单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-15	BASiCS workflow: a step-by-step analysis of expression variability using single cell RNA sequencing data 2022, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.74416.2 PMID:38779464	研究论文	本文介绍了一种使用BASiCS Bioconductor包逐步分析单细胞RNA测序数据中表达变异性的计算工作流程	BASiCS提供了一个集成框架，用于数据标准化、技术噪声量化和下游分析，并在这些步骤中传播统计不确定性	NA	量化已知细胞组内和组间的表达变异性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	BASiCS	RNA测序数据	公开可用的数据集
2	2025-06-30	SH3GLB1-related autophagy mediates mitochondrial metabolism to acquire resistance against temozolomide in glioblastoma 2022-Jul-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02429-8 PMID:35831908	研究论文	研究探讨了SH3GLB1通过自噬调节线粒体功能从而在胶质母细胞瘤中对替莫唑胺产生耐药性的机制	首次揭示了SH3GLB1通过自噬途径调节线粒体代谢功能，进而影响胶质母细胞瘤对替莫唑胺的耐药性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的分子机制	胶质母细胞瘤细胞及动物模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA干扰、基因扩增、单细胞转录组分析	NA	RNA转录组数据、蛋白质表达数据	临床肿瘤样本及在线数据库数据
3	2025-06-26	Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration 2022-03-28, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001 PMID:35316618	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼感觉毛细胞再生过程中基因表达的三个连续阶段	首次在斑马鱼感觉毛细胞再生过程中发现了三个顺序激活的基因模块，并提供了前所未有的时空分辨率	研究结果主要基于斑马鱼模型，可能不完全适用于哺乳动物	理解感觉毛细胞再生的分子机制，并为哺乳动物毛细胞再生提供潜在策略	斑马鱼感觉毛细胞	单细胞转录组学	听力缺陷	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4	2025-06-22	Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35262-w PMID:36496409	研究论文	本研究揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸变的新机制	发现了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路导致视网膜血管生长迟缓和动静脉畸形的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管内皮细胞	血管生物学	视网膜血管疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	三种不同基因敲除小鼠的视网膜组织
5	2025-06-22	mTORC1 links pathology in experimental models of Still's disease and macrophage activation syndrome 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34480-6 PMID:36443301	研究论文	该研究揭示了mTORC1在Still病和巨噬细胞活化综合征病理中的关键作用	首次证明mTORC1激活与Still病和巨噬细胞活化综合征的发病机制直接相关，并发现TSC1/TSC2表达下降与疾病活动性相关	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究mTORC1在Still病和巨噬细胞活化综合征发病机制中的作用	Still病患者和小鼠模型中的单核细胞/巨噬细胞	免疫学	Still病/巨噬细胞活化综合征	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas基因编辑	小鼠疾病模型	转录组数据	小鼠模型和人类患者样本（具体数量未说明）
6	2025-06-14	Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors 2022-11-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq7219 PMID:36417510	研究论文	研究通过转录因子重编程Müller胶质细胞，在成年小鼠视网膜中再生类似神经节细胞的神经元	首次在成年哺乳动物视网膜中通过特定转录因子组合重编程Müller胶质细胞，再生出功能性的神经节样细胞	研究仅在成年小鼠模型中进行，尚未验证在人类或其他哺乳动物中的效果	探索通过转录因子重编程实现成年哺乳动物中枢神经系统神经元再生的可能性	成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞和再生的神经节样细胞	神经再生	青光眼	免疫组织化学、单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和电生理学	NA	基因表达数据、电生理数据	转基因小鼠模型
7	2025-06-07	Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01093-1 PMID:34782740	research paper	该文章介绍了一种名为CELLO-seq的新技术，用于在单细胞水平上测量转座子元件(TEs)的位点特异性表达	开发了结合长读长单细胞RNA测序和计算分析的CELLO-seq技术，解决了短读长测序无法准确定位年轻TEs表达的问题	对于小鼠中极少数非常年轻的转座子元件，仍无法高置信度地映射回参考基因组	研究转座子元件在不同生物过程中的调控作用	小鼠两细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞中的转座子元件	基因组学	NA	CELLO-seq, 长读长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠两细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞
8	2025-06-07	Oral cavity infection by the SARS-CoV-2: emphasizing the essence of masking and peptide therapeutics 2022, The Egyptian journal of medical human genetics DOI:10.1186/s43042-022-00213-z PMID:37521842	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2在口腔中的感染机制，并探讨了口罩预防和肽类治疗的重要性	利用TMPRSS2和PAI-1的结合界面信息设计了一种潜在的治疗性肽，用于抑制TMPRSS2	NA	研究SARS-CoV-2在口腔中的感染机制，并开发潜在的治疗方法	SARS-CoV-2病毒及其在口腔中的感染机制	医学研究	COVID-19	scRNA-Seq	NA	NA	NA
9	2025-06-05	Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma 2022-Sep-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01110-1 PMID:36153593	研究论文	本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和B细胞受体测序等方法，深入分析了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）的肿瘤内异质性和T细胞耗竭现象	首次在PCNSL中揭示了恶性B细胞的转录和空间肿瘤内异质性，并发现T细胞耗竭与恶性细胞共定位的现象	研究样本量有限，且仅来自活检、血液和脑脊液	探究PCNSL的肿瘤内异质性和免疫微环境特征	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞和肿瘤微环境中的T细胞	数字病理学	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、B细胞受体测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	来自活检、血液和脑脊液的PCNSL细胞
10	2025-06-04	Ovarian cancer mutational processes drive site-specific immune evasion 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05496-1 PMID:36517593	研究论文	该研究通过整合全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学和多重免疫荧光技术，分析了42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位，揭示了突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态	首次揭示了卵巢癌突变过程与解剖位置如何共同决定肿瘤微环境的免疫状态，并发现了不同突变类型肿瘤的免疫逃逸机制差异	样本量相对有限（42名患者），且仅针对治疗初治患者进行研究	评估突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态	42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位	数字病理学	卵巢癌	全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	42名患者的160个肿瘤部位
11	2025-06-02	Caspase-Mediated Regulation and Cellular Heterogeneity of the cGAS/STING Pathway in Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Infection 2022-12-20, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02446-22 PMID:36255240	research paper	该研究揭示了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）如何利用caspase活性抑制cGAS DNA传感器，从而阻断I型干扰素（IFN）的抗病毒反应	发现了caspase活性在KSHV裂解复制过程中抑制cGAS的新机制，并通过单细胞RNA测序揭示了极少数IFN-β产生细胞介导的强效抗病毒状态	对caspase如何拮抗KSHV感染期间的IFN信号传导机制理解仍不充分	探究KSHV感染中caspase调节cGAS/STING通路及I型IFN信号的分子机制	卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）感染的细胞	病毒免疫学	卡波西肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
12	2025-05-24	Lysyl oxidase promotes anaplastic thyroid carcinoma cell proliferation and metastasis mediated via BMP1 2022-Jan, Gland surgery IF:1.5Q3 DOI:10.21037/gs-21-908 PMID:35242686	研究论文	本文研究了赖氨酰氧化酶（LOX）和骨形态发生蛋白-1（BMP1）在促进未分化甲状腺癌（ATC）细胞增殖和转移中的作用	揭示了LOX/BMP1轴在ATC恶性进展中的关键作用，为基于该轴的靶向治疗提供了新思路	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索ATC的新型治疗靶点	未分化甲状腺癌细胞	癌症研究	甲状腺癌	单细胞RNA测序、微阵列分析、定量实时PCR、Western blot、siRNA敲低、CCK-8实验、克隆形成实验、伤口愈合实验、Transwell实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	ATC组织和细胞系
13	2025-05-14	Cell type-specific changes identified by single-cell transcriptomics in Alzheimer's disease 2022-11-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01136-5 PMID:36447241	综述	本文综述了单细胞转录组学在阿尔茨海默病研究中揭示的细胞类型特异性变化	整合了多项单细胞转录组学研究的主要发现，并将其置于阿尔茨海默病大规模组学研究的整体背景中	主要基于已有研究数据的整合分析，缺乏新的实验数据支持	探讨阿尔茨海默病中细胞类型组成和分子特征的改变	阿尔茨海默病患者与正常对照的死后人脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞/核RNA-seq, ATAC-seq	NA	转录组数据	多项研究的人脑组织样本（具体数量未说明）
14	2025-05-03	Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics 2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA PMID:36036918	研究论文	本文详细介绍了一种用于冷冻保存小鼠或人类肺组织上皮细胞以保持其表型和功能特性的方法	提出了一种新的冷冻保存方法，能够长期保存远端肺组织的上皮细胞，适用于下游肺细胞功能和分子表型分析	未提及该方法是否适用于其他类型的肺细胞或组织	开发一种有效的冷冻保存方法，以保持远端肺组织上皮细胞的表型和功能特性	人类和小鼠的远端肺组织上皮细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的远端肺组织
15	2025-05-02	CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging 2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC PMID:35687485	研究论文	该研究揭示了CD38在促进肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用	首次发现CD38作为NAD水解酶在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的核心作用，并验证了靶向CD38的治疗潜力	研究主要基于动物模型，人体治疗效果需要进一步验证	探究肺泡上皮细胞CD38在细胞衰老和肺纤维化中的作用机制	特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织和纤维化小鼠模型	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting	小鼠肺纤维化模型	基因表达数据、蛋白质数据	IPF患者肺组织和纤维化小鼠模型
16	2025-04-27	Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis 2022-Oct, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00138-1 PMID:36970396	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，研究了新生儿小鼠心脏中呼肠孤病毒诱导的心肌炎的发病机制	创建了高分辨率、空间解析的转录组图谱，揭示了宿主-病毒相互作用的时空和细胞异质性	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类心肌炎的情况	揭示病毒性心肌炎的发病机制	新生儿小鼠心脏和肠道	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	感染后三个时间点采集的小鼠心脏和肠道样本
17	2025-04-12	The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans 2022-05-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abl4896 PMID:35549404	research paper	该研究创建了一个包含来自24个不同组织和器官的近50万个细胞的人类参考图谱，用于分子表征细胞类型及其在组织间的分布	利用同一供体的多个组织，鉴定了T细胞在组织间的克隆分布、B细胞的组织特异性突变率，并分析了共享细胞类型在组织间的细胞周期状态和增殖潜力	NA	创建人类单细胞转录组图谱，以促进对细胞生物学和人体器官生理学的新理解	人类24个不同组织和器官的近50万个细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	近50万个细胞，来自24个不同组织和器官，许多来自同一供体
18	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
19	2025-04-06	Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain 2022-09-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004 PMID:36179668	研究论文	研究揭示了人类胎儿大脑中血管细胞成熟的关键机制及其与神经发生的相互作用	首次在妊娠中期人类大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型的组合，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中期因子等信号机制促进细胞间通讯和成熟	研究主要关注妊娠中期，未涵盖整个胎儿发育过程	探索人类胎儿大脑血管细胞成熟的机制及其与神经发生的相互作用	人类胎儿大脑中的血管细胞（内皮细胞和周细胞）	发育生物学	NA	荧光激活细胞分选、单细胞转录组学、组织学和超微结构分析	NA	单细胞转录组数据、组织学图像、超微结构数据	妊娠中期人类胎儿大脑样本
20	2025-04-06	Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01200-7 PMID:35552540	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中肾小管细胞与嗜碱性粒细胞的相互作用机制	首次发现促纤维化肾小管细胞通过分泌CXCL1招募CXCR2嗜碱性粒细胞，并证实后者通过产生IL-6促进T17辅助T细胞募集从而驱动肾脏纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩展	阐明肾脏纤维化的免疫调控机制	肾脏纤维化模型小鼠及人类肾脏组织	单细胞生物学	慢性肾脏病	单细胞测序、免疫染色	NA	单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型及人类肾脏组织样本（具体数量未明确说明）