单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-09-06	AntiSplodge: a neural-network-based RNA-profile deconvolution pipeline designed for spatial transcriptomics 2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac073 PMID:36225530	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络的RNA表达谱反卷积管道AntiSplodge，用于空间转录组学研究	提出了一种简单、快速且直观的反卷积管道，利用合成空间转录组数据进行有效反卷积	NA	开发一种高效的反卷积工具，用于解析空间转录组数据中的细胞类型	人类心脏和小鼠大脑的空间转录组数据	空间转录组学	NA	RNA-seq	前馈神经网络	RNA表达谱	人类心脏和小鼠大脑的多个时间点样本
302	2024-09-06	Tumor microbiome links cellular programs and immunity in pancreatic cancer 2022-10-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.009 PMID:36220074	研究论文	本文通过单细胞分析技术研究了胰腺癌中的肿瘤微生物组与宿主细胞和免疫系统的相互作用	开发了单细胞分析宿主-微生物组相互作用（SAHMI）计算管道，用于从宿主组织的单细胞测序中恢复和去噪微生物信号	NA	研究肿瘤微生物组在胰腺癌中的作用及其对肿瘤发生和抗肿瘤反应的影响	胰腺癌患者的肿瘤微生物组及其与宿主细胞和免疫系统的相互作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	两个胰腺癌患者队列
303	2024-09-06	Transcriptome Analysis Identifies Accumulation of Natural Killer Cells with Enhanced Lymphotoxin-β Expression during Glioblastoma Progression 2022-Oct-07, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14194915 PMID:36230839	研究论文	本文通过转录组分析，研究了胶质母细胞瘤进展过程中自然杀伤细胞的积累及其淋巴毒素-β表达的增强	本文整合了多个小鼠和人类数据集，采用无假设的探索性方法，发现了自然杀伤细胞亚群的积累及其淋巴毒素-β基因的上调，并验证了其与胶质母细胞瘤区域的相关性	本文主要基于小鼠和人类数据集的整合分析，未涉及临床试验验证	研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的变化，寻找潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤及其相关的免疫细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个小鼠和人类数据集
304	2024-09-06	Deciphering transcriptome alterations in bone marrow hematopoiesis at single-cell resolution in immune thrombocytopenia 2022-10-07, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01167-9 PMID:36202780	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫性血小板减少症（ITP）患者骨髓中CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转录组变化，揭示了ITP中巨核细胞生成缺陷的机制	首次在单细胞分辨率下解析了ITP患者骨髓中HSPCs的转录组变化，并发现了与ITP相关的巨核细胞前体（MkP）亚群及其特定基因表达模式	研究仅限于ITP患者，未探讨其他血液疾病或健康对照的比较	探究免疫性血小板减少症（ITP）中巨核细胞生成缺陷的分子机制	ITP患者骨髓中的CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	ITP患者和健康对照（HCs）的骨髓样本
305	2024-09-06	SoloTE for improved analysis of transposable elements in single-cell RNA-Seq data using locus-specific expression 2022-10-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04020-5 PMID:36202992	研究论文	本文介绍了一种名为SoloTE的管道，用于改进单细胞RNA-Seq数据中转座元件的分析，通过引入位点特异性表达	SoloTE管道在计算资源方面优于现有方法，并允许在scRNA-Seq表达矩阵中包含位点特异性转座元件活性	NA	开发一种改进的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的转座元件表达	转座元件在不同细胞组中的转录活性及其对基因表达的潜在影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	多个数据集
306	2024-09-06	Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer 2022-10-05, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1248 PMID:35849783	研究论文	研究通过单细胞测序分析了胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的状态轨迹	首次通过单细胞转录组和T细胞受体分析，揭示了胰腺癌中TIL的20种细胞状态及其异质性分布	研究样本量有限，且仅限于胰腺导管腺癌（PDAC），可能无法完全代表所有胰腺癌类型	生成胰腺癌中T细胞亚群的参考框架，为未来的免疫治疗提供依据	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	80,000个T细胞，来自57个PDAC样本和22个未受累/正常样本
307	2024-09-06	Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer 2022-10-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01150-4 PMID:36195615	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了小细胞肺癌的肿瘤异质性	揭示了小细胞肺癌中恶性细胞的多样性状态，并发现了非神经内分泌肿瘤与免疫检查点抑制剂反应的关系	样本量相对较小，仅包括11名患者	深入理解小细胞肺癌的生物学特性，并为开发新的治疗方法提供基础	小细胞肺癌患者的原发肿瘤和匹配的正常邻近组织	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	约5000个单细胞，来自11名小细胞肺癌患者
