单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3181	2024-08-08	Epigenetic alterations at distal enhancers are linked to proliferation in human breast cancer 2022-Mar, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcac008 PMID:35350772	研究论文	本文通过整合DNA甲基化和基因表达数据进行全基因组表达-甲基化数量性状位点（emQTL）分析，以识别受表观遗传控制的疾病驱动通路	本文首次报道了在侵袭性乳腺癌肿瘤中，增强子甲基化在驱动增殖的转录因子结合位点的全基因组丢失，并伴随增殖相关基因的高表达	NA	研究乳腺癌中表观遗传改变与细胞增殖之间的关系	乳腺癌中的DNA甲基化、基因表达及细胞增殖	数字病理学	乳腺癌	DNA甲基化测序	NA	基因表达数据	NA
3182	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview 2022-03, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.694 PMID:35352511	综述	本文简要概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在生物学和医学领域的应用	scRNA-seq技术能够揭示单个细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，以及高度组织化的组织/器官/生物体中不同细胞类型和功能的组成	尽管scRNA-seq技术在各个领域展示了巨大的潜力，但仍存在一些挑战需要克服，如技术实施中的关键步骤和数据处理的复杂性	旨在提供scRNA-seq技术的简要概述，并解释其在理解健康和疾病中的关键应用	单细胞RNA测序技术及其在生物学和医学领域的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
3183	2024-08-08	Ferroptosis-associated molecular classification characterized by distinct tumor microenvironment profiles in colorectal cancer 2022, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.69808 PMID:35342352	研究论文	本研究通过综合分析转录组学、基因组学和单细胞转录组数据，揭示了结直肠癌中与铁死亡相关的分子分类及其与肿瘤微环境的关系	首次识别出三种与铁死亡相关的簇（FAC1、FAC2和FAC3），并发现它们与不同的临床结果和生物学途径相关	NA	探讨铁死亡相关基因在免疫调节和肿瘤微环境形成中的潜在作用	结直肠癌中的铁死亡相关模式	数字病理学	结直肠癌	转录组学、基因组学、单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1251个结直肠癌样本
3184	2024-08-08	Antibody-Oligonucleotide Conjugation Using a SPAAC Copper-Free Method Compatible with 10× Genomics' Single-Cell RNA-Seq 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_6 PMID:35344168	研究论文	本文介绍了一种无铜点击化学方法用于生成抗体-寡核苷酸复合物，并展示了其在10×基因组学液滴法单细胞RNA测序工作流程中的应用	提出了一种无铜点击化学方法，用于高效且成本效益地结合蛋白质组学和转录组学分析	NA	开发一种新的方法，用于在单细胞分析中结合细胞表面蛋白质组数据和基因表达分析	抗体-寡核苷酸复合物及其在单细胞RNA测序中的应用	基因组学	NA	无铜点击化学	NA	RNA-seq	NA
3185	2024-08-08	Methods to Analyze the Developmental Trajectory of Human Primary NK Cells Using Monocle and SCENIC Analyses 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_7 PMID:35344169	研究论文	本文描述了使用Monocle和SCENIC分析方法来分析人类原代NK细胞发育轨迹的单细胞RNA测序和生物信息学分析策略	开发了独特的方法来确定人类NK细胞的转录组特征，并提供了数据分析路线图	NA	旨在更好地理解人类NK细胞亚群的单细胞转录组及其在临床治疗中的应用	人类原代NK细胞及其在抗肿瘤和抗病毒效应功能中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人类外周血中NK细胞占淋巴细胞总数的10-20%
3186	2024-08-08	Methods for Isolating and Defining Single-Cell Transcriptomes of Tissue-Resident Human NK Cells 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_8 PMID:35344170	研究论文	本文提供了分离和分析组织驻留人NK细胞单细胞转录组的方法	使用单细胞RNA测序技术，提高了细胞异质性的分辨率，并更好地理解了细胞间的相互作用	目前对组织驻留NK细胞的发育、归巢和功能了解不足，限制了特定器官临床治疗的发展	定义组织驻留NK细胞的转录组特征和转录调控	组织驻留人NK细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
3187	2024-08-08	Bioinformatics Analysis Combined With Experiments Predicts PUDP as a Potential Prognostic Biomarker for Hepatocellular Carcinoma Through Its Interaction With Tumor Microenvironment 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.830174 PMID:35350563	研究论文	本研究通过生物信息学分析结合实验，预测PUDP作为肝细胞癌的潜在预后生物标志物，并通过其与肿瘤微环境的相互作用进行验证	首次揭示PUDP在肝细胞癌中的潜在致癌作用及其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的正相关性	研究主要基于生物信息学分析和有限的实验验证，需要进一步的临床试验验证	探索PUDP作为肝细胞癌预后生物标志物的潜在作用及其与肿瘤微环境的关系	PUDP在肝细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗反应的关系	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	15对肝细胞癌和正常邻近组织样本
3188	2024-08-08	Upregulation of MTA1 in Colon Cancer Drives A CD8+ T Cell-Rich But Classical Macrophage-Lacking Immunosuppressive Tumor Microenvironment 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.825783 PMID:35350571	研究论文	本研究探讨了MTA1蛋白在结直肠癌中的上调如何影响肿瘤微环境，特别是肿瘤相关巨噬细胞和细胞毒性T淋巴细胞的作用	首次揭示了MTA1在结直肠癌中通过调节肿瘤相关巨噬细胞影响肿瘤微环境的机制	NA	阐明MTA1在结直肠癌肿瘤微环境中的调控作用及其对细胞毒性T淋巴细胞抗肿瘤效应的影响	MTA1蛋白、肿瘤相关巨噬细胞、细胞毒性T淋巴细胞	数字病理学	结直肠癌	免疫组化染色、流式细胞术、生物信息学分析	NA	组织、细胞	结直肠癌组织阵列、HCT116细胞、TCGA结直肠癌队列和单细胞RNA测序数据
3189	2024-08-08	Metabolic Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid in Coronavirus Disease 2019 at Single Cell Resolution 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.829760 PMID:35350779	研究论文	本文通过重新分析单细胞RNA测序数据中的代谢相关基因谱，描绘了冠状病毒病2019患者支气管肺泡灌洗液免疫细胞的代谢景观，并阐明了可能导致COVID-19进展和细胞因子风暴的代谢重塑机制	本文首次揭示了COVID-19患者免疫细胞中增强的糖酵解是最重要的共同代谢特征，并识别了CCL2 T细胞、高SPP1表达的2组巨噬细胞和髓样树突状细胞是感染肺组织产生细胞因子风暴的主要贡献者	NA	阐明COVID-19患者免疫细胞的代谢特征及其在疾病进展和细胞因子风暴中的作用	冠状病毒病2019患者的支气管肺泡灌洗液免疫细胞	数字病理学	冠状病毒病2019	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
3190	2024-08-08	Molecular Characterization of Differentiated-Resistance MSC Subclones by Single-Cell Transcriptomes 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.699144 PMID:35356283	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了间充质干细胞（MSCs）中分化抵抗亚克隆的分子特征及其在肿瘤发生中的作用	首次在单细胞水平上揭示了分化抵抗的间充质干细胞（DR-MSCs）与肿瘤启动细胞的相似性，并探讨了YAP1信号通路在其中的作用	NA	探讨间充质干细胞中分化抵抗亚克隆的分子机制及其在肿瘤发生中的作用	间充质干细胞（MSCs）的分化抵抗亚克隆	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	56个临床队列
3191	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Revealed a 3-Gene Panel Predicted the Diagnosis and Prognosis of Thyroid Papillary Carcinoma and Associated With Tumor Immune Microenvironment 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.862313 PMID:35359404	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）筛选甲状腺乳头状癌（PTC）的预后相关基因，并基于TCGA-THCA数据构建诊断和预后模型，评估肿瘤免疫微环境与预后模型的关联。	本研究首次通过scRNA-seq技术筛选出与PTC预后相关的三个基因（FN1, CLU, ANXA1），并构建了基于这些基因的诊断和预后模型，同时探讨了肿瘤免疫微环境与预后模型的关联。	本研究主要基于公共数据库和TCGA-THCA数据进行分析，需要进一步的临床验证来证实模型的准确性和实用性。	筛选甲状腺乳头状癌的预后相关基因，构建诊断和预后模型，并评估肿瘤免疫微环境与预后模型的关联。	甲状腺乳头状癌（PTC）及其免疫微环境。	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	20例肿瘤组织及相邻正常组织
3192	2024-08-08	Chicken Peripheral Blood Mononuclear Cells Response to Avian Leukosis Virus Subgroup J Infection Assessed by Single-Cell RNA Sequencing 2022, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2022.800618 PMID:35359721	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了感染禽白血病病毒J亚群的鸡外周血单个核细胞的反应	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了鸡外周血单个核细胞在禽白血病病毒J亚群感染后的细胞亚群及其分子和细胞特征	NA	旨在确定鸡外周血单个核细胞的亚群及其在禽白血病病毒J亚群感染后的特定分子和细胞特征	鸡外周血单个核细胞在禽白血病病毒J亚群感染后的反应	数字病理学	禽病	单细胞RNA测序	NA	RNA	感染和未感染禽白血病病毒J亚群的鸡的外周血单个核细胞
3193	2024-08-08	Integrated Analysis Highlights the Immunosuppressive Role of TREM2+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.848367 PMID:35359989	研究论文	本研究系统分析了人类肝细胞癌组织中的单细胞转录组，发现TREM2主要由肿瘤组织中富集的脂质相关巨噬细胞亚群表达，并探讨了其在肝细胞癌中的免疫抑制作用。	首次系统揭示了TREM2在肝细胞癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用，并阐明了其与不良临床预后的关联。	研究主要基于单细胞转录组分析和免疫组化，未来需更多体内外实验验证TREM2 LAM-like细胞的具体功能和机制。	探讨TREM2信号在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对患者预后的影响。	肝细胞癌组织中的TREM2+巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多个肝细胞癌患者组织的单细胞转录组数据
3194	2024-08-08	Dietary Fiber as a Counterbalance to Age-Related Microglial Cell Dysfunction 2022, Frontiers in nutrition IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fnut.2022.835824 PMID:35360677	研究论文	研究通过增加饮食纤维来预防或逆转与年龄相关的微胶质细胞功能障碍	首次探讨了饮食纤维中的菊粉对老年小鼠微胶质细胞功能的影响，并通过单细胞RNA测序和基因表达分析验证了其效果	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨饮食纤维对年龄相关微胶质细胞功能障碍的影响	成年和老年小鼠的微胶质细胞	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠各若干只
3195	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Integration Analysis Reveals the Correlation Between Mesenchymal Stromal Cells and Fibroblasts 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.798331 PMID:35360851	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了间充质干细胞与成纤维细胞之间的相关性	首次通过单细胞转录组测序数据整合分析，揭示了间充质干细胞与成纤维细胞之间的细胞亚群差异及其分子机制	研究仅限于人类脐带和包皮间充质干细胞以及骨髓和脂肪间充质干细胞的数据，可能需要更多样本类型以验证结果的普适性	探究间充质干细胞与成纤维细胞之间的细胞亚群差异及其分子机制	人类脐带和包皮间充质干细胞以及骨髓和脂肪间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	人类脐带和包皮间充质干细胞以及骨髓和脂肪间充质干细胞的单细胞转录组数据
