单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4052 篇文献，本页显示第 2061 - 2080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2061 | 2024-08-08 |
Preparation of Intact Nuclei for Single-Nucleus Omics Using Frozen Cell Suspensions from Mutant Embryos of Xenopus tropicalis
2022-12-01, Cold Spring Harbor protocols
DOI:10.1101/pdb.prot107825
PMID:35953244
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研究论文 | 本文介绍了一种从冷冻细胞悬液中分离高质量核的方法，用于单核转录组学分析 | 开发了一种新协议，可以从冷冻细胞悬液中分离出高质量的核，并用于单核RNA测序 | NA | 研究突变和野生型胚胎在未分化阶段的基因表达差异，以及突变对发育轨迹或先天性疾病表型的影响 | Xenopus tropicalis的突变和野生型胚胎 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 少量单个胚胎悬液 |
| 2062 | 2024-08-08 |
Characterizing the role of the immune microenvironment in multiple myeloma progression at a single-cell level
2022-11-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022007217
PMID:35977111
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析骨髓细胞，研究多发性骨髓瘤进展中的免疫微环境变化 | 本文结合先前发表的数据集，识别了疾病进展中免疫细胞群的一致性变化 | 患者间细胞群的内在变异性和样本处理及分析方法的差异 | 揭示多发性骨髓瘤从前期阶段到临床阶段进展中的免疫变化，以开发基于免疫的策略 | 骨髓细胞中的免疫细胞群 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自前期阶段、意义未明的单克隆γ病、隐匿性多发性骨髓瘤和初诊多发性骨髓瘤的骨髓细胞 |
| 2063 | 2024-08-08 |
Identification of Quiescent LGR5+ Stem Cells in the Human Colon
2022-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2022.07.081
PMID:35963362
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因工程技术，揭示了人类结肠中静止状态的LGR5+干细胞的存在及其在损伤后再生中的作用 | 首次揭示了人类结肠中存在非分裂的LGR5+干细胞，并阐明了其在稳态和损伤后的功能 | NA | 探究人类结肠干细胞在稳态和再生过程中的行为 | 人类和鼠类结肠上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，基因工程 | NA | RNA | 涉及人类和鼠类的结肠上皮细胞样本 |
| 2064 | 2024-08-08 |
CTSB+ macrophage repress memory immune hub in the liver metastasis site of colorectal cancer patient revealed by multi-omics analysis
2022-10-20, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.06.037
PMID:35964553
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了结直肠癌肝转移部位中CTSB+巨噬细胞抑制记忆免疫中枢的作用。 | 发现记忆CD8 T细胞、B细胞和CTSB+巨噬细胞在肝转移部位富集，形成记忆免疫中枢，对抗肿瘤反应具有重要意义。 | NA | 识别结直肠癌肝转移的潜在免疫调节机制。 | 结直肠癌及其肝转移部位的肿瘤微环境中的关键细胞群体。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序和多重免疫组织化学 | NA | 细胞 | NA |
| 2065 | 2024-08-08 |
Inhibition of Arid1a increases stem/progenitor cell-like properties of liver cancer
2022-10-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2022.215869
PMID:35964817
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研究论文 | 本文研究了Arid1a敲除对肝癌细胞分化状态的影响，并通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了其对细胞干性和分化相关基因表达的影响。 | 首次证明了Arid1a缺失通过重塑染色质可及性，增加肝癌干细胞/祖细胞样细胞的数量，从而促进肝癌发展。 | NA | 探讨Arid1a在肝癌发病机制中的作用及其对细胞干性和分化状态的影响。 | 肝癌细胞中的Arid1a基因及其对细胞干性和分化状态的影响。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 批量RNA测序 (RNA-seq) | NA | RNA | NA |
| 2066 | 2024-08-08 |
Checkpoint Blockade-Induced Dermatitis and Colitis Are Dominated by Tissue-Resident Memory T Cells and Th1/Tc1 Cytokines
2022-10-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0362
PMID:35977003
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研究论文 | 本文通过多参数免疫荧光、空间转录组学和RNA原位杂交技术分析了免疫检查点阻断疗法引起的皮肤炎和结肠炎中组织驻留记忆T细胞和Th1/Tc1细胞因子的作用 | 首次详细描述了免疫检查点阻断疗法引起的皮肤炎和结肠炎中组织驻留记忆T细胞的扩增及其与Th1/Tc1细胞因子的关联 | 研究仅限于皮肤炎和结肠炎的病例，未涵盖所有免疫相关不良事件 | 探讨免疫检查点阻断疗法引起的免疫相关不良事件的免疫学机制，以寻找新的治疗靶点 | 免疫检查点阻断疗法引起的皮肤炎和结肠炎患者组织 | 免疫学 | 皮肤炎，结肠炎 | 多参数免疫荧光，空间转录组学，RNA原位杂交 | NA | 组织样本 | 多个皮肤炎和结肠炎病例 |
| 2067 | 2024-08-08 |
TDO2+ myofibroblasts mediate immune suppression in malignant transformation of squamous cell carcinoma
2022-10-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI157649
PMID:35972800
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析口腔鳞状细胞癌（OSCC）及其癌前病变和正常组织的免疫景观变化，发现TDO2+肌成纤维细胞在免疫抑制中的作用 | 首次鉴定出表达色氨酸2,3-双加氧酶（TDO2）的肌成纤维细胞亚群，并揭示其在口腔鳞状细胞癌恶性转化中的免疫抑制作用 | NA | 揭示口腔鳞状细胞癌恶性转化过程中的免疫学变化，为免疫治疗提供新靶点 | 口腔鳞状细胞癌（OSCC）及其癌前病变和正常组织的细胞 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 细胞 | 131,702个细胞，来自13个OSCC癌组织、3个癌前口腔白斑样本和8个邻近正常样本 |
| 2068 | 2024-08-08 |
Biallelic variants in ADAMTS15 cause a novel form of distal arthrogryposis
2022-10, Genetics in medicine : official journal of the American College of Medical Genetics
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.gim.2022.07.012
PMID:35962790
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研究论文 | 本文通过家系遗传学、外显子测序和疾病特异性面板测序，鉴定了ADAMTS15基因的双等位变异导致的一种新型远端关节弯曲症 | 发现了ADAMTS15基因的双等位变异与新型远端关节弯曲症的关联 | NA | 旨在识别一种新型远端关节弯曲症的遗传原因 | ADAMTS15基因变异及其在受影响个体中的表达模式 | NA | 远端关节弯曲症 | 外显子测序、原位杂交、RNAscope | NA | 基因组数据、单细胞测序数据 | 5名受影响个体来自4个无关联的近亲家庭 |
| 2069 | 2024-08-08 |
Early atherogenesis: new insights from new approaches
2022-10-01, Current opinion in lipidology
IF:3.8Q1
DOI:10.1097/MOL.0000000000000843
PMID:35979994
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研究论文 | 本文综述了近期在理解动脉粥样硬化初始阶段的细胞和分子机制方面的概念和技术进展 | 通过单细胞RNA测序和CyTOF等无偏倚单细胞方法，深入探讨了正常内膜和动脉粥样硬化病变的细胞组成 | 关于高胆固醇血症如何启动早期炎症事件的具体细节尚未完全阐明 | 探讨动脉粥样硬化初始阶段的细胞和分子机制 | 动脉粥样硬化的初始阶段，包括内膜脂质积累、炎症和病变生长 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、CyTOF | NA | 转录组 | NA |
| 2070 | 2024-08-08 |
Construction and verification of a hypoxia-related nine-gene prognostic model in uveal melanoma based on integrated single-cell and bulk RNA sequencing analyses
2022-10, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2022.109214
PMID:35981602
|
研究论文 | 本文构建并验证了一个基于单细胞和批量RNA测序分析的与缺氧相关的九基因预后模型，用于葡萄膜黑色素瘤 | 首次基于单细胞和批量RNA测序数据集，通过综合分析识别出47个与缺氧相关的共同差异表达基因，并建立了九基因预后模型 | NA | 研究目的是构建和验证一个与缺氧相关的九基因预后模型，以预测葡萄膜黑色素瘤患者的预后并指导个性化治疗 | 葡萄膜黑色素瘤患者及其预后 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）的单细胞测序数据集和来自癌症基因组图谱（TCGA）的批量RNA测序数据集 |
| 2071 | 2024-08-08 |
Graph attention network for link prediction of gene regulations from single-cell RNA-sequencing data
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac559
PMID:35961023
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研究论文 | 本文提出了一种基于图注意力网络的GENELink方法，用于从单细胞RNA测序数据中预测基因调控网络中的潜在相互作用 | 利用图注意力网络处理单细胞RNA测序数据，提高了在低信噪比和dropout情况下的基因调控网络重建性能 | NA | 旨在从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的转录因子与目标基因之间的潜在相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络 | 基因表达数据 | 七种单细胞RNA测序数据集，包括人类乳腺癌转移数据 |
| 2072 | 2024-08-08 |
In search of a Drosophila core cellular network with single-cell transcriptome data
2022-09-30, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkac212
PMID:35976114
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据，构建了果蝇细胞类型特异性的基因共表达网络，以寻找跨细胞类型的核心细胞网络 | 本文首次通过基因共表达分析，揭示了果蝇中跨细胞类型的核心细胞网络，该网络由高度协调的基因组成，主要编码核糖体蛋白 | 本文发现的核心细胞网络仅占细胞类型特异性基因共表达网络的一小部分，表明其可能只涵盖了少数基本功能 | 探索多细胞生物中跨细胞类型的核心细胞网络 | 果蝇的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因共表达网络 | 转录组数据 | 涵盖多种细胞类型的单细胞转录组数据 |
| 2073 | 2024-08-08 |
A CRISPRi/a platform in human iPSC-derived microglia uncovers regulators of disease states
2022-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01131-4
PMID:35953545
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研究论文 | 本文介绍了一种在人诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞中使用CRISPRi/a平台进行遗传扰动筛选的方法，以揭示神经系统疾病状态的调控因子 | 开发了一种高效的8天协议，用于生成基于六个转录因子诱导表达的微胶质样细胞，并在此系统中建立了可诱导的CRISPR干扰和激活 | NA | 系统地阐明遗传扰动对人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞功能后果 | 人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | CRISPRi/a | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 2074 | 2024-08-08 |
A Cuproptosis Activation Scoring model predicts neoplasm-immunity interactions and personalized treatments in glioma
2022-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105924
PMID:35964468
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研究论文 | 本文通过分析大量肿瘤和单细胞转录组数据，构建了铜死亡活性评分（CuAS）模型，用于预测胶质瘤中的肿瘤-免疫相互作用和个性化治疗 | 首次系统探讨铜死亡在胶质瘤中的作用，并构建了基于铜死亡相关基因的活性评分模型，结合机器学习技术验证了评分的稳定性 | NA | 研究铜死亡在胶质瘤中的作用及其与肿瘤-免疫相互作用的关系，并探索潜在的治疗药物 | 胶质瘤及其与免疫系统的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 机器学习 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2075 | 2024-08-08 |
Reprogramming barriers in bovine cells nuclear transfer revealed by single-cell RNA-seq analysis
2022-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17505
PMID:35971640
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序分析牛细胞核移植中的重编程障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牛细胞核移植胚胎在基因表达和信号通路激活方面的异常 | 研究主要集中在基因表达和信号通路激活的异常，未涉及其他可能影响核移植效率的因素 | 揭示牛细胞核移植胚胎发育过程中的基因表达和信号通路激活的异常 | 牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体进行牛核移植 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 使用了牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体 |
| 2076 | 2024-08-08 |
Dopamine and GPCR-mediated modulation of DN1 clock neurons gates the circadian timing of sleep
2022-08-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206066119
PMID:35969763
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research paper | 本文研究了多巴胺和G蛋白偶联受体（GPCRs）在调节DN1时钟神经元对睡眠时间节律中的作用。 | 通过单细胞测序和基因编辑技术，揭示了GPCRs在果蝇大脑时钟网络中的高度富集和差异表达，以及它们在时钟神经元身份中的作用。 | NA | 探索多巴胺和GPCRs在调节睡眠时间节律中的作用。 | 果蝇大脑中的时钟神经元和GPCRs。 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因数据 | 特定神经元中的单个GPCRs |
| 2077 | 2024-08-08 |
SC2sepsis: sepsis single-cell whole gene expression database
2022-08-18, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baac061
PMID:35980286
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研究论文 | 本文介绍了SC2sepsis数据库，该数据库整合了来自45名脓毒症患者和26名健康对照者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据，共包含232,226个细胞 | SC2sepsis数据库提供了1988个在病理和健康条件下差异表达的基因检索功能和自动细胞类型注释，有助于深入理解脓毒症的免疫失调 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示脓毒症相关的基因表达特征，以促进对脓毒症发病机制的理解 | 脓毒症患者的免疫细胞及其基因表达变化 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 45名脓毒症患者和26名健康对照者的外周血单个核细胞，共232,226个细胞 |
| 2078 | 2024-08-08 |
Subtype and cell type specific expression of lncRNAs provide insight into breast cancer
2022-08-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03559-7
PMID:35982125
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研究论文 | 本文通过分析长非编码RNA（lncRNA）在乳腺癌中的表达，揭示了lncRNA与乳腺癌临床病理特征的关联，并探讨了其在乳腺癌中的调控机制 | 本文通过共表达分析和单细胞RNA测序，发现了由细胞类型特异性表达驱动的三个不同的lncRNA簇，并进一步研究了驱动lncRNA表达的顺式调控区域 | NA | 探讨lncRNA在乳腺癌中的表达模式及其对乳腺癌基因调控网络的影响 | 乳腺癌中的长非编码RNA（lncRNA）及其与临床病理特征的关联 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个基于人群的队列：SCAN-B和TCGA |
| 2079 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of circulating CD4+CD8+ double-positive T cells characterized by scRNA-seq analysis and trajectory inference
2022-08-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-18340-3
PMID:35982155
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了猕猴循环系统中的CD4+CD8+双阳性T细胞的异质性，并通过轨迹推断揭示了其分化状态的多样性 | 发现了两个新的CD4+CD8+双阳性T细胞亚群，并揭示了猕猴与食蟹猴中DP T细胞分化状态的差异 | NA | 深入理解CD4+CD8+双阳性T细胞的特征及其在疾病中的作用 | 猕猴和食蟹猴的循环系统中的CD4+CD8+双阳性T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自猕猴的7601个细胞，检测到14,459个基因 |
| 2080 | 2024-08-08 |
Single-cell atlas of diverse immune populations in the advanced biliary tract cancer microenvironment
2022-Aug-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-022-00300-9
PMID:35982235
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了晚期胆道癌（BTC）中的免疫微环境，识别了多种免疫细胞亚群及其在肿瘤微环境中的相互作用 | 首次在单细胞水平上详细描述了晚期胆道癌中的免疫细胞亚群，特别是耗竭的CD8 T细胞、巨噬细胞和树突状细胞在肿瘤微环境中的作用 | 研究样本量较小，仅包括16个匹配样本，可能影响结果的普遍性 | 旨在深入了解晚期胆道癌的免疫微环境，以预测免疫治疗反应并开发新的免疫治疗方法 | 晚期胆道癌中的免疫细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胆道癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 45,851个细胞来自16个匹配样本 |