单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2681 - 2700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2681 | 2024-08-08 |
Comparative analysis of the testes from wild-type and Alkbh5-knockout mice using single-cell RNA sequencing
2022-07-29, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkac130
PMID:35652742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了野生型和Alkbh5敲除小鼠的睾丸样本，揭示了ALKBH5在精子发生和生殖细胞发育中的重要作用 | 本研究首次提供了ALKBH5缺陷小鼠睾丸的单细胞RNA测序图谱，为理解ALKBH5在生殖细胞发育和精子发生中的分子机制提供了新的见解 | NA | 探究ALKBH5缺陷如何影响小鼠的精子发生和生殖细胞发育 | 野生型和Alkbh5敲除小鼠的睾丸细胞 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 5,596个野生型小鼠睾丸细胞和6,816个敲除小鼠睾丸细胞 |
| 2682 | 2024-08-08 |
Spectral clustering of single-cell multi-omics data on multilayer graphs
2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac378
PMID:35652725
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研究论文 | 本文介绍了两种基于多层图的谱聚类算法，用于对多组学单细胞测序数据进行细胞聚类 | 本文通过统一的数学框架，将多层图的每一层用哈密顿算子和其本征态的混合表示，展示了加权局部线性（WLL）方法是流行的Seurat加权最近邻（WNN）算法的多层谱图理论重构 | NA | 探索如何整合多模态信息以获得共同的细胞类型识别 | 多组学单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | 多层图谱聚类算法 | 多组学数据 | 脐带血单个核细胞的CITE-seq数据集 |
| 2683 | 2024-08-08 |
WAT3R: recovery of T-cell receptor variable regions from 3' single-cell RNA-sequencing
2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac382
PMID:35674381
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研究论文 | 本文介绍了一种分析管道WAT3R，用于处理从3'单细胞RNA测序（scRNA-seq）中富集的T细胞受体（TCR）可变区域数据 | WAT3R工具能够将TRA和TRB的核苷酸和氨基酸序列与细胞条形码关联，从而重建具有相关转录组的T细胞克隆型 | NA | 开发一种全面的计算管道，用于处理从3' scRNA-seq中富集的TCR可变区域数据 | T细胞受体（TCR）的可变区域及其在单细胞转录组中的应用 | 生物信息学 | NA | 3'单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 使用健康供者的外周血单个核细胞进行软件验证 |
| 2684 | 2024-08-08 |
Multimodal analyses of vitiligo skin identify tissue characteristics of stable disease
2022-07-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.154585
PMID:35653192
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研究论文 | 本文通过结合非侵入性多光子显微镜（MPM）成像和单细胞RNA测序（scRNA-Seq），研究了稳定期白癜风患者的皮肤特征，揭示了角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。 | 首次结合MPM成像和scRNA-Seq技术，揭示了稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的新亚群及其在疾病持续中的作用。 | 研究主要集中在稳定期白癜风患者，对活动期白癜风的研究较少。 | 探索稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。 | 稳定期白癜风患者的皮肤组织。 | 数字病理学 | 白癜风 | 多光子显微镜（MPM）成像，单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 图像，基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 2685 | 2024-08-08 |
hapln1 Defines an Epicardial Cell Subpopulation Required for Cardiomyocyte Expansion During Heart Morphogenesis and Regeneration
2022-07-05, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了成年斑马鱼心脏中的7个心外膜细胞集群，并发现其中表达hapln1a和hapln1b的集群与心脏再生有最强关联。研究揭示了这些细胞在心脏生长和再生过程中促进透明质酸沉积，支持心室致密肌层形成，并在心脏损伤部位促进心肌细胞增殖和肌肉再生。 | 首次鉴定出在心脏再生过程中表达hapln1a和hapln1b的心外膜细胞集群，并阐明了其在心脏生长和再生中的关键作用。 | 研究主要集中在斑马鱼模型上，未来需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。 | 探讨心外膜细胞在心脏再生中的作用及其分子机制。 | 心外膜细胞及其在心脏再生中的作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的心外膜细胞 |
| 2686 | 2024-08-08 |
Automatic Microfluidic Cell Wash Platform for Purifying Cells in Suspension: Puriogen
2022-07-05, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.2c01616
PMID:35658406
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Puriogen的自动化微流控细胞清洗平台，用于悬浮细胞的纯化 | Puriogen采用独特的惯性微流控装置，无需离心，能高效自动完成细胞清洗过程，处理速度高达500 μL/min以上 | NA | 开发一种无需离心且自动化的细胞清洗平台，以提高细胞分析前的样本准备效率 | 悬浮细胞的纯化 | 生物技术 | NA | 微流控技术 | NA | 细胞样本 | 处理速度高达500 μL/min |
| 2687 | 2024-08-08 |
Cellular and immunometabolic mechanisms of inflammation in depression: Preliminary findings from single cell RNA sequencing and a tribute to Bruce McEwen
2022-Jul, Neurobiology of stress
IF:4.3Q1
DOI:10.1016/j.ynstr.2022.100462
PMID:35655933
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了重度抑郁症（MD）患者中炎症与免疫代谢重编程之间的关系，特别是在高C反应蛋白（CRP）水平下的单核细胞和CD4 T细胞的变化。 | 首次在单细胞水平上揭示了MD患者中炎症与免疫代谢重编程的关联，特别是在高CRP水平下的单核细胞和CD4 T细胞的变化。 | 研究样本量较小，仅包括6名MD患者，且仅限于未接受药物治疗且病情稳定的门诊患者。 | 探究重度抑郁症患者中炎症与免疫代谢重编程的细胞和分子机制。 | 重度抑郁症患者的外周血单核细胞和CD4 T细胞。 | NA | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6名重度抑郁症患者 |
| 2688 | 2024-08-08 |
Development and characterization of a mass cytometry panel for detecting the effect of acute doxorubicin exposure on murine cardiac nonmyocytes
2022-07-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00514.2021
PMID:35657614
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研究论文 | 本文研究了多柔比星（DOX）对小鼠心脏非肌细胞的急性影响，并开发了一种质谱流式细胞术（CyTOF）面板来检测这种影响。 | 首次使用质谱流式细胞术研究心脏非肌细胞，并结合单细胞RNA测序数据进行分析。 | NA | 探讨儿童癌症幸存者接受化疗后慢性心脏疾病的病理机制。 | 小鼠心脏非肌细胞对多柔比星的急性反应。 | 数字病理学 | NA | 质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序（scRNAseq） | 稀疏自编码器（SAUCIE） | 细胞 | 小鼠模型，每天给予4 mg/kg/天的多柔比星，持续5天，分别在24小时和72小时后进行检测。 |
| 2689 | 2024-08-08 |
Novel bi-allelic variants in KASH5 are associated with meiotic arrest and non-obstructive azoospermia
2022-Jun-30, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaac021
PMID:35674372
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和CNV阵列，在非阻塞性无精症患者及其不育姐妹中发现了KASH5基因的新型杂合拷贝数变异和功能丧失变异，并首次评估了KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。 | 首次在人类中评估KASH5蛋白表达，并通过单细胞RNA测序揭示了人和小鼠中LINC复合体及相关基因的相似表达模式，表明染色体运动和核膜重塑的保守调控机制。 | NA | 探索KASH5基因变异与非阻塞性无精症及减数分裂停滞的关联，并研究其在人类减数分裂前期的调控作用。 | KASH5基因、非阻塞性无精症患者及其不育姐妹、KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。 | NA | 男性不育症 | 全外显子测序、CNV阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因序列、蛋白质表达 | 非阻塞性无精症患者及其不育姐妹 |
| 2690 | 2024-08-08 |
Protocols for SARS-CoV-2 infection in primary ocular cells and eye organoids
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101383
PMID:35664254
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研究论文 | 本文描述了一系列评估SARS-CoV-2在人眼模型中感染的协议 | 提供了完整的眼器官分化、SARS-CoV-2感染及单细胞RNA测序处理的详细步骤 | NA | 评估SARS-CoV-2在人眼模型中的感染情况 | 人眼器官和成人眼部细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 从尸体捐赠者眼中获取的成人眼部细胞 |
| 2691 | 2024-08-08 |
popsicleR: A R Package for Pre-processing and Quality Control Analysis of Single Cell RNA-seq Data
2022-06-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2022.167560
PMID:35662457
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研究论文 | 介绍了一个名为popsicleR的R包，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制分析 | popsicleR包整合了多种广泛使用的管道方法，为有经验和无经验的用户提供了一个交互式的指导工具，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制 | NA | 开发一个工具，简化单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2692 | 2024-08-08 |
Characterization of gene cluster heterogeneity in single-cell transcriptomic data within and across cancer types
2022-06-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.059256
PMID:35665803
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研究论文 | 本文提供了一系列定量方法来分析癌症单细胞RNA测序数据，包括评估肿瘤内异质性/同质性的两种定量措施，从单细胞RNA测序数据中建立基因簇层次结构并进行功能富集和异质性分析，以及开发算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇 | 本文首次提出了定量评估肿瘤内异质性/同质性的方法，并开发了算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇，从而揭示了癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征 | 本文未能在单细胞数据中保留乳腺癌亚型在批量级数据中的组合表达模式 | 旨在通过定量方法和算法分析癌症单细胞RNA测序数据，揭示癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征 | 癌症单细胞RNA测序数据中的基因簇异质性和功能富集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (sc-RNAseq) | NA | 基因表达数据 | 九个癌症单细胞RNA测序数据集 |
| 2693 | 2024-08-08 |
Signatures of glial activity can be detected in the CSF proteome
2022-06-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2119804119
PMID:35666874
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研究论文 | 研究利用单细胞转录组学揭示的特定胶质细胞激活状态，探索其在脑脊液（CSF）蛋白质组中的变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的应用。 | 首次发现胶质细胞相关的蛋白质在CSF中的变化，这些变化与单细胞转录组学中描述的疾病相关胶质基因有重叠。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证。 | 探索胶质细胞活动在脑脊液蛋白质组中的表现，以及其在疾病监测和治疗反应中的应用。 | 胶质细胞在脑脊液中的蛋白质变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的表现。 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 非靶向液相色谱-质谱法 | NA | 蛋白质组数据 | 超过20种胶质细胞来源的蛋白质在老年β-淀粉样蛋白前体蛋白和α-突触核蛋白转基因小鼠的CSF中增加 |
| 2694 | 2024-08-08 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics captures features of human midbrain development and dopamine neuron diversity in brain organoids
2022-Jun-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31024-w
PMID:35676291
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2695 | 2024-08-08 |
GRHL2 motif is associated with intratumor heterogeneity of cis-regulatory elements in luminal breast cancer
2022-Jun-08, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-022-00438-6
PMID:35676392
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研究论文 | 本研究使用单细胞转座酶可及染色质测序技术（scATAC-seq）分析了16名乳腺癌患者的12,452个细胞的染色质可及性，揭示了肿瘤内异质性与雌激素受体（ER）信号通路的关系，并发现了GRHL2转录因子在内分泌抵抗中的作用。 | 首次在单细胞水平上揭示了乳腺癌肿瘤内异质性与ER信号通路的关联，并发现了GRHL2转录因子在内分泌抵抗中的新作用。 | 研究样本量相对较小，且未涵盖所有乳腺癌亚型。 | 探讨乳腺癌肿瘤内异质性与预后及治疗反应的关系，特别是雌激素受体信号通路的作用。 | 乳腺癌患者的肿瘤细胞及其微环境。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 染色质可及性数据 | 16名乳腺癌患者的12,452个细胞 |
| 2696 | 2024-08-08 |
Supporting Cells of the Human Olfactory Epithelium Co-Express the Lipid Scramblase TMEM16F and ACE2 and May Cause Smell Loss by SARS-CoV-2 Spike-Induced Syncytia
2022-Jun-07, Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology
IF:2.5Q2
DOI:10.33594/000000531
PMID:35670331
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研究论文 | 研究探讨了人类嗅上皮支持细胞中共表达的脂质翻转酶TMEM16F和ACE2在SARS-CoV-2感染引起的嗅觉丧失中的作用 | 首次证明了TMEM16F在人类嗅觉支持细胞中的表达，并指出由niclosamide阻断的合胞体形成可能是COVID-19嗅觉丧失的致病机制之一 | NA | 调查参与SARS-CoV-2 Spike诱导合胞体形成的蛋白质，即ACE2和TMEM16F，是否在人类嗅上皮中表达 | 人类嗅上皮的支持细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | RNA, 蛋白质 | 来自人类鼻上皮的公开单细胞RNA-seq数据集, 人类鼻组织活检样本 |
| 2697 | 2024-08-08 |
Viral coinfection promotes tuberculosis immunopathogenesis by type I IFN signaling-dependent impediment of Th1 cell pulmonary influx
2022-06-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30914-3
PMID:35672321
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研究论文 | 本研究使用Mtb和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒共感染模型，探讨了病毒共感染如何通过I型IFN信号依赖性阻碍Th1细胞肺部浸润，从而促进结核病的免疫病理发生。 | 本研究首次揭示了病毒共感染通过诱导I型IFN信号，抑制CXCL9/10在髓系细胞中的产生，从而阻碍Mtb特异性CD4 T细胞的肺部迁移，加剧结核病的免疫病理过程。 | NA | 阐明病毒共感染如何通过免疫机制加剧结核病的病理过程。 | Mtb和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒共感染模型。 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞测序，组织免疫荧光染色，过继转移实验 | NA | 细胞 | NA |
| 2698 | 2024-08-08 |
Cardiac fibroblasts regulate the development of heart failure via Htra3-TGF-β-IGFBP7 axis
2022-06-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30630-y
PMID:35672400
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和遗传扰动，揭示了Htra3通过降解TGF-β维持静息态心脏成纤维细胞的身份，从而调控心脏纤维化和心力衰竭的发展 | 首次阐明Htra3通过Htra3-TGF-β-IGFBP7轴调控心脏成纤维细胞和心肌细胞稳态，为心力衰竭的治疗提供了新的靶点 | NA | 探究心脏成纤维细胞如何通过Htra3-TGF-β-IGFBP7轴调控心脏纤维化和心力衰竭的发展 | 心脏成纤维细胞、心肌细胞、心脏纤维化、心力衰竭 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组、蛋白质组 | NA |
| 2699 | 2024-08-08 |
PGE2-EP2/EP4 signaling elicits immunosuppression by driving the mregDC-Treg axis in inflammatory tumor microenvironment
2022-06-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110914
PMID:35675777
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研究论文 | 本研究使用免疫检查点抑制剂不敏感的小鼠癌症模型和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2-EP2/EP4信号通路在肿瘤微环境中通过促进mregDC-Treg轴的驱动，同时引发炎症和免疫抑制的双重作用 | 首次阐明PGE2-EP2/EP4信号通路在肿瘤微环境中连接活跃炎症和免疫抑制的关键调节作用，并提出EP2和EP4拮抗剂作为癌症治疗的新策略 | NA | 探究肿瘤微环境中炎症与免疫抑制的关系及其分子机制 | PGE2-EP2/EP4信号通路在肿瘤微环境中的作用及其对免疫细胞的影响 | NA | 各种人类癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠癌症模型 |
| 2700 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq-based proteogenomics identifies glioblastoma-specific transposable elements encoding HLA-I-presented peptides
2022-06-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110916
PMID:35675780
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研究论文 | 本文通过结合单细胞转录组学、肿瘤和健康组织样本的批量RNA测序以及免疫肽组学样本，分析了胶质母细胞瘤（GBM）患者中的转座元件（TEs），并识别出370个人类白细胞抗原（HLA）-I结合肽，这些肽由在GBM中差异表达的TEs编码 | 本文首次识别出由胶质母细胞瘤特异性TEs编码的HLA-I结合肽，这些肽可能作为肿瘤特异性靶点用于癌症免疫治疗 | NA | 识别胶质母细胞瘤特异性转座元件编码的HLA-I结合肽，为癌症免疫治疗提供潜在靶点 | 胶质母细胞瘤（GBM）患者中的转座元件（TEs） | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 肿瘤和健康组织样本 |