本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-25 |
A time-resolved, multi-symbol molecular recorder via sequential genome editing
2022-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04922-8
PMID:35794474
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DNA Typewriter的体内分子记录系统,通过顺序基因组编辑实现时间分辨、多符号的分子记录 | DNA Typewriter系统克服了现有DNA记忆设备在并发记录符号数量和事件顺序捕获方面的限制,利用CRISPR-Cas9靶点阵列和短插入编辑实现顺序记录 | 作为概念验证研究,系统在体内应用和长期稳定性方面可能仍需进一步优化 | 开发一种能够记录事件顺序和多种符号的体内DNA分子记录系统 | DNA分子记录系统及其在细胞谱系追踪中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因组编辑数据、单细胞RNA测序数据 | 3,257个细胞的单克隆谱系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-18 |
Manifold Interpolating Optimal-Transport Flows for Trajectory Inference
2022-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:37397786
|
研究论文 | 提出了一种名为MIOFlow的方法,用于从稀疏时间点采集的静态快照样本中学习随机、连续的群体动态 | 结合动态模型、流形学习和最优传输,通过训练神经常微分方程在静态群体快照之间进行插值,并利用流形地面距离的最优传输进行惩罚 | 未在摘要中明确说明 | 从静态快照样本推断连续群体动态轨迹 | 模拟数据(含分叉与合并)和scRNA-seq数据(胚状体分化和急性髓系白血病治疗) | 机器学习 | 急性髓系白血病 | scRNA-seq | 神经常微分方程(Neural ODE)、自编码器(GAE) | 单细胞RNA测序数据、模拟数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-03-15 |
NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac108
PMID:35176143
|
研究论文 | 介绍NeuCA网络服务器,一个基于神经网络的单细胞RNA测序细胞注释工具,提供网络应用和图形用户界面 | 首个实现神经网络基础设施的网络应用工具,提供超过20个预训练分类器,用于常见组织类型 | NA | 开发自动分配细胞标签的工具,以促进单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-14 |
Genetic and Transcriptional Contributions to Relapse in Normal Karyotype Acute Myeloid Leukemia
2022-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0050
PMID:35019859
|
研究论文 | 本研究通过增强全基因组测序和深度覆盖单细胞RNA测序,分析了六例正常核型急性髓系白血病患者的初诊和复发样本,以探究复发后的克隆和转录适应机制 | 首次在相同样本中结合增强全基因组测序和深度覆盖单细胞RNA测序,实现了在单个细胞中识别表达突变,揭示了遗传和转录异质性的共同演化,并发现了一种具有干细胞性、静止性和粘附性标记的复发富集白血病细胞状态 | 样本量较小(仅六例),可能限制结果的普遍性,且未明确说明技术平台的具体配置细节 | 探究急性髓系白血病复发过程中克隆和转录适应的机制,以理解基因组、转录组和免疫微环境的相互作用 | 六例正常核型急性髓系白血病患者的初诊和复发样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 增强全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组序列数据,单细胞转录组数据 | 6例患者样本,共142,642个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-13 |
Deciphering cell-cell interactions and communication in the tumor microenvironment and unraveling intratumoral genetic heterogeneity via single-cell genomic sequencing
2022 Jul-Dec, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2023.2185434
PMID:37105769
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术的发展、检测原理、流程及其在肿瘤研究中的应用,并探讨了其潜在的临床应用前景 | 系统性地回顾了scRNA-seq技术如何革新对肿瘤微环境中细胞间相互作用、通讯以及瘤内遗传异质性的理解,并展望了新的癌症治疗策略 | 作为一篇综述文章,未提出新的实验数据或模型,主要基于现有文献进行总结和展望 | 理解肿瘤异质性、克隆起源、进展、干性及耐药性,并探索单细胞测序技术在肿瘤研究和临床治疗中的应用 | 肿瘤微环境中的细胞(包括肿瘤细胞和免疫细胞)及其基因表达模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-06 |
Multi-omic analyses of changes in the tumor microenvironment of pancreatic adenocarcinoma following neoadjuvant treatment with anti-PD-1 therapy
2022-11-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.10.001
PMID:36306792
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析,探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)在接受抗PD-1疗法新辅助治疗后肿瘤微环境的变化 | 首次前瞻性收集并应用多组学分析配对治疗前后的PDAC样本,揭示了GVAX疫苗联合nivolumab治疗中三级淋巴聚集体的免疫调节作用、肿瘤相关中性粒细胞密度与生存率的关系,以及CD137表达在T细胞激活中的关键作用 | 研究样本量有限,且为单中心平台研究,可能影响结果的普遍适用性 | 优化PDAC免疫治疗策略,探索抗PD-1疗法(nivolumab)联合GVAX疫苗的敏感性和耐药机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者治疗前后的肿瘤标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学分析,包括bulk RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 配对治疗前后的PDAC标本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-03-06 |
Comprehensive multi-omics single-cell data integration reveals greater heterogeneity in the human immune system
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105123
PMID:36185375
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SuPERR的新型分析工作流程,用于整合多组学单细胞数据,以提高人类免疫系统中细胞类型识别的分辨率和准确性 | 开发了SuPERR工作流程,通过整合转录组、蛋白质组和细胞受体库信息,首次实现了更精确的细胞聚类和隐藏细胞亚群的发现,同时有效去除细胞双联体和防止细胞类型误分类 | NA | 提高多组学单细胞数据集中细胞类型识别的分辨率和分类准确性,以揭示人类免疫系统中更大的异质性 | 人类免疫系统细胞,包括骨髓中的抗体分泌细胞稀有亚群 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学、蛋白质组学、细胞受体库分析 | NA | 单细胞多组学数据(转录组、蛋白质组、细胞受体库) | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-03-06 |
Early life stress exacerbates obesity in adult female mice via mineralocorticoid receptor-dependent increases in adipocyte triglyceride and glycerol content
2022-Sep-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2022.120718
PMID:35714704
|
研究论文 | 本研究探讨了早期生活压力通过盐皮质激素受体依赖机制加剧成年雌性小鼠肥胖,特别是通过增加脂肪细胞甘油三酯和甘油含量 | 揭示了早期生活压力(MSEW)通过盐皮质激素受体(MR)介导的机制,影响脂肪细胞甘油外流和甘油三酯储存,从而加剧肥胖的新途径 | 研究仅针对雌性小鼠,未涉及雄性;且主要关注内脏脂肪(gWAT),其他脂肪库的影响未明确 | 探究早期生活压力对脂肪组织稳态功能的具体影响,以及盐皮质激素受体在介导肥胖反应中的作用 | 雌性小鼠的性腺白色脂肪组织(gWAT) | NA | 肥胖 | 脂质组学、转录组学、单细胞RNA测序、体外脂解实验 | NA | 脂质组学数据、转录组学数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,但涉及肥胖雌性MSEW小鼠与对照组的比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-03-06 |
NFkB-signaling promotes glial reactivity and suppresses Müller glia-mediated neuron regeneration in the mammalian retina
2022-07, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24181
PMID:35388544
|
研究论文 | 本研究探讨了NFkB信号通路在哺乳动物视网膜中如何影响胶质细胞对损伤的反应以及Müller胶质细胞向神经元重编程的过程 | 揭示了NFkB信号在损伤后Müller胶质细胞中的激活作用,并证明抑制NFkB能增强Ascl1过表达的Müller胶质细胞向神经元样细胞的重编程 | 研究主要基于啮齿动物视网膜模型,可能无法完全反映人类视网膜的再生机制 | 探究NFkB信号通路在调节哺乳动物视网膜Müller胶质细胞介导的神经元再生中的作用 | 啮齿动物视网膜中的Müller胶质细胞 | 神经再生 | 视网膜损伤 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-03-06 |
Fetal vs adult megakaryopoiesis
2022-06-02, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020009301
PMID:35108353
|
综述 | 本文综述了胎儿与成人巨核细胞生成的差异,探讨其分子机制、发育调控及临床意义 | 挑战传统观念,提出胎儿和新生儿巨核细胞生成具有发育独特的增殖、多倍体化和细胞质成熟解耦特征,而非“不成熟”,并强调单细胞RNA测序技术对巨核细胞亚群功能分化的新见解 | NA | 比较胎儿与成人巨核细胞生成的生物学差异,并探讨其分子机制和临床相关性 | 胎儿、新生儿和成人的巨核细胞及其前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-03-06 |
Decoding the pathogenesis of Diamond-Blackfan anemia using single-cell RNA-seq
2022-May-10, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00389-z
PMID:35534476
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA-seq技术分析了Diamond-Blackfan贫血(DBA)患者的纯化红细胞祖细胞转录组,揭示了红细胞祖细胞周期异常与DBA发病机制的关联,并发现干扰素介导的细胞周期控制是糖皮质激素临床疗效的基础 | 首次在单细胞水平上解码DBA的发病机制,揭示了红细胞祖细胞在S期进入时面临复制压力并激活P53信号通路,同时发现干扰素通路在治疗响应中的作用,为DBA提供了新的替代治疗策略 | 研究样本量有限,且主要基于转录组分析,未深入探讨蛋白质水平或体内验证,可能影响结论的普适性 | 解码Diamond-Blackfan贫血的发病机制,并探索新的治疗策略 | DBA患者的纯化红细胞祖细胞,分为未治疗、糖皮质激素响应和非响应三组 | 数字病理学 | 贫血 | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 来自DBA患者骨髓的纯化红细胞祖细胞样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-06 |
Where Are They Now: Spatial and Molecular Diversity of Tissue-Resident Macrophages in the Kidney
2022-05, Seminars in nephrology
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.semnephrol.2022.10.002
PMID:36435683
|
综述 | 本文综述了肾脏驻留巨噬细胞(KRMs)在肾脏中的空间和分子多样性,及其在稳态、疾病和修复中的作用 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了KRMs的异质性,识别了分子、功能和空间上不同的亚群及其在肾损伤后的动态变化 | NA | 探讨肾脏驻留巨噬细胞的多样性和功能,以促进肾脏疾病的治疗和肾脏健康 | 肾脏驻留巨噬细胞(KRMs) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-03-06 |
Urine Single-Cell RNA Sequencing in Focal Segmental Glomerulosclerosis Reveals Inflammatory Signatures
2022-Feb, Kidney international reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.ekir.2021.11.005
PMID:35155868
|
研究论文 | 本研究利用尿液单细胞RNA测序技术,揭示了局灶节段性肾小球硬化症患者尿液细胞中的炎症特征和足细胞上皮-间质转化特征 | 首次在FSGS患者尿液中进行单细胞RNA测序分析,识别出单细胞亚型和足细胞特异性表达特征,并验证了这些特征在肾活检组织中的表达差异 | 样本量较小(12名患者,17份尿液样本),且为横断面研究,无法追踪疾病进展过程中的动态变化 | 探索FSGS患者尿液细胞中的疾病相关分子特征,评估尿液细胞分析作为诊断和预后工具的潜力 | 局灶节段性肾小球硬化症患者的尿液细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名FSGS患者,共17份尿液样本,捕获为23个尿液细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-06 |
Allelic variation in class I HLA determines CD8+ T cell repertoire shape and cross-reactive memory responses to SARS-CoV-2
2022-01-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abk3070
PMID:34793243
|
研究论文 | 本研究应用单细胞多组学技术,分析了四种主要HLA I类等位基因下CD8 T细胞对SARS-CoV-2的应答特征 | 首次统一表征了不同HLA I类等位基因如何影响CD8 T细胞对SARS-CoV-2的表位特异性、TCR多样性和记忆T细胞库的利用 | 仅关注了四种主要HLA I类等位基因,可能未涵盖所有遗传变异的影响 | 探究HLA I类等位基因变异如何塑造CD8 T细胞对SARS-CoV-2的免疫应答和记忆反应 | SARS-CoV-2感染相关的CD8 T细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞多组学技术 | NA | 单细胞转录组和TCR序列数据 | 未明确指定样本数量,但涉及四种HLA I类等位基因的CD8 T细胞分析 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-03-06 |
IL-17 Producing Lymphocytes Cause Dry Eye and Corneal Disease With Aging in RXRα Mutant Mouse
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.849990
PMID:35402439
|
研究论文 | 本研究探讨了RXRα突变小鼠中IL-17相关机制在干眼病发展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合流式细胞术和共聚焦显微镜,揭示了RXRα突变导致γδ T细胞中IL-17表达增加,从而促进干眼病发展的机制 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证,且未探讨其他免疫细胞类型在干眼病中的潜在作用 | 研究RXRα突变小鼠中IL-17相关机制如何导致干眼病和角膜疾病 | Pinkie小鼠(RXRα功能缺失突变)和野生型C57BL/6小鼠的角膜、结膜组织及免疫细胞 | 数字病理学 | 干眼病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、共聚焦显微镜 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | Pinkie小鼠和野生型C57BL/6小鼠的角膜和结膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-03-02 |
