单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-09-10 |
Uncovering the dynamic effects of DEX treatment on lung cancer by integrating bioinformatic inference and multiscale modeling of scRNA-seq and proteomics data
2022-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105999
PMID:35998480
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学推断和多尺度建模，探讨了DEX治疗对肺癌的动态效应 | 创新性地结合了生物信息学和系统生物学方法，开发了多尺度模型来模拟DEX治疗对肺癌细胞的影响，并提供了一个名为BIMM的用户友好工具 | NA | 探讨DEX治疗对肺癌的动态效应及其潜在的临床应用 | 肺癌细胞A549在DEX治疗后的基因表达和蛋白质组学数据 | 生物信息学 | 肺癌 | scRNA-seq, 蛋白质组学 | 多尺度模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 肺癌细胞A549的时间序列数据 |
| 282 | 2024-09-10 |
DestVI identifies continuums of cell types in spatial transcriptomics data
2022-09, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01272-8
PMID:35449415
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DestVI的方法，用于在空间转录组数据中识别细胞类型的连续变异 | DestVI通过变分推断解卷积空间转录组数据，能够识别同一类型细胞内的转录组连续变异，优于现有方法 | NA | 开发一种新方法以在空间转录组数据中识别细胞类型的连续变异 | 空间转录组数据中的细胞类型连续变异 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 变分推断 | 转录组数据 | 感染的淋巴结和鼠肿瘤模型中的样本 |
| 283 | 2024-09-10 |
Immune features of COVID-19 convalescent individuals revealed by a single-cell RNA sequencing
2022-Jul, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2022.108767
PMID:35453072
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示COVID-19康复者外周血样本中的免疫特征 | 首次系统地绘制了COVID-19康复者外周血样本中SARS-CoV-2特异性免疫反应的表型景观，揭示了T细胞和B细胞在康复过程中的复杂功能 | 研究仅限于外周血样本，未涉及其他组织或器官的免疫反应 | 探讨自然感染后免疫反应的持续性及其对长期免疫保护的重要性 | COVID-19康复者的外周血样本 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | COVID-19康复者的外周血样本 |
| 284 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell sequencing and histopathological analyses reveal diverse injury and repair responses in a participant with acute kidney injury: a clinical-molecular-pathologic correlation
2022-06, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.03.011
PMID:35339536
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-09-10 |
Single-Cell Transcriptome Identifies Drug-Resistance Signature and Immunosuppressive Microenvironment in Metastatic Small Cell Lung Cancer
2022-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202100060
PMID:36618022
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了转移性小细胞肺癌中的药物抗性特征和免疫抑制微环境 | 首次揭示了转移性小细胞肺癌在单细胞水平上的异质性，并发现了与药物抗性和免疫抑制相关的基因表达模式 | 研究样本仅来自七名患者，可能无法完全代表所有转移性小细胞肺癌的情况 | 探究转移性小细胞肺癌在单细胞水平上的异质性及其与药物抗性和免疫抑制微环境的关系 | 转移性小细胞肺癌患者的淋巴结样本中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 24,081个细胞，来自七名转移性小细胞肺癌患者 |
| 286 | 2024-09-10 |
Multiomic analysis for optimization of combined focal and immunotherapy protocols in murine pancreatic cancer
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.73218
PMID:36451859
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研究论文 | 本文研究了在小鼠胰腺癌中结合局部和系统性免疫疗法的优化策略 | 通过多组学分析，结合磁共振引导聚焦超声（MRgFUS）消融和抗体疗法，优化了免疫疗法在小鼠胰腺癌中的应用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 优化结合局部和系统性免疫疗法在胰腺癌中的应用 | 小鼠胰腺癌和乳腺癌模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序、光谱流式细胞术、组织学分析 | NA | 基因组数据、细胞数据 | 两个小鼠模型：KPC胰腺腺癌模型和NDL乳腺腺癌模型 |
| 287 | 2024-09-10 |
Sparcle: assigning transcripts to cells in multiplexed images
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac048
PMID:36699413
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Sparcle的概率模型，用于在多重图像中将转录本分配给细胞 | Sparcle模型基于基因协变模式和空间特征（如到细胞核的距离）重新分配转录本，无需精确的细胞分割，适用于多种技术平台 | NA | 提高空间转录组学中转录本分配的准确性 | 多重图像中的转录本分配 | 计算机视觉 | NA | 荧光原位杂交（FISH） | 概率模型 | 图像 | NA |
| 288 | 2024-09-10 |
Single-cell RNA-seq data analysis using graph autoencoders and graph attention networks
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1003711
PMID:36568390
|
研究论文 | 本文开发了一种基于图神经网络的多模态模型scGAEGAT，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了结合图自编码器和图注意力网络的多模态模型scGAEGAT，用于处理非欧几里得空间数据 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据的基因插补和细胞聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 四个具有金标准细胞标签的单细胞RNA测序数据集 |
| 289 | 2024-09-10 |
LFSC: A linear fast semi-supervised clustering algorithm that integrates reference-bulk and single-cell transcriptomes
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1068075
PMID:36531230
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LFSC的线性快速半监督聚类算法，该算法利用参考样本（来自bulk RNA测序数据）来识别单细胞转录组中的细胞类型 | LFSC通过构建锚点图来描述参考样本与细胞之间的关系，并通过应用连接性约束来保留底层聚类结构，其总体复杂度与数据大小呈线性关系，显著提高了有效性和效率 | NA | 研究细胞异质性在疾病中的作用，并开发新的聚类算法来识别复杂组织中的细胞类型 | 单细胞转录组数据和bulk RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝癌 | RNA测序 | 聚类算法 | 转录组数据 | NA |
| 290 | 2024-09-10 |
Single-cell profiling of T cells uncovers a tissue-resident memory-like T-cell subset associated with bidirectional prognosis for B-cell acute lymphoblastic leukemia
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.957436
PMID:36532049
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研究论文 | 研究分析了B细胞急性淋巴细胞白血病患者外周血T细胞的单细胞RNA测序数据，发现了一种与双向预后相关的组织驻留记忆样T细胞亚群 | 首次发现了一种在B细胞急性淋巴细胞白血病患者中升高的循环CD103+ T细胞亚群，该亚群具有双向发育潜力，与患者的预后密切相关 | 研究样本量较小，仅包括三名B细胞急性淋巴细胞白血病患者和11名健康对照 | 深入理解T细胞亚型与B细胞急性淋巴细胞白血病患者预后之间的关系 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者的T细胞亚型及其与预后的关系 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三名B细胞急性淋巴细胞白血病患者和11名健康对照，共分析了16,143个B-ALL患者T细胞和53,701个健康成人T细胞 |
| 291 | 2024-09-10 |
Advances in Single-Cell Sequencing Technology and Its Applications in Triple-Negative Breast Cancer
2022, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S388534
PMID:36540278
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研究论文 | 本文综述了单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用进展 | 单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用，揭示了肿瘤细胞的异质性、转移、耐药机制、突变和克隆性 | NA | 探讨单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用及其对临床治疗的指导作用 | 三阴性乳腺癌肿瘤细胞 | 生物技术 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-09-10 |
Detection of differentially expressed genes in spatial transcriptomics data by spatial analysis of spatial transcriptomics: A novel method based on spatial statistics
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.1086168
PMID:36523429
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研究论文 | 本文介绍了一种名为空间转录组学空间分析（saSpatial）的新方法，用于检测空间转录组数据中的差异表达基因 | 提出了一种基于空间统计学的新方法saSpatial，能够同时考虑基因表达的位置和数量信息，相比传统方法FindMarkers，能够检测到更多有价值的差异表达基因 | NA | 开发一种能够有效检测空间转录组数据中差异表达基因的新方法 | 空间转录组数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | 缺血性脑卒中 | 空间统计学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 293 | 2024-09-10 |
Single-cell analyses reveal the therapeutic effects of ATHENA and its mechanism in a rhabdomyosarcoma patient
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.1039145
PMID:36523982
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研究论文 | 研究报道了ATHENA疫苗在一名横纹肌肉瘤患者中的治疗效果及其机制 | 开发了一种改进的全细胞肿瘤疫苗ATHENA，并展示了其在横纹肌肉瘤患者中的治疗效果 | 研究样本量较小，仅涉及一名患者 | 探讨ATHENA疫苗在横纹肌肉瘤患者中的治疗效果及其机制 | 一名6岁男性横纹肌肉瘤患者 | NA | 横纹肌肉瘤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1名患者 |
| 294 | 2024-09-10 |
Single-cell atlases link macrophages and CD8+ T-cell subpopulations to disease progression and immunotherapy response in urothelial carcinoma
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.77281
PMID:36451860
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了上尿路上皮癌中的免疫细胞亚群及其与免疫治疗反应的关系 | 首次使用单细胞RNA测序研究上尿路上皮癌，并开发了一种新的基因表达特征（Macro-C3评分）来预测免疫治疗反应 | 研究仅限于上尿路上皮癌和膀胱尿路上皮癌，样本量相对较小 | 探讨上尿路上皮癌中免疫细胞亚群与疾病进展及免疫治疗反应的关系 | 上尿路上皮癌患者的手术组织样本 | 数字病理学 | 泌尿系统癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 13个手术组织样本，404个膀胱尿路上皮癌样本，158个上尿路上皮癌样本，348个转移性尿路上皮癌样本 |
| 295 | 2024-09-08 |
Understanding the aging hypothalamus, one cell at a time
2022-12, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2022.10.004
PMID:36272823
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综述 | 本文综述了下丘脑功能对衰老的贡献，并强调了单细胞研究在理解下丘脑衰老及其在长寿中的作用方面的潜力 | 利用单细胞RNA测序等技术，颠覆了关于下丘脑细胞类型转录身份的假设，揭示了不同细胞类型随年龄的变化 | NA | 总结当前关于下丘脑功能对衰老贡献的知识，并探讨单细胞'组学技术在进一步理解下丘脑衰老及其在长寿中作用的方法 | 下丘脑的神经肽能神经元及其在衰老过程中的变化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome reveals differentiation between adaxial and abaxial mesophyll cells in Brassica rapa
2022-12, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13919
PMID:36039389
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-09-08 |
Spatially aware dimension reduction for spatial transcriptomics
2022-11-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34879-1
PMID:36418351
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研究论文 | 本文开发了一种空间感知降维方法SpatialPCA，用于空间转录组数据的分析 | SpatialPCA能够提取空间转录组数据中的低维表示，保留生物信号和空间相关结构 | NA | 开发一种新的方法来分析空间转录组数据，并应用于肿瘤微环境和大脑皮层的分析 | 空间转录组数据，特别是肿瘤微环境和大脑皮层的转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | PCA | 转录组数据 | NA |
| 298 | 2024-09-08 |
NetREX-CF integrates incomplete transcription factor data with gene expression to reconstruct gene regulatory networks
2022-11-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04226-7
PMID:36418514
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NetREX-CF的方法，通过整合不完整的转录因子数据和基因表达数据来重建基因调控网络 | NetREX-CF结合了协同过滤技术来解决先验知识的不完整性，并使用基于稀疏网络成分分析的生物学合理模型来处理基因表达数据 | NA | 解决基因调控网络重建中先验知识不完整的问题 | 酵母和果蝇Schneider 2细胞的基因调控网络 | 系统生物学 | NA | RNA-Seq | 协同过滤 | 基因表达数据 | 465个表达的转录因子 |
| 299 | 2024-09-08 |
Identification and Validation of UPF1 as a Novel Prognostic Biomarker in Renal Clear Cell Carcinoma
2022-11-20, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13112166
PMID:36421841
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研究论文 | 研究探讨了UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次系统分析了UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响，并验证了其作为预后生物标志物的潜力 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义 | UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | NA | RNA | 使用了来自TCGA、GEO和ArrayExpress数据库的bulk RNA测序数据以及肾透明细胞癌的单细胞测序数据 |
| 300 | 2024-09-08 |
How does the structure of data impact cell-cell similarity? Evaluating how structural properties influence the performance of proximity metrics in single cell RNA-seq data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac387
PMID:36151725
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研究论文 | 本文探讨了数据结构如何影响细胞间相似性，并评估了结构属性对单细胞RNA测序数据中邻近度量性能的影响 | 开发了一个框架，深入评估了17种邻近度量在单细胞RNA测序数据核心结构属性方面的性能 | 研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的生物数据 | 评估不同邻近度量在单细胞RNA测序数据中的性能，并探讨数据结构属性对其影响 | 单细胞RNA测序数据中的邻近度量和数据结构属性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |