单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2261 - 2280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2261 | 2024-08-08 |
CBLRR: a cauchy-based bounded constraint low-rank representation method to cluster single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac300
PMID:35870203
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研究论文 | 本文提出了一种基于柯西的边界约束低秩表示方法（CBLRR），用于聚类单细胞RNA测序数据 | 引入柯西损失函数（CLF）和有界核范数正则化，以增强细胞类型识别的鲁棒性并确保单细胞数据条目值在限制区间内 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据聚类中的技术噪声和数据丢失问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 低秩表示方法 | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 |
| 2262 | 2024-08-08 |
FitDevo: accurate inference of single-cell developmental potential using sample-specific gene weight
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac293
PMID:35870444
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research paper | 本文介绍了一种名为FitDevo的新方法，用于通过scRNA-seq数据推断细胞发育潜力 | FitDevo通过生成样本特定基因权重（SSGW）并计算其与基因表达的相关性来推断发育潜力，这种方法结合了样本特定信息和从训练数据集中学习的基因权重 | NA | 量化发育潜力，以确定发育阶段并识别单细胞研究中的关键分子特征 | 单细胞发育潜力 | natural language processing | NA | scRNA-seq | generalized linear model | scRNA-seq data | 训练数据集涵盖了17个已发表的数据集，测试数据集包括28个现有数据集 |
| 2263 | 2024-08-08 |
Benchmarking methods for detecting differential states between conditions from multi-subject single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac286
PMID:35880426
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研究论文 | 本文比较了18种方法在多受试者单细胞RNA测序数据中检测条件间差异状态的能力 | 本文首次全面比较了多种方法在多受试者单细胞RNA测序数据中检测差异状态的表现，发现伪批量方法和混合模型表现最佳 | 尽管朴素模型在敏感性上高于伪批量方法和混合模型，但它们存在较高的假阳性率 | 研究如何从多受试者单细胞RNA测序数据中准确检测条件间的差异状态 | 多受试者单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性差异状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多受试者 |
| 2264 | 2024-08-08 |
CST6 suppresses osteolytic bone disease in multiple myeloma by blocking osteoclast differentiation
2022-09-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI159527
PMID:35881476
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研究论文 | 研究通过结合PET-CT和基因表达谱分析，揭示了CST6在多发性骨髓瘤中抑制溶骨性骨病的作用机制 | 首次揭示了CST6在多发性骨髓瘤中通过抑制破骨细胞分化和功能来抑制溶骨性骨病的作用 | NA | 探究CST6在多发性骨髓瘤中抑制溶骨性骨病的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓CD138+细胞和破骨细胞分化 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | PET-CT, 基因表达谱分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质水平数据 | 512名新诊断的多发性骨髓瘤患者 |
| 2265 | 2024-08-08 |
Delineating COVID-19 immunological features using single-cell RNA sequencing
2022-Sep-13, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2022.100289
PMID:35879967
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示COVID-19患者不同严重程度下的免疫特征中的应用和发现 | 利用单细胞RNA测序技术详细描绘了COVID-19患者的细胞异质性和免疫反应特征 | 讨论了当前研究中的局限性，并展望了未来的发展方向 | 理解COVID-19的发病机制和免疫反应，为开发治疗方案提供依据 | COVID-19患者的免疫特征和细胞异质性 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 超过80项原始COVID-19单细胞RNA测序研究和许多二次分析研究 |
| 2266 | 2024-08-08 |
Perfluorooctanoic acid (PFOA) exposure affects early embryonic development and offspring oocyte quality via inducing mitochondrial dysfunction
2022-09, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2022.107413
PMID:35863238
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研究论文 | 研究探讨了全氟辛酸（PFOA）暴露对早期胚胎发育和后代卵母细胞质量的影响及其机制 | 首次揭示了PFOA暴露在妊娠期间对早期胚胎发育和后代的影响，并通过单细胞转录组分析阐明了PFOA引起的卵母细胞质量下降的机制 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探究PFOA暴露对早期胚胎发育和后代卵母细胞质量的影响及其潜在机制 | PFOA暴露对小鼠早期胚胎发育和后代卵母细胞质量的影响 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎和后代卵母细胞 |
| 2267 | 2024-08-08 |
Identification of differently expressed mRNAs by peripheral blood mononuclear cells in Vogt-Koyanagi-Harada disease
2022-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2021.06.002
PMID:35873021
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研究论文 | 本研究通过mRNA测序分析了Vogt-Koyanagi-Harada病（VKH）患者外周血单个核细胞（PBMC）的转录表达模式 | 首次揭示了VKH患者PBMC中差异表达基因及其潜在的生物学功能和信号通路 | 研究样本量较小，且仅限于特定治疗前后的比较 | 揭示VKH病的细胞和分子发病机制，探索新的治疗应用 | VKH病患者的外周血单个核细胞 | NA | Vogt-Koyanagi-Harada病 | mRNA测序 | NA | mRNA | 21个样本，包括7名VKH患者治疗前、7名治疗后及7名健康对照 |
| 2268 | 2024-08-08 |
Latitudinal and longitudinal regulation of tissue macrophages in inflammatory diseases
2022-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2021.06.007
PMID:35873033
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综述 | 本文综述了组织巨噬细胞在炎症疾病中的横向和纵向调控机制 | 利用尖端技术如命运图谱、单细胞转录组学、诱导多能干细胞平台和纳米治疗材料等，深化了对巨噬细胞生物学及其在疾病发病机制中作用的认识 | NA | 总结组织巨噬细胞在炎症疾病中横向和纵向调控的最新进展 | 组织巨噬细胞及其在炎症疾病中的调控机制 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 命运图谱、单细胞转录组学、诱导多能干细胞平台、纳米治疗材料 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2269 | 2024-08-08 |
Characterization of 2,2',4,4'-tetrabromodiphenyl ether (BDE47)-induced testicular toxicity via single-cell RNA-sequencing
2022-Sep, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbac016
PMID:35875604
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研究论文 | 本研究首次采用单细胞RNA测序技术分析了2,2',4,4'-四溴联苯醚（BDE47）诱导的小鼠青春前期睾丸毒性 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示了BDE47诱导的睾丸毒性的分子细胞图谱，提供了对BDE47相关睾丸损伤机制的新见解 | NA | 探讨BDE47诱导的男性生殖毒性的分子机制 | BDE47诱导的小鼠青春前期睾丸毒性 | 数字病理学 | 男性生殖疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 76,859个细胞 |
| 2270 | 2024-08-08 |
A ferroptosis-related gene signature for overall survival prediction and immune infiltration in lung squamous cell carcinoma
2022-08-31, Bioscience reports
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BSR20212835
PMID:35866375
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研究论文 | 本文构建了一个与铁死亡相关的基因特征，用于预测肺鳞状细胞癌的总体生存率和免疫浸润情况 | 首次系统地研究了铁死亡相关基因在肺鳞状细胞癌中的分子机制和预后价值 | 需要进一步的实验验证和临床试验来证实该基因特征的临床应用价值 | 研究铁死亡相关基因在肺鳞状细胞癌中的预后价值和免疫浸润情况 | 肺鳞状细胞癌患者的mRNA表达谱、甲基化数据和临床信息 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | 实时PCR和单细胞RNA测序分析 | 多变量Cox回归分析 | mRNA表达谱和甲基化数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的肺鳞状细胞癌患者数据 |
| 2271 | 2024-08-08 |
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 is a psoriasis-susceptibility locus that is negatively related to IL36G
2022-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.141193
PMID:35862195
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研究论文 | 研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，发现PCSK9基因与银屑病易感性相关，并揭示了PCSK9与IL36G表达的负相关关系 | 首次通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，验证了PCSK9作为银屑病易感基因，并建立了PCSK9与炎症细胞因子表达之间的潜在联系 | NA | 探索PCSK9基因在银屑病易感性中的作用及其与IL36G表达的关系 | PCSK9基因、IL36G表达、银屑病易感性 | NA | 银屑病 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 基因组数据、RNA测序数据 | 独立获得的基因组和RNA测序数据集，以及培养的角质形成细胞和非病变人皮肤样本 |
| 2272 | 2024-08-08 |
Primary Infection by E. multilocularis Induces Distinct Patterns of Cross Talk between Hepatic Natural Killer T Cells and Regulatory T Cells in Mice
2022-08-18, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00174-22
PMID:35862712
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研究论文 | 研究了小鼠模型中E. multilocularis原发性感染期间肝自然杀伤T细胞（NKT细胞）和调节性T细胞（Tregs）之间的相互作用 | 首次使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）评估了不同感染阶段肝CD3 T细胞的免疫反应网络，并揭示了NKT细胞和Tregs之间早期和持续的显著增加及其在肝病变形成中的作用 | NA | 探索E. multilocularis感染不同阶段小鼠肝脏中适应性免疫反应和局部调节途径 | E. multilocularis感染期间肝NKT细胞和Tregs的相互作用 | 免疫学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 2273 | 2024-08-08 |
Advances in Single-Cell Toxicogenomics in Environmental Toxicology
2022-08-16, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.2c01098
PMID:35881918
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研究论文 | 本文总结了单细胞毒理基因组学在环境毒理学中的应用，并分析了其在环境污染物目标细胞识别、细胞亚型对污染物的异质性反应以及未知微生物中病原菌发现等方面的应用前景。 | 单细胞毒理基因组学技术提供了高分辨率、高通量和高特异性的分析方法，改变了我们对环境毒理学的认识。 | NA | 探讨单细胞毒理基因组学技术在环境毒理学中的应用及其对环境污染控制方法的影响。 | 单细胞毒理基因组学技术及其在环境毒理学中的应用。 | 环境毒理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 2274 | 2024-08-08 |
Origin and function of activated fibroblast states during zebrafish heart regeneration
2022-08, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01129-5
PMID:35864193
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和时空分析，研究了斑马鱼心脏再生过程中激活细胞状态的多样性及其功能。 | 本文首次详细描述了斑马鱼心脏再生过程中几种具有成纤维细胞特征的短暂细胞状态，并阐明了胶原蛋白-12表达成纤维细胞的促再生功能。 | NA | 研究斑马鱼心脏再生过程中激活成纤维细胞状态的起源和功能。 | 斑马鱼心脏再生过程中的激活成纤维细胞状态。 | NA | NA | 单细胞转录组学，时空分析，高通量谱系追踪 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2275 | 2024-08-08 |
Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses
2022-08, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01132-w
PMID:35864192
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研究论文 | 研究报告了TRIM28蛋白的快速选择性降解触发转录凝聚体从超级增强子驱动的多能性基因位点解离，并与转录的ERV位点结合，影响小鼠胚胎干细胞的发育。 | 首次揭示了内源性逆转录病毒RNA在TRIM28降解后对转录凝聚体的劫持作用，以及这种作用对多能性细胞谱系的影响。 | 研究主要集中在小鼠胚胎干细胞中，可能需要进一步研究在其他物种或细胞类型中的普遍性。 | 探讨内源性逆转录病毒在早期发育中导致致命性的原因及其对转录凝聚体的劫持机制。 | 小鼠胚胎干细胞中的TRIM28蛋白、ERV RNA及转录凝聚体。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | TRIM28敲除的小鼠胚胎 |
| 2276 | 2024-08-08 |
Directed evolution of adeno-associated virus for efficient gene delivery to microglia
2022-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01547-7
PMID:35879607
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研究论文 | 本文报道了通过定向进化腺相关病毒（AAV）衣壳蛋白，发现能够高效介导体外和体内小胶质细胞转导的AAV变体 | 通过定向进化AAV衣壳蛋白，成功开发出能够高效向小胶质细胞传递遗传物质的新型AAV变体 | NA | 开发有效且安全的转基因传递载体，以促进小胶质细胞生物学及其相关疾病机制的研究 | 小胶质细胞 | 基因传递 | 中枢神经系统疾病 | 定向进化 | NA | RNA测序 | NA |
| 2277 | 2024-08-08 |
Systematic study of single-cell isolation from musculoskeletal tissues for single-sell sequencing
2022-Jul-26, BMC molecular and cell biology
IF:2.4Q4
DOI:10.1186/s12860-022-00429-2
PMID:35883033
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研究论文 | 本研究设计了一种快速循环酶处理方法，使用组织特异性酶混合物处理不同的人病理肌肉骨骼组织，以快速高效地制备合格的单细胞悬液用于单细胞RNA测序 | 采用快速循环酶处理方法，显著提高了细胞活力，与传统的长时间连续消化组相比，细胞活力显著增加 | 未能从关节软骨中获得合格样本，由于细胞活力低和细胞聚集物及双胞胎过多 | 旨在为从人类肌肉骨骼组织制备单细胞悬液提供全面的协议，并保证细胞异质性，这对于单细胞RNA测序数据分析至关重要 | 人类病理肌肉骨骼组织，包括退化的髓核、骨化的后纵韧带和患有骨关节炎的膝关节关节软骨 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞悬液 | 包括退化的髓核、骨化的后纵韧带和患有骨关节炎的膝关节关节软骨 |
| 2278 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome atlas of the human corpus cavernosum
2022-07-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31950-9
PMID:35879305
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，分析了正常勃起和有机勃起功能障碍患者的阴茎海绵体细胞异质性和信号网络 | 首次对人类阴茎海绵体的单细胞转录组进行了大规模分析，揭示了海绵体纤维母细胞在旁分泌信号网络中的中心作用 | 研究样本数量有限，且仅包括男性患者 | 探究阴茎海绵体的细胞异质性和分子层面的信号网络，为勃起功能障碍的治疗提供参考 | 阴茎海绵体的细胞类型和信号通路 | 数字病理学 | 勃起功能障碍 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 64,993个单细胞转录组，来自3名正常勃起和5名有机勃起功能障碍患者 |
| 2279 | 2024-08-08 |
Cell landscape of larval and adult Xenopus laevis at single-cell resolution
2022-07-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31949-2
PMID:35879314
|
研究论文 | 本研究构建了首个Xenopus laevis（非洲爪蟾）的细胞图谱，包括幼体和成体器官，并分析了其中的细胞异质性 | 首次构建了Xenopus laevis的细胞图谱，并发现了跨物种的细胞系特异性转录因子以及变态过程中的共同调控机制 | NA | 揭示Xenopus laevis的细胞异质性及其在变态过程中的调控机制 | Xenopus laevis的幼体和成体器官细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括幼体和成体器官的大规模样本 |
| 2280 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq of primary bone marrow neutrophils from female and male adult mice
2022-07-23, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-022-01544-7
PMID:35871169
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞的转录组差异 | 首次生成了成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞的单细胞RNA测序数据集，揭示了中性粒细胞亚群的性别相关标记差异表达 | 由于中性粒细胞RNA含量极低，单细胞测序技术上存在挑战 | 研究中性粒细胞在单细胞分辨率下的生物学意义及其性别二态性 | 成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞 |