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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-05 |
InterCellar enables interactive analysis and exploration of cell-cell communication in single-cell transcriptomic data
2022-Jan-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02986-2
PMID:35017628
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研究论文 | InterCellar是一个互动平台,支持科学家分析和探索单细胞转录组数据中的细胞-细胞通信 | Strikingly, InterCellar使实验室科学家能够在无需编程技能的情况下分析和探索细胞-细胞通信 | 尽管InterCellar提供了便捷的分析功能,但其效果仍然依赖用户对生物学信号的理解 | 本研究旨在提供一个无编程需求的工具,帮助分析单细胞转录组数据中的细胞-细胞通信 | 主要研究COVID-19和黑色素瘤中的细胞-细胞交互 | 数字病理学 | COVID-19, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据驱动分析 | 分析了来自COVID-19和黑色素瘤的细胞-细胞交互数据 | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-08-05 |
Morphological characteristics and a single-cell analysis provide insights into function of immune and fat storage in the lamprey supraneural body
2022-Jan, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2021.106131
PMID:34838690
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研究论文 | 本文探讨了灯盏细鱼上神经体的形态特征和单细胞分析,揭示了其在免疫和脂肪储存中的功能 | 首次利用单细胞转录组测序揭示上神经体中至少四种细胞类型及其独特的分子组成 | 对上神经体细胞的生理功能知之甚少,仍需深入研究 | 探究上神经体在免疫和脂肪储存中的生理功能 | 研究了上神经体中的白色脂肪细胞、粒细胞、淋巴细胞和红细胞等多种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-08-05 |
Integration of Single-Cell Transcriptomics With a High Throughput Functional Screening Assay to Resolve Cell Type, Growth Kinetics, and Stemness Heterogeneity Within the Comma-1D Cell Line
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.894597
PMID:36630696
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研究论文 | 本研究利用高通量单细胞测序与功能筛选,分析Comma-1D细胞系的细胞类型、生长动力学和干性异质性 | 首次集成高通量单细胞 assays 研究细胞系内的克隆异质性,并提出了一种新的自动化细胞识别平台 | 当前细胞分离方法在功能上存在显著局限性,影响了对细胞特性的深入理解 | 研究Comma-1D细胞系中的细胞异质性及其生长动力学特征 | Comma-1D小鼠细胞系以及其中的细胞亚群 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, 单细胞功能表型检测 | NA | 基因组数据 | 5,195个测序细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-08-05 |
AhR Activation Leads to Attenuation of Murine Autoimmune Hepatitis: Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Unique Immune Cell Phenotypes and Gene Expression Changes in the Liver
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.899609
PMID:35720411
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研究论文 | 本研究探讨了芳香烃受体(AhR)激活如何通过单细胞RNA测序分析减少小鼠自身免疫性肝炎中的免疫细胞炎症。 | 本文创新性地揭示了AhR激活导致小鼠自身免疫性肝炎中免疫细胞表型和基因表达的变化。 | 研究主要集中在小鼠模型,可能无法完全反映人类的复杂免疫反应。 | 探讨AhR激活在小鼠自身免疫性肝炎中的作用机制。 | 小鼠模型及其肝脏中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-08-05 |
BATF promotes group 2 innate lymphoid cell-mediated lung tissue protection during acute respiratory virus infection
2022-Jan-14, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abc9934
PMID:35030033
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研究论文 | 本文研究了BATF在急性呼吸病毒感染中促进第2类固有淋巴细胞介导的肺组织保护的作用 | 识别了转录上独特的ILC2亚群,并揭示BATF在控制ILC2细胞的增殖、功能及其可塑性中的重要机制 | ILC2在肺部的异质性及其在组织修复中的具体贡献机制仍不清楚 | 研究BATF在急性呼吸病毒感染中对ILC2的影响及其在组织修复中的作用 | 激活的第2类固有淋巴细胞(ILC2s) | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-08-05 |
High-content CRISPR screening
2022, Nature reviews. Methods primers
DOI:10.1038/s43586-022-00098-7
PMID:37214176
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研究论文 | 该文章介绍了高内容CRISPR筛选技术及其应用于生物发现的潜力 | 文章强调了高内容方法如何提供前所未有的细节,以直接获得生物学见解 | NA | 探索CRISPR筛选的基本和高级概念及其在生物医学研究和药物开发中的应用 | 各种基因功能的非偏见探讨,包括癌症研究、免疫学和微生物学等领域 | 数字生物学 | 癌症 | CRISPR | NA | RNA测序, 空间成像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq analyses show that long non-coding RNAs are conspicuously expressed in Schistosoma mansoni gamete and tegument progenitor cell populations
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.924877
PMID:36204320
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研究论文 | 该研究分析了Schistosoma mansoni的单细胞RNA测序数据,发现长非编码RNA在生殖细胞和外表细胞群体中显著表达 | 首次揭示了Schistosoma mansoni中长非编码RNA的细胞类型特异性表达模式 | 研究主要依赖公开的数据,可能存在数据质量和完整性的问题 | 探索Schistosoma mansoni中长非编码RNA的表达模式及其潜在的治疗靶点 | Schistosoma mansoni的成人细胞类型及其长非编码RNA表达特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 8023个长非编码RNA | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-08-05 |
Asynchronous excitatory neuron development in an isogenic cortical spheroid model of Down syndrome
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.932384
PMID:36161168
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研究论文 | 本研究利用同源的诱导多能干细胞(iPSC)系生成了模型唐氏综合症(DS)对大脑发育影响的皮层球体 | 本研究揭示了三体21染色体对兴奋性神经元发育的特定影响,并识别潜在驱动三体和常态兴奋性神经元发育非同步性的候选基因 | 尚未确定分子过程如何详细影响唐氏综合症中的智力障碍 | 研究唐氏综合症中神经发育变化的机制基础 | 利用同源的诱导多能干细胞系生成的皮层球体 | 数字病理学 | 唐氏综合症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 皮层球体模型 | 转录组数据 | 使用了一对同源的诱导多能干细胞系(trisomic 和 euploid) | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Defines Expression of Kabuki Syndrome-Associated KMT2D Targets and Interacting Partners
2022, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/2022/4969441
PMID:35992033
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研究论文 | 本文研究了Kabuki综合征相关的KMT2D靶基因及其相互作用伙伴的表达 | 首次使用单细胞RNA数据分析KMT2D和KDM6A在小鼠牙髓中的表达特征 | 研究仅限于小鼠模型,可能不完全适用于人类 | 探究KMT2D和KDM6A在间充质干细胞分化过程中的作用 | 小鼠牙髓中的KMT2D和KDM6A基因表达 | 数字病理学 | Kabuki综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 小鼠牙髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-08-05 |
SHH and Notch regulate SOX9+ progenitors to govern arcuate POMC neurogenesis
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.855288
PMID:36033614
|
研究论文 | 本文研究了SHH和Notch信号通路如何调控SOX9+前体细胞以影响POMC神经发生 | 本研究首次揭示了SHH和Notch在调控SOX9+前体细胞及其分化中的作用 | 研究主要基于胚胎小鸡模型,可能在其他物种中存在差异 | 探讨下丘脑神经发生过程中转录因子的动态表达及其调控机制 | 主要研究对象为下丘脑弓状核中的POMC表达神经元及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 免疫组化和多重杂交技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 胚胎小鸡样本 | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-08-05 |
scATACpipe: A nextflow pipeline for comprehensive and reproducible analyses of single cell ATAC-seq data
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.981859
PMID:36238687
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研究论文 | 提出了一种名为scATACpipe的Nextflow管道,用于全面和可重复地分析单细胞ATAC-seq数据 | 开发了一个易于使用、可扩展、可重复的scATAC-seq数据分析管道,填补了当前的工具和管道之间的空白 | 没有明显提到的局限性 | 旨在提供一个全面的单细胞ATAC-seq数据分析管道 | 针对单细胞ATAC-seq数据的质量评估、预处理、降维、聚类等 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 使用公共数据集进行验证,未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-08-05 |
Construction of TME and Identification of crosstalk between malignant cells and macrophages by SPP1 in hepatocellular carcinoma
2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-02967-8
PMID:34028567
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了肝细胞癌中的肿瘤微环境及SPP1在恶性细胞与巨噬细胞之间的交互作用 | 提出了一种新的表观遗传免疫评分系统(EIRS),并揭示SPP1作为HCC患者预后差的免疫相关预测因子 | 研究主要依赖于已有的数据库,可能限制了对内在机制的更深入理解 | 探讨肝细胞癌的免疫微环境及其对疾病进展的影响 | 以肝细胞癌(HCC)患者为研究对象,分析肿瘤微环境的特征及与巨噬细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-08-05 |
CD74+ macrophages are associated with favorable prognosis and immune contexture in hepatocellular carcinoma
2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-02962-z
PMID:34009409
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研究论文 | 本研究探讨了CD74+巨噬细胞在肝细胞癌中的作用及其与预后和免疫环境的关系 | 本研究首次展示了CD74在肝细胞癌肿瘤微环境中的重要作用,并揭示了其与CD8细胞毒性T淋巴细胞浸润之间的关联 | 研究主要依赖于来自单一医院和TCGA的数据,可能存在样本代表性问题 | 探讨CD74在肝细胞癌中的功能及其对肿瘤微环境的影响 | 肝细胞癌患者的肿瘤组织样本和相关的免疫细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 免疫组化, 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本, 单细胞数据 | 来自中山医院的肝细胞癌组织样本和TCGA数据 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-08-07 |
Targeting p21Cip1 highly expressing cells in adipose tissue alleviates insulin resistance in obesity
2022-01-04, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.11.002
PMID:34813734
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学方法,发现并验证了在肥胖状态下脂肪组织中高表达p21的细胞群体,通过清除这些细胞可以缓解胰岛素抵抗。 | 首次发现并验证了p21高表达细胞在肥胖相关胰岛素抵抗中的关键作用,并提出了通过清除这些细胞来治疗胰岛素抵抗的新策略。 | 研究主要在动物模型和小规模人体实验中进行,需要进一步的大规模临床试验验证。 | 探索并验证针对肥胖状态下脂肪组织中p21高表达细胞的治疗策略,以缓解胰岛素抵抗。 | 肥胖状态下脂肪组织中的p21高表达细胞及其在胰岛素抵抗中的作用。 | NA | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了p21-Cre小鼠模型和人体脂肪样本进行实验。 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-08-07 |
iMyoblasts for ex vivo and in vivo investigations of human myogenesis and disease modeling
2022-01-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.70341
PMID:35076017
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研究论文 | 研究使用无转基因的人类诱导多能干细胞(iPSCs)生成骨骼肌成肌细胞(iMyoblasts),并探讨其在体外和体内对人类肌生成和疾病模型的应用 | iMyoblasts具有胎儿样转录组特征,与成人肌肉活检成肌细胞(bMyoblasts)和iPSC诱导的肌肉前体细胞不同,能够稳定传代并保持肌管分化和储备细胞再生的双重承诺 | NA | 探索iMyoblasts在人类肌生成和疾病发病机制研究中的应用,以及肌肉干细胞治疗药物的开发 | iMyoblasts在体外和体内的应用,以及其在疾病模型中的分子病理学和治疗响应 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 免疫荧光、流式细胞术、qPCR、数字RNA表达谱分析、scRNA-Seq | NA | RNA | 多个iMyoblasts样本,包括来自不同肌肉疾病患者的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-08-07 |
Uncovering emergent phenotypes in endothelial cells by clustering of surrogates of cardiovascular risk factors
2022-01-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-05404-7
PMID:35079076
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研究论文 | 本文通过分析人冠状动脉内皮细胞的全基因表达,研究了化学性低氧、氧化脂质、IL-1β诱导的炎症、振荡流及其组合刺激对内皮细胞功能障碍的影响。 | 发现风险因素的聚类与单独刺激的总和不同,导致内皮细胞中出现如细胞增殖等新表型。 | NA | 揭示内皮细胞中风险因素的聚类如何影响内皮功能障碍的分子基础。 | 人冠状动脉内皮细胞及其在不同风险因素刺激下的基因表达和细胞过程。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人冠状动脉粥样硬化斑块样本 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell transcriptomes and chromatin landscapes reveals regulatory programs driving pharyngeal organ development
2022-01-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28067-4
PMID:35075189
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研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据,揭示了驱动咽器官发育的调控程序。 | 本文首次应用单细胞转录组和染色质可及性测序技术,生成涵盖咽内胚层模式化至发育中胚胎器官特异性上皮出现的多组学发育资源。 | NA | 旨在填补对咽内胚层发育分子基础和基因调控网络的全面和整合性理解的空白。 | 咽内胚层的发育及其在人类发育综合征中的作用。 | 基因组学 | 发育障碍 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据,染色质可及性数据 | 涉及发育中的小鼠胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-08-07 |
Dynamics and Pathways of Chromosome Structural Organizations during Cell Transdifferentiation
2022-Jan-24, JACS Au
IF:8.5Q1
DOI:10.1021/jacsau.1c00416
PMID:35098228
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研究论文 | 研究细胞转分化过程中染色体结构组织的动态变化和路径 | 开发了一种非平衡景观切换模型,用于研究人成纤维细胞和神经元细胞之间状态转换过程中染色体结构的动态变化 | NA | 揭示细胞转分化的分子机制 | 人成纤维细胞和神经元细胞的染色体结构 | NA | NA | 非平衡景观切换模型 | NA | 染色体结构数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-08-07 |
Expression of the transcription factor PU.1 induces the generation of microglia-like cells in human cortical organoids
2022-01-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28043-y
PMID:35058453
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研究论文 | 本文开发了一种在人皮质类器官(hCOs)中生成功能性小胶质细胞的方法,并研究了小胶质细胞在由淀粉样β(Aβ)诱导的炎症中的作用。 | 通过过表达髓系特异性转录因子PU.1,在hCOs中生成小胶质细胞样细胞,并将其移植到小鼠大脑中,利用单细胞转录组学分析其功能。 | NA | 研究小胶质细胞在神经发育和神经退行性疾病中的作用。 | 人皮质类器官(hCOs)中的小胶质细胞。 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-08-07 |
Developmental single-cell transcriptomics of hypothalamic POMC neurons reveal the genetic trajectories of multiple neuropeptidergic phenotypes
2022-01-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.72883
PMID:35044906
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序(TRAP-seq)技术,探讨了下丘脑弓状核中的POMC神经元在发育过程中的转录组和翻译组特征 | 本研究首次揭示了POMC神经元在发育过程中多样化的遗传轨迹,以及这些神经元在成熟过程中形成的多种神经肽能表型 | NA | 探究下丘脑POMC神经元的发育转录程序,以及这些程序如何指定神经元的身份和功能 | 下丘脑弓状核中的POMC神经元 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序(TRAP-seq) | NA | 转录组数据 | 多个发育阶段的下丘脑POMC神经元 | NA | NA | NA | NA |