单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3221 - 3240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3221 | 2024-08-08 |
Research Techniques Made Simple: Spatial Transcriptomics
2022-04, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.12.014
PMID:35331388
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综述 | 本文综述了空间转录组学（ST）方法，总结了数据分析方法，包括与单细胞转录组学数据的整合，并讨论了其在皮肤病学研究中的应用 | 空间转录组学技术保留了RNA分子在原位的空间上下文，使得能够在完整组织中定位细胞类型及其相关基因表达 | NA | 探讨空间转录组学技术在理解皮肤稳态和疾病中微环境模式和细胞间相互作用的应用 | 空间转录组学技术及其在皮肤病学研究中的应用 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | NA |
| 3222 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas of non-haematopoietic cells in human lymph nodes and lymphoma reveals a landscape of stromal remodelling
2022-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-00866-3
PMID:35332263
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研究论文 | 本文构建了人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的单细胞转录组图谱，揭示了基质重塑的景观 | 本文首次揭示了淋巴瘤中非造血细胞的30个不同亚群，包括一些先前未被识别的亚群，并发现了亚群特异性的基因表达变化和与恶性细胞的相互作用 | NA | 深入理解淋巴瘤中的基质重塑，并发现潜在的临床生物标志物 | 非造血细胞在人类淋巴结和淋巴瘤中的活动 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过100,000个非造血细胞，来自27个人类样本 |
| 3223 | 2024-08-08 |
A vasculature niche orchestrates stromal cell phenotype through PDGF signaling: Importance in human fibrotic disease
2022-03-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2120336119
PMID:35320046
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、时间飞行流式细胞术、组织成像和功能实验，揭示了Dupuytren病（一种常见的局部纤维化疾病）中的复杂血管微环境，并阐明了内皮细胞如何指导功能性不同的基质细胞分化，从而调控纤维化微环境。 | 本研究首次揭示了Dupuytren病中的血管微环境及其在纤维化过程中的作用，为靶向血管信号控制人类纤维化进程提供了理论基础。 | NA | 探讨血管微环境在人类纤维化疾病中的作用及其调控机制。 | Dupuytren病中的血管微环境及其对基质细胞分化的影响。 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、时间飞行流式细胞术 | NA | 组织图像 | NA |
| 3224 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration
2022-03-28, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001
PMID:35316618
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细分析了斑马鱼感觉毛细胞再生的基因表达动态过程 | 首次在斑马鱼中以高时空分辨率揭示了感觉毛细胞再生的三个连续激活阶段 | NA | 探究斑马鱼感觉毛细胞再生的基因表达动态过程 | 斑马鱼感觉毛细胞的再生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 3225 | 2024-08-08 |
Statistical and machine learning methods for spatially resolved transcriptomics data analysis
2022-03-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02653-7
PMID:35337374
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综述 | 本文综述了空间转录组学中统计和机器学习方法的最新进展，总结了有用的资源，并强调了面临的挑战和机遇 | 随着空间转录组技术的发展和测序协议的演变，需要重新评估和调整现有分析方法的假设以适应数据复杂性的增加 | NA | 促进和辅助未来空间转录组学模型的发展 | 空间转录组学数据的分析方法 | 机器学习 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3226 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of adult rat testes after Leydig cell elimination and restoration
2022-03-25, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-022-01225-5
PMID:35338159
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年大鼠睾丸在莱迪细胞消除和恢复后的基因表达变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术来研究大鼠睾丸在莱迪细胞消除和恢复过程中的基因表达变化 | NA | 探究莱迪细胞产生的睾酮在精子发生过程中的作用机制 | 成年大鼠睾丸中的莱迪细胞和发育中的生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 10,983个成年大鼠睾丸细胞 |
| 3227 | 2024-08-08 |
Single cell transcriptional diversity and intercellular crosstalk of human liver cancer
2022-03-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-04689-w
PMID:35322024
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析评估了15名肝癌患者的转录多样性，并探讨了肿瘤微环境介导的肝癌转录多样性的机制 | 首次揭示了肿瘤相关成纤维细胞通过COL1A1-ITGA2与高度异质性肿瘤细胞相互作用，并提出COL1A1介导的YAP信号激活可能是肿瘤相关成纤维细胞与肿瘤细胞之间增加转录多样性的机制 | NA | 探讨肝癌中肿瘤微环境介导的转录多样性机制 | 肝癌患者的肿瘤细胞和肿瘤相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 15名肝癌患者 |
| 3228 | 2024-08-08 |
Identification of hub genes for adult patients with sepsis via RNA sequencing
2022-03-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-09175-z
PMID:35332254
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研究论文 | 通过RNA测序和构建microRNA-mRNA-PPI网络，筛选出与成人脓毒症预后相关的潜在枢纽基因，并研究这些枢纽基因在外周血单核细胞中的定位 | 首次通过RNA测序和生物信息学方法，构建了microRNA-mRNA-PPI网络，并鉴定了与脓毒症预后可能相关的枢纽基因及其负相关的microRNAs | 需要进一步的实验验证 | 筛选与成人脓毒症预后相关的潜在枢纽基因 | 成人脓毒症患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA测序 | NA | 基因和microRNA数据 | 33名受试者的外周血样本，包括23名成人脓毒症患者和10名健康个体 |
| 3229 | 2024-08-08 |
R code and downstream analysis objects for the scRNA-seq atlas of normal and tumorigenic human breast tissue
2022-03-23, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-022-01236-2
PMID:35322042
|
研究论文 | 本文提供了大规模单细胞RNA表达图谱的R代码和下游分析对象，涵盖正常、癌前和肿瘤状态的人类乳腺组织 | 提供了质量过滤阈值、下游处理的R数据对象、完整的细胞注释和R代码，以重现所有分析 | NA | 理解乳腺及其周围微环境在不同状态下的细胞多样性，以洞察乳腺癌的发展 | 人类乳腺组织的单细胞RNA表达图谱 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞表达数据 | 近430,000个细胞，来自55名患者的69个不同的手术组织样本 |
| 3230 | 2024-08-08 |
Adipose-derived mesenchymal stem cells may reduce intestinal epithelial damage in ulcerative colitis by communicating with macrophages and blocking inflammatory pathways: an analysis in silico
2022-03-22, Aging
DOI:10.18632/aging.203964
PMID:35315792
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据分析，探讨了脂肪间充质干细胞通过与巨噬细胞交流阻断炎症途径，从而减轻溃疡性结肠炎中的肠道上皮损伤的可能性 | 利用单细胞测序技术和生物信息学分析，揭示了脂肪间充质干细胞与巨噬细胞之间的交流机制，及其在溃疡性结肠炎中的潜在治疗作用 | 研究主要基于计算模拟和生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探讨脂肪间充质干细胞在溃疡性结肠炎中的作用机制 | 脂肪间充质干细胞、巨噬细胞和肠道上皮细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 18个溃疡性结肠炎样本和12个健康对照样本，以及来自3名健康女性捐赠者的脂肪间充质干细胞 |
| 3231 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing analysis reveals MYH9 promotes renal cell carcinoma development and sunitinib resistance via AKT signaling pathway
2022-Mar-22, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-022-00933-6
PMID:35318312
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了透明细胞肾细胞癌组织及其邻近正常组织的基因表达，发现MYH9通过AKT信号通路促进肾细胞癌发展和舒尼替尼耐药性 | 首次揭示MYH9通过AKT信号通路在肾细胞癌发展和舒尼替尼耐药性中的作用，并提出MYH9作为肾细胞癌的新治疗靶点和预后预测因子 | NA | 探讨MYH9在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对舒尼替尼治疗反应的影响 | 透明细胞肾细胞癌组织及其邻近正常组织的单细胞基因表达 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类透明细胞肾细胞癌组织及其邻近正常组织的单细胞 |
| 3232 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics identifies potential cells of origin of MYC rhabdoid tumors
2022-03-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29152-4
PMID:35318328
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，确定了MYC横纹肌肉瘤的潜在细胞起源，并验证了DNA去甲基化药物在治疗这种疾病中的临床相关性。 | 首次通过单细胞分析确定了SHH和MYC亚组的横纹肌肉瘤的细胞起源，并验证了胚胎原始生殖细胞作为MYC横纹肌肉瘤的起源细胞。 | NA | 揭示横纹肌肉瘤的细胞起源并探索DNA甲基转移酶抑制剂的临床应用。 | 横纹肌肉瘤的细胞起源及治疗策略。 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了多种基因工程小鼠模型进行研究。 |
| 3233 | 2024-08-08 |
A 3D transcriptomics atlas of the mouse nose sheds light on the anatomical logic of smell
2022-03-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110547
PMID:35320714
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，创建了小鼠嗅粘膜的3D基因表达图谱，揭示了气味受体基因在嗅粘膜中的空间分布规律 | 首次通过3D转录组学图谱展示了小鼠嗅粘膜中气味受体基因及其相关基因的空间分布，为嗅觉的分子结构和逻辑提供了新的见解 | NA | 解析小鼠嗅粘膜的分子结构，并探讨其与嗅觉感知机制的关系 | 小鼠嗅粘膜中的气味受体基因及其空间分布 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅粘膜样本 |
| 3234 | 2024-08-08 |
ZFP541 maintains the repression of pre-pachytene transcriptional programs and promotes male meiosis progression
2022-03-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110540
PMID:35320728
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研究论文 | 本文报道了ZFP541在维持中期双线期后DNA双链断裂（DSB）形成的抑制中的不可或缺作用，并通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序数据分析，揭示了ZFP541在双线期精母细胞中作为转录调控因子的功能。 | 首次揭示了ZFP541在双线期精母细胞中通过绑定到前期双线期基因的启动子，维持其抑制状态，从而确保减数分裂进程的新机制。 | NA | 探讨ZFP541在男性减数分裂进程中的生物学意义及其调控机制。 | ZFP541在小鼠中的功能及其对减数分裂进程的影响。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq） | NA | RNA，染色质 | 小鼠中的Zfp541基因缺失样本 |
| 3235 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic landscapes of the otic neuronal lineage at multiple early embryonic ages
2022-03-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110542
PMID:35320729
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了小鼠内耳组织在三个胚胎发育阶段（E9.5、E11.5和E13.5）的转录组特征 | 研究首次详细揭示了早期胚胎发育阶段内耳神经发生的分子机制，并提出了一个普遍的级联分化轨迹 | NA | 探讨早期胚胎发育阶段内耳神经发生的分子机制 | 小鼠内耳的神经元前体细胞和分化中的前庭神经元及螺旋神经节神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及三个胚胎发育阶段的小鼠内耳组织样本 |
| 3236 | 2024-08-08 |
CAISC: A software to integrate copy number variations and single nucleotide mutations for genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing
2022-Mar-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04625-x
PMID:35313800
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研究论文 | 开发了一种名为CAISC的R包软件，用于通过单细胞RNA测序数据整合拷贝数变异和单核苷酸变异，以研究肿瘤内异质性和检测亚克隆群 | CAISC软件首次实现了在同一细胞中整合拷贝数变异和单核苷酸变异数据，提高了亚克隆识别和分配的准确性 | NA | 开发一种能够整合拷贝数变异和单核苷酸变异数据的软件，以提高肿瘤内异质性和亚克隆检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的拷贝数变异和单核苷酸变异 | 生物信息学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因型矩阵 | 涉及模拟数据和四个真实数据集 |
| 3237 | 2024-08-08 |
scINSIGHT for interpreting single-cell gene expression from biologically heterogeneous data
2022-03-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02649-3
PMID:35313930
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研究论文 | 本文提出了一种名为scINSIGHT的方法，用于从来自多种生物条件的异质单细胞样本中解释单细胞基因表达模式 | scINSIGHT能够学习不同生物条件下共同的或特定的基因表达模式，并识别跨单细胞样本的细胞身份和过程 | NA | 开发一种适用于异质单细胞样本的集成分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3238 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal reprogramming of differentiated cells underlies regeneration and neoplasia in the intestinal epithelium
2022-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29165-z
PMID:35314700
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研究论文 | 本文探讨了哺乳动物肠道上皮在不同细胞毒性损伤后的再生能力及其潜在机制 | 本文首次鉴定了细胞周期依赖性激酶抑制剂p57作为肠道隐窝中静止细胞群的特异性标记，并揭示了这些细胞在正常条件下作为肠内分泌/簇细胞前体，在损伤后分化并充当条件性干细胞支持再生的能力 | NA | 研究肠道上皮细胞在损伤后的再生机制及其在肿瘤形成中的作用 | 肠道上皮细胞及其在再生和肿瘤形成中的角色 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3239 | 2024-08-08 |
Inferring Time-Lagged Causality Using the Derivative of Single-Cell Expression
2022-Mar-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23063348
PMID:35328768
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研究论文 | 本研究提出了一种名为CITL的方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断时间滞后的因果关系 | CITL方法通过评估基因表达水平的变化与当前表达水平之间的条件独立性，来推断时间滞后的因果关系 | NA | 开发一种新方法来推断单细胞RNA测序数据中的时间滞后因果关系 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在真实数据中推断出878对时间滞后的因果关系 |
| 3240 | 2024-08-08 |
Emerging Roles of Airway Epithelial Cells in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2022-03-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11061050
PMID:35326501
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综述 | 本文综述了特发性肺纤维化（IPF）中气道上皮细胞的结构、功能和细胞类型组成的改变，并探讨了气道上皮细胞在IPF发病机制中的重要作用 | 本文基于最新的临床、高分辨率成像、遗传学和单细胞RNA测序数据，全面概述了气道上皮细胞在IPF发病机制中的遗传和机制证据 | NA | 探讨气道上皮细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用，并提出潜在的治疗途径 | 特发性肺纤维化（IPF）中的气道上皮细胞 | NA | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |