单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2981	2024-08-08	Detection of Biomarkers for Epithelial-Mesenchymal Transition with Single-Cell Trajectory Inference 2022-04-15, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2704127 PMID:35468686	研究论文	本文提出了一种基于单细胞轨迹推断的方法来检测上皮-间质转化（EMT）过程中的生物标志物	本文提出了一种新的方法，通过差异表达分析来检测EMT进展和逆转谱系的生物标志物，并成功发现了两种未被现有方法检测到的潜在生物标志物PLPP4和LTB	NA	研究目的是开发一种新的方法来检测与EMT相关的生物标志物	研究对象是EMT过程中的生物标志物	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
2982	2024-08-08	Reduced IRF4 expression promotes lytic phenotype in Type 2 EBV-infected B cells 2022-04, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1010453 PMID:35472072	研究论文	本文比较了T1和T2 EBV感染的淋巴母细胞样细胞系（LCLs）中的细胞和病毒基因表达，发现T2 LCLs具有更多的裂解感染细胞和差异表达的细胞基因。	研究发现T2 EBV感染的B细胞中IRF4表达减少，这有助于裂解和潜伏表型，并通过单细胞RNA测序验证了这一发现。	NA	探讨T1和T2 EBV感染的B细胞中细胞和病毒基因表达的差异。	T1和T2 EBV感染的淋巴母细胞样细胞系（LCLs）。	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	约600个差异表达的细胞基因
2983	2024-08-08	Forward single-cell sequencing into clinical application: Understanding of cancer microenvironment at single-cell solution 2022-04, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.782 PMID:35474615	research paper	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在理解癌症微环境分子机制中的应用及其在临床和转化医学中的潜力	强调将scRNA-seq技术转化为临床应用的目标，并探讨其在疾病分子机制探索和治疗反应预测中的价值	目前仍存在大量挑战需要克服，包括scRNA-seq在临床实践中的常规应用问题	推动单细胞测序技术进入临床应用，并探讨其在临床决策中的作用	癌症微环境及其在疾病分子机制、治疗反应预测和患者预后中的作用	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2984	2024-08-08	A Bayesian factorization method to recover single-cell RNA sequencing data 2022-01-24, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100133 PMID:35474868	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯分解方法Bfimpute，用于恢复单细胞RNA测序数据中的缺失事件	Bfimpute算法通过重建潜在的基因和细胞矩阵来填补最终的基因表达矩阵，无需细胞类型标签或批量数据，且能灵活整合用户提供的基因或细胞相关信息	NA	解决单细胞RNA测序数据中的矩阵完成问题，提高数据恢复的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯分解	基因表达矩阵	数万个单细胞
2985	2024-08-08	Single-Cell Profiling of Tumor Microenvironment Heterogeneity in Osteosarcoma Identifies a Highly Invasive Subcluster for Predicting Prognosis 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.732862 PMID:35463309	研究论文	本研究通过综合分析骨肉瘤单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA-seq数据，识别了肿瘤细胞与非肿瘤细胞之间的细胞通讯，并揭示了骨肉瘤微环境中的复杂调控网络	发现与肺转移密切相关的骨肉瘤细胞亚群，并建立了能够准确评估患者转移风险和预后的BCDEG风险回归模型	NA	评估和预测骨肉瘤转移的风险，提高诊断和治疗策略	骨肉瘤的肿瘤微环境异质性及其与转移的关系	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险回归模型	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
2986	2024-08-08	Integrating Bulk Transcriptome and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Landscape of the Immune Microenvironment in Thoracic Aortic Aneurysms 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.846421 PMID:35463756	研究论文	本研究利用多个胸主动脉瘤（TAA）数据集（微阵列数据和单细胞RNA测序数据）以及多种免疫相关算法（ssGSEA、CIBERSORT和Seurat）揭示了TAA中免疫微环境的景观	首次综合利用批量转录组和单细胞RNA测序数据，全面评估了胸主动脉瘤中免疫细胞组成及细胞间通信	NA	阐明免疫细胞浸润在胸主动脉瘤发病机制中的作用	胸主动脉瘤中的免疫细胞及其相互作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个胸主动脉瘤组织样本
2987	2024-08-08	Endoplasmic Reticulum Stress Mediates Renal Tubular Vacuolation in BK Polyomavirus-Associated Nephropathy 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.834187 PMID:35464062	研究论文	本研究探讨了BK多瘤病毒引起的细胞质空泡化的分子机制，并寻找潜在的药物再利用目标	首次揭示了内质网应激在BK多瘤病毒相关肾病中的作用，并通过单细胞RNA测序和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析确定了潜在的治疗药物	NA	探索BK多瘤病毒引起的细胞质空泡化的分子机制，寻找潜在的药物再利用目标	BK多瘤病毒相关肾病中的肾小管细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括多个基因表达数据集和单细胞RNA测序数据
2988	2024-08-08	Pathological Osteoclasts and Precursor Macrophages in Inflammatory Arthritis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.867368 PMID:35464401	综述	本文综述了在炎症性关节炎中，利用单细胞RNA测序和双光子显微镜等新技术，研究巨噬细胞及其分化成的病理性破骨细胞在关节炎症和骨质破坏中的作用	应用单细胞RNA测序和双光子显微镜技术，首次鉴定出与关节炎相关的具有破骨生成能力的巨噬细胞亚群（AtoMs），并实时观察了其在滑膜微环境中的动态变化	NA	探讨新技术如何帮助更好地理解巨噬细胞在炎症性关节炎中的作用，特别是破骨细胞生成在滑膜-骨交界面的作用	巨噬细胞及其分化成的破骨细胞在炎症性关节炎中的作用	数字病理学	关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、双光子显微镜	NA	细胞	NA
2989	2024-08-08	Large-Scale Single-Cell and Bulk Sequencing Analyses Reveal the Prognostic Value and Immune Aspects of CD147 in Pan-Cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.810471 PMID:35464411	研究论文	本研究系统分析了CD147在31种癌症类型中的预后价值和免疫特性	首次全面探讨了CD147在多种癌症类型中的表达及其与免疫浸润、免疫检查点分子和新生抗原水平的关系	NA	探讨CD147在肿瘤发生中的机制及其在多种癌症类型中的预后价值和免疫特性	CD147在31种癌症类型中的表达水平、突变景观及其与免疫特征的关系	数字病理学	多种癌症类型	单细胞测序、批量测序、多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据、免疫特征数据	31种癌症类型的样本
2990	2024-08-08	Natural Killer Cells in Multiple Sclerosis: Entering the Stage 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.869447 PMID:35464427	综述	本文综述了自然杀伤细胞（NK细胞）在多发性硬化症（MS）中的作用及其在MS免疫病理学中的研究进展	利用现代无假设技术如单细胞转录组学揭示了NK细胞的异质性，模糊了适应性和先天免疫之间的界限	NA	探讨NK细胞在多发性硬化症中的作用及其作为预测工具和治疗目标的潜力	自然杀伤细胞在多发性硬化症中的作用	免疫学	多发性硬化症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2991	2024-08-08	Deconvolution of Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma With Single-Cell RNA-Seq Using Frozen Archived Skin Tissue Reveals New Subset of Cancer-Associated Fibroblast 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.856363 PMID:35464471	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）的冷冻保存皮肤组织，揭示了癌症相关成纤维细胞的新亚型	本研究首次通过单细胞RNA测序技术在ATLL的肿瘤微环境中发现了一种新的癌症相关成纤维细胞亚型，该亚型富含表皮生长因子受体（EGFR）相关转录本	研究受限于临床环境中新鲜组织的获取难度	探索成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）在单细胞水平上的分子通路激活情况及肿瘤微环境与肿瘤细胞间的细胞间通讯	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）的冷冻保存皮肤组织	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
2992	2024-08-08	Dissecting chicken germ cell dynamics by combining a germ cell tracing transgenic chicken model with single-cell RNA sequencing 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.03.040 PMID:35465157	研究论文	本文通过结合转基因鸡胚胎模型和单细胞RNA测序技术，研究了鸡生殖细胞发育过程中的动态转录景观	首次使用了一种新的生殖细胞追踪方法来监测和分离不同发育阶段的鸡生殖细胞，并揭示了性别特异性的发育阶段和轨迹	NA	揭示鸡生殖细胞发育过程中的动态转录景观	鸡生殖细胞	生物技术	NA	单细胞RNA测序	转基因鸡胚胎模型	RNA	4,752个雄性和13,028个雌性生殖细胞
2993	2024-08-08	The use of base editing technology to characterize single nucleotide variants 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.03.031 PMID:35465164	综述	本文综述了碱基编辑技术在单核苷酸变异（SNVs）特性研究中的应用及其潜力	探讨了碱基编辑技术与单细胞RNA测序结合的可能性，以加速该领域进展，并强调了其在非欧洲人群遗传机制研究中的潜在应用	当前研究主要集中在欧洲人群，其他人群的遗传特征机制研究不足	加速单核苷酸变异与特定疾病表型的关联研究，并扩展到非欧洲人群	单核苷酸变异及其对人类基因组的影响	NA	NA	碱基编辑技术	NA	RNA测序数据	NA
