单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 3161 - 3180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3161 | 2024-08-08 |
Chaperone-mediated autophagy plays an important role in regulating retinal progenitor cell homeostasis
2022-04-01, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-022-02809-z
PMID:35365237
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研究论文 | 研究IFITM3在鼠神经视网膜祖细胞中的功能及其调控机制 | 发现IFITM3通过伴侣介导的自噬（CMA）而非巨自噬（MA）调节鼠神经视网膜祖细胞的存活和增殖 | NA | 探索IFITM3在鼠神经视网膜祖细胞中的功能和调控机制 | 鼠神经视网膜祖细胞（mNRPCs） | NA | NA | 单细胞测序, RNA干扰, CCK-8检测, RNA-seq, 实时定量PCR, 免疫荧光检测, 蛋白质印迹, 自噬流检测 | NA | 单细胞测序数据, mRNA表达数据, 蛋白质水平数据 | NA |
| 3162 | 2024-08-08 |
Genetic characteristics involving the PD-1/PD-L1/L2 and CD73/A2aR axes and the immunosuppressive microenvironment in DLBCL
2022-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004114
PMID:35365585
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和靶向深度测序探讨了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中PD-1/PD-L1/L2和CD73/A2aR轴的遗传特征及其对免疫抑制微环境的影响 | 发现SP140是PD-L1的新型易位伙伴，并检测到PD-L1和PD-L2之间的新倒位，两者均导致PD-L1表达上调 | 未提及 | 研究DLBCL中PD-1/PD-L1/L2和CD73/A2aR轴的遗传特征及其对免疫抑制微环境的影响 | 弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的PD-1/PD-L1/L2和CD73/A2aR轴 | NA | 淋巴瘤 | 全外显子测序、靶向深度测序、RNA测序、单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 未提及具体样本数量 |
| 3163 | 2024-08-08 |
Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer
2022-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29366-6
PMID:35365629
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研究论文 | 本文通过单细胞和空间分析，揭示了结直肠癌中FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的相互作用 | 首次展示了结直肠癌中FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞在14个独立队列中的正相关性，并通过免疫荧光染色和空间转录组学验证了它们的紧密定位 | NA | 探究结直肠癌肿瘤微环境中特定细胞类型的组成及其潜在起源和调控机制 | 结直肠癌中的FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞分析, 空间转录组学 | NA | 细胞, 组织 | 54,103个细胞, 2550个样本 |
| 3164 | 2024-08-08 |
Defining the early stages of intestinal colonisation by whipworms
2022-04-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29334-0
PMID:35365634
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研究论文 | 研究鞭虫在宿主肠道早期定植的过程 | 首次使用Trichuris muris感染小鼠和鼠类盲肠类器官作为体外鞭虫感染和活体蠕虫的器官模型，揭示了鞭虫侵入肠道上皮的过程和宿主-寄生虫相互作用 | NA | 探究鞭虫如何侵入宿主上皮并建立感染 | 鞭虫的早期感染事件 | NA | 慢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠盲肠样本 |
| 3165 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis of human bone-marrow-derived mesenchymal stem cells and functional subpopulation identification
2022-04, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-022-00749-5
PMID:35365767
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析人类骨髓来源的间充质干细胞（MSCs），并识别其功能性亚群 | 首次通过scRNA-seq技术揭示了MSCs的三个主要亚群及其发育轨迹，为MSCs的生物学特性和临床应用提供了新的见解 | 研究样本可能受不同供体和不同传代次数的影响，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性 | 识别MSCs的亚群并阐明它们之间的关系，以促进其在临床中的应用 | 人类骨髓来源的间充质干细胞及其亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3166 | 2024-08-08 |
Comprehensive generation, visualization, and reporting of quality control metrics for single-cell RNA sequencing data
2022-03-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29212-9
PMID:35354805
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研究论文 | 本文介绍了SCTK-QC管道，用于单细胞RNA测序数据的质量控制指标的生成、可视化和报告 | SCTK-QC管道整合了多个单细胞平台的预处理工具，并提供了空滴检测、标准QC指标生成、双峰预测和环境RNA估计等功能 | NA | 简化并标准化单细胞RNA测序数据的质量控制过程 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 3167 | 2024-08-08 |
Human forebrain organoids reveal connections between valproic acid exposure and autism risk
2022-03-29, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-022-01898-x
PMID:35351869
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研究论文 | 本研究使用人前脑类器官（hFOs）探讨了丙戊酸（VPA）暴露与自闭症谱系障碍（ASD）风险之间的关联 | 首次使用三维细胞培养的人前脑类器官来研究VPA对ASD风险的影响，揭示了VPA暴露对神经发育相关基因表达的影响 | 研究仅限于体外模型，未来需要进一步的体内研究来验证这些发现 | 探讨VPA暴露如何增加ASD风险，并揭示其潜在的分子机制 | 人前脑类器官（hFOs）中的基因表达和突触传递 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，微电极阵列 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 3168 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis suggests two molecularly subtypes of intrahepatic cholangiocarcinoma
2022-03-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29164-0
PMID:35347134
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了14对肝内胆管癌（iCCA）肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞，发现了两种分子亚型的iCCA，并探讨了其肿瘤微环境的差异 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了肝内胆管癌的两种分子亚型及其肿瘤微环境的差异 | 研究样本量相对较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性 | 深入理解肝内胆管癌的分类和肿瘤微环境 | 肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤细胞和非肿瘤肝组织细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14对肝内胆管癌肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞 |
| 3169 | 2024-08-08 |
Global transcriptomic characterization of T cells in individuals with chronic HIV-1 infection
2022-Mar-28, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00367-x
PMID:35351857
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了慢性HIV-1感染者的外周T细胞转录组特征 | 揭示了慢性HIV-1感染者中T细胞的显著变化，包括幼稚T细胞的丧失、持续炎症和干扰素-α反应的增加，以及CD4和CD8效应细胞群的扩张 | NA | 深入理解HIV-1感染的发病机制并开发新的免疫靶向治疗策略 | 慢性HIV-1感染者的外周T细胞 | 数字病理学 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14名慢性HIV-1感染者（包括9名未治疗和8名接受抗逆转录病毒治疗的患者）和4名健康捐赠者 |
| 3170 | 2024-08-08 |
Putting genes on the map: Spatial transcriptomics of the maize shoot apical meristem
2022-03-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab601
PMID:35355051
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3171 | 2024-08-08 |
BarWare: efficient software tools for barcoded single-cell genomics
2022-Mar-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04620-2
PMID:35346022
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研究论文 | 本文介绍了BarWare工具集，用于高效处理和解析大规模单细胞基因组学研究中的条形码数据 | 开发了BarCounter和BarMixer工具，分别用于计算条形码计数和解析混合单细胞数据，提高了样本解析的效率 | NA | 开发高效的软件工具以满足大规模单细胞基因组学研究中样本解析的计算需求 | 单细胞基因组学数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 多个含有条形码的10x Genomics scRNA-seq数据孔 |
| 3172 | 2024-08-08 |
A Robust Discovery Platform for the Identification of Novel Mediators of Melanoma Metastasis
2022-03-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63186
PMID:35343960
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研究论文 | 本文建立了一个系统的工作流程，使用稳健、可重复的体内模型和标准化方法来识别黑色素瘤转移中的新介质 | 本文采用了一种优化的流程，包括标准化协议，用于移植、监测、组织收获、处理和分析，适用于患者来源的短期培养和已建立的人类及小鼠细胞系 | NA | 识别黑色素瘤转移中的新介质 | 黑色素瘤细胞及其在体内的转移过程 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 使用小鼠模型进行实验 |
| 3173 | 2024-08-08 |
Epigenetic alterations at distal enhancers are linked to proliferation in human breast cancer
2022-Mar, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcac008
PMID:35350772
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研究论文 | 本文通过整合DNA甲基化和基因表达数据进行全基因组表达-甲基化数量性状位点（emQTL）分析，以识别受表观遗传控制的疾病驱动通路 | 本文首次报道了在侵袭性乳腺癌肿瘤中，增强子甲基化在驱动增殖的转录因子结合位点的全基因组丢失，并伴随增殖相关基因的高表达 | NA | 研究乳腺癌中表观遗传改变与细胞增殖之间的关系 | 乳腺癌中的DNA甲基化、基因表达及细胞增殖 | 数字病理学 | 乳腺癌 | DNA甲基化测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3174 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview
2022-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.694
PMID:35352511
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综述 | 本文简要概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在生物学和医学领域的应用 | scRNA-seq技术能够揭示单个细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，以及高度组织化的组织/器官/生物体中不同细胞类型和功能的组成 | 尽管scRNA-seq技术在各个领域展示了巨大的潜力，但仍存在一些挑战需要克服，如技术实施中的关键步骤和数据处理的复杂性 | 旨在提供scRNA-seq技术的简要概述，并解释其在理解健康和疾病中的关键应用 | 单细胞RNA测序技术及其在生物学和医学领域的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 3175 | 2024-08-08 |
Ferroptosis-associated molecular classification characterized by distinct tumor microenvironment profiles in colorectal cancer
2022, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.69808
PMID:35342352
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研究论文 | 本研究通过综合分析转录组学、基因组学和单细胞转录组数据，揭示了结直肠癌中与铁死亡相关的分子分类及其与肿瘤微环境的关系 | 首次识别出三种与铁死亡相关的簇（FAC1、FAC2和FAC3），并发现它们与不同的临床结果和生物学途径相关 | NA | 探讨铁死亡相关基因在免疫调节和肿瘤微环境形成中的潜在作用 | 结直肠癌中的铁死亡相关模式 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组学、基因组学、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 1251个结直肠癌样本 |
| 3176 | 2024-08-08 |
Antibody-Oligonucleotide Conjugation Using a SPAAC Copper-Free Method Compatible with 10× Genomics' Single-Cell RNA-Seq
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_6
PMID:35344168
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研究论文 | 本文介绍了一种无铜点击化学方法用于生成抗体-寡核苷酸复合物，并展示了其在10×基因组学液滴法单细胞RNA测序工作流程中的应用 | 提出了一种无铜点击化学方法，用于高效且成本效益地结合蛋白质组学和转录组学分析 | NA | 开发一种新的方法，用于在单细胞分析中结合细胞表面蛋白质组数据和基因表达分析 | 抗体-寡核苷酸复合物及其在单细胞RNA测序中的应用 | 基因组学 | NA | 无铜点击化学 | NA | RNA-seq | NA |
| 3177 | 2024-08-08 |
Methods to Analyze the Developmental Trajectory of Human Primary NK Cells Using Monocle and SCENIC Analyses
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_7
PMID:35344169
|
研究论文 | 本文描述了使用Monocle和SCENIC分析方法来分析人类原代NK细胞发育轨迹的单细胞RNA测序和生物信息学分析策略 | 开发了独特的方法来确定人类NK细胞的转录组特征，并提供了数据分析路线图 | NA | 旨在更好地理解人类NK细胞亚群的单细胞转录组及其在临床治疗中的应用 | 人类原代NK细胞及其在抗肿瘤和抗病毒效应功能中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类外周血中NK细胞占淋巴细胞总数的10-20% |
| 3178 | 2024-08-08 |
Methods for Isolating and Defining Single-Cell Transcriptomes of Tissue-Resident Human NK Cells
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_8
PMID:35344170
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研究论文 | 本文提供了分离和分析组织驻留人NK细胞单细胞转录组的方法 | 使用单细胞RNA测序技术，提高了细胞异质性的分辨率，并更好地理解了细胞间的相互作用 | 目前对组织驻留NK细胞的发育、归巢和功能了解不足，限制了特定器官临床治疗的发展 | 定义组织驻留NK细胞的转录组特征和转录调控 | 组织驻留人NK细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 3179 | 2024-08-08 |
Bioinformatics Analysis Combined With Experiments Predicts PUDP as a Potential Prognostic Biomarker for Hepatocellular Carcinoma Through Its Interaction With Tumor Microenvironment
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.830174
PMID:35350563
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析结合实验，预测PUDP作为肝细胞癌的潜在预后生物标志物，并通过其与肿瘤微环境的相互作用进行验证 | 首次揭示PUDP在肝细胞癌中的潜在致癌作用及其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的正相关性 | 研究主要基于生物信息学分析和有限的实验验证，需要进一步的临床试验验证 | 探索PUDP作为肝细胞癌预后生物标志物的潜在作用及其与肿瘤微环境的关系 | PUDP在肝细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15对肝细胞癌和正常邻近组织样本 |
| 3180 | 2024-08-08 |
Upregulation of MTA1 in Colon Cancer Drives A CD8+ T Cell-Rich But Classical Macrophage-Lacking Immunosuppressive Tumor Microenvironment
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.825783
PMID:35350571
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研究论文 | 本研究探讨了MTA1蛋白在结直肠癌中的上调如何影响肿瘤微环境，特别是肿瘤相关巨噬细胞和细胞毒性T淋巴细胞的作用 | 首次揭示了MTA1在结直肠癌中通过调节肿瘤相关巨噬细胞影响肿瘤微环境的机制 | NA | 阐明MTA1在结直肠癌肿瘤微环境中的调控作用及其对细胞毒性T淋巴细胞抗肿瘤效应的影响 | MTA1蛋白、肿瘤相关巨噬细胞、细胞毒性T淋巴细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化染色、流式细胞术、生物信息学分析 | NA | 组织、细胞 | 结直肠癌组织阵列、HCT116细胞、TCGA结直肠癌队列和单细胞RNA测序数据 |