单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3121	2024-08-08	Stanniocalcin 1 promotes metastasis, lipid metabolism and cisplatin chemoresistance via the FOXC2/ITGB6 signaling axis in ovarian cancer 2022-Apr-07, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02315-3 PMID:35392966	研究论文	本文研究了抑钙素1（STC1）在卵巢癌中的作用，特别是其在转移、脂质代谢和顺铂（DDP）化疗耐药性中的作用及其机制。	首次揭示了STC1通过FOXC2/ITGB6信号轴促进卵巢癌的转移、脂质代谢和顺铂化疗耐药性。	NA	探讨STC1在卵巢癌中的功能及其在转移、脂质代谢和顺铂化疗耐药性中的作用机制。	卵巢癌组织及其转移组织，以及相关的细胞和分子机制。	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序和免疫组化分析	NA	组织样本	包括卵巢癌组织、邻近癌组织和腹膜转移组织
3122	2024-08-08	A universal deep neural network for in-depth cleaning of single-cell RNA-Seq data 2022-04-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29576-y PMID:35393428	research paper	本文设计并开发了AutoClass模型，集成自编码器和分类器两个深度神经网络组件，用于深度清理单细胞RNA测序数据	AutoClass模型不依赖特定数据分布假设，能有效清理多种噪声和伪影，且在多个单细胞RNA测序数据分析中表现优于现有方法	NA	开发一种通用的深度神经网络模型，用于深度清理单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据中的噪声和伪影	machine learning	NA	scRNA-Seq	deep neural network	RNA-Seq data	NA
3123	2024-08-08	Type 2 immune polarization is associated with cardiopulmonary disease in preterm infants 2022-04-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aaz8454 PMID:35385341	研究论文	研究分析了早产儿中2型免疫极化与心肺疾病的关系	首次详细描述了2型免疫极化在早产儿心肺疾病中的作用，并探讨了多种治疗干预的可能性	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的人体临床试验验证	探讨早产儿中2型免疫极化与心肺疾病的关系，并寻找可能的治疗方法	早产儿及其心肺疾病	免疫学	心肺疾病	流式细胞术，单细胞转录组学	NA	血液样本	51名早产儿，20名健康足月婴儿，5名健康成人
3124	2024-08-08	Single-cell transcriptomics of the ventral posterolateral nucleus-enriched thalamic regions from HSV-1-infected mice reveal a novel microglia/microglia-like transcriptional response 2022-Apr-06, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02437-7 PMID:35387656	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了HSV-1感染的小鼠背侧后侧核区域中CD11b+免疫细胞的转录反应，特别是微胶质细胞/类似微胶质细胞的转录反应。	发现了一种新的微胶质细胞/类似微胶质细胞的转录反应，这种反应与一个罕见的细胞群体相关，可能揭示了微胶质细胞对HSV-1感染的反应机制。	NA	旨在识别不同的微胶质细胞/类似微胶质细胞，并描述在单纯疱疹脑炎期间可能涉及的机制和信号通路。	HSV-1感染的小鼠背侧后侧核区域中的CD11b+免疫细胞，特别是微胶质细胞/类似微胶质细胞。	数字病理学	单纯疱疹脑炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从HSV-1感染的C57BL/6 N小鼠的背侧后侧核区域分离的细胞
3125	2024-08-08	Elastic dosage compensation by X-chromosome upregulation 2022-04-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29414-1 PMID:35388014	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和染色质可及性分析，详细探讨了X染色体上调在哺乳动物发育过程中的动态及其对RNA水平的影响	揭示了X染色体上调在性别和谱系特异性中的弹性调节机制，并阐明了其在X染色体失活过程中的不同程度的作用	NA	探讨X染色体上调与X染色体失活之间的调控联系及其在哺乳动物剂量补偿中的作用	X染色体上调的动态及其对RNA水平的影响	NA	NA	单细胞RNA测序，染色质可及性分析	NA	RNA	NA
3126	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis reveals aberrant stromal cells and heterogeneous endothelial cells in alcohol-induced osteonecrosis of the femoral head 2022-04-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03271-6 PMID:35388143	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探索酒精诱导的股骨头坏死（ONFH）中期的和晚期的转录组图谱	发现了ONFH中基质细胞的成骨-脂肪分化紊乱以及MEF2C和JUND调控因子的改变，并报道了表达ACKR1的血管内皮细胞簇具有强烈的趋化性和较弱的血管生成能力	NA	揭示酒精诱导的股骨头坏死中单细胞转录组特征，以促进对ONFH发病机制的进一步研究	酒精诱导的股骨头坏死中的细胞	数字病理学	股骨头坏死	单细胞RNA测序	NA	转录组	年龄匹配的髋骨关节炎和股骨颈骨折样本作为对照
3127	2024-08-08	In vivo base editing rescues cone photoreceptors in a mouse model of early-onset inherited retinal degeneration 2022-04-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29490-3 PMID:35383196	研究论文	本文研究了通过腺嘌呤碱基编辑器（ABE）在体内修复Rpe65突变，以延长LCA小鼠模型中锥状光感受器的存活时间	首次展示了碱基编辑在体内修复Rpe65突变，延长锥状光感受器存活时间，并恢复视觉功能	NA	开发一种既能补偿RPE65功能丧失又能保护光感受器免受进一步退化的治疗方法	LCA小鼠模型中的锥状光感受器	遗传学	视网膜退化	腺嘌呤碱基编辑器（ABE）	NA	单细胞RNA测序	LCA小鼠模型
3128	2024-08-08	A targetable 'rogue' neutrophil-subset, [CD11b+DEspR+] immunotype, is associated with severity and mortality in acute respiratory distress syndrome (ARDS) and COVID-19-ARDS 2022-04-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-09343-1 PMID:35379853	研究论文	本文研究了表达DEspR的CD11b+中性粒细胞亚群在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和COVID-19相关ARDS中的作用及其与疾病严重程度和死亡率的关联	首次报道了DEspR+CD11b+中性粒细胞亚群在ARDS和COVID-19-ARDS中的显著关联，并展示了通过人源化抗DEspR-IgG4抗体诱导其凋亡的可能性	NA	探讨DEspR+CD11b+中性粒细胞亚群在ARDS和COVID-19-ARDS中的病理作用及其作为治疗靶点的潜力	DEspR+CD11b+中性粒细胞亚群及其在ARDS和COVID-19-ARDS中的作用	免疫学	急性呼吸窘迫综合征	scRNA-seq	NA	RNA	包括ARDS和COVID-19-ARDS患者的肺组织样本及外周血中性粒细胞
3129	2024-08-08	ACE2 and COVID-19 Susceptibility and Severity 2022-Apr, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2021.0805 PMID:35371596	研究论文	本研究分析了肺部ACE2表达的群体特征，ACE2与COVID-19的孟德尔随机化研究，以及SARS-CoV-2的比较趋向性	通过整合多个COVID-19全基因组关联研究（GWAS）和ACE2的cis-表达数量性状位点（cis-eQTL），孟德尔随机化分析证明了ACE2在COVID-19易感性和严重性中的因果作用，并提出了ACE2作为早期COVID-19治疗的潜在目标	NA	探讨ACE2在COVID-19易感性和严重性中的作用，并分析SARS-CoV-2与其他呼吸病毒的趋向性	肺部ACE2表达，ACE2与COVID-19的关系，SARS-CoV-2的趋向性	NA	COVID-19	孟德尔随机化（MR），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	多个COVID-19全基因组关联研究（GWAS）的群体，人类肺组织样本
3130	2024-08-08	Are TEMs Canceled? Questioning the Functional Relevance of Tie2-Expressing Macrophages 2022-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0330 PMID:35373288	研究论文	本文探讨了Tie2表达的单核细胞/巨噬细胞（TEM）在肿瘤生长和进展中的功能相关性	通过使用骨髓特异性删除Tie2受体和单细胞RNA测序数据的综合分析，提供了有力的数据表明Tie2阳性巨噬细胞并不参与肿瘤血管生成或化疗后的复发	NA	挑战Tie2表达的单核细胞/巨噬细胞（TEM）在肿瘤生长和进展中的功能重要性	Tie2表达的单核细胞/巨噬细胞（TEM）在肿瘤生长和进展中的作用	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3131	2024-08-08	Subtyping of microsatellite stability colorectal cancer reveals guanylate binding protein 2 (GBP2) as a potential immunotherapeutic target 2022-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004302 PMID:35383115	研究论文	本研究通过无监督聚类将微卫星稳定结直肠癌患者分为免疫类和非免疫类，并探讨了鸟苷酸结合蛋白2（GBP2）在免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	首次报道了GBP2与微卫星稳定结直肠癌免疫监视和免疫治疗的相关性，并发现GBP2表达与免疫类结直肠癌的关联	NA	探讨微卫星稳定结直肠癌的免疫异质性及GBP2作为免疫检查点阻断疗法联合治疗靶点的潜力	微卫星稳定结直肠癌患者及GBP2在免疫微环境中的作用	数字病理学	结直肠癌	多重免疫组织化学（mIHC）、单细胞测序	无监督聚类	基因表达数据	1424名微卫星稳定结直肠癌患者
3132	2024-08-08	Spatial transcriptomics reveals antiparasitic targets associated with essential behaviors in the human parasite Brugia malayi 2022-04, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010399 PMID:35390105	研究论文	本文采用空间转录组学方法，研究了人类寄生虫布鲁加马来丝虫（Brugia malayi）头部组织中的基因表达模式，以揭示与寄生虫基本行为相关的抗寄生虫靶点。	首次应用空间转录组学技术于布鲁加马来丝虫的头部组织，揭示了新的药物和疫苗靶点。	NA	开发针对淋巴丝虫病（LF）的有效成虫杀虫剂，并探索新的抗丝虫药物和疫苗靶点。	布鲁加马来丝虫的头部组织，特别是控制寄生虫摄食、感觉、分泌和生殖行为的组织。	数字病理学	热带病	空间转录组学	NA	基因表达数据	超过6000万人受淋巴丝虫病影响
3133	2024-08-08	Hepatocellular carcinoma-infiltrating γδ T cells are functionally defected and allogenic Vδ2+ γδ T cell can be a promising complement 2022-04, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.800 PMID:35390227	研究论文	研究肝细胞癌（HCC）中浸润的γδ T细胞的功能缺陷状态，并探讨同种异体Vδ2+ γδ T细胞作为补充疗法的潜力	首次揭示了HCC微环境中γδ T细胞的功能缺陷特征，并证明了同种异体Vδ2 γδ T细胞在HCC细胞疗法中的应用潜力	NA	解析肝细胞癌中浸润的γδ T细胞的免疫景观和功能状态，为同种异体Vδ2 γδ T细胞在HCC免疫治疗中的应用提供基础证据	肝细胞癌中的γδ T细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自肝细胞癌肿瘤和健康供体肝脏的γδ T细胞
3134	2024-08-08	Experimental development of the epigenomic library construction method to elucidate the epigenetic diversity and causal relationship between epigenome and transcriptome at a single-cell level 2022-Mar, Genomics & informatics DOI:10.5808/gi.21078 PMID:35399001	综述	本文综述了单细胞表观基因组文库构建方法的最新进展，重点关注DNA甲基化、染色质可及性和组蛋白翻译后修饰等多组学工具及其未来需求	探讨了单细胞表观基因组在阐明细胞分化和疾病发生机制中的重要性，这是对单细胞转录组研究的进一步深化	目前仍难以仅通过转录组理解决定细胞命运的全面基因调控原理	旨在阐明单细胞表观基因组与转录组之间的因果关系及其在细胞身份决定中的作用	单细胞表观基因组及其在细胞分化和疾病发生中的作用	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	表观基因组数据	NA
3135	2024-08-08	Lipid Droplet-Related PLIN2 in CD68+ Tumor-Associated Macrophage of Oral Squamous Cell Carcinoma: Implications for Cancer Prognosis and Immunotherapy 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.824235 PMID:35372038	研究论文	本研究探讨了PLIN2在口腔鳞状细胞癌肿瘤相关巨噬细胞中的作用及其对癌症预后和免疫治疗的影响。	首次研究了PLIN2在肿瘤微环境中的异质性功能及其对免疫调节的影响。	本研究为回顾性研究，样本量有限，可能影响结果的普遍性。	研究PLIN2在口腔鳞状细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响。	口腔鳞状细胞癌样本中的PLIN2表达及其与免疫细胞的关系。	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	免疫组化(IHC)、免疫荧光(IF)、单细胞测序	NA	组织样本	96个口腔鳞状细胞癌样本
3136	2024-08-08	Tenogenic Induction From Induced Pluripotent Stem Cells Unveils the Trajectory Towards Tenocyte Differentiation 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.780038 PMID:35372337	研究论文	本文开发了一种使用诱导多能干细胞（iPS细胞）的新型成纤维细胞诱导方法，并通过单细胞RNA测序揭示了成纤维细胞分化的轨迹	首次使用iPS细胞和单细胞RNA测序技术，揭示了成纤维细胞分化的详细过程和关键调控因子	NA	探索成纤维细胞的分化机制及其在肌肉骨骼系统中的作用	诱导多能干细胞（iPS细胞）和成纤维细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	11个不同的细胞集群
3137	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Reveals the Cellular Diversity and Developmental Characteristics of the Retinas of an Infant and a Young Child 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.803466 PMID:35386199	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了婴儿和幼儿捐赠者的194,967个细胞，揭示了视网膜细胞的多样性和发育特征	首次构建了婴儿和幼儿的视网膜细胞图谱，并识别了发育过程中的关键分子	NA	解析视网膜细胞的异质性，理解视觉发育的机制	婴儿和幼儿的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	194,967个细胞
3138	2024-08-08	Characterization of Pyroptosis-Related Subtypes via RNA-Seq and ScRNA-Seq to Predict Chemo-Immunotherapy Response in Triple-Negative Breast Cancer 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.788670 PMID:35386285	研究论文	本研究通过RNA-Seq和scRNA-Seq技术，基于焦亡相关特征对三阴性乳腺癌患者进行亚型分类，并预测其对化疗-免疫治疗的反应	首次通过焦亡相关特征对三阴性乳腺癌进行亚型分类，并构建了Ps-score评分系统来预测患者的治疗反应和生存率	需要进一步的临床试验来验证Ps-score评分系统在实际治疗中的应用效果	筛选可靠的免疫治疗相关生物标志物，预测三阴性乳腺癌患者的治疗反应和生存率	三阴性乳腺癌患者及其对化疗-免疫治疗的反应	数字病理学	乳腺癌	RNA-Seq, scRNA-Seq	LASSO, COX回归分析	基因表达数据	119名三阴性乳腺癌患者
3139	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics of Cultured Amniotic Fluid Cells Reveals Complex Gene Expression Alterations in Human Fetuses With Trisomy 18 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.825345 PMID:35392164	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析培养的羊水细胞，揭示了患有爱德华兹综合征（三体18）的人类胎儿中复杂的基因表达改变	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了六个细胞群及其在主要组织发育中的功能，并发现了与三体18表型可能相关的新基因区域	NA	阐明三体18异常的复杂性	培养的羊水细胞	数字病理学	三体18	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个正常和三个三体18样本
3140	2024-08-08	Construction of Bone Metastasis-Specific Regulation Network Based on Prognostic Stemness-Related Signatures in Prostate Cancer 2022, Disease markers DOI:10.1155/2022/8495923 PMID:35392496	研究论文	本研究旨在揭示前列腺癌中的癌症干细胞相关基因及其在前列腺癌转移中的潜在机制	通过RNA-seq数据和多种生物信息学分析方法，构建了前列腺癌骨转移特异性的调控网络，并探索了潜在的机制和治疗靶点	NA	揭示前列腺癌中的癌症干细胞相关基因及其在前列腺癌转移中的潜在机制	前列腺癌中的癌症干细胞相关基因及其在前列腺癌转移中的潜在机制	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞测序	WGCNA, 一类别逻辑回归(OCLR)	mRNA	406名前列腺癌患者