单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 3201 - 3220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3201 | 2024-08-08 |
TWO-SIGMA-G: a new competitive gene set testing framework for scRNA-seq data accounting for inter-gene and cell-cell correlation
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac084
PMID:35325048
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研究论文 | 本文提出了一个新的竞争性基因集测试框架TWO-SIGMA-G，用于处理scRNA-seq数据中的基因间和细胞间相关性 | TWO-SIGMA-G采用基于先前发布的TWO-SIGMA的混合效应回归模型，能够灵活处理复杂实验设计，考虑生物重复间的相关性，并适应scRNA-seq数据的分布，以提高统计推断的准确性。此外，TWO-SIGMA-G还采用了一种新颖的方法来调整基因集级别的基因间相关性（IGC），以控制集级别的假阳性率 | NA | 开发一种新的竞争性基因集测试框架，以提高scRNA-seq数据分析的准确性和效率 | scRNA-seq数据中的基因集测试 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 混合效应回归模型 | 基因表达数据 | 涉及两个数据集，分别用于分析HIV相关干扰素通路在小鼠异种移植模型和人类阿尔茨海默病进展相关通路 |
| 3202 | 2024-08-08 |
Key benefits of dexamethasone and antibody treatment in COVID-19 hamster models revealed by single-cell transcriptomics
2022-05-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2022.03.014
PMID:35339689
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组学分析了地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体在COVID-19仓鼠模型中的治疗效果 | 揭示了地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体联合治疗在减少肺部病毒负担和抑制炎症反应中的协同效应 | 研究仅限于仓鼠模型，可能需要进一步的人体试验验证 | 更好地理解地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体对COVID-19感染和宿主反应的影响 | COVID-19仓鼠模型中的肺部免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了两个COVID-19仓鼠模型 |
| 3203 | 2024-08-08 |
Genetic mosaicism in the human brain: from lineage tracing to neuropsychiatric disorders
2022-05, Nature reviews. Neuroscience
DOI:10.1038/s41583-022-00572-x
PMID:35322263
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综述 | 本文综述了遗传嵌合现象在人脑中的研究进展，及其对神经发育和神经精神疾病的潜在影响 | 利用下一代和单细胞测序技术研究正常组织中的遗传嵌合现象，揭示了前所未有的克隆结构和生理学见解 | NA | 探讨遗传嵌合现象在人脑发育和疾病中的作用 | 人脑中的遗传嵌合现象及其对神经发育和神经精神疾病的影响 | NA | 自闭症谱系障碍 | 下一代测序技术，单细胞测序技术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 3204 | 2024-08-08 |
Kidney Decellularized Extracellular Matrix Enhanced the Vascularization and Maturation of Human Kidney Organoids
2022-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202103526
PMID:35322595
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研究论文 | 本研究使用肾脏去细胞化细胞外基质（dECM）水凝胶培养由人多能干细胞（hPSCs）衍生的肾脏类器官，这些类器官具有广泛的血管网络和自身的内皮细胞 | 本研究首次报道了使用肾脏dECM水凝胶培养的肾脏类器官具有更成熟的肾小球发育模式，并且与人类肾脏的相似度更高 | NA | 研究旨在提高肾脏类器官的血管化和成熟度，以应用于疾病模型和再生医学 | 人多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 再生医学 | 肾脏疾病 | CRISPR/Cas9 | NA | 单细胞转录组 | 使用α-半乳糖苷酶A（GLA）敲除的hPSCs生成的肾脏类器官 |
| 3205 | 2024-08-08 |
Correlation Imputation for Single-Cell RNA-seq
2022-05, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0403
PMID:35325552
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中的相关性填补方法 | 提出了针对单细胞RNA测序数据的相关性填补技术 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据的完整性和分析准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3206 | 2024-08-08 |
Rapid identification of tumor-reactive T-cell receptors by RNA preamplification-based single-cell sequencing
2022-05, Journal of immunological methods
IF:1.6Q4
DOI:10.1016/j.jim.2022.113260
PMID:35331733
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研究论文 | 本研究通过在单细胞TCR测序中加入基于RNA的预扩增步骤，提出了一种快速且成本效益高的肿瘤反应性T细胞受体识别方法 | 本研究引入了一种基于RNA的预扩增步骤，减少了多重PCR扩增的轮次，并且cDNA产物来源于整个基因组的mRNA，而非仅基于多重引物的DNA预扩增的TCR mRNA | NA | 开发一种快速且成本效益高的测序策略，用于实体肿瘤的TCR-T疗法 | 肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的肿瘤反应性T细胞受体（TCRs） | 数字病理学 | 恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | RNA | NA |
| 3207 | 2024-08-08 |
