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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of multilineage cardiac organoids derived from human induced pluripotent stem cells
2022-Oct, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac002
PMID:39871934
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析解析人多能干细胞来源的多谱系心脏类器官的发育过程 | 首次建立包含心肌细胞、内皮细胞和平滑肌细胞的多谱系心脏类器官模型,并揭示3D微环境促进心肌细胞成熟的分子机制 | 研究主要基于体外类器官模型,在体验证仅使用大鼠心肌梗死模型 | 探索人多能干细胞来源心脏类器官的发育机制及其在心脏修复中的应用 | 人诱导多能干细胞来源的多谱系心脏类器官 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2025-10-07 |
Correlation between circulating innate lymphoid cell precursors and thymic function
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103732
PMID:35118353
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胸腺在先天淋巴细胞池稳态维持中的作用 | 首次发现循环中存在表达细胞内CD3但不表达表面CD3的ILC前体细胞,并证明其分化能力受组织环境和年龄影响 | 未明确胸腺来源ILC前体在整体ILC池中的具体贡献比例 | 探究胸腺对周围组织先天淋巴细胞池稳态的维持作用 | 先天淋巴细胞前体、胸腺功能、不同组织环境 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和无胸腺裸鼠血液及组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 283 | 2025-10-07 |
Differential responses to immune checkpoint inhibitor dictated by pre-existing differential immune profiles in squamous cell carcinomas caused by same initial oncogenic drivers
2022-Apr-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-022-02337-x
PMID:35366939
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研究论文 | 本研究通过建立两种具有相同致癌驱动但免疫特征不同的鳞状细胞癌模型,揭示了肿瘤内在差异导致免疫检查点抑制剂反应差异的机制 | 首次利用具有相同TP53缺失和PIK3CA超活化但免疫特征不同的鳞癌模型,揭示肿瘤内在差异决定ICI反应差异的机制 | 研究基于小鼠模型,需要进一步在人类患者中验证 | 阐明头颈鳞状细胞癌对免疫检查点抑制剂产生不同反应的机制 | 头颈鳞状细胞癌小鼠模型(KPPA肿瘤系TAb2和TCh3) | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 两种肿瘤细胞系(TAb2和TCh3) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 284 | 2025-10-07 |
β-Hydroxybutyrate suppresses colorectal cancer
2022-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04649-6
PMID:35477756
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研究论文 | 本研究通过代谢物信号通路揭示了β-羟基丁酸通过Hcar2受体和Hopx转录调控因子抑制结直肠癌的机制 | 首次发现酮体BHB通过Hcar2/Hopx通路抑制肠道肿瘤发生,并提出单一代谢物干预可作为结直肠癌防治新策略 | 动物模型与人类临床样本的验证仍需进一步扩大样本量 | 探索代谢物信号通路在结直肠癌预防和治疗中的作用机制 | 自发性动物模型、癌症类器官、结直肠癌患者活检组织 | 癌症代谢研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,饮食筛选,类器官培养 | 动物模型,类器官模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 结直肠癌患者活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2025-10-07 |
Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk
2022-12-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2200086
PMID:36547387
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研究论文 | 本研究揭示了ATP柠檬酸裂解酶(Acly)通过调控乙酰辅酶A代谢和表观遗传交叉对话来影响骨髓分化的机制 | 首次证明Acly缺陷通过乙酰辅酶A剥夺和组蛋白乙酰化修饰改变,调控C/EBP转录因子家族活性,从而促进骨髓分化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类系统中验证 | 探究Acly在造血过程中对骨髓分化的调控机制 | 小鼠谱系阴性、c-Kit富集的造血干细胞和祖细胞 | 表观遗传学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 小鼠造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 286 | 2025-10-07 |
Archetype tasks link intratumoral heterogeneity to plasticity and cancer hallmarks in small cell lung cancer
2022-09-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2022.07.006
PMID:35981544
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研究论文 | 通过原型任务分析将小细胞肺癌的瘤内异质性与可塑性和癌症标志联系起来 | 应用原型分析将SCLC表型异质性重新构建为多任务进化理论,定义了五个优化任务的原型空间 | NA | 研究小细胞肺癌细胞状态异质性和可塑性机制 | 小细胞肺癌细胞系和肿瘤样本 | 计算生物学 | 肺癌 | 转录组测序 | 原型分析、马尔可夫过程模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 287 | 2025-10-07 |
Urine Proteomics and Renal Single-Cell Transcriptomics Implicate Interleukin-16 in Lupus Nephritis
2022-05, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42023
PMID:34783463
|
研究论文 | 通过尿液蛋白质组学和肾脏单细胞转录组学分析,揭示白细胞介素-16在狼疮性肾炎中的重要作用 | 首次结合纵向尿液蛋白质组学和肾脏单细胞转录组学,发现IL-16在狼疮性肾炎中的关键作用 | 样本量较小(30例患者),需要更大规模研究验证 | 探索狼疮性肾炎的新型生物标志物和治疗靶点 | 狼疮性肾炎患者和健康对照 | 生物信息学 | 狼疮性肾炎 | 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据 | 30例狼疮性肾炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
| 288 | 2024-12-17 |
Granzyme K+ CD8 T cells form a core population in inflamed human tissue
2022-06-15, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abo0686
PMID:35704599
|
研究论文 | 研究发现在炎症组织中,表达颗粒酶K(GzmK)的CD8 T细胞构成了一个核心群体,并在类风湿性关节炎(RA)等疾病中发挥重要作用 | 首次发现CD8 T细胞在类风湿性关节炎等疾病中具有显著的炎症驱动作用,并且这些细胞在多种组织和疾病中广泛存在 | 研究主要集中在类风湿性关节炎和少数其他疾病,未来需要进一步验证这些发现在更广泛疾病中的适用性 | 探讨CD8 T细胞在炎症组织中的作用及其在不同疾病中的分布 | 类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的CD8 T细胞 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA数据、流式细胞数据 | 涉及类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的多种组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-12-17 |
Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain
2022-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01022-8
PMID:35260865
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞测序实验中酶解组织对基因表达的影响,并提出了一种新的方法来减少这种影响 | 提出了一个严格验证的协议,保留了体内转录组特征和细胞类型多样性,并揭示了人类死后脑组织中单核RNA测序数据中的类似特征 | 仅在鼠脑和人脑组织中进行了验证,尚未在其他物种或组织类型中进行测试 | 解决单细胞测序中酶解组织引起的基因表达变化问题 | 鼠脑和人脑组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠脑和人脑组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-12-17 |
Dynamic Molecular Profiles of Bone Marrow-Derived Osteoblasts at the Single-Cell Level
2022, Folia biologica
IF:1.1Q4
DOI:10.14712/fb2022068030097
PMID:36689316
|
研究论文 | 研究探讨了单细胞水平上骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹,并识别了不同亚群的特征基因和信号通路 | 研究仅限于小鼠骨髓细胞,未涉及人类样本 | 揭示成骨细胞的异质性及其发育机制,为骨骼系统疾病的研究提供新思路 | 骨髓来源的成骨细胞及其在单细胞水平上的分子特征 | 数字病理学 | 骨骼系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠骨髓细胞的单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-12-15 |
HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs
2022-12, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2022.2031583
PMID:35166645
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研究论文 | 研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异,并探讨了E2F转录程序的作用 | 通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)比较了未感染细胞、携带前整合复合物(PIC)的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组,揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化 | 研究主要集中在转录组水平,未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化 | 探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系 | HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译 | 分子生物学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-12-15 |
scAllele: A versatile tool for the detection and analysis of variants in scRNA-seq
2022-Sep-02, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abn6398
PMID:36054357
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scAllele的工具,用于在单细胞RNA测序数据中检测和分析变异 | scAllele能够检测单核苷酸变异、插入、删除及其与剪接模式的等位基因连锁,并支持等位基因特异性剪接分析,这是其他方法不具备的独特功能 | NA | 开发一种能够从单细胞RNA测序数据中提取多层次信息并揭示新生物学见解的工具 | 单细胞RNA测序数据中的变异及其与剪接模式的关联 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-12-14 |
A high OXPHOS CD8 T cell subset is predictive of immunotherapy resistance in melanoma patients
2022-01-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20202084
PMID:34807232
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学发现了一种高氧化磷酸化(OXPHOS)的CD8 T细胞亚群,该亚群在黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂(ICI)疗法的耐药性相关,并开发了一种基于该细胞亚群转录组特征的ICI疗法反应预测模型 | 首次发现并验证了高OXPHOS的CD8 T细胞亚群(CD8+ TOXPHOS细胞)与黑色素瘤患者ICI疗法耐药性的关联,并开发了基于该细胞亚群的预测模型 | NA | 研究黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂疗法耐药性相关的免疫细胞亚群,并开发预测ICI疗法反应的模型 | 黑色素瘤患者的CD8 T细胞亚群及其与ICI疗法耐药性的关系 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个验证队列中的黑色素瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-12-14 |
Cancer-Associated Fibroblasts and Squamous Epithelial Cells Constitute a Unique Microenvironment in a Mouse Model of Inflammation-Induced Colon Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.878920
PMID:35600339
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和多重免疫荧光成像(MxIF)分析了两种小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境差异 | 发现了AOM/DSS模型中癌症相关成纤维细胞(CAFs)和鳞状上皮细胞的独特微环境,并揭示了它们与肿瘤细胞的潜在机制联系 | NA | 揭示炎症诱导的结直肠癌模型中肿瘤微环境的复杂性 | 小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多重免疫荧光成像(MxIF) | NA | 基因表达数据,图像 | 两种小鼠结直肠癌模型(Lrig1;Apc和AOM/DSS) | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-12-11 |
Multiscale PHATE identifies multimodal signatures of COVID-19
2022-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01186-x
PMID:35228707
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Multiscale PHATE的方法,通过扫描数据的所有粒度级别来学习直接预测疾病结果的抽象生物特征 | 提出了Multiscale PHATE方法,结合扩散凝聚过程,能够在不同分辨率下分析数据拓扑结构,从而提取生物学见解 | NA | 开发一种能够处理复杂和高维数据的计算工具,以提取生物学见解 | COVID-19患者的细胞数据,包括5400万细胞来自168名住院患者 | 生物信息学 | COVID-19 | Multiscale PHATE, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单细胞转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq) | NA | 细胞数据 | 5400万细胞来自168名住院患者 | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-12-08 |
Differential expression of single-cell RNA-seq data using Tweedie models
2022-08-15, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9430
PMID:35656596
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研究论文 | 本文提出使用Tweedie广义线性模型来建模跨平台单细胞RNA测序数据的技术变异性,并比较了其与现有差异表达方法的性能 | 本文提出了一种新的Tweedie广义线性模型和零膨胀Tweedie模型,用于建模单细胞RNA测序数据中的技术变异性和零膨胀现象 | NA | 研究如何更好地识别单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Tweedie广义线性模型 | 基因表达数据 | 使用了合成数据和已发表的基于板和液滴的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-12-08 |
A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike
2022-08-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32232-0
PMID:35927266
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体起源和特性,特别是针对S蛋白S2亚基上的非中和表位的抗体 | 发现了一类针对SARS-CoV-2 S蛋白S2亚基上非中和表位的抗体,这些表位在疫苗使用的S蛋白从原生预融合状态转变时暴露 | NA | 理解SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体的益处和潜在不足 | SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞的特征和起源 | NA | NA | 流式细胞术和单细胞测序 | NA | 细胞 | 未暴露个体的SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-12-08 |
Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159
PMID:36532041
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化 | 首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化 | 研究样本量相对较小,可能影响结果的普适性 | 深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化,特别是康复患者的免疫状态 | COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞多组学(全转录组分析和抗体测序) | 贝叶斯网络模型 | 单细胞转录组和表面标记数据 | 33个个体(健康=4,COVID-19阳性=16,COVID-19康复=13),共163,197个细胞(数据质控后124,726个细胞) | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-12-06 |
APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes
2022-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05439-w
PMID:36385529
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研究论文 | 研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响,特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化,并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系 | 研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞,可能存在样本量和实验条件的限制 | 深入了解APOE4基因对人类大脑的影响,特别是其对髓鞘形成和记忆的影响,为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会 | APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本,诱导多能干细胞衍生的细胞,以及靶向替换小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学分析,组织学和脂质组学分析 | NA | 基因表达数据,组织学和脂质组学数据 | 死后人脑样本,诱导多能干细胞衍生的细胞,靶向替换小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-12-06 |
3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk
2022-09-06, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2022.08.014
PMID:36070683
|
研究论文 | 研究通过生成人类胰腺腺泡细胞、α细胞和β细胞的单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率Hi-C数据,揭示了T2D风险的细胞类型特异性调控架构 | 首次利用3D染色质组织图谱揭示了胰腺不同细胞类型在T2D风险中的特异性调控机制 | 研究主要集中在胰腺细胞类型,未涵盖其他可能影响T2D的细胞类型 | 理解糖尿病风险的细胞类型特异性调控架构 | 人类胰腺的腺泡细胞、α细胞和β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、高分辨率Hi-C | NA | 基因组数据 | 4,750个潜在的因果变异-目标基因对,涉及194个T2D GWAS信号 | NA | NA | NA | NA |