单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-09-11	Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization 2022-12-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04351-3 PMID:36572749	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和开放染色质区域分析，揭示了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因进化	首次在单细胞水平上分析了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因表达模式和遗传分化	NA	研究全基因组复制后金鱼视网膜基因的早期进化	金鱼视网膜的单细胞转录组和开放染色质区域	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	11,444个ohnolog对
242	2024-09-11	SpatialCorr identifies gene sets with spatially varying correlation structure 2022-12-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100369 PMID:36590683	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialCorr的方法，用于识别具有空间变化相关结构的基因集	SpatialCorr能够检测基因集在组织区域内的空间诱导相关性差异，这是现有方法无法实现的	NA	开发一种新的统计方法，用于识别空间转录组数据中基因集的空间变化相关结构	空间转录组数据中的基因集	生物信息学	皮肤鳞状细胞癌	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
243	2024-09-11	Do Corticosteroid Receptor mRNA Levels Predict the Expression of Their Target Genes? 2022-Dec-15, Journal of the Endocrine Society IF:3.0Q2 DOI:10.1210/jendso/bvac188 PMID:36578881	研究论文	研究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	探讨了MR和GR mRNA水平与GILZ mRNA表达的相关性，并发现MR mRNA水平在某些情况下可能限制受体作用	研究仅限于小鼠模型，且在单细胞水平上的相关性较弱	探究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	皮质类固醇受体（MR和GR）及其靶基因GILZ的mRNA表达	NA	NA	原位杂交	NA	mRNA	雄性小鼠
244	2024-09-11	DeepST: identifying spatial domains in spatial transcriptomics by deep learning 2022-12-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac901 PMID:36250636	研究论文	本文介绍了一种名为DeepST的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	DeepST在基准数据集上表现优于现有的最先进方法，并能有效整合来自多个批次或不同技术的空间转录组数据	NA	开发一种准确且通用的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据	机器学习	乳腺癌	深度学习	深度学习框架	空间转录组数据	涉及人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据集
245	2024-09-11	A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine 2022-11-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641 PMID:36384107	研究论文	研究了高脂饮食对小鼠肠道上皮细胞的快速适应性反应	首次使用生理指标和单细胞转录组学研究高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应	研究仅限于小鼠模型，未探讨其他物种的反应	探讨高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应	小鼠肠道上皮细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本
246	2024-09-11	Podocalyxin-Like Protein 1 Regulates Pluripotency through the Cholesterol Biosynthesis Pathway 2022-Nov-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202205451 PMID:36373710	研究论文	研究了膜蛋白podocalyxin-like蛋白1（PODXL）通过胆固醇生物合成途径调节多能性的机制	首次报道了膜蛋白PODXL调节从头胆固醇生物合成，并发现人类多能干细胞（hPSCs）对胆固醇耗竭比成纤维细胞更敏感	NA	揭示信号机制对扩展多能干细胞（EPSC）状态和原始多能性的关键作用，以理解胚胎发育	膜蛋白PODXL在扩展和原始多能性中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
247	2024-09-11	Increased SARS-CoV-2 Infection, Protease, and Inflammatory Responses in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Primary Bronchial Epithelial Cells Defined with Single-Cell RNA Sequencing 2022-09-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202108-1901OC PMID:35549656	研究论文	研究了慢性阻塞性肺病（COPD）患者的原代支气管上皮细胞在SARS-CoV-2感染后的反应	首次通过单细胞RNA测序揭示了COPD患者的支气管上皮细胞对SARS-CoV-2感染的更高易感性及其背后的机制	研究仅限于COPD患者的原代支气管上皮细胞，未涉及其他类型的细胞或组织	探讨COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性及其背后的分子机制	COPD患者的原代支气管上皮细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康受试者和COPD患者的原代支气管上皮细胞
248	2024-09-11	Electrical stimulation of the splenic nerve bundle ameliorates dextran sulfate sodium-induced colitis in mice 2022-Jun-17, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02504-z PMID:35715845	研究论文	研究电刺激脾神经束对小鼠DSS诱导的结肠炎的治疗效果	首次探讨了电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗价值	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探讨电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗效果	小鼠DSS诱导的结肠炎	NA	炎症性肠病	RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类脾细胞样本
249	2024-09-11	A Dual-Filtration System for Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells and Clusters in HCC 2022-06, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1900 PMID:35068084	研究论文	本文评估了一种双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性	开发了一种简单的双过滤系统用于分离和测序肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团，并发现这些细胞和细胞团的基因表达与患者的预后相关	样本量较小，仅涉及8名患者	评估双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性，并探讨其与患者预后的关系	肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名肝细胞癌患者，其中6名患者的循环肿瘤细胞或细胞团可识别，共测序38个循环肿瘤细胞和33个细胞团
250	2024-09-11	Alternative neural systems: What is a neuron? (Ctenophores, sponges and placozoans) 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1071961 PMID:36619868	研究论文	本文探讨了神经系统的多样性，特别是早期动物分支中独立进化的不同神经整合系统	提出了神经元的新定义，并支持神经元和突触的多重起源假说	NA	重新定义神经元，并探讨早期动物分支中神经系统的多样性	早期动物分支中的神经整合系统，包括栉水母、海绵和扁形虫	神经科学	NA	scRNA-seq 和显微镜技术	NA	基因表达数据	NA
251	2024-09-11	Benchmarking automated cell type annotation tools for single-cell ATAC-seq data 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1063233 PMID:36583014	研究论文	本文评估了五种单细胞ATAC-seq注释方法的分类准确性和可扩展性	首次对单细胞ATAC-seq数据注释方法进行了基准测试	研究主要集中在小鼠和人类组织数据上，未涵盖其他物种	评估现有单细胞ATAC-seq数据自动注释工具的性能	五种单细胞ATAC-seq注释方法在不同数据集上的表现	单细胞测序	NA	单细胞ATAC-seq	NA	单细胞数据	使用来自小鼠和人类组织的公开单细胞数据集，包括脑、肺、肾、PBMC和BMMC
252	2024-09-11	Nuclear envelope, chromatin organizers, histones, and DNA: The many achilles heels exploited across cancers 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1068347 PMID:36589746	综述	本文综述了核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响	本文探讨了核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中对染色质组织和基因表达的异常调控，并介绍了单细胞测序、成像技术和高级数据挖掘方法在设计靶向癌症细胞生长和增殖的小分子药物中的应用	NA	探讨核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响	核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA	NA	癌症	单细胞测序、成像技术、高级数据挖掘	NA	NA	NA
253	2024-09-10	Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment 2022-12-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02828-2 PMID:36550535	研究论文	本文通过结合单细胞和批量转录组测序数据，分析了胃癌肿瘤微环境中的关键特征	首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中非上皮细胞的类型和转录程序，揭示了与恶性转化相关的细胞类型	研究样本仅限于24名未经治疗的胃癌患者，可能无法完全代表所有胃癌病例	深入了解胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序，以识别新的潜在生物标志物	胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序	数字病理学	胃癌	RNA测序	NA	转录组数据	24名未经治疗的胃癌患者，共96,623个非上皮细胞
254	2024-09-10	Single-cell transcriptome reveals dominant subgenome expression and transcriptional response to heat stress in Chinese cabbage 2022-12-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02834-4 PMID:36536447	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了白菜叶在不同细胞类型中的转录组特征及其对高温胁迫的响应	首次在单细胞分辨率下分析了白菜叶的转录组特征，并揭示了不同亚基因组在不同细胞类型中的表达差异及高温胁迫下的转录响应	NA	研究白菜叶发育过程中的转录调控网络及其对高温胁迫的响应	白菜叶的单细胞转录组及其对高温胁迫的响应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	30,000个单细胞
255	2024-09-10	Protocol to benchmark gene expression signature scoring techniques for single-cell RNA sequencing data in cancer 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101877 PMID:36595948	研究论文	本文描述了在癌症单细胞RNA测序数据中基准测试基因表达特征评分技术的步骤	提出了在基因丢失不均匀的情况下基准测试单细胞RNA测序算法的方法	NA	基准测试单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术	癌症单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
256	2024-09-10	Single-Cell DNA Methylation Analysis in Cancer 2022-Dec-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14246171 PMID:36551655	综述	本文探讨了单细胞DNA甲基化分析在癌症研究中的潜力及其对临床应用的影响	本文介绍了单细胞DNA甲基化分析技术，该技术能够揭示癌症细胞的异质性，识别亚群并追踪细胞谱系	本文指出了单细胞DNA甲基化测序技术面临的实验、生物信息学和实际挑战	探讨单细胞测序技术在理解癌症生物学中的潜力及其对临床应用的影响	癌症细胞的DNA甲基化模式	数字病理学	癌症	单细胞DNA甲基化测序	NA	DNA甲基化数据	NA
257	2024-09-10	Microbiota-host crosstalk in the newborn and adult rumen at single-cell resolution 2022-12-14, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01490-1 PMID:36514051	研究论文	研究了新生和成年反刍动物瘤胃中微生物与宿主的相互作用，通过单细胞转录组学揭示了瘤胃组织的细胞组成和发育过程中的互惠共生关系	首次通过单细胞RNA测序构建了新生和成年反刍动物瘤胃上皮的全面细胞图谱，并揭示了瘤胃发育过程中微生物与宿主的相互作用	NA	研究瘤胃发育和功能，并探讨其对牛奶和肉类生产的影响	新生和成年反刍动物的瘤胃组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	49,689个高质量单细胞
258	2024-09-10	Spatial transcriptomics landscape of lesions from non-communicable inflammatory skin diseases 2022-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35319-w PMID:36513651	研究论文	本文通过空间转录组学研究了非传染性炎症性皮肤疾病的病变特征	本文首次通过空间转录组学技术，分析了非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞浸润和细胞因子表达模式	样本量相对较小，仅包括31名患者	研究非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞和细胞因子表达模式	非传染性炎症性皮肤疾病的病变组织	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	31名患者的62,000个空间定义的人类皮肤转录组
259	2024-09-10	Identifying the critical state of complex biological systems by the directed-network rank score method 2022-12-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac707 PMID:36282843	研究论文	本文提出了一种无模型的方法，即有向网络排名分数（DNRS），用于检测复杂生物系统中临界转变的早期预警信号	本文的创新点在于提出了一种新的计算方法DNRS，通过探索基因合作效应的动态变化来识别复杂生物系统中的临界点	NA	揭示复杂生物系统中临界转变的潜在机制	复杂生物系统中的临界点和转变状态	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	基因数据	包括模拟数据和六个真实数据集，其中包括三个胚胎发育的单细胞RNA测序数据集和三个肿瘤数据集
260	2024-09-10	Integrated Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unravels the Influences of SARS-CoV-2 Infections to Cancer Patients 2022-Dec-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232415698 PMID:36555339	研究论文	本研究通过综合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了SARS-CoV-2感染对癌症患者的影响	首次通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了COVID-19患者中与癌症相关的共同差异表达基因，并构建了多个分子网络以识别潜在的治疗靶点	研究主要基于已有的RNA测序数据，未进行体内或体外实验验证，因此结果的临床应用需进一步验证	揭示SARS-CoV-2感染对癌症患者的分子机制，并识别潜在的治疗靶点	COVID-19患者中的癌症患者，特别是与急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和肺纤维化（PF）相关的分子机制	生物信息学	呼吸系统疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及COVID-19患者及其癌症状态的数据，具体样本数量未明确提及