单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2501 - 2520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2501 | 2024-08-08 |
Conjunctival epithelial cells resist productive SARS-CoV-2 infection
2022-07-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.05.017
PMID:35750043
|
研究论文 | 研究通过构建一种类器官的气液界面模型，探讨结膜上皮细胞对SARS-CoV-2感染的抵抗性 | 首次使用单细胞RNA测序结合成像和病毒学检测方法，揭示了结膜上皮细胞对SARS-CoV-2的早期固有免疫反应 | NA | 探讨结膜上皮细胞对SARS-CoV-2感染的抵抗性及其免疫反应机制 | 结膜上皮细胞及其对SARS-CoV-2的感染反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 结膜上皮细胞包括基底层、超基底层和表层上皮细胞及成纤维细胞 |
| 2502 | 2024-08-08 |
Nephrin expression in human epidermal keratinocytes and its implication in poor wound closure
2022-07, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202100455RR
PMID:35747929
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研究论文 | 本研究首次证实了nephrin在人类表皮角质形成细胞中的表达，并探讨了其在伤口愈合中的作用 | 首次报道了nephrin在人类皮肤中的表达及其在细胞粘附、增殖和迁移中的功能 | NA | 探讨nephrin在人类皮肤中的表达及其在伤口愈合中的作用 | 人类表皮角质形成细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫组织化学和免疫电子显微镜 | NA | 细胞 | NA |
| 2503 | 2024-08-08 |
CDSImpute: An ensemble similarity imputation method for single-cell RNA sequence dropouts
2022-07, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105658
PMID:35751187
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CDSImpute的新型单细胞RNA测序数据填补方法，用于恢复因技术限制导致的基因表达缺失 | CDSImpute通过考虑细胞间的相关性和负距离，创建相似细胞列表，并从相似细胞中借用基因表达来检测和纠正缺失事件 | NA | 开发一种高效准确的方法来恢复单细胞RNA测序中的真实基因表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了Kolod、Pollen和Usoskin等多个公开的单细胞RNA测序数据集 |
| 2504 | 2024-08-08 |
A shared disease-associated oligodendrocyte signature among multiple CNS pathologies
2022-07, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01104-7
PMID:35760863
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，在野生型和阿尔茨海默病模型（5xFAD）小鼠脑中绘制了所有非免疫、非神经元细胞群体，并识别出一种与脑病理相关的寡突胶质细胞状态，称为疾病相关寡突胶质细胞（DOLs） | 本研究揭示了在中枢神经系统病理中共享的寡突胶质细胞特征，并发现DOLs在多种神经退行性和自身免疫炎症条件下均可被识别 | NA | 探索阿尔茨海默病及其他中枢神经系统病理中寡突胶质细胞的共同反应 | 野生型和阿尔茨海默病模型小鼠的脑组织，以及人类死后脑组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及多种小鼠模型和人类死后脑组织样本 |
| 2505 | 2024-08-08 |
Clonal structure, stability and dynamics of human memory B cells and circulating plasmablasts
2022-07, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01230-1
PMID:35761085
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序结合特定抗体的分离，探讨了人类记忆B细胞和循环浆母细胞的克隆结构、稳定性和动态变化 | 首次系统描述了人类记忆B细胞池的结构、稳定性和动态变化，并提出记忆B细胞可能在任何时间点参与浆母细胞的生成 | NA | 研究记忆B细胞和循环浆母细胞的克隆关系及其进化 | 人类记忆B细胞和循环浆母细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 两名健康捐赠者的多年样本 |
| 2506 | 2024-08-08 |
Dicer deficiency impairs proliferation but potentiates anti-tumoral effect of macrophages in glioblastoma
2022-07, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-022-02393-9
PMID:35764885
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研究论文 | 本文研究了Dicer酶在巨噬细胞中的遗传缺失对胶质母细胞瘤的影响，发现这种缺失抑制了肿瘤生长并延长了携带肿瘤小鼠的生存期 | 首次报道了Dicer酶在巨噬细胞中的缺失能够减少免疫抑制性胶质母细胞瘤相关巨噬细胞的比例，并将其重编程为促炎激活状态，增强其吞噬活性和IFN产生能力 | NA | 探讨Dicer酶在巨噬细胞中的缺失对胶质母细胞瘤的免疫治疗潜力 | Dicer酶在巨噬细胞中的作用及其对胶质母细胞瘤的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及GL261小鼠胶质母细胞瘤异种移植模型和携带肿瘤的小鼠 |
| 2507 | 2024-08-08 |
Identification of a differentiation-related prognostic nomogram based on single-cell RNA sequencing in clear cell renal cell carcinoma
2022-06-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-15206-6
PMID:35768519
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研究论文 | 本研究通过回顾性分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，结合TCGA数据库中的批量RNA-seq数据，构建了基于分化相关基因（DRG）的预后风险签名（PRS）和预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者预后的诺模图 | 本研究首次构建了基于DRG的PRS和诺模图，用于预测ccRCC患者的预后，并揭示了细胞分化轨迹和肿瘤微环境（TME）演变在预测临床结果和潜在免疫治疗反应中的重要性 | NA | 旨在通过分析scRNA-seq数据和TCGA数据库中的批量RNA-seq数据，构建预测ccRCC患者预后的诺模图 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 2508 | 2024-08-08 |
Activated-memory T cells influence naïve T cell fate: a noncytotoxic function of human CD8 T cells
2022-06-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03596-2
PMID:35768564
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研究论文 | 研究探讨了记忆T细胞与幼稚T细胞之间的相互作用及其对幼稚T细胞命运的影响 | 首次报道了人类幼稚CD8 T细胞在自体激活记忆CD8 T细胞存在下发生表型和转录变化的现象 | 研究主要集中在体外共培养实验，可能需要进一步的体内实验验证 | 探究记忆T细胞与幼稚T细胞之间的交叉对话及其对幼稚T细胞的影响 | 人类幼稚CD8 T细胞和激活的记忆CD8 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约3%的幼稚T细胞获得了激活/记忆标志物，约84%的幼稚T细胞发展出独特的激活转录组特征 |
| 2509 | 2024-08-08 |
Clinical significance and potential regulatory mechanism of overexpression of pituitary tumor-transforming gene transcription factor in bladder cancer
2022-Jun-29, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-022-09810-y
PMID:35768832
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研究论文 | 本研究分析了垂体瘤转化基因-1（PTTG1）转录因子在膀胱癌（BLCA）中的异常表达及其临床意义，探讨了PTTG1与肿瘤微环境特征之间的关系，并预测了其在BLCA组织中的潜在转录活性 | 本研究首次详细探讨了PTTG1在膀胱癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系，并预测了其潜在的转录活性 | NA | 分析PTTG1在膀胱癌中的异常表达及其临床意义，探讨其与肿瘤微环境的关系，并预测其在BLCA组织中的潜在转录活性 | PTTG1在膀胱癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 免疫组织化学染色，CRISPR筛选，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 1037例膀胱癌样本与127例非膀胱癌样本 |
| 2510 | 2024-08-08 |
Cell fate determining molecular switches and signaling pathways in Pax7-expressing somitic mesoderm
2022-Jun-28, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00407-0
PMID:35764624
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研究论文 | 研究探讨了Pax7表达的体节中胚层在胚胎发育过程中细胞命运决定的分子开关和信号通路 | 通过单细胞转录组分析，揭示了肌肉、真皮和棕色脂肪细胞分化的时间特异性事件，并识别了潜在的标记基因和驱动谱系特异性分化的转录因子 | NA | 深入理解Pax7谱系在胚胎发育过程中的细胞命运决定机制 | Pax7表达的体节中胚层细胞及其在胚胎发育中的分化过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎中Pax7表达细胞在E9.5、E12.5、E14.5和E16.5时间点的样本 |
| 2511 | 2024-08-08 |
A transcriptome atlas and interactive analysis platform for autoimmune disease
2022-06-27, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baac050
PMID:35758882
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研究论文 | 本研究开发了一个用户友好的网络数据库工具IAAA，集成了大量自身免疫疾病转录组测序数据，并提供多种分析模块 | IAAA数据库整合了大量自身免疫疾病的bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，并提供可定制的分析模块 | NA | 开发一个集成自身免疫疾病转录组测序数据的数据库，并提供有效的分析工具 | 自身免疫疾病的转录组数据 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 929个样本的bulk RNA-seq数据和783,203个细胞的单细胞RNA-seq数据 |
| 2512 | 2024-08-08 |
Phylovar: toward scalable phylogeny-aware inference of single-nucleotide variations from single-cell DNA sequencing data
2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac254
PMID:35758771
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Phylovar的新方法，该方法能够扩展基于系统发育的变异检测方法，以处理包含数百万个位点的单细胞DNA测序数据集 | Phylovar方法在运行时间上优于SCIΦ，同时在单核苷酸变异检测的准确性上超过非系统发育感知的Monovar方法 | NA | 开发一种可扩展的、基于系统发育的单细胞DNA测序数据中单核苷酸变异检测方法 | 单细胞DNA测序数据中的单核苷酸变异 | 生物信息学 | 乳腺癌，神经退行性疾病 | 单细胞全基因组测序（scWGS），单细胞全外显子测序（scWES） | NA | DNA序列数据 | 乳腺癌数据包含32个细胞和3375个位点，神经细胞数据包含16个细胞和约250万个位点 |
| 2513 | 2024-08-08 |
psupertime: supervised pseudotime analysis for time-series single-cell RNA-seq data
2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac227
PMID:35758781
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研究论文 | 本文介绍了一种名为psupertime的监督式伪时间分析方法，用于时间序列单细胞RNA测序数据 | psupertime方法基于回归模型，明确使用时间序列标签作为输入，能够识别沿时间序列一致变化的基因，并提供个体细胞的伪时间值及分类器，用于估计新数据中未知或不同的标签 | NA | 改进时间序列单细胞RNA测序数据的分析方法 | 时间序列单细胞RNA测序数据中的基因变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 时间序列数据 | NA |
| 2514 | 2024-08-08 |
MOJITOO: a fast and universal method for integration of multimodal single-cell data
2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac220
PMID:35758807
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MOJITOO的单细胞多模态数据整合方法，该方法使用典型相关分析快速且无需参数地检测多模态单细胞数据中的共享细胞表示 | MOJITOO方法在计算需求、原始潜在空间的保留和聚类方面优于现有方法，并且可以用于解释模态特异性分子特征与潜在空间之间的关联 | NA | 开发一种快速且通用的方法来整合多模态单细胞数据 | 多模态单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 典型相关分析 | NA | 单细胞数据 | 使用了双模态和三模态的单细胞数据集进行评估 |
| 2515 | 2024-08-08 |
Visualizing hierarchies in scRNA-seq data using a density tree-biased autoencoder
2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac249
PMID:35758814
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research paper | 本文提出了一种从高维单细胞RNA测序数据中识别有意义树结构的方法，并开发了一种尊重树结构的视觉化技术 | 引入了密度树偏置自编码器（DTAE），这是一种强调数据在低维空间中树结构的自编码器 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中的树结构，并开发相应的可视化方法 | 单细胞RNA测序数据中的树结构 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 2516 | 2024-08-08 |
Semi-deconvolution of bulk and single-cell RNA-seq data with application to metastatic progression in breast cancer
2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac262
PMID:35758822
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研究论文 | 本文开发了一种新方法，利用参考scRNA-seq数据解释仅能获得bulk RNA-seq数据的样本集合，特别是在乳腺癌骨转移数据集上的应用证实了scRNA-seq数据在改善同患者bulk样本中细胞类型推断和定量方面的能力 | 提出了一种结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据的新方法，通过二次规划框架恢复bulk样本中更准确的细胞类型及其丰度 | 该方法在处理大量队列研究或存档样本的纵向分析时可能不总是可行 | 旨在理解肿瘤进展过程中细胞类型及其丰度的变化，以及这些变化如何影响转移潜能，从而指导新诊断或治疗的发展 | 乳腺癌转移过程中的细胞类型及其丰度 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | 二次规划 | RNA序列数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 2517 | 2024-08-08 |
[The Expression of RTN1 in Lung Adenocarcinoma and
Its Effect on Immune Microenvironment]
2022-Jun-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
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研究论文 | 本研究探讨了RTN1在肺腺癌中的表达及其对免疫微环境的影响 | 首次报道了RTN1在肺腺癌患者中的表达及其对免疫微环境的影响 | 相关机制需要进一步研究 | 研究RTN1在肺腺癌中的表达及其与免疫浸润和生存的相关性 | 肺腺癌患者中的RTN1表达及其对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | Tumor Immune Estimation Resource 2.0 (TIMER 2.0), Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2 (GEPIA 2), 基因集富集分析, 单细胞测序 | NA | mRNA, 蛋白质 | 使用TCGA队列的数据 |
| 2518 | 2024-08-08 |
Single-Cell Atlas of the Drosophila Leg Disc Identifies a Long Non-Coding RNA in Late Development
2022-Jun-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23126796
PMID:35743238
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，探索了一种新型长非编码RNA在果蝇腿部发育中的作用 | 首次在果蝇腿部发育过程中鉴定出一种新型长非编码RNA，并通过单细胞技术验证了其在晚期发育中的高表达 | NA | 研究长非编码RNA在果蝇腿部发育中的作用 | 果蝇第三龄幼虫的腿部盘 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 多个发育时间点的果蝇第三龄幼虫腿部盘细胞 |
| 2519 | 2024-08-08 |
Integrated Analysis Reveals S100a8/a9 Regulates Autophagy and Apoptosis through the MAPK and PI3K-AKT Signaling Pathway in the Early Stage of Myocardial Infarction
2022-06-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11121911
PMID:35741040
|
研究论文 | 本研究通过分析心肌梗死早期小鼠的scRNA-seq和mRNA-seq数据，发现S100a8和S100a9的表达先增加后减少，并与中性粒细胞数量变化相关，进一步通过功能富集分析发现S100a8和S100a9通过MAPK或PI3K-AKT信号通路调控心肌细胞的自噬和凋亡 | 本研究首次揭示了S100a8/a9在心肌梗死早期通过MAPK和PI3K-AKT信号通路调控心肌细胞自噬和凋亡的机制 | NA | 阐明心肌梗死早期发病机制并改善其早期治疗 | 心肌梗死早期心肌细胞自噬和凋亡的调控机制 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | scRNA-seq, mRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 2520 | 2024-08-08 |
Region-Specific Characteristics of Astrocytes and Microglia: A Possible Involvement in Aging and Diseases
2022-06-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11121902
PMID:35741031
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综述 | 本文综述了不同脑区星形胶质细胞和小胶质细胞的异质性及其在衰老和神经退行性疾病中的作用 | 利用单细胞RNA测序等技术发现具有独特分子特征和不同功能的星形胶质细胞和小胶质细胞 | NA | 探讨脑区特异性星形胶质细胞和小胶质细胞在理解大脑整体功能中的重要性 | 星形胶质细胞和小胶质细胞在不同脑区的异质性 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |