单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Mouse primordial germ-cell-like cells lack piRNAs 2022-12-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.004 PMID:36473462	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和小RNA测序发现，体外分化的第6天小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）缺乏piRNA及其通路因子的完整表达	首次证明体外培养的mPGCLCs在分化早期阶段未能建立功能性piRNA通路，与体内E13.5及之后性原细胞的状态存在显著差异	研究仅针对特定分化时间点（第6天）的mPGCLCs，未涵盖更晚期的分化阶段或体内验证	探究体外分化的小鼠原始生殖细胞样细胞中piRNA通路的发育状态	小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、小RNA测序	NA	RNA测序数据、基因表达数据	多株第6天mPGCLC细胞系
2	2025-09-13	Comparative analysis of transcriptome remodeling in plaque-associated and plaque-distant microglia during amyloid-β pathology progression in mice 2022-Sep-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02581-0 PMID:36153535	研究论文	本研究通过结合激光捕获显微切割和RNA测序技术，比较分析了阿尔茨海默病小鼠模型中斑块相关和斑块远离小胶质细胞在Aβ病理进展中的转录组重塑差异	首次直接分离并对比分析斑块相关和斑块远离小胶质细胞的转录组动态变化，避免了传统纯化方法引起的转录组改变，并保留了空间信息	研究基于小鼠模型，虽在人类死后脑组织中验证了部分发现，但仍需进一步临床验证	阐明斑块相关和斑块远离小胶质细胞在阿尔茨海默病Aβ病理进展中的不同贡献和作用机制	APP/PS1转基因AD小鼠模型的小胶质细胞及人类死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	激光捕获显微切割, RNA-seq, scRNA-seq	NA	转录组数据	AD小鼠模型在疾病早期、中期和晚期三个关键阶段的小胶质细胞样本
3	2025-09-06	Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens 2022-12, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00951-w PMID:36357512	研究论文	利用图神经网络分析组织样本中的空间蛋白质谱以表征肿瘤微环境	提出基于局部子图的图神经网络方法，捕捉与临床结果相关的独特细胞相互作用，相比基于细胞类型局部组成的深度学习方法显著提升预测准确性	NA	识别与癌症复发和患者生存相关的空间模式	人类头颈癌和结直肠癌组织样本	数字病理	癌症	40-plex免疫荧光成像	图神经网络（GNN）	空间蛋白质谱图像数据	NA
4	2025-09-06	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本研究揭示了JAG1-NOTCH4机械感应通路通过调节内皮细胞异质性促进动脉粥样硬化的机制	首次发现JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并证明其通过调控内皮细胞亚群促进动脉粥样硬化	NA	探究紊乱血流通过JAG1-NOTCH4信号通路促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和小鼠动脉、培养的人冠状动脉内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、光片成像	NA	基因表达数据、成像数据	多种动物模型和细胞培养样本
5	2025-09-02	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM，并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩大样本量	探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型	小鼠模型和人类脑组织（额上回和内嗅皮层）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本（具体数量未明确说明）
6	2025-08-31	Single-cell transcriptomics and cell-specific proteomics reveals molecular signatures of sleep 2022-08-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03800-3 PMID:35986171	研究论文	通过单细胞转录组学和细胞特异性蛋白质组学揭示睡眠的分子特征	结合单细胞RNA测序和细胞类型特异性蛋白质组学，首次在多脑区及细胞层面系统解析睡眠需求的分子机制	NA	探究睡眠的分子调控机制	大脑三个关键睡眠相关区域（脑干、皮层、下丘脑）的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 细胞类型特异性蛋白质组学, 磷酸化蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	NA
7	2025-08-29	Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.853035 PMID:35586548	研究论文	本研究揭示顺铂通过靶向酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元亚群及K+通道导致神经毒性	首次在单细胞层面鉴定顺铂特异性靶向TH阳性DRG神经元亚群，并发现K2P18.1钾通道的关键作用	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究顺铂化疗诱导外周神经病变的细胞机制和维生素E的神经保护潜力	小鼠酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元	神经科学	化疗诱导外周神经病变	单细胞转录组分析、电生理记录、异源表达	NA	转录组数据、电生理数据	野生型和维生素E缺乏小鼠的TH阳性DRG神经元
8	2025-08-12	ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics 2022-07-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02729-4 PMID:35879727	研究论文	介绍了一种名为Zeta的新统计方法和软件包ZetaSuite，用于分析二维高通量数据	开发了Zeta统计方法和ZetaSuite软件包，用于处理二维高通量数据，特别是在多靶点筛选和单细胞转录组学中的应用	未提及具体的技术限制或数据处理的局限性	解决二维高通量数据分析中的挑战，特别是在功能基因组学研究中的应用	二维高通量数据，包括RNAi筛选、癌症依赖性筛选和单细胞转录组学数据	生物信息学	NA	RNAi筛选、单细胞转录组学	NA	二维高通量数据	NA
9	2025-08-09	Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning 2022-01-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02581-y PMID:35101061	research paper	介绍了一个名为tricycle的R/Bioconductor包，用于通过单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置	利用细胞周期的生物学特征、周期性函数主成分分析的数学特性以及迁移学习，开发了一种通用的细胞周期位置预测方法	NA	开发一种通用的方法来高分辨率推断细胞周期位置	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	迁移学习	RNA-seq数据	NA
10	2025-07-29	Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses 2022-Dec-05, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01064-3 PMID:36464714	research paper	比较半自动与手动封闭系统在人卵母细胞玻璃化冷冻中的效果，包括存活率和转录组分析	首次评估半自动玻璃化冷冻系统在人卵母细胞冷冻中的效率，并通过单细胞RNA-seq技术分析转录组后果	研究中仅发现5个差异表达基因，且未观察到紧密的转录组特征	评估半自动与手动卵母细胞玻璃化冷冻技术的效率及转录组影响	人卵母细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
11	2025-07-29	Uncoupling immune trajectories of response and adverse events from anti-PD-1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2022-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.03.039 PMID:35430299	研究论文	本研究旨在解析肝细胞癌患者接受抗PD-1治疗时的免疫轨迹及反应机制，同时探讨免疫相关不良事件（irAEs）的关联	识别了与抗PD-1治疗反应和irAEs相关的CXCR3+CD8+效应记忆T细胞和CD11c+抗原呈递细胞，并提出了新的联合免疫治疗方案以增强疗效而不增加irAEs	样本量相对较小（新加坡队列32例患者，韩国队列29例患者），且需要进一步验证新联合免疫治疗方案的临床效果	解析肝细胞癌患者接受抗PD-1治疗时的免疫轨迹及反应机制，并探讨免疫相关不良事件的关联	肝细胞癌患者	免疫治疗	肝细胞癌	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠肝细胞癌模型	血液样本、肿瘤活检样本	新加坡队列32例患者（60份血液样本），韩国队列29例患者，20份肿瘤活检样本
12	2025-07-26	T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma 2022-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01623-z PMID:35027754	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗时，T细胞特征与毒性反应之间的关系	首次发现循环中激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个预处理因素与严重irAE发展相关	样本量相对较小(n=27, 26和18)，且仅针对黑色素瘤患者	探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征	接受抗PD-1单药或抗PD-1与抗CTLA-4联合ICIs治疗的黑色素瘤患者	免疫学	黑色素瘤	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、批量RNA测序和批量T细胞受体(TCR)测序	NA	血液样本	93份治疗前和早期治疗血液样本，3个患者队列(n=27, 26和18)
13	2025-07-24	Generation of human islet cell type-specific identity genesets 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29588-8 PMID:35440614	研究论文	通过单细胞转录组学元分析，识别并构建了描述人类胰岛α、β、γ和δ细胞身份的基因集	这些基因集比之前发表的基因集更能定义胰岛细胞身份，并揭示了胚胎胰腺发育或实验设置中细胞身份变化的遗传机制	未明确提及研究的局限性	开发用于评估胰岛细胞身份的可靠工具，以支持基于细胞的糖尿病治疗	人类胰岛α、β、γ和δ细胞	生物医学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
14	2025-07-24	MUC1-C integrates type II interferon and chromatin remodeling pathways in immunosuppression of prostate cancer 2022, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2029298 PMID:35127252	研究论文	该研究揭示了MUC1-C蛋白在前列腺癌免疫抑制中整合II型干扰素和染色质重塑途径的机制	首次证明MUC1-C通过调控IFNGR1表达和NuRD复合物激活，将II型IFN-γ通路与染色质重塑联系起来，促进前列腺癌免疫逃逸	研究主要基于CRPC细胞模型，临床样本验证仍需扩大	阐明MUC1-C在前列腺癌免疫抑制中的分子机制	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	CRPC肿瘤样本和单细胞RNA测序数据
15	2025-07-23	Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment 2022-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019 PMID:36516855	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了健康脑老化和认知障碍期间脑脊液免疫系统的变化	揭示了单核细胞中脂质转运基因随年龄上调的现象，并在认知障碍患者中发现了脂质转运基因下调及CXCL16-CXCR6信号通路的异常	样本量较小，认知障碍患者仅14例，可能影响结果的普遍性	探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍期间的变化	45名54至82岁的认知正常受试者和14名认知障碍受试者的脑脊液样本	生物医学研究	认知障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	59名受试者（45名认知正常，14名认知障碍）
16	2025-07-23	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	通过CRISPRi筛选和单细胞转录组学技术，研究人类iPSC衍生的星形胶质细胞中炎症反应状态的调控机制	首次在人类iPSC衍生的星形胶质细胞中应用CRISPR干扰筛选技术，结合单细胞转录组学，系统性地研究了炎症反应状态的分子机制	研究主要基于体外培养的星形胶质细胞，可能无法完全反映体内复杂的微环境	阐明星形胶质细胞在不同炎症反应状态下的分子调控机制	人类iPSC衍生的星形胶质细胞	细胞生物学	阿尔茨海默病, 缺氧缺血性脑病	CRISPRi, 单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
17	2025-07-23	Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01091-3 PMID:34764492	研究论文	介绍了一种名为Scissor的方法，通过整合单细胞和批量表达数据来识别与特定表型相关的细胞亚群	Scissor方法首次实现了通过整合单细胞和批量表达数据直接关联细胞簇与特定表型	未提及方法在更大规模数据集上的验证情况	开发一种能够识别与表型相关细胞亚群的计算方法	单细胞RNA测序数据和批量表达数据	生物信息学	肺癌、黑色素瘤、面肩肱型肌营养不良症、阿尔茨海默病	scRNA-seq	回归模型	基因表达数据	NA
18	2025-07-22	Aging compromises human islet beta cell function and identity by decreasing transcription factor activity and inducing ER stress 2022-Oct-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo3932 PMID:36197983	研究论文	本文研究了衰老对人类胰岛β细胞功能和特性的影响，揭示了衰老过程中β细胞的分子和功能变化	通过单细胞RNA测序数据集、转录因子调控网络分析和高分辨率共聚焦显微镜技术，首次系统揭示了衰老对β细胞功能和特性的影响机制	研究主要基于非糖尿病供体的样本，可能无法完全反映糖尿病患者的β细胞衰老过程	探究衰老对人类胰岛β细胞功能和特性的影响机制	人类胰岛β细胞	细胞生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序、转录因子调控网络分析、高分辨率共聚焦显微镜	NA	基因表达数据、显微镜图像数据	覆盖人类大部分生命周期的非糖尿病供体样本
19	2025-07-22	Nonlesional lupus skin contributes to inflammatory education of myeloid cells and primes for cutaneous inflammation 2022-04-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abn2263 PMID:35476593	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间RNA测序技术，研究了狼疮性皮肤病的免疫发病机制，特别关注了非病变皮肤在疾病中的作用	首次全面描述了狼疮患者病变和非病变皮肤的特征，并揭示了CD16树突状细胞在皮肤中的促炎表型获得过程	研究样本量有限，且未探讨发现的分子机制如何转化为临床表型	探究皮肤性红斑狼疮(CLE)的免疫发病机制	狼疮患者的正常外观皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞	数字病理学	红斑狼疮	单细胞RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量的狼疮患者皮肤和免疫细胞样本
20	2025-07-22	Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19 2022-04-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157255 PMID:35175937	研究论文	开发了一个名为TrendCatcher的开源R包，用于识别和可视化纵向数据集中的动态转录基因特征和生物过程，并应用于COVID-19外周血转录组的时间分析	开发了TrendCatcher工具，结合平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了动态差异表达基因（DDEGs）的识别和生物途径的时间进程可视化	未提及具体样本量的限制或数据集的局限性	识别COVID-19患者外周血转录组中的早期生物标志物和潜在治疗靶点	COVID-19患者的外周血转录组数据	生物信息学	COVID-19	RNA-Seq（包括bulk和single-cell）	平滑样条ANOVA模型	转录组数据	NA