单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2321	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing in oral science: Current awareness and perspectives 2022-Oct, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13287 PMID:35842899	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在口腔科学中的发展与应用	首次全面回顾单细胞RNA测序在口腔科学领域的应用	NA	探讨单细胞RNA测序技术在口腔疾病、组织发育和再生研究中的应用前景	口腔科学中的组织发育、牙齿和颌疾病、颌面部肿瘤、感染等领域	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	数千个细胞
2322	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals effects of semaglutide on non-cardiomyocytes of obese mice 2022-09-24, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.07.034 PMID:35843090	研究论文	本研究使用单细胞转录组学方法探讨了Semaglutide对肥胖小鼠非心肌细胞的分子机制及其对心脏保护作用的影响	发现Semaglutide通过降低Serpinh1和Pcolce的表达，延缓心脏纤维化，从而具有心脏保护作用	NA	研究Semaglutide对肥胖小鼠心脏纤维化的分子机制及其心脏保护作用	肥胖小鼠的非心肌细胞	数字病理学	肥胖症	单细胞转录组学	NA	转录组	15种非心肌细胞，其中大部分为成纤维细胞
2323	2024-08-08	Spatial transcriptomics prediction from histology jointly through Transformer and graph neural networks 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac297 PMID:35849101	研究论文	本文开发了一种名为Hist2ST的深度学习模型，用于从组织学图像预测RNA-seq表达	Hist2ST模型结合了Transformer和图神经网络模块，有效捕捉了2D视觉特征的内部关系和斑点间的空间依赖性	NA	旨在从相对容易且成本较低的组织学图像中预测基因表达	空间转录组学数据和组织学图像	数字病理学	NA	深度学习	Transformer和图神经网络	图像	在癌症和正常数据集上进行了综合测试
2324	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Intratumoral Heterogeneity and Molecular Features of Ductal Carcinoma In Situ 2022-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0090 PMID:35852797	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，揭示了原位导管癌（DCIS）的肿瘤内异质性和分子特征	首次通过单细胞转录组测序揭示了DCIS的转录异质性，并发现了与侵袭性表型相关的特定转录本	NA	探讨原位导管癌的生物学特征和肿瘤内异质性	原位导管癌（DCIS）及其侵袭性导管癌（IDC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个DCIS和IDC样本的单细胞转录组数据
2325	2024-08-08	Benchmarking computational methods for B-cell receptor reconstruction from single-cell RNA-seq data 2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac049 PMID:35855325	研究论文	评估六种现有方法从单细胞RNA测序数据中重建全长B细胞受体的能力	提出了选择最佳方法的指南，并验证了组装的B细胞受体在表达为单克隆抗体时能识别其预期目标	缺乏对影响性能的因素如测序深度、读长或体细胞超突变数量的全面评估	评估不同方法从单细胞RNA测序数据中重建全长B细胞受体的性能	六种现有方法和四种SMART-seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	一个模拟数据集和三个实验SMART-seq数据集
2326	2024-08-08	Integrated single-cell transcriptomics and proteomics reveal cellular-specific responses and microenvironment remodeling in aristolochic acid nephropathy 2022-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157360 PMID:35852860	研究论文	本文通过综合单细胞转录组学、批量转录组学和基于质谱的蛋白质组学分析，揭示了马兜铃酸肾病中细胞特异性反应和微环境重塑的机制。	首次综合运用单细胞RNA测序、批量RNA测序和蛋白质组学技术，详细阐明了马兜铃酸I引起的肾脏损伤的分子机制。	研究仅限于小鼠模型，可能限制了结果在人类中的直接应用。	旨在阐明马兜铃酸I引起的肾脏损伤的分子机制，并探索潜在的治疗干预途径。	研究对象为急性暴露于马兜铃酸I的小鼠肾脏。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	小鼠肾脏样本
2327	2024-08-08	Single-Cell Analysis Reveals the Range of Transcriptional States of Circulating Human Neutrophils 2022-08-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2200154 PMID:35858733	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了循环中人类中性粒细胞的转录状态多样性	本文通过改进数据分析流程，显著提高了单细胞RNA测序中人类中性粒细胞的检测率，并发现了中性粒细胞的四种可重复的转录簇	NA	研究人类中性粒细胞的转录异质性及其在健康和疾病中的潜在影响	人类循环中的中性粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	健康人类个体的样本
2328	2024-08-08	Effective enrichment of stem cells in regenerating Xenopus laevis tadpole tails using the side population method 2022-Aug, Development, growth & differentiation DOI:10.1111/dgd.12797 PMID:35839785	研究论文	本文研究了使用侧群方法在再生非洲爪蟾蝌蚪尾巴中有效富集干细胞的方法	首次评估了侧群方法在非洲爪蟾蝌蚪尾巴再生中富集干细胞的有效性，并结合单细胞RNA测序进行分析	由于组织干细胞的稀有性，揭示其在尾巴再生过程中的行为动态较为困难	研究并分析在尾巴再生过程中稀有组织干细胞的行为动态	非洲爪蟾蝌蚪尾巴再生中的组织干细胞	NA	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	RNA	从再生芽中提取的侧群细胞
2329	2024-08-08	Panoramic comparison between NK cells in healthy and cancerous liver through single-cell RNA sequencing 2022-Jul-21, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2022.0050 PMID:35856557	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了健康和癌症肝脏中的NK细胞，揭示了NK细胞在肝细胞癌环境中的生物学特征和潜在的预后标志物	首次详细描述了健康人肝脏中NK细胞的5个特定亚群，并发现肝细胞癌和癌旁组织中缺失某些具有强抗癌活性的NK细胞亚群	样本量较小，仅包括1个血液样本和3个健康肝脏组织样本，4个肝细胞癌肿瘤组织样本及1个癌旁肝脏组织样本	确定NK细胞在肝细胞癌发生和预后中的作用	NK细胞在健康和肝细胞癌环境中的发育进程、转录组景观和功能亚型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1个血液样本，3个健康肝脏组织样本，4个肝细胞癌肿瘤组织样本，1个癌旁肝脏组织样本
2330	2024-08-08	Single-cell transcriptome of the mouse retinal pigment epithelium in response to a low-dose of doxorubicin 2022-07-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03676-3 PMID:35859009	研究论文	研究分析了正常小鼠和低剂量多柔比星诱导的视网膜色素上皮细胞衰老小鼠的单细胞转录组	首次详细描述了正常视网膜色素上皮细胞和衰老视网膜色素上皮细胞的单细胞RNA图谱，并发现了与衰老相关的新的基因表达变化	NA	探讨视网膜色素上皮细胞在衰老过程中的单细胞转录组变化	小鼠视网膜色素上皮细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	正常小鼠和低剂量多柔比星处理的小鼠
2331	2024-08-08	Single-cell multiomics analysis reveals regulatory programs in clear cell renal cell carcinoma 2022-Jul-19, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00415-0 PMID:35853872	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）技术，分析了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的转录和表观基因组图谱，揭示了肿瘤细胞特异性的调控程序及其潜在的治疗靶点。	本文首次综合应用单细胞多组学技术，揭示了ccRCC细胞异质性和细胞间通讯的详细机制，并识别了具有预后意义的转录因子。	NA	旨在深入理解透明细胞肾细胞癌的细胞结构和基因调控特征，并探索潜在的治疗策略。	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的微环境及其细胞和基因调控特征。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组，表观基因组	未具体说明样本数量
2332	2024-08-08	FAM69C, a kinase critical for synaptic function and memory, is defective in neurodegenerative dementia 2022-07-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111101 PMID:35858575	研究论文	本文报道了FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的关键作用，并通过多种实验方法验证了其在记忆和突触功能中的保护作用。	首次揭示FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的作用，并提出其作为治疗记忆丧失的潜在靶点。	NA	探讨FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的分子机制及其作为治疗靶点的可能性。	FAM69C激酶及其在神经退行性痴呆中的作用。	NA	神经退行性痴呆	单细胞RNA测序、电生理学、形态学和行为学实验、磷酸蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	Fam69c敲除小鼠及阿尔茨海默病患者的死后脑组织样本
2333	2024-08-08	Monocytic myeloid-derived suppressive cells mitigate over-adipogenesis of bone marrow microenvironment in aplastic anemia by inhibiting CD8+ T cells 2022-07-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05080-5 PMID:35851002	研究论文	本研究探讨了单核细胞来源的抑制细胞（mMDSCs）在再生障碍性贫血（AA）中通过抑制CD8+ T细胞减轻骨髓微环境过度脂肪生成的作用	首次揭示了mMDSCs通过抑制T细胞增殖和IFN-γ产生，减少骨髓中未成熟的Adipo-Cxcl12-丰富的网状细胞，从而重建骨髓造血前体细胞，恢复骨髓免疫平衡	NA	研究mMDSCs在AA中对骨髓微环境的影响及其免疫调节机制	骨髓间充质基质细胞（BM-MSCs）和单核细胞来源的抑制细胞（mMDSCs）	NA	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	AA小鼠模型中的骨髓细胞
2334	2024-08-08	Heparanase is a prognostic biomarker independent of tumor purity and hypoxia based on bioinformatics and immunohistochemistry analysis of esophageal squamous cell carcinoma 2022-Jul-16, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-022-02698-9 PMID:35840985	研究论文	本研究通过生物信息学和免疫组化分析，探讨了肝素酶（HPSE）作为食管鳞状细胞癌（ESCC）独立于肿瘤纯度和缺氧状态的预后生物标志物的潜力	发现肝素酶（HPSE）是食管鳞状细胞癌中独立于肿瘤纯度和缺氧状态的新型预后生物标志物	NA	研究肝素酶（HPSE）在食管鳞状细胞癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）及其肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	生物信息学分析、免疫组化、单细胞测序	蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）	组织微阵列	使用公共ESCC队列数据进行分析，具体样本数量未详述
2335	2024-08-08	ZnT8 loss-of-function accelerates functional maturation of hESC-derived β cells and resists metabolic stress in diabetes 2022-07-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31829-9 PMID:35842441	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，发现ZnT8功能丧失（LOF）能加速人胚胎干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）的功能成熟，并增强其对代谢应激的抵抗力。	首次揭示了ZnT8 LOF通过解除锌对胰岛素分泌的负反馈抑制，促进SC-β细胞的葡萄糖刺激胰岛素分泌（GSIS），并通过调节锌水平减轻内质网（ER）压力，赋予SC-β细胞对脂毒性和糖毒性引起的细胞死亡的抵抗力。	NA	探索ZnT8 LOF对SC-β细胞功能成熟和代谢应激抵抗的影响，以期为糖尿病治疗提供新的细胞替代疗法。	人胚胎干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）及其在糖尿病治疗中的应用。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
2336	2024-08-08	Integrated single-cell analyses decode the developmental landscape of the human fetal spine 2022-Jul-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104679 PMID:35832888	研究论文	本研究利用综合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序分析，揭示了发育中的人类脊柱的细胞异质性、谱系和转录调控网络	发现具有干细胞特性的成纤维细胞可以通过高表达软骨生成标记物分化为软骨细胞；神经元可能起源于神经内分泌细胞，MEIS2可能是促进脊髓神经前体细胞在早期妊娠中选择性分化为神经元的关键转录因子；NRP2_SEMA3C和CD74_APP在巨噬细胞和神经元之间的相互作用可能对脊髓发育至关重要	NA	揭示人类胎儿脊柱发育的细胞层面特征	人类胎儿脊柱的细胞异质性、谱系和转录调控网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序	NA	RNA序列数据	NA
2337	2024-08-08	Clinical assessment and molecular mechanism of the upregulation of Toll-like receptor 2 (TLR2) in myocardial infarction 2022-07-15, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-022-02754-y PMID:35840880	研究论文	本文研究了 Toll 样受体 2 (TLR2) 在心肌梗死 (MI) 中的临床评估和分子机制	首次阐明了 TLR2 在 MI 中的临床价值和分子机制	TLR2 的机制仍不完全清楚，需要进一步研究	阐明 TLR2 在 MI 中的临床价值和分子机制	TLR2 在 MI 中的表达和作用机制	心血管疾病	心血管疾病	单细胞 RNA 测序	NA	基因表达数据	包括 325 例 MI 和 306 例对照
2338	2024-08-08	Human umbilical cord blood-derived MSCs trans-differentiate into endometrial cells and regulate Th17/Treg balance through NF-κB signaling in rabbit intrauterine adhesions endometrium 2022-07-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-02990-1 PMID:35841027	研究论文	本研究探讨了人脐带血来源的间充质干细胞（hUCB-MSCs）在移植后对兔子宫内膜粘连（IUA）后子宫内膜重建的影响及其潜在机制	本研究首次展示了hUCB-MSCs能够通过跨分化、免疫调节能力和NF-κB信号传导修复受损的子宫内膜	NA	研究hUCB-MSCs对子宫内膜重建的影响及其潜在机制	人脐带血来源的间充质干细胞（hUCB-MSCs）和兔子宫内膜粘连模型	NA	子宫内膜粘连	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序、qRT-PCR和Western blot	NA	细胞	六个IUA样本
2339	2024-08-08	Recombinant DTβ4-inspired porous 3D vascular graft enhanced antithrombogenicity and recruited circulating CD93+/CD34+ cells for endothelialization 2022-07-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn1958 PMID:35857526	研究论文	本文研究了一种基于重组DTβ4启发的多孔3D血管移植物，该移植物具有调节聚合物成分、孔隙度、机械强度和降解速率的能力，并能通过高度多孔结构实现肝素结合肽和二聚体胸腺素β4（DTβ4）的三维图案化，从而增强抗血栓形成和招募循环中的CD93+/CD34+细胞以促进内皮化。	本文创新性地利用DTβ4启发的多孔3D血管移植物，通过单细胞RNA测序分析和细胞追踪研究，识别出髓源性CD93/CD34细胞作为主要贡献者，促进了小口径动脉的再生。	NA	研究匹配材料降解与宿主重塑（包括内皮化和肌肉重塑）的血管再生方法。	基于重组DTβ4启发的多孔3D血管移植物及其在血管再生中的应用。	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	兔子模型
2340	2024-08-08	Single-cell profiling of immune cells after neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in IIIA non-small cell lung cancer (NSCLC) 2022-07-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05057-4 PMID:35831283	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，分析了非小细胞肺癌患者在接受新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂治疗前后的免疫细胞变化	发现了B细胞和CD4 T细胞的协同增加与新辅助化疗联合免疫治疗的积极治疗反应相关，并揭示了B细胞IgG亚类IgG1和IgG3在抗肿瘤免疫反应中的关键作用	NA	探究非小细胞肺癌患者在接受新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂治疗后的免疫细胞变化及其机制	非小细胞肺癌患者的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，TCR测序	NA	单细胞RNA测序数据	186,477个免疫细胞来自48个样本，包括26个未治疗和30个接受新辅助化疗联合免疫治疗的IIIA/IIIB非小细胞肺癌患者