单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2841 - 2860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2841 | 2024-08-08 |
Transcriptional Repression by FoxM1 Suppresses Tumor Differentiation and Promotes Metastasis of Breast Cancer
2022-07-05, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0410
PMID:35583996
|
研究论文 | 研究通过CRISPR-Cas9技术生成携带FoxM1点突变的鼠模型，探讨FoxM1与Rb结合对乳腺癌转移的影响 | 首次揭示了FoxM1与Rb结合在乳腺癌转移中的促进作用，并阐明了其通过调控转录组影响癌细胞可塑性的机制 | 研究主要集中在鼠模型上，需要进一步在人类乳腺癌样本中验证结果 | 探讨FoxM1的转录抑制功能在乳腺癌分化和转移中的作用 | FoxM1转录因子及其与Rb的相互作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞RNA测序 | 携带FoxM1点突变的鼠模型 |
| 2842 | 2024-08-08 |
DAE-TPGM: A deep autoencoder network based on a two-part-gamma model for analyzing single-cell RNA-seq data
2022-07, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105578
PMID:35569337
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研究论文 | 本文介绍了一种基于两部分伽马模型的深度自编码器网络(DAE-TPGM)，用于单细胞RNA测序数据的联合降维和插补 | DAE-TPGM利用两部分伽马模型捕捉半连续标准化数据的统计特性，并通过深度自编码器自适应地探索基因间的潜在关系，以促进数据插补 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞表型的识别 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器网络 | 基因表达数据 | 涉及两个真实数据集和合成数据集 |
| 2843 | 2024-08-08 |
Improvements Achieved by Multiple Imputation for Single-Cell RNA-Seq Data in Clustering Analysis and Differential Expression Analysis
2022-07, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0597
PMID:35575729
|
研究论文 | 本文研究了如何有效地将多重填补（MI）方法应用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析和差异表达分析 | 提出了针对聚类分析和差异表达分析的MI程序，并展示了MI在scRNA-seq数据分析中的改进效果 | NA | 探讨多重填补方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | GAN | 文本 | 分析了三个知名的scRNA-seq数据集 |
| 2844 | 2024-08-08 |
Translator: A Transfer Learning Approach to Facilitate Single-Cell ATAC-Seq Data Analysis from Reference Dataset
2022-07, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0596
PMID:35584295
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研究论文 | 本研究提出了一种名为Translator的迁移学习方法，用于从高质量的参考scATAC-seq数据中捕获可泛化的染色质相互作用，以在低至中等质量的目标scATAC-seq数据中获得稳健的细胞表征 | Translator通过结合参考数据中的信息，能够学习到比其他方法更具生物学意义的细胞表征，并采用块状深度学习框架处理非线性关系，提高计算效率 | NA | 旨在解决scATAC-seq数据分析中的计算挑战，提高数据处理的准确性和效率 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | 深度学习 | 序列数据 | 涉及多种模拟和真实的scATAC-seq数据集 |
| 2845 | 2024-08-08 |
Controversial molecular functions of CBS versus non-CBS domain variants of PRKAG2 in arrhythmia and cardiomyopathy: A case report and literature review
2022-07, Molecular genetics & genomic medicine
IF:1.5Q4
DOI:10.1002/mgg3.1962
PMID:35588295
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病例报告和文献综述 | 本文报告了两例PRKAG2基因变异导致的不同心脏表型的病例，并通过外显子测序和变异分析探讨了CBS和非CBS域变异在心律失常和心肌病中的分子功能差异 | 首次描述了PRKAG2 c.425C > T (p.T142I)致病变异在患者中早期发病的DCM表型，并使用scRNA-seq展示了电传导细胞中PRKAG2表达水平高于心肌细胞 | CBS和非CBS域在分子功能上的差异尚未完全解决 | 探讨PRKAG2基因变异在心律失常和心肌病中的分子机制 | PRKAG2基因变异导致的心脏表型 | NA | 心肌病 | 外显子测序 | NA | 基因数据 | 两例病例 |
| 2846 | 2024-08-08 |
Fate mapping of neural stem cell niches reveals distinct origins of human cortical astrocytes
2022-06-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abm5224
PMID:35587512
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研究论文 | 本研究通过在人类初级组织中进行命运图谱绘制，揭示了源自不同神经干细胞龛的人类皮质星形胶质细胞具有不同的发育命运 | 首次展示了源自不同神经干细胞龛的星形胶质细胞在解剖学上的不同分布层，并利用单细胞测序技术识别了成年后这些星形胶质细胞亚型的分子差异 | NA | 探究源自不同神经干细胞龛的人类皮质星形胶质细胞的发育命运 | 人类皮质星形胶质细胞及其源自的神经干细胞龛 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 2847 | 2024-08-08 |
Analyzing single cell transcriptome data from severe COVID-19 patients
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101379
PMID:35582459
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研究论文 | 本文描述了利用单细胞转录组数据识别COVID-19严重程度特异性细胞类型及其调控标记基因的协议 | 构建了COVID-19合并疾病相关基因列表，并通过基因富集分析进一步表征了识别的细胞类型 | NA | 识别COVID-19严重程度特异性细胞类型及其调控标记基因 | COVID-19严重患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2848 | 2024-08-08 |
Embryonic vascular establishment requires protein C receptor-expressing endothelial progenitors
2022-06-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200419
PMID:35587592
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研究论文 | 本研究确定了蛋白C受体（Procr）作为内皮祖细胞的标记物，并探讨了Procr+祖细胞在胚胎血管发育中的作用 | 本研究揭示了Procr表达比先前认知的更早（胚胎第7.5天），并通过单细胞RNA测序分析确定了Procr+细胞在内皮细胞分化和成熟起始阶段的位置 | NA | 阐明内皮祖细胞的分子身份及其在胚胎血管建立中的作用 | 蛋白C受体（Procr）表达的内皮祖细胞及其在胚胎血管发育中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 整个胚胎的Procr+细胞 |
| 2849 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing reveals the heterogeneity and intratumoral crosstalk in human endometrial cancer
2022-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13249
PMID:35560676
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类子宫内膜癌的异质性和肿瘤内相互作用 | 发现了恶性细胞与免疫细胞及血管相关成纤维细胞的密切相互作用，为治疗提供了潜在靶点 | NA | 探索子宫内膜癌进展的机制并开发新的治疗策略 | 子宫内膜癌及其正常组织样本 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 4个子宫内膜癌样本和2个正常子宫内膜样本 |
| 2850 | 2024-08-08 |
Single Cell Multiomic Approaches to Disentangle T Cell Heterogeneity
2022-06, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2022.04.008
PMID:35577000
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综述 | 本文综述了单细胞多组学领域的快速发展，介绍了常用的单细胞分析方法流程及其优势和潜在局限性 | 单细胞多组学技术的发展和专用计算工具的准确性提高，使得能够基于基因表达模式区分看似相同的细胞 | 分析步骤中可能引入的分析偏差和数据解释的潜在不准确性 | 探讨单细胞多组学分析方法及其在T细胞受体重建中的应用 | 单细胞分析方法流程、生物信息学工具及其在T细胞受体重建中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2851 | 2024-08-08 |
Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods
2022-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01481-8
PMID:35577955
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2852 | 2024-08-08 |
Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods for transcript distribution prediction and cell type deconvolution
2022-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01480-9
PMID:35577954
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研究论文 | 本文通过比较分析16种整合方法，评估了它们在预测空间转录组数据中未检测到的转录本分布和进行细胞类型反卷积的表现 | 首次独立研究比较了多种空间转录组与单细胞RNA测序数据整合方法的性能 | NA | 评估和比较空间转录组与单细胞RNA测序数据整合方法的性能 | 16种整合方法在预测转录本空间分布和细胞类型反卷积中的表现 | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 45对配对数据集和32个模拟数据集 |
| 2853 | 2024-08-08 |
Hoxb5 reprogrammes murine multipotent blood progenitors into haematopoietic stem cell-like cells
2022-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13235
PMID:35582777
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Hoxb5在多能血液祖细胞中的表达效果 | 发现Hoxb5能在多能血液祖细胞中诱导产生一种新的细胞类型，具有长期多系造血重建能力 | NA | 研究Hoxb5在多能血液祖细胞中的表达效果及其对造血干细胞样细胞生成的影响 | 多能血液祖细胞及Hoxb5的表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用Mx1cre/RosaLSL-Hoxb5-EGFP/+小鼠模型进行实验 |
| 2854 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of the Mongolia sheep testis reveals a conserved and divergent transcriptome landscape of mammalian spermatogenesis
2022-06, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202200152R
PMID:35583907
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了蒙古绵羊、人类、食蟹猴和小鼠在精子发生过程中同源基因的保守性、差异及其生物学功能 | 研究揭示了蒙古绵羊与人类在精子发生过程中的基因表达保守性，并提供了新的分子调控机制信息 | NA | 探索蒙古绵羊精子发生的分子调控机制，并为建立大型哺乳动物男性不育疾病模型提供基础 | 蒙古绵羊、人类、食蟹猴和小鼠的精子发生过程 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及蒙古绵羊、人类、食蟹猴和小鼠的多个样本 |
| 2855 | 2024-08-08 |
Integrative analysis of scRNA-seq and scATAC-seq revealed transit-amplifying thymic epithelial cells expressing autoimmune regulator
2022-05-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73998
PMID:35578835
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）分析，揭示了表达自身免疫调节因子（Aire）的髓质胸腺上皮细胞（mTECs）在成年胸腺中的增殖和分化机制 | 首次发现并描述了在成年胸腺中增殖的AireCD80 mTECs，这些细胞在经过短暂的增殖后转变为静止状态并高表达组织特异性抗原（TSAs） | NA | 探究成年胸腺中髓质胸腺上皮细胞的分化机制 | 髓质胸腺上皮细胞（mTECs）及其在成年胸腺中的增殖和分化过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | NA |
| 2856 | 2024-08-08 |
A murine model of large-scale bone regeneration reveals a selective requirement for Sonic Hedgehog
2022-May-17, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-022-00225-8
PMID:35581202
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研究论文 | 本文通过小鼠大规模肋骨再生模型，研究了Sonic Hedgehog (SHH)在大规模骨愈合中的早期和关键作用 | 发现SHH在大规模损伤中对骨再生的独特需求，以及其在Prrx1表达的Sox9阴性间充质细胞中的必要性 | 研究仅限于小鼠模型，且未探讨SHH在其他物种或人体中的作用 | 探究Sonic Hedgehog在大规模骨再生中的作用机制 | 小鼠的肋骨再生 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠肋骨再生组织样本 |
| 2857 | 2024-08-08 |
Twist2-driven chromatin remodeling governs the postnatal maturation of dermal fibroblasts
2022-05-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110821
PMID:35584664
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研究论文 | 本文揭示了Twist2驱动的染色质重塑在真皮成纤维细胞出生后成熟过程中的作用 | 首次阐明了Twist2在真皮成纤维细胞出生后成熟过程中的关键作用及其对再生能力的调控机制 | NA | 探讨真皮成纤维细胞出生后成熟过程中的内在细胞机制 | 真皮成纤维细胞的出生后成熟过程 | NA | NA | 单细胞转录组学、转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq） | NA | 基因组数据 | NA |
| 2858 | 2024-08-08 |
Temporal perturbation of histone deacetylase activity reveals a requirement for HDAC1-3 in mesendoderm cell differentiation
2022-05-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110818
PMID:35584683
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研究论文 | 研究评估了锌含HDACs在细胞分化过程中的染色质可及性和转录组动态，并结合化学扰动，以识别HDACs在mesendoderm细胞命运指定中的作用 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了HDAC1和-3与mesendoderm基因程序在退出多能性时的独特关联 | NA | 研究HDACs在mesendoderm细胞分化中的作用 | 人类多能干细胞（hPSC）和鼠类胚胎发育过程中的细胞分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类多能干细胞和鼠类胚胎的细胞样本 |
| 2859 | 2024-08-08 |
Liver Colonization by Colorectal Cancer Metastases Requires YAP-Controlled Plasticity at the Micrometastatic Stage
2022-05-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0933
PMID:35570706
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研究论文 | 本文通过分析结直肠癌患者的肝脏标本和实时监测小鼠肝脏中的转移形成，揭示了微小转移灶缺乏癌症干细胞（CSC），而发展成明显转移灶的病变中出现了通过细胞可塑性产生的CSC | 首次揭示了在微小转移阶段，YAP调控的细胞可塑性对于结直肠癌肝转移的形成至关重要 | NA | 深入理解结直肠癌转移过程中的关键步骤，以改进转移的预防和治疗 | 结直肠癌的微小转移灶及其向明显转移灶的转变过程 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 患者肝脏标本和小鼠肝脏 |
| 2860 | 2024-08-08 |
Myelodysplastic syndromes are multiclonal diseases derived from hematopoietic stem and progenitor cells
2022-May-16, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-022-00280-3
PMID:35578364
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了骨髓中CD34细胞和六个系细胞的基因突变，以确定骨髓增生异常综合征（MDS）的起源细胞 | 首次通过单细胞分析技术确定MDS的多克隆起源，并区分了克隆性造血（CH）突变和MDS特异性突变 | 研究样本仅包括健康供体和MDS患者，未涵盖其他相关疾病患者 | 确定骨髓增生异常综合征的起源细胞 | 骨髓增生异常综合征（MDS）的起源细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 健康供体和MDS患者的骨髓中的CD34细胞和六个系细胞 |