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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-06 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01006-2
PMID:34489600
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组和单细胞转录组数据,阐明了小鼠器官发育过程中的细胞类型和分化轨迹 | 开发了基于图像的空间单细胞转录组方法,首次将空间信息与单细胞转录组图谱整合,揭示了scRNA-seq数据中无法观察到的细胞分化轴 | 仅检测了387个目标基因,覆盖度有限;研究局限于小鼠胚胎8-12体节阶段 | 研究复杂组织中细胞命运决定的分子机制 | 小鼠胚胎组织切片 | 空间转录组学 | 发育生物学 | seqFISH, scRNA-seq | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎8-12体节阶段组织切片 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | seqFISH | 顺序荧光原位杂交技术,检测387个目标基因 |
| 222 | 2025-10-06 |
Deciphering Mesenchymal Drivers of Human Dupuytren's Disease at Single-Cell Level
2022-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.05.030
PMID:34274346
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别人类掌腱膜挛缩症中致病性间充质细胞亚群及其关键分子通路 | 首次在单细胞水平鉴定出Dupuytren病特异性PDPN/FAP致病性间充质细胞群,并发现TNFRSF12A和SCX在成纤维细胞分化中的关键作用 | 样本量相对有限(35,250个细胞),功能验证仅通过体外细胞培养实验完成 | 解析Dupuytren病的细胞和分子驱动机制,为开发新疗法提供靶点 | 人类Dupuytren病变组织、非致病性筋膜和健康真皮组织 | 单细胞组学 | 掌腱膜挛缩症 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 35,250个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 223 | 2025-10-06 |
Simultaneous Analysis of Single-Cell Transcriptomes and Cell Surface Protein Expression of Human Hematopoietic Stem Cells and Progenitors Using the 10x Genomics Platform
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_13
PMID:34766273
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研究论文 | 本文介绍使用10x Genomics平台同时分析人类造血干细胞和祖细胞的单细胞转录组与细胞表面蛋白表达的方法 | 将CITE-seq工作流程与10x Genomics平台结合,实现单细胞转录组和表面蛋白表达的同时分析 | NA | 开发同时表征蛋白质和RNA的单细胞分析方法 | 人类脐带血单核细胞和CD34+富集的造血祖细胞 | 单细胞多组学 | NA | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics, BioLegend | 单细胞RNA-seq, 免疫表型分析 | 10x Chromium, TotalSeq | 基于液滴的单细胞RNA-seq商业平台, TotalSeq™寡核苷酸偶联抗体 |
| 224 | 2025-10-06 |
Delineating chromatin accessibility re-patterning at single cell level during early stage of direct cardiac reprogramming
2022-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.09.002
PMID:34509499
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研究论文 | 本研究通过单细胞ATAC-seq技术揭示了心脏重编程早期阶段染色质可及性重塑的动态过程 | 首次在单细胞水平系统描绘心脏重编程早期的染色质可及性重编程模式,并发现Smad3在重编程过程中具有双重作用 | 研究聚焦于重编程早期阶段(第3天),未涵盖完整重编程过程 | 解析心脏成纤维细胞直接重编程为心肌细胞过程中染色质景观变化的驱动机制 | 由Mef2c、Gata4和Tbx5诱导的早期重编程心肌细胞(iCMs) | 表观基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 表观基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 225 | 2025-10-06 |
Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics
2022-01, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-021-00540-7
PMID:34341490
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研究论文 | 通过单细胞时空转录组技术识别小鼠胎肝中造血干细胞/多能祖细胞扩张单元 | 首次构建小鼠胎肝时空转录组图谱,发现CD93富集的HSC/MPP亚群和由多种生态位细胞组成的HSC PLUS结构单元 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 解析造血干细胞和祖细胞在天然生态位中的扩张机制 | 小鼠胎肝中的造血干细胞/多能祖细胞及其生态位细胞 | 单细胞组学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞转录组测序,空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 226 | 2025-10-06 |
Molecular Genetics of Kappa Opioids in Pain and Itch Sensations
2022, Handbook of experimental pharmacology
DOI:10.1007/164_2020_397
PMID:33145633
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综述 | 本文综述了κ阿片受体及其内源性激动剂强啡肽在调节瘙痒和疼痛感觉中的分子遗传学机制 | 整合了单细胞测序数据重新分析显示这些分子的表达谱,并基于解剖结构系统梳理了κ阿片系统在不同部位的作用 | 仅考虑强啡肽与KOR的相互作用,未深入探讨高剂量下其他肽类对KOR的潜在刺激作用 | 探讨κ阿片受体系统在疼痛和瘙痒感觉调节中的分子遗传机制 | κ阿片受体及其内源性激动剂强啡肽,以及受其影响的细胞和神经回路 | 神经科学 | 疼痛和瘙痒相关疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2025-10-06 |
Lysyl oxidase promotes anaplastic thyroid carcinoma cell proliferation and metastasis mediated via BMP1
2022-Jan, Gland surgery
IF:1.5Q3
DOI:10.21037/gs-21-908
PMID:35242686
|
