单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-05	High-content CRISPR screening 2022, Nature reviews. Methods primers DOI:10.1038/s43586-022-00098-7 PMID:37214176	研究论文	该文章介绍了高内容CRISPR筛选技术及其应用于生物发现的潜力	文章强调了高内容方法如何提供前所未有的细节，以直接获得生物学见解	NA	探索CRISPR筛选的基本和高级概念及其在生物医学研究和药物开发中的应用	各种基因功能的非偏见探讨，包括癌症研究、免疫学和微生物学等领域	数字生物学	癌症	CRISPR	NA	RNA测序, 空间成像	NA
122	2024-08-05	Single-cell RNA-seq analyses show that long non-coding RNAs are conspicuously expressed in Schistosoma mansoni gamete and tegument progenitor cell populations 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.924877 PMID:36204320	研究论文	该研究分析了Schistosoma mansoni的单细胞RNA测序数据，发现长非编码RNA在生殖细胞和外表细胞群体中显著表达	首次揭示了Schistosoma mansoni中长非编码RNA的细胞类型特异性表达模式	研究主要依赖公开的数据，可能存在数据质量和完整性的问题	探索Schistosoma mansoni中长非编码RNA的表达模式及其潜在的治疗靶点	Schistosoma mansoni的成人细胞类型及其长非编码RNA表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	8023个长非编码RNA
123	2024-08-05	Asynchronous excitatory neuron development in an isogenic cortical spheroid model of Down syndrome 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.932384 PMID:36161168	研究论文	本研究利用同源的诱导多能干细胞（iPSC）系生成了模型唐氏综合症（DS）对大脑发育影响的皮层球体	本研究揭示了三体21染色体对兴奋性神经元发育的特定影响，并识别潜在驱动三体和常态兴奋性神经元发育非同步性的候选基因	尚未确定分子过程如何详细影响唐氏综合症中的智力障碍	研究唐氏综合症中神经发育变化的机制基础	利用同源的诱导多能干细胞系生成的皮层球体	数字病理学	唐氏综合症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	皮层球体模型	转录组数据	使用了一对同源的诱导多能干细胞系（trisomic 和 euploid）
124	2024-08-05	Single-Cell Transcriptome Analysis Defines Expression of Kabuki Syndrome-Associated KMT2D Targets and Interacting Partners 2022, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2022/4969441 PMID:35992033	研究论文	本文研究了Kabuki综合征相关的KMT2D靶基因及其相互作用伙伴的表达	首次使用单细胞RNA数据分析KMT2D和KDM6A在小鼠牙髓中的表达特征	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探究KMT2D和KDM6A在间充质干细胞分化过程中的作用	小鼠牙髓中的KMT2D和KDM6A基因表达	数字病理学	Kabuki综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	小鼠牙髓样本
125	2024-08-05	SHH and Notch regulate SOX9+ progenitors to govern arcuate POMC neurogenesis 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.855288 PMID:36033614	研究论文	本文研究了SHH和Notch信号通路如何调控SOX9+前体细胞以影响POMC神经发生	本研究首次揭示了SHH和Notch在调控SOX9+前体细胞及其分化中的作用	研究主要基于胚胎小鸡模型，可能在其他物种中存在差异	探讨下丘脑神经发生过程中转录因子的动态表达及其调控机制	主要研究对象为下丘脑弓状核中的POMC表达神经元及其前体细胞	数字病理学	NA	免疫组化和多重杂交技术	NA	单细胞RNA测序数据	胚胎小鸡样本
126	2024-08-05	The landscape of human tissue and cell type specific expression and co-regulation of senescence genes 2022-01-09, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-021-00507-7 PMID:35000600	研究论文	这项研究揭示了人类组织和细胞类型特异的衰老基因的共调控特征	系统地分析了健康人类组织中衰老基因的表达模式及其细胞类型特异性	对健康人类组织中的衰老细胞的普遍性理解仍然有限	研究衰老基因在不同类细胞中的共表达特征及其特异性	非疾病人类组织中的衰老基因及其相关网络	数字病理学	NA	RNA-seq	网络分析	转录组数据	50种人类组织
127	2024-08-05	Salivary ZG16B expression loss follows exocrine gland dysfunction related to oral chronic graft-versus-host disease 2022-Jan-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103592 PMID:35005541	研究论文	本研究探讨了慢性移植物抗宿主病(cGVHD)与唾液腺功能障碍相关的唾液ZG16B表达损失	发现ZG16B在口腔cGVHD唾液中显著降低，并可能指示特定的cGVHD活动和唾液腺功能障碍	本文未使用切口活检，因此没有确诊口腔cGVHD的诊断测试	旨在发现口腔cGVHD的生物标志物，以改善早期诊断和治疗	研究对象为唾液和人类唾液腺中的蛋白质表达	数字病理学	慢性移植物抗宿主病	液相色谱-串联质谱	单细胞RNA测序	蛋白质数据	569种蛋白质，其中77种在丰度上显著变化
128	2024-08-05	scATACpipe: A nextflow pipeline for comprehensive and reproducible analyses of single cell ATAC-seq data 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.981859 PMID:36238687	研究论文	提出了一种名为scATACpipe的Nextflow管道，用于全面和可重复地分析单细胞ATAC-seq数据	开发了一个易于使用、可扩展、可重复的scATAC-seq数据分析管道，填补了当前的工具和管道之间的空白	没有明显提到的局限性	旨在提供一个全面的单细胞ATAC-seq数据分析管道	针对单细胞ATAC-seq数据的质量评估、预处理、降维、聚类等	数字病理学	NA	ATAC-seq	NA	基因组数据	使用公共数据集进行验证，未具体说明样本数量
129	2024-08-05	Construction of TME and Identification of crosstalk between malignant cells and macrophages by SPP1 in hepatocellular carcinoma 2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-02967-8 PMID:34028567	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肝细胞癌中的肿瘤微环境及SPP1在恶性细胞与巨噬细胞之间的交互作用	提出了一种新的表观遗传免疫评分系统(EIRS)，并揭示SPP1作为HCC患者预后差的免疫相关预测因子	研究主要依赖于已有的数据库，可能限制了对内在机制的更深入理解	探讨肝细胞癌的免疫微环境及其对疾病进展的影响	以肝细胞癌(HCC)患者为研究对象，分析肿瘤微环境的特征及与巨噬细胞的相互作用	数字病理学	肝癌	多组学分析，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	NA
130	2024-08-05	CD74+ macrophages are associated with favorable prognosis and immune contexture in hepatocellular carcinoma 2022-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-02962-z PMID:34009409	研究论文	本研究探讨了CD74+巨噬细胞在肝细胞癌中的作用及其与预后和免疫环境的关系	本研究首次展示了CD74在肝细胞癌肿瘤微环境中的重要作用，并揭示了其与CD8细胞毒性T淋巴细胞浸润之间的关联	研究主要依赖于来自单一医院和TCGA的数据，可能存在样本代表性问题	探讨CD74在肝细胞癌中的功能及其对肿瘤微环境的影响	肝细胞癌患者的肿瘤组织样本和相关的免疫细胞	数字病理学	肝癌	免疫组化, 流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	组织样本, 单细胞数据	来自中山医院的肝细胞癌组织样本和TCGA数据
131	2024-08-07	Targeting p21Cip1 highly expressing cells in adipose tissue alleviates insulin resistance in obesity 2022-01-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2021.11.002 PMID:34813734	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法，发现并验证了在肥胖状态下脂肪组织中高表达p21的细胞群体，通过清除这些细胞可以缓解胰岛素抵抗。	首次发现并验证了p21高表达细胞在肥胖相关胰岛素抵抗中的关键作用，并提出了通过清除这些细胞来治疗胰岛素抵抗的新策略。	研究主要在动物模型和小规模人体实验中进行，需要进一步的大规模临床试验验证。	探索并验证针对肥胖状态下脂肪组织中p21高表达细胞的治疗策略，以缓解胰岛素抵抗。	肥胖状态下脂肪组织中的p21高表达细胞及其在胰岛素抵抗中的作用。	NA	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了p21-Cre小鼠模型和人体脂肪样本进行实验。
132	2024-08-07	Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning 2022-01-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02581-y PMID:35101061	研究论文	本文介绍了tricycle包，利用细胞周期生物学特征、周期函数主成分分析的数学性质和迁移学习，预测单细胞RNA-seq数据的细胞周期位置	提出了一种新的方法tricycle，通过固定参考数据集的细胞周期嵌入，克服了数据集依赖嵌入的局限性	NA	开发一种通用方法，以高分辨率从单细胞RNA-seq数据中推断细胞周期位置	单细胞RNA-seq数据的细胞周期位置	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	迁移学习	RNA-seq数据	多个细胞类型、跨组织、物种和测序方法的数据集
133	2024-08-07	iMyoblasts for ex vivo and in vivo investigations of human myogenesis and disease modeling 2022-01-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70341 PMID:35076017	研究论文	研究使用无转基因的人类诱导多能干细胞（iPSCs）生成骨骼肌成肌细胞（iMyoblasts），并探讨其在体外和体内对人类肌生成和疾病模型的应用	iMyoblasts具有胎儿样转录组特征，与成人肌肉活检成肌细胞（bMyoblasts）和iPSC诱导的肌肉前体细胞不同，能够稳定传代并保持肌管分化和储备细胞再生的双重承诺	NA	探索iMyoblasts在人类肌生成和疾病发病机制研究中的应用，以及肌肉干细胞治疗药物的开发	iMyoblasts在体外和体内的应用，以及其在疾病模型中的分子病理学和治疗响应	数字病理学	肌肉疾病	免疫荧光、流式细胞术、qPCR、数字RNA表达谱分析、scRNA-Seq	NA	RNA	多个iMyoblasts样本，包括来自不同肌肉疾病患者的细胞
134	2024-08-07	Characterization of the COPD alveolar niche using single-cell RNA sequencing 2022-01-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28062-9 PMID:35078977	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了晚期慢性阻塞性肺病（COPD）患者和对照组的肺组织，并通过多种方法验证了发现，揭示了COPD病理生物学中的细胞特异性机制。	首次鉴定出COPD中存在转录证据显示细胞代谢异常和细胞应激耐受性降低的肺泡上皮II型细胞亚群，并预测COPD中的毛细血管内皮细胞通过增加CXCL-基序趋化因子信号而发炎。	NA	深入理解COPD病理生物学中细胞特异性的机制。	晚期COPD患者和对照组的肺组织，以及暴露于香烟烟雾中的小鼠肺组织。	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及晚期COPD患者和对照组的肺组织样本，以及暴露于香烟烟雾10个月的小鼠肺组织样本。
135	2024-08-07	Uncovering emergent phenotypes in endothelial cells by clustering of surrogates of cardiovascular risk factors 2022-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-05404-7 PMID:35079076	研究论文	本文通过分析人冠状动脉内皮细胞的全基因表达，研究了化学性低氧、氧化脂质、IL-1β诱导的炎症、振荡流及其组合刺激对内皮细胞功能障碍的影响。	发现风险因素的聚类与单独刺激的总和不同，导致内皮细胞中出现如细胞增殖等新表型。	NA	揭示内皮细胞中风险因素的聚类如何影响内皮功能障碍的分子基础。	人冠状动脉内皮细胞及其在不同风险因素刺激下的基因表达和细胞过程。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人冠状动脉粥样硬化斑块样本
136	2024-08-07	Integration of single-cell transcriptomes and chromatin landscapes reveals regulatory programs driving pharyngeal organ development 2022-01-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28067-4 PMID:35075189	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据，揭示了驱动咽器官发育的调控程序。	本文首次应用单细胞转录组和染色质可及性测序技术，生成涵盖咽内胚层模式化至发育中胚胎器官特异性上皮出现的多组学发育资源。	NA	旨在填补对咽内胚层发育分子基础和基因调控网络的全面和整合性理解的空白。	咽内胚层的发育及其在人类发育综合征中的作用。	基因组学	发育障碍	单细胞测序	NA	转录组数据，染色质可及性数据	涉及发育中的小鼠胚胎样本
137	2024-08-07	Dynamics and Pathways of Chromosome Structural Organizations during Cell Transdifferentiation 2022-Jan-24, JACS Au IF:8.5Q1 DOI:10.1021/jacsau.1c00416 PMID:35098228	研究论文	研究细胞转分化过程中染色体结构组织的动态变化和路径	开发了一种非平衡景观切换模型，用于研究人成纤维细胞和神经元细胞之间状态转换过程中染色体结构的动态变化	NA	揭示细胞转分化的分子机制	人成纤维细胞和神经元细胞的染色体结构	NA	NA	非平衡景观切换模型	NA	染色体结构数据	NA
138	2024-08-07	Expression of the transcription factor PU.1 induces the generation of microglia-like cells in human cortical organoids 2022-01-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28043-y PMID:35058453	研究论文	本文开发了一种在人皮质类器官（hCOs）中生成功能性小胶质细胞的方法，并研究了小胶质细胞在由淀粉样β（Aβ）诱导的炎症中的作用。	通过过表达髓系特异性转录因子PU.1，在hCOs中生成小胶质细胞样细胞，并将其移植到小鼠大脑中，利用单细胞转录组学分析其功能。	NA	研究小胶质细胞在神经发育和神经退行性疾病中的作用。	人皮质类器官（hCOs）中的小胶质细胞。	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
139	2024-08-07	Developmental single-cell transcriptomics of hypothalamic POMC neurons reveal the genetic trajectories of multiple neuropeptidergic phenotypes 2022-01-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72883 PMID:35044906	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序（TRAP-seq）技术，探讨了下丘脑弓状核中的POMC神经元在发育过程中的转录组和翻译组特征	本研究首次揭示了POMC神经元在发育过程中多样化的遗传轨迹，以及这些神经元在成熟过程中形成的多种神经肽能表型	NA	探究下丘脑POMC神经元的发育转录程序，以及这些程序如何指定神经元的身份和功能	下丘脑弓状核中的POMC神经元	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），翻译核糖体亲和纯化结合RNA测序（TRAP-seq）	NA	转录组数据	多个发育阶段的下丘脑POMC神经元
140	2024-08-07	Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab531 PMID:34929734	综述	本文综述了25种深度学习算法在单细胞RNA测序分析中的应用，并探讨了它们在单细胞RNA测序处理流程中特定步骤的适用性	本文建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示，并比较了这些模型的训练策略和损失函数	NA	旨在为读者提供选择适合其特定目标的算法，并启发深度学习在多组学和空间单细胞测序中的创新应用	深度学习算法在单细胞RNA测序分析中的应用	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器、自编码器、生成对抗网络、监督学习模型	单细胞RNA测序数据	NA