单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-09-10	Spatial transcriptomics landscape of lesions from non-communicable inflammatory skin diseases 2022-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35319-w PMID:36513651	研究论文	本文通过空间转录组学研究了非传染性炎症性皮肤疾病的病变特征	本文首次通过空间转录组学技术，分析了非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞浸润和细胞因子表达模式	样本量相对较小，仅包括31名患者	研究非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞和细胞因子表达模式	非传染性炎症性皮肤疾病的病变组织	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	31名患者的62,000个空间定义的人类皮肤转录组
202	2024-09-10	Identifying the critical state of complex biological systems by the directed-network rank score method 2022-12-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac707 PMID:36282843	研究论文	本文提出了一种无模型的方法，即有向网络排名分数（DNRS），用于检测复杂生物系统中临界转变的早期预警信号	本文的创新点在于提出了一种新的计算方法DNRS，通过探索基因合作效应的动态变化来识别复杂生物系统中的临界点	NA	揭示复杂生物系统中临界转变的潜在机制	复杂生物系统中的临界点和转变状态	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	基因数据	包括模拟数据和六个真实数据集，其中包括三个胚胎发育的单细胞RNA测序数据集和三个肿瘤数据集
203	2024-09-10	Integrated Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unravels the Influences of SARS-CoV-2 Infections to Cancer Patients 2022-Dec-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232415698 PMID:36555339	研究论文	本研究通过综合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了SARS-CoV-2感染对癌症患者的影响	首次通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了COVID-19患者中与癌症相关的共同差异表达基因，并构建了多个分子网络以识别潜在的治疗靶点	研究主要基于已有的RNA测序数据，未进行体内或体外实验验证，因此结果的临床应用需进一步验证	揭示SARS-CoV-2感染对癌症患者的分子机制，并识别潜在的治疗靶点	COVID-19患者中的癌症患者，特别是与急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和肺纤维化（PF）相关的分子机制	生物信息学	呼吸系统疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及COVID-19患者及其癌症状态的数据，具体样本数量未明确提及
204	2024-09-10	Spatial-ID: a cell typing method for spatially resolved transcriptomics via transfer learning and spatial embedding 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35288-0 PMID:36496406	研究论文	提出了一种基于迁移学习和空间嵌入的空间转录组细胞类型注释方法Spatial-ID	结合了参考单细胞RNA-seq数据和空间转录组数据的空间信息，提高了细胞类型注释的准确性	NA	开发一种新的方法来提高空间转录组数据的细胞类型注释精度	空间转录组数据中的细胞类型	空间转录组学	NA	空间转录组学	迁移学习	空间转录组数据	公开的空间转录组数据集和自收集的小鼠大脑半球数据集
205	2024-09-10	Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomes Inhibit Triple-Negative Breast Cancer Cell Stemness and Metastasis via an ALKBH5-Dependent Mechanism 2022-Dec-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14246059 PMID:36551544	研究论文	研究探讨了骨髓间充质干细胞衍生的外泌体通过ALKBH5依赖的机制抑制三阴性乳腺癌细胞的干细胞特性和转移	首次揭示了ALKBH5在三阴性乳腺癌中的作用及其通过m6A修饰调控UBE2C和p53的分子机制	研究主要基于生物信息学分析和动物实验，缺乏临床数据验证	探讨ALKBH5在三阴性乳腺癌中的作用及其分子机制	三阴性乳腺癌细胞的干细胞特性和转移	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA表达数据	从TCGA和GEO数据库下载的RNA表达数据和单细胞RNA测序数据
206	2024-09-10	Single-cell profiles reveal tumor cell heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in Waldenström macroglobulinemia 2022-12-09, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03798-6 PMID:36494694	研究论文	研究揭示了Waldenström巨球蛋白血症（WM）中肿瘤细胞的异质性和免疫抑制微环境	发现了两种新型恶性细胞亚群，CD19+CD3+和CD138+CD3+，并揭示了它们在WM发展中的潜在作用	NA	深入理解Waldenström巨球蛋白血症中肿瘤细胞的生物异质性和免疫抑制微环境	Waldenström巨球蛋白血症中的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
207	2024-09-10	Embryonic origins of adult pluripotent stem cells 2022-Dec-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.008 PMID:36493754	研究论文	本文研究了成年多能干细胞（aPSCs）在胚胎发育过程中的形成机制	首次揭示了成年多能干细胞在胚胎发育中的形成机制，并识别出相关的分子轨迹	研究仅限于Hofstenia miamia这一特定物种，结果的普适性有待进一步验证	探讨成年多能干细胞在胚胎发育中的起源和形成机制	成年多能干细胞及其在胚胎发育中的起源	发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及Hofstenia miamia的胚胎和成年多能干细胞
208	2024-09-10	Construction of transcriptome atlas of white yak hair follicle during anagen and catagen using single-cell RNA sequencing 2022-Dec-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-09003-8 PMID:36482306	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了白牦牛毛囊在生长期和退行期的转录组图谱	首次揭示了白牦牛毛囊从生长期到退行期不同细胞类型的基因表达变化规律	研究仅限于白牦牛的肩胛皮肤样本，未涵盖其他部位或其他品种的毛囊	探讨白牦牛毛囊在生长期和退行期的基因表达变化及其调控机制	白牦牛毛囊在生长期和退行期的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24,124个单细胞
209	2024-09-10	A Poisson reduced-rank regression model for association mapping in sequencing data 2022-Dec-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-05054-6 PMID:36482321	研究论文	本文开发了一种基于泊松分布的降秩回归模型，用于在测序数据中进行关联映射	提出了一个基于泊松分布的降秩回归模型，以解决传统方法在处理单细胞RNA测序数据时的计算成本高和忽略基因表达相关性的问题	NA	解决传统方法在处理单细胞RNA测序数据时的计算成本高和忽略基因表达相关性的问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达与细胞特异性协变量之间的关联	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	降秩回归模型	基因表达数据	NA
210	2024-09-10	Neuroendocrinology of the lung revealed by single-cell RNA sequencing 2022-12-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.78216 PMID:36469459	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了肺部神经内分泌细胞的神经肽和肽激素基因的多样性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了小鼠和人类肺部神经内分泌细胞的神经肽和肽激素基因，揭示了这些细胞的复杂信号网络	研究仅限于小鼠和人类样本，且样本量较小	揭示肺部神经内分泌细胞的神经肽和肽激素基因的多样性及其功能	小鼠和人类的肺部神经内分泌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个肺部神经内分泌细胞
211	2024-09-10	Single-cell sequencing shows cellular heterogeneity of cutaneous lesions in lupus erythematosus 2022-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35209-1 PMID:36470882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了盘状红斑狼疮（DLE）和系统性红斑狼疮（SLE）患者皮肤病变中的细胞异质性	首次揭示了DLE和SLE患者皮肤病变中细胞类型的显著差异，并发现了可能的治疗靶点	NA	阐明盘状红斑狼疮（DLE）和系统性红斑狼疮（SLE）患者皮肤病变中的细胞异质性	DLE和SLE患者的皮肤病变以及健康对照者的皮肤组织	数字病理学	红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	DLE和SLE患者的皮肤病变以及健康对照者的皮肤组织
212	2024-09-10	Unbalanced Glutamine Partitioning between CD8T Cells and Cancer Cells Accompanied by Immune Cell Dysfunction in Hepatocellular Carcinoma 2022-Dec-04, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11233924 PMID:36497182	研究论文	研究了肝细胞癌中CD8T细胞和癌细胞之间谷氨酰胺代谢的不平衡及其对肿瘤免疫的影响	提出了一个新的工具来量化肿瘤细胞和CD8T细胞之间的谷氨酰胺分配，并通过破坏两者的谷氨酰胺代谢来增强免疫治疗效果	NA	探索CD8T细胞和癌细胞的谷氨酰胺代谢与肿瘤微环境中肿瘤免疫的关系	肝细胞癌患者中的CD8T细胞和癌细胞	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	TCGA队列中的肝细胞癌患者
213	2024-09-10	Data analysis guidelines for single-cell RNA-seq in biomedical studies and clinical applications 2022-12-02, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-022-00434-8 PMID:36461064	review	本文回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的工作流程，涵盖了原始数据处理、质量控制、基本数据分析和针对特定科学问题的高级数据分析	提供了在线软件和脚本库，支持scRNA-seq数据分析的实施	NA	总结当前scRNA-seq数据分析方法，并为研究人员提供资源支持	scRNA-seq数据分析方法及其在临床应用中的潜力	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
214	2024-09-10	Single-cell transcriptomics reveals distinct cell response between acute and chronic pulmonary infection of Pseudomonas aeruginosa 2022-Dec, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.193 PMID:36514779	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术揭示了在急性与慢性铜绿假单胞菌肺部感染中免疫细胞的不同反应	首次通过单细胞转录组学、多重免疫组织化学和流式细胞术构建了小鼠肺部在急性与慢性感染后的免疫细胞图谱，揭示了免疫细胞组成和细胞间相互作用在不同感染阶段的大规模变化	研究仅限于小鼠模型，结果的临床应用需进一步验证	探讨急性与慢性铜绿假单胞菌肺部感染中免疫微环境的变化，为抗菌治疗提供理论基础	小鼠肺部在急性与慢性铜绿假单胞菌感染后的免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠肺部样本
215	2024-09-10	Dissection of cellular and molecular mechanisms of aristolochic acid-induced hepatotoxicity via single-cell transcriptomics 2022-Dec, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbac023 PMID:36349141	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术揭示了马兜铃酸诱导的肝毒性的细胞和分子机制	首次建立了马兜铃酸I诱导的小鼠肝脏单细胞图谱，揭示了其在肝细胞和肝窦内皮细胞中的信号通路激活情况	NA	探讨马兜铃酸I诱导的肝毒性的细胞和分子机制	小鼠肝脏在马兜铃酸I作用下的单细胞转录组和蛋白质组变化	数字病理学	肝毒性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠肝脏样本
216	2024-09-10	Single-cell RNA-seq reveals interferon-induced guanylate-binding proteins are linked with sarcopenia 2022-12, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13091 PMID:36162807	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了干扰素诱导的鸟苷酸结合蛋白与肌肉减少症之间的关联	首次在单细胞水平上揭示了干扰素诱导的鸟苷酸结合蛋白家族基因在肌肉减少症中的显著上调，并提出了通过干扰素-GBP信号通路治疗肌肉减少症的新方向	研究主要基于小鼠模型和部分人类样本，需要进一步在更大规模的人类样本中验证	探讨肌肉减少症的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	肌肉减少症小鼠模型的胫骨前肌细胞和部分肌肉减少症患者的肌肉样本	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13612个单细胞转录组，5只肌肉减少症小鼠，40名肌肉减少症患者
217	2024-09-10	scGNN 2.0: a graph neural network tool for imputation and clustering of single-cell RNA-Seq data 2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac684 PMID:36250784	研究论文	本文介绍了scGNN 2.0，一个用于单细胞RNA-Seq数据插补和聚类的图神经网络工具	scGNN 2.0通过简化闭环架构显著提高了计算速度，并在细胞聚类和插补性能上有所提升	NA	改进单细胞RNA-Seq数据分析中的基因表达插补和细胞聚类方法	单细胞RNA-Seq数据	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	基因表达数据	八个数据集
218	2024-09-10	CAMML with the Integration of Marker Proteins (ChIMP) 2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac674 PMID:36214642	研究论文	本文介绍了一种名为CAMML with the Integration of Marker Proteins (ChIMP)的方法，用于多标签细胞类型分类，结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq数据	ChIMP方法结合了CAMML的转录组数据评分和CITE-seq的蛋白质标记物测量，实现了多组学数据的细胞类型分类	NA	开发一种新的方法，用于更精确和保守地对联合scRNA-seq/CITE-seq数据进行细胞类型分类	单细胞RNA测序和CITE-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq	CAMML	基因表达和蛋白质丰度数据	NA
219	2024-09-10	Epigenetic and transcriptomic reprogramming in monocytes of severe COVID-19 patients reflects alterations in myeloid differentiation and the influence of inflammatory cytokines 2022-11-29, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01137-4 PMID:36443794	研究论文	研究了严重COVID-19患者中单核细胞的表观遗传和转录重编程，揭示了髓系分化和炎症细胞因子的影响	首次系统分析了严重COVID-19患者中单核细胞的DNA甲基化和转录组变化，并发现了与细菌性败血症和病毒感染相关的特定DNA甲基化改变	样本量相对较小，且仅限于严重COVID-19患者和健康对照组	探讨严重COVID-19患者中单核细胞的表观遗传和转录变化及其与免疫细胞相互作用的关系	严重COVID-19患者的外周血单核细胞	表观遗传学	COVID-19	DNA甲基化测序、单细胞转录组测序	NA	DNA甲基化数据、转录组数据	48名严重COVID-19患者和11名健康对照者的单核细胞
220	2024-09-10	Density-based detection of cell transition states to construct disparate and bifurcating trajectories 2022-11-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac785 PMID:36124665	研究论文	本文介绍了一种基于密度的细胞过渡状态检测方法，用于构建复杂拓扑结构的细胞分化轨迹	该方法利用重叠概率分布识别细胞过渡状态，并通过基础拓扑引导的迭代拟合推断稳定轨迹	NA	开发一种能够准确推断复杂拓扑结构细胞分化轨迹的计算方法	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	SARS-CoV-2感染患者的血细胞样本