单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 4050 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-09-11 |
Biology-inspired data-driven quality control for scientific discovery in single-cell transcriptomics
2022-12-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02820-w
PMID:36575523
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研究论文 | 本文提出了一种基于生物启发的数据驱动质量控制框架，用于单细胞转录组学中的科学发现 | 本文提出了一个无监督的自适应质量控制框架，能够在细胞类型层面进行灵活的数据驱动质量控制，同时保留关键的生物学见解和提高下游分析的效力 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的质量控制方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞质量控制 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种组织、细胞类型、技术、研究条件和物种的样本 |
| 182 | 2024-09-11 |
Diverse monogenic subforms of human spermatogenic failure
2022-12-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35661-z
PMID:36572685
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研究论文 | 本研究通过外显子测序分析了1000多例临床诊断为非阻塞性无精子症（NOA）的病例，发现了20%的病例存在可能的隐性孟德尔遗传原因，并进一步支持了21个基因在2072例病例和11,587例生育对照中的2阶段负担测试结果 | 本研究首次通过外显子测序和单细胞RNA测序数据的整合，揭示了非阻塞性无精子症的分子亚型及其在不同物种中的相似性，为男性不育的复杂遗传学提供了概念框架 | 本研究主要集中在非阻塞性无精子症的遗传基础分析，未涵盖其他类型的男性不育症 | 探讨非阻塞性无精子症的遗传基础，并为男性不育症的分类提供理论依据 | 非阻塞性无精子症病例及其相关基因 | 遗传学 | 男性不育症 | 外显子测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因数据、RNA数据 | 1000多例非阻塞性无精子症病例、2072例病例、11,587例生育对照 |
| 183 | 2024-09-11 |
Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization
2022-12-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04351-3
PMID:36572749
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和开放染色质区域分析，揭示了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因进化 | 首次在单细胞水平上分析了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因表达模式和遗传分化 | NA | 研究全基因组复制后金鱼视网膜基因的早期进化 | 金鱼视网膜的单细胞转录组和开放染色质区域 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据 | 11,444个ohnolog对 |
| 184 | 2024-09-11 |
SpatialCorr identifies gene sets with spatially varying correlation structure
2022-12-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100369
PMID:36590683
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpatialCorr的方法，用于识别具有空间变化相关结构的基因集 | SpatialCorr能够检测基因集在组织区域内的空间诱导相关性差异，这是现有方法无法实现的 | NA | 开发一种新的统计方法，用于识别空间转录组数据中基因集的空间变化相关结构 | 空间转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 185 | 2024-09-11 |
Do Corticosteroid Receptor mRNA Levels Predict the Expression of Their Target Genes?
2022-Dec-15, Journal of the Endocrine Society
IF:3.0Q2
DOI:10.1210/jendso/bvac188
PMID:36578881
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研究论文 | 研究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系 | 探讨了MR和GR mRNA水平与GILZ mRNA表达的相关性，并发现MR mRNA水平在某些情况下可能限制受体作用 | 研究仅限于小鼠模型，且在单细胞水平上的相关性较弱 | 探究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系 | 皮质类固醇受体（MR和GR）及其靶基因GILZ的mRNA表达 | NA | NA | 原位杂交 | NA | mRNA | 雄性小鼠 |
| 186 | 2024-09-11 |
DeepST: identifying spatial domains in spatial transcriptomics by deep learning
2022-12-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac901
PMID:36250636
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepST的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域 | DeepST在基准数据集上表现优于现有的最先进方法，并能有效整合来自多个批次或不同技术的空间转录组数据 | NA | 开发一种准确且通用的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域 | 人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 深度学习 | 深度学习框架 | 空间转录组数据 | 涉及人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据集 |
| 187 | 2024-09-11 |
A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine
2022-11-15, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641
PMID:36384107
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研究论文 | 研究了高脂饮食对小鼠肠道上皮细胞的快速适应性反应 | 首次使用生理指标和单细胞转录组学研究高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应 | 研究仅限于小鼠模型，未探讨其他物种的反应 | 探讨高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应 | 小鼠肠道上皮细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 |
| 188 | 2024-09-11 |
Podocalyxin-Like Protein 1 Regulates Pluripotency through the Cholesterol Biosynthesis Pathway
2022-Nov-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205451
PMID:36373710
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研究论文 | 研究了膜蛋白podocalyxin-like蛋白1（PODXL）通过胆固醇生物合成途径调节多能性的机制 | 首次报道了膜蛋白PODXL调节从头胆固醇生物合成，并发现人类多能干细胞（hPSCs）对胆固醇耗竭比成纤维细胞更敏感 | NA | 揭示信号机制对扩展多能干细胞（EPSC）状态和原始多能性的关键作用，以理解胚胎发育 | 膜蛋白PODXL在扩展和原始多能性中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 189 | 2024-09-11 |
Increased SARS-CoV-2 Infection, Protease, and Inflammatory Responses in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Primary Bronchial Epithelial Cells Defined with Single-Cell RNA Sequencing
2022-09-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202108-1901OC
PMID:35549656
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研究论文 | 研究了慢性阻塞性肺病（COPD）患者的原代支气管上皮细胞在SARS-CoV-2感染后的反应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了COPD患者的支气管上皮细胞对SARS-CoV-2感染的更高易感性及其背后的机制 | 研究仅限于COPD患者的原代支气管上皮细胞，未涉及其他类型的细胞或组织 | 探讨COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性及其背后的分子机制 | COPD患者的原代支气管上皮细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康受试者和COPD患者的原代支气管上皮细胞 |
| 190 | 2024-09-11 |
Electrical stimulation of the splenic nerve bundle ameliorates dextran sulfate sodium-induced colitis in mice
2022-Jun-17, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-022-02504-z
PMID:35715845
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研究论文 | 研究电刺激脾神经束对小鼠DSS诱导的结肠炎的治疗效果 | 首次探讨了电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗价值 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在临床患者中验证 | 探讨电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗效果 | 小鼠DSS诱导的结肠炎 | NA | 炎症性肠病 | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类脾细胞样本 |
| 191 | 2024-09-11 |
A Dual-Filtration System for Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells and Clusters in HCC
2022-06, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1900
PMID:35068084
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研究论文 | 本文评估了一种双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性 | 开发了一种简单的双过滤系统用于分离和测序肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团，并发现这些细胞和细胞团的基因表达与患者的预后相关 | 样本量较小，仅涉及8名患者 | 评估双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性，并探讨其与患者预后的关系 | 肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8名肝细胞癌患者，其中6名患者的循环肿瘤细胞或细胞团可识别，共测序38个循环肿瘤细胞和33个细胞团 |
| 192 | 2024-09-11 |
The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans
2022-05-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abl4896
PMID:35549404
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研究论文 | 本文创建了一个包含24种不同组织和器官的近50万个细胞的人类参考图谱，通过单细胞转录组测序对细胞类型进行分子表征 | 本文首次创建了一个多器官、单细胞转录组的人类图谱，涵盖了24种不同组织和器官的近50万个细胞，并详细分析了细胞类型及其在组织间的分布和基因表达的组织特异性变化 | NA | 通过单细胞转录组测序技术，深入研究人类器官的细胞类型及其分子特征 | 人类24种不同组织和器官的近50万个细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 近50万个细胞，来自24种不同组织和器官 |
| 193 | 2024-09-11 |
Alternative neural systems: What is a neuron? (Ctenophores, sponges and placozoans)
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.1071961
PMID:36619868
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研究论文 | 本文探讨了神经系统的多样性，特别是早期动物分支中独立进化的不同神经整合系统 | 提出了神经元的新定义，并支持神经元和突触的多重起源假说 | NA | 重新定义神经元，并探讨早期动物分支中神经系统的多样性 | 早期动物分支中的神经整合系统，包括栉水母、海绵和扁形虫 | 神经科学 | NA | scRNA-seq 和显微镜技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 194 | 2024-09-11 |
Benchmarking automated cell type annotation tools for single-cell ATAC-seq data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.1063233
PMID:36583014
|
研究论文 | 本文评估了五种单细胞ATAC-seq注释方法的分类准确性和可扩展性 | 首次对单细胞ATAC-seq数据注释方法进行了基准测试 | 研究主要集中在小鼠和人类组织数据上，未涵盖其他物种 | 评估现有单细胞ATAC-seq数据自动注释工具的性能 | 五种单细胞ATAC-seq注释方法在不同数据集上的表现 | 单细胞测序 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 使用来自小鼠和人类组织的公开单细胞数据集，包括脑、肺、肾、PBMC和BMMC |
| 195 | 2024-09-11 |
Nuclear envelope, chromatin organizers, histones, and DNA: The many achilles heels exploited across cancers
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.1068347
PMID:36589746
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综述 | 本文综述了核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响 | 本文探讨了核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中对染色质组织和基因表达的异常调控，并介绍了单细胞测序、成像技术和高级数据挖掘方法在设计靶向癌症细胞生长和增殖的小分子药物中的应用 | NA | 探讨核膜蛋白、组蛋白变体和癌组蛋白在癌症中的异常调控及其对癌症发生的影响 | 核膜蛋白、染色质组织者、组蛋白和DNA | NA | 癌症 | 单细胞测序、成像技术、高级数据挖掘 | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-09-10 |
Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment
2022-12-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02828-2
PMID:36550535
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和批量转录组测序数据，分析了胃癌肿瘤微环境中的关键特征 | 首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中非上皮细胞的类型和转录程序，揭示了与恶性转化相关的细胞类型 | 研究样本仅限于24名未经治疗的胃癌患者，可能无法完全代表所有胃癌病例 | 深入了解胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序，以识别新的潜在生物标志物 | 胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 24名未经治疗的胃癌患者，共96,623个非上皮细胞 |
| 197 | 2024-09-10 |
Single-cell transcriptome reveals dominant subgenome expression and transcriptional response to heat stress in Chinese cabbage
2022-12-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02834-4
PMID:36536447
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序分析了白菜叶在不同细胞类型中的转录组特征及其对高温胁迫的响应 | 首次在单细胞分辨率下分析了白菜叶的转录组特征，并揭示了不同亚基因组在不同细胞类型中的表达差异及高温胁迫下的转录响应 | NA | 研究白菜叶发育过程中的转录调控网络及其对高温胁迫的响应 | 白菜叶的单细胞转录组及其对高温胁迫的响应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 30,000个单细胞 |
| 198 | 2024-09-10 |
Protocol to benchmark gene expression signature scoring techniques for single-cell RNA sequencing data in cancer
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101877
PMID:36595948
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研究论文 | 本文描述了在癌症单细胞RNA测序数据中基准测试基因表达特征评分技术的步骤 | 提出了在基因丢失不均匀的情况下基准测试单细胞RNA测序算法的方法 | NA | 基准测试单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术 | 癌症单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 199 | 2024-09-10 |
Single-Cell DNA Methylation Analysis in Cancer
2022-Dec-14, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14246171
PMID:36551655
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综述 | 本文探讨了单细胞DNA甲基化分析在癌症研究中的潜力及其对临床应用的影响 | 本文介绍了单细胞DNA甲基化分析技术，该技术能够揭示癌症细胞的异质性，识别亚群并追踪细胞谱系 | 本文指出了单细胞DNA甲基化测序技术面临的实验、生物信息学和实际挑战 | 探讨单细胞测序技术在理解癌症生物学中的潜力及其对临床应用的影响 | 癌症细胞的DNA甲基化模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞DNA甲基化测序 | NA | DNA甲基化数据 | NA |
| 200 | 2024-09-10 |
Microbiota-host crosstalk in the newborn and adult rumen at single-cell resolution
2022-12-14, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-022-01490-1
PMID:36514051
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研究论文 | 研究了新生和成年反刍动物瘤胃中微生物与宿主的相互作用，通过单细胞转录组学揭示了瘤胃组织的细胞组成和发育过程中的互惠共生关系 | 首次通过单细胞RNA测序构建了新生和成年反刍动物瘤胃上皮的全面细胞图谱，并揭示了瘤胃发育过程中微生物与宿主的相互作用 | NA | 研究瘤胃发育和功能，并探讨其对牛奶和肉类生产的影响 | 新生和成年反刍动物的瘤胃组织 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 49,689个高质量单细胞 |