单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 3001 - 3020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3001 | 2024-08-08 |
Identifying luminal and basal mammary cell specific genes and their expression patterns during pregnancy
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0267211
PMID:35486595
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据深入分析了未怀孕和怀孕小鼠乳腺上皮细胞，以探索乳腺祖细胞或其后代分化为管腔细胞和肌上皮细胞的机制 | 本研究采用蒙特卡洛特征选择和增量特征选择曲线，结合支持向量机或RIPPER算法，找到了能够将上皮细胞分为不同亚型和阶段的优化基因特征和规则 | NA | 探索乳腺祖细胞或其后代分化为管腔细胞和肌上皮细胞的机制 | 未怀孕和怀孕小鼠的乳腺上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 支持向量机 | 基因表达数据 | 未怀孕和怀孕小鼠的乳腺上皮细胞样本 |
| 3002 | 2024-08-08 |
Phenotypic, transcriptomic and functional profiling reveal reduced activation thresholds of CD8+ T cells in giant cell arteritis
2022-12-23, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keac250
PMID:35460236
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研究论文 | 本研究通过表型、转录组和功能分析揭示了巨细胞动脉炎患者中CD8+ T细胞激活阈值降低的现象 | 首次全面分析了巨细胞动脉炎患者循环和病变中的CD8+ T细胞，并揭示了其激活阈值降低和增殖倾向的表型 | 样本量较小，仅包括14名新诊断的巨细胞动脉炎患者和18名健康对照 | 探讨CD8+ T细胞在巨细胞动脉炎发病机制中的确切作用 | 巨细胞动脉炎患者的循环和病变中的CD8+ T细胞 | NA | 巨细胞动脉炎 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，免疫组化 | NA | 细胞 | 14名新诊断的巨细胞动脉炎患者和18名健康对照 |
| 3003 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq analysis of testicular somatic cell development in pigs
2022-11, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2022.03.014
PMID:35436608
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了关中黑猪在不同年龄阶段的睾丸体细胞发育情况 | 首次在分子水平上详细描述了猪睾丸体细胞的发育和成熟过程，并发现了Sertoli细胞的新标记基因PRND | 研究仅限于关中黑猪，且样本年龄点有限 | 探究猪睾丸体细胞在不同发育阶段的分子特征及其在精子发生中的作用 | 关中黑猪的睾丸体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五个年龄段的关中黑猪睾丸样本 |
| 3004 | 2024-08-08 |
A variety of 'exhausted' T cells in the tumor microenvironment
2022-10-05, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxac013
PMID:35460561
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综述 | 本文综述了肿瘤微环境中各种'耗竭'T细胞亚群的最新见解 | 探讨了CD4+ T细胞和Treg细胞在肿瘤微环境中的耗竭现象，以及单细胞RNA测序揭示的具有细胞毒活性的CD4+ T细胞的耗竭情况 | NA | 揭示新的治疗靶点和策略，以诱导强大的抗肿瘤免疫反应 | 肿瘤微环境中的耗竭T细胞亚群 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 3005 | 2024-08-08 |
Exploring the R-ISS stage-specific regular networks in the progression of multiple myeloma at single-cell resolution
2022-09, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-021-2097-1
PMID:35437648
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了多发性骨髓瘤（MM）在修订国际分期系统（R-ISS）下的细胞异质性和规律网络 | 发现了新的分子、网络和交叉对话对，这些在不同R-ISS阶段的多发性骨髓瘤中具有显著意义 | NA | 旨在改善多发性骨髓瘤的治疗方法 | 多发性骨髓瘤患者及其细胞异质性 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9名多发性骨髓瘤患者和22名其他患者的骨髓瘤细胞 |
| 3006 | 2024-08-08 |
Improved T-cell Immunity Following Neoadjuvant Chemotherapy in Ovarian Cancer
2022-08-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-2834
PMID:35443043
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研究论文 | 本文评估了接受新辅助化疗的晚期上皮性卵巢癌患者外周免疫细胞功能和组成的演变 | 发现新辅助化疗可能通过减少肿瘤负担和增强抗原处理与呈递来缓解肿瘤相关免疫抑制 | 研究样本量较小，仅包括10名患者 | 研究新辅助化疗对晚期上皮性卵巢癌患者外周免疫细胞功能和组成的影响 | 晚期高级别浆液性卵巢癌患者 | NA | 卵巢癌 | RNA测序 | NA | 血液样本 | 10名患者 |
| 3007 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals circadian rhythm disruption associated with poor prognosis and drug-resistance in lung adenocarcinoma
2022-Aug, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.12803
PMID:35436363
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研究论文 | 本研究开发了一种计算算法，用于定义肺腺癌中单细胞RNA测序数据集中的肿瘤内昼夜节律紊乱状态，并探讨其与临床预后和药物抵抗的关系 | 首次使用单细胞转录组数据分析昼夜节律紊乱与肺腺癌预后和药物抵抗的关系，并开发了开源R包CRDscore进行分析 | NA | 探讨昼夜节律紊乱在肺腺癌临床预测中的作用 | 肺腺癌中的昼夜节律紊乱状态及其对预后和药物抵抗的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算算法 | 转录组数据 | 三个代表性的单细胞RNA测序数据集及涉及22种癌症类型的公共批量转录组数据集 |
| 3008 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals heterogeneity in hiPSC-derived muscle progenitors and E2F family as a key regulator of proliferation
2022-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202101312
PMID:35459735
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了hiPSC衍生的肌肉前体细胞图谱，揭示了其异质性并发现了E2F转录因子家族在细胞增殖中的关键作用 | 首次揭示了hiPSC衍生的肌肉前体细胞的异质性，并识别了E2F转录因子家族作为其增殖的关键调节因子 | NA | 研究hiPSC衍生的肌肉前体细胞的异质性及其对再生潜力的影响 | hiPSC衍生的肌肉前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 多个hiPSC衍生的肌肉前体细胞样本 |
| 3009 | 2024-08-08 |
Leveraging single-cell sequencing to unravel intratumour heterogeneity and tumour evolution in human cancers
2022-07, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5914
PMID:35438189
|
综述 | 本文综述了单细胞DNA测序技术及其在解析肿瘤内异质性和肿瘤演化中的应用 | 探讨了单细胞基因组测序技术在研究肿瘤发生、进展、转移和治疗抵抗中的进化动态方面的潜力 | NA | 提高对肿瘤发生、进展和致命性的理解，并促进新型疗法的开发 | 肿瘤内异质性和肿瘤演化 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 3010 | 2024-08-08 |
Discovering single-cell eQTLs from scRNA-seq data only
2022-Jun-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2022.146520
PMID:35452708
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研究论文 | 本文介绍了一种名为eQTLsingle的新方法，该方法仅使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来发现单细胞水平的eQTL | eQTLsingle方法能够在没有基因组数据的情况下，从scRNA-seq数据中检测突变，并使用零膨胀负二项（ZINB）模型对不同基因型的基因表达进行建模，以发现基因型与表型之间的关联 | NA | 研究单细胞水平的eQTL，以理解基因组调控的细胞类型特异性和细胞环境相关性 | 单细胞RNA测序数据中的eQTL | 基因组学 | 脑瘤 | scRNA-seq | ZINB | scRNA-seq数据 | 一个胶质母细胞瘤和胶质球scRNA-seq数据集 |
| 3011 | 2024-08-08 |
Simultaneous brain cell type and lineage determined by scRNA-seq reveals stereotyped cortical development
2022-06-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2022.03.006
PMID:35452605
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析小鼠脑细胞，同时推断细胞类型和细胞谱系，揭示了大脑皮层发育的固定模式 | 首次仅通过scRNA-seq技术同时推断细胞谱系和发育时间点，并识别细胞类型，为无法进行遗传工程的生物（如人类）提供了新的研究方法 | NA | 探索通过单细胞RNA测序技术同时推断细胞谱系和细胞类型的可能性 | 小鼠脑细胞的细胞类型和细胞谱系 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠脑细胞 |
| 3012 | 2024-08-08 |
Dormant state of quiescent neural stem cells links Shank3 mutation to autism development
2022-06, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01563-1
PMID:35444258
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研究论文 | 本文研究了Shank3缺失导致的自闭症谱系障碍（ASD）发展与静息神经干细胞（qNSC）休眠状态之间的关系 | 首次报道了qNSC的休眠状态是控制由Shank3缺乏驱动的ASD表型发展的治疗靶点 | NA | 探索控制自闭症发展的分子靶点 | 静息神经干细胞的休眠状态及其在自闭症发展中的作用 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转座酶可及染色质分析（ATAC-seq） | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | Shank3缺陷小鼠和SHANK3靶向的人类神经干细胞 |
| 3013 | 2024-08-08 |
Astrogenesis in the murine dentate gyrus is a life-long and dynamic process
2022-06-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110409
PMID:35451150
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研究论文 | 本文通过结合免疫组织化学方法、遗传命运图谱、行为范式、单细胞转录组学和体内双光子成像技术，全面评估了小鼠齿状回中星形胶质细胞的生成和增殖过程。 | 研究发现齿状回中的星形胶质细胞生成主要通过局部星形胶质细胞的增殖实现，并且这些细胞能够根据环境和行为刺激调整其增殖，显示出意想不到的可塑性。 | NA | 研究星形胶质细胞在齿状回中的生成和增殖过程及其对海马可塑性的贡献。 | 小鼠齿状回中的星形胶质细胞。 | 神经科学 | NA | 免疫组织化学、遗传命运图谱、单细胞转录组学、双光子成像 | NA | 图像 | 小鼠 |
| 3014 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity of Myf5-Derived Cells and Altered Myogenic Fate in the Absence of SRSF2
2022-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202105775
PMID:35460187
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研究论文 | 本研究探讨了剪接因子SRSF2在肌细胞增殖和肌生成中的作用，通过单细胞RNA测序揭示了Myf5来源细胞的异质性及其在缺乏SRSF2情况下的肌生成命运改变 | 首次揭示了SRSF2在肌细胞增殖和肌生成中的关键作用，并通过单细胞RNA测序展示了Myf5来源细胞的异质性 | NA | 研究SRSF2在肌细胞增殖和肌生成中的作用及其对Myf5来源细胞命运的影响 | Myf5来源细胞和SRSF2在肌生成中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Myf5-cre小鼠缺乏SRSF2的细胞 |
| 3015 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing-Based Characterization of Resident Lung Mesenchymal Stromal Cells in Bronchopulmonary Dysplasia
2022-05-27, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxab023
PMID:35445270
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了正常和氧暴露新生小鼠肺部Ly6a+肺间充质基质细胞（L-MSCs）的表达谱，以探讨其在稳态和损伤后的特性 | 首次详细描述了肺部驻留间充质基质细胞在正常发育和支气管肺发育不良中的再生能力，并提出了Serpinf1作为L-MSCs的新型稳定标记物 | 研究仅限于小鼠模型，且未探讨人类中的相关性 | 旨在表征稳态和损伤后肺部间充质基质细胞的特性 | 肺部驻留间充质基质细胞在正常发育和支气管肺发育不良中的特性 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15,000个Ly6a+ L-MSCs |
| 3016 | 2024-08-08 |
GMHCC: high-throughput analysis of biomolecular data using graph-based multiple hierarchical consensus clustering
2022-05-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac290
PMID:35451457
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研究论文 | 本文开发了一种基于图的多层次共识聚类方法GMHCC，用于高吞吐量生物分子数据分析 | 提出了基于图的无监督特征排序模型和基于图的链接方法，以探索多类型生物分子数据的多层次信息 | 现有的计算方法常受限于高维度、数据异质性和噪声问题 | 开发新的聚类方法以解决生物分子数据分析中的挑战 | 多类型生物分子数据，包括35个癌症基因表达数据集和8个单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | 癌症 | 高吞吐量测序技术 | 基于图的多层次共识聚类（GMHCC） | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据 | 35个癌症基因表达数据集和8个单细胞RNA-seq数据集 |
| 3017 | 2024-08-08 |
scSGL: kernelized signed graph learning for single-cell gene regulatory network inference
2022-05-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac288
PMID:35451460
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞基因调控网络推断方法scSGL，该方法基于图信号处理的图学习方法，能够处理单细胞RNA测序数据中的零值和高比例的细胞周期异质性 | scSGL方法能够学习带有符号的图，这是基因调控网络的一个特征，能够同时考虑基因网络中的激活和抑制关系，并通过核方法处理非线性共表达和有效处理高频零值 | NA | 阐明从大型单细胞RNA测序数据集中基因调控网络的拓扑结构，同时有效捕捉其内在的细胞周期异质性和缺失值 | 单细胞基因调控网络 | 计算系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图学习方法 | 基因表达数据 | 使用模拟数据集、人类和小鼠胚胎数据集进行性能评估 |
| 3018 | 2024-08-08 |
Fibroblastic SMOC2 Suppresses Mechanical Nociception by Inhibiting Coupled Activation of Primary Sensory Neurons
2022-05-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2132-21.2022
PMID:35437277
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研究论文 | 本文研究了成纤维细胞分泌的钙结合蛋白SMOC2在抑制机械痛觉中的作用 | 揭示了成纤维细胞SMOC2通过抑制邻近DRG神经元的耦合激活来抑制机械痛觉的特定作用 | NA | 探讨成纤维细胞分子在痛觉调节中的作用 | 成纤维细胞SMOC2及其在DRG神经元中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 钙成像 | NA | NA | 雌雄小鼠 |
| 3019 | 2024-08-08 |
Cilo-seq: highly sensitive cell-in-library-out single-cell transcriptome sequencing with digital microfluidics
2022-05-17, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d2lc00167e
PMID:35439800
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research paper | 本文介绍了一种基于数字微流控技术的高性能单细胞转录组测序平台Cilo-seq | Cilo-seq平台通过特定的界面设计、微小的反应体积、辅助磁场控制和精确的液滴控制，实现了单细胞的高效分离、核酸扩增、低损耗核酸纯化和高质量文库制备 | NA | 开发一种集成化的单细胞转录组测序平台，以提高检测灵敏度、准确性和成本效率 | 单细胞转录组测序 | digital microfluidics | NA | scRNA-seq | NA | transcriptome | 单个细胞 |
| 3020 | 2024-08-08 |
scDeconv: an R package to deconvolve bulk DNA methylation data with scRNA-seq data and paired bulk RNA-DNA methylation data
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac150
PMID:35453146
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研究论文 | 开发了一个名为scDeconv的R包，用于利用scRNA-seq数据和配对的bulk RNA-DNA甲基化数据来解决DNA甲基化数据的参考缺陷问题，并进行跨组学方式的细胞成分解析 | 提出了一种新的方法，通过利用scRNA-seq数据和配对的bulk RNA-DNA甲基化数据来解决DNA甲基化数据的细胞类型特异性参考缺乏问题，并进行细胞成分的解析 | 需要适当的配对数据集来应用该方法，且目前主要针对DNA甲基化数据，未来可能扩展到其他组学数据 | 开发一种新的方法来解决DNA甲基化数据的细胞类型特异性参考缺乏问题，并进行细胞成分的解析 | DNA甲基化数据、scRNA-seq数据和配对的bulk RNA-DNA甲基化数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, DNA甲基化测序 | 集成模型 | DNA甲基化数据、RNA数据 | 涉及三个测试数据集 |