单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-07	Long non-coding RNAs (lncRNAs) NEAT1 and MALAT1 are differentially expressed in severe COVID-19 patients: An integrated single-cell analysis 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0261242 PMID:35007307	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了长非编码RNA NEAT1和MALAT1在重症COVID-19患者中的差异表达情况	首次综合分析了来自重症和轻症COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，揭示了NEAT1和MALAT1在不同病情中的差异表达	研究仅限于特定的细胞类型和基因，可能需要更广泛的细胞和基因分析以全面理解其在COVID-19中的作用	揭示重症与轻症COVID-19患者之间的关键炎症差异因子	长非编码RNA NEAT1和MALAT1在COVID-19患者中的表达情况	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括来自重症和轻症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗细胞和外周血单个核细胞
162	2024-08-07	Optimization of Long-Term Human iPSC-Derived Spinal Motor Neuron Culture Using a Dendritic Polyglycerol Amine-Based Substrate 2022 Jan-Dec, ASN neuro IF:3.9Q2 DOI:10.1177/17590914211073381 PMID:35023784	研究论文	本文介绍了一种基于树枝状聚甘油胺（dPGA）基质的方法，用于延长人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs）的长期培养	使用dPGA涂层培养皿，使得MNs更适合长期研究细胞活力、分子身份和自发网络电生理活动	目前hiPSC衍生的MN应用常受限于我们监测MN形态、存活和其他功能特性的能力	改善hiPSC衍生的MN的长期培养条件，以促进人类MN生物学和疾病的研究	人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs）	NA	脊髓性肌萎缩症，肌萎缩侧索硬化症	NA	NA	NA	NA
163	2024-08-07	An atlas of dynamic peripheral blood mononuclear cell landscapes in human perioperative anaesthesia/surgery 2022-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.663 PMID:35061932	研究论文	本研究探讨了围手术期麻醉对患者免疫细胞动态变化的影响，通过单细胞测序技术分析了外周血单个核细胞（PBMCs）的响应。	首次报道了围手术期麻醉/手术对循环免疫细胞时间表型的影响，并提供了单细胞层面的解决方案。	NA	研究围手术期麻醉对患者免疫系统的具体影响，特别是免疫细胞的动态变化。	外周血单个核细胞（PBMCs）及其在围手术期对麻醉的响应。	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞数据	PBMCs样本在麻醉和手术前1天、麻醉后0小时、24小时和48小时采集。
164	2024-08-07	Extracellular vesicles produced by the human commensal gut bacterium Bacteroides thetaiotaomicron affect host immune pathways in a cell-type specific manner that are altered in inflammatory bowel disease 2022-01, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12189 PMID:35064769	研究论文	研究由人类共生肠道细菌Bacteroides thetaiotaomicron产生的胞外囊泡如何影响宿主免疫途径，特别是在炎症性肠病中的细胞类型特异性影响	首次详细分析了特定细菌胞外囊泡在不同免疫细胞类型中的作用，并探讨了健康与疾病状态下这些作用的差异	研究主要基于单细胞RNA测序数据和计算机模拟，需要进一步的实验验证	探讨肠道细菌胞外囊泡与宿主免疫细胞的相互作用，以促进炎症性肠病的治疗	Bacteroides thetaiotaomicron产生的胞外囊泡及其对宿主免疫细胞的影响	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
165	2024-08-07	Evaluation of deep convolutional neural networks for in situ hybridization gene expression image representation 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0262717 PMID:35073334	研究论文	本文评估了深度卷积神经网络在原位杂交基因表达图像表示中的应用	提出了一种对比学习任务——基因重识别，以计算原位杂交图像的表示，并在模型中实现了显著的改进	NA	更好地捕捉人类大脑皮层中基因表达的复杂模式	原位杂交图像中的基因表达强度和模式	计算机视觉	精神分裂症	深度卷积神经网络	CNN	图像	约1000个基因的数据集，来自42个个体；第二个数据集包含78个基因，来自53个个体
166	2024-08-07	Progesterone Receptor Membrane Component-1 May Promote Survival of Human Brain Microvascular Endothelial Cells in Alzheimer's Disease 2022 Jan-Dec, American journal of Alzheimer's disease and other dementias DOI:10.1177/15333175221109749 PMID:35730360	研究论文	本研究探讨了孕酮受体膜成分-1（PGRMC1）在阿尔茨海默病（AD）中对脑血管内皮细胞功能的调节作用	首次揭示了PGRMC1在AD中对脑血管内皮细胞功能的影响，为AD治疗提供了新的治疗靶点	NA	探索PGRMC1在调节血管内皮功能中的作用，为AD提供新的治疗选项	人脑微血管内皮细胞（HBMVECs）	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	细胞	使用了人脑微血管内皮细胞（HBMVECs）进行实验
167	2024-08-07	Transcriptome Comparison of Brain and Kidney Endothelial Cells in Homeostasis 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/5239255 PMID:35132377	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了脑和肾内皮细胞的基因表达谱和生物学特征	首次揭示了脑和肾内皮细胞在稳态下的相似性和差异，并识别出七个内皮细胞亚群，其中两个与中风和/或抑郁相关的通路基因上调	NA	旨在深入理解肾病与神经炎症（如中风和抑郁）之间的关系	脑和肾内皮细胞	数字病理学	中风，抑郁症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个脑和肾内皮细胞样本
168	2024-08-07	Deciphering Mesenchymal Drivers of Human Dupuytren's Disease at Single-Cell Level 2022-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2021.05.030 PMID:34274346	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了35,250个人类单细胞的转录组，以识别驱动Dupuytren病的关键细胞和分子途径	首次通过单细胞RNA测序技术识别出Dupuytren病特异性的病原性PDPN/FAP间充质细胞群，并揭示了调控该病特异性肌成纤维细胞表型的关键分子途径	NA	旨在识别驱动Dupuytren病的关键细胞和分子途径，以开发新的有效治疗方法	Dupuytren病、非病理性筋膜和健康真皮的单细胞	数字病理学	Dupuytren病	单细胞RNA测序	NA	转录组	35,250个人类单细胞
169	2024-08-07	Improving Transcriptome Fidelity Following Synovial Tissue Disaggregation 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.919748 PMID:36035425	研究论文	本文通过改进关节组织分散技术，提高了解散关节组织细胞转录组的保真度，特别是对于单细胞RNA测序（scRNAseq）的应用	本文引入了RNA聚合酶抑制剂和冷酶消化方法，有效减少了组织处理过程中相关转录本的诱导，从而提高了转录组的保真度	NA	提高解散关节组织细胞转录组的保真度	骨关节炎（OA）和类风湿关节炎（RA）的关节组织	数字病理学	关节疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	骨关节炎和类风湿关节炎的关节组织样本
170	2024-08-07	A high interferon gamma signature of CD8+ T cells predicts response to neoadjuvant immunotherapy plus chemotherapy in gastric cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1056144 PMID:36685525	研究论文	研究探讨了胃癌中肿瘤微环境（TME）与新辅助免疫治疗加化疗之间的相互作用，并分析了CD8+ T细胞中高基线干扰素γ（IFN-γ）信号对治疗反应的预测作用。	首次阐明了胃癌中新辅助免疫治疗加化疗与肿瘤微环境特征之间的相互作用，并强调了CD8+ T细胞的信号在预测治疗反应中的重要性。	研究样本量较小，仅涉及十个胃癌样本，可能影响结果的普遍性。	探究胃癌中新辅助免疫治疗加化疗与肿瘤微环境的相互作用及其对治疗效果的影响。	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8+ T细胞的干扰素γ信号。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	十个胃癌样本
171	2024-08-07	Single-cell computational machine learning approaches to immune-mediated inflammatory disease: New tools uncover novel fibroblast and macrophage interactions driving pathogenesis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1076700 PMID:36685542	综述	本文综述了利用单细胞测序技术结合计算生物学方法，探索纤维母细胞与骨髓细胞在免疫介导炎症疾病中的相互作用及其临床意义	介绍了新的计算生物学技术，如维度降低、聚类和轨迹推断，以及这些技术在揭示纤维母细胞亚群与巨噬细胞之间新型相互作用中的应用	需要更强大的模型来进一步分析纤维母细胞的异质性及其与骨髓细胞的相互作用	总结计算技术在分类纤维母细胞异质性及其与骨髓细胞在特定生物学和临床环境中的相互作用方面的关键进展	纤维母细胞的异质性及其与巨噬细胞在免疫介导炎症疾病中的相互作用	机器学习	免疫介导炎症疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
172	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveals striking heterogeneity and functional organization of dendritic and monocytic cells in the bovine mesenteric lymph node 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1099357 PMID:36685557	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了牛肠系膜淋巴结中树突状细胞和单核细胞的异质性和功能组织	揭示了树突状细胞和单核细胞的十个集群和七个集群，具有明显的转录组特征，并定义了淋巴结定居子集及其前体，以及高度激活的迁移树突状细胞子集	NA	研究树突状细胞和单核细胞在次级淋巴组织中启动和塑造适应性免疫反应的复杂系统	牛肠系膜淋巴结中的单核吞噬细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	三头成年牛的肠系膜淋巴结
173	2024-08-07	Disordered T cell-B cell interactions in autoantibody-positive inflammatory arthritis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1068399 PMID:36685593	研究论文	研究探讨了在幼年寡关节炎（oligo JIA）中，Tph细胞与B细胞的异常相互作用是否与自身抗体阳性相关	通过单细胞转录组学技术，进一步定义了Tph细胞的基因特征，并发现ANA阳性患者的Tph细胞上调了与B细胞帮助相关的基因	NA	确定在幼年寡关节炎中，T细胞与B细胞的异常相互作用是否与自身抗体阳性相关	Tph细胞在幼年寡关节炎患者中的分布及其与B细胞的相互作用	NA	幼年寡关节炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
174	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity and convergence of the tumor microenvironment in colorectal cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1003419 PMID:36685571	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序数据分析，揭示了结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性	本研究首次通过追踪分化轨迹，揭示了脂质代谢重塑和免疫功能抑制的关系，并构建了具有良好预后价值的免疫风险模型和临床风险模型	NA	探究结直肠癌肿瘤微环境的异质性和收敛性	结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从肿瘤、癌旁组织和外周血中鉴定出8种主要细胞类型和25个亚群
175	2024-08-07	The relevance between hypoxia-dependent spatial transcriptomics and the prognosis and efficacy of immunotherapy in claudin-low breast cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1042835 PMID:36685583	研究论文	本研究通过整合空间转录组学（ST）与免疫荧光技术，探讨了人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤中与缺氧相关的空间异质性及其对免疫治疗预后和疗效的影响。	首次揭示了claudin-低乳腺癌中基于缺氧依赖的空间异质性，并探讨了其作为临床结果和免疫治疗反应预测生物标志物的潜力。	NA	探讨缺氧依赖的空间转录组学与claudin-低乳腺癌患者免疫治疗预后和疗效的相关性。	人claudin-低乳腺癌MDA-MB-231移植瘤。	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	1904例乳腺癌样本
176	2024-08-07	Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network of Immune Environment Underlying Cervical Premalignant Lesion, Cervical Cancer and Metastatic Lymph Nodes 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.897366 PMID:35812401	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了宫颈癌不同阶段的免疫细胞和间质细胞的组成、谱系和功能状态	首次使用单细胞RNA测序技术描绘了宫颈癌进展过程中免疫细胞的转录组图谱	NA	深入理解肿瘤微环境（TME）的复杂性，为宫颈癌提供新的治疗策略	正常宫颈组织、上皮内瘤变、原发性肿瘤和转移性淋巴结组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	共获得59913个单细胞，分为9个细胞集群
177	2024-08-07	Single Cell Transcriptomes of In Vitro Bradyzoite Infected Cells Reveals Toxoplasma gondii Stage Dependent Host Cell Alterations 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.848693 PMID:35372115	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体外感染布氏锥虫的宿主细胞转录组变化	揭示了布氏锥虫感染阶段依赖的宿主细胞转录组变化，并发现了宿主细胞中c-Myc和NF-κB信号通路及能量代谢途径的上调	未提及	旨在理解宿主细胞与布氏锥虫在转录组层面的相互作用	体外感染布氏锥虫的宿主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
178	2024-08-07	Emerging concepts on Leydig cell development in fetal and adult testis 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.1086276 PMID:36686449	综述	本文综述了睾丸间质细胞（Leydig细胞）在胎儿和成人阶段的发育过程及其细胞起源和功能意义	利用细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪和单细胞RNA测序等技术，揭示了Leydig细胞的不同细胞起源及其转录组和类固醇生成输出的差异	NA	总结当前对胎儿和成人睾丸中Leydig细胞发育的理解，强调其在啮齿动物和灵长类动物中的共同或不同的细胞（祖细胞/干细胞）起源及其功能意义	Leydig细胞在胎儿和成人睾丸中的发育及其细胞起源和功能	NA	NA	细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
179	2024-08-07	Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches 2022-01-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.018 PMID:35021063	研究论文	本文通过结合单细胞CITE-seq、单核测序、空间转录组学和空间蛋白质组学，构建了健康和肥胖人类及小鼠肝脏的空间蛋白质组学图谱，以揭示肝脏细胞的特性和定位	首次整合多组学数据，提供了一种可靠的方法来区分和定位所有肝细胞，包括胆管周围的脂质相关巨噬细胞（LAMs），并揭示了跨物种的保守巨噬细胞程序	NA	揭示肝脏中巨噬细胞的特异性和进化保守的细胞微环境	健康和肥胖的人类及小鼠肝脏中的巨噬细胞及其微环境	数字病理学	NA	单细胞CITE-seq, 单核测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	蛋白质组学, 转录组学	人类和小鼠的肝脏样本
180	2024-08-07	Stable flow-induced expression of KLK10 inhibits endothelial inflammation and atherosclerosis 2022-01-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72579 PMID:35014606	研究论文	本文研究了KLK10在稳定血流诱导下的表达对内皮炎症和动脉粥样硬化的抑制作用	首次揭示了KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞的保护作用及其机制	NA	探讨KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞炎症和动脉粥样硬化的影响	KLK10蛋白及其在稳定血流条件下的表达	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）和单细胞ATAC测序（scATACseq）	NA	基因表达数据	使用部分颈动脉结扎小鼠模型进行研究