3196	2024-08-08	Cell Differentiation Trajectory in Liver Cirrhosis Predicts Hepatocellular Carcinoma Prognosis and Reveals Potential Biomarkers for Progression of Liver Cirrhosis to Hepatocellular Carcinoma 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.858905 PMID:35360852	研究论文	本研究利用单细胞分化轨迹分析探讨了肝硬化与肝细胞癌的相关性，并揭示了潜在的生物标志物。	首次通过单细胞RNA测序数据分析肝硬化细胞分化轨迹，预测肝细胞癌的预后，并构建了基于CD34和RAMP3的预后风险评分签名。	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性。	探索肝硬化进展为肝细胞癌的分子机制，并寻找潜在的预后生物标志物。	肝硬化和肝细胞癌的单细胞RNA测序数据及临床数据。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）和The Cancer Genome Atlas（TCGA）的肝硬化和肝细胞癌样本数据。
3197	2024-08-08	Single Cell Transcriptome Sequencing of Zebrafish Testis Revealed Novel Spermatogenesis Marker Genes and Stronger Leydig-Germ Cell Paracrine Interactions 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.851719 PMID:35360857	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了斑马鱼睾丸中的14,315个单细胞，揭示了新的精子发生标记基因及Leydig细胞与生殖细胞间的强旁分泌相互作用	首次在斑马鱼中应用单细胞RNA测序技术研究睾丸细胞组成及其基因调控，并发现了数千个细胞类型特异性新标记基因	NA	研究斑马鱼精子发生过程及其在人类不孕研究中的应用潜力	斑马鱼睾丸中的单细胞及其转录组	数字病理学	不孕症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	14,315个来自成年雄性斑马鱼睾丸的单细胞
3198	2024-08-08	Identification of Prognosis Biomarkers for High-Grade Serous Ovarian Cancer Based on Stemness 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.861954 PMID:35360863	研究论文	本研究通过整合TCGA、UCSC Xena和GEO的批量RNA-Seq样本及单细胞RNA-Seq数据，识别高级别浆液性卵巢癌的干细胞标志物和生存相关标志物	采用新的分析流程结合批量RNA-Seq样本、mRNA表达型干细胞指数和单细胞数据，识别出171个关键基因和一种重要的癌症干细胞亚群	NA	探索卵巢癌中的干细胞群体并提供潜在的治疗建议	高级别浆液性卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	来自TCGA、UCSC Xena和GEO的癌症样本
3199	2024-08-08	A Multi-Omics Pan-Cancer Analysis of 4EBP1 in Cancer Prognosis and Cancer-Associated Fibroblasts Infiltration 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.845751 PMID:35360872	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了4EBP1 mRNA、4EBP1蛋白及其磷酸化形式在泛癌中的预后价值及其与癌症相关成纤维细胞（CAFs）浸润的关系	首次系统分析了4EBP1及其磷酸化形式在泛癌中的表达与预后关系，并探讨了其与CAFs浸润的关联	研究主要基于TCGA数据库，可能存在样本选择偏倚；实验验证仅通过免疫组化染色进行，未进行更深入的功能验证	探究4EBP1在泛癌中的预后价值及其与CAFs浸润的关系	4EBP1 mRNA、4EBP1蛋白及其磷酸化形式在多种癌症中的表达与预后	数字病理学	泛癌	多组学分析、单细胞测序、免疫组化染色	NA	mRNA、蛋白	基于TCGA项目的多种癌症样本
3200	2024-08-08	Lactobacillus paracasei BD5115-Derived 2-Hydroxy-3-Methylbutyric Acid Promotes Intestinal Epithelial Cells Proliferation by Upregulating the MYC Signaling Pathway 2022, Frontiers in nutrition IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fnut.2022.799053 PMID:35369066	研究论文	本研究从人乳样本中分离出一株乳酸菌BD5115，并通过高脂饮食的小鼠模型证实其代谢物2-羟基-3-甲基丁酸促进肠道上皮细胞增殖，揭示了MAFF/MBP1相互作用介导的MYC信号通路调控机制。	本研究不仅筛选出一株能促进肠道上皮细胞增殖的菌株，还发现了一条新的信号通路，即MAFF/MBP1相互作用调控基因表达。	许多关于益生菌和益生元的研究仍局限于观察人体队列和动物表型，其分子机制有待进一步探索。	探索益生菌代谢物对健康的分子调控机制。	乳酸菌BD5115的代谢物及其对肠道上皮细胞增殖的影响。	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型