单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-30	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	review	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路和肿瘤微环境（TME）的潜在治疗价值	探讨了TNBC治疗的新靶点，并提出了针对TNBC肿瘤及其TME的多通路联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用、小鼠模型的建立、TNBC分子异质性以及临床转化失败等挑战	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌（TNBC）	NA	breast cancer	single-cell RNA sequencing, thermostable group II intron reverse transcriptase sequencing, humanized mouse models	NA	NA	NA
2	2025-03-30	An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model 2022-04-19, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.152011 PMID:35439171	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了雌激素敏感的成纤维细胞群在腹股沟疝小鼠模型中驱动腹部肌肉纤维化的机制	发现了两种可能与疝相关的新型成纤维细胞群，其中一种高表达雌激素受体-α基因（Esr1hi），另一种表达ECM改变酶（Mmp3hi），并上调促炎、促纤维化基因的表达	研究仅基于转基因小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究雌激素驱动的肌肉纤维化的细胞基础	转基因雄性小鼠（Aromhum）和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织	生物医学	腹股沟疝	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	Aromhum和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织
3	2025-03-28	m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021109895 PMID:35971838	研究论文	本研究探讨了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的作用	揭示了m6A修饰与染色质修饰复合物NuRD之间未被认识的联系	研究结果主要基于涡虫模型，在高等生物中的适用性需要进一步验证	探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的作用机制	涡虫干细胞(neoblasts)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过20,000个细胞
4	2025-03-28	Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair 2022-11, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-022-00919-5 PMID:36127466	研究论文	本研究探讨了JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了JMJD3通过JAK1,3/STAT3信号通路调控糖尿病伤口巨噬细胞炎症反应的新机制，并发现STING基因在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步临床验证	探究糖尿病伤口愈合障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	糖尿病伤口中的巨噬细胞	分子生物学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Jmjd3Lyz2基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠糖尿病伤口样本
5	2025-03-28	Venus: An efficient virus infection detection and fusion site discovery method using single-cell and bulk RNA-seq data 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010636 PMID:36301997	研究论文	介绍了一种名为Venus的高效计算方法，用于病毒检测和整合位点发现，适用于单细胞和批量RNA-seq数据	提出了一种新的计算流程Venus，能够在单细胞和批量RNA-seq数据中高效准确地检测病毒及其整合位点	未明确提及具体限制	开发一种高效准确的病毒检测和整合位点发现方法，以支持公共卫生和病毒病理学研究	病毒感染的细胞和组织，特别是HBV、HIV等病毒	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	包括HBV相关肝细胞癌、HIV感染接受抗逆转录病毒治疗的患者、HIV感染的神经系统患者和深度测序的T细胞
6	2025-03-28	Single-cell roadmap of human gonadal development 2022-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04918-4 PMID:35794482	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学、染色质可及性分析及荧光显微镜技术，绘制了人类第一和第二孕期性腺发育的全面图谱	揭示了人类特异性调控程序，定义了性别决定时的体细胞状态，包括双潜能早期支持群体，以及在男性和女性性腺发育中的关键细胞和分子事件	研究依赖于有限的样本获取，且人类与小鼠之间的关键差异可能影响结果的普适性	探索人类性腺发育的细胞和分子机制，以指导体外性腺发生研究	人类和小鼠的性腺发育过程	发育生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、染色质可及性分析、荧光显微镜	NA	转录组数据、显微图像	人类第一和第二孕期的性腺样本及小鼠等效发育阶段样本
7	2025-03-28	The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans 2022-05-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abl4896 PMID:35549404	研究论文	创建了一个包含来自24个不同组织和器官的近50万个细胞的人类参考图谱，用于分子表征400多种细胞类型	利用同一供体的多个组织，识别了T细胞在组织间的克隆分布、B细胞的组织特异性突变率，并分析了跨组织共享细胞类型的细胞周期状态和增殖潜力	NA	通过单细胞转录组测序对人类器官的生理学进行分子表征	人类细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	近50万个细胞，来自24个不同组织和器官，许多来自同一供体
8	2025-03-28	Molecular hallmarks of heterochronic parabiosis at single-cell resolution 2022-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04461-2 PMID:35236985	研究论文	通过单细胞RNA测序研究异时共生中年轻和老年血液对不同器官细胞类型的特异性反应	首次在单细胞水平上揭示了异时共生中年轻血液对多种器官细胞类型的基因表达影响，特别是线粒体功能在恢复老化中的作用	研究仅关注了基因表达变化，未涉及这些变化的长期功能影响	探索血液因子与细胞完整性之间的系统性相互作用	20个器官的细胞类型，特别是脂肪间充质基质细胞、造血干细胞和肝细胞	分子生物学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个器官的单细胞数据
9	2025-03-22	Ornithine decarboxylase supports ILC3 responses in infectious and autoimmune colitis through positive regulation of IL-22 transcription 2022-Nov-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2214900119 PMID:36279426	研究论文	本文研究了第3组先天淋巴细胞（ILC3s）在感染性和自身免疫性结肠炎中通过正调控IL-22转录的机制	揭示了ILC3s通过多胺生物合成途径增强IL-22产生的新机制，并发现鸟氨酸脱羧酶（ODC1）在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨ILC3s在感染性和自身免疫性结肠炎中的代谢适应及其对IL-22产生的影响	第3组先天淋巴细胞（ILC3s）	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序和代谢组学分析	NA	RNA测序数据和代谢组数据	小鼠模型
10	2025-03-21	Opposing roles of hepatic stellate cell subpopulations in hepatocarcinogenesis 2022-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05289-6 PMID:36198802	研究论文	本文探讨了肝星状细胞（HSCs）在肝细胞癌（HCC）发生中的双重作用	揭示了HSCs亚群在肝细胞癌发生中的动态变化及其介导因子的双重功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究肝星状细胞在肝细胞癌发生中的作用	肝星状细胞（HSCs）及其亚群	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HSC样本
11	2025-03-21	Redefining inflammatory macrophage phenotypes across stages and tissues by single-cell transcriptomics 2022-04-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abo4652 PMID:35427177	研究论文	本文通过单细胞转录组数据重新定义了炎症性巨噬细胞在不同阶段和组织中的表型	利用单细胞转录组数据识别单核细胞来源巨噬细胞的主要激活路径，为炎症性组织巨噬细胞提供了一个框架	NA	研究炎症性巨噬细胞在不同阶段和组织中的表型	单核细胞来源的巨噬细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA
12	2025-03-19	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Molecular Features of Heterogeneity in the Murine Retinal Pigment Epithelium 2022-Sep-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231810419 PMID:36142331	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠视网膜色素上皮（RPE）细胞的异质性分子特征	首次在小鼠RPE细胞中应用单细胞RNA测序技术，揭示了六种不同的细胞群体及其在RPE成熟过程中的基因表达变化	研究仅基于两只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠的RPE细胞，样本量较小	评估RPE细胞的异质性，并识别影响RPE发育、维持、功能和疾病的细胞网络	小鼠视网膜色素上皮（RPE）细胞	生物信息学	眼科疾病	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, K-means聚类	RNA测序数据	两只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠的2667和2846个RPE细胞
13	2025-03-16	Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795 PMID:36325581	研究论文	本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息	提出了一种名为PADME的新方法，能够在单细胞技术中保留空间定位信息	需要进一步验证该方法在其他类型肿瘤或组织中的适用性	开发一种能够在单细胞分析中保留空间信息的技术	原发性乳腺肿瘤中的活单细胞	生物技术	乳腺癌	细胞光标记, FACS, 单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
14	2025-03-14	Mucosal Vaccination with Cyclic Dinucleotide Adjuvants Induces Effective T Cell Homing and IL-17-Dependent Protection against Mycobacterium tuberculosis Infection 2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100029 PMID:34965963	研究论文	本研究探讨了使用环状二核苷酸（CDN）作为佐剂的黏膜疫苗在抗结核感染中的机制和效果	揭示了CDN疫苗通过诱导CD4 T细胞归巢至肺实质并渗透到肺巨噬细胞病变中，以及通过IL-17和IFN-γ依赖的保护机制来对抗结核感染	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CDN疫苗在抗结核感染中的保护机制	小鼠	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
15	2025-03-14	Targeting the TREM1-positive myeloid microenvironment in glioblastoma 2022 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdac149 PMID:36249290	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用，并提供了抑制该微环境的药理学途径	首次揭示了TREM1+髓系微环境在胶质母细胞瘤异质性中的作用，并提出了通过抑制HuR二聚化来抑制该微环境的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其髓系来源微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据	五个PDX细胞系和两个免疫活性小鼠模型
16	2025-03-12	Severe COVID-19 is associated with fungal colonization of the nasopharynx and potent induction of IL-17 responses in the nasal epithelium 2022-Oct-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2022.10.25.22281528 PMID:36324802	研究论文	本文探讨了严重COVID-19患者中真菌定植与鼻咽部IL-17反应增强的关联	通过单细胞RNA测序技术，揭示了严重COVID-19患者中真菌定植与IL-17刺激的免疫特征之间的关系	研究样本量有限，且未涵盖所有COVID-19严重程度的患者	研究严重COVID-19患者中真菌定植的频率及其与特定免疫反应的关联	严重COVID-19患者	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一组严重COVID-19患者
17	2025-03-12	CD4+ T-Cell Dysfunction in Severe COVID-19 Disease Is Tumor Necrosis Factor-α/Tumor Necrosis Factor Receptor 1-Dependent 2022-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202111-2493OC PMID:35348444	研究论文	本文研究了严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与肿瘤坏死因子-α（TNF-α）/肿瘤坏死因子受体1（TNF receptor 1）依赖性的关系	研究发现严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与TNF-α/TNF receptor 1依赖性相关，并证明TNF-α阻断剂可以挽救S1特异性CD4 T细胞增殖并减少细胞死亡	研究样本量有限，且未涉及其他潜在免疫机制的影响	探讨严重COVID-19患者中T细胞功能障碍的免疫机制	严重COVID-19患者和轻度COVID-19患者的T细胞反应	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、RNA测序数据	148名严重COVID-19患者
18	2025-03-12	Multimodal profiling of lung granulomas in macaques reveals cellular correlates of tuberculosis control 2022-05-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.04.004 PMID:35483355	研究论文	本文通过多模态分析揭示了猕猴肺肉芽肿中结核病控制的细胞相关性	通过结合纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序和细菌清除测量，首次定义了结核病肉芽肿中细菌控制的复杂多细胞生态系统	研究仅限于猕猴模型，可能不完全适用于人类结核病	揭示结核病肉芽肿中细菌控制的细胞相关性，为开发新的疫苗和治疗策略提供依据	猕猴肺肉芽肿	数字病理	结核病	纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	猕猴肺肉芽肿样本
19	2025-03-08	Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01167-z PMID:36050550	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞疾病相关性评分（scDRS）的方法，通过将单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多基因疾病风险在单细胞分辨率上联系起来，独立于注释的细胞类型	scDRS方法能够在单细胞水平上识别与疾病相关的基因表达过量的细胞，且不依赖于现有的细胞类型标签，揭示了疾病相关细胞的亚群	NA	通过单细胞RNA测序数据，研究多基因疾病风险与单个细胞的关联	74种疾病/特征和31个组织/器官中的130万个单细胞基因表达谱	单细胞RNA测序	炎症性肠病、精神分裂症、甘油三酯水平相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	130万个单细胞基因表达谱
20	2025-03-08	Transcriptional programming of immunoregulatory responses in human Langerhans cells 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.892254 PMID:36203560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析研究了人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	揭示了稳态LCs存在于一个成熟状态的连续体中，并在迁移过程中上调抗原呈递基因和免疫调节模块，同时发现迁移诱导的转录因子IRF4、KLF6和RelB在免疫调节基因调控网络中的关键作用	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探讨人类表皮朗格汉斯细胞在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCENIC, Partial Information Decomposition in Context	RNA测序数据	NA