本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1981 | 2024-08-08 |
Identification of Four Biomarkers of Human Skin Aging by Comprehensive Single Cell Transcriptome, Transcriptome, and Proteomics
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.881051
PMID:36081986
|
研究论文 | 本文通过综合单细胞转录组、转录组和蛋白质组学方法,鉴定了四种与人类皮肤衰老相关的生物标志物。 | 首次结合蛋白质组学和转录组学数据,鉴定了四种与衰老相关的关键分子,并探讨了它们与衰老相关通路的关联。 | NA | 寻找能够预防衰老的生物标志物,特别是针对皮肤衰老。 | 年轻和衰老的成纤维细胞,以及衰老组织/细胞中的关键衰老相关分子。 | 数字病理学 | 皮肤老化 | Q-Exactive-MS, qPCR, 单细胞转录组 | NA | 转录组, 蛋白质组 | 包括GSE63577, GSE64553, GSE18876, GSE85358等多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1982 | 2024-08-08 |
Construction of a prognostic model related to copper dependence in breast cancer by single-cell sequencing analysis
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.949852
PMID:36082002
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析构建了一个与乳腺癌铜依赖相关的预后模型 | 首次通过单细胞分析获得铜依赖相关基因,并构建了预后模型 | 需要进一步的研究来验证模型的长期效力和在不同人群中的适用性 | 探索铜依赖相关基因在女性乳腺癌中的临床意义 | 女性乳腺癌患者及其铜依赖相关基因 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | COX和Lasso回归模型 | 基因表达数据 | 训练集和测试集各一半,外部验证集包括GSE20685和GSE20711数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1983 | 2024-08-08 |
Enriching and Characterizing T Cell Repertoires from 3' Barcoded Single-Cell Whole Transcriptome Amplification Products
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_7
PMID:36087201
|
研究论文 | 本文介绍了一种从已使用3'条形码单细胞全转录组扩增产物中富集和表征T细胞受体(TCR)转录本的方法 | 该方法能够在不改变原有3'条形码单细胞RNA测序流程的情况下,实现单细胞分辨率的TCR序列捕获 | NA | 旨在简化并扩展单细胞TCR测序数据获取的方法,同时保持单细胞分辨率 | T细胞受体(TCR)转录本 | NA | 癌症 | 3'条形码单细胞RNA测序 | NA | 转录本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1984 | 2024-08-08 |
A Bioinformatic Framework for Dissecting the Dynamics of T Cells from Single-Cell Transcriptome
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_14
PMID:36087208
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为STARTRAC的生物信息学框架,该框架整合单细胞转录组和TCR序列作为谱系特异性标记,用于定量评估T细胞的动态特性 | 提出了一种新的生物信息学框架STARTRAC,该框架能够整合单细胞转录组和TCR序列,以定量评估T细胞的动态特性,包括克隆扩增、组织迁移和发展转变 | 目前的方法在揭示具有相同克隆型的T细胞表型差异方面存在局限性 | 定量追踪人类免疫学中T细胞的动态 | T细胞的动态特性,包括克隆扩增、组织迁移和发展转变 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1985 | 2024-08-08 |
ATAXIC: An Algorithm to Quantify Transcriptomic Perturbation Heterogeneity in Single Cancer Cells
2022, Journal of oncology
DOI:10.1155/2022/4106736
PMID:36090907
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ATAXIC的算法,用于量化单个癌细胞中转录组扰动的异质性 | ATAXIC算法通过计算单个细胞中绝对z分数基因表达值的标准偏差,量化了转录组扰动的异质性水平 | NA | 研究单个癌细胞中转录组扰动的异质性,并探讨其在肿瘤生物学中的应用 | 单个癌细胞中的转录组扰动异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了八种癌症类型的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1986 | 2024-08-08 |
Transcriptome profiles of latently- and reactivated HIV-1 infected primary CD4+ T cells: A pooled data-analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.915805
PMID:36090997
|
研究论文 | 本研究通过综合分析5个HIV-1潜伏期和2个再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据,探讨了HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的基因表达差异 | 首次综合分析了多个HIV-1潜伏期和再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据,识别了在潜伏期和再激活期感染细胞中差异表达的基因 | 研究仅限于转录组数据分析,未涉及其他类型的生物标志物或治疗方法 | 通过比较HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的转录组特征,寻找差异表达的基因,以更好地理解和表征HIV-1的潜伏和再激活 | HIV-1潜伏期和再激活期感染的原代CD4+ T细胞 | 数字病理学 | HIV-1感染 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 5个HIV-1潜伏期原代CD4+ T细胞模型和2个再激活期研究 | NA | NA | NA | NA |
| 1987 | 2024-08-08 |
An immunotherapy response prediction model derived from proliferative CD4+ T cells and antigen-presenting monocytes in ccRCC
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.972227
PMID:36091022
|
研究论文 | 本研究通过重新分析两个接受免疫检查点阻断(ICB)治疗的透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集,探索了具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征 | 本研究识别了具有良好预测能力的增殖性CD4 T细胞和调节性T细胞亚型以及抗原呈递单核细胞亚型,并开发了一个预测模型,该模型在CheckMate队列中达到了93%的AUC | NA | 探索透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中对免疫检查点阻断(ICB)治疗反应具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者的免疫细胞亚型和特征 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列 | 172个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1988 | 2024-08-08 |
Identification and Characterization of Genes Related to the Prognosis of Hepatocellular Carcinoma Based on Single-Cell Sequencing
2022, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2022.1610199
PMID:36091935
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和大数据分析,筛选与肝细胞癌(HCC)预后相关的基因,并构建了一个预测HCC预后的模型 | 通过单细胞RNA测序和大数据分析,首次构建了一个包含七个关键基因的HCC预后模型,为HCC的临床靶点和生物标志物研究提供了新视角 | NA | 研究HCC的预后相关基因,并构建一个有效的预后预测模型 | 肝细胞癌(HCC)的细胞和基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 71,915个细胞,包括34,414个肿瘤细胞,以及371个HCC样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1989 | 2024-08-08 |
Network analysis of hepatocellular carcinoma liquid biopsies augmented by single-cell sequencing data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.921195
PMID:36092896
|
研究论文 | 本研究通过构建基因网络,分析了肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络,并与健康对照组进行比较,同时结合单细胞RNA测序数据,探讨了基因共表达网络分析在肝细胞癌研究中的应用。 | 本研究首次将单细胞RNA测序数据与细胞外RNA网络分析相结合,以细胞类型特异性转录组为背景,深入探讨了肝细胞癌的基因关联网络。 | NA | 旨在通过基因共表达网络分析,揭示肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络特征。 | 肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 1990 | 2024-08-08 |
Repression of enhancer RNA PHLDA1 promotes tumorigenesis and progression of Ewing sarcoma via decreasing infiltrating T-lymphocytes: A bioinformatic analysis
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.952162
PMID:36092920
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析,探讨了增强子RNA PHLDA1在Ewing肉瘤中的作用,发现其通过减少浸润性T淋巴细胞促进肿瘤发生和发展 | 首次揭示了PHLDA1作为关键调节因子在Ewing肉瘤发生和发展中的作用,并通过Connectivity Map分析筛选出可能靶向Ewing肉瘤的候选化合物 | 研究主要基于数据库分析和生物信息学方法,需要进一步的实验验证 | 探索Ewing肉瘤的分子机制,寻找新的靶向治疗途径 | Ewing肉瘤样本和正常骨样本中的差异表达基因和增强子RNA | 数字病理学 | Ewing肉瘤 | CIBERSORT, GSVA, ssGSEA | NA | RNA序列 | 85个Ewing肉瘤样本和3个正常骨样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1991 | 2024-08-08 |
Urinary single-cell sequencing captures kidney injury and repair processes in human acute kidney injury
2022-12, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.07.032
PMID:36049643
|
研究论文 | 本文通过建立尿液单细胞RNA测序流程,分析了来自32名急性肾损伤患者的42,608个单细胞转录组,揭示了肾脏损伤和修复过程中的细胞和分子动态变化 | 首次通过尿液单细胞测序技术,非侵入性地深入了解急性肾损伤的细胞过程,为靶点识别、亚分类和疾病自然进程及干预监测提供了新机会 | NA | 探索急性肾损伤的细胞和分子动态变化 | 急性肾损伤患者的尿液单细胞转录组 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 转录组 | 42,608个单细胞转录组,来自32名患者的40份尿液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1992 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals fate determination control of an individual fibre cell initiation in cotton (Gossypium hirsutum)
2022-12, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13918
PMID:36053965
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了棉花纤维细胞发育过程中的基因表达模式 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棉花纤维细胞命运决定的调控机制,并提出了单个纤维细胞早期发育的模型 | NA | 揭示棉花纤维细胞从胚珠表皮起始的调控机制 | 棉花纤维细胞的发育过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA序列 | 14,535个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1993 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals intra-tumoral heterogeneity of glioblastoma and a pro-tumor subset of tumor-associated macrophages characterized by EZH2 overexpression
2022-12-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2022.166534
PMID:36057370
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤(GBM)的肿瘤内异质性以及EZH2过表达的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的促瘤作用 | 首次发现具有胶质-免疫双重特征的MES2样GBM亚群,并揭示了EZH2在肿瘤微环境中的异质性表达及其在TAMs中的促瘤作用 | NA | 全面解析胶质母细胞瘤的分子景观及其在肿瘤微环境中EZH2的异质性分布和潜在作用 | 胶质母细胞瘤样本和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 8名患者的胶质母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1994 | 2024-08-08 |
Glioma stem cell signature predicts the prognosis and the response to tumor treating fields treatment
2022-12, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.13956
PMID:36070228
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法,构建了与胶质瘤干细胞相关的风险评分,并评估了其对预后和肿瘤治疗场治疗的反应的预测价值 | 本研究首次构建了由11个胶质瘤干细胞特异性基因组成的胶质瘤干细胞特征,并验证了其在胶质瘤中的预后价值 | NA | 探索胶质瘤干细胞富集的胶质瘤患者的个性化治疗潜力 | 胶质瘤干细胞及其在胶质瘤复发和化疗放疗抵抗中的作用 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | LASSO和COX回归 | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1995 | 2024-08-08 |
Plasma CD27, a Surrogate of the Intratumoral CD27-CD70 Interaction, Correlates with Immunotherapy Resistance in Renal Cell Carcinoma
2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-0905
PMID:36067339
|
研究论文 | 研究探讨了CD27和CD70在透明细胞肾细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗抵抗的影响 | 首次证明了sCD27作为T细胞功能障碍的替代标记物,是肾细胞癌免疫治疗抵抗的预测生物标志物 | 研究样本量有限,且仅限于透明细胞肾细胞癌患者 | 探究CD27-CD70相互作用对肾细胞癌免疫治疗抵抗的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织和血浆中的sCD27水平 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 多重免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 组织、血浆 | 25名透明细胞肾细胞癌患者和81名接受免疫治疗的肾细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1996 | 2024-08-08 |
Ewing Sarcoma and Osteosarcoma Have Distinct Immune Signatures and Intercellular Communication Networks
2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1471
PMID:36074145
|
研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光分析和单细胞RNA测序,探讨了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发与原发疾病中的免疫浸润特征及细胞间通讯网络 | 首次揭示了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发疾病中免疫浸润的增加,并发现了特定的免疫细胞亚群和细胞间通讯机制 | NA | 深入理解骨肉瘤的免疫生物学特性,为未来的免疫治疗提供理论基础 | 尤文肉瘤和骨肉瘤的免疫特征及细胞间通讯网络 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 免疫细胞数据 | 来自配对血液和骨肉瘤肿瘤样本的免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1997 | 2024-08-08 |
Integrative multi-omics landscape of fluoxetine action across 27 brain regions reveals global increase in energy metabolism and region-specific chromatin remodelling
2022-Nov, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01725-1
PMID:36056172
|
研究论文 | 本文通过综合多组学分析,研究了氟西汀在27个脑区的基因调控变化,揭示了能量代谢的全球性增加和区域特异性的染色质重塑 | 本文首次全面描述了氟西汀在多个脑区的分子景观,包括基因表达和染色质状态的区域特异性变化,并发现了与人类表型相关的表达变化 | NA | 研究氟西汀在多个脑区的分子机制及其对抑郁症和焦虑症的治疗潜力 | 氟西汀在27个脑区的基因表达和染色质状态变化 | 数字病理学 | 抑郁症 | RNA-seq, H3K27ac ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 染色质状态数据 | 310个批量RNA-seq和H3K27ac ChIP-seq数据集, 20个单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1998 | 2024-08-08 |
Single cell RNA-sequencing: A powerful yet still challenging technology to study cellular heterogeneity
2022-11, BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology
IF:3.2Q1
DOI:10.1002/bies.202200084
PMID:36068142
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-Seq)技术在研究细胞异质性中的应用及其挑战 | scRNA-Seq技术提供了高分辨率的细胞程序动态图谱,有助于解答生物学基本问题及其功能和进化,并能探讨罕见细胞群体在疾病进展和治疗抵抗中的作用 | 需要强大的计算流程和可重复的实验协议以促进该技术在基础和临床研究中的广泛接受 | 探讨scRNA-Seq技术在理解复杂疾病如糖尿病、心血管疾病和癌症中的应用 | 单细胞RNA测序技术及其在生物医学研究中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1999 | 2024-08-08 |
Transcriptomic Features in a Single Extracellular Vesicle via Single-Cell RNA Sequencing
2022-11, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202200881
PMID:36068167
|
研究论文 | 本研究使用10x Genomics平台,对来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体中的RNA货物进行了分析 | 首次在单个外泌体水平上提供了高吞吐量的转录组数据,并揭示了外泌体的异质性 | NA | 探索单个外泌体中的转录组特征和异质性 | 人K562和间充质干细胞的单个外泌体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | CB2算法 | RNA | 来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体 | NA | NA | NA | NA |
| 2000 | 2024-08-08 |
Brainstem noradrenergic neurons: Identifying a hub at the intersection of cognition, motility, and skeletal muscle regulation
2022-11, Acta physiologica (Oxford, England)
DOI:10.1111/apha.13887
PMID:36073023
|
研究论文 | 本文探讨了脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的作用及其潜在的遗传和分子机制 | 通过遗传谱系追踪揭示了脑干去甲肾上腺素能神经元的显著异质性,并探讨了其在神经退行性疾病中的潜在作用 | 需要多学科复杂方法来验证假设,包括遗传追踪、特定电路标记、光遗传学和化学遗传学等 | 识别脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的关键节点,并探讨其在衰老和神经退行性疾病中的作用 | 脑干去甲肾上腺素能神经元及其在神经系统中的功能和潜在病理机制 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 遗传谱系追踪、光遗传学、化学遗传学、电生理学、单细胞转录组学和蛋白质组学 | NA | 遗传数据、电生理数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |