单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3161 - 3180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3161 | 2024-08-08 |
Ly49E separates liver ILC1s into embryo-derived and postnatal subsets with different functions
2022-05-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20211805
PMID:35348580
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，揭示了肝脏ILC1s可以根据Ly49E表达分为两个具有独特转录和表型特征的亚群 | 首次阐明了肝脏ILC1s的Ly49E+和Ly49E-亚群具有不同的起源和功能，分别为胚胎来源和出生后发展，且偏向于新生儿先天性或成人免疫记忆反应 | NA | 探究肝脏ILC1s的细胞异质性及其功能 | 肝脏ILC1s的Ly49E+和Ly49E-亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 3162 | 2024-08-08 |
Methods for predicting single-cell miRNA in breast cancer
2022-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110353
PMID:35364269
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研究论文 | 本文介绍了用于预测乳腺癌中单细胞miRNA表达水平的计算方法 | 开发了一种基于富集的方法来估计miRNA表达，考虑了miRNA-mRNA调控信息和miRNA-mRNA相关信号，并使用机器学习模型进一步推断miRNA表达 | 方法的准确性和鲁棒性需要通过模拟单细胞数据进行验证 | 旨在开发和验证用于预测单细胞miRNA表达水平的方法 | 乳腺癌中的单细胞miRNA表达 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA测序 | 机器学习模型 | 数据 | 涉及三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA-seq数据 |
| 3163 | 2024-08-08 |
Role of FSCN1 in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma
2022-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2022.152206
PMID:35367835
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研究论文 | 本研究探讨了FSCN1在肺鳞状细胞癌（LUSC）肿瘤微环境中的作用 | 首次揭示了FSCN1作为LUSC中的关键免疫基因，并探讨了其与免疫浸润和炎症因子的关联 | NA | 研究FSCN1在LUSC肿瘤微环境中的作用及其潜在的治疗靶点 | FSCN1在LUSC肿瘤微环境中的表达及其对肿瘤细胞增殖、抗凋亡、迁移和侵袭的影响 | 数字病理学 | 肺癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、定量逆转录PCR（qRT-PCR）、免疫组织化学、基因表达谱交互分析（GEPIA）、肿瘤免疫评估资源（TIMER）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3164 | 2024-08-08 |
Fate mapping and scRNA sequencing reveal origin and diversity of lymph node stromal precursors
2022-04-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2022.03.002
PMID:35358427
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研究论文 | 本文通过谱系追踪和单细胞转录组分析，揭示了淋巴结间质前体的起源和多样性 | 首次确定了淋巴结间质和内皮祖细胞的起源，并展示了间质多样性在淋巴结发育早期就已开始 | NA | 确定淋巴结间质和内皮祖细胞的起源、转录谱和组成 | 淋巴结间质细胞和内皮祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 3165 | 2024-08-08 |
Neutrophils direct preexisting matrix to initiate repair in damaged tissues
2022-04, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01166-6
PMID:35354953
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研究论文 | 本文通过标记小鼠腹膜、肝脏和盲肠周围的细胞外基质，展示了预先存在的基质如何在不同损伤模型中跨器官转移到伤口中，并探讨了这一过程对组织愈合的影响。 | 首次揭示了中性粒细胞依赖HSF-整合素AM/B2-kindlin3通路转移预先存在的基质，这一发现为减少多种条件下瘢痕形成提供了治疗窗口。 | NA | 探究内部器官在受伤后如何通过新的结缔组织进行愈合，并阐明其中的细胞和分子事件。 | 小鼠的腹膜、肝脏和盲肠在受伤后的愈合过程。 | NA | NA | 蛋白质组学、遗传谱系追踪、选择性损伤、单细胞RNA测序、遗传和化学筛选。 | NA | 细胞外基质、RNA序列。 | 小鼠模型。 |
| 3166 | 2024-08-08 |
Genetic instability from a single S phase after whole-genome duplication
2022-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04578-4
PMID:35355016
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研究论文 | 本文研究了人类细胞在全基因组复制后第一个S期中的DNA损伤情况及其机制 | 首次揭示了四倍体细胞在第一个间期中DNA复制动力学受到干扰，导致DNA复制不足和过度复制区域的出现 | NA | 探讨全基因组复制后四倍体细胞在第一个间期中的遗传不稳定性及其对肿瘤发生的影响 | 人类细胞在全基因组复制后的DNA复制过程 | NA | 癌症 | DNA梳理和单细胞测序 | NA | DNA | NA |
| 3167 | 2024-08-08 |
Training can't always lead to Olympic macrophages
2022-04-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI158468
PMID:35362477
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研究论文 | 本研究通过结合体外训练免疫模型与单细胞RNA测序，探讨了训练免疫诱导后人类单核细胞的异质性 | 首次详细描述了训练免疫诱导后单核细胞的三种不同转录组特征，并发现淋巴细胞在单核细胞微环境中的存在显著影响训练免疫 | 细胞和分子机制的理解尚不完全，需要进一步深入分析 | 探讨训练免疫诱导后免疫细胞的异质性及其在疾病治疗中的潜在应用 | 人类单核细胞及其在训练免疫中的表现 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多种人类疾病或接种卡介苗个体的单核细胞 |
| 3168 | 2024-08-08 |
Non-linear archetypal analysis of single-cell RNA-seq data by deep autoencoders
2022-04, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010025
PMID:35363784
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度自编码器的单细胞非线性原型分析方法scAAnet，用于识别基因表达程序并推断其在细胞间的相对活性 | scAAnet通过引入基于计数分布的损失项和原型约束，能够处理原始计数数据的稀疏性和过度分散性，并提取生物学上有意义的基因表达程序 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序数据发现细胞类型间的连续状态和共享的基因表达程序 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 使用了公开的单细胞RNA测序数据集，包括胰腺胰岛数据集、肺特发性肺纤维化数据集和前额叶皮质数据集 |
| 3169 | 2024-08-08 |
Chaperone-mediated autophagy plays an important role in regulating retinal progenitor cell homeostasis
2022-04-01, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-022-02809-z
PMID:35365237
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研究论文 | 研究IFITM3在鼠神经视网膜祖细胞中的功能及其调控机制 | 发现IFITM3通过伴侣介导的自噬（CMA）而非巨自噬（MA）调节鼠神经视网膜祖细胞的存活和增殖 | NA | 探索IFITM3在鼠神经视网膜祖细胞中的功能和调控机制 | 鼠神经视网膜祖细胞（mNRPCs） | NA | NA | 单细胞测序, RNA干扰, CCK-8检测, RNA-seq, 实时定量PCR, 免疫荧光检测, 蛋白质印迹, 自噬流检测 | NA | 单细胞测序数据, mRNA表达数据, 蛋白质水平数据 | NA |
| 3170 | 2024-08-08 |
Genetic characteristics involving the PD-1/PD-L1/L2 and CD73/A2aR axes and the immunosuppressive microenvironment in DLBCL
2022-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004114
PMID:35365585
|
研究论文 | 本研究通过全外显子测序和靶向深度测序探讨了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中PD-1/PD-L1/L2和CD73/A2aR轴的遗传特征及其对免疫抑制微环境的影响 | 发现SP140是PD-L1的新型易位伙伴，并检测到PD-L1和PD-L2之间的新倒位，两者均导致PD-L1表达上调 | 未提及 | 研究DLBCL中PD-1/PD-L1/L2和CD73/A2aR轴的遗传特征及其对免疫抑制微环境的影响 | 弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的PD-1/PD-L1/L2和CD73/A2aR轴 | NA | 淋巴瘤 | 全外显子测序、靶向深度测序、RNA测序、单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 未提及具体样本数量 |
| 3171 | 2024-08-08 |
Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer
2022-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29366-6
PMID:35365629
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研究论文 | 本文通过单细胞和空间分析，揭示了结直肠癌中FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的相互作用 | 首次展示了结直肠癌中FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞在14个独立队列中的正相关性，并通过免疫荧光染色和空间转录组学验证了它们的紧密定位 | NA | 探究结直肠癌肿瘤微环境中特定细胞类型的组成及其潜在起源和调控机制 | 结直肠癌中的FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞分析, 空间转录组学 | NA | 细胞, 组织 | 54,103个细胞, 2550个样本 |
| 3172 | 2024-08-08 |
Defining the early stages of intestinal colonisation by whipworms
2022-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29334-0
PMID:35365634
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研究论文 | 研究鞭虫在宿主肠道早期定植的过程 | 首次使用Trichuris muris感染小鼠和鼠类盲肠类器官作为体外鞭虫感染和活体蠕虫的器官模型，揭示了鞭虫侵入肠道上皮的过程和宿主-寄生虫相互作用 | NA | 探究鞭虫如何侵入宿主上皮并建立感染 | 鞭虫的早期感染事件 | NA | 慢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠盲肠样本 |
| 3173 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis of human bone-marrow-derived mesenchymal stem cells and functional subpopulation identification
2022-04, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-022-00749-5
PMID:35365767
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析人类骨髓来源的间充质干细胞（MSCs），并识别其功能性亚群 | 首次通过scRNA-seq技术揭示了MSCs的三个主要亚群及其发育轨迹，为MSCs的生物学特性和临床应用提供了新的见解 | 研究样本可能受不同供体和不同传代次数的影响，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性 | 识别MSCs的亚群并阐明它们之间的关系，以促进其在临床中的应用 | 人类骨髓来源的间充质干细胞及其亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3174 | 2024-08-08 |
Comprehensive generation, visualization, and reporting of quality control metrics for single-cell RNA sequencing data
2022-03-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29212-9
PMID:35354805
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研究论文 | 本文介绍了SCTK-QC管道，用于单细胞RNA测序数据的质量控制指标的生成、可视化和报告 | SCTK-QC管道整合了多个单细胞平台的预处理工具，并提供了空滴检测、标准QC指标生成、双峰预测和环境RNA估计等功能 | NA | 简化并标准化单细胞RNA测序数据的质量控制过程 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 3175 | 2024-08-08 |
Human forebrain organoids reveal connections between valproic acid exposure and autism risk
2022-03-29, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-022-01898-x
PMID:35351869
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研究论文 | 本研究使用人前脑类器官（hFOs）探讨了丙戊酸（VPA）暴露与自闭症谱系障碍（ASD）风险之间的关联 | 首次使用三维细胞培养的人前脑类器官来研究VPA对ASD风险的影响，揭示了VPA暴露对神经发育相关基因表达的影响 | 研究仅限于体外模型，未来需要进一步的体内研究来验证这些发现 | 探讨VPA暴露如何增加ASD风险，并揭示其潜在的分子机制 | 人前脑类器官（hFOs）中的基因表达和突触传递 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，微电极阵列 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 3176 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis suggests two molecularly subtypes of intrahepatic cholangiocarcinoma
2022-03-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29164-0
PMID:35347134
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了14对肝内胆管癌（iCCA）肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞，发现了两种分子亚型的iCCA，并探讨了其肿瘤微环境的差异 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了肝内胆管癌的两种分子亚型及其肿瘤微环境的差异 | 研究样本量相对较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性 | 深入理解肝内胆管癌的分类和肿瘤微环境 | 肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤细胞和非肿瘤肝组织细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14对肝内胆管癌肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞 |
| 3177 | 2024-08-08 |
Global transcriptomic characterization of T cells in individuals with chronic HIV-1 infection
2022-Mar-28, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00367-x
PMID:35351857
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了慢性HIV-1感染者的外周T细胞转录组特征 | 揭示了慢性HIV-1感染者中T细胞的显著变化，包括幼稚T细胞的丧失、持续炎症和干扰素-α反应的增加，以及CD4和CD8效应细胞群的扩张 | NA | 深入理解HIV-1感染的发病机制并开发新的免疫靶向治疗策略 | 慢性HIV-1感染者的外周T细胞 | 数字病理学 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14名慢性HIV-1感染者（包括9名未治疗和8名接受抗逆转录病毒治疗的患者）和4名健康捐赠者 |
| 3178 | 2024-08-08 |
Putting genes on the map: Spatial transcriptomics of the maize shoot apical meristem
2022-03-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab601
PMID:35355051
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3179 | 2024-08-08 |
BarWare: efficient software tools for barcoded single-cell genomics
2022-Mar-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04620-2
PMID:35346022
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研究论文 | 本文介绍了BarWare工具集，用于高效处理和解析大规模单细胞基因组学研究中的条形码数据 | 开发了BarCounter和BarMixer工具，分别用于计算条形码计数和解析混合单细胞数据，提高了样本解析的效率 | NA | 开发高效的软件工具以满足大规模单细胞基因组学研究中样本解析的计算需求 | 单细胞基因组学数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 多个含有条形码的10x Genomics scRNA-seq数据孔 |
| 3180 | 2024-08-08 |
A Robust Discovery Platform for the Identification of Novel Mediators of Melanoma Metastasis
2022-03-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63186
PMID:35343960
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研究论文 | 本文建立了一个系统的工作流程，使用稳健、可重复的体内模型和标准化方法来识别黑色素瘤转移中的新介质 | 本文采用了一种优化的流程，包括标准化协议，用于移植、监测、组织收获、处理和分析，适用于患者来源的短期培养和已建立的人类及小鼠细胞系 | NA | 识别黑色素瘤转移中的新介质 | 黑色素瘤细胞及其在体内的转移过程 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 使用小鼠模型进行实验 |