成数据和已发表的基于板和液滴的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-12-08 |
A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike
2022-08-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32232-0
PMID:35927266
|
研究论文 | 研究了SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体起源和特性，特别是针对S蛋白S2亚基上的非中和表位的抗体 | 发现了一类针对SARS-CoV-2 S蛋白S2亚基上非中和表位的抗体，这些表位在疫苗使用的S蛋白从原生预融合状态转变时暴露 | NA | 理解SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体的益处和潜在不足 | SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞的特征和起源 | NA | NA | 流式细胞术和单细胞测序 | NA | 细胞 | 未暴露个体的SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-12-08 |
Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159
PMID:36532041
|
研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化 | 首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化，特别是康复患者的免疫状态 | COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞多组学（全转录组分析和抗体测序） | 贝叶斯网络模型 | 单细胞转录组和表面标记数据 | 33个个体（健康=4，COVID-19阳性=16，COVID-19康复=13），共163,197个细胞（数据质控后124,726个细胞） | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-12-06 |
APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes
2022-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05439-w
PMID:36385529
|
研究论文 | 研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系 | 研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制 | 深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会 | APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析 | NA | 基因表达数据，组织学和脂质组学数据 | 死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-12-06 |
3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk
2022-09-06, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2022.08.014
PMID:36070683
|
研究论文 | 研究通过生成人类胰腺腺泡细胞、α细胞和β细胞的单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率Hi-C数据，揭示了T2D风险的细胞类型特异性调控架构 | 首次利用3D染色质组织图谱揭示了胰腺不同细胞类型在T2D风险中的特异性调控机制 | 研究主要集中在胰腺细胞类型，未涵盖其他可能影响T2D的细胞类型 | 理解糖尿病风险的细胞类型特异性调控架构 | 人类胰腺的腺泡细胞、α细胞和β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、高分辨率Hi-C | NA | 基因组数据 | 4,750个潜在的因果变异-目标基因对，涉及194个T2D GWAS信号 | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-12-06 |
Severe COVID-19 patients display hyper-activated NK cells and NK cell-platelet aggregates
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.861251
PMID:36275702
|
研究论文 | 研究分析了COVID-19患者血液中自然杀伤细胞（NK细胞）的表型和活性，发现严重COVID-19患者显示出超激活的NK细胞和NK细胞-血小板聚集体 | 首次揭示了严重COVID-19患者中NK细胞的超激活状态及其与血小板形成的聚集体，为理解SARS-CoV-2的抗病毒免疫和疾病病理提供了新的视角 | 研究样本主要集中在住院患者，未涵盖轻症或无症状患者，可能影响结果的普适性 | 探讨COVID-19患者中NK细胞的表型变化及其在疾病病理中的作用 | COVID-19患者的NK细胞及其与血小板的相互作用 | 免疫学 | COVID-19 | 流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞毒性杀伤实验 | NA | 血液样本 | 包括住院的COVID-19患者、重症COVID-19患者和出院六周后的COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-11-27 |
Ras drives malignancy through stem cell crosstalk with the microenvironment
2022-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05475-6
PMID:36450983
|
研究论文 | 研究了RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的异常信号交流如何驱动恶性进展 | 揭示了癌症干细胞与微环境之间的动态交流如何促进从良性到恶性鳞状细胞癌的转变 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类癌症 | 探讨RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的信号交流如何驱动恶性进展 | 癌症干细胞与微环境之间的信号交流 | 癌症生物学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞转录组学、染色质景观分析、慢病毒报告基因和谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-11-19 |
scShapes: a statistical framework for identifying distribution shapes in single-cell RNA-sequencing data
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac126
PMID:36691728
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scShapes的统计框架，用于识别单细胞RNA测序数据中的差异分布 | scShapes通过广义线性模型量化基因特异性细胞间变异性，能够检测与平均表达变化无关的细微差异，并识别通过标准方法未发现的生物学相关基因 | NA | 开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-11-19 |
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad086
PMID:37848618
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异 | 发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应 | NA | 探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异 | 灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本 | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-11-19 |
Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad098
PMID:38000911
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute | 提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失表达值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-11-19 |
Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad091
PMID:37889009
|
研究论文 | 介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具 | 开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题 | NA | 开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-11-19 |
Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering
2022-08-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac075
PMID:35946989
|
研究论文 | 提出了一种新的空间转录组数据聚类方法Stardust，通过空间感知模块化优化进行聚类，以提高空间转录组数据的分析效果 | Stardust方法能够灵活地结合空间和转录组信息进行聚类，并提供参数自动调整和无参数版本，动态调整空间信息的贡献 | 尚未明确空间信息与转录组信息结合对聚类结果的具体改进程度 | 改进空间转录组数据的聚类分析，提高后续下游分析的准确性 | 空间转录组数据中的数据点（spots）及其聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 使用了10x Genomics网站上的空间转录组数据集进行评估 | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-11-19 |
scMAPA: Identification of cell-type-specific alternative polyadenylation in complex tissues
2022-04-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac033
PMID:35488860
|
研究论文 | 开发了一种名为scMAPA的计算方法，用于在复杂组织中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化（APA）基因 | scMAPA结合了计算变化点算法和统计模型，避免了现有方法对读取覆盖形状的假设，并能调整不期望的变异来源，提高了灵敏度、鲁棒性和稳定性 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化基因 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）基因在复杂组织中的细胞类型特异性功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 计算变化点算法和统计模型 | RNA测序数据 | 包括人类外周血单核细胞和来自多个区域的小鼠脑组织中的多种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-11-19 |
Triku: a feature selection method based on nearest neighbors for single-cell data
2022-03-12, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac017
PMID:35277963
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Triku的特征选择方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | Triku通过选择在k近邻图中接近的细胞群表达的基因，优先选择定义主要细胞群的基因，从而避免了现有方法对高表达基因的偏倚 | NA | 开发一种新的特征选择方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人工和生物基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-11-19 |
Comparative analysis of common alignment tools for single-cell RNA sequencing
2022-01-27, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac001
PMID:35084033
|
研究论文 | 本文比较了几种常见的单细胞RNA测序数据对齐工具的性能 | 本文首次详细比较了Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry在10X Genomics数据上的表现 | 研究仅限于10X Genomics数据，未涵盖其他测序平台 | 评估不同单细胞RNA测序对齐工具在基因定量、整体性能和差异表达基因检测方面的差异 | Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry五种工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个已发表的人类和小鼠数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-11-17 |
Integrated identification of growth pattern and taxon of bacterium in gut microbiota via confocal fluorescence imaging-oriented single-cell sequencing
2022-Sep, mLife
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mlf2.12041
PMID:38818223
|
研究论文 | 本文提出了一种结合荧光探针标记、共聚焦成像和单细胞测序的综合策略，用于识别小鼠肠道微生物群中细菌的生长模式和分类 | 本文的创新点在于将荧光探针标记、共聚焦成像和单细胞测序相结合，实现了对肠道细菌生长模式和分类的集成识别 | 本文的局限性在于仅在小鼠肠道微生物群中进行了验证，尚未在其他复杂细菌系统中进行广泛应用 | 本文的研究目的是开发一种高通量的方法，用于直接研究肠道微生物群中细菌的体内活动和过程 | 本文的研究对象是小鼠肠道微生物群中的细菌 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 图像 | 小鼠肠道细菌 | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-11-15 |
Effects of Metformin on Modulating the Expression of Brain-related Genes of APP/PS1 Transgenic Mice based on Single Cell Sequencing
2022, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
|
研究论文 | 研究了二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑相关基因表达的调节作用，通过单细胞测序技术分析了其对小鼠认知功能和细胞分化的影响 | 首次通过单细胞测序技术研究二甲双胍对APP/PS1转基因小鼠大脑细胞类型和基因表达的调节作用 | 研究仅限于APP/PS1转基因小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨二甲双胍对阿尔茨海默病模型小鼠大脑基因表达和认知功能的调节作用 | APP/PS1转基因小鼠的大脑细胞和基因表达 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | APP/PS1转基因小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-11-14 |
Kidney single-cell transcriptome profile reveals distinct response of proximal tubule cells to SGLT2i and ARB treatment in diabetic mice
2022-04-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2021.10.013
PMID:34678510
|
研究论文 | 研究了糖尿病小鼠肾脏单细胞转录组在不同药物治疗下的反应 | 揭示了ARBs和SGLT2i对近端小管细胞的不同影响，并发现了一个新的近端小管亚群 | NA | 探讨ARBs和SGLT2i在糖尿病肾病中的保护作用机制 | 糖尿病小鼠的肾脏细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | db/db小鼠和db/m小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-11-13 |
Myoblast deactivation within engineered human skeletal muscle creates a transcriptionally heterogeneous population of quiescent satellite-like cells
2022-05, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 研究优化了在体外培养的人工骨骼肌组织中使人类肌原细胞失活的方法，形成了一种转录异质性的静止卫星细胞群 | 首次在体外人工骨骼肌环境中成功模拟了静止卫星细胞的形成，并利用单细胞RNA测序技术揭示了其转录组变化 | 研究主要集中在体外实验，尚未在体内验证其效果 | 探索在体外人工骨骼肌环境中形成静止卫星细胞的方法，为研究人类肌肉再生和疾病相关的卫星细胞功能障碍提供平台 | 人类肌原细胞和人工骨骼肌组织 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个肌原细胞样本和人工骨骼肌组织样本 | NA | NA | NA | NA |