单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 3101 - 3120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3101 | 2024-08-08 |
Mapping human haematopoietic stem cells from haemogenic endothelium to birth
2022-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04571-x
PMID:35418685
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研究论文 | 本文通过创建单细胞转录组图谱，追踪了人类造血干细胞（HSCs）从胚胎早期到出生的发育过程 | 首次详细描述了HSCs在不同造血部位的成熟过程，并识别了区分HSCs与前体细胞的特定基因标记 | NA | 研究人类造血干细胞的发育过程及其分子机制 | 人类造血干细胞及其前体细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 从胚胎早期到出生的多个造血组织样本 |
| 3102 | 2024-08-08 |
Single Cell Self-Paced Clustering with Transcriptome Sequencing Data
2022-Mar-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23073900
PMID:35409258
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研究论文 | 本文介绍了一种基于F-范数非负矩阵分解的单细胞自步聚类（scSPaC）方法和基于l21-范数非负矩阵分解的稀疏单细胞自步聚类（sscSPaC）方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了scSPaC和sscSPaC方法，通过逐步从简单到复杂添加单细胞，有效减少了噪声数据和异常值的影响 | NA | 解决现有单细胞聚类方法对噪声数据和异常值敏感的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3103 | 2024-08-08 |
Primary Cell Cultures to Study the Regeneration Potential of Murine Müller Glia after MicroRNA Treatment
2022-03-28, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63651
PMID:35404354
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研究论文 | 本文研究了通过微RNA处理后小鼠Müller胶质细胞的再生潜力，使用初级细胞培养模型进行实验。 | 发现微RNA能够将Müller胶质细胞重新编程为视网膜祖细胞，并进一步分化为神经样细胞。 | NA | 研究小鼠Müller胶质细胞在微RNA处理后的再生潜力。 | 小鼠Müller胶质细胞及其再生潜力。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 实验中确认80%-90%的细胞为Müller胶质细胞。 |
| 3104 | 2024-08-08 |
Novel Blood Vascular Endothelial Subtype-Specific Markers in Human Skin Unearthed by Single-Cell Transcriptomic Profiling
2022-03-25, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11071111
PMID:35406678
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术分析健康成人皮肤中血液血管内皮细胞的分子异质性，并识别出六种不同的亚群 | 发现了与不同血管段相关的新的亚型特异性标志物，这些标志物在血管重塑和炎症反应中具有潜在作用 | NA | 揭示人类皮肤中血液血管内皮细胞的分子异质性和功能多样性 | 健康成人皮肤中的血液血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 健康成人皮肤样本 |
| 3105 | 2024-08-08 |
Low-input Nucleus Isolation and Multiplexing with Barcoded Antibodies of Mouse Sympathetic Ganglia for Single-nucleus RNA Sequencing
2022-03-23, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63397
PMID:35404341
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研究论文 | 本文介绍了一种利用条形码抗体对小鼠交感神经节进行低输入核分离和多重化的方法，用于单核RNA测序，以研究心脏交感神经元的生物学结构。 | 本文采用基于液滴的单核RNA测序技术，能够在长期样本保存的同时保持足够的RNA质量，并通过使用 hashtag oligos (HTOs) 进行核条形码化，实现测序后的解复用和样本追溯。 | 该方法主要针对交感神经节，可能不适用于所有类型的神经元。 | 研究心脏交感神经元在健康和疾病状态下的分子生物学结构。 | 小鼠交感神经节的双侧颈上神经节和星状神经节。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序 (snRNA-seq) | NA | RNA | 成年小鼠的交感神经节样本 |
| 3106 | 2024-08-08 |
An Efficient and Universal Protoplast Isolation Protocol Suitable for Transient Gene Expression Analysis and Single-Cell RNA Sequencing
2022-Mar-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23073419
PMID:35408780
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研究论文 | 本文介绍了一种简单高效的植物原生质体制备协议，适用于瞬时基因表达分析和单细胞RNA测序 | 该协议通过两种连续的酶消化过程，成功从多种植物器官中分离出高质量的原生质体，适用于多种表达分析，包括单细胞RNA测序 | NA | 提供一种在植物科学中克服多种植物物种原生质体分离障碍的稳健方法 | 植物原生质体的制备和应用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞悬液 | 多种植物器官（花瓣、果实、块根和雌蕊）的代表性物种 |
| 3107 | 2024-08-08 |
Subpopulations of cancer-associated fibroblasts link the prognosis and metabolic features of pancreatic ductal adenocarcinoma
2022-Mar, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-22-407
PMID:35402584
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研究论文 | 研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群在胰腺导管腺癌（PDAC）中的分子特征及其对临床结果的影响 | 引入了基于单细胞测序数据的算法“scFrac”，用于模拟CAF亚型在TCGA-PDAC队列中的富集及其预后影响，并通过多重免疫组织化学染色在外部验证组中确认 | NA | 揭示CAF亚群在PDAC中的分子特征及其代谢谱，并探索其在肿瘤生物学中的失调机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | 算法 | 基因表达数据 | 66名胰腺导管腺癌患者 |
| 3108 | 2024-08-08 |
IL-17 Producing Lymphocytes Cause Dry Eye and Corneal Disease With Aging in RXRα Mutant Mouse
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.849990
PMID:35402439
|
研究论文 | 研究RXRα突变小鼠中IL-17相关机制在干眼病发展中的作用 | 首次揭示了RXRα在抑制干眼病诱导的IL-17产生淋巴细胞生成中的作用，并识别RXRα作为干眼病的潜在治疗靶点 | NA | 探讨IL-17相关机制在RXRα突变小鼠干眼病发展中的作用 | RXRα突变小鼠的干眼病症状及IL-17产生淋巴细胞 | NA | 干眼病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术，共聚焦显微镜 | NA | 基因表达数据 | Pinkie小鼠与野生型C57BL/6小鼠的比较研究 |
| 3109 | 2024-08-08 |
Comprehensive Analysis of Nasal Polyps Reveals a More Pronounced Type 2 Transcriptomic Profile of Epithelial Cells and Mast Cells in Aspirin-Exacerbated Respiratory Disease
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.850494
PMID:35418991
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了鼻息肉中上皮细胞和肥大细胞的转录组特征，特别是在阿司匹林加重呼吸疾病患者中的表现 | 首次详细描述了阿司匹林不耐受患者鼻息肉中上皮细胞和肥大细胞的转录组差异，并揭示了这些细胞在疾病发病机制中的潜在作用 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究鼻息肉中上皮细胞和肥大细胞在阿司匹林不耐受患者中的转录组特征及它们在疾病发病机制中的作用 | 鼻息肉中的上皮细胞和肥大细胞 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 10名阿司匹林加重呼吸疾病患者和9名慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者 |
| 3110 | 2024-08-08 |
Discovery of Novel Circulating Immune Complexes in Lupus Nephritis Using Immunoproteomics
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.850015
PMID:35419005
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研究论文 | 本研究通过免疫蛋白质组学方法，发现并验证了系统性红斑狼疮肾炎（LN）中的新型循环免疫复合物（ICx）作为潜在生物标志物。 | 本研究首次通过蛋白质A/G磁珠或C1q包被板捕获LN血清中的ICx，并利用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）和单细胞RNA测序（scRNA Seq）数据库筛选出潜在的ICx标志物。 | NA | 发现系统性红斑狼疮肾炎（LN）中的新型循环免疫复合物（ICx）作为潜在生物标志物。 | 系统性红斑狼疮肾炎（LN）患者的血清样本。 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS），单细胞RNA测序（scRNA Seq） | NA | 蛋白质 | 验证队列包括62名LN患者和21名健康对照（HC）。 |
| 3111 | 2024-08-08 |
Integrin α11β1 in tumor fibrosis: more than just another cancer-associated fibroblast biomarker?
2022-Dec, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1007/s12079-022-00673-3
PMID:35378690
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综述 | 本文综述了胶原蛋白结合整合素α11β1在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的作用，强调其在肿瘤微环境（TME）中调控胶原蛋白组装和基质重塑的核心角色。 | 提出α11β1不仅是另一个生物标志物，而且在TME中作为功能性胶原蛋白受体，对肿瘤生长和转移有重要影响。 | 需要在未来几年内验证这些转录组mRNA数据在蛋白质表达和组织分布水平上的有效性，并找到有用的蛋白质生物标志物试剂，以便在细胞水平上进行成纤维细胞分析。 | 重新评估整合素在癌症相关成纤维细胞中的作用，并探讨其在肿瘤生长和进展中的角色。 | 研究胶原蛋白结合整合素α11β1在癌症相关成纤维细胞中的作用及其对肿瘤微环境的影响。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类组织中的泛成纤维细胞系 |
| 3112 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Role of Pancreatic Secretome in COVID-19 Associated Multi-organ Dysfunctions
2022-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-022-00513-3
PMID:35394619
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨了胰腺分泌蛋白在COVID-19相关多器官功能障碍中的作用 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染导致胰腺内分泌细胞表达谱向腺泡和导管细胞特异性表达谱转变，并发现多种上调的分泌蛋白与多器官疾病相关 | NA | 探究SARS-CoV-2感染引起的多器官功能障碍的机制 | 胰腺分泌蛋白在COVID-19相关多器官功能障碍中的作用 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 3113 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals cell type diversity of human prostate
2022-11, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2022.03.009
PMID:35395421
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析了四种人前列腺组织的细胞组成 | 首次鉴定出18种具有独特基因表达特征和特性的细胞类型，并发现其中一种上皮细胞群与免疫功能相关 | NA | 揭示人类前列腺中细胞类型的多样性及其在前列腺疾病和癌症发展中的作用 | 人类前列腺组织中的细胞类型及其在前列腺癌发展中的作用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 四种人前列腺组织 |
| 3114 | 2024-08-08 |
Decoding the annulus fibrosus cell atlas by scRNA-seq to develop an inducible composite hydrogel: A novel strategy for disc reconstruction
2022-Aug, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2022.01.040
PMID:35386822
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解码小鼠纤维环细胞图谱，并基于此开发了一种可诱导的复合水凝胶，用于纤维环重建 | 首次鉴定出一种新的纤维环细胞群体——类成纤维软骨细胞，这种细胞能合成I型和II型胶原蛋白，是纤维环重建的潜在功能细胞。此外，还开发了一种基于甲基丙烯酸化丝素蛋白和甲基丙烯酸化透明质酸的复合水凝胶，用于纤维环缺陷的重建 | NA | 研究纤维环细胞图谱，并开发一种新的纤维环重建策略 | 小鼠纤维环细胞及纤维环重建 | 数字病理学 | 脊椎疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠纤维环细胞 |
| 3115 | 2024-08-08 |
NFkB-signaling promotes glial reactivity and suppresses Müller glia-mediated neuron regeneration in the mammalian retina
2022-07, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24181
PMID:35388544
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研究论文 | 研究NFkB信号通路如何影响啮齿动物视网膜中胶质细胞对损伤的反应以及Müller胶质细胞向神经元的重编程 | 发现NFkB信号通路在损伤后在Müller胶质细胞中被激活，介导免疫细胞的积累，并抑制Müller胶质细胞的神经发生潜力 | NA | 识别调控Müller胶质细胞介导再生的细胞信号通路和基因调控网络 | Müller胶质细胞在哺乳动物视网膜中的神经元再生能力 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3116 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptional diversity of neonatal umbilical cord blood immune cells reveals neonatal immune tolerance
2022-06-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.03.132
PMID:35381424
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）分析新生儿脐带血免疫细胞的转录多样性，揭示新生儿免疫耐受的机制 | 首次系统地分析了新生儿脐带血和成人外周血单个核细胞的组成和差异表达基因，为理解新生儿免疫耐受的潜在机制提供了宝贵资源 | NA | 探究新生儿免疫细胞与成人免疫细胞在基因表达调控上的差异，以及这些差异如何影响新生儿对感染的免疫反应 | 新生儿脐带血免疫细胞和成人外周血单个核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据 | 新生儿脐带血核细胞和成人外周血单个核细胞 |
| 3117 | 2024-08-08 |
scGraph: a graph neural network-based approach to automatically identify cell types
2022-05-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac199
PMID:35394015
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研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络的自动细胞类型识别算法scGraph，利用基因相互作用关系提高细胞类型识别的性能 | scGraph通过图神经网络整合相互作用基因的信息，自动学习生物数据中的基因相互作用关系，并在细胞类型识别任务中优于八种比较方法 | NA | 开发一种新的算法用于从单细胞RNA测序数据中自动识别细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | 数千个细胞 |
| 3118 | 2024-08-08 |
SPCS: a spatial and pattern combined smoothing method for spatial transcriptomic expression
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac116
PMID:35380614
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研究论文 | 本文介绍了一种新的双因素平滑技术——空间和模式组合平滑（SPCS），该技术利用k-最近邻（kNN）技术结合转录组和空间关系信息，以提高空间转录组表达数据的可解释性 | SPCS方法创新性地结合了转录组空间和模式信息，相较于传统的单因素平滑方法，能更有效地利用空间转录组数据 | NA | 开发一种新的平滑技术以提高空间转录组表达数据的可解释性 | 胰腺导管腺癌（PDAC）、背外侧前额叶皮层（DLPFC）和模拟的高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）数据集 | 空间转录组学 | 胰腺癌、卵巢癌 | 空间转录组学 | k-最近邻（kNN） | 转录组数据 | 多个空间转录组数据集 |
| 3119 | 2024-08-08 |
MTD: a unique pipeline for host and meta-transcriptome joint and integrative analyses of RNA-seq data
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac111
PMID:35380623
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研究论文 | 本文开发了一种名为MTD的软件管道，用于全面协同分析和关联单个样本中的宿主和元转录组，使用批量和单细胞RNA-seq数据 | MTD是首个能够系统性分析宿主-微生物相互作用，同时量化宿主和元转录组的工具，适用于组织和单细胞水平 | NA | 开发一种方便的工具，用于系统性分析宿主-微生物相互作用，同时量化宿主和元转录组 | 宿主和元转录组的联合和综合分析 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 单个样本 |
| 3120 | 2024-08-08 |
Parkinson's disease motor symptoms rescue by CRISPRa-reprogramming astrocytes into GABAergic neurons
2022-05-09, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.15252/emmm.202114797
PMID:35373464
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研究论文 | 本文通过CRISPRa技术将星形胶质细胞重编程为GABA能神经元，以缓解帕金森病的运动症状 | 开发了一种敲入小鼠模型，携带双dCas9转录激活系统，以及一种基于AAV的策略，携带intein-split-dCas9与激活剂结合，成功将纹状体星形胶质细胞重编程为GABA能神经元 | NA | 探索通过基因重编程技术治疗帕金森病的新策略 | 帕金森病的运动症状 | 神经科学 | 帕金森病 | CRISPRa, AAV | NA | 单细胞转录组 | 使用6-OHDA帕金森病模型小鼠进行实验 |