单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2121 - 2140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2121 | 2024-08-08 |
Identification of Human Retinal Organoid Cell Differentiation-Related Genes via Single-Cell Sequencing Data Analysis
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/9717599
PMID:35979045
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，识别了与人类视网膜类器官细胞分化相关的基因 | 本研究首次通过单细胞测序技术识别了220个与视网膜类器官细胞分化相关的基因，并分析了这些基因在视网膜发育和视觉感知中的作用 | 本研究主要依赖于公共数据库中的单细胞RNA测序数据，可能存在样本量和数据质量的限制 | 研究人类视网膜的发育过程，识别与视网膜类器官细胞分化相关的基因 | 人类视网膜类器官的细胞分化过程及相关基因 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类视网膜类器官的单细胞RNA测序数据 |
| 2122 | 2024-08-08 |
A Pan-Cancer Analysis Reveals CLEC5A as a Biomarker for Cancer Immunity and Prognosis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.831542
PMID:35979347
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研究论文 | 本研究通过分析TCGA、GTEx等多个数据库的数据，探讨CLEC5A在多种癌症中的表达及其与免疫浸润和患者预后的关系 | 首次揭示CLEC5A在多种癌症中的表达与免疫浸润和患者预后的关联，并发现其作为潜在的癌症预后生物标志物和抗肿瘤治疗靶点 | NA | 探讨CLEC5A在癌症中的表达及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | CLEC5A在多种癌症中的表达及其与免疫浸润、患者预后的关系 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多个癌症类型的样本 |
| 2123 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing to decipher the immunogenicity of ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222 and mRNA-1273 vaccines in patients with autoimmune rheumatic diseases
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.920865
PMID:35979368
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研究论文 | 研究比较了ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222和mRNA-1273疫苗在自身免疫性风湿病患者中的免疫原性，并使用单细胞RNA测序探索了风湿性关节炎患者中高和低抗SARS-CoV-2 IgG水平之间的细胞间相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了CD16单核细胞在抗SARS-CoV-2 IgG水平较高的风湿性关节炎患者中的主导作用，并发现了与MHC II类分子介导的抗原呈递相关的富集通路 | 研究样本仅包括445名参与者，且仅限于自身免疫性风湿病患者和健康对照组 | 探讨ChAdOx1 nCoV-19/AZD1222和mRNA-1273疫苗在自身免疫性风湿病患者中的免疫原性差异 | 自身免疫性风湿病患者和健康对照组的免疫反应 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CellChat | 单细胞RNA测序数据 | 445名参与者，包括389名自身免疫性风湿病患者和56名健康对照 |
| 2124 | 2024-08-08 |
Analysis of Single-Cell Transcriptome Data in Drosophila
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2541-5_4
PMID:35980574
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研究论文 | 本文章节旨在指导分析基于液滴的果蝇单细胞转录组数据 | 本文介绍了针对果蝇单细胞RNA测序数据开发的计算方法 | NA | 提供分析果蝇单细胞转录组数据的指导 | 果蝇的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 2125 | 2024-08-08 |
Intestinal Epithelial Responses to IL-17 in Adult Stem Cell-derived Human Intestinal Organoids
2022-Dec-05, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjac101
PMID:35927216
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研究论文 | 研究IL-17在成人干细胞衍生的肠道类器官中的作用及其对肠道上皮细胞的影响 | 首次揭示IL-17通过诱导肠道干细胞和肠上皮细胞的焦亡以及杯状细胞的黏液分泌和上皮细胞的IgA转运，发挥保护和病理作用 | 研究主要集中在体外类器官模型，可能与体内环境存在差异 | 探讨IL-17在肠道上皮细胞中的保护和病理作用机制 | 成人干细胞衍生的肠道类器官 | NA | 炎症性肠病 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 2126 | 2024-08-08 |
A multi-omic single cell sequencing approach to develop a CD8 T cell specific gene signature for anti-PD1 response in solid tumors
2022-Dec-01, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.34218
PMID:35932450
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研究论文 | 本文通过多组学单细胞测序方法，开发了一种针对CD8 T细胞的基因特征，用于预测实体肿瘤中抗PD1治疗的反应 | 本文利用单细胞RNA测序和单细胞TCR测序技术，揭示了抗PD1反应者和非反应者小鼠肿瘤模型中扩展的TCR克隆型的保守和独特的转录组特征 | NA | 开发一种新的生物标志物，用于预测免疫检查点阻断治疗在实体肿瘤中的反应 | CD8 T细胞在抗PD1治疗中的基因特征 | 数字病理学 | 实体肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 多个人类恶性肿瘤和小鼠同基因肿瘤模型 |
| 2127 | 2024-08-08 |
Single-cell Sequencing Reveals Clearance of Blastula Chromosomal Mosaicism in In Vitro Fertilization Babies
2022-12, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.07.004
PMID:35944838
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学测序分析了七名在胚胎期检测到染色体嵌合体的婴儿，发现胚胎期的染色体嵌合现象可能在发育过程中自行纠正 | 首次通过单细胞多组学测序证实胚胎期染色体嵌合体在出生后可能自行纠正，为胚胎移植提供了新的评估依据 | 研究样本量较小，需要进一步扩大样本验证结果的普遍性 | 探讨胚胎期染色体嵌合体在出生后的染色体状态 | 七名在胚胎期检测到染色体嵌合体的婴儿及其外周血细胞 | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | 基因组数据和转录组数据 | 1616个外周血细胞来自七名婴儿和三名对照婴儿 |
| 2128 | 2024-08-08 |
Mutations in OOEP and NLRP5 identified in infertile patients with early embryonic arrest
2022-12, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/humu.24448
PMID:35946397
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序分析了118名经历反复胚胎植入前停滞的中国不孕患者，发现了OOEP和NLRP5基因的新变异，这些变异与早期胚胎停滞有关 | 首次证明了OOEP基因的双等位变异也能导致人类早期胚胎停滞，扩展了与早期胚胎发生相关的SCMC基因的遗传变异谱 | NA | 探究与早期胚胎停滞相关的新基因变异 | OOEP和NLRP5基因在不孕患者中的变异及其对胚胎发育的影响 | NA | 不孕症 | 全外显子测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因序列数据，RNA表达数据 | 118名不孕患者及其胚胎 |
| 2129 | 2024-08-08 |
A novel high-risk subpopulation identified by CTSL and ZBTB7B in gastric cancer
2022-11, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-022-01936-x
PMID:35941174
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研究论文 | 本研究通过分析胃癌中的CTSL和ZBTB7B基因表达，识别出一个新的高风险亚群，并探讨了其与肿瘤微环境的关系 | 开发了一种基于两个基因的新型肿瘤微环境分子亚型系统，简化了以往复杂的基因签名和检测方法 | NA | 旨在通过简化分子亚型系统，提高胃癌治疗的临床应用性 | 胃癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序，定量RT-PCR，免疫化学/免疫荧光染色 | NA | 组织或单细胞水平的数据 | 超过2000名患者的数据 |
| 2130 | 2024-08-08 |
Inverse weighting method with jackknife variance estimator for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2022-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文提出了一种逆非丢失概率加权方法，用于校正单细胞RNA测序数据中由于信息性丢失事件引起的差异表达分析偏差 | 本文提出的方法在所有场景下在AUC、敏感性、特异性和FDR方面表现最佳 | NA | 校正单细胞RNA测序数据中的差异表达分析偏差 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性回归、广义线性回归和混合回归 | RNA测序数据 | 使用小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞进行实验，以及一个真实数据集的随机分割 |
| 2131 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA and protein profiling of immune cells from the mouse brain and its border tissues
2022-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-022-00716-4
PMID:35931780
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研究论文 | 本文提供了一种单细胞多组学分析大脑免疫组分的详细协议 | 结合了高维流式细胞术和基于液滴的单细胞RNA测序，以及CITE-seq技术，实现了高通量且无偏倚的蛋白质表达筛选与转录组分析 | 实验操作需要专业训练，计算分析需要生物信息学和R编程背景 | 深入理解大脑免疫景观，为神经系统疾病的新治疗策略提供依据 | 小鼠大脑及其边界组织的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，CITE-seq | NA | RNA和蛋白质 | 小鼠大脑及其边界组织的免疫细胞 |
| 2132 | 2024-08-08 |
Characteristics of plaque lipid-associated macrophages and their possible roles in the pathogenesis of atherosclerosis
2022-10-01, Current opinion in lipidology
IF:3.8Q1
DOI:10.1097/MOL.0000000000000842
PMID:35942822
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综述 | 本文通过比较斑块泡沫巨噬细胞与其他疾病相关巨噬细胞的基因表达谱，探讨了它们在动脉粥样硬化发病机制中的作用 | 将斑块泡沫巨噬细胞命名为斑块脂质相关巨噬细胞（PLAMs），并发现其高表达与吞噬/内吞作用、溶酶体、脂质代谢和氧化磷酸化相关的基因 | NA | 重新审视斑块泡沫巨噬细胞在动脉粥样硬化发病机制中的作用 | 斑块泡沫巨噬细胞的基因表达谱及其在动脉粥样硬化中的功能 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2133 | 2024-08-08 |
Protocol for profiling cell-centric assembled single-cell human transcriptome data in hECA
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101589
PMID:35942342
|
研究论文 | 本文介绍了人类整体细胞图谱（hECA）的应用，包括通过网站进行“定量画像”探索、创建可定制的参考用于自动细胞类型注释以及使用逻辑条件的细胞排序 | hECA提供了一个统一的信息学框架和细胞中心组装的单细胞转录组数据，涵盖了1,093,299个标记的人类细胞 | NA | 介绍和应用hECA框架 | 人类单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 1,093,299个标记的人类细胞 |
| 2134 | 2024-08-08 |
ASURAT: functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes
2022-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac541
PMID:35924984
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASURAT的计算工具，用于对单细胞转录组数据进行无监督聚类和功能注释 | ASURAT能够同时进行无监督聚类和功能注释，包括疾病、细胞类型、生物过程和信号通路活性，使用数据库衍生的功能术语中的基因相关图分解 | NA | 开发一种高效的工具，用于注释单个细胞并提高复杂和噪声转录组数据的生物学可解释性 | 单细胞转录组数据，包括人类外周血单个核细胞、小细胞肺癌和胰腺导管腺癌的空间转录组数据 | 生物信息学 | 肺癌，胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 无监督聚类 | 转录组数据 | 涉及人类外周血单个核细胞、小细胞肺癌和胰腺导管腺癌的单细胞转录组数据 |
| 2135 | 2024-08-08 |
Exclusive generation of rat spermatozoa in sterile mice utilizing blastocyst complementation with pluripotent stem cells
2022-09-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.07.005
PMID:35931077
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研究论文 | 本研究通过将多能干细胞注射到携带Tsc22d3基因突变的胚胎中，成功在成年嵌合体中补充了雄性生殖细胞，并详细描述了这一方法在异种生殖细胞生产中的应用 | 首次报道了通过胚胎互补技术在嵌合体中生成仅由多能干细胞衍生的功能性精子细胞，并使用单细胞RNA测序技术解析了嵌合体睾丸中的精子发生过程 | NA | 开发一种在体内生成异种生殖细胞的方法，并探讨其在转基因大鼠研究或濒危动物保护中的应用 | 大鼠的精子细胞 | 干细胞生物学 | NA | 胚胎互补技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了携带Tsc22d3基因突变的小鼠胚胎和鼠胚胎干细胞进行实验 |
| 2136 | 2024-08-08 |
Single cell gene expression profiling of nasal ciliated cells reveals distinctive biological processes related to epigenetic mechanisms in patients with severe COVID-19
2022-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105895
PMID:35926268
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了鼻纤毛细胞的基因表达，揭示了与COVID-19严重患者中表观遗传机制相关的独特生物学过程 | 发现轻中度COVID-19患者与健康对照组相比，基因表达特征上调与线粒体功能、错误折叠蛋白和膜通透性相关；重度COVID-19患者与轻中度疾病相比，表观遗传机制下调 | NA | 探索COVID-19患者中与细胞调控程序相关的分子过程，包括由表观遗传机制介导的基因激活或抑制 | 鼻咽上皮细胞的基因表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 12,725个鼻纤毛细胞样本，包括13个健康对照组、13个轻中度COVID-19患者和14个重度COVID-19患者 |
| 2137 | 2024-08-08 |
Drug resistance in NSCLC is associated with tumor micro-environment
2022-Sep, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2022.100680
PMID:35926330
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序数据分析，探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）化疗耐药性与肿瘤微环境（TME）之间的关系 | 首次成功利用单细胞转录组测序数据识别耐药和敏感簇，并建立了比例风险模型来发现影响预后的基因 | 研究主要基于GSE149383数据集，可能需要更多数据集验证结果 | 探讨非小细胞肺癌化疗耐药性与肿瘤微环境之间的关系 | 非小细胞肺癌的化疗耐药性及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | 比例风险模型 | 转录组数据 | GSE149383数据集中的样本 |
| 2138 | 2024-08-08 |
New insights into macrophage subsets in atherosclerosis
2022-09, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-022-02224-0
PMID:35930063
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化中识别巨噬细胞亚群及其在斑块病变发病机制中的潜在作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化斑块病变中多个巨噬细胞亚群的存在及其基因表达水平和功能的显著差异 | NA | 探讨动脉粥样硬化中不同类型巨噬细胞及其相关分子机制，并识别这些巨噬细胞类型在斑块病变发病机制中的潜在作用 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群及其在斑块病变发展、稳定和消退中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2139 | 2024-08-08 |
The current status of gene expression profilings in COVID-19 patients
2022-Sep, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.104
PMID:35942159
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研究论文 | 本文综述了COVID-19患者中基因表达谱的研究现状，特别是通过RNA测序（RNA-seq）技术进行的研究 | 首次系统性地回顾了COVID-19患者中使用RNA-seq技术生成的基因表达数据，并探讨了其在理解疾病机制和长期影响中的应用 | 尽管积累了大量OMICS数据，但对COVID-19疾病机制的理解仍不充分 | 旨在通过分析COVID-19患者的RNA-seq数据，深入理解疾病机制和长期影响 | COVID-19患者的各种样本类型，包括全血、血浆、外周血单个核细胞（PBMCs）、白细胞、淋巴细胞、单核细胞、T细胞、鼻拭子和尸检样本 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 108项研究的数据 |
| 2140 | 2024-08-08 |
Differential requirement for DICER1 activity during the development of mitral and tricuspid valves
2022-09-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.259783
PMID:35946425
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研究论文 | 本研究通过在心脏发育期间特异性失活内皮细胞中的Dicer1，发现Dicer1缺失导致先天性二尖瓣狭窄和反流，而对其他瓣膜无影响，揭示了miRNA介导的基因调控是调节二尖瓣和三尖瓣发育的新型分子机制。 | 首次揭示miRNA介导的基因调控在二尖瓣和三尖瓣发育中的差异性作用。 | NA | 探究二尖瓣和三尖瓣发育中的差异性调控机制。 | 二尖瓣和三尖瓣的发育过程及调控机制。 | NA | 先天性心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |