单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 2881 - 2900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2881 | 2024-08-08 |
Computational Identification of Preneoplastic Cells Displaying High Stemness and Risk of Cancer Progression
2022-07-18, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0668
PMID:35536873
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CancerStemID的新型计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞的干细胞指数，并验证了其在人食管鳞状细胞癌（ESCC）中的应用 | CancerStemID方法能够识别未分化的癌前细胞，这些细胞的转录组状态在侵袭性癌症中过度表达 | NA | 研究细胞分化状态作为癌症风险和进展的标志，并开发早期检测和风险预测的新策略 | 单细胞的分化状态及其与癌症发展的关系 | 生物信息学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 两个食管鳞状细胞癌（ESCC）队列及一个ESCC发展的小鼠模型 |
| 2882 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the existence of pro-metastatic subpopulation within a parental B16 murine melanoma cell line
2022-07-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.05.003
PMID:35550198
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了B16小鼠黑色素瘤细胞系中存在促进转移的亚群 | 首次在单细胞水平上揭示了从原发性黑色素瘤到转移的演变过程，并识别了与转移相关的差异表达基因 | NA | 理解黑色素瘤从原发到转移的演变机制 | B16小鼠黑色素瘤细胞系及其高转移性亚克隆 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | B16F0和B16F10细胞的单细胞转录组数据 |
| 2883 | 2024-08-08 |
Follistatin-like 1 (FSTL1) interacts with Wnt ligands and Frizzled receptors to enhance Wnt/β-catenin signaling in obstructed kidneys in vivo
2022-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2022.102010
PMID:35525270
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研究论文 | 本文研究了Follistatin-like 1 (FSTL1)在肾脏阻塞中的作用及其与Wnt/β-catenin信号通路的相互作用 | 首次揭示了FSTL1作为Wnt/β-catenin信号通路的新型细胞外增强因子，通过与Wnt配体和Frizzled受体相互作用来促进肾脏纤维化 | 研究主要集中在小鼠模型和人类患者样本上，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于其他物种或其他病理条件 | 探讨FSTL1在肾脏纤维化中的作用及其对Wnt/β-catenin信号通路的调控机制 | FSTL1在阻塞性肾脏中的表达及其对肾脏纤维化的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类患者的肾脏组织样本 |
| 2884 | 2024-08-08 |
Serine Protease Inhibitors Restrict Host Susceptibility to SARS-CoV-2 Infections
2022-06-28, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00892-22
PMID:35532162
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research paper | 本研究使用基于多个人类供体来源的肺细胞3D模型，通过转录组学方法发现较低易感性的供体显示出丝氨酸蛋白酶抑制剂SERPINA1、SERPINE1和SERPINE2的高表达水平，这些蛋白酶抑制剂通过抑制细胞丝氨酸蛋白酶TMPRSS2来阻止病毒刺突蛋白的切割和TMPRSS2介导的病毒进入靶细胞，从而限制宿主对SARS-CoV-2感染的易感性。 | 本研究首次确定了丝氨酸蛋白酶抑制剂作为限制宿主对SARS-CoV-2感染易感性的因素，并揭示了其抗病毒机制。 | 研究主要基于体外肺细胞模型，尚未在临床上验证丝氨酸蛋白酶抑制剂的治疗效果。 | 旨在识别影响个体对SARS-CoV-2易感性的宿主因子，并探索其作为抗病毒药物开发的潜在靶点。 | 研究对象为人类肺细胞模型中的丝氨酸蛋白酶抑制剂及其对SARS-CoV-2感染的影响。 | NA | COVID-19 | 转录组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个供体来源的肺细胞 |
| 2885 | 2024-08-08 |
Kidney Organoids Are Capable of Forming Tumors, but Not Teratomas
2022-06-22, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxac009
PMID:35524742
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研究论文 | 研究iPSC衍生的肾脏类器官在免疫缺陷小鼠模型中的长期安全性和稳定性，以及其肿瘤形成能力 | 发现肾脏类器官在长期植入后具有形成肿瘤的能力，并揭示了与未分化iPSCs相关的独特甲基化基因簇 | 未检测到导致肿瘤细胞在肾脏类器官中出现的遗传变化 | 研究肾脏类器官的长期安全性和稳定性，以及其恶性转化的潜力 | iPSC衍生的肾脏类器官及其在免疫缺陷小鼠模型中的肿瘤形成能力 | 再生医学 | 肾脏疾病 | 基因表达分析，单细胞测序，免疫组化 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据，组织学数据 | 103个植入的肾脏类器官 |
| 2886 | 2024-08-08 |
Genomic sequences and RNA-binding proteins predict RNA splicing efficiency in various single-cell contexts
2022-06-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac321
PMID:35552604
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研究论文 | 本文通过利用最新的RNA速度工具，评估了多种单细胞RNA-Seq数据集中的相对剪接效率，并发现大量基因组特征和120种RNA结合蛋白特征对跨多个组织和器官的相对RNA剪接效率具有高度预测性 | 本文首次展示了基因组特征和RNA结合蛋白特征对跨多个组织和器官的相对RNA剪接效率的高度预测性 | NA | 旨在理解基因表达的调控机制和估计单细胞中的RNA速度 | RNA剪接效率及其在不同单细胞环境中的基因组调控和随机性 | 基因组学 | NA | RNA-Seq | NA | 基因组特征和RNA结合蛋白特征 | 多种单细胞RNA-Seq数据集 |
| 2887 | 2024-08-08 |
Developmental landscape of human forebrain at a single-cell level identifies early waves of oligodendrogenesis
2022-06-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.04.016
PMID:35523173
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC-seq技术，揭示了人类前脑在胚胎发育早期的少突胶质细胞生成过程 | 首次在人类前脑中发现并证实了早在胚胎发育第8周就出现的少突胶质细胞谱系细胞的第一波生成 | NA | 探究人类前脑在胚胎发育早期的少突胶质细胞生成过程及其调控机制 | 人类前脑的神经多样性和少突胶质细胞生成 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq, 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及胚胎发育第8至10周的人类前脑样本 |
| 2888 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptional profiling of human carotid plaques reveals a subpopulation of endothelial cells associated with stroke incidences
2022-06, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17354
PMID:35527426
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术分析了有症状和无症状患者颈动脉斑块中的细胞异质性，并揭示了与中风发生相关的内皮细胞亚群 | 首次揭示了有症状和无症状颈动脉斑块中内皮细胞的异质性，并发现了与斑块稳定性和出血相关的特定基因AOC3 | NA | 揭示不同颈动脉斑块中的细胞异质性及其与中风发生的关系 | 有症状和无症状患者的颈动脉斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 有症状和无症状患者的颈动脉斑块样本 |
| 2889 | 2024-08-08 |
A downsampling method enables robust clustering and integration of single-cell transcriptome data
2022-06, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2022.104093
PMID:35537690
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研究论文 | 本文提出了一种基于最小无偏代表点（MURP）的模型驱动下采样算法，用于增强单细胞转录组数据的聚类和整合 | MURP算法通过减少基因水平的随机独立误差并保留生物学来源的协方差结构，提供了一种无偏的细胞群体表示 | NA | 调整单细胞RNA测序数据中的随机噪声、采样偏差和批次效应，以增强下游分析的鲁棒性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | MURP | 转录组数据 | NA |
| 2890 | 2024-08-08 |
Lineage tracing reveals the phylodynamics, plasticity, and paths of tumor evolution
2022-05-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.04.015
PMID:35523183
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研究论文 | 本研究通过引入一个具有单细胞RNA测序读出的进化谱系追踪系统，在Kras;Trp53(KP)驱动的肺腺癌小鼠模型中，以空前的分辨率追踪了从单个转化细胞到转移性肿瘤的肿瘤进化过程。 | 研究首次在单细胞水平上追踪了肿瘤从初始稳定状态到转移性亚克隆的进化过程，揭示了肿瘤进化的层次性质和可塑性的变化。 | 研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证。 | 揭示肿瘤进化的动态过程和可塑性，以及肿瘤发展的典型进化轨迹。 | Kras;Trp53(KP)驱动的肺腺癌小鼠模型中的肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及从小鼠模型中获得的多个肿瘤样本 |
| 2891 | 2024-08-08 |
scIMC: a platform for benchmarking comparison and visualization analysis of scRNA-seq data imputation methods
2022-05-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac317
PMID:35524568
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研究论文 | 本文介绍了scIMC平台，用于比较和可视化分析scRNA-seq数据插补方法 | 开发了首个集成所有先进插补方法的在线平台scIMC，用于基准比较和可视化分析 | NA | 全面评估和比较现有的scRNA-seq数据插补方法 | scRNA-seq数据插补方法的性能 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | 深度学习模型 | scRNA-seq数据 | 六个模拟数据集和两个真实数据集 |
| 2892 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing: a promising approach for uncovering the mechanisms of tumor metastasis
2022-05-12, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-022-01280-w
PMID:35549970
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在肿瘤转移机制研究和治疗策略开发中的应用 | 单细胞测序技术结合人工智能用于液体活检中循环肿瘤细胞的识别，为肿瘤转移治疗提供了新策略 | 讨论了单细胞测序技术的前景和局限性，为寻找治疗靶点和转移机制提供了理论基础 | 探索肿瘤转移机制和开发治疗策略 | 肿瘤转移相关的恶性生物特征、细胞图谱构建、治疗靶点识别 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序（SCS） | NA | 基因组学、转录组学和表观遗传学数据 | 单个细胞级别 |
| 2893 | 2024-08-08 |
Variant calling from scRNA-seq data allows the assessment of cellular identity in patient-derived cell lines
2022-05-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30230-w
PMID:35551450
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2894 | 2024-08-08 |
Conservation and divergence of myelin proteome and oligodendrocyte transcriptome profiles between humans and mice
2022-05-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.77019
PMID:35543322
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研究论文 | 本文通过定量蛋白质组学分析人类和鼠类髓鞘的蛋白质组成，发现结构髓鞘蛋白的相对丰度在人类和C57Bl/6N鼠之间高度相关，但也存在一些特异性的蛋白质表达差异 | 首次系统比较了人类和鼠类髓鞘蛋白质组和少突胶质细胞转录组谱的相似性与差异性 | NA | 探讨人类和鼠类髓鞘蛋白质组成和少突胶质细胞转录组谱的相似性与差异性 | 人类和鼠类的髓鞘蛋白质和少突胶质细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 定量蛋白质组学 | NA | 蛋白质 | 人类和C57Bl/6N鼠的髓鞘样本 |
| 2895 | 2024-08-08 |
Decoding the pathogenesis of Diamond-Blackfan anemia using single-cell RNA-seq
2022-May-10, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00389-z
PMID:35534476
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了来自不同治疗组（未治疗、糖皮质激素响应和非响应）的Diamond-Blackfan贫血（DBA）患者的纯化红系前体细胞的转录组 | 首次将红系前体细胞的固有较短细胞周期与DBA发病机制联系起来，并证明了干扰素介导的细胞周期控制在糖皮质激素临床疗效中的作用 | NA | 探索Diamond-Blackfan贫血的发病机制及潜在治疗策略 | DBA患者的红系前体细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自不同治疗组的DBA患者骨髓中的红系前体细胞 |
| 2896 | 2024-08-08 |
Robust and scalable barcoding for massively parallel long-read sequencing
2022-05-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-11656-0
PMID:35538127
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研究论文 | 本文介绍了使用NS-watermark条形码技术在ONT MinION平台上对两种远缘物种的扩增子进行标记和同时测序的方法 | 首次报道了基于微阵列的合成作为大型寡核苷酸池来源用于条形码技术，并实现了迄今为止最大数量的非随机标签并行测序 | NA | 验证NS-watermark条形码在长读长测序技术中的错误校正能力和应用潜力 | NS-watermark条形码在ONT MinION平台上的应用 | 测序技术 | NA | ONT | NA | 序列数据 | 3840个NS-watermark条形码 |
| 2897 | 2024-08-08 |
Identification of distinct non-myogenic skeletal-muscle-resident mesenchymal cell populations
2022-05-10, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110785
PMID:35545045
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研究论文 | 本文通过多种技术手段，包括谱系/报告基因分析、流式细胞术、单细胞RNA测序、免疫荧光染色和分化实验，对正常和受伤的小鼠肌肉中的非肌源性肌肉驻留间充质细胞进行了详细鉴定 | 本文首次鉴定出六种不同的Pdgfra非肌源性肌肉驻留间充质细胞群，并描述了它们从共同前体细胞向两个不同分化轨迹的演变 | NA | 进一步定义肌肉驻留间充质细胞群 | 非肌源性肌肉驻留间充质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色 | NA | 细胞 | 小鼠肌肉组织 |
| 2898 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics provides insights into hypertrophic cardiomyopathy
2022-05-10, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110809
PMID:35545053
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术分析肥厚型心肌病患者的间隔心肌切除样本，揭示了与疾病相关的基因、转录因子和细胞大小的功能联系 | 首次利用单细胞RNA测序技术在人类肥厚型心脏中揭示了心肌细胞异质性和分子事件，为开发增强疗法提供了新见解 | NA | 深入理解驱动心肌细胞肥大的基因网络，以改进治疗策略 | 肥厚型心肌病患者的间隔心肌切除样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 2899 | 2024-08-08 |
Global coordination level in single-cell transcriptomic data
2022-05-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-11507-y
PMID:35534606
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研究论文 | 本文系统分析了单细胞转录组数据中基因全局协调水平（GCL）的性能 | 开发了一种'自上而下'的方法来评估单细胞转录组数据中基因之间的全局协调水平 | 单个异常细胞可能对计算出的GCL有不成比例的影响，且GCL受数据中集群存在的影响 | 评估和分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中基因的全局协调水平 | 单细胞转录组数据中的基因协调水平 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 2900 | 2024-08-08 |
Adamantinomatous craniopharyngioma cyst fluid can trigger inflammatory activation of microglia to damage the hypothalamic neurons by inducing the production of β-amyloid
2022-May-07, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-022-02470-6
PMID:35525962
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research paper | 本研究构建了一种新的动物模型，用于研究颅咽管瘤囊液引起的下丘脑损伤及其机制 | 首次发现颅咽管瘤囊液能够触发小胶质细胞的炎症激活，从而损伤下丘脑 | NA | 构建可靠的颅咽管瘤囊液诱导的下丘脑损伤动物模型，并探索囊液导致下丘脑损伤的具体机制 | 颅咽管瘤囊液对下丘脑的影响及其机制 | NA | 颅咽管瘤 | ScRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及颅咽管瘤样本 |