单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-09-10 |
Single-cell RNA-seq reveals interferon-induced guanylate-binding proteins are linked with sarcopenia
2022-12, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.13091
PMID:36162807
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了干扰素诱导的鸟苷酸结合蛋白与肌肉减少症之间的关联 | 首次在单细胞水平上揭示了干扰素诱导的鸟苷酸结合蛋白家族基因在肌肉减少症中的显著上调，并提出了通过干扰素-GBP信号通路治疗肌肉减少症的新方向 | 研究主要基于小鼠模型和部分人类样本，需要进一步在更大规模的人类样本中验证 | 探讨肌肉减少症的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 肌肉减少症小鼠模型的胫骨前肌细胞和部分肌肉减少症患者的肌肉样本 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13612个单细胞转录组，5只肌肉减少症小鼠，40名肌肉减少症患者 |
| 262 | 2024-09-10 |
scGNN 2.0: a graph neural network tool for imputation and clustering of single-cell RNA-Seq data
2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac684
PMID:36250784
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研究论文 | 本文介绍了scGNN 2.0，一个用于单细胞RNA-Seq数据插补和聚类的图神经网络工具 | scGNN 2.0通过简化闭环架构显著提高了计算速度，并在细胞聚类和插补性能上有所提升 | NA | 改进单细胞RNA-Seq数据分析中的基因表达插补和细胞聚类方法 | 单细胞RNA-Seq数据 | 机器学习 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 八个数据集 |
| 263 | 2024-09-10 |
CAMML with the Integration of Marker Proteins (ChIMP)
2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac674
PMID:36214642
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAMML with the Integration of Marker Proteins (ChIMP)的方法，用于多标签细胞类型分类，结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq数据 | ChIMP方法结合了CAMML的转录组数据评分和CITE-seq的蛋白质标记物测量，实现了多组学数据的细胞类型分类 | NA | 开发一种新的方法，用于更精确和保守地对联合scRNA-seq/CITE-seq数据进行细胞类型分类 | 单细胞RNA测序和CITE-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq | CAMML | 基因表达和蛋白质丰度数据 | NA |
| 264 | 2024-09-10 |
Epigenetic and transcriptomic reprogramming in monocytes of severe COVID-19 patients reflects alterations in myeloid differentiation and the influence of inflammatory cytokines
2022-11-29, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01137-4
PMID:36443794
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研究论文 | 研究了严重COVID-19患者中单核细胞的表观遗传和转录重编程，揭示了髓系分化和炎症细胞因子的影响 | 首次系统分析了严重COVID-19患者中单核细胞的DNA甲基化和转录组变化，并发现了与细菌性败血症和病毒感染相关的特定DNA甲基化改变 | 样本量相对较小，且仅限于严重COVID-19患者和健康对照组 | 探讨严重COVID-19患者中单核细胞的表观遗传和转录变化及其与免疫细胞相互作用的关系 | 严重COVID-19患者的外周血单核细胞 | 表观遗传学 | COVID-19 | DNA甲基化测序、单细胞转录组测序 | NA | DNA甲基化数据、转录组数据 | 48名严重COVID-19患者和11名健康对照者的单核细胞 |
| 265 | 2024-09-10 |
Density-based detection of cell transition states to construct disparate and bifurcating trajectories
2022-11-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac785
PMID:36124665
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研究论文 | 本文介绍了一种基于密度的细胞过渡状态检测方法，用于构建复杂拓扑结构的细胞分化轨迹 | 该方法利用重叠概率分布识别细胞过渡状态，并通过基础拓扑引导的迭代拟合推断稳定轨迹 | NA | 开发一种能够准确推断复杂拓扑结构细胞分化轨迹的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | SARS-CoV-2感染患者的血细胞样本 |
| 266 | 2024-09-10 |
Challenges and considerations for single-cell and spatially resolved transcriptomics sample collection during spaceflight
2022-11-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100325
PMID:36452864
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研究论文 | 探讨单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（SRT）在太空生物学中的重要性，并讨论在太空飞行中进行这些实验的设计挑战和考虑因素 | 强调了scRNA-seq和SRT在太空生物学中的新兴重要性，并提出了在太空环境中进行这些实验的设计挑战 | 目前太空飞行中的基因表达实验发展速度不及地球上的实验，且只有少数数据集使用了scRNA-seq和SRT | 探讨scRNA-seq和SRT在太空生物学中的应用，并提出实验设计的挑战和考虑因素 | 单细胞RNA测序和空间转录组学在太空飞行中的应用 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（SRT） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 267 | 2024-09-10 |
Glioma Stem Cells: Novel Data Obtained by Single-Cell Sequencing
2022-Nov-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232214224
PMID:36430704
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综述 | 本文综述了胶质瘤干细胞的现代概念以及单细胞测序在研究胶质瘤细胞异质性方面的最新进展 | 本文强调了最近揭示的成人型弥漫性胶质瘤亚型细胞组成的变异，解释了早期胶质瘤干细胞研究中的不一致性，并为更有效的靶向治疗和基于细胞的胶质瘤免疫治疗提供了见解 | NA | 探讨胶质瘤干细胞的现代概念及单细胞测序在研究胶质瘤细胞异质性方面的进展 | 胶质瘤干细胞及胶质瘤细胞异质性 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 268 | 2024-09-10 |
Randomized phase I trial of antigen-specific tolerizing immunotherapy with peptide/calcitriol liposomes in ACPA+ rheumatoid arthritis
2022-10-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.160964
PMID:36278483
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研究论文 | 本文探讨了DEN-181（包含胶原蛋白II259-273肽和NF-κB抑制剂1,25-二羟基胆钙化醇的脂质体）在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性、药代动力学和免疫学及临床效果 | 本文首次评估了DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性，并发现其能减少Cit-Vim特异性T细胞和ACPA VDG，增加CII特异性T细胞 | 本文为初步研究，样本量较小，且为单次剂量递增试验，需进一步研究以验证其长期效果和剂量效应 | 评估DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性 | ACPA阳性类风湿性关节炎患者 | NA | 类风湿性关节炎 | 单细胞测序 | NA | 血液样本 | 17名HLA-DRB1*04:01+或*01:01+ ACPA阳性类风湿性关节炎患者 |
| 269 | 2024-09-10 |
Uncovering the dynamic effects of DEX treatment on lung cancer by integrating bioinformatic inference and multiscale modeling of scRNA-seq and proteomics data
2022-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105999
PMID:35998480
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学推断和多尺度建模，探讨了DEX治疗对肺癌的动态效应 | 创新性地结合了生物信息学和系统生物学方法，开发了多尺度模型来模拟DEX治疗对肺癌细胞的影响，并提供了一个名为BIMM的用户友好工具 | NA | 探讨DEX治疗对肺癌的动态效应及其潜在的临床应用 | 肺癌细胞A549在DEX治疗后的基因表达和蛋白质组学数据 | 生物信息学 | 肺癌 | scRNA-seq, 蛋白质组学 | 多尺度模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 肺癌细胞A549的时间序列数据 |
| 270 | 2024-09-10 |
DestVI identifies continuums of cell types in spatial transcriptomics data
2022-09, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01272-8
PMID:35449415
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DestVI的方法，用于在空间转录组数据中识别细胞类型的连续变异 | DestVI通过变分推断解卷积空间转录组数据，能够识别同一类型细胞内的转录组连续变异，优于现有方法 | NA | 开发一种新方法以在空间转录组数据中识别细胞类型的连续变异 | 空间转录组数据中的细胞类型连续变异 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 变分推断 | 转录组数据 | 感染的淋巴结和鼠肿瘤模型中的样本 |
| 271 | 2024-09-10 |
Immune features of COVID-19 convalescent individuals revealed by a single-cell RNA sequencing
2022-Jul, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2022.108767
PMID:35453072
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示COVID-19康复者外周血样本中的免疫特征 | 首次系统地绘制了COVID-19康复者外周血样本中SARS-CoV-2特异性免疫反应的表型景观，揭示了T细胞和B细胞在康复过程中的复杂功能 | 研究仅限于外周血样本，未涉及其他组织或器官的免疫反应 | 探讨自然感染后免疫反应的持续性及其对长期免疫保护的重要性 | COVID-19康复者的外周血样本 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | COVID-19康复者的外周血样本 |
| 272 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell sequencing and histopathological analyses reveal diverse injury and repair responses in a participant with acute kidney injury: a clinical-molecular-pathologic correlation
2022-06, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.03.011
PMID:35339536
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-09-10 |
Single-Cell Transcriptome Identifies Drug-Resistance Signature and Immunosuppressive Microenvironment in Metastatic Small Cell Lung Cancer
2022-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202100060
PMID:36618022
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了转移性小细胞肺癌中的药物抗性特征和免疫抑制微环境 | 首次揭示了转移性小细胞肺癌在单细胞水平上的异质性，并发现了与药物抗性和免疫抑制相关的基因表达模式 | 研究样本仅来自七名患者，可能无法完全代表所有转移性小细胞肺癌的情况 | 探究转移性小细胞肺癌在单细胞水平上的异质性及其与药物抗性和免疫抑制微环境的关系 | 转移性小细胞肺癌患者的淋巴结样本中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 24,081个细胞，来自七名转移性小细胞肺癌患者 |
| 274 | 2024-09-10 |
Multiomic analysis for optimization of combined focal and immunotherapy protocols in murine pancreatic cancer
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.73218
PMID:36451859
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研究论文 | 本文研究了在小鼠胰腺癌中结合局部和系统性免疫疗法的优化策略 | 通过多组学分析，结合磁共振引导聚焦超声（MRgFUS）消融和抗体疗法，优化了免疫疗法在小鼠胰腺癌中的应用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 优化结合局部和系统性免疫疗法在胰腺癌中的应用 | 小鼠胰腺癌和乳腺癌模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序、光谱流式细胞术、组织学分析 | NA | 基因组数据、细胞数据 | 两个小鼠模型：KPC胰腺腺癌模型和NDL乳腺腺癌模型 |
| 275 | 2024-09-10 |
Sparcle: assigning transcripts to cells in multiplexed images
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac048
PMID:36699413
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Sparcle的概率模型，用于在多重图像中将转录本分配给细胞 | Sparcle模型基于基因协变模式和空间特征（如到细胞核的距离）重新分配转录本，无需精确的细胞分割，适用于多种技术平台 | NA | 提高空间转录组学中转录本分配的准确性 | 多重图像中的转录本分配 | 计算机视觉 | NA | 荧光原位杂交（FISH） | 概率模型 | 图像 | NA |
| 276 | 2024-09-10 |
Single-cell RNA-seq data analysis using graph autoencoders and graph attention networks
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1003711
PMID:36568390
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研究论文 | 本文开发了一种基于图神经网络的多模态模型scGAEGAT，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了结合图自编码器和图注意力网络的多模态模型scGAEGAT，用于处理非欧几里得空间数据 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据的基因插补和细胞聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 四个具有金标准细胞标签的单细胞RNA测序数据集 |
| 277 | 2024-09-10 |
LFSC: A linear fast semi-supervised clustering algorithm that integrates reference-bulk and single-cell transcriptomes
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1068075
PMID:36531230
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LFSC的线性快速半监督聚类算法，该算法利用参考样本（来自bulk RNA测序数据）来识别单细胞转录组中的细胞类型 | LFSC通过构建锚点图来描述参考样本与细胞之间的关系，并通过应用连接性约束来保留底层聚类结构，其总体复杂度与数据大小呈线性关系，显著提高了有效性和效率 | NA | 研究细胞异质性在疾病中的作用，并开发新的聚类算法来识别复杂组织中的细胞类型 | 单细胞转录组数据和bulk RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝癌 | RNA测序 | 聚类算法 | 转录组数据 | NA |
| 278 | 2024-09-10 |
Single-cell profiling of T cells uncovers a tissue-resident memory-like T-cell subset associated with bidirectional prognosis for B-cell acute lymphoblastic leukemia
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.957436
PMID:36532049
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研究论文 | 研究分析了B细胞急性淋巴细胞白血病患者外周血T细胞的单细胞RNA测序数据，发现了一种与双向预后相关的组织驻留记忆样T细胞亚群 | 首次发现了一种在B细胞急性淋巴细胞白血病患者中升高的循环CD103+ T细胞亚群，该亚群具有双向发育潜力，与患者的预后密切相关 | 研究样本量较小，仅包括三名B细胞急性淋巴细胞白血病患者和11名健康对照 | 深入理解T细胞亚型与B细胞急性淋巴细胞白血病患者预后之间的关系 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者的T细胞亚型及其与预后的关系 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三名B细胞急性淋巴细胞白血病患者和11名健康对照，共分析了16,143个B-ALL患者T细胞和53,701个健康成人T细胞 |
| 279 | 2024-09-10 |
Advances in Single-Cell Sequencing Technology and Its Applications in Triple-Negative Breast Cancer
2022, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S388534
PMID:36540278
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研究论文 | 本文综述了单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用进展 | 单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用，揭示了肿瘤细胞的异质性、转移、耐药机制、突变和克隆性 | NA | 探讨单细胞测序技术在三阴性乳腺癌中的应用及其对临床治疗的指导作用 | 三阴性乳腺癌肿瘤细胞 | 生物技术 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-09-10 |
Detection of differentially expressed genes in spatial transcriptomics data by spatial analysis of spatial transcriptomics: A novel method based on spatial statistics
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.1086168
PMID:36523429
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研究论文 | 本文介绍了一种名为空间转录组学空间分析（saSpatial）的新方法，用于检测空间转录组数据中的差异表达基因 | 提出了一种基于空间统计学的新方法saSpatial，能够同时考虑基因表达的位置和数量信息，相比传统方法FindMarkers，能够检测到更多有价值的差异表达基因 | NA | 开发一种能够有效检测空间转录组数据中差异表达基因的新方法 | 空间转录组数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | 缺血性脑卒中 | 空间统计学 | NA | 空间转录组数据 | NA |