单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-09-23	Antigen identification and high-throughput interaction mapping by reprogramming viral entry 2022-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01436-z PMID:35396484	研究论文	本文介绍了一种通过重新编程病毒进入机制来识别抗原并进行高通量相互作用映射的技术	本文提出了一种新的方法，结合病毒假型化和分子工程技术，通过在慢病毒表面展示抗原并在病毒基因组中编码其身份，实现了抗原和受体的配对	NA	解码免疫识别，以理解广泛的疾病并开发有效的疫苗和免疫疗法	抗原和免疫受体的相互作用	NA	NA	病毒假型化、分子工程	NA	单细胞测序数据	NA
202	2024-09-23	Obesity alters pathology and treatment response in inflammatory disease 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04536-0 PMID:35355021	研究论文	研究肥胖对特应性皮炎病理和治疗反应的影响	首次揭示肥胖通过改变T细胞分化和PPARγ活性，影响特应性皮炎的免疫反应和生物治疗效果	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肥胖如何影响免疫疾病病理和治疗反应	肥胖和正常体重小鼠的特应性皮炎模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和全基因组结合分析	NA	基因表达数据	两组小鼠模型，每组若干只
203	2024-09-23	B lymphocyte-derived acetylcholine limits steady-state and emergency hematopoiesis 2022-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01165-7 PMID:35352063	研究论文	本文探讨了B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱如何调节骨髓中的造血功能	首次揭示了B淋巴细胞是乙酰胆碱的重要来源，并阐明了其在调节造血中的作用	仅限于小鼠和心血管疾病患者的研究，缺乏更广泛的人类样本	研究副交感神经信号如何调节造血功能	B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱及其在骨髓造血中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和心血管疾病患者
204	2024-09-23	Analyzing Spatial Transcriptomics Data Using Giotto 2022-Apr, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.405 PMID:35384407	研究论文	本文介绍了Giotto工具箱在空间转录组数据分析和可视化中的应用	开发了Giotto作为全面、通用且用户友好的工具箱，用于空间转录组数据分析	NA	帮助用户熟悉Giotto环境并有效应用于新数据集的分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	隐藏马尔可夫随机场模型	转录组数据	NA
205	2024-09-23	Inflammatory blockade prevents injury to the developing pulmonary gas exchange surface in preterm primates 2022-03-30, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl8574 PMID:35353543	研究论文	研究探讨了炎症阻断对早产灵长类动物发育中的肺气体交换表面的保护作用	首次使用单细胞RNA测序分析定义了多细胞肺泡信号微环境，并展示了炎症阻断对肺损伤的保护作用	研究仅限于灵长类动物模型，尚未在人类中验证	探讨炎症对早产儿肺发育的影响及炎症阻断的治疗潜力	早产灵长类动物的肺发育和炎症反应	NA	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	早产灵长类动物模型
206	2024-09-20	Single-cell transcriptome reveals insights into the development and function of the zebrafish ovary 2022-05-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76014 PMID:35588359	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究了斑马鱼卵巢的发育和功能	首次通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼卵巢中不同细胞亚群的转录组特征，并发现了新的细胞亚群	基因敲除实验仅限于少数基因，未来需要进一步扩展以全面理解卵巢发育和功能的调控机制	揭示斑马鱼卵巢发育和功能的分子机制	斑马鱼卵巢中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10,658个生殖细胞和14,431个体细胞
207	2024-09-20	Noninvasive Low-Frequency Pulsed Focused Ultrasound Therapy for Rheumatoid Arthritis in Mice 2022, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0013 PMID:39290964	研究论文	研究低频脉冲聚焦超声（LFPFU）对小鼠类风湿性关节炎的治疗效果及其对免疫细胞的影响	首次揭示了低频脉冲聚焦超声对类风湿性关节炎小鼠模型的治疗效果，并详细分析了其对免疫细胞亚群的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨低频脉冲聚焦超声治疗类风湿性关节炎的机制及其对免疫细胞的影响	类风湿性关节炎小鼠模型及其免疫细胞	NA	类风湿性关节炎	低频脉冲聚焦超声	NA	细胞	DBA/1J小鼠模型中的类风湿性关节炎小鼠及其免疫细胞
208	2024-09-19	Microenvironmental Landscape of Human Melanoma Brain Metastases in Response to Immune Checkpoint Inhibition 2022-08-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0870 PMID:35706413	研究论文	研究了黑色素瘤脑转移瘤（MBM）在免疫检查点抑制剂（ICI）作用下的肿瘤微环境（TME）特征	首次对MBM的TME进行了单细胞RNA测序和T细胞受体克隆型分析，揭示了TME中髓系细胞的异质性和中性粒细胞的不同状态，以及这些特征与ICI反应的关系	样本量较小，仅收集了32个新鲜MBM样本	探讨MBM在ICI作用下的TME特征及其与ICI反应的关系	黑色素瘤脑转移瘤（MBM）的肿瘤微环境（TME）和T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	32个新鲜MBM样本
209	2024-09-19	Biological Sequence Classification: A Review on Data and General Methods 2022, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0011 PMID:39285948	综述	本文综述了基于机器学习的生物序列分类方法及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用	本文旨在建立一个长期支持网站，提供详细的分类方法信息和相关数据集的下载链接	本文未深入探讨所有已开发的生物序列分类模型及其具体方法的细节	综述生物序列分类的研究现状，并探讨未来的挑战和前景	生物序列数据及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用	机器学习	NA	NA	NA	序列数据	NA
210	2024-09-17	Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing 2022-11-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34590-1 PMID:36371428	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了133,454个猕猴视觉皮层细胞，识别了多种细胞类型及其在不同物种间的基因表达差异	本文首次建立了大规模的猕猴视觉皮层单细胞RNA测序数据集，并发现了两种新的细胞类型，以及不同物种间在突触可塑性和神经调节相关基因表达上的差异	本文仅分析了猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞，未涉及其他物种	研究灵长类视觉皮层的细胞类型及其在不同物种间的差异	猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	133,454个猕猴视觉皮层细胞
211	2024-09-17	Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01179-9 PMID:36138229	研究论文	本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响	首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制	研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小	探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应	DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	单细胞多组学测序	NA	基因型、转录组、甲基化组	少量DNMT3A R882突变个体
212	2024-09-17	Self-supervised learning of cell type specificity from immunohistochemical images 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac263 PMID:35758799	研究论文	本文开发了一种从无标签的免疫组化图像中预测蛋白质标记物细胞类型特异性的方法	利用自监督学习目标训练卷积神经网络生成图像嵌入，并通过非线性降维观察模型根据细胞类型和解剖区域对图像进行聚类，无需人工标注图像	NA	改进蛋白质标记物的细胞类型特异性识别	免疫组化图像中的细胞类型特异性	计算机视觉	NA	免疫组化	卷积神经网络	图像	数千个抗体在人体组织中的数据
213	2024-09-17	Salivary gland organoid culture maintains distinct glandular properties of murine and human major salivary glands 2022-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30934-z PMID:35672412	研究论文	本文介绍了在小鼠和人唾液腺类器官培养中维持特定腺体特性的方法	首次建立了长期的小鼠和人类唾液腺类器官培养，并展示了这些类器官在神经递质刺激下保持腺体功能的能力	未提及具体限制	开发一种实验平台，用于探索组织再生和抗癌治疗时代的精准医学	小鼠和人类唾液腺类器官	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠和人类唾液腺细胞
214	2024-09-16	Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis 2022-Oct, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00138-1 PMID:36970396	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，创建了高分辨率的空间解析转录组图谱，揭示了呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的发病机制	首次通过高分辨率的空间解析转录组图谱揭示了呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的复杂细胞表型和空间限制的细胞间相互作用	研究仅限于新生小鼠模型，结果的外推性有限	揭示呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的发病机制	新生小鼠心肌炎组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	感染后三个时间点收集的小鼠心脏样本
215	2024-09-16	Host cell maturation modulates parasite invasion and sexual differentiation in Plasmodium berghei 2022-04-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abm7348 PMID:35476438	研究论文	本文研究了宿主细胞成熟对疟原虫入侵和性分化的影响	首次全面分析了宿主细胞成熟状态对疟原虫适应性的关键作用	NA	探讨宿主细胞成熟状态如何影响疟原虫的入侵和性分化	疟原虫在宿主红细胞中的复制和性分化过程	NA	疟疾	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
216	2024-09-15	Ovarian cancer mutational processes drive site-specific immune evasion 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05496-1 PMID:36517593	研究论文	研究分析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的突变过程如何驱动特定部位的免疫逃逸	整合了全基因组测序、单细胞RNA测序、数字病理学和多重免疫荧光技术，揭示了不同突变过程和肿瘤部位对肿瘤微环境免疫状态的影响	研究样本仅限于42名未经治疗的HGSOC患者，可能限制了结果的普适性	探讨突变过程和肿瘤部位如何影响高级别浆液性卵巢癌的免疫状态	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的肿瘤部位和突变过程	数字病理学	卵巢癌	全基因组测序、单细胞RNA测序、数字病理学、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、病理图像、免疫荧光图像	42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者，共160个肿瘤部位
217	2024-09-15	TIST: Transcriptome and Histopathological Image Integrative Analysis for Spatial Transcriptomics 2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.012 PMID:36549467	研究论文	提出了一种名为TIST的新方法，通过整合转录组数据和组织病理学图像来分析空间转录组数据，以识别空间聚类并增强基因表达模式	TIST方法通过马尔可夫随机场（MRF）提取组织病理学特征，并将这些特征与转录组数据和位置信息整合，形成TIST-net网络，从而增强空间基因表达模式	NA	开发一种新的空间转录组数据分析方法，以减少技术噪声并提高分辨率	空间转录组数据和匹配的组织病理学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	马尔可夫随机场（MRF）	图像和转录组数据	32个真实样本
218	2024-09-15	Application of Deep Learning on Single-cell RNA Sequencing Data Analysis: A Review 2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.011 PMID:36528240	综述	本文综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用	深度学习能够从噪声大、异质性强和高维度的单细胞RNA测序数据中提取信息丰富且紧凑的特征，从而改进下游分析	当前深度学习方法在单细胞RNA测序数据分析中面临挑战，需要进一步改进算法	综述近期开发的深度学习技术在单细胞RNA测序数据分析中的应用，并探讨其相对于传统分析工具的优势	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
219	2024-09-14	Single-Cell Transcriptomic Census of Endothelial Changes Induced by Matrix Stiffness and the Association with Atherosclerosis 2022-Nov-17, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202203069 PMID:36816792	研究论文	研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的影响及其与动脉粥样硬化的关联	首次在单细胞分辨率下研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的调控作用，并揭示了新的间充质-内皮反向转化轨迹	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的相互作用	探讨基质硬度对内皮细胞可塑性和动脉粥样硬化进展的影响	人冠状动脉内皮细胞及其在不同基质硬度下的转录特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人冠状动脉内皮细胞在生理和病理基质硬度下的培养样本
220	2024-09-13	CXCL12 defines lung endothelial heterogeneity and promotes distal vascular growth 2022-11-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200909 PMID:36239312	研究论文	研究揭示了CXCL12在肺血管内皮细胞异质性中的作用，并促进了远端血管的生长	首次通过单细胞RNA测序和基因本体分析，揭示了CXCL12在肺动脉内皮细胞中的表达及其在血管发育中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探讨胚胎发育过程中肺血管形成的分子和细胞机制	肺血管内皮细胞及其在胚胎发育中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了表达Cxcl12的转基因小鼠模型