单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 2921 - 2940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2921 | 2024-08-08 |
DIALOGUE maps multicellular programs in tissue from single-cell or spatial transcriptomics data
2022-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01288-0
PMID:35513526
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research paper | 本文介绍了一种名为DIALOGUE的方法，用于从单细胞或空间转录组数据中系统地揭示组织中的多细胞程序（MCPs） | DIALOGUE方法能够从空间数据或单细胞数据中识别与动物行为相关的MCPs，并在未见数据上恢复空间属性，优于其他方法和指标 | NA | 旨在解码组织中细胞的功能相互作用 | 多细胞程序（MCPs）及其在健康和疾病中的多细胞调控分析 | digital pathology | lung cancer, Alzheimer's disease, ulcerative colitis | single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics | NA | spatial data, single-cell data | 包括小鼠的多个脑区（下丘脑、小脑、视觉皮层和大脑皮层）以及人类肺癌数据 |
| 2922 | 2024-08-08 |
scESI: evolutionary sparse imputation for single-cell transcriptomes from nearest neighbor cells
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac144
PMID:35512331
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研究论文 | 本文提出了一种名为scESI的进化稀疏插补算法，用于从最近邻细胞中插补单细胞转录组数据，以解决单细胞RNA测序中的普遍数据丢失问题 | scESI算法基于细胞间的基因调控关系构建稀疏表示模型，并通过非支配排序遗传算法优化框架，迭代搜索全局最优解，学习Pareto最优的细胞间亲和矩阵 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据质量，减少数据噪声 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏表示模型 | 基因表达数据 | NA |
| 2923 | 2024-08-08 |
A Markov random field model-based approach for differentially expressed gene detection from single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac166
PMID:35514182
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研究论文 | 本文介绍了一种基于马尔可夫随机场模型的新统计模型MARBLES，用于从单细胞RNA测序数据中检测跨条件的差异表达基因 | MARBLES模型通过借用相似细胞类型的信息并利用细胞类型特异性伪批量计数来考虑样本水平变异性，从而比现有方法更有效地检测差异表达基因 | NA | 开发一种新的统计模型，用于从单细胞RNA测序数据中检测差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫随机场模型 | RNA测序数据 | 包括一个含有24,381个细胞和11,076个基因的小鼠数据集，以及一个含有76,212个细胞和15,891个基因的人类帕金森病数据集 |
| 2924 | 2024-08-08 |
Airway Macrophages Encompass Transcriptionally and Functionally Distinct Subsets Altered by Smoking
2022-08, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0563OC
PMID:35522264
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研究论文 | 本研究探讨了吸烟和慢性阻塞性肺病（COPD）对人类肺泡巨噬细胞（AMs）异质性的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析，揭示了吸烟相关肺泡巨噬细胞的转录特征，包括解毒、氧化应激和促炎反应 | 研究样本仅包括健康非吸烟者、无COPD的吸烟者和有COPD的吸烟者，可能未能涵盖所有相关人群 | 探索吸烟和COPD对肺泡巨噬细胞异质性的影响 | 人类肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 健康非吸烟者、无COPD的吸烟者和有COPD的吸烟者的肺泡巨噬细胞 |
| 2925 | 2024-08-08 |
Abnormal Cyclic Nucleotide Signaling at the Outer Mitochondrial Membrane In Sympathetic Neurons During the Early Stages of Hypertension
2022-07, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究探讨了高血压早期阶段交感神经元中细胞外线粒体膜上异常的环核苷酸信号传导 | 发现了在高血压前期自发性高血压大鼠的星状神经节神经元中，外线粒体膜上的环腺苷酸和环鸟苷酸水平下降，并揭示了PDE2A和PDE6D在其中的作用 | NA | 研究高血压早期阶段交感神经元中环核苷酸信号传导的异常及其机制 | 交感神经元中的环核苷酸信号传导 | NA | 高血压 | 单细胞RNA测序，Forster共振能量转移传感器 | NA | RNA序列数据 | 年轻Wistar大鼠神经元及自发性高血压大鼠神经元 |
| 2926 | 2024-08-08 |
Well-Paired-Seq: A Size-Exclusion and Locally Quasi-Static Hydrodynamic Microwell Chip for Single-Cell RNA-Seq
2022-07, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202200341
PMID:35521945
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Well-paired-seq的新型单细胞RNA测序技术，该技术通过尺寸排除和局部准静态流体动力学原理，提高了细胞捕获和珠子配对的效率 | Well-paired-seq通过双阱设计，结合尺寸排除和局部准静态流体动力学原理，实现了高密度的单细胞/珠子配对，显著提高了细胞捕获和配对效率 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序平台，以揭示细胞状态的异质性 | 单细胞RNA测序技术及其在基础和临床研究中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约200,000个细胞，来自21个样本 |
| 2927 | 2024-08-08 |
Isolation of macrophages from mouse skin wounds for single-cell RNA sequencing
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101337
PMID:35496783
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研究论文 | 本文描述了一种从皮肤伤口中分离免疫细胞并进行单细胞RNA测序的方法 | 使用改进的Smart-seq2协议提高了速度和准确性 | NA | 理解组织修复中巨噬细胞的异质性 | 皮肤伤口中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2928 | 2024-08-08 |
miR-6077 promotes cisplatin/pemetrexed resistance in lung adenocarcinoma via CDKN1A/cell cycle arrest and KEAP1/ferroptosis pathways
2022-Jun-14, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2022.03.020
PMID:35505963
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术，发现miR-6077通过调控CDKN1A/细胞周期阻滞和KEAP1/铁死亡途径，促进肺癌腺癌对顺铂/培美曲塞的耐药性 | 首次揭示miR-6077在肺癌腺癌中通过调控CDKN1A和KEAP1途径影响顺铂/培美曲塞的耐药性，为克服临床化疗耐药提供新策略 | NA | 探讨miR-6077在肺癌腺癌中对顺铂/培美曲塞耐药性的作用机制 | 肺癌腺癌细胞及其对顺铂/培美曲塞的耐药性 | 数字病理学 | 肺癌 | CRISPR-Cas9筛选, RNA测序, 单细胞测序 | NA | RNA | 细胞系和患者来源的异种移植模型 |
| 2929 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis
2022-05-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.04.009
PMID:35512701
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研究论文 | 本研究利用Stereo-seq技术对91个斑马鱼胚胎切片在发育前24小时内的六个关键时间点进行了空间转录组分析，重建了斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运转变和分子变化的空间解析发育轨迹。 | 首次在接近细胞大小的分辨率下，通过空间转录组学技术，详细描绘了斑马鱼胚胎发育过程中的基因表达景观和发育轨迹。 | NA | 旨在通过空间转录组学技术，深入理解脊椎动物胚胎发育过程中的细胞命运决定和分子变化。 | 斑马鱼胚胎在发育前24小时内的基因表达和细胞命运转变。 | 数字病理学 | NA | Stereo-seq | NA | 空间转录组数据 | 91个斑马鱼胚胎切片，覆盖六个关键时间点，共获得152,977个spots。 |
| 2930 | 2024-08-08 |
Deep neural network modeling identifies biomarkers of response to immune-checkpoint therapy
2022-May-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104228
PMID:35494249
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研究论文 | 开发了一种名为DeepGeneX的计算框架，利用深度神经网络模型和特征消除技术，从单细胞RNA测序数据中筛选出六个关键基因，用于预测免疫检查点抑制剂治疗的反应 | 首次利用深度神经网络模型从大量基因数据中筛选出关键的六个基因，用于准确预测免疫疗法的反应 | NA | 开发一种新的计算框架，用于识别预测免疫检查点疗法反应的生物标志物 | 单细胞RNA测序数据和免疫检查点抑制剂治疗的反应 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因数据 | 约26,000个基因 |
| 2931 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals the Comma-1D cell line as a unique model for mammary gland development and breast cancer
2022-05-15, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.259329
PMID:35502723
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究，揭示了Comma-1D细胞系在乳腺发育和乳腺癌研究中的独特模型作用 | 发现Comma-1D细胞系包含具有腔上皮和基底上皮特征的主要细胞群，以及具有混合谱系和双潜能特征的较小细胞群 | 研究主要基于细胞系模型，可能与体内情况存在差异 | 研究乳腺上皮细胞异质性的发展及其对肿瘤发生的影响 | Comma-1D细胞系及其在乳腺发育和乳腺癌研究中的应用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个Comma-1D细胞群 |
| 2932 | 2024-08-08 |
Simplified, Shear Induced Generation of Double Emulsions for Robust Compartmentalization during Single Genome Analysis
2022-May-11, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.1c22692
PMID:35502700
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研究论文 | 本文展示了双乳液滴（DE）在单基因分析中通过防止内容混合来解决单乳液滴（SE）的不稳定性问题 | 开发了一种简单的一层双乳液滴制造装置，兼容简单的表面处理，使得双乳液滴设备的制造更加容易，促进了其更广泛的应用 | NA | 解决单乳液滴在分析过程中的不稳定性问题，提高多步骤反应在液滴中的可行性 | 双乳液滴的稳定性和其在单基因分析中的应用 | 微流控技术 | NA | 微流控技术 | NA | 液滴 | NA |
| 2933 | 2024-08-08 |
scSemiAE: a deep model with semi-supervised learning for single-cell transcriptomics
2022-May-05, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04703-0
PMID:35513780
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scSemiAE的半监督降维方法，基于自编码器模型，用于单细胞转录组学数据分析 | scSemiAE方法利用带有细胞亚群标签的数据集信息，指导寻找更好的低维表示，从而简化进一步分析 | NA | 开发一种半监督学习方法，用于单细胞RNA测序数据的降维和细胞亚群识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 自编码器（Autoencoder） | 转录组数据 | 五个公共数据集 |
| 2934 | 2024-08-08 |
Correction: Single-cell RNA sequencing of cultured human endometrial CD140b+CD146+ perivascular cells highlights the importance of in vivo microenvironment
2022-May-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-022-02872-6
PMID:35513860
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2935 | 2024-08-08 |
Dual functions of microRNA-17 in maintaining cartilage homeostasis and protection against osteoarthritis
2022-05-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30119-8
PMID:35508470
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研究论文 | 本文研究了微RNA-17在维持软骨稳态和预防骨关节炎中的双重功能 | 首次报道了微RNA-17在骨关节炎中的保护作用及其通过靶向病理分解代谢因子来预防骨关节炎的机制 | NA | 探讨微RNA-17在维持软骨稳态和预防骨关节炎中的作用 | 微RNA-17在骨关节炎中的表达及其对软骨细胞的影响 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及透明软骨中的两种不同表层软骨细胞群体（C1/C2） |
| 2936 | 2024-08-08 |
Author Correction: scGNN is a novel graph neural network framework for single-cell RNA-Seq analyses
2022-May-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30331-6
PMID:35508488
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2937 | 2024-08-08 |
Single-cell N6-methyladenosine regulator patterns guide intercellular communication of tumor microenvironment that contribute to colorectal cancer progression and immunotherapy
2022-05-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03395-7
PMID:35509079
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据，探讨了N6-甲基腺苷（m6A）RNA甲基化调节因子在肿瘤微环境（TME）中的作用，以及其对结直肠癌进展和免疫治疗的影响 | 首次揭示了m6A甲基化介导的肿瘤微环境细胞间通信在调控肿瘤生长和抗肿瘤免疫调节过程中的作用 | NA | 探究m6A RNA甲基化在肿瘤微环境中的功能及其对结直肠癌进展和免疫治疗的影响 | 结直肠癌肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 非负矩阵分解（NMF） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 65,362个单细胞来自33个结直肠癌肿瘤样本 |
| 2938 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Distinct Immune Landscape of Myeloid Cells in Coronary Culprit Plaques Causing Acute Coronary Syndrome
2022-05-03, Circulation
IF:35.5Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2939 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveal a unique memory-like NK cell subset that accumulates with ageing and correlates with disease severity in COVID-19
2022-05-03, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01049-3
PMID:35501841
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了一种独特的记忆样NK细胞亚群，该亚群随年龄积累，并与COVID-19疾病严重程度相关 | 发现了一种独特的记忆样NK细胞亚群（NK2.1），该亚群在老年人群中积累，具有促炎特性，并表现出I型干扰素反应状态 | NA | 研究年龄对人类NK细胞的影响，特别是在单细胞水平上，并探讨其在COVID-19疾病中的作用 | 人类淋巴细胞和NK细胞，以及COVID-19患者和健康个体的NK细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 总共124名年轻和老年健康捐赠者，以及56名年轻和老年COVID-19患者 |
| 2940 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the immune heterogeneity and the repopulation of microglia by Hif1α in mice after spinal cord injury
2022-05-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-04864-z
PMID:35504882
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠脊髓损伤后免疫细胞的异质性和微胶质细胞的再生过程 | 首次展示了脊髓损伤后微胶质细胞的再生来源及其调控因子Hif1α的作用 | NA | 探究脊髓损伤后微胶质细胞的再生机制及其对功能恢复的影响 | 小鼠脊髓损伤后的免疫细胞和微胶质细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠脊髓损伤后的早期和晚期阶段的免疫细胞 |