单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2024-08-08	The function of the m6A methyltransferase METTL3 in goat early embryo development under hypoxic and normoxic conditions 2022-Jan-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2021.10.017 PMID:34700071	研究论文	本研究探讨了m6A甲基转移酶METTL3在山羊早期胚胎发育中，特别是在低氧和常氧条件下的作用	首次揭示了METTL3在氧化应激条件下对山羊早期胚胎发育的关键作用	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	探讨METTL3在山羊早期胚胎发育中的作用及其在氧化应激条件下的影响	山羊早期胚胎，特别是8细胞阶段和囊胚阶段的发育	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	山羊胚胎的8细胞阶段和囊胚阶段的样本
1102	2024-08-08	scMRMA: single cell multiresolution marker-based annotation 2022-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab931 PMID:34648021	研究论文	本文开发了一种双向方法scMRMA，利用分层参考指导迭代聚类和深度注释，以提高单细胞RNA测序数据的注释准确性	scMRMA采用双向方法，通过分层参考指导迭代聚类和深度注释，显著提高了注释的准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据的细胞身份注释准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞身份	单细胞测序	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四组基准数据集
1103	2024-08-08	CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab905 PMID:34643725	研究论文	本文介绍了CancerSCEM数据库，这是一个专注于多种人类癌症的单细胞表达图谱数据库	CancerSCEM提供了一个综合的在线分析平台，集成了七种分析功能，支持交互式癌症单细胞RNA测序分析	NA	开发一个数据库以整合和处理大量癌症单细胞RNA测序数据，促进对肿瘤微环境的研究	多种人类癌症的单细胞RNA测序数据	数字病理学	多种癌症	单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	208个癌症样本，涵盖28项研究和20种人类癌症类型
1104	2024-08-08	scAPAatlas: an atlas of alternative polyadenylation across cell types in human and mouse 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab917 PMID:34643729	研究论文	本文介绍了一个名为scAPAatlas的综合资源，用于探索人类和小鼠不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化（APA）事件，并解释其潜在的生物学功能。	scAPAatlas是首个整合细胞类型级别APA信息的资源，基于24种人类和25种小鼠正常组织的scRNA-seq数据，系统地识别了不同细胞类型的细胞类型特异性APA事件，并探讨了APA与基因表达水平及microRNAs或RNA结合蛋白之间的相互作用。	NA	开发一个全面的资源，用于探索和解释不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件及其生物学功能。	人类和小鼠的不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	24种人类正常组织和25种小鼠正常组织
1105	2024-08-08	Global 3'-untranslated region landscape mediated by alternative polyadenylation during meiotic maturation of pig oocytes 2022-Jan, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.14026 PMID:34647356	研究论文	本研究分析了猪卵母细胞在减数分裂成熟过程中的3'-非翻译区（3'-UTR）的动态变化，利用先前的单细胞RNA测序数据，通过两种软件DaPars和APAtrap识别了显著差异的3'-UTR mRNA，并进行了基因富集分析。	首次系统地描述了猪卵母细胞减数分裂成熟过程中3'-UTR的全局景观变化，并探讨了其与卵母细胞成熟过程的关系。	研究仅基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多类型的数据来全面验证结果。	探讨猪卵母细胞减数分裂成熟过程中3'-UTR的动态变化及其对生物过程的影响。	猪卵母细胞的3'-UTR及其在减数分裂成熟过程中的变化。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及猪卵母细胞的germinal vesicle和metaphase II阶段的数据
1106	2024-08-08	Small Airway Susceptibility to Chemical and Particle Injury 2022, Respiration; international review of thoracic diseases DOI:10.1159/000519344 PMID:34649249	综述	本文综述了人类小气道对化学和颗粒损伤的易感性及其在气道疾病发展中的作用	介绍了单细胞测序技术在人类气道中的最新进展，提供了前所未有的细胞表型细节，可能影响气道对化学和颗粒损伤的反应	目前缺乏足够的人类数据来支持与动物研究相似的结论	探讨小气道对特定化学和颗粒暴露的易感性原因，以及这对识别有害物质、其特性和相关暴露情景的重要性	人类小气道及其对化学和颗粒损伤的易感性	NA	慢性阻塞性肺病，哮喘	单细胞测序	NA	细胞表型数据	NA
1107	2024-08-08	Plant Single Cell Transcriptome Hub (PsctH): an integrated online tool to explore the plant single-cell transcriptome landscape 2022-01, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13725 PMID:34651402	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1108	2024-08-08	WGBS combined with RNA-seq analysis revealed that Dnmt1 affects the methylation modification and gene expression changes during mouse oocyte vitrification 2022-Jan-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2021.09.032 PMID:34653792	研究论文	本研究通过结合单细胞全基因组亚硫酸氢盐测序（scWGBS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），探讨了小鼠卵母细胞玻璃化过程中的分子特性变化	首次揭示了Dnmt1在小鼠卵母细胞玻璃化过程中对甲基化修饰和基因表达变化的影响	研究仅限于小鼠卵母细胞，未来研究应扩展到其他物种以验证结果的普遍性	探究卵母细胞冷冻保存及后续升温过程中分子层面的变化，以改进卵母细胞冷冻保存技术	小鼠成熟中期II（MII）卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞全基因组亚硫酸氢盐测序（scWGBS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，转录组数据	新鲜卵母细胞与玻璃化卵母细胞的比较
1109	2024-08-08	Sex-Stratified Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Sex-Specific and Cell Type-Specific Transcriptional Responses in Alzheimer's Disease Across Two Brain Regions 2022-Jan, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-021-02591-8 PMID:34669146	研究论文	本研究通过性别分层的单细胞RNA测序分析，识别了阿尔茨海默病在两个大脑区域中的性别特异性和细胞类型特异性转录反应	首次在单细胞水平上全面检查了阿尔茨海默病中的性别差异，特别是在前额叶皮质的胶质细胞中	NA	探究阿尔茨海默病中性别特异性的病理生理机制，为新疗法的开发提供信息	阿尔茨海默病患者的两个大脑区域（前额叶皮质和内嗅皮质）的单细胞RNA测序数据	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	近74,000个细胞
1110	2024-08-08	Clustering spatial transcriptomics data 2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab704 PMID:34623423	研究论文	本文开发了一种名为FICT的新方法，该方法结合了基因表达和邻域信息来分配细胞类型，以充分利用空间转录组数据并提高识别新型亚型的能力	FICT方法的创新之处在于它同时考虑了基因表达和细胞邻域信息，从而提高了细胞类型和亚型的识别准确性	NA	开发一种新的方法来更有效地分析空间转录组数据，并提高细胞类型和亚型的识别能力	空间转录组数据中的细胞类型和亚型	生物信息学	NA	荧光原位杂交（FISH）	概率函数	空间转录组数据	模拟数据和多个真实空间转录组数据
1111	2024-08-08	Alignment of single-cell trajectories by tuMap enables high-resolution quantitative comparison of cancer samples 2022-01-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2021.09.003 PMID:34624253	研究论文	本文介绍了一种名为tuMap的算法，该算法利用高维单细胞数据对具有内在发育结构的癌症样本进行对齐，以实现与健康发育的比较	tuMap算法能够生成tuMap伪时间轴，允许对癌症样本进行系统性和有意义的比较，并揭示与临床相关的关联	NA	开发一种算法以实现高分辨率的癌症样本定量比较	急性淋巴细胞白血病和骨髓性白血病的单细胞数据	数字病理学	白血病	单细胞质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
1112	2024-08-08	scMRA: a robust deep learning method to annotate scRNA-seq data with multiple reference datasets 2022-01-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab700 PMID:34623390	研究论文	本文介绍了一种名为scMRA的深度学习方法，用于使用多个参考数据集注释单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	scMRA通过构建知识图谱和使用图形卷积网络作为判别器，能够有效地从多个参考数据集中转移知识到未标记的目标域，并能去除批次效应	NA	开发一种有效且高效的细胞类型识别方法，以整合积累的scRNA-seq数据，实现细胞类型和状态的共同本体	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	深度学习	图形卷积网络	scRNA-seq数据	多个数据集
1113	2024-08-08	CeDR Atlas: a knowledgebase of cellular drug response 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab897 PMID:34634794	研究论文	本文介绍了CeDR Atlas，一个报告细胞药物反应计算推断的知识库，涵盖多种组织中的数百种细胞类型	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和Connectivity Map资源（CMap）的高通量药物诱导基因表达分析，实现了细胞分辨率的药物反应精细映射	NA	研究不同细胞类型对药物反应的差异，以改善组合治疗、药物抗性和副作用的设计	人类、小鼠和细胞系的单细胞数据对象	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过582个单细胞数据对象，包括约140种表型和1250种组织-细胞组合类型
1114	2024-08-08	SMILE: mutual information learning for integration of single-cell omics data 2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab706 PMID:34623402	研究论文	本文介绍了一种无监督深度学习算法SMILE，通过最大化互信息来学习单细胞数据的判别表示，用于整合多源单细胞转录组数据	SMILE算法能够成功整合多源单细胞转录组数据，消除批次效应，并将来自不同组织的相似细胞类型投影到共享空间中	NA	开发一种新的算法来整合不同来源、类型和特征的单细胞组学数据	单细胞组学数据	机器学习	NA	深度学习	深度学习算法	单细胞转录组数据	NA
1115	2024-08-08	Joint-Tissue Integrative Analysis Identified Hundreds of Schizophrenia Risk Genes 2022-Jan, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-021-02572-x PMID:34628600	研究论文	本研究利用多组织基因表达数据和全基因组关联研究数据，通过转录组范围的关联研究（TWAS）和孟德尔随机化分析，识别了与精神分裂症遗传风险相关的144个基因	本研究首次发现这些基因在产前和产后脑组织中的表达趋势截然相反，并在中孕期胎儿脑部的单细胞RNA测序数据中揭示了这些基因在谷氨酸能兴奋性神经元和循环前体细胞中的富集	需要进一步使用先进的算法在大量脑组织和单细胞中以及不同发育阶段进行研究，以表征精神分裂症发病机制的转录组特征	识别与精神分裂症遗传风险相关的基因，并探讨其在疾病发病机制中的作用	精神分裂症风险基因及其在脑发育中的表达模式	基因组学	精神分裂症	全基因组关联研究（GWAS），转录组范围的关联研究（TWAS），孟德尔随机化（MR）分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1116	2024-08-08	Single-cell analysis of prostaglandin E2-induced human decidual cell in vitro differentiation: a minimal ancestral deciduogenic signal† 2022-01-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioab183 PMID:34591094	研究论文	研究探讨了前列腺素E2（PGE2）在体外诱导人类基蜕膜细胞分化中的作用	首次通过单细胞转录组学分析PGE2介导的蜕膜化过程，并提出PGE2作为体外蜕膜化的替代方法	NA	验证PGE2和孕激素能否激活蜕膜细胞的核心基因调控网络	人类子宫内膜成纤维细胞的蜕膜化过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
1117	2024-08-08	Regeneration Roadmap: database resources for regenerative biology 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab870 PMID:34591960	research paper	本文构建了一个名为Regeneration Roadmap的数据库，用于系统地收集和标准化再生生物学研究中产生的大量数据	首次开发了一个开放且全面的数据库，收集并标准化了再生研究中的大量数据，如高通量测序数据	NA	促进再生研究，为延迟衰老提供潜在策略	再生相关的基因、批量和单细胞转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据	NA	NA	高通量测序	NA	基因、转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据	2.38 million data entries across 11 species and 36 tissues
1118	2024-08-08	Crafting a blueprint for single-cell RNA sequencing 2022-01, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2021.08.016 PMID:34580023	研究论文	本文讨论了基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在实验设计中的关键考虑因素和实用建议	提供了针对scRNA-Seq实验设计的实用技巧，以确保最佳结果	未明确提及	最大化scRNA-Seq技术的潜力	单细胞RNA测序技术的关键考虑因素	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列	未明确提及
1119	2024-08-08	The transcriptomic revolution and radiation biology 2022, International journal of radiation biology IF:2.1Q2 DOI:10.1080/09553002.2021.1987562 PMID:34586968	review	本文简要回顾了功能基因组学的起源和演变，重点介绍了实验技术、数据分析和可视化方法，并强调了功能基因组学在辐射生物学中的应用	文章探讨了非编码RNA、基因组的替代阅读和单细胞转录组学等创新领域，这些领域可能有助于塑造未来辐射生物学和肿瘤学的研究	NA	回顾功能基因组学的发展，并探讨其在辐射生物学和肿瘤学中的应用	功能基因组学技术及其在辐射生物学中的应用	NA	NA	功能基因组学	NA	转录组数据	NA
1120	2024-08-08	IL13 Acts Directly on Gastric Epithelial Cells to Promote Metaplasia Development During Chronic Gastritis 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.09.012 PMID:34587523	研究论文	本研究探讨了白细胞介素13（IL13）在慢性胃炎中促进胃上皮细胞化生的机制	首次鉴定了六种独特的IL13产生免疫细胞亚群，并揭示了IL13直接作用于胃上皮细胞诱导化生表型的机制	NA	旨在识别产生IL13的免疫细胞，确定胃上皮细胞对IL13的反应，并确立IL13在化生发展中的作用	慢性胃炎中的免疫细胞和细胞因子如何调节化生细胞变化的机制	NA	胃癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	使用TxA23、TxA23×Il4ra-/-和TxA23×Il13-Yfp小鼠模型，以及人胃类器官进行实验