2994	2024-08-08	Digital Spatial Profiling Reveals Functional Shift of Enterochromaffin Cell in Patients With Ulcerative Colitis 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.841090 PMID:35465329	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，探讨了肠嗜铬细胞在溃疡性结肠炎患者中的功能转变	首次通过数字空间分析技术揭示了肠嗜铬细胞在溃疡性结肠炎中的功能转变，包括蛋白质合成能力的增强和新免疫功能的获得	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性	探究肠嗜铬细胞在溃疡性结肠炎中的功能变化	肠嗜铬细胞及其他上皮细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	数字空间分析	NA	转录组数据	8名溃疡性结肠炎患者和7名健康对照者的结肠镜活检样本
2995	2024-08-08	Synergy of single-cell sequencing analyses and in vivo lineage-tracing approaches: A new opportunity for stem cell biology 2022, Biocell : official journal of the Sociedades Latinoamericanas de Microscopia Electronica ... et. al IF:0.8Q4 DOI:10.32604/biocell.2022.018960 PMID:35475293	研究论文	本文讨论了单细胞测序分析与体内谱系追踪方法在干细胞生物学中的潜在协同作用	结合单细胞测序技术和谱系追踪方法，更清晰地定义干细胞的分化路径	目前难以定义“干细胞”群体内的微异质性	探讨单细胞测序分析与谱系追踪方法在干细胞生物学中的应用	干细胞及其分化路径	干细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
2996	2024-08-08	Contact-Dependent Granzyme B-Mediated Cytotoxicity of Th17-Polarized Cells Toward Human Oligodendrocytes 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.850616 PMID:35479072	研究论文	研究了人类CD4 T细胞介导的少突胶质细胞死亡的机制，发现Th17极化细胞通过释放granzyme B对少突胶质细胞产生直接毒性	首次揭示了Th17极化细胞与少突胶质细胞的生物学显著接触，并通过释放granzyme B产生直接毒性	NA	探讨多发性硬化症中Th17细胞对少突胶质细胞的毒性机制	人类CD4 T细胞和少突胶质细胞	NA	多发性硬化症	荧光和明场活体成像、单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫荧光	NA	细胞	使用了人类原代少突胶质细胞和人类少突胶质细胞系MO3.13
2997	2024-08-08	The Establishment and Experimental Verification of an lncRNA-Derived CD8+ T Cell Infiltration ceRNA Network in Colorectal Cancer 2022, Clinical Medicine Insights. Oncology DOI:10.1177/11795549221092218 PMID:35479766	研究论文	本研究旨在探讨长非编码RNA（lncRNA）在结直肠癌（CRC）中调控CD8+ T细胞功能的潜在机制	成功构建了一个针对结直肠癌中lncRNA介导的CD8+ T细胞浸润的竞争性内源RNA（ceRNA）网络，并发现LINC00657可能是结直肠癌免疫逃逸的关键因素	NA	揭示lncRNA在结直肠癌中调控CD8+ T细胞功能的机制	lncRNA、CD8+ T细胞、结直肠癌	数字病理学	结直肠癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、qPCR	NA	RNA序列数据	使用了来自The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的批量RNA-seq、miRNA-seq和单细胞RNA-seq数据
2998	2024-08-08	Establishment of a Prognostic Model of Lung Adenocarcinoma Based on Tumor Heterogeneity 2022, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2022.807497 PMID:35480896	研究论文	本研究旨在基于肺腺癌（LUAD）的异质性识别独立预后基因，生成预后风险评分模型，并结合其他病理特征构建诺模图以预测患者的总体生存（OS）	本研究首次基于肺腺癌的异质性建立了预后风险评分模型，并发现高风险患者对免疫检查点阻断疗法更敏感	NA	建立一个基于肺腺癌异质性的预后模型，以指导临床实践	肺腺癌（LUAD）患者的预后	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA测序（RNA-seq），体细胞突变分析	风险评分模型，诺模图	基因数据	大量数据
2999	2024-08-08	A Reproducible and Dynamic Workflow for Analysis and Annotation of scRNA-Seq Data 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2281-0_10 PMID:35486243	研究论文	本文介绍了一种可重复且动态的工作流程，用于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的预处理、基因丰度量化以及细胞的可视化和注释	提出了一种可重复且动态的工作流程，用于处理和分析scRNA-Seq数据	NA	开发一种用于scRNA-Seq数据分析和注释的工作流程	scRNA-Seq数据	基因组学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
3000	2024-08-08	Complete Transcriptome Analysis by 5'-End Single-Cell RNA-Seq with Random Priming 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2281-0_11 PMID:35486244	研究论文	本文介绍了一种使用随机引物在Fluidigm C1™平台上进行单细胞5'端转录组分析的方法	该方法能够检测单细胞分辨率下的转录起始位点（TSS），提供更全面的基因调控元件概览，包括非多聚腺苷酸RNA和增强子RNA活性	NA	实现完整的转录组分析	单细胞5'端转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	每次运行可从单个样本中分离和处理多达96个细胞