研究论文 | 本研究探讨赖氨酰氧化酶(LOX)通过BMP1促进甲状腺未分化癌增殖和转移的机制 | 首次在单细胞水平揭示LOX/BMP1轴在甲状腺未分化癌恶性进展中的关键作用 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 探索甲状腺未分化癌的新型治疗靶点 | 甲状腺未分化癌细胞系(8505C) | 单细胞转录组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, qRT-PCR, Western blot, RNA干扰 | NA | 基因表达数据, 实验数据 | GEO数据库中的ATC单细胞RNA测序数据和微阵列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 228 | 2025-10-06 |
Cell type-specific changes identified by single-cell transcriptomics in Alzheimer's disease
2022-11-30, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01136-5
PMID:36447241
|
综述 | 整合阿尔茨海默病单细胞转录组学研究的主要发现,并探讨空间组学和多模态研究的新进展 | 首次系统整合多篇单细胞研究,揭示特定细胞类型在阿尔茨海默病中的变化,并展望空间组学技术前景 | 基于已有研究数据的二次分析,未包含原始实验数据 | 系统梳理阿尔茨海默病单细胞转录组学研究进展 | 阿尔茨海默病患者与健康对照的尸检脑组织 | 单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 多个研究涉及的尸检脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 229 | 2025-10-07 |
Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics
2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA
PMID:36036918
|
研究论文 | 本文详述了一种用于冷冻保存小鼠或人肺组织上皮细胞以保持其表型和功能特征的方法 | 开发了有效的远端肺组织上皮细胞冷冻保存方法,解决了远端气体交换区域功能上皮细胞类型长期保存的技术空白 | NA | 建立能够长期保存远端肺组织上皮细胞表型和功能特征的冷冻保存方法 | 小鼠和人肺组织中的远端肺上皮细胞,特别是肺泡2型细胞 | 细胞生物学 | 肺部疾病 | 流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2025-10-07 |
CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging
2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC
PMID:35687485
|
研究论文 | 本研究揭示了CD38通过促进肺泡上皮细胞衰老介导肺纤维化的机制 | 首次发现CD38作为主要NAD水解酶在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用,并提出靶向CD38的治疗策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验,在人类患者中的直接证据仍需进一步验证 | 探究CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用机制 | 肺泡上皮细胞、特发性肺纤维化患者肺组织、小鼠肺纤维化模型 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 人类IPF肺组织、年轻和年老小鼠纤维化肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis
2022-Oct, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00138-1
PMID:36970396
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术,构建了新生小鼠病毒性心肌炎的高分辨率时空转录组图谱 | 首次创建了呼肠孤病毒诱导心肌炎的高分辨率时空转录组图谱,揭示了心肌炎区域和边界区的空间限制性基因表达模式 | 研究仅限于新生小鼠模型,未在人类样本中验证 | 揭示病毒性心肌炎的发病机制 | 新生小鼠心脏组织和肠道组织 | 空间转录组学 | 病毒性心肌炎 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 感染后三个时间点收集的小鼠心脏和肠道样本 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 232 | 2025-10-07 |
The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans
2022-05-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abl4896
PMID:35549404
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研究论文 | 构建了一个包含24种人类组织器官、近50万个细胞的单细胞转录组图谱 | 首次使用同一供体的多个组织器官创建单细胞转录组图谱,能够分析T细胞在不同组织间的克隆分布、B细胞的组织特异性突变率以及共享细胞类型在不同组织中的细胞周期状态 | NA | 创建人类多器官单细胞转录组参考图谱,研究细胞类型在不同组织中的分布和基因表达差异 | 人类24种不同组织和器官的细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 近500,000个细胞,来自24种不同组织器官,多数来自同一供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 233 | 2025-10-07 |
Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape
2022-05, Expert opinion on therapeutic targets
IF:4.6Q1
DOI:10.1080/14728222.2022.2077188
PMID:35574694
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综述 | 本文系统综述了三阴性乳腺癌的潜在治疗靶点及其临床前研究进展 | 基于可药性、治疗效力、TNBC特异性及免疫治疗应用等标准,全面评估癌细胞膜分子、细胞内信号通路和肿瘤微环境等新兴靶点 | 靶点识别验证面临分子异质性、临床前到临床转化失败等挑战,缺乏统一评估标准 | 探索三阴性乳腺癌的新型有效靶向治疗策略 | 三阴性乳腺癌的分子靶点和肿瘤微环境 | 肿瘤学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 热稳定II型内含子逆转录酶测序, 人源化小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 234 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis
2022-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01200-7
PMID:35552540
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中改变肾小管与嗜碱性粒细胞的相互作用机制 | 首次发现促纤维化肾小管通过分泌CXCL1招募CXCR2阳性嗜碱性粒细胞,并证实这些细胞是IL-6和Th17细胞招募的重要来源 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究肾脏纤维化过程中的免疫调控机制 | 小鼠肾脏纤维化模型和人类肾脏纤维化患者样本 | 单细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序,免疫染色,基因表达分析 | NA | 单细胞基因表达数据,bulk RNA-seq数据,免疫组织化学数据 | 小鼠模型和人类患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 235 | 2025-10-07 |
An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model
2022-04-19, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152011
PMID:35439171
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现雌激素敏感成纤维细胞群驱动腹股沟疝小鼠模型中腹部肌肉纤维化 | 鉴定出两个潜在新型疝相关成纤维细胞群,其中Esr1hi成纤维细胞作为表达ECM修饰酶Mmp3hi细胞群的前体细胞 | 研究基于转基因小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 探究雌激素驱动肌肉纤维化的细胞基础 | 人芳香酶基因转基因雄性小鼠(Aromhum)和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织 | 单细胞生物学 | 腹股沟疝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 转基因和野生型小鼠的下腹部肌肉组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 236 | 2025-10-07 |
m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation
2022-11-02, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021109895
PMID:35971838
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研究论文 | 本研究揭示了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的关键作用 | 首次发现m6A修饰与染色质修饰复合体NuRD之间的功能联系,并证明m6A在细胞命运决定中的必要性 | 研究仅限于涡虫模型,在哺乳动物系统中的普适性需要进一步验证 | 探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的功能机制 | 涡虫干细胞(新生细胞)及其分化过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,基因表达数据集分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 超过20,000个细胞进行单细胞RNA测序,分析超过1,000个基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 237 | 2025-10-07 |
Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair
2022-11, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-022-00919-5
PMID:36127466
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现JMJD3在糖尿病伤口巨噬细胞中表达升高,并通过纳米颗粒特异性抑制JMJD3可改善糖尿病伤口修复 | 首次揭示JMJD3通过调控STING基因表达影响糖尿病伤口巨噬细胞的炎症状态,并提出巨噬细胞特异性靶向治疗策略 | 研究主要关注巨噬细胞特异性机制,其他细胞类型在糖尿病伤口修复中的作用未充分探讨 | 探究JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的分子机制 | 人类糖尿病伤口组织、小鼠糖尿病伤口模型、巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类糖尿病伤口样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2025-10-07 |
Venus: An efficient virus infection detection and fusion site discovery method using single-cell and bulk RNA-seq data
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010636
PMID:36301997
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研究论文 | 开发了一种名为Venus的高效计算方法,用于检测病毒感染并发现病毒整合位点 | 提出首个能够同时处理单细胞和批量组织RNA-seq数据的病毒检测与整合位点发现流程 | NA | 开发高效的病毒检测和整合位点发现计算方法 | 病毒感染的组织/细胞类型 | 生物信息学 | 病毒感染 | RNA-seq | 计算流程 | RNA-seq数据 | 多种病毒数据集(HBV-肝细胞癌、HIV感染等) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2025-10-07 |
Molecular hallmarks of heterochronic parabiosis at single-cell resolution
2022-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04461-2
PMID:35236985
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析20个器官,揭示异种共生模型中年轻和老年血液对不同细胞类型的特异性影响 | 首次在单细胞分辨率下系统研究异种共生对多种器官细胞类型的影响,发现线粒体功能在复苏过程中的关键作用 | 研究主要关注基因表达变化,对具体分子机制和长期效果仍需进一步验证 | 探索血液因子对衰老过程的影响及潜在复苏机制 | 小鼠20个器官中的多种细胞类型 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 异种共生模型 | 单细胞转录组数据 | 20个器官的多种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 240 | 2025-10-07 |
Ornithine decarboxylase supports ILC3 responses in infectious and autoimmune colitis through positive regulation of IL-22 transcription
2022-Nov-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2214900119
PMID:36279426
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研究论文 | 本研究揭示了鸟氨酸脱羧酶通过调节IL-22转录支持ILC3细胞在感染性和自身免疫性结肠炎中的免疫应答 | 首次发现ILC3细胞具有独特的多胺生物合成代谢特征,并证明ODC1通过正调控IL-22转录影响肠道免疫防御和自身免疫性结肠炎 | 研究主要基于小鼠模型,人类ILC3细胞中多胺代谢的作用仍需验证 | 探究ILC3细胞的代谢特征及其在肠道免疫应答中的作用机制 | 第3组固有淋巴细胞(ILC3s)及其代谢途径 | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, 代谢组学分析 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | 小鼠肠道ILC细胞亚群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |