单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	Blocking LAIR1 signaling in immune cells inhibits tumor development 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.996026 PMID:36211388	研究论文	本文研究了通过阻断免疫细胞中的LAIR1信号来抑制肿瘤发展的效果	开发了特异性的拮抗性抗LAIR1单克隆抗体，并研究了其在癌症治疗中的免疫激活作用	NA	探索新的癌症免疫学分子靶点和治疗策略	免疫细胞中的LAIR1信号阻断对肿瘤发展的影响	癌症免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了同源人类LAIR1转基因小鼠模型
122	2024-08-07	The human myocardium harbors a population of naive B-cells with a distinctive gene expression signature conserved across species 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.973211 PMID:36248879	研究论文	本文通过免疫组织化学染色和单细胞测序技术，研究了人类心肌中的B细胞数量、分布及其基因表达特征，并与小鼠数据进行了比较	首次详细描述了人类心肌中B细胞的分布和基因表达特征，并发现这些特征在不同物种间具有保守性	研究主要基于公开数据集和少量心脏辅助设备接受者的样本，可能需要更多临床样本以验证结果	探讨人类心肌中B细胞的生物学特性及其在心脏疾病治疗中的潜在应用	人类心肌中的B细胞及其基因表达特征	免疫学	心脏疾病	免疫组织化学染色，单细胞测序	NA	组织样本，基因表达数据	分析了健康人类心脏样本中的B细胞与T细胞比例，以及心脏辅助设备接受者的心脏和外周血样本
123	2024-08-05	Perspectives on Bulk-Tissue RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing for Cardiac Transcriptomics 2022, Frontiers in molecular medicine DOI:10.3389/fmmed.2022.839338 PMID:39086967	评论	本文探讨了心脏转录组学中对大规模组织RNA测序和单细胞RNA测序的看法	提出了单细胞测序在心脏功能和衰竭研究中的应用潜力	尚未完全理解心脏内细胞类型之间的复杂相互作用	旨在为使用NGS技术进行转录组研究的研究人员提供入门指南	关注心脏在功能和衰竭中的遗传和转录组贡献	数字病理学	心血管疾病	下一代测序 (NGS)	NA	NA	NA
124	2024-08-05	A neural network-based method for exhaustive cell label assignment using single cell RNA-seq data 2022-Jan-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-04473-4 PMID:35042860	研究论文	本文开发了一种基于神经网络的方法NeuCA，用于使用单细胞RNA-seq数据进行细胞注释。	该方法利用细胞类型的层次结构信息来提高注释准确性，特别是对于相似细胞类型的数据。	该方法可能对未知细胞类型仍然标记为未分配，特别是在无法预期未知细胞类型的情况下。	本文旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞注释准确性。	研究对象为单细胞RNA测序数据，特别是来自已研究组织的数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	神经网络	RNA-seq数据	应用于八个真实数据集
125	2024-08-05	InterCellar enables interactive analysis and exploration of cell-cell communication in single-cell transcriptomic data 2022-Jan-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02986-2 PMID:35017628	研究论文	InterCellar是一个互动平台，支持科学家分析和探索单细胞转录组数据中的细胞-细胞通信	Strikingly, InterCellar使实验室科学家能够在无需编程技能的情况下分析和探索细胞-细胞通信	尽管InterCellar提供了便捷的分析功能，但其效果仍然依赖用户对生物学信号的理解	本研究旨在提供一个无编程需求的工具，帮助分析单细胞转录组数据中的细胞-细胞通信	主要研究COVID-19和黑色素瘤中的细胞-细胞交互	数字病理学	COVID-19, 黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	数据驱动分析	分析了来自COVID-19和黑色素瘤的细胞-细胞交互数据
126	2024-08-05	Morphological characteristics and a single-cell analysis provide insights into function of immune and fat storage in the lamprey supraneural body 2022-Jan, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2021.106131 PMID:34838690	研究论文	本文探讨了灯盏细鱼上神经体的形态特征和单细胞分析，揭示了其在免疫和脂肪储存中的功能	首次利用单细胞转录组测序揭示上神经体中至少四种细胞类型及其独特的分子组成	对上神经体细胞的生理功能知之甚少，仍需深入研究	探究上神经体在免疫和脂肪储存中的生理功能	研究了上神经体中的白色脂肪细胞、粒细胞、淋巴细胞和红细胞等多种细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
127	2024-08-05	Integration of Single-Cell Transcriptomics With a High Throughput Functional Screening Assay to Resolve Cell Type, Growth Kinetics, and Stemness Heterogeneity Within the Comma-1D Cell Line 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.894597 PMID:36630696	研究论文	本研究利用高通量单细胞测序与功能筛选，分析Comma-1D细胞系的细胞类型、生长动力学和干性异质性	首次集成高通量单细胞 assays 研究细胞系内的克隆异质性，并提出了一种新的自动化细胞识别平台	当前细胞分离方法在功能上存在显著局限性，影响了对细胞特性的深入理解	研究Comma-1D细胞系中的细胞异质性及其生长动力学特征	Comma-1D小鼠细胞系以及其中的细胞亚群	数字病理学	NA	scRNA-seq, 单细胞功能表型检测	NA	基因组数据	5,195个测序细胞
128	2024-08-05	AhR Activation Leads to Attenuation of Murine Autoimmune Hepatitis: Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Unique Immune Cell Phenotypes and Gene Expression Changes in the Liver 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.899609 PMID:35720411	研究论文	本研究探讨了芳香烃受体（AhR）激活如何通过单细胞RNA测序分析减少小鼠自身免疫性肝炎中的免疫细胞炎症。	本文创新性地揭示了AhR激活导致小鼠自身免疫性肝炎中免疫细胞表型和基因表达的变化。	研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类的复杂免疫反应。	探讨AhR激活在小鼠自身免疫性肝炎中的作用机制。	小鼠模型及其肝脏中的免疫细胞。	数字病理学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
129	2024-08-05	BATF promotes group 2 innate lymphoid cell-mediated lung tissue protection during acute respiratory virus infection 2022-Jan-14, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abc9934 PMID:35030033	研究论文	本文研究了BATF在急性呼吸病毒感染中促进第2类固有淋巴细胞介导的肺组织保护的作用	识别了转录上独特的ILC2亚群，并揭示BATF在控制ILC2细胞的增殖、功能及其可塑性中的重要机制	ILC2在肺部的异质性及其在组织修复中的具体贡献机制仍不清楚	研究BATF在急性呼吸病毒感染中对ILC2的影响及其在组织修复中的作用	激活的第2类固有淋巴细胞（ILC2s）	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
130	2024-08-05	High-content CRISPR screening 2022, Nature reviews. Methods primers DOI:10.1038/s43586-022-00098-7 PMID:37214176	研究论文	该文章介绍了高内容CRISPR筛选技术及其应用于生物发现的潜力	文章强调了高内容方法如何提供前所未有的细节，以直接获得生物学见解	NA	探索CRISPR筛选的基本和高级概念及其在生物医学研究和药物开发中的应用	各种基因功能的非偏见探讨，包括癌症研究、免疫学和微生物学等领域	数字生物学	癌症	CRISPR	NA	RNA测序, 空间成像	NA
131	2024-08-05	Single-cell RNA-seq analyses show that long non-coding RNAs are conspicuously expressed in Schistosoma mansoni gamete and tegument progenitor cell populations 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.924877 PMID:36204320	研究论文	该研究分析了Schistosoma mansoni的单细胞RNA测序数据，发现长非编码RNA在生殖细胞和外表细胞群体中显著表达	首次揭示了Schistosoma mansoni中长非编码RNA的细胞类型特异性表达模式	研究主要依赖公开的数据，可能存在数据质量和完整性的问题	探索Schistosoma mansoni中长非编码RNA的表达模式及其潜在的治疗靶点	Schistosoma mansoni的成人细胞类型及其长非编码RNA表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	8023个长非编码RNA
132	2024-08-05	Asynchronous excitatory neuron development in an isogenic cortical spheroid model of Down syndrome 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.932384 PMID:36161168	研究论文	本研究利用同源的诱导多能干细胞（iPSC）系生成了模型唐氏综合症（DS）对大脑发育影响的皮层球体	本研究揭示了三体21染色体对兴奋性神经元发育的特定影响，并识别潜在驱动三体和常态兴奋性神经元发育非同步性的候选基因	尚未确定分子过程如何详细影响唐氏综合症中的智力障碍	研究唐氏综合症中神经发育变化的机制基础	利用同源的诱导多能干细胞系生成的皮层球体	数字病理学	唐氏综合症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	皮层球体模型	转录组数据	使用了一对同源的诱导多能干细胞系（trisomic 和 euploid）
133	2024-08-05	Single-Cell Transcriptome Analysis Defines Expression of Kabuki Syndrome-Associated KMT2D Targets and Interacting Partners 2022, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2022/4969441 PMID:35992033	研究论文	本文研究了Kabuki综合征相关的KMT2D靶基因及其相互作用伙伴的表达	首次使用单细胞RNA数据分析KMT2D和KDM6A在小鼠牙髓中的表达特征	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探究KMT2D和KDM6A在间充质干细胞分化过程中的作用	小鼠牙髓中的KMT2D和KDM6A基因表达	数字病理学	Kabuki综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	小鼠牙髓样本
134	2024-08-05	SHH and Notch regulate SOX9+ progenitors to govern arcuate POMC neurogenesis 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.855288 PMID:36033614	研究论文	本文研究了SHH和Notch信号通路如何调控SOX9+前体细胞以影响POMC神经发生	本研究首次揭示了SHH和Notch在调控SOX9+前体细胞及其分化中的作用	研究主要基于胚胎小鸡模型，可能在其他物种中存在差异	探讨下丘脑神经发生过程中转录因子的动态表达及其调控机制	主要研究对象为下丘脑弓状核中的POMC表达神经元及其前体细胞	数字病理学	NA	免疫组化和多重杂交技术	NA	单细胞RNA测序数据	胚胎小鸡样本
135	2024-08-05	The landscape of human tissue and cell type specific expression and co-regulation of senescence genes 2022-01-09, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-021-00507-7 PMID:35000600	研究论文	这项研究揭示了人类组织和细胞类型特异的衰老基因的共调控特征	系统地分析了健康人类组织中衰老基因的表达模式及其细胞类型特异性	对健康人类组织中的衰老细胞的普遍性理解仍然有限	研究衰老基因在不同类细胞中的共表达特征及其特异性	非疾病人类组织中的衰老基因及其相关网络	数字病理学	NA	RNA-seq	网络分析	转录组数据	50种人类组织
136	2024-08-05	Salivary ZG16B expression loss follows exocrine gland dysfunction related to oral chronic graft-versus-host disease 2022-Jan-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103592 PMID:35005541	研究论文	本研究探讨了慢性移植物抗宿主病(cGVHD)与唾液腺功能障碍相关的唾液ZG16B表达损失	发现ZG16B在口腔cGVHD唾液中显著降低，并可能指示特定的cGVHD活动和唾液腺功能障碍	本文未使用切口活检，因此没有确诊口腔cGVHD的诊断测试	旨在发现口腔cGVHD的生物标志物，以改善早期诊断和治疗	研究对象为唾液和人类唾液腺中的蛋白质表达	数字病理学	慢性移植物抗宿主病	液相色谱-串联质谱	单细胞RNA测序	蛋白质数据	569种蛋白质，其中77种在丰度上显著变化
137	2024-08-05	scATACpipe: A nextflow pipeline for comprehensive and reproducible analyses of single cell ATAC-seq data 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.981859 PMID:36238687	研究论文	提出了一种名为scATACpipe的Nextflow管道，用于全面和可重复地分析单细胞ATAC-seq数据	开发了一个易于使用、可扩展、可重复的scATAC-seq数据分析管道，填补了当前的工具和管道之间的空白	没有明显提到的局限性	旨在提供一个全面的单细胞ATAC-seq数据分析管道	针对单细胞ATAC-seq数据的质量评估、预处理、降维、聚类等	数字病理学	NA	ATAC-seq	NA	基因组数据	使用公共数据集进行验证，未具体说明样本数量
138	2024-08-05	Construction of TME and Identification of crosstalk between malignant cells and macrophages by SPP1 in hepatocellular carcinoma 2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-02967-8 PMID:34028567	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肝细胞癌中的肿瘤微环境及SPP1在恶性细胞与巨噬细胞之间的交互作用	提出了一种新的表观遗传免疫评分系统(EIRS)，并揭示SPP1作为HCC患者预后差的免疫相关预测因子	研究主要依赖于已有的数据库，可能限制了对内在机制的更深入理解	探讨肝细胞癌的免疫微环境及其对疾病进展的影响	以肝细胞癌(HCC)患者为研究对象，分析肿瘤微环境的特征及与巨噬细胞的相互作用	数字病理学	肝癌	多组学分析，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	NA
139	2024-08-05	CD74+ macrophages are associated with favorable prognosis and immune contexture in hepatocellular carcinoma 2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-02962-z PMID:34009409	研究论文	本研究探讨了CD74+巨噬细胞在肝细胞癌中的作用及其与预后和免疫环境的关系	本研究首次展示了CD74在肝细胞癌肿瘤微环境中的重要作用，并揭示了其与CD8细胞毒性T淋巴细胞浸润之间的关联	研究主要依赖于来自单一医院和TCGA的数据，可能存在样本代表性问题	探讨CD74在肝细胞癌中的功能及其对肿瘤微环境的影响	肝细胞癌患者的肿瘤组织样本和相关的免疫细胞	数字病理学	肝癌	免疫组化, 流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	组织样本, 单细胞数据	来自中山医院的肝细胞癌组织样本和TCGA数据
140	2024-08-07	Targeting p21Cip1 highly expressing cells in adipose tissue alleviates insulin resistance in obesity 2022-01-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2021.11.002 PMID:34813734	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法，发现并验证了在肥胖状态下脂肪组织中高表达p21的细胞群体，通过清除这些细胞可以缓解胰岛素抵抗。	首次发现并验证了p21高表达细胞在肥胖相关胰岛素抵抗中的关键作用，并提出了通过清除这些细胞来治疗胰岛素抵抗的新策略。	研究主要在动物模型和小规模人体实验中进行，需要进一步的大规模临床试验验证。	探索并验证针对肥胖状态下脂肪组织中p21高表达细胞的治疗策略，以缓解胰岛素抵抗。	肥胖状态下脂肪组织中的p21高表达细胞及其在胰岛素抵抗中的作用。	NA	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了p21-Cre小鼠模型和人体脂肪样本进行实验。