单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-27	Single-Cell RNA Sequencing of Urinary Cells Reveals Distinct Cellular Diversity in COVID-19-Associated AKI 2022-01-27, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/KID.0005522021 PMID:35368565	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了COVID-19相关急性肾损伤患者的尿液细胞，揭示了其细胞多样性和基因表达差异	首次使用单细胞RNA测序技术非侵入性地研究COVID-19相关急性肾损伤的细胞变化，并提供了尿液膀胱细胞直接被SARS-CoV-2感染的初步证据	样本量较小，且仅包括住院患者	探究COVID-19相关急性肾损伤在尿液细胞中的表现和机制	COVID-19相关急性肾损伤患者的尿液细胞	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	细胞	共分析了30,076个细胞，来自8名COVID-19患者和4名非COVID-19急性肾损伤患者
102	2024-08-27	Loss of Function of the Neural Cell Adhesion Molecule NrCAM Regulates Differentiation, Proliferation and Neurogenesis in Early Postnatal Hypothalamic Tanycytes 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.832961 PMID:35464310	研究论文	本文研究了神经细胞粘附分子NrCAM在早期新生小鼠下丘脑tanycytes中的功能丧失对分化、增殖和神经发生的影响	首次提供了NrCAM在成年小鼠tanycytes中调控作用的证据，并使用单细胞RNA测序技术揭示了tanycyte特异性基因表达的变化	NrCAM缺陷小鼠中观察到的tanycyte减少和标记物丢失仅与轻微的代谢表型相关，可能需要进一步研究以揭示更深层次的影响	探讨NrCAM在tanycytes中的功能及其对细胞稳态的调控作用	下丘脑tanycytes及NrCAM的功能	神经科学	NA	免疫组织化学分析、杂交分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠及E16胚胎小鼠
103	2024-08-27	Next-Generation and Single-Cell Sequencing Approaches to Study Atherosclerosis and Vascular Inflammation Pathophysiology: A Systematic Review 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.849675 PMID:35419441	综述	本文综述了利用单细胞和下一代测序技术研究动脉粥样硬化和血管炎症病理生理学的现有数据	单细胞和下一代测序方法提供了比以往方法更高分辨率的阐明动脉粥样硬化的新手段	研究主要集中在平滑肌细胞、巨噬细胞和干细胞/祖细胞对疾病的贡献上，而对其他细胞类型如淋巴细胞和内皮细胞的贡献关注较少	旨在全面评估利用单细胞和下一代测序技术发表的数据，以识别动脉粥样硬化和血管炎症的关键细胞和分子贡献	动脉粥样硬化和血管炎症的病理生理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序和下一代测序	NA	基因组数据	34项研究符合叙事综合分析，其中16篇文章仅使用单细胞测序，10篇使用下一代测序，8篇使用这两种方法的组合
104	2024-08-27	Analysis of Half a Billion Datapoints Across Ten Machine-Learning Algorithms Identifies Key Elements Associated With Insulin Transcription in Human Pancreatic Islet Cells 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.853863 PMID:35399953	研究论文	本研究通过分析超过4.9亿个数据点，比较了10种不同的机器学习工作流程，以识别与人类胰腺单细胞转录组中胰岛素转录相关基因	本研究首次在大规模数据集上比较了多种机器学习算法，特别是随机森林算法显示出高预测能力和敏感性	NA	比较不同机器学习工作流程在大数据分析中的表现，并识别与胰岛素转录相关的关键元素	人类胰腺单细胞转录组数据	机器学习	糖尿病	机器学习	随机森林	转录组数据	训练数据集包含11,652个样本，验证数据集包含2,913个样本
105	2024-08-26	The Transcriptional Cell Atlas of Testis Development in Sheep at Pre-Sexual Maturity 2022-Jan-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb44020033 PMID:35723319	研究论文	本研究使用10× Genomics Chromium单细胞RNA测序技术，对三只三个月大的公羊睾丸发育过程中的12,843个睾丸细胞进行了测序，并鉴定了多种细胞类型及其特定标记基因	首次在羊的睾丸发育过程中使用单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型及其在不同分化状态下的特定标记基因	NA	探索羊睾丸在性成熟前的发育过程及其细胞类型和分化状态	羊睾丸中的细胞类型及其在性成熟前的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	12,843个睾丸细胞
106	2024-08-26	Basal-Like Cell-Conditioned Medium Exerts Anti-Fibrotic Effects In Vitro and In Vivo 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.844119 PMID:35350187	研究论文	研究证实基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的抑制作用	首次通过单细胞RNA测序和体外实验证实基底样细胞通过旁分泌机制抑制特发性肺纤维化中的纤维化过程	NA	验证基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的影响	特发性肺纤维化中的基底样细胞及其对纤维化的影响	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织样本及受博来霉素损伤的实验鼠
107	2024-08-26	Exploring the Genomic Patterns in Human and Mouse Cerebellums Via Single-Cell Sequencing and Machine Learning Method 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.857851 PMID:35309141	研究论文	本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索人鼠小脑的基因组模式	使用基因表达谱作为特征，实现了对不同小脑细胞类型的高效分类，揭示了人鼠小脑基因组模式的显著差异	NA	识别人鼠小脑四种亚细胞类型之间的转录差异	人鼠小脑的四种亚细胞类型：Golgi、颗粒、中间神经元和单极刷细胞	机器学习	NA	单细胞测序	分类模型	基因表达数据	共使用了321,387个单细胞测序数据，包括四种细胞类型：Golgi（5,048个，1.57%）、颗粒（250,307个，77.88%）、中间神经元（60,526个，18.83%）和单极刷细胞（5,506个，1.72%）
108	2024-08-25	Adaptation of the Oxygen Sensing System during Lung Development 2022, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2022/9714669 PMID:35242281	研究论文	研究了在肺发育过程中氧气感应系统的适应性及其目标，即缺氧诱导因子（HIF）调控基因（HRGs）	通过整合qPCR、免疫印迹、杂交和单细胞RNA测序数据，详细描绘了氧气感应系统在肺发育中的变化	系统性缺氧或roxadustat治疗仅显示出HRGs的有限反应	理解肺发育从囊状到肺泡阶段的氧气感应系统组件的相互作用，以对抗与早产相关的疾病	肺发育中的氧气感应系统和HIF调控基因	NA	早产相关疾病	qPCR、免疫印迹、杂交、单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
109	2024-08-25	Insights Gained and Future Outlook From scRNAseq Studies in Autoimmune Rheumatic Diseases 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.849050 PMID:35251048	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在自身免疫性风湿病研究中的主要发现，并展望了新兴的单细胞技术（如免疫组库测序和空间转录组学）在扩展对免疫和基质细胞行为的理解方面的潜力。	scRNAseq作为一种强大的新工具，能够评估风湿病中的生物异质性和单个细胞功能，揭示了新的细胞群和关键分子特征。	目前scRNAseq在风湿病领域的应用尚未充分利用新兴的单细胞技术，如免疫组库测序和空间转录组学。	探讨scRNAseq在自身免疫性风湿病研究中的应用，并展望新兴单细胞技术在扩展对免疫和基质细胞行为理解方面的潜力。	自身免疫性风湿病及其相关细胞和分子机制。	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
110	2024-08-25	A Necroptosis-Related Prognostic Model of Uveal Melanoma Was Constructed by Single-Cell Sequencing Analysis and Weighted Co-Expression Network Analysis Based on Public Databases 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.847624 PMID:35242144	研究论文	本研究通过单细胞测序分析和加权共表达网络分析，构建了一个与坏死性凋亡相关的葡萄膜黑色素瘤预后模型	首次通过单细胞测序和加权共表达网络分析，构建了与坏死性凋亡相关的葡萄膜黑色素瘤预后模型，并通过细胞实验验证了模型中关键基因ITPA的作用	NA	研究坏死性凋亡在葡萄膜黑色素瘤中的临床意义，并构建预后模型	葡萄膜黑色素瘤患者及其预后	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞测序分析，加权共表达网络分析	COX回归，Lasso回归	基因表达数据	使用GEO数据库的GSE139829数据集和TCGA数据进行分析，具体样本数量未详细说明
111	2024-08-25	The Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Atherosclerotic Disease 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.826103 PMID:35211529	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化疾病研究中的应用	利用单细胞转录组学技术深入分析动脉粥样硬化斑块的细胞组成，提供更精细的信息	NA	探讨单细胞转录组学如何影响我们对动脉粥样硬化的当前理解	动脉粥样硬化斑块的细胞组成	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
112	2024-08-23	New horizons in the stormy sea of multimodal single-cell data integration 2022-01-20, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2021.12.012 PMID:35063095	综述	本文综述了多模态单细胞数据整合的生物信息学挑战和实验设计挑战	探讨了整合多模态单细胞数据以识别高度特异的细胞亚群和推断因果生物机制的新方法	NA	设计、执行和分析多模态单细胞实验，以学习新的因果和机制生物学	多模态单细胞数据整合	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	多模态数据	NA
113	2024-08-23	Single-cell sequencing reveals lineage-specific dynamic genetic regulation of gene expression during human cardiomyocyte differentiation 2022-01, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009666 PMID:35061661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从诱导多能干细胞到心肌细胞分化过程中基因表达的动态遗传调控	本研究采用灵活的方法来映射动态eQTL，这些eQTL的效果在分叉分化轨迹的过程中显著变化，并且特定于某一谱系	NA	揭示人类心肌细胞分化过程中基因表达的谱系特异性动态遗传调控	从诱导多能干细胞到心肌细胞的分化过程中的基因调控变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	19个人类细胞系，在7个独特的时间点采样
114	2024-08-23	Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Acute Myocardial Infarction 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.908815 PMID:35844519	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了急性心肌梗死患者外周血单个核细胞的转录组特征	首次揭示了在斑块破裂和非破裂情况下，不同免疫细胞亚群在急性心肌梗死中的具体作用	样本量较小，仅包括10名患者	探讨急性心肌梗死患者中斑块破裂与非破裂情况下循环免疫细胞的差异	急性心肌梗死患者的外周血单个核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10名急性心肌梗死患者
115	2024-08-23	RNA-Seq of Single Fish Cells - Seeking Out the Leukocytes Mediating Immunity in Teleost Fishes 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.798712 PMID:35140719	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在硬骨鱼类免疫系统研究中的应用，特别是揭示白细胞亚群及其相互作用对整体免疫反应的贡献	单细胞RNA测序技术揭示了白细胞群体的意外可塑性和异质性，改变了免疫学的几个长期范式	NA	探讨单细胞RNA测序技术在硬骨鱼类免疫系统中的应用，揭示白细胞亚群的个体贡献及其相互作用	硬骨鱼类的白细胞及其在免疫反应中的作用	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个鱼细胞
116	2024-08-22	A matter of space and time: Emerging roles of disease-associated proteins in neural development 2022-01-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.10.035 PMID:34847355	研究论文	本文探讨了神经发育障碍中与疾病相关的蛋白质在神经发育中的新兴角色	新证据表明，这些蛋白质在未成熟细胞中具有新颖的、不同的作用，特别是在神经系统在产前发育中的组装过程中	NA	探讨神经发育障碍中与疾病相关的蛋白质在神经发育中的作用	神经发育障碍中的突触蛋白和离子通道	NA	神经发育障碍	单细胞测序	NA	NA	NA
117	2024-08-22	Challenges and Opportunities for the Translation of Single-Cell RNA Sequencing Technologies to Dermatology 2022-Jan-04, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life12010067 PMID:35054460	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在皮肤生物学领域的最新进展，特别关注皮肤病理学及其向临床的转化	本文总结了单细胞分析的优势和局限性，有助于将这些新技术的新见解转化为临床应用	目前这些新技术的临床转化尚不足	总结单细胞RNA测序技术在皮肤生物学中的应用现状，并探讨其向临床转化的挑战与机遇	人类皮肤细胞类型及其在稳态和多种皮肤病中的相互作用	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	数据集	大量
118	2024-08-22	A growth factor-expressing macrophage subpopulation orchestrates regenerative inflammation via GDF-15 2022-01-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210420 PMID:34846534	研究论文	本文研究了肌肉再生过程中，一种表达生长因子的巨噬细胞亚群通过GDF-15调控再生性炎症的机制	首次揭示了GDF-15在肌肉再生中的作用及其调控机制，并识别出一种新的巨噬细胞亚群——生长因子表达巨噬细胞（GFEMs）	NA	探讨肌肉再生过程中巨噬细胞亚群的特化及其在再生性炎症中的作用	肌肉再生过程中的巨噬细胞及其表达的GDF-15	NA	NA	基因表达动力学聚类分析，免疫单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	受伤肌肉中分离的Ly6Chigh和Ly6Clow巨噬细胞
119	2024-08-21	Gene Expression Nebulas (GEN): a comprehensive data portal integrating transcriptomic profiles across multiple species at both bulk and single-cell levels 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab878 PMID:34591957	research paper	本文介绍了一个名为Gene Expression Nebulas（GEN）的综合数据门户，该门户整合了多个物种在批量和单细胞层面的转录组数据	GEN通过使用标准化的数据处理流程和结构化的管理模型，收集了高质量的批量和单细胞RNA测序数据集	NA	旨在提供一个全面的转录组数据集，以更好地理解从组织到细胞的遗传调控结构和功能机制	多个物种的转录组数据	NA	NA	RNA sequencing	NA	transcriptomic profiles	50,500个样本和15,540,169个细胞，涵盖30个物种
120	2024-08-19	Single-cell RNA sequencing to characterize the response of pancreatic cancer to anti-PD-1 immunotherapy 2022-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2021.101262 PMID:34768100	研究论文	本研究通过建立四种不同胰腺癌细胞系的原位胰腺癌小鼠模型，利用单细胞RNA测序技术分析了αPD-1抗体治疗对胰腺癌的响应，揭示了肿瘤微环境中免疫细胞的差异及其与免疫治疗响应的关系	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了胰腺癌对αPD-1免疫治疗的响应机制，特别是肿瘤相关巨噬细胞与效应CD8 T细胞的失衡对治疗响应的影响	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在临床样本中验证这些发现	探究胰腺癌对αPD-1免疫治疗的响应机制	胰腺癌及其对αPD-1免疫治疗的响应	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种不同胰腺癌细胞系的原位胰腺癌小鼠模型