单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2641 - 2660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2641 | 2024-08-08 |
LSH-GAN enables in-silico generation of cells for small sample high dimensional scRNA-seq data
2022-06-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03473-y
PMID:35688990
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research paper | 本文提出了一种改进的生成对抗网络LSH-GAN，用于生成高质量的细胞样本，以解决scRNA-seq数据下游分析中细胞样本不足的问题 | LSH-GAN通过使用局部敏感哈希更新生成器的训练过程，加快了样本生成速度，并提高了生成细胞样本的质量 | NA | 解决scRNA-seq数据下游分析中细胞样本不足的问题 | scRNA-seq数据中的细胞样本 | machine learning | NA | scRNA-seq | GAN | scRNA-seq数据 | 小样本 |
| 2642 | 2024-08-08 |
Identification of the central intermediate in the extra-embryonic to embryonic endoderm transition through single-cell transcriptomics
2022-06, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-00923-x
PMID:35681011
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研究论文 | 本文利用大规模单细胞RNA测序技术，解析了从胚外到胚胎内胚层过渡过程中的中间细胞类型 | 开发了一种单参数计算方法来关联数据集中的细胞类型，并首次在空间上定位了从胚外身份到胚胎内胚层的中间细胞类型 | 在胚胎干细胞分化过程中，这种细胞类型的证据较少 | 研究胚胎发育过程中细胞身份的获取及其分化路径 | FOXA2报告基因小鼠胚胎和向内胚层分化的胚胎干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用FOXA2报告基因小鼠胚胎和胚胎干细胞分化样本 |
| 2643 | 2024-08-08 |
Synaptic Cell Adhesion Molecule 3 (SynCAM3) Deletion Promotes Recovery from Spinal Cord Injury by Limiting Glial Scar Formation
2022-Jun-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23116218
PMID:35682897
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研究论文 | 研究探讨了SynCAM3缺失对脊髓损伤后胶质瘢痕形成的影响及其对功能恢复的作用 | 首次揭示了SynCAM3在脊髓损伤后胶质瘢痕形成中的作用，并提出其作为治疗脊髓损伤的新靶点 | 研究仅在SynCAM3敲除小鼠模型中进行，结果的普遍性和临床应用需进一步验证 | 探究SynCAM3在脊髓损伤后胶质瘢痕形成中的作用及其对功能恢复的影响 | SynCAM3敲除小鼠与野生型小鼠在脊髓损伤后的表现 | NA | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序分析、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）分析、免疫组织化学（IHC） | NA | NA | SynCAM3敲除小鼠与野生型小鼠作为对照 |
| 2644 | 2024-08-08 |
Optocoder: computational decoding of spatially indexed bead arrays
2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac042
PMID:35685220
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Optocoder的计算框架，用于处理显微镜图像以在空间中解码珠子条形码 | Optocoder通过使用监督机器学习显著增加了光学解码和测序条形码之间的匹配数量 | NA | 开发一种高效的计算管道，用于处理显微镜图像并准确地基调用珠子条形码 | 空间转录组学方法中使用的条形码珠子阵列 | 计算机视觉 | NA | 显微镜 | 监督机器学习 | 图像 | 使用自家的空间转录组学平台和Slide-Seq(V2)数据进行了基准测试 |
| 2645 | 2024-08-08 |
Cytokine storm promoting T cell exhaustion in severe COVID-19 revealed by single cell sequencing data analysis
2022-Jun, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbac014
PMID:35694714
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了细胞因子风暴在严重COVID-19中促进T细胞耗竭的分子机制 | 发现了严重耗竭的CD8 T细胞新亚群，并揭示了细胞因子与抑制受体之间的相互作用轴 | NA | 解析细胞因子风暴与T细胞耗竭之间的分子关系 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液中的细胞类型 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 从COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液中鉴定出14种细胞类型 |
| 2646 | 2024-08-08 |
Flow goes forward and cells step backward: endothelial migration
2022-06, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-022-00785-1
PMID:35701563
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综述 | 本文综述了近期关于血管生成机制的研究进展，特别是静脉内皮细胞在发育和病理条件下血管生成中的作用 | 利用先进的细胞命运图谱、时间流逝成像、基因组编辑和单细胞RNA测序技术，揭示了静脉内皮细胞在血管生成中的独特作用 | NA | 旨在更新对血管生成过程的理解 | 内皮细胞及其在血管生成中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 2647 | 2024-08-08 |
EPIC: Inferring relevant cell types for complex traits by integrating genome-wide association studies and single-cell RNA sequencing
2022-06, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010251
PMID:35709291
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研究论文 | 本文介绍了一种名为EPIC的统计框架，该框架通过整合全基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，推断与复杂性状相关的细胞类型 | EPIC框架能够有效地关联GWAS总结统计数据与细胞类型特异性基因表达测量，通过广义最小二乘法优先考虑与性状相关的细胞类型，同时考虑基因内和基因间的相关结构 | NA | 旨在通过整合GWAS和scRNA-seq数据，推断与复杂性状相关的细胞类型，以阐明疾病病因 | 复杂性状相关的细胞类型 | 基因组学 | 糖尿病，精神分裂症 | 全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 广义最小二乘法 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集，涉及不同平台 |
| 2648 | 2024-08-08 |
The Modulatory Effect of Cyclocarya paliurus Flavonoids on Intestinal Microbiota and Hypothalamus Clock Genes in a Circadian Rhythm Disorder Mouse Model
2022-May-31, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu14112308
PMID:35684108
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research paper | 研究了富含黄酮类化合物（CPF）的饮食对肠道微生物群、代谢物和下丘脑时钟基因在诱发昼夜节律紊乱小鼠模型中的影响 | 采用多组学分析方法，发现CPF补充改变了由昼夜节律紊乱诱导的肠道微生物群和代谢物的特定组成和功能，并显著调节了与昼夜节律、髓鞘形成和神经退行性疾病相关基因的表达 | NA | 探讨CPF对昼夜节律紊乱小鼠模型中肠道微生物群和下丘脑时钟基因的影响 | 肠道微生物群、代谢物和下丘脑时钟基因 | NA | circadian rhythm disorder | multi-omics profiling, single-cell RNA-seq | NA | microbiota, metabolites, gene expression | 小鼠模型 |
| 2649 | 2024-08-08 |
Long-Term High-Fat High-Fructose Diet Induces Type 2 Diabetes in Rats through Oxidative Stress
2022-May-24, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu14112181
PMID:35683981
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研究论文 | 研究长期高脂高果糖饮食对大鼠胰腺结构和功能的影响及其与2型糖尿病的关系 | 首次通过单细胞RNA测序验证了氧化还原酶在不同胰岛亚群中的转录水平变化，并揭示了长期高脂高果糖饮食和衰老相关的胰腺胰岛功能衰退的潜在机制 | NA | 探讨长期高脂高果糖饮食对大鼠胰腺结构和功能的影响及其与2型糖尿病的关系 | 大鼠胰腺结构和功能 | NA | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物化学参数、炎症因子、氧化应激指标 | 大鼠 |
| 2650 | 2024-08-08 |
The science of Hirschsprung disease: What we know and where we are headed
2022-Apr, Seminars in pediatric surgery
IF:1.4Q3
DOI:10.1016/j.sempedsurg.2022.151157
PMID:35690468
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综述 | 本文综述了Hirschsprung病的科学研究，包括其基本生物学、动物模型、当前热点和未来研究方向 | 介绍了遗传风险评估、干细胞疗法、非侵入性诊断技术、单细胞测序技术和基因型-表型相关性等前沿研究 | NA | 探讨Hirschsprung病的科学基础和未来研究方向 | Hirschsprung病及其相关神经肠道疾病 | NA | 神经肠道疾病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 2651 | 2024-08-08 |
Can we infer tumor presence of single cell transcriptomes and their tumor of origin from bulk transcriptomes by machine learning?
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.035
PMID:35685355
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研究论文 | 研究使用机器学习模型从批量转录组数据中推断单细胞转录组的肿瘤存在及其原发肿瘤类型 | 引入scTumorTrace方法，该方法使用转录组范围内的2元组，无需标准化且不受log2转换量的限制，能够从批量转录组数据中推断单细胞转录组的肿瘤存在及其原发肿瘤类型 | 现有的机器学习模型中，只有scTumorTrace适用于单细胞转录组数据，其他模型均不适用 | 探索是否可以从批量转录组数据中使用机器学习模型推断单细胞转录组的肿瘤存在及其原发肿瘤类型 | 单细胞转录组数据和批量转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | k-最近邻，一对多支持向量机，一对一支持向量机，随机森林，scTumorTrace | 转录组数据 | 包含白细胞和七种主要癌症类型的实验数据 |
| 2652 | 2024-08-08 |
Genome-wide characterization of RNA editing highlights roles of high editing events of glutamatergic synapse during mouse retinal development
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.029
PMID:35685368
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研究论文 | 本文通过全基因组筛选高可信度的RNA编辑事件，揭示了RNA编辑在小鼠视网膜发育中的动态转录调控作用 | 首次系统地分析了小鼠视网膜发育过程中RNA编辑的模式及其对神经递质受体功能的调控作用 | NA | 探讨RNA编辑在小鼠视网膜发育中的作用及其机制 | 小鼠视网膜发育过程中的RNA编辑事件 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 2000个高可信度编辑位点，跨越八个发育阶段的视网膜 |
| 2653 | 2024-08-08 |
Constructing a Prognostic Gene Signature for Lung Adenocarcinoma Based on Weighted Gene Co-Expression Network Analysis and Single-Cell Analysis
2022, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S353848
PMID:35685695
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研究论文 | 本研究利用加权基因共表达网络分析和单细胞分析技术构建了肺腺癌的预后基因标志物 | 利用先进的单细胞RNA测序技术分析肿瘤内异质性，提高了基于单细胞表达数据识别生物标志物的准确性，从而有助于预测癌症患者的预后并辅助癌症治疗决策 | NA | 构建肺腺癌的预后基因标志物 | 肺腺癌及其癌旁组织样本 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 基因表达数据 | 包含两个肺腺癌和两个癌旁组织样本的scRNA-seq数据 |
| 2654 | 2024-08-08 |
The Chemokines Initiating and Maintaining Immune Hot Phenotype Are Prognostic in ICB of HNSCC
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.820065
PMID:35692828
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据，探索了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中肿瘤相关巨噬细胞（TAMM）的异质性与免疫特性和预后的关系，并利用深度学习框架构建神经网络模型预测抗PD-1/PDL-1治疗的疗效。 | 本研究首次通过网络拓扑结构筛选出CXCL9、10、11和CCL5等关键基因，这些基因在HNSCC中启动和维持免疫热表型，并通过构建神经网络模型预测抗PD-1/PDL-1治疗的疗效。 | NA | 探索HNSCC中TAMM异质性对免疫反应的调控作用及预测ICB治疗的有效性。 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMM）及其免疫反应。 | 免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 神经网络模型 | RNA测序数据 | NA |
| 2655 | 2024-08-08 |
Identification of Biomarkers for Predicting Ovarian Reserve of Primordial Follicle via Transcriptomic Analysis
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.879974
PMID:35692832
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研究论文 | 本研究通过转录组分析，识别与原始卵泡池卵巢储备相关的基因标志物 | 首次识别出与原始卵泡池卵巢储备高度相关的基因，这些基因可能作为预测卵巢储备的生物标志物 | NA | 识别用于预测原始卵泡卵巢储备的生物标志物 | 小鼠卵巢的批量RNA-seq数据和不同发育阶段的卵泡单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 来自GEO数据库的小鼠卵巢批量RNA-seq数据和不同阶段的卵泡单细胞RNA-seq数据 |
| 2656 | 2024-08-08 |
SpatialMap: Spatial Mapping of Unmeasured Gene Expression Profiles in Spatial Transcriptomic Data Using Generalized Linear Spatial Models
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.893522
PMID:35692845
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研究论文 | 本文开发了一种名为SpatialMap的计算方法，用于整合单细胞RNA测序数据和基于图像的转录组学数据，以实现空间转录组数据中未测量基因表达谱的空间映射 | SpatialMap通过广义线性空间模型直接建模空间基因表达数据，并使用条件自回归（CAR）先验考虑空间位置之间的相关性，采用基于惩罚拟似然（PQL）的算法进行大规模空间映射分析 | NA | 旨在开发一种方法，将单细胞RNA测序数据与基于图像的转录组学数据整合，以实现空间转录组数据中未测量基因表达谱的空间映射 | 单细胞RNA测序数据和基于图像的转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 广义线性空间模型 | 基因表达数据 | 四个公开可用的组织配对研究 |
| 2657 | 2024-08-08 |
MYBL2 accelerates epithelial-mesenchymal transition and hepatoblastoma metastasis via the Smad/SNAI1 pathway
2022, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:35693071
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了来自两名肝母细胞瘤患者的25,264个转移细胞的转录组特征，发现MYBL2通过Smad/SNAI1途径加速上皮-间质转化和肝母细胞瘤转移。 | 首次揭示了MYBL2在肝母细胞瘤转移中的作用及其通过Smad/SNAI1途径调控上皮-间质转化的机制。 | 研究主要集中在体外和体内实验验证，需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 探究肝母细胞瘤转移的分子机制及其关键调控因子。 | 肝母细胞瘤转移细胞及其转录组特征。 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 25,264个转移细胞 |
| 2658 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Signatures and Alterations of Microglia Associated With Glioblastoma Associate Microglia Contribution to Tumor Formation
2022, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2022.1610067
PMID:35693633
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据揭示了胶质母细胞瘤中微胶质细胞的异质性，并探讨了不同微胶质细胞亚型在肿瘤发生和发展中的作用 | 研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了胶质母细胞瘤中微胶质细胞的转录组特征和变化，为胶质母细胞瘤的免疫治疗提供了新的潜在靶点 | NA | 探讨微胶质细胞在胶质母细胞瘤发生和发展中的作用，寻找新的免疫治疗靶点 | 胶质母细胞瘤中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 2659 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing of Immune Cell Heterogeneity in IgG4-Related Disease
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.904288
PMID:35693817
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析了IgG4相关疾病患者外周血单个核细胞中的免疫细胞异质性及其转录特征 | 首次在单细胞水平上揭示了IgG4相关疾病中免疫细胞亚群的转录谱，并发现了特定细胞亚群和通路的变化 | 研究样本量较小，仅包括四名患者和三名健康对照 | 探究IgG4相关疾病中免疫细胞的异质性和转录特征 | IgG4相关疾病患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 免疫介导疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 四名IgG4相关疾病患者和三名健康对照 |
| 2660 | 2024-08-08 |
Comparative Analysis of Single-Cell Transcriptome Data Reveals a Novel Role of Keratinocyte-Derived IL-23 in Psoriasis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.905239
PMID:35693818
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研究论文 | 本研究通过分析公开的单细胞转录组测序数据，探讨了角质形成细胞衍生的IL-23在银屑病中的存在及其潜在作用 | 发现角质形成细胞衍生的IL-23与IL-36在银屑病进展中的新关联 | NA | 确定角质形成细胞衍生的IL-23在银屑病中的存在及其潜在作用 | 角质形成细胞衍生的IL-23及其在银屑病中的作用 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用公开的人类样本数据和咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型 |