308	2024-09-06	Scalable workflow for characterization of cell-cell communication in COVID-19 patients 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010495 PMID:36197936	研究论文	本文开发了一种可扩展的工作流程，用于识别COVID-19患者中不同疾病结果下细胞间的差异性相互作用	提出了一个通用且可扩展的工作流程，用于分析COVID-19患者中细胞间相互作用的差异	研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据集，可能无法完全代表所有COVID-19患者的细胞间相互作用	理解COVID-19患者中细胞间相互作用的模式，并探索这些模式与疾病严重程度的关系	COVID-19患者的细胞间相互作用	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	211个个体样本
309	2024-09-06	Variant calling enhances the identification of cancer cells in single-cell RNA sequencing data 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010576 PMID:36191033	研究论文	本文通过结合变异检测和潜在驱动变异的识别，扩展了现有方法，以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别	本文创新性地将变异检测引入单细胞RNA测序数据分析，以识别潜在的驱动变异，从而提高癌细胞的识别准确性	本文未详细讨论变异检测方法的具体局限性，以及在不同类型癌症样本中的适用性	本文旨在通过结合变异检测，扩展现有方法以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别	本文研究对象为单细胞RNA测序数据中的癌细胞和正常细胞	基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
310	2024-09-06	The Polar Fox Lagoon in Siberia harbours a community of Bathyarchaeota possessing the potential for peptide fermentation and acetogenesis 2022-Oct, Antonie van Leeuwenhoek DOI:10.1007/s10482-022-01767-z PMID:35947314	研究论文	研究分析了西伯利亚北极狐泻湖沉积物中十九个Bathyarchaeota的草图基因组，揭示了这些古菌在低温缺氧环境中的代谢潜力	首次详细分析了北极狐泻湖沉积物中Bathyarchaeota的基因组，揭示了其潜在的肽发酵和乙酸生成能力	缺乏对这些古菌代谢途径的完整理解，特别是氢代谢和共生关系的证据不足	研究Bathyarchaeota在北极狐泻湖沉积物中的代谢潜力及其对温室气体排放的影响	北极狐泻湖沉积物中的Bathyarchaeota	NA	NA	宏基因组学和单细胞测序	NA	基因组	十九个草图基因组
311	2024-09-06	Fast and highly sensitive full-length single-cell RNA sequencing using FLASH-seq 2022-10, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01312-3 PMID:35637419	研究论文	介绍了一种名为FLASH-seq的单细胞全长RNA测序方法，该方法比Smart-seq3具有更高的灵敏度和更短的操作时间	FLASH-seq方法能够在约4.5小时内完成整个测序过程，易于自动化和小型化，减少资源消耗，并能使用独特分子标识符（UMIs）进行分子计数，同时减少链入侵伪影	NA	开发一种快速且高灵敏度的单细胞全长RNA测序方法	单细胞RNA测序方法的灵敏度和操作时间	基因测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
312	2024-09-06	Clinical and Prognostic Value of PPIA, SQSTM1, and CCL20 in Hepatocellular Carcinoma Patients by Single-Cell Transcriptome Analysis 2022-09-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11193078 PMID:36231045	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌患者中的临床和预后价值	本文首次通过单细胞转录组分析揭示了PPIA、SQSTM1和CCL20与肝细胞癌患者总体生存率的关联，并构建了一个高预测性和准确性的风险诺模图	本文未详细讨论单细胞转录组分析的技术局限性以及诺模图在实际临床应用中的验证情况	研究PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌中的临床和预后价值，并开发新的诊断标志物	肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	诺模图	转录组数据	涉及肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据
313	2024-09-06	Spatially specific mechanisms and functions of the plant circadian clock 2022-09-28, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiac236 PMID:35640123	综述	本文综述了植物昼夜节律钟的空间特异性机制和功能	利用单细胞时间流逝显微镜和单细胞RNA测序等新技术，揭示了植物昼夜节律钟在器官、组织和细胞类型中的高度特异性	NA	探讨植物昼夜节律钟的空间特异性功能及其对植物适应性的影响	植物的昼夜节律钟及其在不同器官、组织和细胞类型中的调控机制	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
314	2024-09-06	Transcriptomics and RNA-Based Therapeutics as Potential Approaches to Manage SARS-CoV-2 Infection 2022-Sep-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231911058 PMID:36232363	研究论文	本文探讨了转录组学和基于RNA的疗法在管理SARS-CoV-2感染中的潜在应用	本文介绍了转录组学方法在监测、检测、诊断和治疗SARS-CoV-2中的临床应用，并讨论了RNA疗法与SARS-CoV-2的关系	NA	探讨转录组学和基于RNA的疗法在管理SARS-CoV-2感染中的应用	SARS-CoV-2病毒及其感染过程	数字病理学	COVID-19	转录组学	NA	转录组数据	NA
315	2024-09-06	Comparative single-cell transcriptional atlases of Babesia species reveal conserved and species-specific expression profiles 2022-09, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001816 PMID:36137068	研究论文	本文比较了三种巴贝斯虫属物种的单细胞转录组图谱，揭示了保守和物种特异的表达谱	本文首次应用单细胞RNA测序技术对三种巴贝斯虫属物种进行研究，构建了伪同步的时间进程基因表达谱，并识别了协调表达的基因簇和物种特异的共表达网络	由于巴贝斯虫属寄生虫的同步化限制，无法获得精细的时间进程转录组资源	研究巴贝斯虫属寄生虫的无性血液感染阶段的复制周期进展和调控	巴贝斯虫属的三种物种（B. divergens, B. bovis, 和 B. bigemina）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯图形模型	基因表达数据	三种巴贝斯虫属物种的单细胞样本
316	2024-09-06	Single-cell immune repertoire sequencing of B and T cells in murine models of infection and autoimmunity 2022-09, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-022-00180-w PMID:36028771	研究论文	本文研究了在小鼠感染和自身免疫模型中单细胞免疫组库中B细胞和T细胞的转录组和免疫组库信息	利用单细胞测序技术，同时获取了适应性免疫受体序列和转录组信息，揭示了克隆扩增、胚系基因使用和克隆趋同性与细胞表型之间的关系	NA	研究小鼠模型中感染和自身免疫状态下B细胞和T细胞的免疫组库和转录组信息	小鼠模型中的B细胞和T细胞，包括T滤泡辅助细胞、CD8+ T细胞和神经系统中的B细胞和T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	转录组数据和免疫组库数据	涉及多种小鼠模型中的B细胞和T细胞样本
317	2024-09-06	Statistical analysis of spatially resolved transcriptomic data by incorporating multiomics auxiliary information 2022-07-30, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac095 PMID:35731210	研究论文	本文提出了一种结合多组学辅助信息的空间转录组数据统计分析方法	扩展了OrderShapeEM方法，使其能够整合多个外部组学研究的信息，从而提高空间表达模式检测的统计效能	NA	提高空间转录组数据分析中的统计效能，同时控制错误发现率	空间转录组数据和外部多组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学、RNA测序	OrderShapeEM	转录组数据	NA
318	2024-09-06	Circadian Regulator CLOCK Drives Immunosuppression in Glioblastoma 2022-06-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0559 PMID:35413115	研究论文	研究揭示了生物钟调节因子CLOCK及其异二聚体伙伴BMAL1在胶质母细胞瘤干细胞中驱动免疫抑制的分子机制	首次揭示了CLOCK-BMAL1复合物通过调控LGMN和OLFML3在胶质母细胞瘤干细胞中驱动免疫抑制的新机制	研究主要基于小鼠模型和人类数据集，需要进一步的临床验证	探讨胶质母细胞瘤中癌症干细胞与肿瘤微环境相互作用的分子机制	胶质母细胞瘤干细胞、CLOCK、BMAL1、LGMN、OLFML3等	NA	脑癌	转录组分析、单细胞RNA测序、TCGA数据集分析	NA	转录组数据、单细胞RNA数据	小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
319	2024-09-06	Dormant Nfatc1 reporter-marked basal stem/progenitor cells contribute to mammary lobuloalveoli formation 2022-Mar-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103982 PMID:35310332	研究论文	研究了休眠的Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞在乳腺小叶形成中的作用	首次揭示了Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞在乳腺小叶形成中的作用，并发现这些细胞在怀孕期间迅速分裂并参与小叶发育	研究主要集中在怀孕期间的乳腺发育，未涉及其他生理状态下的情况	探讨休眠的乳腺基底干细胞/祖细胞在怀孕期间乳腺小叶形成中的作用	Nfatc1报告基因标记的基底干细胞/祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个怀孕期间的乳腺样本
320	2024-09-06	Sox13 is a novel flow-sensitive transcription factor that prevents inflammation by repressing chemokine expression in endothelial cells 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.979745 PMID:36247423	研究论文	本文研究了Sox13作为新型流量敏感转录因子在抑制内皮细胞炎症和化学因子表达中的作用	首次发现Sox13作为流量敏感转录因子，通过抑制化学因子表达来预防内皮细胞炎症	研究主要基于小鼠部分颈动脉结扎模型和培养的人主动脉内皮细胞，未涉及其他动物模型或临床数据	探讨Sox13在流量敏感条件下对内皮细胞炎症和化学因子表达的调控机制	内皮细胞、化学因子表达、炎症反应	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、染色质可及性测序（scATACseq）、RNA测序（RNAseq）	NA	基因表达数据	小鼠部分颈动脉结扎模型、培养的人主动脉内皮细胞（HAECs）