单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-09-08	NetREX-CF integrates incomplete transcription factor data with gene expression to reconstruct gene regulatory networks 2022-11-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04226-7 PMID:36418514	研究论文	本文介绍了一种名为NetREX-CF的方法，通过整合不完整的转录因子数据和基因表达数据来重建基因调控网络	NetREX-CF结合了协同过滤技术来解决先验知识的不完整性，并使用基于稀疏网络成分分析的生物学合理模型来处理基因表达数据	NA	解决基因调控网络重建中先验知识不完整的问题	酵母和果蝇Schneider 2细胞的基因调控网络	系统生物学	NA	RNA-Seq	协同过滤	基因表达数据	465个表达的转录因子
242	2024-09-08	Identification and Validation of UPF1 as a Novel Prognostic Biomarker in Renal Clear Cell Carcinoma 2022-11-20, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13112166 PMID:36421841	研究论文	研究探讨了UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力	首次系统分析了UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响，并验证了其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义	UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	肾癌	RNA测序	NA	RNA	使用了来自TCGA、GEO和ArrayExpress数据库的bulk RNA测序数据以及肾透明细胞癌的单细胞测序数据
243	2024-09-08	How does the structure of data impact cell-cell similarity? Evaluating how structural properties influence the performance of proximity metrics in single cell RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac387 PMID:36151725	研究论文	本文探讨了数据结构如何影响细胞间相似性，并评估了结构属性对单细胞RNA测序数据中邻近度量性能的影响	开发了一个框架，深入评估了17种邻近度量在单细胞RNA测序数据核心结构属性方面的性能	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的生物数据	评估不同邻近度量在单细胞RNA测序数据中的性能，并探讨数据结构属性对其影响	单细胞RNA测序数据中的邻近度量和数据结构属性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
244	2024-09-08	Single cell sequencing maps skeletal muscle cellular diversity as disease severity increases in dystrophic mouse models 2022-Nov-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105415 PMID:36388984	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了在杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中，随着疾病严重程度增加，骨骼肌细胞的多样性变化	首次利用单细胞RNA测序技术探索了健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型中骨骼肌细胞群的差异	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	深入了解DMD疾病严重程度增加时骨骼肌细胞的异质性	健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型的骨骼肌细胞	数字病理学	肌肉萎缩症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型的骨骼肌样本
245	2024-09-08	SpaceX: gene co-expression network estimation for spatial transcriptomics 2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac645 PMID:36179087	研究论文	开发了一种用于空间转录组学的统计框架SpaceX，用于检测空间结构组织中的基因共表达模式	提出了SpaceX方法，结合空间泊松模型和高维因子模型，能够识别共享和集群特异性共表达网络，并提高了计算效率	NA	增强空间转录组技术在生物发现中的能力和潜力	空间结构组织中的基因共表达模式	空间转录组学	NA	空间泊松模型和高维因子模型	贝叶斯方法	转录组数据	小鼠下丘脑和人类乳腺癌的空间转录组数据
246	2024-09-08	Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898 PMID:36007098	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术研究了CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤中的细胞相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了腱鞘巨细胞瘤中两种复发的肿瘤细胞群体，并发现GFPT2作为肿瘤细胞的标记物	研究样本量较小，仅包括三个腱鞘巨细胞瘤和两个骨巨细胞瘤样本	探究CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤中的细胞相互作用	腱鞘巨细胞瘤中的肿瘤细胞及其与巨噬细胞的相互作用	数字病理学	腱鞘巨细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	18,788个单细胞样本，来自三个腱鞘巨细胞瘤和两个骨巨细胞瘤样本
