单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-09-07	De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34271-z PMID:36310179	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习框架的空间反卷积算法Bulk2Space，用于在单细胞分辨率下分析批量RNA-seq数据	Bulk2Space能够利用现有的单细胞和空间转录组学参考数据，同时揭示批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	NA	揭示组织分子结构在单细胞分辨率下的空间和细胞异质性，以更好地理解生物和病理过程	批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习框架	RNA-seq数据	来自两个不同小鼠脑区域的批量转录组数据
282	2024-09-07	Deep transfer learning of cancer drug responses by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34277-7 PMID:36310235	研究论文	本文提出了一种名为scDEAL的深度迁移学习框架，用于整合大规模的批量细胞系数据和单细胞RNA测序数据，以预测单细胞水平的癌症药物反应	scDEAL通过整合药物相关的批量RNA-seq数据和scRNA-seq数据，并将训练好的批量RNA-seq模型迁移到scRNA-seq数据上，实现了单细胞水平药物反应的预测	NA	开发计算方法以预测和解释从临床样本收集的单细胞数据中的癌症药物反应	单细胞RNA测序数据和批量基因表达数据	机器学习	癌症	RNA-seq	深度迁移学习框架	基因表达数据	六个scRNA-seq数据集
283	2024-09-07	Single-cell profiling reveals distinct adaptive immune hallmarks in MDA5+ dermatomyositis with therapeutic implications 2022-10-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34145-4 PMID:36309526	研究论文	通过单细胞RNA测序、流式细胞术和多重免疫组化技术，研究了MDA5阳性皮肌炎患者的免疫特征，揭示了其与治疗相关的免疫标志	首次通过单细胞RNA测序等技术详细描述了MDA5阳性皮肌炎的免疫特征，并发现了与预后相关的免疫标志	研究样本仅限于一名患者，可能影响结果的普适性	揭示MDA5阳性皮肌炎的免疫病理特征，并为未来个性化治疗提供基础	MDA5阳性皮肌炎患者的周围B细胞、T细胞及受影响的肺组织	免疫学	皮肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化	NA	RNA	一名患者
284	2024-09-07	Smoking modulates different secretory subpopulations expressing SARS-CoV-2 entry genes in the nasal and bronchial airways 2022-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-17832-6 PMID:36307504	研究论文	研究吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响	首次在大规模队列中比较鼻腔和支气管样本中SARS-CoV-2进入基因的表达差异，并揭示吸烟状态对这些基因表达的影响	研究仅限于鼻腔和支气管样本，未涵盖其他可能影响SARS-CoV-2感染的组织或器官	探讨吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响及其对疾病严重程度的可能影响	鼻腔和支气管通道中的SARS-CoV-2进入基因表达	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	793个鼻腔样本和1673个支气管样本
285	2024-09-07	The oncogenic fusion protein DNAJB1-PRKACA can be specifically targeted by peptide-based immunotherapy in fibrolamellar hepatocellular carcinoma 2022-10-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33746-3 PMID:36302754	研究论文	研究报道了针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的肽基免疫疗法的识别、特征和应用	首次报道了针对DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法，并展示了其在临床上的有效性	研究仅基于单一患者的数据，需要进一步的临床试验验证	探索针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法	DNAJB1-PRKACA融合蛋白及其衍生的新抗原	NA	肝细胞癌	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	单一患者
286	2024-09-07	ReadZS detects cell type-specific and developmentally regulated RNA processing programs in single-cell RNA-seq 2022-10-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02795-8 PMID:36284317	研究论文	本文介绍了一种名为ReadZS的无注释统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别受调控的RNA加工过程	ReadZS方法不依赖于预先存在的注释，避免了传统方法中对峰值调用启发式和细胞类型聚合测量的依赖	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性和发育调控的RNA加工程序	人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程中的RNA加工过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程的样本
287	2024-09-07	Evaluation of cell-cell interaction methods by integrating single-cell RNA sequencing data with spatial information 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02783-y PMID:36253792	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与空间信息，评估了16种细胞间相互作用方法	提出了利用空间距离分布来评估细胞间相互作用工具的新方法	研究主要基于模拟数据和少量真实数据，可能影响结果的普适性	评估现有的细胞间相互作用方法，并提出一种新的评估框架	16种细胞间相互作用方法的性能	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	NA	RNA测序数据	15个模拟数据集和5个真实数据集
288	2024-09-07	scGWAS: landscape of trait-cell type associations by integrating single-cell transcriptomics-wide and genome-wide association studies 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02785-w PMID:36253801	研究论文	本文介绍了一种名为scGWAS的新方法，通过整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	scGWAS利用单细胞RNA测序数据，推断疾病相关基因在哪些细胞类型中表现，并构建细胞模块，暗示疾病特异性激活的不同过程	scGWAS仅使用每种细胞类型的平均基因表达，并通过虚拟搜索过程构建模块分数的零分布，这可能限制了其对复杂数据模式的解析能力	开发一种新方法，整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	40个全基因组关联研究数据集（平均样本量约为154,000）和18个单细胞RNA测序数据集（总计108万细胞）
289	2024-09-07	Telocytes regulate macrophages in periodontal disease 2022-10-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72128 PMID:36193890	研究论文	研究探讨了牙周组织中成纤维细胞（TCs）在调节巨噬细胞活性中的作用	首次揭示了成纤维细胞在牙周炎中通过HGF/Met信号通路调节巨噬细胞行为的机制	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证	探讨成纤维细胞在牙周炎中对巨噬细胞的调节作用	成纤维细胞和巨噬细胞在牙周组织中的相互作用	NA	牙周病	scRNA-seq和谱系追踪	NA	细胞数据	鼠类牙周组织样本
290	2024-09-07	LRRC15 inhibits SARS-CoV-2 cellular entry in trans 2022-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001805 PMID:36228039	研究论文	研究通过CRISPR激活筛选技术，发现LRRC15是SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	首次发现LRRC15作为SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子，并揭示其在COVID-19患者病理纤维细胞中的表达	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	识别和验证SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	LRRC15在SARS-CoV-2进入细胞中的作用及其在COVID-19患者中的表达	NA	呼吸系统疾病	CRISPR激活筛选技术	NA	RNA测序数据	人类肺部单细胞RNA测序数据
291	2024-09-07	Single-cell multi-omics of human preimplantation embryos shows susceptibility to glucocorticoids 2022-Sep-27, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276665.122 PMID:35948369	研究论文	研究了人类胚胎植入前暴露于糖皮质激素对单细胞多组学特征的影响	首次展示了人类胚胎第7天的单细胞转录组、甲基组和小RNA图谱，并揭示了糖皮质激素暴露对滋养层细胞系分子特征的重编程作用	研究仅限于第7天的胚胎，未涵盖整个植入前阶段	探讨糖皮质激素暴露对人类胚胎植入前发育的分子影响	人类胚胎植入前的单细胞转录组、甲基组和小RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	第7天的人类胚胎样本
292	2024-09-07	Gliotransmission of D-serine promotes thirst-directed behaviors in Drosophila 2022-09-26, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2022.07.038 PMID:35963239	研究论文	本文研究了果蝇在缺水条件下大脑中的分子和细胞适应性变化，特别是星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸促进饮水行为	首次揭示了星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸在果蝇饮水行为中的作用，并发现D-丝氨酸通过结合神经元NMDA型谷氨酸受体来增强饮水行为	研究仅限于果蝇模型，尚未在其他物种中验证	探究缺水条件下果蝇大脑中的分子和细胞适应性变化及其对饮水行为的影响	果蝇在缺水条件下的星形胶质细胞及其释放的D-丝氨酸	神经科学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	缺水果蝇的脑细胞
293	2024-09-07	The spatiotemporal dynamics of microglia across the human lifespan 2022-09-12, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.07.015 PMID:35977545	研究论文	本文研究了人类一生中微胶质细胞在人脑中的时空动态变化	首次在人类大脑中详细分析了微胶质细胞的发育过程，填补了这一领域的知识空白	研究主要基于尸检组织，样本数量有限	探讨微胶质细胞在人类一生中的发育和动态变化	微胶质细胞在人脑中的时空动态	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	97个尸检组织样本
294	2024-09-07	Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level 2022-06-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31388-z PMID:35750885	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了包含超过20万头猪细胞的多器官单细胞转录组图谱，并深入分析了内皮细胞和微胶质细胞的异质性	首次在单细胞水平上揭示了猪细胞的多器官转录组图谱，并发现了内皮细胞的高度异质性和微胶质细胞的进化保守调控网络	NA	研究猪细胞在单细胞水平上的转录组异质性	猪的多器官细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过20万头猪细胞
295	2024-09-07	Embigin is a fibronectin receptor that affects sebaceous gland differentiation and metabolism 2022-06-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.011 PMID:35671757	研究论文	研究了embigin蛋白在皮脂腺分化和代谢中的作用	首次揭示了embigin作为纤维连接蛋白受体，通过调节细胞粘附和代谢影响皮脂腺分化	NA	探讨embigin在皮脂腺分化和代谢中的作用机制	embigin蛋白及其在皮脂腺中的表达和功能	NA	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光、转基因小鼠模型	NA	RNA-seq数据	转基因小鼠模型
296	2024-09-07	Establishment of inclusive single-cell transcriptome atlases from mouse and human tooth as powerful resource for dental research 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1021459 PMID:36299483	研究论文	本文通过整合人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，为牙科研究提供了强大的资源	本文首次整合了人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，并发现了小鼠牙釉质细胞谱系的新候选转录调控因子以及人类牙齿特定上皮区室之间的发育联系	NA	建立全面的单细胞转录组图谱，以促进对牙齿生物学、发育和疾病的创新研究	人和小鼠的牙齿组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同类型的牙齿组织（健康和疾病）的人和小鼠样本
297	2024-09-07	Analysis on heterogeneity of hepatocellular carcinoma immune cells and a molecular risk model by integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1012303 PMID:36311759	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性，并构建了一个分子风险模型	本研究首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了HCC免疫细胞的异质性，并构建了一个基于异质性的八基因预后分层签名	本研究仅使用了Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据，可能存在数据来源的局限性	研究HCC免疫细胞的异质性，并构建一个分子风险模型以精确评估预后风险	肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性及分子风险模型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	使用了GSE149614、HCCDB18、GSA14520和GSE76427数据集中的样本
298	2024-09-07	Recent advances in deciphering oligodendrocyte heterogeneity with single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.1025012 PMID:36313617	综述	本文综述了单细胞转录组学在解析少突胶质细胞异质性方面的最新进展	引入单细胞和单核RNA测序技术揭示了健康中枢神经系统和多种疾病中少突胶质细胞的广泛异质性	NA	总结当前对哺乳动物中枢神经系统中少突胶质细胞异质性的理解	少突胶质细胞的异质性及其在健康和疾病中的功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	NA
299	2024-09-07	Spatial transcriptomics technology in cancer research 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1019111 PMID:36313703	综述	本文综述了空间转录组学技术在癌症研究中的最新进展和应用前景，并探讨了其面临的挑战	空间转录组学技术能够构建空间组织图谱，并表征癌症的时空异质性，有助于识别和理解肿瘤界面和三级淋巴结构等特殊空间区域	本文未具体提及空间转录组学技术的局限性	探讨空间转录组学技术在癌症研究中的应用及其前景	空间转录组学技术在多种癌症类型中的空间异质性分析	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
300	2024-09-07	From multitude to singularity: An up-to-date overview of scRNA-seq data generation and analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.994069 PMID:36263428	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成和分析的最新进展	介绍了从批量RNA测序到当前能够生成数十万细胞的单细胞技术的演变，以及计算工作流程的改进	未提及具体的技术或计算方法的局限性	探讨scRNA-seq技术在生物医学研究中的应用及其发展	单细胞RNA测序技术及其数据分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	数十万细胞