单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 2941 - 2960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2941 | 2024-08-08 |
High-throughput single-сell sequencing in cancer research
2022-05-03, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-022-00990-4
PMID:35504878
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综述 | 本文综述了高通量单细胞测序技术在肿瘤细胞演化、肿瘤免疫学和肿瘤免疫治疗领域的临床应用 | 介绍了单细胞测序在评估肿瘤进展、环境扰动响应、肿瘤微环境异质性和细胞间相互作用中的应用 | 讨论了单细胞分析在癌症研究中的局限性 | 总结单细胞测序在肿瘤研究中的临床应用，并分析肿瘤细胞对治疗的响应和免疫检查点免疫治疗的响应或抵抗 | 肿瘤细胞、基质细胞和浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 大量细胞 |
| 2942 | 2024-08-08 |
Ferroptosis-related local immune cytolytic activity in tumor microenvironment of basal cell and squamous cell carcinoma
2022-05-02, Aging
DOI:10.18632/aging.204057
PMID:35501667
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研究论文 | 本研究系统分析了铁死亡相关基因（FRGs）及其在基底细胞癌（BCC）和鳞状细胞癌（SCC）中的局部免疫细胞溶解活性（LICA）和肿瘤微环境（TME）代谢功能差异 | 首次详细揭示了铁死亡在BCC和SCC中的作用，并提出了基于FRGs的NQO1稳态模型 | 仅基于两个bulk RNA-seq数据集和一个单细胞RNA-seq数据集进行分析，可能需要更多数据支持 | 提高对BCC和SCC肿瘤进展及治疗效果差异的理解，寻找潜在的治疗靶点 | 基底细胞癌（BCC）和鳞状细胞癌（SCC） | 数字病理学 | 皮肤癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 两个bulk RNA-seq数据集（GSE7553和GSE125285）和一个单细胞RNA-seq数据集（GSE123813） |
| 2943 | 2024-08-08 |
Expression-based species deconvolution and realignment removes misalignment error in multispecies single-cell data
2022-May-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04676-0
PMID:35501695
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研究论文 | 本文介绍了一种新的生物信息学流程，用于处理多物种单细胞数据中的错配错误，通过基于表达的物种反卷积和重对齐来最小化错误 | 开发了一种新的生物信息学流程，用于处理人和鼠混合单细胞分析中的错配错误和外显子多重映射事件 | NA | 评估错配错误和外显子多重映射事件的影响，并开发新的算法来最小化这些错误 | 人和鼠混合单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 包含乳腺癌异种移植组织的多种物种多样本单细胞文库 |
| 2944 | 2024-08-08 |
The macrophage-associated microRNA-4715-3p / Gasdermin D axis potentially indicates fibrosis progression in nonalcoholic fatty liver disease: evidence from transcriptome and biological data
2022-05, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2022.2072602
PMID:35521691
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研究论文 | 本研究旨在探索非酒精性脂肪肝病（NAFLD）进展中可能指示或介导的新因子，通过使用多个批量和单细胞RNA测序数据集，明确了细胞群体的景观，并发现了NAFLD进展过程中显著高浸润的巨噬细胞（MPs）。 | 本研究通过蛋白质-蛋白质相互作用分析和验证，确定了八个作为有前景目标的枢纽基因，并预测了微小RNA（miR）-蛋白质相互作用，验证了在游离脂肪酸（FFA）诱导的巨噬细胞损伤模型中的作用。 | NA | 探索非酒精性脂肪肝病进展中可能指示或介导的新因子 | 非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的巨噬细胞及相关分子 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个批量和单细胞RNA测序数据集 |
| 2945 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic and chromatin accessibility analyses of dairy cattle peripheral blood mononuclear cells and their responses to lipopolysaccharide
2022-Apr-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-08562-0
PMID:35501711
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研究论文 | 本研究首次报道了奶牛外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞转录组和染色质可及性分析及其对脂多糖（LPS）刺激的响应 | 首次进行了奶牛PBMCs的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），并分析了LPS刺激后的细胞响应 | NA | 研究奶牛PBMCs对LPS刺激的单细胞转录组和染色质可及性响应 | 奶牛外周血单个核细胞（PBMCs）及其对LPS的响应 | 数字病理学 | 乳腺炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 转录组数据，染色质可及性数据 | 涉及多种细胞类型，包括CD4 T细胞、CD8 T细胞、B细胞、单核细胞、自然杀伤细胞、固有淋巴细胞和树突状细胞 |
| 2946 | 2024-08-08 |
Dissecting Human Gonadal Cell Lineage Specification and Sex Determination Using A Single-cell RNA-seq Approach
2022-04, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.04.002
PMID:35513251
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类胚胎和胎儿中的胎儿生殖细胞（FGCs）和性腺体细胞，揭示了性腺发育中的细胞亚型和信号通路作用 | 发现了新的细胞亚型，如POU5F1SPARC FGCs和KRT19体细胞，并揭示了BMP信号通路在睾丸发育中的特定作用 | NA | 研究性腺细胞谱系特化和性别决定机制 | 人类胚胎和胎儿中的胎儿生殖细胞和性腺体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 涉及多个胚胎和胎儿样本 |
| 2947 | 2024-08-08 |
Identify the Prognostic and Immune Profile of VSIR in the Tumor Microenvironment: A Pan-Cancer Analysis
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.821649
PMID:35493077
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研究论文 | 本研究系统探讨了VSIR在33种癌症肿瘤微环境中的预后和免疫特征 | 首次全面分析了VSIR在多种癌症中的表达模式及其与肿瘤免疫的关系，并预测了针对VSIR的敏感药物和免疫治疗价值 | NA | 探讨VSIR在肿瘤微环境中的预后和免疫特征 | VSIR在33种癌症肿瘤微环境中的表达和功能 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞测序分析，免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据 | 33种癌症的样本 |
| 2948 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Metastatic Testicular Seminoma Reveals the Cellular and Molecular Characteristics of Metastatic Cell Lineage
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.871489
PMID:35494058
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了转移性睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征 | 首次构建了转移性睾丸精原细胞瘤的单细胞图谱，并发现了特定表达的分子标记 | 研究样本仅来自单一患者，可能限制了结果的普遍性 | 揭示睾丸精原细胞瘤，特别是转移性肿瘤细胞的分子特征 | 转移性睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征 | 数字病理学 | 睾丸癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 共18,206个高质量单细胞转录组信息 |
| 2949 | 2024-08-08 |
A Regularized Multi-Task Learning Approach for Cell Type Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.788832
PMID:35495159
|
研究论文 | 本文提出了一种基于正则化多任务学习（RMTL）的框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测 | 该方法通过同时学习与特定细胞类型相关的亚群，简化了在每个集群中寻找潜在标记基因的繁琐过程 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞类型预测的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 正则化多任务学习 | RNA测序数据 | 使用了从单细胞RNA测序实验构建的参考数据进行训练，并应用于查询数据集 |
| 2950 | 2024-08-08 |
Identification of Neutrophil-Related Factor LCN2 for Predicting Severity of Patients With Influenza A Virus and SARS-CoV-2 Infection
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.854172
PMID:35495713
|
研究论文 | 本研究旨在探索与流感A病毒和SARS-CoV-2感染严重程度相关的免疫相关宿主因子，特别是中性粒细胞相关的LCN2因子 | 发现LCN2在中性粒细胞中显著上调，并与疾病严重程度正相关，为预测和治疗流感A病毒及SARS-CoV-2感染的严重病例提供了新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探索与流感A病毒和SARS-CoV-2感染严重程度相关的免疫相关宿主因子和核心生物标志物 | 流感A病毒和SARS-CoV-2感染患者 | 数字病理学 | 流感 | 酶联免疫吸附试验（ELISA） | NA | 单细胞转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 2951 | 2024-08-08 |
Proximal and Distal Regions of Pathogenic Th17 Related Chromatin Loci Are Sequentially Accessible During Pathogenicity of Th17
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.864314
PMID:35514969
|
研究论文 | 本文研究了致病性Th17相关染色质位点的近端和远端区域的染色质可及性，并探讨了其在Th17致病性中的作用 | 首次全面比较了致病性Th17和常规调节性Th17的染色质可及性，并发现致病性Th17特异的染色质可及区域（patho-ChARs）在TSS近端区域有显著分布偏好 | NA | 揭示致病性Th17生成的新调控机制，为自身免疫疾病治疗提供新思路 | 致病性Th17和常规调节性Th17的染色质可及性 | NA | 自身免疫疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 染色质可及性数据 | NA |
| 2952 | 2024-08-08 |
Mapping Breast Cancer Microenvironment Through Single-Cell Omics
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.868813
PMID:35514975
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综述 | 本文综述了乳腺癌微环境的最新研究，特别是通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术分析不同细胞类型的异质性和空间位置 | 讨论了新型单细胞组学技术如多组学联合分析模式和深度学习网络架构对乳腺癌免疫微环境未来研究的影响 | 对乳腺癌微环境的复杂性仍有许多未知之处，特别是微环境细胞的独特模式及其在发病机制中的支持作用尚未充分评估 | 提供对乳腺癌微环境的更全面认识，并为临床分类、诊断和治疗提供注释 | 乳腺癌微环境中的不同细胞类型，包括T细胞、B细胞、巨噬细胞/单核细胞、中性粒细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞表达数据 | NA |
| 2953 | 2024-08-08 |
Single-Cell Characterization of Hepatic CD8+ T Cells in a Murine Model of Primary Biliary Cholangitis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.860311
PMID:35514982
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了在小鼠原发性胆管炎模型中肝内CD8+ T细胞的功能异质性 | 首次在小鼠原发性胆管炎模型中详细描述了肝内CD8 T细胞亚群的发育和分化轨迹 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 阐明肝内免疫细胞在人类和实验性原发性胆管炎发病机制中的重要作用 | 肝内CD8+ T细胞及其在原发性胆管炎发病机制中的作用 | NA | 原发性胆管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了dnTGFβRII小鼠模型 |
| 2954 | 2024-08-08 |
Accurate Machine Learning Model to Diagnose Chronic Autoimmune Diseases Utilizing Information From B Cells and Monocytes
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.870531
PMID:35515003
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研究论文 | 本研究利用大规模公开的单细胞RNA测序数据，通过数据集整合和细胞间相互作用分析，建立了一个无偏随机森林机器学习模型，用于区分系统性红斑狼疮患者和健康捐赠者，并能准确识别类风湿关节炎和多发性硬化症患者。 | 本研究首次利用单细胞RNA测序数据和机器学习模型，不仅区分系统性红斑狼疮患者和健康捐赠者，还能准确识别其他慢性自身免疫疾病患者。 | NA | 开发一个高效的机器学习模型，用于准确诊断慢性自身免疫疾病。 | 系统性红斑狼疮、类风湿关节炎和多发性硬化症患者。 | 机器学习 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机森林 | RNA测序数据 | 3.1 × 10 PBMCs来自十五名系统性红斑狼疮患者和八名健康捐赠者，3.8 × 10 PBMCs来自二十八名系统性红斑狼疮患者和八名健康捐赠者，以及688个样本的bulk RNA-seq数据。 |
| 2955 | 2024-08-08 |
Identification of Cell Subpopulations and Interactive Signaling Pathways From a Single-Cell RNA Sequencing Dataset in Osteosarcoma: A Comprehensive Bioinformatics Analysis
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.853979
PMID:35515114
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据集对骨肉瘤进行综合生物信息学分析，识别了细胞亚群及其相互作用信号通路 | 首次探索了骨肉瘤中的单细胞RNA测序数据集，揭示了11种聚类细胞类型及其在原发、转移和复发骨肉瘤中的新型细胞间相互作用 | NA | 阐明骨肉瘤发展的分子机制 | 骨肉瘤组织中的细胞亚群及其相互作用信号通路 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11个骨肉瘤组织样本 |
| 2956 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Human Corpus Cavernosum Reveals Cellular Heterogeneity Landscapes in Erectile Dysfunction
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.874915
PMID:35518933
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了严重勃起功能障碍（ED）患者的人体海绵体组织中的细胞异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了ED患者人体海绵体组织中的细胞类型异质性及其基因表达特征 | 研究样本量较小，仅包括三名患者，未来研究需扩大样本量以验证结果的普遍性 | 评估严重ED患者人体海绵体组织中细胞种群的多样性 | 人体海绵体组织中的细胞种群 | 数字病理学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三名患者的阴茎组织样本 |
| 2957 | 2024-08-08 |
Viral receptor profiles of masked palm civet revealed by single-cell transcriptomics
2022-11, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2022.04.009
PMID:35490934
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2958 | 2024-08-08 |
Dynamical Systems Model of RNA Velocity Improves Inference of Single-cell Trajectory, Pseudo-time and Gene Regulation
2022-08-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2022.167606
PMID:35489382
|
研究论文 | 本文开发了RNA-ODE框架，通过普通微分方程（ODE）模型量化系统级动态，改进单细胞数据分析 | 提出RNA-ODE框架，能够通过解决动态方程预测和外推每个细胞的表达轨迹，相比现有方法更准确地估计细胞状态谱系和伪时间 | NA | 改进单细胞RNA-seq数据的分析，提高对细胞发育谱系和动态的推断 | 单细胞RNA-seq数据，特别是RNA速度的推断 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | ODE | 基因表达数据 | NA |
| 2959 | 2024-08-08 |
Reduced adhesion of aged intestinal stem cells contributes to an accelerated clonal drift
2022-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201408
PMID:35487692
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研究论文 | 本文研究了衰老过程中肠道干细胞的粘附性降低如何加速克隆漂移 | 首次揭示了衰老肠道干细胞粘附性降低对克隆动态的影响 | NA | 探讨衰老对肠道干细胞克隆动态的影响 | 年轻和老年小鼠的肠道干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1,920个高Lgr5肠道干细胞 |
| 2960 | 2024-08-08 |
A common epigenetic mechanism across different cellular origins underlies systemic immune dysregulation in an idiopathic autism mouse model
2022-08, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01566-y
PMID:35491410
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，追踪了自闭症小鼠模型中免疫失调的发展起源，发现HDAC1介导的表观遗传机制在不同细胞前体中改变，影响胚胎期的造血作用和微胶质细胞发育，导致免疫系统失调。 | 揭示了从大脑到肠道免疫失调的共同机制，并为针对免疫失调型自闭症亚型的治疗提供了新视角。 | NA | 探究自闭症中免疫失调的内在机制及其发展起源。 | 自闭症小鼠模型中的免疫失调现象。 | 数字病理学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |