单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-07	Progesterone Receptor Membrane Component-1 May Promote Survival of Human Brain Microvascular Endothelial Cells in Alzheimer's Disease 2022 Jan-Dec, American journal of Alzheimer's disease and other dementias DOI:10.1177/15333175221109749 PMID:35730360	研究论文	本研究探讨了孕酮受体膜成分-1（PGRMC1）在阿尔茨海默病（AD）中对脑血管内皮细胞功能的调节作用	首次揭示了PGRMC1在AD中对脑血管内皮细胞功能的影响，为AD治疗提供了新的治疗靶点	NA	探索PGRMC1在调节血管内皮功能中的作用，为AD提供新的治疗选项	人脑微血管内皮细胞（HBMVECs）	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	细胞	使用了人脑微血管内皮细胞（HBMVECs）进行实验
162	2024-08-07	Transcriptome Comparison of Brain and Kidney Endothelial Cells in Homeostasis 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/5239255 PMID:35132377	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了脑和肾内皮细胞的基因表达谱和生物学特征	首次揭示了脑和肾内皮细胞在稳态下的相似性和差异，并识别出七个内皮细胞亚群，其中两个与中风和/或抑郁相关的通路基因上调	NA	旨在深入理解肾病与神经炎症（如中风和抑郁）之间的关系	脑和肾内皮细胞	数字病理学	中风，抑郁症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个脑和肾内皮细胞样本
163	2024-08-07	Deciphering Mesenchymal Drivers of Human Dupuytren's Disease at Single-Cell Level 2022-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2021.05.030 PMID:34274346	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了35,250个人类单细胞的转录组，以识别驱动Dupuytren病的关键细胞和分子途径	首次通过单细胞RNA测序技术识别出Dupuytren病特异性的病原性PDPN/FAP间充质细胞群，并揭示了调控该病特异性肌成纤维细胞表型的关键分子途径	NA	旨在识别驱动Dupuytren病的关键细胞和分子途径，以开发新的有效治疗方法	Dupuytren病、非病理性筋膜和健康真皮的单细胞	数字病理学	Dupuytren病	单细胞RNA测序	NA	转录组	35,250个人类单细胞
164	2024-08-07	Improving Transcriptome Fidelity Following Synovial Tissue Disaggregation 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.919748 PMID:36035425	研究论文	本文通过改进关节组织分散技术，提高了解散关节组织细胞转录组的保真度，特别是对于单细胞RNA测序（scRNAseq）的应用	本文引入了RNA聚合酶抑制剂和冷酶消化方法，有效减少了组织处理过程中相关转录本的诱导，从而提高了转录组的保真度	NA	提高解散关节组织细胞转录组的保真度	骨关节炎（OA）和类风湿关节炎（RA）的关节组织	数字病理学	关节疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	骨关节炎和类风湿关节炎的关节组织样本
165	2024-08-07	A high interferon gamma signature of CD8+ T cells predicts response to neoadjuvant immunotherapy plus chemotherapy in gastric cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1056144 PMID:36685525	研究论文	研究探讨了胃癌中肿瘤微环境（TME）与新辅助免疫治疗加化疗之间的相互作用，并分析了CD8+ T细胞中高基线干扰素γ（IFN-γ）信号对治疗反应的预测作用。	首次阐明了胃癌中新辅助免疫治疗加化疗与肿瘤微环境特征之间的相互作用，并强调了CD8+ T细胞的信号在预测治疗反应中的重要性。	研究样本量较小，仅涉及十个胃癌样本，可能影响结果的普遍性。	探究胃癌中新辅助免疫治疗加化疗与肿瘤微环境的相互作用及其对治疗效果的影响。	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8+ T细胞的干扰素γ信号。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	十个胃癌样本
166	2024-08-07	Single-cell computational machine learning approaches to immune-mediated inflammatory disease: New tools uncover novel fibroblast and macrophage interactions driving pathogenesis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1076700 PMID:36685542	综述	本文综述了利用单细胞测序技术结合计算生物学方法，探索纤维母细胞与骨髓细胞在免疫介导炎症疾病中的相互作用及其临床意义	介绍了新的计算生物学技术，如维度降低、聚类和轨迹推断，以及这些技术在揭示纤维母细胞亚群与巨噬细胞之间新型相互作用中的应用	需要更强大的模型来进一步分析纤维母细胞的异质性及其与骨髓细胞的相互作用	总结计算技术在分类纤维母细胞异质性及其与骨髓细胞在特定生物学和临床环境中的相互作用方面的关键进展	纤维母细胞的异质性及其与巨噬细胞在免疫介导炎症疾病中的相互作用	机器学习	免疫介导炎症疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
167	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveals striking heterogeneity and functional organization of dendritic and monocytic cells in the bovine mesenteric lymph node 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1099357 PMID:36685557	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了牛肠系膜淋巴结中树突状细胞和单核细胞的异质性和功能组织	揭示了树突状细胞和单核细胞的十个集群和七个集群，具有明显的转录组特征，并定义了淋巴结定居子集及其前体，以及高度激活的迁移树突状细胞子集	NA	研究树突状细胞和单核细胞在次级淋巴组织中启动和塑造适应性免疫反应的复杂系统	牛肠系膜淋巴结中的单核吞噬细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	三头成年牛的肠系膜淋巴结