ARCANE-ROG: Algorithm for reconstruction of cancer evolution from single-cell data using robust graph learning
2022-05, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2022.104055
PMID:35337943
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研究论文 | 本文提出了一种基于鲁棒图学习的单细胞数据癌症进化重建算法ARCANE-ROG | ARCANE-ROG方法通过联合去噪和数据插补框架以及最小生成树算法，提高了从单细胞数据中推断克隆进化的性能 | NA | 旨在从单细胞数据中推断肿瘤细胞的克隆进化，以改善癌症患者的治疗反应和生存率 | 单细胞数据中的肿瘤细胞克隆进化 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序技术 | 图学习 | 单细胞数据 | 使用了模拟数据集和五个真实数据集进行验证 |
| 3208 | 2024-08-08 |
pRB-Depleted Pluripotent Stem Cell Retinal Organoids Recapitulate Cell State Transitions of Retinoblastoma Development and Suggest an Important Role for pRB in Retinal Cell Differentiation
2022-04-29, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szac008
PMID:35325233
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研究论文 | 本文通过建立两种疾病模型，研究了视网膜母细胞瘤（Rb）发展过程中的细胞状态转变，并探讨了pRB在视网膜细胞分化中的重要作用。 | 本文首次使用pRB耗竭的人胚胎干细胞系和患者特异性诱导多能干细胞系建立视网膜类器官模型，揭示了pRB在视网膜细胞分化中的关键作用，并发现了Rb样簇和新的细胞标记物。 | NA | 研究视网膜母细胞瘤发展过程中的细胞状态转变及其机制。 | 视网膜母细胞瘤的细胞状态转变和pRB在视网膜细胞分化中的作用。 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了pRB耗竭的人胚胎干细胞系和患者特异性诱导多能干细胞系。 |
| 3209 | 2024-08-08 |
One-step induction of photoreceptor-like cells from human iPSCs by delivering transcription factors
2022-Apr-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103987
PMID:35330684
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研究论文 | 本文开发了一种新方法，通过引入转录因子CRX和NEUROD1，从人类诱导多能干细胞（iPSCs）中一步诱导生成类似光感受器的细胞（iPRCs） | 该方法简化了光感受器细胞的分化过程，从多步骤减少到一步，并成功生成了表达光感受器标记的iPRCs | NA | 开发一种简化的方法来生成光感受器细胞，以促进相关研究和疾病模型及药物发现的应用 | 人类诱导多能干细胞（iPSCs）和光感受器细胞（PRCs） | 干细胞研究 | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3210 | 2024-08-08 |
Coupling of angiogenesis and odontogenesis orchestrates tooth mineralization in mice
2022-04-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20211789
PMID:35319724
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研究论文 | 本文通过建立一种成像技术，以单细胞分辨率可视化小鼠牙齿血管的三维结构，并结合单细胞RNA测序，揭示了血管生成与牙生成在牙齿矿化过程中的耦合机制。 | 本文首次鉴定了一种独特的内皮细胞亚型——牙周尖端样内皮细胞，这些细胞在牙生成过程中表现出高度的血管生成活性和可塑性，并通过代谢组学分析证实了这些血管在牙生成中的磷酸盐输送作用。 | NA | 揭示血管生成与牙生成在牙齿矿化过程中的耦合机制。 | 小鼠牙齿的血管结构及其在牙生成中的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 单细胞水平 |
| 3211 | 2024-08-08 |
Markers of rejection of a lung allograft: state of the art
2022-04, Biomarkers in medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.2217/bmm-2021-1013
PMID:35315284
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综述 | 本文综述了用于发现肺移植排斥标志物的新兴和现有技术，包括表观遗传修饰和单细胞RNA测序 | 介绍了利用新技术如表观遗传修饰和单细胞RNA测序来发现新的生物标志物 | NA | 探讨早期诊断或预测慢性肺同种异体移植物功能障碍（CLAD）的生物标志物研究现状 | 肺移植排斥的生物标志物 | NA | 肺移植 | 表观遗传修饰、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 3212 | 2024-08-08 |
New insights into Human Hematopoietic Stem and Progenitor Cells via Single-Cell Omics
2022-04, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-022-10330-2
PMID:35318612
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研究论文 | 本文通过单细胞组学技术深入研究了人类造血干细胞和祖细胞的异质性及其在疾病发展中的作用 | 利用单细胞RNA测序和多组学技术揭示了人类造血干细胞和祖细胞在发育过程中的不同分化路径，并发现了新的细胞群体 | NA | 探索造血干细胞和祖细胞在单细胞层面的广泛临床应用潜力 | 人类造血干细胞和祖细胞及其在疾病发展中的作用 | NA | 血液疾病 | 单细胞RNA测序，多组学技术 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 3213 | 2024-08-08 |
Research Techniques Made Simple: Spatial Transcriptomics
2022-04, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.12.014
PMID:35331388
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综述 | 本文综述了空间转录组学（ST）方法，总结了数据分析方法，包括与单细胞转录组学数据的整合，并讨论了其在皮肤病学研究中的应用 | 空间转录组学技术保留了RNA分子在原位的空间上下文，使得能够在完整组织中定位细胞类型及其相关基因表达 | NA | 探讨空间转录组学技术在理解皮肤稳态和疾病中微环境模式和细胞间相互作用的应用 | 空间转录组学技术及其在皮肤病学研究中的应用 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | NA |
| 3214 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas of non-haematopoietic cells in human lymph nodes and lymphoma reveals a landscape of stromal remodelling
2022-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-00866-3
PMID:35332263
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研究论文 | 本文构建了人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的单细胞转录组图谱，揭示了基质重塑的景观 | 本文首次揭示了淋巴瘤中非造血细胞的30个不同亚群，包括一些先前未被识别的亚群，并发现了亚群特异性的基因表达变化和与恶性细胞的相互作用 | NA | 深入理解淋巴瘤中的基质重塑，并发现潜在的临床生物标志物 | 非造血细胞在人类淋巴结和淋巴瘤中的活动 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过100,000个非造血细胞，来自27个人类样本 |
| 3215 | 2024-08-08 |
A vasculature niche orchestrates stromal cell phenotype through PDGF signaling: Importance in human fibrotic disease
2022-03-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2120336119
PMID:35320046
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、时间飞行流式细胞术、组织成像和功能实验，揭示了Dupuytren病（一种常见的局部纤维化疾病）中的复杂血管微环境，并阐明了内皮细胞如何指导功能性不同的基质细胞分化，从而调控纤维化微环境。 | 本研究首次揭示了Dupuytren病中的血管微环境及其在纤维化过程中的作用，为靶向血管信号控制人类纤维化进程提供了理论基础。 | NA | 探讨血管微环境在人类纤维化疾病中的作用及其调控机制。 | Dupuytren病中的血管微环境及其对基质细胞分化的影响。 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、时间飞行流式细胞术 | NA | 组织图像 | NA |
| 3216 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration
2022-03-28, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001
PMID:35316618
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细分析了斑马鱼感觉毛细胞再生的基因表达动态过程 | 首次在斑马鱼中以高时空分辨率揭示了感觉毛细胞再生的三个连续激活阶段 | NA | 探究斑马鱼感觉毛细胞再生的基因表达动态过程 | 斑马鱼感觉毛细胞的再生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 3217 | 2024-08-08 |
Statistical and machine learning methods for spatially resolved transcriptomics data analysis
2022-03-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02653-7
PMID:35337374
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综述 | 本文综述了空间转录组学中统计和机器学习方法的最新进展，总结了有用的资源，并强调了面临的挑战和机遇 | 随着空间转录组技术的发展和测序协议的演变，需要重新评估和调整现有分析方法的假设以适应数据复杂性的增加 | NA | 促进和辅助未来空间转录组学模型的发展 | 空间转录组学数据的分析方法 | 机器学习 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3218 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of adult rat testes after Leydig cell elimination and restoration
2022-03-25, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-022-01225-5
PMID:35338159
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年大鼠睾丸在莱迪细胞消除和恢复后的基因表达变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术来研究大鼠睾丸在莱迪细胞消除和恢复过程中的基因表达变化 | NA | 探究莱迪细胞产生的睾酮在精子发生过程中的作用机制 | 成年大鼠睾丸中的莱迪细胞和发育中的生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 10,983个成年大鼠睾丸细胞 |
| 3219 | 2024-08-08 |
Single cell transcriptional diversity and intercellular crosstalk of human liver cancer
2022-03-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-04689-w
PMID:35322024
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析评估了15名肝癌患者的转录多样性，并探讨了肿瘤微环境介导的肝癌转录多样性的机制 | 首次揭示了肿瘤相关成纤维细胞通过COL1A1-ITGA2与高度异质性肿瘤细胞相互作用，并提出COL1A1介导的YAP信号激活可能是肿瘤相关成纤维细胞与肿瘤细胞之间增加转录多样性的机制 | NA | 探讨肝癌中肿瘤微环境介导的转录多样性机制 | 肝癌患者的肿瘤细胞和肿瘤相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 15名肝癌患者 |
| 3220 | 2024-08-08 |
Identification of hub genes for adult patients with sepsis via RNA sequencing
2022-03-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-09175-z
PMID:35332254
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研究论文 | 通过RNA测序和构建microRNA-mRNA-PPI网络，筛选出与成人脓毒症预后相关的潜在枢纽基因，并研究这些枢纽基因在外周血单核细胞中的定位 | 首次通过RNA测序和生物信息学方法，构建了microRNA-mRNA-PPI网络，并鉴定了与脓毒症预后可能相关的枢纽基因及其负相关的microRNAs | 需要进一步的实验验证 | 筛选与成人脓毒症预后相关的潜在枢纽基因 | 成人脓毒症患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA测序 | NA | 基因和microRNA数据 | 33名受试者的外周血样本，包括23名成人脓毒症患者和10名健康个体 |