单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3141	2024-08-08	Spatial transcriptomics reveals antiparasitic targets associated with essential behaviors in the human parasite Brugia malayi 2022-04, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010399 PMID:35390105	研究论文	本文采用空间转录组学方法，研究了人类寄生虫布鲁加马来丝虫（Brugia malayi）头部组织中的基因表达模式，以揭示与寄生虫基本行为相关的抗寄生虫靶点。	首次应用空间转录组学技术于布鲁加马来丝虫的头部组织，揭示了新的药物和疫苗靶点。	NA	开发针对淋巴丝虫病（LF）的有效成虫杀虫剂，并探索新的抗丝虫药物和疫苗靶点。	布鲁加马来丝虫的头部组织，特别是控制寄生虫摄食、感觉、分泌和生殖行为的组织。	数字病理学	热带病	空间转录组学	NA	基因表达数据	超过6000万人受淋巴丝虫病影响
3142	2024-08-08	Hepatocellular carcinoma-infiltrating γδ T cells are functionally defected and allogenic Vδ2+ γδ T cell can be a promising complement 2022-04, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.800 PMID:35390227	研究论文	研究肝细胞癌（HCC）中浸润的γδ T细胞的功能缺陷状态，并探讨同种异体Vδ2+ γδ T细胞作为补充疗法的潜力	首次揭示了HCC微环境中γδ T细胞的功能缺陷特征，并证明了同种异体Vδ2 γδ T细胞在HCC细胞疗法中的应用潜力	NA	解析肝细胞癌中浸润的γδ T细胞的免疫景观和功能状态，为同种异体Vδ2 γδ T细胞在HCC免疫治疗中的应用提供基础证据	肝细胞癌中的γδ T细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自肝细胞癌肿瘤和健康供体肝脏的γδ T细胞
3143	2024-08-08	Experimental development of the epigenomic library construction method to elucidate the epigenetic diversity and causal relationship between epigenome and transcriptome at a single-cell level 2022-Mar, Genomics & informatics DOI:10.5808/gi.21078 PMID:35399001	综述	本文综述了单细胞表观基因组文库构建方法的最新进展，重点关注DNA甲基化、染色质可及性和组蛋白翻译后修饰等多组学工具及其未来需求	探讨了单细胞表观基因组在阐明细胞分化和疾病发生机制中的重要性，这是对单细胞转录组研究的进一步深化	目前仍难以仅通过转录组理解决定细胞命运的全面基因调控原理	旨在阐明单细胞表观基因组与转录组之间的因果关系及其在细胞身份决定中的作用	单细胞表观基因组及其在细胞分化和疾病发生中的作用	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	表观基因组数据	NA
3144	2024-08-08	Lipid Droplet-Related PLIN2 in CD68+ Tumor-Associated Macrophage of Oral Squamous Cell Carcinoma: Implications for Cancer Prognosis and Immunotherapy 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.824235 PMID:35372038	研究论文	本研究探讨了PLIN2在口腔鳞状细胞癌肿瘤相关巨噬细胞中的作用及其对癌症预后和免疫治疗的影响。	首次研究了PLIN2在肿瘤微环境中的异质性功能及其对免疫调节的影响。	本研究为回顾性研究，样本量有限，可能影响结果的普遍性。	研究PLIN2在口腔鳞状细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响。	口腔鳞状细胞癌样本中的PLIN2表达及其与免疫细胞的关系。	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	免疫组化(IHC)、免疫荧光(IF)、单细胞测序	NA	组织样本	96个口腔鳞状细胞癌样本
3145	2024-08-08	Tenogenic Induction From Induced Pluripotent Stem Cells Unveils the Trajectory Towards Tenocyte Differentiation 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.780038 PMID:35372337	研究论文	本文开发了一种使用诱导多能干细胞（iPS细胞）的新型成纤维细胞诱导方法，并通过单细胞RNA测序揭示了成纤维细胞分化的轨迹	首次使用iPS细胞和单细胞RNA测序技术，揭示了成纤维细胞分化的详细过程和关键调控因子	NA	探索成纤维细胞的分化机制及其在肌肉骨骼系统中的作用	诱导多能干细胞（iPS细胞）和成纤维细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	11个不同的细胞集群
3146	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Reveals the Cellular Diversity and Developmental Characteristics of the Retinas of an Infant and a Young Child 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.803466 PMID:35386199	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了婴儿和幼儿捐赠者的194,967个细胞，揭示了视网膜细胞的多样性和发育特征	首次构建了婴儿和幼儿的视网膜细胞图谱，并识别了发育过程中的关键分子	NA	解析视网膜细胞的异质性，理解视觉发育的机制	婴儿和幼儿的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	194,967个细胞
3147	2024-08-08	Characterization of Pyroptosis-Related Subtypes via RNA-Seq and ScRNA-Seq to Predict Chemo-Immunotherapy Response in Triple-Negative Breast Cancer 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.788670 PMID:35386285	研究论文	本研究通过RNA-Seq和scRNA-Seq技术，基于焦亡相关特征对三阴性乳腺癌患者进行亚型分类，并预测其对化疗-免疫治疗的反应	首次通过焦亡相关特征对三阴性乳腺癌进行亚型分类，并构建了Ps-score评分系统来预测患者的治疗反应和生存率	需要进一步的临床试验来验证Ps-score评分系统在实际治疗中的应用效果	筛选可靠的免疫治疗相关生物标志物，预测三阴性乳腺癌患者的治疗反应和生存率	三阴性乳腺癌患者及其对化疗-免疫治疗的反应	数字病理学	乳腺癌	RNA-Seq, scRNA-Seq	LASSO, COX回归分析	基因表达数据	119名三阴性乳腺癌患者
3148	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics of Cultured Amniotic Fluid Cells Reveals Complex Gene Expression Alterations in Human Fetuses With Trisomy 18 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.825345 PMID:35392164	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析培养的羊水细胞，揭示了患有爱德华兹综合征（三体18）的人类胎儿中复杂的基因表达改变	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了六个细胞群及其在主要组织发育中的功能，并发现了与三体18表型可能相关的新基因区域	NA	阐明三体18异常的复杂性	培养的羊水细胞	数字病理学	三体18	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个正常和三个三体18样本
3149	2024-08-08	Construction of Bone Metastasis-Specific Regulation Network Based on Prognostic Stemness-Related Signatures in Prostate Cancer 2022, Disease markers DOI:10.1155/2022/8495923 PMID:35392496	研究论文	本研究旨在揭示前列腺癌中的癌症干细胞相关基因及其在前列腺癌转移中的潜在机制	通过RNA-seq数据和多种生物信息学分析方法，构建了前列腺癌骨转移特异性的调控网络，并探索了潜在的机制和治疗靶点	NA	揭示前列腺癌中的癌症干细胞相关基因及其在前列腺癌转移中的潜在机制	前列腺癌中的癌症干细胞相关基因及其在前列腺癌转移中的潜在机制	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞测序	WGCNA, 一类别逻辑回归(OCLR)	mRNA	406名前列腺癌患者
3150	2024-08-08	Identification of Neuronal Cells in Sciatic Nerves of Adult Rats 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.816814 PMID:35401123	研究论文	本文通过全装染色和光学成像技术，在成年大鼠的坐骨神经中发现了不规则分布的神经细胞，并通过免疫组化证据和单细胞测序技术，证实这些细胞中包含成熟的神经元和神经干细胞样细胞	首次在成年大鼠的坐骨神经中发现神经细胞的存在，并证实这些细胞中包含神经干细胞样细胞，这些细胞在坐骨神经中能够增殖	NA	探究成年大鼠坐骨神经中神经细胞的身份及其特性	成年大鼠的坐骨神经中的神经细胞	NA	NA	全装染色、光学成像、免疫组化、单细胞测序	NA	图像	成年大鼠的坐骨神经样本
3151	2024-08-08	Using a Gene Network of Pyroptosis to Quantify the Responses to Immunotherapy and Prognosis for Neuroblastoma Patients 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.845757 PMID:35401536	研究论文	本研究通过整合四个神经母细胞瘤数据集，利用24个与细胞焦亡相关的基因的mRNA表达谱进行鲁棒聚类，构建了一种名为pyroscore的新评分方法，用于量化神经母细胞瘤中的细胞焦亡水平，并评估其对免疫检查点治疗反应的预测能力。	本研究首次构建了一种新的评分方法pyroscore，用于量化神经母细胞瘤中的细胞焦亡水平，并评估其对免疫检查点治疗反应的预测能力。	NA	研究细胞焦亡相关基因网络在神经母细胞瘤中的作用，以及其对免疫检查点阻断治疗反应和预后的量化能力。	神经母细胞瘤及其对免疫检查点阻断治疗的反应和预后。	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达谱	四个神经母细胞瘤数据集
3152	2024-08-08	Single-Cell Profiling Reveals Heterogeneity of Primary and Lymph Node Metastatic Tumors and Immune Cell Populations and Discovers Important Prognostic Significance of CCDC43 in Oral Squamous Cell Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.843322 PMID:35401551	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了口腔鳞状细胞癌（OSCC）原发和淋巴结转移肿瘤及其免疫细胞群体的异质性，并发现了CCDC43在OSCC中的重要预后意义	首次揭示了OSCC原发和转移部位的肿瘤免疫微环境（TIME）异质性，并发现了CCDC43作为独立预后因子的重要性	NA	探讨口腔鳞状细胞癌的免疫学研究，并为未来的药物发现提供重要资源	口腔鳞状细胞癌的原发和淋巴结转移肿瘤及其免疫细胞群体	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3153	2024-08-08	Proteomic and Single-Cell Transcriptomic Dissection of Human Plasmacytoid Dendritic Cell Response to Influenza Virus 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.814627 PMID:35401570	研究论文	本文通过LC-MS/MS和单细胞RNA测序技术，全面分析了人浆细胞样树突状细胞（pDCs）在未受刺激和流感病毒H1N1刺激下的蛋白质组和转录组变化	首次报道了pDCs在生理刺激下的全面无偏蛋白质组分析，并结合单细胞RNA测序技术揭示了pDCs在刺激后的高度特化功能	NA	研究pDCs在流感病毒刺激下的分子特征和功能变化	人浆细胞样树突状细胞（pDCs）及其在流感病毒刺激下的反应	数字病理学	NA	LC-MS/MS，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据，转录组数据	NA
3154	2024-08-08	Cellular Interaction Analysis Characterizing Immunosuppressive Microenvironment Functions in MM Tumorigenesis From Precursor Stages 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.844604 PMID:35401705	研究论文	研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了从健康状态到多发性骨髓瘤（MM）过程中骨髓免疫微环境的细胞间相互作用变化	首次详细描述了在MM发展过程中，免疫微环境中细胞间相互作用事件（CCEs）的失调及其对治疗反应和临床结果的影响	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多实验验证来支持发现	揭示多发性骨髓瘤（MM）发展过程中免疫微环境的改变及其对治疗反应的影响	健康骨髓和三种疾病状态（MGUS、SMM、MM）的骨髓中的细胞间相互作用	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	包括健康状态的正常骨髓（NBM）和三种疾病状态（MGUS、SMM、MM）的样本
3155	2024-08-08	Spatial transcriptomic profiles of mouse uterine microenvironments at pregnancy day 7.5† 2022-08-09, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioac061 PMID:35357464	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了怀孕第7.5天小鼠子宫内膜植入部位的局部基因表达谱	首次详细描述了怀孕第7.5天小鼠子宫内膜植入部位的11个不同基因特征域和12种细胞类型，并揭示了区域特异性的内分泌和旁分泌信号调控的细胞行为和代谢偏好	NA	旨在揭示正常妊娠进展的分子机制	小鼠怀孕第7.5天的子宫内膜微环境	数字病理学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠子宫内膜植入部位的多个样本
3156	2024-08-08	Nicotinic acetylcholine receptors in a songbird brain 2022-08, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25314 PMID:35344610	研究论文	研究了斑胸草雀大脑中15种烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRs）亚基的克隆及其在鸟鸣学习和产生过程中的mRNA表达模式	首次全面研究了斑胸草雀大脑中15种nAChR亚基的表达模式及其对鸟鸣学习和产生的可能贡献	未检测到ChrnA1、A6、A9和A10的杂交信号	探讨烟碱型乙酰胆碱受体亚基在斑胸草雀鸟鸣学习和产生中的作用	斑胸草雀大脑中的15种nAChR亚基及其在鸟鸣学习和产生过程中的表达模式	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达	15种nAChR亚基
3157	2024-08-08	Integrative spatial analysis of cell morphologies and transcriptional states with MUSE 2022-08, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01251-z PMID:35347329	研究论文	本文介绍了一种名为MUSE的多模态结构化嵌入方法，用于整合细胞形态学和空间解析的转录组数据，以表征细胞和组织区域	MUSE能够发现单一模态可能遗漏的组织亚群，并补偿模态特定的噪声	NA	开发一种方法来整合细胞形态学和空间解析的转录组数据，以深入理解细胞状态、功能和复杂生物组织中的组织结构	细胞和组织区域	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	MUSE	图像和转录组数据	多种数据集，包括健康和疾病的大脑皮质及肠道组织
3158	2024-08-08	Single-cell profiling of transcriptome and histone modifications with EpiDamID 2022-05-19, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.03.009 PMID:35366395	研究论文	本文介绍了一种名为EpiDamID的新技术，用于在单细胞水平上同时检测组蛋白翻译后修饰和转录	EpiDamID技术通过利用单链可变片段抗体、工程化的染色质阅读域和内源性染色质结合蛋白，实现了对多种染色质类型的靶向，使得DamID技术能够进行全基因组水平的组蛋白翻译后修饰识别	NA	开发一种能够在单细胞水平上同时测量染色质标记和转录的新技术	单细胞水平的组蛋白翻译后修饰和转录	基因组学	NA	EpiDamID	NA	基因组数据	包括小鼠胚胎体和早期斑马鱼胚胎的多个样本
3159	2024-08-08	A high-throughput single cell-based antibody discovery approach against the full-length SARS-CoV-2 spike protein suggests a lack of neutralizing antibodies targeting the highly conserved S2 domain 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac070 PMID:35362510	研究论文	本研究通过基于单细胞测序技术的高通量抗体发现方法，针对全长SARS-CoV-2刺突蛋白进行抗体筛选，发现针对高度保守的S2域的中和抗体缺乏	本研究首次采用基于单细胞测序的高通量抗体发现方法，针对SARS-CoV-2和SARS-CoV的S2区域进行交叉中和抗体的筛选	研究仅在RenMab小鼠模型中进行，未涉及人类样本，可能影响结果的直接应用性	旨在发现针对SARS-CoV-2和SARS-CoV的S2区域的中和抗体	全长SARS-CoV-2刺突蛋白及其S2区域	生物技术	COVID-19	单细胞测序技术	NA	序列数据	215个具有结合亲和力的抗体
3160	2024-08-08	Sincast: a computational framework to predict cell identities in single-cell transcriptomes using bulk atlases as references 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac088 PMID:35362513	研究论文	Sincast是一个计算框架，用于通过将单细胞转录组数据投影到已建立的批量参考图谱上来预测细胞身份	Sincast通过避免批次效应校正并沿连续体预测细胞身份，强调了参考图谱中未发现的新细胞状态	NA	开发一个有效的工具，用于单细胞RNA测序数据分析中的细胞身份预测	单细胞转录组数据和批量参考图谱	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	计算框架	转录组数据	NA