单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2281 - 2300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2281 | 2024-08-08 |
Construction of the axolotl cell landscape using combinatorial hybridization sequencing at single-cell resolution
2022-07-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31879-z
PMID:35869072
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研究论文 | 本文开发了一种基于组合杂交的单细胞测序方法，构建了墨西哥蝾螈（Ambystoma mexicanum）的组织特异性转录组图谱，并比较了变态前后蝾螈组织的单细胞转录组，揭示了非免疫实质细胞在不同组织中的异质性及其调控网络。 | 首次构建了成年蝾螈的细胞图谱，并描述了变态过程中动态的基因表达模式。 | NA | 探索蝾螈的分子身份，并促进对变态过程的更好理解。 | 墨西哥蝾螈的变态前后的组织细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 超过100万个单细胞，涉及19种组织 |
| 2282 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the potential mechanism of heterogeneity of immunomodulatory properties of foreskin and umbilical cord mesenchymal stromal cells
2022-Jul-22, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-022-00848-w
PMID:35869528
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了包皮和脐带间充质干细胞免疫调节特性异质性的潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了免疫MSC在免疫调节异质性中的重要作用 | 研究仅限于体外实验，尚未在体内环境中验证结果 | 探究不同来源间充质干细胞免疫调节功能的异质性及其潜在机制 | 包皮间充质干细胞（FSMSCs）和人类脐带间充质干细胞（HuMSCs） | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | FSMSCs和HuMSCs的多个细胞亚群 |
| 2283 | 2024-08-08 |
The role of microglial/macrophagic salt-inducible kinase 3 on normal and excessive phagocytosis after transient focal cerebral ischemia
2022-Jul-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04465-1
PMID:35864266
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研究论文 | 本研究通过创建转基因的tamoxifen诱导的Mi/MΦ特异性SIK3条件性敲除（SIK3-cKO）小鼠，探讨了SIK3在短暂性脑缺血（tFCI）诱导的吞噬功能中的作用。 | 首次揭示了SIK3在中枢神经系统疾病中对Mi/MΦ吞噬作用的影响，并发现促进Mi/MΦ的抗炎异质化可以抑制活细胞的“过度吞噬”并促进凋亡细胞的“正常吞噬”。 | NA | 探讨SIK3在中枢神经系统疾病中对Mi/MΦ吞噬功能的影响及其潜在机制。 | Mi/MΦ特异性SIK3条件性敲除（SIK3-cKO）小鼠及其在短暂性脑缺血（tFCI）后的吞噬功能。 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2284 | 2024-08-08 |
SnapShot: Spatial transcriptomics
2022-07-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.06.002
PMID:35868280
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research paper | 本文介绍了利用RNA测序原理的空间转录组学方法，这些方法有助于解析组织的分子景观，并通过与组织形态学的结合，实现对细胞形态和转录过程在时间和空间上的健康与疾病状态的分析。 | NA | NA | 解析组织的分子景观，并结合组织形态学进行细胞形态和转录过程的分析。 | 空间转录组学方法及其在健康与疾病状态下的应用。 | digital pathology | NA | RNA sequencing | NA | sequencing data | NA |
| 2285 | 2024-08-08 |
Identification and Characterization of Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations in Lung Adenocarcinoma
2022-Jul-18, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14143486
PMID:35884546
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，鉴定并描述了人肺腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的亚群及其转录组和功能特征 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术鉴定了肺腺癌中CAFs的多个亚群，并描述了它们的功能特征 | NA | 鉴定并描述肺腺癌中癌症相关成纤维细胞的亚群及其转录组和功能特征 | 人肺腺癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2286 | 2024-08-08 |
Differential Expression Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data: Current Statistical Approaches and Outstanding Challenges
2022-Jul-18, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e24070995
PMID:35885218
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据差异表达分析的当前统计方法及其面临的挑战 | 将现有的差异表达分析方法分为六大类，并讨论了每类方法的局限性及后续方法如何解决这些局限 | 指出了当前方法的局限性，并强调了开发下一代创新方法需要解决的挑战 | 旨在为基因组研究人员和实验生物学家提供选择分析方法的客观指南 | 单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法及其统计原理 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数千个基因在数百万个细胞中的表达数据 |
| 2287 | 2024-08-08 |
The Analysis of the Human Megakaryocyte and Platelet Coding Transcriptome in Healthy and Diseased Subjects
2022-Jul-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23147647
PMID:35886993
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综述 | 本文综述了利用批量和单细胞RNA测序技术研究健康和疾病状态下人类巨核细胞和血小板编码转录组的研究进展 | 介绍了单细胞RNA测序技术在血小板研究中的潜在应用，以及如何结合多组学方法解开未解释的遗传性血小板疾病 | 批量RNA测序在研究体外培养的高度异质性巨核细胞时存在局限性，而单细胞RNA测序由于血小板RNA含量极少尚未应用于血小板 | 探讨如何利用RNA测序技术在遗传性血小板疾病领域进行基因发现和揭示新的疾病机制 | 人类巨核细胞和血小板的编码转录组 | 数字病理学 | 遗传性血小板疾病 | RNA测序（RNA-seq） | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 2288 | 2024-08-08 |
Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-tune Virtual Microdissection
2022-07-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/62651
PMID:35876560
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研究论文 | 本文研究了空间蛋白质和RNA表达的组织分析方法，通过自动化定制抗体可视化协议与空间蛋白质组学检测相结合，优化虚拟显微切割技术 | 开发了一种3重免疫荧光（IF）检测方法，利用酪胺信号放大（TSA）增强荧光信号，并评估了DAPI替换为SYTO染料的效果，以适应空间分析平台 | 该自动化可视化协议不适用于空间转录组学检测 | 探讨空间蛋白质组学技术在自动化标准化协议指导下选择感兴趣区域（ROI）的效益 | 组织中的蛋白质和RNA表达 | 数字病理学 | NA | 免疫荧光（IF）检测，酪胺信号放大（TSA） | NA | 图像 | 收集了直径为50 µm和300 µm的感兴趣区域（ROI），分别对应约15个细胞和100个细胞 |
| 2289 | 2024-08-08 |
Drug-Target Network Study Reveals the Core Target-Protein Interactions of Various COVID-19 Treatments
2022-07-06, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071210
PMID:35885993
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研究论文 | 本研究通过文献挖掘和蛋白质相互作用网络分析，揭示了多种COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用 | 利用Steiner树分析提取核心子网络，并结合单细胞RNA测序数据，构建了与COVID-19严重程度相关的人类靶蛋白模块 | NA | 揭示COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用，为药物发现或药物再利用提供知识基础 | COVID-19治疗药物及其靶蛋白相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | Steiner树分析 | 蛋白质相互作用网络数据 | 174种广泛使用的COVID-19药物，34个相互关联的基因，1355种人类组织细胞类型 |
| 2290 | 2024-08-08 |
Haisu: Hierarchically supervised nonlinear dimensionality reduction
2022-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010351
PMID:35862429
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研究论文 | 提出了一种将层次监督标签信息融入非线性降维技术的新策略，名为Haisu | Haisu方法通过变量扰动高维空间，保留了可视化方法的核心特征，并在提供已知或假设类别标签时改变流形，以尊重这些标签 | NA | 旨在帮助发现和理解受父子关系强烈影响的复杂数据集中的潜在模式 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 非线性降维技术（如t-SNE, UMAP, PHATE） | NA | 数据集 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 2291 | 2024-08-08 |
Multimodule characterization of immune subgroups in intrahepatic cholangiocarcinoma reveals distinct therapeutic vulnerabilities
2022-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-004892
PMID:35863823
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研究论文 | 本研究通过多模块分析，揭示了肝内胆管癌（iCCA）中三种不同的免疫亚群及其治疗脆弱性 | 本研究首次通过综合基因组、转录组和蛋白质组数据，识别出肝内胆管癌的三种免疫亚群，并探讨了它们与治疗反应的关系 | 研究样本量相对较小，且未涵盖所有可能的免疫亚群 | 深入了解肝内胆管癌的免疫基因组特征，为个性化免疫治疗提供依据 | 肝内胆管癌及其邻近肝组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组、转录组和蛋白质组数据 | 255对肝内胆管癌和邻近肝组织样本 |
| 2292 | 2024-08-08 |
Distinct Inflammatory Macrophage Populations Sequentially Infiltrate Bone-to-Tendon Interface Tissue After Anterior Cruciate Ligament (ACL) Reconstruction Surgery in Mice
2022-Jul, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/jbm4.10635
PMID:35866148
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序、流式细胞术和转录组学方法，分析了小鼠前交叉韧带重建手术后骨-腱界面组织中巨噬细胞的功能表型 | 发现了新的“手术诱导”高度炎症性CD9+ IL1+巨噬细胞群体，该群体表达与中性粒细胞相关的基因，并在手术后1天达到峰值，随后逐渐转变为更趋向于稳态的表型 | NA | 探讨巨噬细胞在肌肉骨骼组织手术修复后的愈合过程中的作用 | 小鼠前交叉韧带重建手术后的骨-腱界面组织中的巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠前交叉韧带重建模型 |
| 2293 | 2024-08-08 |
Integrative analysis of omics summary data reveals putative mechanisms linked to different cell populations in systemic lupus erythematosus
2022-07, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110435
PMID:35878812
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研究论文 | 本文通过综合分析系统性红斑狼疮（SLE）的组学总结数据，揭示了与不同细胞群体相关的潜在机制。 | 本文提出了一种基于GWAS位点的单细胞水平基因和调控元件优先级分析范式，并识别了SLE的两种中介模式：转录中介模型和表观遗传中介模型。 | NA | 揭示系统性红斑狼疮在不同细胞群体中的发病机制。 | 系统性红斑狼疮的基因和表观遗传调控机制。 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | GWAS, eQTL, LD, mQTL | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2294 | 2024-08-08 |
Overview of Transcriptomic Research on Type 2 Diabetes: Challenges and Perspectives
2022-06-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071176
PMID:35885959
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综述 | 本文综述了使用表达阵列、RNA测序和单细胞测序进行的2型糖尿病转录组研究，并强调了相关的新发现和挑战 | 介绍了RNA测序和单细胞技术在转录组研究中的应用，这些新技术为发现新的生物标志物提供了可能 | 标准遗传方法无法完全解释2型糖尿病的遗传因素 | 探讨转录组分析在发现2型糖尿病及其并发症风险群体中的新生物标志物的作用 | 2型糖尿病及其微血管和大血管并发症 | NA | 糖尿病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2295 | 2024-08-08 |
Microfluidics Facilitates the Development of Single-Cell RNA Sequencing
2022-Jun-24, Biosensors
DOI:10.3390/bios12070450
PMID:35884253
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展历程及其在微流控技术中的应用 | 微流控技术在scRNA-seq中的应用极大地提高了测序通量 | 未提及具体限制 | 探讨微流控技术在促进scRNA-seq技术发展中的作用及未来方向 | 单细胞RNA测序技术 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 2296 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Cerebrospinal Fluid as an Advanced Form of Liquid Biopsy for Neurological Disorders
2022-Jun-22, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci12070812
PMID:35884620
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review | 本文综述了利用脑脊液中单细胞RNA测序技术作为液体活检方法，用于中枢神经系统肿瘤和非肿瘤疾病的诊断和监测 | 单细胞测序能提供罕见细胞群的新见解，揭示单细胞分辨率下的基因表达异质性，有助于理解疾病病理和治疗 | NA | 探讨单细胞RNA测序在脑脊液中的应用，以提高神经系统疾病的诊断和监测能力 | 中枢神经系统肿瘤和非肿瘤疾病患者的脑脊液细胞 | digital pathology | neurological disorder | single-cell RNA sequencing | NA | cell | NA |
| 2297 | 2024-08-08 |
Analysis of Melanoma Gene Expression Signatures at the Single-Cell Level Uncovers 45-Gene Signature Related to Prognosis
2022-Jun-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines10071478
PMID:35884783
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研究论文 | 本文通过基因表达特征分类和Cox回归分析，在单细胞水平上生物学特征化黑色素瘤细胞，并构建了与黑色素瘤预后相关的基因特征 | 本文首次在单细胞水平上识别出与黑色素瘤预后相关的45基因特征（MPS_45），并验证了其在多个数据集中的预后预测能力 | NA | 建立精确的黑色素瘤预后相关基因特征 | 黑色素瘤细胞的基因表达特征 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | scRNA-seq, RNA-seq | Cox回归分析 | 基因表达数据 | 多个黑色素瘤数据集，包括TCGA-SKCM、GSE65904、GSE19234和GSE53118 |
| 2298 | 2024-08-08 |
The Dynamic Nature of Human Dermal Fibroblasts Is Defined by Marked Variation in the Gene Expression of Specific Cytoskeletal Markers
2022-Jun-22, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life12070935
PMID:35888024
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术研究人皮肤成纤维细胞的基因表达，并根据其遗传特征分离成纤维细胞亚群 | 首次报道了人皮肤成纤维细胞中特定基因的差异表达，这些基因可能有助于其在体内外的动态变化 | 尚未明确这些亚型成纤维细胞的特性是否能预测其来源或具有功能后果 | 研究人皮肤成纤维细胞的异质性和不同亚群的存在 | 人皮肤成纤维细胞及其亚群的基因表达 | NA | NA | 单细胞转录组学 (10X Genomics) | NA | 基因表达数据 | 成人皮肤样本和新生儿皮肤样本 |
| 2299 | 2024-08-08 |
Identification of COVID-19-Associated DNA Methylation Variations by Integrating Methylation Array and scRNA-Seq Data at Cell-Type Resolution
2022-06-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071109
PMID:35885892
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研究论文 | 本文通过整合甲基化阵列和单细胞RNA测序数据，探索了COVID-19患者在细胞类型水平上的DNA甲基化变异 | 开发了一种分析流程，将大量组织的知识转移到单细胞水平，发现了COVID-19患者全血中甲基化变异的显著细胞类型特异性 | NA | 理解COVID-19患者中由DNA甲基化调节的特定免疫反应细胞类型 | COVID-19患者的DNA甲基化变异 | 数字病理学 | COVID-19 | 甲基化测序 | NA | 甲基化数据 | NA |
| 2300 | 2024-08-08 |
Integration of Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing to Reveal Uveal Melanoma Tumor Heterogeneity and Cells Related to Survival
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.898925
PMID:35865532
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性及其与生存相关的细胞类型 | 本研究首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，全面分析了葡萄膜黑色素瘤的免疫亚型及其免疫特征，并通过伪时间轨迹分析和SCENIC分析探索了细胞分化轨迹和单细胞转录因子调控网络 | NA | 探索葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性 | 葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性和与生存相关的细胞类型 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 11,988个细胞来自6个葡萄膜黑色素瘤样本 |