247	2024-09-08	Multi-omic analyses of changes in the tumor microenvironment of pancreatic adenocarcinoma following neoadjuvant treatment with anti-PD-1 therapy 2022-11-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.10.001 PMID:36306792	研究论文	研究了抗PD-1疗法在新辅助治疗后胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的多组学变化	揭示了GVAX疫苗与nivolumab联合治疗后肿瘤微环境中的免疫调节机制，特别是T细胞和肿瘤相关中性粒细胞的变化	研究样本量较小，且仅限于特定的治疗组合	探讨抗PD-1疗法在新辅助治疗后胰腺导管腺癌中的免疫反应机制	胰腺导管腺癌患者在接受GVAX疫苗与nivolumab联合治疗前后的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	多组学分析	NA	RNA序列	前后的配对样本
248	2024-09-08	SRSF10 is essential for progenitor spermatogonia expansion by regulating alternative splicing 2022-Nov-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.78211 PMID:36355419	研究论文	研究了SRSF10在调节选择性剪接中的作用，及其对精原细胞扩展和男性生育能力的影响	首次揭示了SRSF10在精原细胞扩展中的关键作用，并通过选择性剪接调控这一过程	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨选择性剪接在精子发生中的作用	SRSF10基因及其在精原细胞扩展中的作用	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
249	2024-09-08	Cellular Heterogeneity and Molecular Reprogramming of the Host Response during Influenza Acute Lung Injury 2022-11-09, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01246-22 PMID:36286482	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了流感病毒感染引起的急性肺损伤中宿主反应的细胞异质性和分子重编程	首次通过单细胞RNA测序揭示了流感病毒感染引起的急性肺损伤中宿主反应的细胞异质性和分子重编程机制	尚未完全阐明流感病毒感染引起的急性肺损伤的病理免疫机制	探讨流感病毒感染引起的急性肺损伤中宿主反应的细胞和分子机制	流感病毒感染引起的急性肺损伤中的宿主反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
250	2024-09-08	The memory B cell response to influenza vaccination is impaired in older persons 2022-11-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111613 PMID:36351385	研究论文	研究探讨了老年人接种流感疫苗后记忆B细胞反应的年龄相关性变化	首次通过单细胞RNA测序技术追踪流感疫苗接种后记忆B细胞的反应，并发现年轻人在接种后产生具有FcRL5“非典型”表型的记忆B细胞，而老年人的反应较弱	研究样本量较小，仅包括20名健康成年人	探讨年龄对流感疫苗接种后记忆B细胞反应的影响	记忆B细胞对流感疫苗的反应	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	20名健康成年人
251	2024-09-08	Deep autoencoder for interpretable tissue-adaptive deconvolution and cell-type-specific gene analysis 2022-11-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34550-9 PMID:36347853	研究论文	本文介绍了一种名为TAPE的深度学习方法，用于组织适应性解卷积和细胞类型特异性基因分析	TAPE通过连接批量RNA测序和单细胞RNA测序，实现了快速且精确的解卷积，并能预测细胞类型特异性基因表达	NA	开发一种新的深度学习方法，用于提高单细胞RNA测序数据的解卷积精度和速度	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	机器学习	NA	RNA测序	深度自编码器	RNA测序数据	NA
252	2024-09-08	Single-cell technologies: From research to application 2022-Nov-08, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2022.100342 PMID:36353677	综述	本文综述了单细胞技术的发展及其在多个领域的应用，并展望了未来的研究方向	本文介绍了基于人工智能的大数据分析方法在单细胞研究中的应用，并探讨了空间转录组学和单细胞多组学的潜力	NA	综述单细胞技术的发展及其应用，并展望未来的研究方向	单细胞技术及其在肿瘤学、辅助生殖、胚胎发育和植物育种等领域的应用	生物信息学	NA	单细胞技术	NA	单细胞组学数据	NA
253	2024-09-08	Characterization of BCMA Expression in Circulating Rare Single Cells of Patients with Plasma Cell Neoplasms 2022-Nov-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232113427 PMID:36362214	研究论文	开发并验证了一种基于玻片的免疫荧光检测方法，用于检测和量化浆细胞肿瘤患者血液中表达BCMA的细胞	首次验证了BCMA在循环肿瘤细胞中的表达，并开发了一种无需富集的液体活检方法用于早期疾病检测和治疗反应监测	研究样本量较小，仅涉及9名患者	验证BCMA在循环肿瘤细胞中的表达，并开发一种新的检测方法用于早期疾病检测和治疗反应监测	浆细胞肿瘤患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	免疫荧光检测	NA	细胞	9名浆细胞肿瘤患者
254	2024-09-08	FastRNA: An efficient solution for PCA of single-cell RNA-sequencing data based on a batch-accounting count model 2022-11-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2022.09.008 PMID:36206757	研究论文	本文介绍了一种名为FastRNA的高效解决方案，用于基于批次和细胞大小因子计数模型的单细胞RNA测序数据的主成分分析	FastRNA方法在处理大规模数据时比其他基于计数的方法快两个数量级，比标准对数归一化快一个数量级，并且完全避免了在内存中形成大型密集残差矩阵	NA	开发一种高效的方法来处理单细胞RNA测序数据的主成分分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	PCA	计数数据	200万细胞
255	2024-09-08	Spatial Positioning and Matrix Programs of Cancer-Associated Fibroblasts Promote T-cell Exclusion in Human Lung Tumors 2022-11-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1714 PMID:36027053	研究论文	本文研究了癌症相关成纤维细胞（CAF）在人类肺肿瘤中促进T细胞排除的空间定位和基质程序	本文通过单细胞RNA测序结合多重成像技术，揭示了两种与T细胞排除相关的CAF亚群及其独特的分子程序	NA	探讨癌症相关成纤维细胞在肺肿瘤中促进T细胞排除的机制	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在肺肿瘤中的空间定位和基质程序	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量肺肿瘤样本
256	2024-09-08	Progenitor Hierarchy of Chronic Myelomonocytic Leukemia Identifies Inflammatory Monocytic-Biased Trajectory Linked to Worse Outcomes 2022-11-02, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0217 PMID:36053528	研究论文	研究了慢性粒单核细胞白血病（CMML）中CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPC）的分化轨迹，发现单核细胞偏向轨迹与不良预后相关	首次使用单细胞RNA测序和高参数流式细胞术揭示了CMML中CD34+ HSPC的三种分化轨迹，并发现单核细胞偏向轨迹与不良预后相关	研究主要集中在CMML，未涵盖其他骨髓增生性肿瘤，且治疗策略的探索有限	揭示慢性粒单核细胞白血病中CD34+造血干细胞和祖细胞的分化轨迹及其与预后的关系	慢性粒单核细胞白血病（CMML）中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPC）	血液学	白血病	单细胞RNA测序、高参数流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量
257	2024-09-08	Molecular and anatomical characterization of parabrachial neurons and their axonal projections 2022-11-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81868 PMID:36317965	研究论文	本文研究了副神经节核神经元的分子和解剖特征及其轴突投射	首次提供了数十个副神经节核神经元亚群的分子身份、空间位置和投射模式的数据库	未明确说明不同行为如何由独特的信号分子或受体编码	探讨副神经节核神经元的多样性和其在不同行为中的作用	副神经节核神经元的亚群及其轴突投射	NA	NA	单细胞RNA测序、多重原位杂交	NA	分子数据、空间位置数据、投射模式数据	21个Cre驱动小鼠品系
258	2024-09-08	Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular reprograming landscape of gliomas and lung cancer brain metastases 2022-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1101 PMID:36336787	研究论文	研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤和肺癌脑转移的细胞和分子重编程景观	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了胶质瘤和肺癌脑转移的肿瘤微环境异质性，并发现了与预后相关的特定细胞亚群和基因特征	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	揭示胶质瘤和肺癌脑转移的细胞和分子重编程特征，为开发针对脑转移的免疫治疗提供理论基础	胶质瘤和肺癌脑转移的肿瘤微环境细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	4个胶质瘤样本和10个肺癌脑转移样本
259	2024-09-08	Excessive IL-10 and IL-18 trigger hemophagocytic lymphohistiocytosis-like hyperinflammation and enhanced myelopoiesis 2022-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.06.017 PMID:35792218	研究论文	研究探讨了IL-10和IL-18在超炎症中的协同作用及其对噬血细胞性淋巴组织细胞增多症样超炎症和增强的髓系生成的影响	首次揭示了IL-10和IL-18共同升高足以驱动噬血细胞性淋巴组织细胞增多症样超炎症综合征，并通过IL-10阻断在HLH模型中显示出保护作用	NA	研究IL-10和IL-18在超炎症中的协同作用	噬血细胞性淋巴组织细胞增多症患者和转基因小鼠模型	NA	噬血细胞性淋巴组织细胞增多症	单细胞RNA测序	NA	RNA	87名噬血细胞性淋巴组织细胞增多症患者和转基因小鼠模型
260	2024-09-08	Single-cell genomics reveals population structures from in vitro evolutionary studies of Salmonella 2022-09, Microbial genomics IF:4.0Q2 DOI:10.1099/mgen.0.000871 PMID:36125951	研究论文	本文介绍了使用单细胞基因组学方法研究体外进化实验中沙门氏菌群体结构的方法	首次将单细胞方法应用于研究进化中的克隆微生物群体，并展示了其在抗生素压力下的抗性和多样性	NA	研究沙门氏菌在抗生素压力下的进化和群体结构	沙门氏菌的单细胞基因组	基因组学	NA	单细胞DNA测序	NA	基因组序列	多个单细胞样本