单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2761	2024-08-08	Mogroside V ameliorates the oxidative stress-induced meiotic defects in porcine oocytes in vitro 2022-08, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2022.05.008 PMID:35597324	研究论文	研究探讨了Mogroside V（MV）如何改善由氧化应激引起的猪卵母细胞减数分裂缺陷	首次揭示了MV通过恢复线粒体完整性来减轻氧化应激引起的减数分裂缺陷的机制	NA	探索MV改善氧化应激引起的猪卵母细胞减数分裂缺陷的机制	猪卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2762	2024-08-08	Transcriptional landscapes of de novo root regeneration from detached Arabidopsis leaves revealed by time-lapse and single-cell RNA sequencing analyses 2022-07-11, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2022.100306 PMID:35605192	研究论文	研究通过时间序列和单细胞RNA测序分析，揭示了从离体拟南芥叶片再生新根的转录组重编程过程	首次提供了从伤口反应到根器官发生的高分辨率转录组重编程图谱，并揭示了参与新根再生的关键因子	NA	研究离体拟南芥叶片新根再生的转录调控框架	拟南芥离体叶片的新根再生过程	分子生物学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	整个叶片在叶片脱离后12小时和5天内的样本
2763	2024-08-08	scCloudMine: A cloud-based app for visualization, comparison, and exploration of single-cell transcriptomic data 2022-07-11, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2022.100302 PMID:35605202	研究论文	scCloudMine是一款基于云的应用程序，用于单细胞转录组数据的可视化、比较和探索	scCloudMine不需要现场的高性能计算服务器、安装或相关专业知识和费用，用户可以通过网页浏览器上传预处理后的scRNA-seq数据进行可视化	NA	开发一个云基础的应用程序，用于单细胞转录组数据的可视化、比较和探索	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
2764	2024-08-08	WebCSEA: web-based cell-type-specific enrichment analysis of genes 2022-07-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac392 PMID:35610053	研究论文	介绍了一个名为WebCSEA的基于网络的应用程序，用于快速评估基因的细胞类型特异性	首次开发了一个基于网络的应用程序WebCSEA，用于评估基因在人类组织细胞类型中的特异性，并采用了改进的deTS算法和基于排列的方法来准确估计细胞类型特异性	NA	旨在利用单细胞RNA测序技术揭示人类组织中的细胞异质性，并理解复杂性状相关基因在人类组织细胞类型中的特定表达	人类组织细胞类型中的基因特异性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	deTS算法	基因列表	111个scRNA-seq面板，涵盖11个人体器官系统的61种不同组织中的1,355个组织细胞类型
2765	2024-08-08	Distinguishing cell-cell complexes from dual lineage cells using single-cell transcriptomics is not trivial 2022-07, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.24656 PMID:35594038	研究论文	本文回应了Jie等人的观点，通过单细胞转录组数据分析，探讨了DE细胞群是否为双系共表达细胞或B细胞与T细胞的复合体	本文通过分析DE细胞的基因特征和转录组特征，提出了DE细胞可能是三系共表达细胞或三组分细胞聚集体的可能性	仅基于单细胞转录组数据，无法完全确定DE细胞的性质	探讨单细胞转录组数据中DE细胞群的性质	DE细胞群的性质及其与B细胞和T细胞复合体的关系	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2766	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis Demonstrates the Regulation of Peach Polysaccharides on Circadian Rhythm Disturbance 2022-07, Molecular nutrition & food research IF:4.5Q1 DOI:10.1002/mnfr.202101170 PMID:35598297	研究论文	本研究通过小鼠模型评估了桃多糖（PPS）对由持续黑暗引起的昼夜节律紊乱的调节作用	首次通过单细胞转录组学分析了PPS对昼夜节律紊乱小鼠肠道微生物群结构和下丘脑细胞类型及时钟基因表达的影响	NA	评估桃多糖对昼夜节律紊乱的调节作用	桃多糖、昼夜节律紊乱的小鼠	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
2767	2024-08-08	Bisphenol analogues induced metabolic effects through eliciting intestinal cell heterogeneous response 2022-07, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2022.107287 PMID:35598417	研究论文	研究双酚类似物如何通过引发肠道细胞异质性反应诱导代谢效应	首次通过单细胞RNA测序揭示了双酚类似物在肠道细胞中诱导的细胞异质性变化，并阐明了其对脂质和碳水化合物代谢的分子和细胞机制	NA	探讨双酚类似物如何诱导代谢效应	双酚A、双酚F和双酚AF对斑马鱼的代谢影响	NA	代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼从胚胎阶段开始持续暴露于环境水平的双酚A、双酚F和双酚AF，60天后进行分析
2768	2024-08-08	Molecular Subgroups of Intrahepatic Cholangiocarcinoma Discovered by Single-Cell RNA Sequencing-Assisted Multiomics Analysis 2022-07-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-1101 PMID:35604302	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序辅助的多组学分析，揭示了肝内胆管癌（ICC）的新分子亚型	首次通过单细胞RNA测序辅助的多组学分析，识别出ICC的三种分子亚型，并验证了APOE+C1QB+肿瘤相关巨噬细胞作为潜在的免疫治疗靶点	NA	旨在通过多组学分析揭示肝内胆管癌的新分子亚型，以开发新的治疗方法	肝内胆管癌（ICC）及其分子亚型	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林算法	蛋白质组学、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	训练组110例，验证组41例
2769	2024-08-08	Muscle-Derived Beige Adipose Precursors Secrete Promyogenic Exosomes That Treat Rotator Cuff Muscle Degeneration in Mice and Are Identified in Humans by Single-Cell RNA Sequencing 2022-07, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465221095568 PMID:35604307	研究论文	研究肌肉来源的米色脂肪前体细胞分泌的促肌生成外泌体，这些外泌体能够治疗小鼠肩袖肌肉退化，并在人类中通过单细胞RNA测序被识别	首次发现肌肉来源的米色脂肪前体细胞（FAP-BAT）通过分泌外泌体促进肌生成，并在人类中通过单细胞RNA测序识别出类似的前体细胞亚群	NA	研究小鼠FAP-BAT亚群的特征，确定其促肌生成效果是否通过外泌体介导，并分析人类FAPs中是否存在类似的促肌生成外泌体丰富的亚群	小鼠和人类的肌肉来源的米色脂肪前体细胞（FAP-BAT）及其分泌的外泌体	数字病理学	运动相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类的肌肉样本
2770	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing and binary hierarchical clustering define lung interstitial macrophage heterogeneity in response to hypoxia 2022-07-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00104.2022 PMID:35608266	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和二元层次聚类分析了低氧条件下肺间质巨噬细胞的异质性	首次在单细胞水平上研究了低氧暴露后肺间质巨噬细胞的分子表型，并发现了一种潜在的驻留训练先天性巨噬细胞	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	确定肺间质巨噬细胞的多样性及其与低氧诱导的肺动脉高压的关联	肺间质巨噬细胞在低氧条件下的分子表型和异质性	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	二元层次聚类	RNA	共分析了374个常氧条件下的巨噬细胞，2526个低氧1天后的巨噬细胞和1211个低氧7天后的巨噬细胞
2771	2024-08-08	Insights gained in the pathology of lung disease through single-cell transcriptomics 2022-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.5971 PMID:35608561	研究论文	本文总结了通过单细胞转录组学研究获得的关于人类肺上皮细胞分子表型在疾病相关变化方面的最新进展	利用单细胞转录组学技术，首次详细描述了慢性肺疾病中肺上皮细胞的过渡状态	研究结果需要进一步的验证研究来加深对疾病机制的理解	深入理解肺疾病中的病理重塑过程	人类肺上皮细胞在慢性肺疾病中的分子表型变化	数字病理学	肺疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
2772	2024-08-08	webSCST: an interactive web application for single-cell RNA-sequencing data and spatial transcriptomic data integration 2022-06-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac350 PMID:35604082	research paper	本文介绍了一种名为webSCST的基于网络的单细胞RNA测序数据与空间转录组数据整合工具	webSCST整合了按物种和器官分类的良好组织的空间转录组测序数据集，并提供了一个用户友好的界面，支持流行的整合方法，允许用户提交原始单细胞数据以获取每个细胞类型的预测空间位置	NA	开发一种工具，用于整合单细胞RNA测序数据与空间数据，以促进生物学研究	单细胞RNA测序数据与空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	按物种和器官分类的多个数据集
2773	2024-08-08	Bisphenol F Impaired Zebrafish Cognitive Ability through Inducing Neural Cell Heterogeneous Responses 2022-06-21, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.2c01531 PMID:35616434	研究论文	研究探讨了双酚F（BPF）对斑马鱼认知能力的影响及其神经细胞异质性反应的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了BPF暴露后斑马鱼大脑神经细胞组成的改变，并验证了微胶质细胞在其中的主导作用	NA	探究BPF如何影响神经系统和认知能力	斑马鱼的认知能力和神经细胞反应	神经科学	神经肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	斑马鱼从胚胎阶段持续暴露于环境相关浓度的BPF（0.5和5.0 μg/L）
2774	2024-08-08	FGFR3 is expressed by human primordial germ cells and is repressed after meiotic initiation to form primordial oocytes 2022-06-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.04.015 PMID:35594860	研究论文	本文研究了人类原始生殖细胞（PGCs）中成纤维细胞生长因子受体3（FGFR3）的表达及其在PGCs向原始卵母细胞分化过程中的抑制作用	首次展示了FGFR3在人类PGCs中的表达及其在分化过程中的抑制作用，并利用荧光激活细胞分选（FACS）和单细胞RNA测序技术，证明了FGFR3阳性细胞富集了人类PGCs	NA	探讨FGFR3在人类生殖细胞发育中的作用及其作为识别成熟PGCs的潜在策略	人类原始生殖细胞（PGCs）及其向原始卵母细胞的分化过程	NA	NA	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2775	2024-08-08	Esrrb is a cell-cycle-dependent associated factor balancing pluripotency and XEN differentiation 2022-06-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.04.016 PMID:35594859	研究论文	本研究通过结合细胞周期报告系统和单细胞RNA测序技术，探讨了胚胎干细胞在不同细胞周期状态下的转录组特征及其分化机制	首次揭示了Esrrb作为细胞周期依赖性因子在平衡多能性和XEN分化中的作用	NA	研究细胞周期和分化决策之间的联系	胚胎干细胞在不同细胞周期状态下的转录组特征及其分化机制	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型和ESRRB敲除的胚胎干细胞
2776	2024-08-08	Tumor-induced erythroid precursor-differentiated myeloid cells mediate immunosuppression and curtail anti-PD-1/PD-L1 treatment efficacy 2022-06-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.04.018 PMID:35594863	研究论文	本文通过追踪癌症患者和携带肿瘤小鼠的谱系，展示了红细胞前体细胞失去其发育潜力并转向髓系谱系，这些红细胞分化的髓细胞（EDMCs）具有抑制T细胞介导的抗肿瘤反应的能力，从而影响免疫检查点抑制剂的治疗效果。	首次揭示了肿瘤利用贫血触发的红细胞生成进行髓系转分化和免疫抑制的正反馈机制。	NA	研究免疫检查点抑制剂治疗癌症的潜在机制和药物抵抗性。	红细胞前体细胞的转分化及其对免疫治疗效果的影响。	数字病理学	癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及癌症患者和携带肿瘤的小鼠
2777	2024-08-08	Quantitative single-cell transcriptome-based ranking of engineered AAVs in human retinal explants 2022-Jun-09, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2022.04.014 PMID:35615708	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了18种野生型和工程化AAV衣壳在人视网膜组织中的表现	首次在人视网膜组织中使用单细胞RNA测序技术评估AAV衣壳的感染效率和趋向性	研究仅限于人视网膜组织，未涉及其他组织类型	验证候选AAV载体的有效性，加速视网膜基因疗法的临床转化	18种野生型和工程化AAV衣壳在人视网膜组织中的表现	基因疗法	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人视网膜组织样本
2778	2024-08-08	A human breast atlas integrating single-cell proteomics and transcriptomics 2022-06-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.003 PMID:35617956	research paper	本文通过整合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和循环免疫荧光技术，构建了一个高分辨率的人类乳腺图谱，涵盖多种细胞状态	首次整合单细胞蛋白质组学和转录组学数据，定义了乳腺中的细胞亚型，并探讨了这些亚型与癌症风险因素的关联	NA	旨在揭示乳腺在生理和病理生理条件下对疾病易感性的变化，并详细注释这些临床变量对细胞状态的具体影响	人类乳腺中的细胞亚型及其与癌症风险因素的关联	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-seq, mass cytometry, cyclic immunofluorescence	NA	single-cell RNA-seq data, mass cytometry data, cyclic immunofluorescence data	NA
2779	2024-08-08	Cell function and identity revealed by comparative scRNA-seq analysis in human nasal, bronchial and epididymis epithelia 2022 Jun-Aug, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2022.151231 PMID:35597096	研究论文	本文通过比较单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了人类鼻腔、支气管和附睾上皮细胞的功能和身份	利用scRNA-seq技术，首次详细比较了不同解剖位置但具有相似功能的细胞的转录组特征	研究主要集中在特定的细胞类型和组织，可能无法全面代表所有相关细胞的功能和身份	探讨不同解剖位置但具有相似功能的细胞之间的进化关系	人类鼻腔、支气管和附睾上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括来自健康捐赠者和囊性纤维化（CF）患者的鼻腔、支气管和附睾上皮细胞样本
2780	2024-08-08	Mining cell-cell signaling in single-cell transcriptomics atlases 2022-06, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2022.102101 PMID:35609365	综述	本文综述了从单细胞转录组数据集中挖掘细胞间信号事件的当前策略，并强调了通过进一步研究单细胞图谱中预测的细胞间信号事件来获得生物过程新见解的实例	NA	NA	探讨单细胞转录组图谱中细胞间信号事件的挖掘策略及其在生物过程中的应用	单细胞转录组数据中的细胞间信号事件	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA