单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-17	Granzyme K+ CD8 T cells form a core population in inflamed human tissue 2022-06-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abo0686 PMID:35704599	研究论文	研究发现在炎症组织中，表达颗粒酶K（GzmK）的CD8 T细胞构成了一个核心群体，并在类风湿性关节炎（RA）等疾病中发挥重要作用	首次发现CD8 T细胞在类风湿性关节炎等疾病中具有显著的炎症驱动作用，并且这些细胞在多种组织和疾病中广泛存在	研究主要集中在类风湿性关节炎和少数其他疾病，未来需要进一步验证这些发现在更广泛疾病中的适用性	探讨CD8 T细胞在炎症组织中的作用及其在不同疾病中的分布	类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的CD8 T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA数据、流式细胞数据	涉及类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的多种组织样本
2	2024-12-17	Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2022-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01022-8 PMID:35260865	研究论文	本文探讨了单细胞测序实验中酶解组织对基因表达的影响，并提出了一种新的方法来减少这种影响	提出了一个严格验证的协议，保留了体内转录组特征和细胞类型多样性，并揭示了人类死后脑组织中单核RNA测序数据中的类似特征	仅在鼠脑和人脑组织中进行了验证，尚未在其他物种或组织类型中进行测试	解决单细胞测序中酶解组织引起的基因表达变化问题	鼠脑和人脑组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼠脑和人脑组织样本
3	2024-12-17	Dynamic Molecular Profiles of Bone Marrow-Derived Osteoblasts at the Single-Cell Level 2022, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2022068030097 PMID:36689316	研究论文	研究探讨了单细胞水平上骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹，并识别了不同亚群的特征基因和信号通路	研究仅限于小鼠骨髓细胞，未涉及人类样本	揭示成骨细胞的异质性及其发育机制，为骨骼系统疾病的研究提供新思路	骨髓来源的成骨细胞及其在单细胞水平上的分子特征	数字病理学	骨骼系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠骨髓细胞的单细胞测序数据
4	2024-12-15	HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs 2022-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2022.2031583 PMID:35166645	研究论文	研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异，并探讨了E2F转录程序的作用	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了未感染细胞、携带前整合复合物（PIC）的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组，揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化	研究主要集中在转录组水平，未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化	探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系	HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译	分子生物学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
5	2024-12-15	scAllele: A versatile tool for the detection and analysis of variants in scRNA-seq 2022-Sep-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn6398 PMID:36054357	研究论文	本文介绍了一种名为scAllele的工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测和分析变异	scAllele能够检测单核苷酸变异、插入、删除及其与剪接模式的等位基因连锁，并支持等位基因特异性剪接分析，这是其他方法不具备的独特功能	NA	开发一种能够从单细胞RNA测序数据中提取多层次信息并揭示新生物学见解的工具	单细胞RNA测序数据中的变异及其与剪接模式的关联	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6	2024-12-14	A high OXPHOS CD8 T cell subset is predictive of immunotherapy resistance in melanoma patients 2022-01-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20202084 PMID:34807232	研究论文	研究通过单细胞转录组学发现了一种高氧化磷酸化（OXPHOS）的CD8 T细胞亚群，该亚群在黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂（ICI）疗法的耐药性相关，并开发了一种基于该细胞亚群转录组特征的ICI疗法反应预测模型	首次发现并验证了高OXPHOS的CD8 T细胞亚群（CD8+ TOXPHOS细胞）与黑色素瘤患者ICI疗法耐药性的关联，并开发了基于该细胞亚群的预测模型	NA	研究黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂疗法耐药性相关的免疫细胞亚群，并开发预测ICI疗法反应的模型	黑色素瘤患者的CD8 T细胞亚群及其与ICI疗法耐药性的关系	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个验证队列中的黑色素瘤患者
7	2024-12-14	Cancer-Associated Fibroblasts and Squamous Epithelial Cells Constitute a Unique Microenvironment in a Mouse Model of Inflammation-Induced Colon Cancer 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.878920 PMID:35600339	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重免疫荧光成像（MxIF）分析了两种小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境差异	发现了AOM/DSS模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）和鳞状上皮细胞的独特微环境，并揭示了它们与肿瘤细胞的潜在机制联系	NA	揭示炎症诱导的结直肠癌模型中肿瘤微环境的复杂性	小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光成像（MxIF）	NA	基因表达数据，图像	两种小鼠结直肠癌模型（Lrig1;Apc和AOM/DSS）
8	2024-12-12	Single-cell transcriptomics identifies conserved regulators of neuroglandular lineages 2022-09-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111370 PMID:36130520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了刺胞动物Nematostella vectensis中神经和腺体细胞谱系的共同起源和调控机制	首次揭示了神经元、刺细胞和腺细胞来自一个共同的多能祖细胞，并发现了保守的转录因子SoxC在调控这些谱系中的关键作用	研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis，可能无法完全代表所有生物的神经和腺体细胞谱系	探讨神经元与其他分泌细胞类型的进化起源及其关系	刺胞动物Nematostella vectensis中的神经元、刺细胞和腺细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9	2024-12-12	A dynamic single cell-based framework for digital twins to prioritize disease genes and drug targets 2022-05-06, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01048-4 PMID:35513850	研究论文	本文提出了一种基于动态单细胞的框架，用于数字孪生模型中优先筛选疾病基因和药物靶点	本文的创新点在于开发了一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，并在细胞组和全基因组范围内优先筛选上游调控基因（URs），以用于生物标志物和药物发现	本文的局限性在于多向网络的缺乏线性层次结构和时间依赖性变化，增加了URs优先筛选的复杂性	本文的研究目的是开发一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，以优先筛选上游调控基因（URs），用于生物标志物和药物发现	本文的研究对象是季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多细胞网络模型（MNMs）	时间序列单细胞RNA测序数据	季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）
10	2024-12-12	scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data 2022-Jan-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04574-5 PMID:35038984	研究论文	scAnnotatR是一个用于单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的R包框架	scAnnotatR使用分层组织的SVM来区分特定细胞类型与其他类型，并能处理包含超过600,000个细胞的数据集	NA	开发一种能够准确分类单细胞RNA测序数据中细胞类型的工具	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	SVM	基因表达数据	超过600,000个细胞
11	2024-12-12	Comparative Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Genes Involved in Bivalve Embryonic Shell Formation and Questions Ontogenetic Homology of Molluscan Shell Types 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.883755 PMID:35813198	研究论文	通过单细胞转录组学比较分析，揭示了双壳类胚胎壳形成过程中涉及的新基因，并质疑了软体动物壳类型的个体发育同源性	首次使用单细胞RNA测序技术分析了斑马贻贝胚胎和幼虫壳形成过程中表达的基因，发现胚胎和幼虫壳分泌过程中基因表达的显著差异，并提出了关于软体动物壳形成基因的进化问题	研究仅限于斑马贻贝，且缺乏对其他软体动物胚胎壳形成基因的详细注释	探讨软体动物胚胎和幼虫壳形成过程中涉及的基因及其进化机制	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成组织
12	2024-12-11	Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors 2022-11-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq7219 PMID:36417510	研究论文	研究通过过表达特定的转录因子，在成年小鼠视网膜中重新编程Müller胶质细胞以再生类似神经节细胞的细胞	首次展示了通过靶向过表达发育性视网膜神经节细胞转录因子，在成年小鼠视网膜中再生类似神经节细胞的能力	研究仅在成年小鼠视网膜中进行，尚未在其他物种或神经系统中验证	探索通过转录因子调控在成年哺乳动物视网膜中再生特定类型神经元的可能性	成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞和神经节样细胞	神经科学	NA	免疫组织化学、单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序和电生理学	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据和电生理数据	成年小鼠视网膜样本
13	2024-12-11	Multiscale PHATE identifies multimodal signatures of COVID-19 2022-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01186-x PMID:35228707	研究论文	本文介绍了一种名为Multiscale PHATE的方法，通过扫描数据的所有粒度级别来学习直接预测疾病结果的抽象生物特征	提出了Multiscale PHATE方法，结合扩散凝聚过程，能够在不同分辨率下分析数据拓扑结构，从而提取生物学见解	NA	开发一种能够处理复杂和高维数据的计算工具，以提取生物学见解	COVID-19患者的细胞数据，包括5400万细胞来自168名住院患者	生物信息学	COVID-19	Multiscale PHATE, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单细胞转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq)	NA	细胞数据	5400万细胞来自168名住院患者
14	2024-12-10	Differential abundance testing on single-cell data using k-nearest neighbor graphs 2022-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01033-z PMID:34594043	研究论文	本文介绍了一种名为Milo的统计框架，通过在k近邻图上分配细胞到部分重叠的邻域来进行单细胞数据的差异丰度测试	Milo能够识别被离散化成簇的细胞所掩盖的扰动，并保持批次效应下的错误发现率控制，优于其他差异丰度测试策略	NA	开发一种新的统计框架，用于在单细胞数据中进行差异丰度测试，以克服现有方法的局限性	单细胞RNA测序数据和模拟数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	NA
15	2024-12-08	Differential expression of single-cell RNA-seq data using Tweedie models 2022-08-15, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.9430 PMID:35656596	研究论文	本文提出使用Tweedie广义线性模型来建模跨平台单细胞RNA测序数据的技术变异性，并比较了其与现有差异表达方法的性能	本文提出了一种新的Tweedie广义线性模型和零膨胀Tweedie模型，用于建模单细胞RNA测序数据中的技术变异性和零膨胀现象	NA	研究如何更好地识别单细胞RNA测序数据中的差异表达特征	单细胞RNA测序数据中的差异表达特征	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Tweedie广义线性模型	基因表达数据	使用了合成数据和已发表的基于板和液滴的单细胞RNA测序数据集
16	2024-12-08	A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike 2022-08-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32232-0 PMID:35927266	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体起源和特性，特别是针对S蛋白S2亚基上的非中和表位的抗体	发现了一类针对SARS-CoV-2 S蛋白S2亚基上非中和表位的抗体，这些表位在疫苗使用的S蛋白从原生预融合状态转变时暴露	NA	理解SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体的益处和潜在不足	SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞的特征和起源	NA	NA	流式细胞术和单细胞测序	NA	细胞	未暴露个体的SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞
17	2024-12-08	Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac035 PMID:35651651	研究论文	本文研究了内部oligo(dT)引物在bulk和单细胞RNA测序计数数据中引入的系统性偏差	开发了一种计算算法，用于识别和移除由内部oligo(dT)引物引起的测序读段对齐，从而改进基因表达测量	仅限于研究内部oligo(dT)引物对基因表达量化的影响，未涵盖其他可能的偏差来源	探讨内部oligo(dT)引物对bulk和单细胞RNA测序数据中基因表达量化的影响	多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序平台数据	基因组学	NA	RNA测序	计算算法	RNA测序数据	多个公共数据集
18	2024-12-08	Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1034159 PMID:36532041	研究论文	通过单细胞多组学技术研究COVID-19阳性、康复和健康个体中的抗原呈递、免疫反应和T细胞激活的动态变化	首次使用单细胞多组学技术研究COVID-19康复个体中的免疫反应动态变化	研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性	深入理解COVID-19感染后的免疫反应动态变化，特别是康复患者的免疫状态	COVID-19阳性、康复和健康个体的免疫细胞	免疫学	COVID-19	单细胞多组学（全转录组分析和抗体测序）	贝叶斯网络模型	单细胞转录组和表面标记数据	33个个体（健康=4，COVID-19阳性=16，COVID-19康复=13），共163,197个细胞（数据质控后124,726个细胞）
19	2024-12-06	APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes 2022-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05439-w PMID:36385529	研究论文	研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成	首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系	研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制	深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会	APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析	NA	基因表达数据，组织学和脂质组学数据	死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠
20	2024-12-06	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	本研究通过CRISPR干扰筛选结合单细胞转录组学技术，系统研究了人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞在细胞因子诱导下的炎症反应机制	首次系统性地揭示了IL-6和干扰素信号通路在NF-κB激活下游驱动两种不同的炎症反应特征，并验证了这些特征在不同实验模型中的普遍性	研究主要基于体外模型和转基因小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	揭示星形胶质细胞在炎症反应中的分子调控机制，为开发针对性治疗策略提供理论基础	人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞及其在炎症反应中的分子调控机制	细胞生物学	神经退行性疾病	CRISPR干扰筛选、单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞和小鼠模型