单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1981	2024-08-08	Single-cell RNA transcriptomic analysis identifies Creb5 and CD11b-DCs as regulator of asthma exacerbations 2022-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-022-00556-1 PMID:36038770	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了哮喘加重的免疫调节因子，并确定了Creb5和CD11b-DCs在哮喘加重中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了Creb5和CD11b-DCs在哮喘加重中的共同调节作用	NA	旨在识别哮喘加重的共同免疫因子，以促进统一靶向治疗的发展	使用尘螨（HDM）小鼠模型，通过单细胞RNA测序分析肺部免疫细胞的转录组	数字病理学	哮喘	单细胞RNA深度测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录组	使用尘螨（HDM）小鼠模型进行实验，具体样本数量未详细说明
1982	2024-08-08	scRNA-seq reveals ATPIF1 activity in control of T cell antitumor activity 2022, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2114740 PMID:36016697	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和遗传学方法，揭示了ATP合酶抑制因子1（ATPIF1）在调控T细胞抗肿瘤活性中的作用	首次揭示了ATPIF1在调控T细胞免疫活性中的作用，并证明了ATPIF1缺乏会导致T细胞衰竭，从而影响肿瘤免疫	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步在人体中验证ATPIF1的作用	探讨ATPIF1在调控CD8 T细胞抗肿瘤活性中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用	ATPIF1在T细胞中的功能及其对肿瘤免疫的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及B16黑色素瘤和Lewis肺癌模型的小鼠样本
1983	2024-08-08	The immune phenotypes and different immune escape mechanisms in colorectal cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.968089 PMID:36032084	研究论文	研究结直肠癌（CRC）的免疫表型及其潜在的免疫逃逸机制	首次详细分类了CRC的三种不同免疫表型，并探讨了各自的免疫逃逸机制	研究主要基于样本数据分析，需要进一步的临床验证	探索结直肠癌的免疫表型及其免疫逃逸机制，为免疫治疗提供新的研究方向	结直肠癌样本及其免疫微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	1802个微阵列队列样本和619个TCGA队列样本，以及447个中山医院样本和60个CRC样本的252,940个细胞
1984	2024-08-08	Fibroblasts in intestinal homeostasis, damage, and repair 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.924866 PMID:36032088	综述	本文综述了成纤维细胞在小肠稳态、损伤和修复中的作用	利用单细胞转录组学揭示了成纤维细胞在正常和炎症条件下的异质性，表明了不同的功能	对于成纤维细胞亚群的数量、术语和功能特性仍缺乏共识，且其如何调节小肠修复过程及其在炎症性肠病发病机制中的影响尚不清楚	旨在提供该领域最新进展的简要概述，以帮助阐明当前对成纤维细胞异质性和功能的理解，并推进我们对成纤维细胞在小肠损伤和修复中贡献的认识	成纤维细胞在小肠稳态、损伤和修复中的作用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1985	2024-08-08	Prediction of prognosis, immunogenicity and efficacy of immunotherapy based on glutamine metabolism in lung adenocarcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.960738 PMID:36032135	研究论文	本研究通过建立一个新的谷氨酰胺（Gln）代谢定量系统，预测肺癌的预后和免疫治疗效果，并分析了肿瘤微环境（TME）中的Gln代谢及其相关基因EPHB2的作用。	首次全面分析了谷氨酰胺代谢在肺腺癌中的作用，并建立了一个基于Gln代谢的模型来预测预后和免疫治疗效果。	NA	揭示谷氨酰胺代谢在肺腺癌中的作用，并为针对Gln代谢的抗肿瘤策略提供理论基础。	肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的谷氨酰胺代谢。	数字病理学	肺癌	单细胞测序分析，转录组测序	Cox回归和Lasso回归分析	基因表达数据	513名肺腺癌患者，73个谷氨酰胺代谢相关基因
1986	2024-08-08	CD4+ T cell activation and inflammation in NASH-related fibrosis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.967410 PMID:36032141	综述	本文综述了CD4+ T细胞在非酒精性脂肪肝病（NAFLD），特别是非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关肝纤维化中的激活和炎症作用	近期单细胞转录组分析揭示了NASH肝脏中CD4 T细胞、CD8 T细胞、γδ T细胞和TEMs的扩增	NA	探讨不同亚型的CD4 T细胞在NASH相关肝炎症和纤维化中的作用	CD4+ T细胞及其亚型在NASH相关肝炎症和纤维化中的作用	NA	非酒精性脂肪肝病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
1987	2024-08-08	Comprehensive analysis of androgen receptor status in prostate cancer with neuroendocrine differentiation 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.955166 PMID:36033483	研究论文	本研究通过免疫染色和批量及单细胞转录组分析，深入研究了神经内分泌分化前列腺癌中雄激素受体（AR）的状态	首次结合免疫染色和单细胞转录组分析，揭示了AR在神经内分泌分化前列腺癌中的存在及其功能	研究样本主要集中在去势抵抗性前列腺癌，可能限制了结果的普遍性	深入理解神经内分泌分化前列腺癌中AR信号传导的细胞可塑性，并为治疗开发提供新见解	神经内分泌分化前列腺癌中的雄激素受体状态	数字病理学	前列腺癌	免疫染色、单细胞转录组分析	NA	转录组数据	8194例前列腺癌病例
1988	2024-08-08	The combined prognostic model of copper-dependent to predict the prognosis of pancreatic cancer 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.978988 PMID:36035166	研究论文	本文通过单细胞分析和CIBERSORT方法，研究了铜依赖基因及相关免疫浸润细胞在胰腺癌中的预后价值	本文首次提出了一种基于铜依赖基因及相关免疫浸润细胞的联合预后模型，用于预测胰腺癌的预后	NA	评估铜依赖基因及相关免疫浸润细胞在胰腺癌中的预后价值	铜依赖基因、相关免疫浸润细胞及胰腺癌患者的预后	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序分析、CIBERSORT	Cox回归、LASSO方法	基因表达数据	训练队列和测试队列来自TCGA数据库，验证队列来自GSE62452数据集
1989	2024-08-08	Identification of novel key genes and potential candidate small molecule drugs in diabetic kidney disease using comprehensive bioinformatics analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.934555 PMID:36035169	research paper	本研究通过综合生物信息学分析，鉴定了糖尿病肾病中的新型关键基因和潜在的小分子候选药物。	首次揭示了糖尿病肾病患者肾脏中浸润免疫细胞的比例显著增高，并通过单细胞转录组学探索了免疫景观。	NA	旨在揭示糖尿病肾病中的基因表达变化，并发现关键基因，为诊断和治疗提供新的分子标记和治疗靶点。	糖尿病肾病患者和健康供体的肾脏样本。	digital pathology	糖尿病肾病	单细胞转录组学, 加权共表达网络分析 (WGCNA), 蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络, 实时定量PCR, 免疫组织化学染色	NA	基因表达数据	包括健康供体、早期和晚期糖尿病肾病患者的肾脏样本
1990	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Smooth Muscle Cells Heterogeneity in Experimental Aortic Dissection 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.836593 PMID:36035191	研究论文	本研究旨在阐明实验性主动脉夹层（AD）中主动脉的细胞景观，并详细阐述不同细胞类型中的平滑肌细胞（SMCs）及其功能	本研究首次提供了从老鼠AD组织中完整的细胞景观，并鉴定了七个核心差异表达基因（DEGs）和八种SMCs亚型	NA	阐明实验性主动脉夹层中主动脉的细胞景观，并详细阐述不同细胞类型中的平滑肌细胞及其功能	实验性主动脉夹层中的主动脉细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	28周龄的雄性Apolipoprotein缺乏（ApoE）小鼠
1991	2024-08-08	Colorectal Cancer Cell Differentiation Trajectory Predicts Patient Immunotherapy Response and Prognosis 2022 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10732748221121382 PMID:36036380	研究论文	本研究旨在探讨结直肠癌细胞的分化状态及其临床意义，并基于结直肠癌的分化相关基因预测患者的免疫反应和预后	本研究结合单细胞测序数据和转录组数据，开发了一种基于结直肠癌分化相关基因的分子分型和预后模型，以预测患者的免疫反应和预后	NA	探讨结直肠癌细胞的分化状态及其临床意义，并预测患者的免疫反应和预后	结直肠癌细胞的分化状态及其相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5种不同的细胞分化亚群和620个结直肠癌分化相关基因
1992	2024-08-08	Genomic insights into the phylogeny and biomass-degrading enzymes of rumen ciliates 2022-12, The ISME journal DOI:10.1038/s41396-022-01306-8 PMID:35986094	研究论文	本研究通过单细胞测序和组装识别流程，获得了52个高质量的瘤胃纤毛虫基因组，解析了其分类和系统发育框架，并揭示了瘤胃纤毛虫广泛的碳水化合物活性酶（CAZymes）以降解各种植物和微生物碳水化合物	首次大规模分析了瘤胃纤毛虫的基因组，揭示了其通过水平基因转移和基因家族扩张获得广泛的碳水化合物活性酶，特别是Diplodiniinae和Ophryoscolecinae物种编码的CAZymes数量与肠道真菌相当	NA	探究瘤胃纤毛虫的基因组多样性和降解酶的遗传基础	瘤胃纤毛虫的基因组和碳水化合物活性酶	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组	52个高质量的瘤胃纤毛虫基因组
1993	2024-08-08	Combined hepatocellular-cholangiocarcinoma derives from liver progenitor cells and depends on senescence and IL-6 trans-signaling 2022-12, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.07.029 PMID:35988690	研究论文	本研究探讨了肝前体细胞在肝细胞癌（HCC）和混合型肝细胞癌-胆管癌（cHCC-CCA）中的作用，并揭示了IL-6跨信号传导在此过程中的重要性。	首次证明cHCC-CCA肿瘤来源于肝前体细胞，并依赖于衰老细胞中的IL-6通过IL-6跨信号传导途径。	NA	确定肝前体细胞是否参与HCC、cHCC-CCA或两种肿瘤的发生。	肝前体细胞在肝细胞癌和混合型肝细胞癌-胆管癌中的作用。	数字病理学	肝癌	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA	使用Mdr2-KOFoxl1-CRE;RosaYFP小鼠模型进行研究。
1994	2024-08-08	Network analysis reveals different hub genes and molecular pathways for pig in vitro fertilized early embryos and parthenogenotes 2022-Dec, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.14231 PMID:35997106	研究论文	本文通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）研究了体外受精早期胚胎和孤雌激活胚胎的母源到合子过渡（MZT）过程中的功能模块和枢纽基因。	首次应用WGCNA分析方法揭示了猪体外受精早期胚胎和孤雌激活胚胎在MZT过程中的不同枢纽基因和分子通路。	NA	深入研究猪胚胎中母源到合子过渡（MZT）的调控和功能。	猪体外受精早期胚胎和孤雌激活胚胎的母源到合子过渡（MZT）过程中的功能模块和枢纽基因。	生物信息学	NA	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	45个单细胞RNA测序数据集
1995	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing dissects cellular heterogeneity and identifies two tumor-suppressing immune cell subclusters in HPV-related cervical adenosquamous carcinoma 2022-12, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28084 PMID:36000446	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人乳头瘤病毒（HPV）相关宫颈腺鳞癌的肿瘤内异质性，识别了七个上皮和十一个免疫亚群	首次详细解析了HPV相关宫颈腺鳞癌的细胞异质性，并发现了两个具有肿瘤抑制作用的免疫细胞亚群	研究样本仅来自两个HPV相关宫颈腺鳞癌样本，可能影响结果的普遍性	探究HPV相关宫颈腺鳞癌的肿瘤内异质性，以改进诊断和治疗策略	HPV相关宫颈腺鳞癌的单细胞RNA测序数据	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	18,046个单细胞样本，以及165名HPV相关宫颈癌患者的数据