168	2024-08-07	Disordered T cell-B cell interactions in autoantibody-positive inflammatory arthritis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1068399 PMID:36685593	研究论文	研究探讨了在幼年寡关节炎（oligo JIA）中，Tph细胞与B细胞的异常相互作用是否与自身抗体阳性相关	通过单细胞转录组学技术，进一步定义了Tph细胞的基因特征，并发现ANA阳性患者的Tph细胞上调了与B细胞帮助相关的基因	NA	确定在幼年寡关节炎中，T细胞与B细胞的异常相互作用是否与自身抗体阳性相关	Tph细胞在幼年寡关节炎患者中的分布及其与B细胞的相互作用	NA	幼年寡关节炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
169	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity and convergence of the tumor microenvironment in colorectal cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1003419 PMID:36685571	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序数据分析，揭示了结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性	本研究首次通过追踪分化轨迹，揭示了脂质代谢重塑和免疫功能抑制的关系，并构建了具有良好预后价值的免疫风险模型和临床风险模型	NA	探究结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性	结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从肿瘤、癌旁组织和外周血中鉴定出8种主要细胞类型和25个亚群
170	2024-08-07	The relevance between hypoxia-dependent spatial transcriptomics and the prognosis and efficacy of immunotherapy in claudin-low breast cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1042835 PMID:36685583	研究论文	本研究通过整合空间转录组学（ST）与免疫荧光技术，探讨了人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤中与缺氧相关的空间异质性及其对免疫治疗预后和疗效的影响。	首次揭示了claudin-低乳腺癌中基于缺氧依赖的空间异质性，并探讨了其作为临床结果和免疫治疗反应预测生物标志物的潜力。	NA	探讨缺氧依赖的空间转录组学与claudin-低乳腺癌患者免疫治疗预后和疗效的相关性。	人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤。	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	1904例乳腺癌样本
171	2024-08-07	Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network of Immune Environment Underlying Cervical Premalignant Lesion, Cervical Cancer and Metastatic Lymph Nodes 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.897366 PMID:35812401	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了宫颈癌不同阶段的免疫细胞和间质细胞的组成、谱系和功能状态	首次使用单细胞RNA测序技术描绘了宫颈癌进展过程中免疫细胞的转录组图谱	NA	深入理解肿瘤微环境（TME）的复杂性，为宫颈癌提供新的治疗策略	正常宫颈组织、上皮内瘤变、原发性肿瘤和转移性淋巴结组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	共获得59913个单细胞，分为9个细胞集群
172	2024-08-07	Single Cell Transcriptomes of In Vitro Bradyzoite Infected Cells Reveals Toxoplasma gondii Stage Dependent Host Cell Alterations 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.848693 PMID:35372115	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体外感染布氏锥虫的宿主细胞转录组变化	揭示了布氏锥虫感染阶段依赖的宿主细胞转录组变化，并发现了宿主细胞中c-Myc和NF-κB信号通路及能量代谢途径的上调	未提及	旨在理解宿主细胞与布氏锥虫在转录组层面的相互作用	体外感染布氏锥虫的宿主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
173	2024-08-07	Emerging concepts on Leydig cell development in fetal and adult testis 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.1086276 PMID:36686449	综述	本文综述了睾丸间质细胞（Leydig细胞）在胎儿和成人阶段的发育过程及其细胞起源和功能意义	利用细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪和单细胞RNA测序等技术，揭示了Leydig细胞的不同细胞起源及其转录组和类固醇生成输出的差异	NA	总结当前对胎儿和成人睾丸中Leydig细胞发育的理解，强调其在啮齿动物和灵长类动物中的共同或不同的细胞（祖细胞/干细胞）起源及其功能意义	Leydig细胞在胎儿和成人睾丸中的发育及其细胞起源和功能	NA	NA	细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
174	2024-08-07	Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches 2022-01-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.018 PMID:35021063	研究论文	本文通过结合单细胞CITE-seq、单核测序、空间转录组学和空间蛋白质组学，构建了健康和肥胖人类及小鼠肝脏的空间蛋白质组学图谱，以揭示肝脏细胞的特性和定位	首次整合多组学数据，提供了一种可靠的方法来区分和定位所有肝细胞，包括胆管周围的脂质相关巨噬细胞（LAMs），并揭示了跨物种的保守巨噬细胞程序	NA	揭示肝脏中巨噬细胞的特异性和进化保守的细胞微环境	健康和肥胖的人类及小鼠肝脏中的巨噬细胞及其微环境	数字病理学	NA	单细胞CITE-seq, 单核测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	蛋白质组学, 转录组学	人类和小鼠的肝脏样本
175	2024-08-07	Stable flow-induced expression of KLK10 inhibits endothelial inflammation and atherosclerosis 2022-01-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72579 PMID:35014606	研究论文	本文研究了KLK10在稳定血流诱导下的表达对内皮炎症和动脉粥样硬化的抑制作用	首次揭示了KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞的保护作用及其机制	NA	探讨KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞炎症和动脉粥样硬化的影响	KLK10蛋白及其在稳定血流条件下的表达	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）和单细胞ATAC测序（scATACseq）	NA	基因表达数据	使用部分颈动脉结扎小鼠模型进行研究
176	2024-08-07	HB-EGF Plays a Pivotal Role in Mucosal Hyperplasia During Otitis Media Induced by a Viral Analog 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.823714 PMID:35281434	研究论文	研究HB-EGF在模拟病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生中的作用	使用单细胞RNA测序识别表达HB-EGF及相关基因的中耳细胞，并通过特定抑制剂阻断HB-EGF效应	NA	探讨病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生的机制及HB-EGF的作用	中耳黏膜细胞及其在病毒感染下的增生反应	NA	中耳炎	单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫染色	NA	RNA	NA
177	2024-08-07	Characterization of the microenvironment of diabetic foot ulcers and potential drug identification based on scRNA-seq 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.997880 PMID:36686438	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡（DFUs）的微环境，并通过机器学习算法和免疫荧光技术识别潜在的治疗药物。	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法详细分析了DFUs的微环境，并识别了新的潜在药物靶点。	研究主要基于已有的数据库数据，未涉及大规模的临床试验验证。	揭示糖尿病足溃疡的微环境特征并识别潜在的治疗药物。	糖尿病足溃疡的微环境和潜在药物靶点。	数字病理学	糖尿病	scRNA-seq	逻辑回归机器学习算法	单细胞RNA测序数据	涉及两个数据集GSE165816和GSE199939，具体样本数量未详细说明。
178	2024-08-07	Development of a single-cell atlas for woodland strawberry (Fragaria vesca) leaves during early Botrytis cinerea infection using single cell RNA-seq 2022-Jan-19, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhab055 PMID:35043166	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，构建了林地草莓叶片在灰霉病菌感染早期的单细胞图谱，并分析了不同细胞类型的基因表达模式	首次报道了植物病原入侵过程中单细胞转录组景观，为宿主-病原体相互作用的全面动态提供了新见解	NA	研究植物在病原体入侵时的防御反应及信号转导过程	林地草莓叶片在灰霉病菌感染早期的细胞类型及基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过50,000个单细胞
179	2024-08-07	Cell Layers: uncovering clustering structure in unsupervised single-cell transcriptomic analysis 2022, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbac051 PMID:35967929	研究论文	本文开发了一种名为Cell Layers的交互式Sankey工具，用于在不同聚类分辨率下定量研究基因表达、共表达、生物过程和聚类完整性	Cell Layers工具通过链接分子数据和聚类评估指标，增强了单细胞聚类的可解释性，并提供了对细胞群体的新见解	NA	开发一种新的工具来提高单细胞转录组无监督聚类的解释性	单细胞转录组数据及其聚类结果	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
180	2024-08-07	An Overview on Single-Cell Technology for Hepatocellular Carcinoma Diagnosis 2022-01-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23031402 PMID:35163329	综述	本文综述了单细胞技术在肝细胞癌诊断中的应用	单细胞技术能够分析肿瘤组织样本中的每个单细胞，从而深入了解癌症的遗传异质性，有助于识别和评估罕见的细胞群体	文章中提到的挑战包括单细胞技术的局限性和实施中的困难	促进肝细胞癌的个性化诊断和治疗	肝细胞癌的诊断、肿瘤微环境分析、单细胞基因组测序、单细胞转录组学、单细胞组学测序用于生物标志物开发、肝细胞癌的起源和进化	数字病理学	肝细胞癌	单细胞技术	NA	基因表达模式	NA