单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3321 - 3340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3321 | 2024-08-08 |
NewWave: a scalable R/Bioconductor package for the dimensionality reduction and batch effect removal of single-cell RNA-seq data
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac149
PMID:35266509
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研究论文 | 本文介绍了NewWave，一个用于单细胞RNA测序数据降维和批次效应去除的可扩展R/Bioconductor包 | NewWave采用小批量优化方法，能够处理内存外数据，使用户能够分析包含数百万细胞的数据集 | NA | 开发一个可扩展的工具，用于单细胞RNA测序数据的降维和批次效应去除 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 数百万细胞 |
| 3322 | 2024-08-08 |
STRIDE: accurately decomposing and integrating spatial transcriptomics using single-cell RNA sequencing
2022-04-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac150
PMID:35253896
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STRIDE的计算方法，通过利用单细胞转录组学训练的主题轮廓来分解空间混合物中的细胞类型，从而准确估计细胞类型比例并提高空间定位基因和域的识别。 | STRIDE方法通过主题建模技术，能够准确分解和整合空间转录组数据，提高了对稀有细胞类型空间定位的识别能力。 | NA | 开发一种新的计算方法，以克服现有空间转录组技术在单细胞水平上探索细胞定位和相互作用的局限性。 | 空间转录组数据中的细胞类型分解和整合。 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主题建模 | 转录组数据 | NA |
| 3323 | 2024-08-08 |
Keratin filaments mediate the expansion of extra-embryonic membranes in the post-gastrulation mouse embryo
2022-04-04, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108747
PMID:35266581
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研究论文 | 本文通过两光子活体成像技术研究了角质纤维在胚胎后期外胚膜扩张中的作用 | 首次揭示了角质纤维在胚胎外结构扩张中的新作用，并提出了中胚层适应环境的机制 | NA | 探讨角质纤维在胚胎外膜扩张中的作用及其机制 | 小鼠胚胎的中胚层及其外胚膜 | NA | NA | 两光子活体成像技术，单细胞RNA测序 | NA | 图像，RNA序列 | 多个小鼠胚胎 |
| 3324 | 2024-08-08 |
Transcriptome analysis revealed a two-step transformation of vascular smooth muscle cells to macrophage-like cells
2022-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本文通过转录组分析揭示了血管平滑肌细胞向巨噬细胞样细胞的两步转化过程 | 研究首次详细描述了血管平滑肌细胞在特定信号通路抑制下向巨噬细胞样细胞转化的分子机制 | 研究主要基于体外实验和病理样本分析，可能需要进一步的体内实验验证 | 探讨血管平滑肌细胞在相同环境压力下执行不同功能的机制及其向巨噬细胞样细胞转化的细胞重编程过程 | 血管平滑肌细胞及其向巨噬细胞样细胞的转化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3325 | 2024-08-08 |
A single factor elicits multilineage reprogramming of astrocytes in the adult mouse striatum
2022-03-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2107339119
PMID:35254903
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研究论文 | 本研究通过一系列体内筛选实验，揭示单一因子能够诱导成年小鼠纹状体中的星形胶质细胞转化为诱导性神经前体细胞（iNPCs），进而生成神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞 | 发现了在非神经发生区域，单一因子能够诱导成年大脑中的星形胶质细胞转化为多能性前体细胞，这一发现对再生医学具有重要意义 | NA | 探索成年大脑中细胞的可塑性及再生能力 | 成年小鼠纹状体中的星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 3326 | 2024-08-08 |
FibROAD: a manually curated resource for multi-omics level evidence integration of fibrosis research
2022-03-12, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baac015
PMID:35277958
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研究论文 | 本文介绍了FibROAD数据库的开发，该数据库整合了来自文献和多组学数据的纤维化相关疾病的证据 | FibROAD数据库整合了来自多种器官和物种的多组学数据，为纤维化研究提供了全面的证据 | NA | 开发一个开放访问的数据库，以帮助研究人员和临床医生更好地理解和治疗纤维化疾病 | 纤维化相关基因和多组学数据 | 数字病理学 | 纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, MeDIP-seq, MBD-seq | NA | 多组学数据 | 超过4000个样本，来自17种不同器官的5个物种 |
| 3327 | 2024-08-08 |
Subcellular progression of mesenchymal transition identified by two discrete synchronous cell lines derived from the same glioblastoma
2022-Mar-12, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04188-3
PMID:35278143
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研究论文 | 本研究从同一胶质母细胞瘤组织样本中分离并建立了两种具有不同形态和生物学特性的癌细胞系，并通过基因组和转录组分析揭示了它们在间质转化过程中的差异 | 成功分离并建立了两种源自同一胶质母细胞瘤组织的不同癌细胞系，并通过转录组分析揭示了间质转化过程的差异 | NA | 研究胶质母细胞瘤中间质转化的亚细胞过程 | 胶质母细胞瘤的癌细胞系及其间质转化过程 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两种癌细胞系及四份肿瘤样本 |
| 3328 | 2024-08-08 |
Recent advances in the developmental origin of neuroblastoma: an overview
2022-Mar-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-022-02281-w
PMID:35277192
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综述 | 本文综述了神经母细胞瘤（NB）的发育起源及其复杂的表观遗传景观的最新进展 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了参与正常发育和NB癌变的神经嵴细胞后代，并发现了NB特异性调控回路，为设计针对NB遗传和表观遗传决定因素的创新疗法提供了新视角 | NA | 探讨神经母细胞瘤的发育起源及其表观遗传调控机制，以设计新的靶向治疗策略 | 神经母细胞瘤及其发育起源和表观遗传调控机制 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，染色质免疫沉淀测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3329 | 2024-08-08 |
Distinct outcomes, ABL1 mutation profile, and transcriptome features between p190 and p210 transcripts in adult Philadelphia-positive acute lymphoblastic leukemia in the TKI era
2022-Mar-11, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-022-00265-2
PMID:35277197
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研究论文 | 本研究探讨了在酪氨酸激酶抑制剂时代，费城染色体阳性急性淋巴细胞白血病（Ph+ ALL）患者中p190和p210转录本的临床特征、治疗结果、ABL1突变谱和转录组特征的差异 | 首次系统研究了Ph+ ALL患者中p190和p210转录本的差异信号传导和治疗结果，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了两种转录本的转录组特征 | 研究样本量相对较小，且仅包括成人患者 | 探究Ph+ ALL患者中p190和p210转录本的临床特征、治疗结果、ABL1突变谱和转录组特征的差异 | 305名接受化疗加酪氨酸激酶抑制剂治疗的Ph+ ALL成年患者 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 305名患者 |
| 3330 | 2024-08-08 |
Fully-automated and ultra-fast cell-type identification using specific marker combinations from single-cell transcriptomic data
2022-03-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28803-w
PMID:35273156
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研究论文 | 本文开发了一种名为ScType的计算平台，用于基于scRNA-seq数据和细胞标记数据库实现全自动和超快速的细胞类型识别 | ScType平台能够提供无偏见且准确的细胞类型注释，确保正负标记基因在细胞簇和细胞类型中的特异性，并能区分健康和恶性细胞群体 | NA | 开发一种全自动和超快速的细胞类型识别方法 | 人类和小鼠组织的scRNA-seq数据 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 六个scRNA-seq数据集 |
| 3331 | 2024-08-08 |
A comprehensive temporal patterning gene network in Drosophila medulla neuroblasts revealed by single-cell RNA sequencing
2022-03-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28915-3
PMID:35273186
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了果蝇大脑神经母细胞中的全面时间模式基因网络 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了一系列先前未知的时间转录因子（TTFs），并实验验证了它们在时间模式和神经元特化中的作用 | NA | 揭示果蝇神经母细胞中时间模式基因网络的完整性和调控机制 | 果蝇大脑神经母细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 所有年龄段的果蝇大脑神经母细胞 |
| 3332 | 2024-08-08 |
Myoepithelial progenitors as founder cells of hyperplastic human breast lesions upon PIK3CA transformation
2022-03-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03161-x
PMID:35273332
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研究论文 | 研究评估了人类乳腺中的肌上皮（MEP）前体细胞在PIK3CA致癌转化中的作用 | 通过单细胞RNA测序和多色成像技术，揭示了终端导管是具有导管MEP标记的细胞的最丰富来源，并提出了一个模型，其中空间分布的MEP前体细胞作为双相乳腺病变的发起细胞 | NA | 评估肌上皮前体细胞在PIK3CA致癌转化中的作用及其对乳腺病变的影响 | 人类乳腺中的肌上皮前体细胞及其在PIK3CA转化后的表现 | 数字病理学 | 乳腺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 涉及多种标记的细胞样本 |
| 3333 | 2024-08-08 |
Selective pressure of endocrine therapy activates the integrated stress response through NFκB signaling in a subpopulation of ER positive breast cancer cells
2022-03-09, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-022-01515-1
PMID:35264224
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研究论文 | 本文研究了内分泌治疗对ER阳性乳腺癌细胞中NFκB信号通路和整合应激反应的影响 | 首次揭示了内分泌治疗通过NFκB信号激活整合应激反应，促进ER阳性乳腺癌细胞中NFκB阳性细胞群的生存和扩展 | 需要进一步研究如何针对NFκB和ISR信号的细胞群进行有效治疗 | 探讨乳腺癌细胞在内分泌治疗压力下的生存机制，以改善患者预后 | ER阳性乳腺癌细胞中的NFκB信号通路和整合应激反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序和生物信息学方法 | NA | RNA | 涉及乳腺癌细胞系和患者来源的模型 |
| 3334 | 2024-08-08 |
Uncovering the molecular identity of cardiosphere-derived cells (CDCs) by single-cell RNA sequencing
2022-03-08, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-022-00913-y
PMID:35258704
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究心脏来源细胞（CDCs）的分子特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了CDCs的分子身份，并发现CXCL6作为CDCs的新特异性标记物 | 研究主要集中在体外实验和分子层面，未涉及CDCs在体内的长期效果和临床应用 | 探索心脏来源细胞（CDCs）的分子身份及其在疾病治疗中的潜在作用 | 心脏来源细胞（CDCs）及其与心脏非肌细胞和非造血细胞的比较 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（sc-RNAseq） | NA | RNA序列数据 | 包括婴儿和成人的CDCs样本 |
| 3335 | 2024-08-08 |
Data mining of bulk and single-cell RNA sequencing introduces OBI1-AS1 as an astrocyte marker with possible role in glioma recurrence and progression
2022-03-08, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-022-01260-4
PMID:35260196
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序数据挖掘，揭示了OBI1-AS1作为星形胶质细胞标记物在胶质瘤复发和进展中的潜在作用 | 首次发现OBI1-AS1作为星形胶质细胞的高度特异性标记物，并探讨了其在胶质瘤进展中的分子机制 | NA | 探索胶质瘤中差异表达的长非编码RNA（LncRNA），以揭示胶质瘤进展的分子机制 | OBI1-AS1在胶质瘤中的表达及其作为星形胶质细胞标记物的潜在作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序, ChIP-Seq, Hi-C, 甲基化测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 3336 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas of the myometrium in human parturition
2022-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.153921
PMID:35260533
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，对人类分娩期间子宫肌层的细胞类型特异性转录组活动进行了全面研究 | 首次建立了人类子宫肌层的单细胞图谱，揭示了分娩过程中不同细胞类型的转录组活动变化 | NA | 探究人类分娩期间子宫肌层细胞的基础生物学过程 | 人类子宫肌层在自然分娩期间的细胞类型及其转录组活动 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 包括平滑肌细胞、单核细胞/巨噬细胞、基质细胞和内皮细胞等多种细胞类型 |
| 3337 | 2024-08-08 |
MQuad enables clonal substructure discovery using single cell mitochondrial variants
2022-03-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28845-0
PMID:35260582
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research paper | 本文介绍了一种名为MQuad的开源计算工具，用于在单细胞RNA或DNA测序数据中准确识别克隆相关的线粒体DNA变异，并提供完整的克隆性推断分析套件。 | MQuad工具在识别线粒体变异方面具有高灵敏度和特异性，显著优于现有方法，并能广泛适用于不同的单细胞测序协议，补充单核苷酸和拷贝数变异以提取更精细的克隆分辨率。 | NA | 开发一种能够准确识别单细胞测序数据中线粒体DNA变异的计算工具，并进行克隆性推断。 | 单细胞RNA、DNA或ATAC测序数据中的线粒体DNA变异。 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing, single-cell DNA sequencing, ATAC sequencing | NA | sequencing data | 多种模拟和实验单细胞测序数据 |
| 3338 | 2024-08-08 |
Efficient prediction of a spatial transcriptomics profile better characterizes breast cancer tissue sections without costly experimentation
2022-03-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-07685-4
PMID:35260632
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research paper | 本文展示了一种深度学习模型DeepSpaCE，能够预测未测量区域和组织中的空间基因表达，从而增强生物学家对组织学解释的理解 | 开发了DeepSpaCE模型，能够使用未标记的组织学图像进行半监督学习，提高了连续组织切片中的插补准确性，适用于小样本量 | NA | 开发一种高效的方法来预测空间转录组学特征，以更好地表征乳腺癌组织切片，无需昂贵的实验 | 乳腺癌组织切片的空间转录组学特征 | digital pathology | breast cancer | spatial transcriptomics | Deep learning model | image | 连续的人类乳腺癌组织切片 |
| 3339 | 2024-08-08 |
A high-resolution view of intra-tumoral B cell immunity
2022-03-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2022.02.009
PMID:35263565
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研究论文 | 本文利用空间转录组学技术研究肿瘤内三级淋巴结构中的B细胞免疫 | 首次详细描述了B细胞在肿瘤内三级淋巴结构中的扩展、成熟为浆细胞、迁移路径及其产生的IgG抗体对癌细胞的作用 | NA | 探讨肿瘤内B细胞免疫的详细机制 | 肿瘤内三级淋巴结构中的B细胞 | 免疫学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3340 | 2024-08-08 |
TraSig: inferring cell-cell interactions from pseudotime ordering of scRNA-Seq data
2022-03-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02629-7
PMID:35255944
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TraSig的计算方法，用于利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的动态信息改进细胞间相互作用的推断 | TraSig方法能够识别具有相似轨迹的重要配体-受体对，并用于评分相互作用的细胞集群，相较于先前的方法提供了更独特的预测 | NA | 改进scRNA-Seq研究中细胞间相互作用的推断 | scRNA-Seq数据中的细胞间相互作用 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 多个scRNA-Seq数据集 |