1996	2024-08-08	Uptake of Staphylococcus aureus by keratinocytes is reduced by interferon-fibronectin pathway and filaggrin expression 2022-Nov, The Journal of dermatology IF:2.9Q2 DOI:10.1111/1346-8138.16546 PMID:35983802	研究论文	研究探讨了金黄色葡萄球菌（S. aureus）在特应性皮炎（AD）患者皮肤中的吸收机制，以及干扰素-纤维连接蛋白途径和丝聚合蛋白表达对角质形成细胞吸收金黄色葡萄球菌的影响。	首次揭示了干扰素-γ通过调节纤维连接蛋白和丝聚合蛋白表达，影响角质形成细胞对AD型金黄色葡萄球菌的吸收。	研究仅限于细胞水平，未涉及体内实验，且样本量较小。	阐明金黄色葡萄球菌在特应性皮炎患者皮肤中的吸收机制及其影响因素。	金黄色葡萄球菌、角质形成细胞（HaCaT细胞）、干扰素-γ、白细胞介素-4、白细胞介素-13。	NA	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	约100个细胞
1997	2024-08-08	Construction of the prognostic enhancer RNA regulatory network in osteosarcoma 2022-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2022.101499 PMID:36001923	研究论文	本文构建了基于增强子RNA的预测骨肉瘤患者预后的模型，并探索了骨肉瘤发病机制的相关调控网络	首次构建了基于增强子RNA的骨肉瘤预后预测模型，并整合生物信息学分析探索了骨肉瘤发病机制的潜在调控网络	NA	预测骨肉瘤患者的预后并探索骨肉瘤发病机制的调控网络	骨肉瘤中的差异表达增强子RNA、转录因子及其靶基因	数字病理学	骨肉瘤	limma包（线性模型用于微阵列分析）	多元风险预测模型	RNA	3,981个差异表达靶基因，468个差异表达增强子RNA，51个差异表达转录因子，27个差异表达标志性基因集
1998	2024-08-08	Comprehensive identification of immuno-related transcriptional signature for active pulmonary tuberculosis by integrated analysis of array and single cell RNA-seq 2022-11, The Journal of infection IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.jinf.2022.08.017 PMID:36007657	研究论文	本文通过综合分析阵列和单细胞RNA测序数据，全面识别了活动性肺结核的免疫相关转录特征，并探索了潜在的诊断标记物。	本文首次结合阵列和单细胞RNA测序技术，筛选出与结核病高度相关的三个关键免疫相关枢纽基因，并验证了ADM基因在结核病患者中的显著表达增加。	研究样本量较小，需要进一步在大规模队列中验证。	旨在识别活动性肺结核的免疫相关转录特征，并探索潜在的诊断标记物。	研究对象包括结核病、潜伏性结核感染和健康对照的血液样本。	数字病理学	肺结核	阵列和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及成人和儿童的结核病、潜伏性结核感染和健康对照的血液样本
1999	2024-08-08	Single-cell mutation calling and phylogenetic tree reconstruction with loss and recurrence 2022-10-14, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac577 PMID:36000873	研究论文	本文介绍了一种方法，通过建模噪声过程并允许突变在肿瘤进化过程中丢失或重新出现，联合调用每个细胞中的突变，重建细胞间的系统发育关系，并确定突变丢失和重新出现的位置	提出了一个贝叶斯方法，能够准确调用突变并量化预测的确定性，同时展示了允许突变丢失或重新出现的优势	NA	理解每个患者的肿瘤组成和进化历史，为个性化治疗提供关键信息	肿瘤细胞的异质性和进化过程	数字病理学	NA	单细胞测序	贝叶斯模型	单细胞测序数据	NA
2000	2024-08-08	propeller: testing for differences in cell type proportions in single cell data 2022-10-14, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac582 PMID:36005887	研究论文	本文介绍了propeller方法，用于检测单细胞数据中细胞类型比例在不同实验条件下的差异	propeller方法利用生物复制来发现细胞类型比例在组间的统计显著差异，并展示了其在多种场景下的良好表现	NA	开发一种统计方法来准确识别单细胞RNA测序数据中细胞类型组成的统计显著变化	单细胞RNA测序数据中的细胞类型比例	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	数据	数千到数百万的单细胞