Endocardium-to-coronary artery differentiation during heart development and regeneration involves sequential roles of Bmp2 and Cxcl12/Cxcr4
2022-11-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.10.007
PMID:36347256
|
研究论文 | 本研究通过小鼠遗传学和单细胞RNA测序,揭示了心内膜细胞在心脏发育和再生中分化为冠状动脉的分子机制,特别是Bmp2和Cxcl12/Cxcr4信号通路的顺序作用 | 利用时间特异性谱系追踪和新的CXCR4活性报告小鼠系,精确评估了CXCL12/CXCR4信号在动脉形态发生而非血管生成中的特异性作用,并识别了Bmp2表达过渡群体在中期妊娠中的关键角色 | 研究主要基于小鼠模型,可能不完全适用于人类心脏再生,且未详细探讨成年心脏中的再生潜力 | 探究心内膜细胞分化为冠状动脉的分子机制,以促进心脏损伤后的血管再生 | 小鼠心脏发育过程中的心内膜细胞和冠状动脉内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-03-02 |
Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors
2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898
PMID:36007098
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探究了腱鞘巨细胞瘤中的细胞相互作用 | 首次在单细胞水平识别TGCT中的两种复发性肿瘤细胞群,并发现其与正常滑膜细胞高度相似,同时揭示了肿瘤细胞不表达CSF1R,为治疗靶点提供了新见解 | 样本量较小(仅3个TGCT和2个GCTB样本),可能限制结果的普适性 | 探究腱鞘巨细胞瘤中的细胞相互作用及潜在治疗靶点 | 腱鞘巨细胞瘤和骨巨细胞瘤样本中的细胞 | 单细胞组学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 长读长RNA测序, 免疫荧光, 免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 18,788个单细胞,来自3个TGCT和2个GCTB样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-03-02 |
Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34185-w
PMID:36323668
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法,用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位 | Tempo结合了昼夜节钟的领域知识,并量化了相位估计的不确定性,相比现有方法提供了更准确的相位估计和校准良好的不确定性量化 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一种计算方法来准确推断单细胞转录组数据中的昼夜节律相位,并量化估计不确定性 | 单细胞转录组数据,特别是与昼夜节律相关的数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯变分推断 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-03-02 |
SARS-CoV-2 infection of human pluripotent stem cell-derived liver organoids reveals potential mechanisms of liver pathology
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105146
PMID:36128218
|
研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞衍生的肝脏类器官模拟SARS-CoV-2感染,揭示了病毒感染导致的肝脏病理机制 | 首次使用人诱导多能干细胞衍生的肝脏类器官模型研究SARS-CoV-2感染对肝脏的影响,并结合单细胞测序技术揭示了感染细胞与未感染旁观者细胞的转录组变化 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂的肝脏微环境 | 探究SARS-CoV-2感染导致肝脏病理的潜在分子机制 | 人诱导多能干细胞衍生的肝脏类器官 | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞测序 | 类器官模型 | 转录组数据 | 未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-03-02 |
Erythroblastic islands foster granulopoiesis in parallel to terminal erythropoiesis
2022-10-06, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022015724
PMID:35862735
|
研究论文 | 本研究通过多光谱成像流式细胞术、体外岛重构和单细胞RNA测序,揭示了小鼠骨髓中红系母细胞岛(EBI)不仅是红系终末分化的场所,还支持粒系终末分化,并展示了其巨噬细胞亚群的异质性 | 首次证明红系母细胞岛(EBI)同时作为红系和粒系终末分化的双重微环境,并揭示了巨噬细胞亚群在病理生理状态下的动态调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;单细胞测序样本量有限,可能未完全覆盖所有细胞亚群 | 探究骨髓中红系母细胞岛(EBI)的精确组成及其在造血微环境中的功能 | 成年小鼠骨髓中的红系母细胞岛组分细胞,包括巨噬细胞、红系前体细胞和中性粒细胞前体细胞 | 数字病理学 | NA | 多光谱成像流式细胞术、体外岛重构、单细胞RNA测序、细胞转录组和表位测序索引 | NA | 图像、单细胞转录组数据 | 成年小鼠骨髓样本,通过梯度沉降富集EBI组分细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |