单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2024-08-08	High-Throughput Multimodal Single-Cell Targeted DNA and Surface Protein Analysis Using the Mission Bio Tapestri Platform 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_12 PMID:34766272	研究论文	本文介绍了使用Mission Bio Tapestri平台进行高通量多模态单细胞靶向DNA和表面蛋白分析的方法	该技术结合了单细胞测序和分析，能够解析个体样本中的高分辨率基因组多样性，并增加了对表面蛋白标记表达的分析能力	NA	旨在通过基因组信息提供预测能力，进一步指导治疗策略	癌症生物学中的基因型-表型展示多样性及疾病进程结果	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组数据和表面蛋白标记表达数据	NA
1082	2024-08-08	Generation of Centered Log-Ratio Normalized Antibody-Derived Tag Counts from Large Single-Cell Sequencing Datasets 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_14 PMID:34766274	研究论文	本文介绍了从大规模单细胞测序数据集中生成中心对数比归一化的抗体衍生标签计数的详细步骤	本文提供了使用云计算从大型CITE-seq数据集生成中心对数比归一化CITE-seq数据的详细步骤	NA	探讨单细胞分析中新技术的应用，特别是CITE-seq和REAP-seq方法	单细胞蛋白表达分析	生物信息学	NA	CITE-seq	NA	数据集	大规模单细胞测序数据集
1083	2024-08-08	Combined Measurement of RNA and Protein Expression on a Single-Cell Level 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_16 PMID:34766276	研究论文	本文描述了一种结合单细胞RNA测序和蛋白质表达分析的新技术，使用BD Rhapsody单细胞分析系统进行3' mRNA全转录组分析（WTA），并结合AbO和样本标签文库制备	开发了一种新的单细胞多组学方法，结合转录和表面蛋白表达分析，使用大量与寡核苷酸偶联的抗体（AbOs）进行表面标记检测，克服了传统流式细胞术中使用有限表面标记的限制	目前免疫细胞分离基于RNA表达谱预测的表面标记表达，常受转录和蛋白质表达模式之间低相关性的限制	克服转录和蛋白质表达模式之间的低相关性，提高免疫细胞功能和异质性分析的准确性	单细胞RNA和蛋白质表达	生物技术	NA	单细胞RNA测序（sc-RNAseq）	NA	RNA和蛋白质	NA
1084	2024-08-08	Live Cell Genomics: Cell-Specific Transcriptome Capture in Live Single Cells from Complex Tissues 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1752-6_40 PMID:34766318	研究论文	本文介绍了一种名为体内转录组分析（TIVA）的单细胞分析程序，用于从活体组织中准确获取特定细胞的转录组	首次使用细胞穿透肽（CPPs）结合光激活技术，实现了从活体单细胞中非侵入性地准确分离单细胞mRNA	NA	开发一种新的方法来分析单细胞转录组，以更好地理解细胞异质性及其在正常功能和疾病发展中的作用	单细胞转录组	基因组学	NA	细胞穿透肽（CPPs）	NA	转录组	NA
1085	2024-08-08	Exposure to Tobacco Smoking Induces a subset of Activated Tumor-resident Tregs in Non-Small Cell Lung Cancer 2022-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2021.101261 PMID:34768099	研究论文	研究烟草烟雾暴露对非小细胞肺癌中肿瘤内调节性T细胞亚群的影响	定义了一种与吸烟相关的肿瘤特异性调节性T细胞亚群ADAM12 CTLA4 Tregs，并发现其在吸烟史患者中的比例显著增加	NA	探讨烟草烟雾如何影响肺癌的肿瘤免疫环境	非小细胞肺癌患者的肿瘤内T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA序列数据	多个研究中的非小细胞肺癌患者数据
1086	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals hidden information in trypanosomatids 2022-01, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2021.10.006 PMID:34774423	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术揭示了双宿主寄生虫在从媒介到宿主过渡期间的发展阶段特异性基因表达模式	使用单细胞转录组学技术揭示了寄生虫发展阶段的隐藏信息	NA	研究双宿主寄生虫在环境极端条件下的适应性和生存机制	双宿主寄生虫的发展阶段特异性基因表达	转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1087	2024-08-08	Loss of H2R Signaling Disrupts Neutrophil Homeostasis and Promotes Inflammation-Associated Colonic Tumorigenesis in Mice 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.003 PMID:34781022	研究论文	本研究探讨了H2R信号在先天免疫细胞中的下游效应，特别是中性粒细胞在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。	首次揭示了H2R信号缺失如何影响中性粒细胞的稳态及其在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果。	精确阐明H2R激活在先天免疫细胞中的下游效应。	小鼠中性粒细胞和肠道上皮细胞。	免疫学	结肠肿瘤	单细胞RNA测序，RNA测序	NA	RNA	野生型和H2R缺陷小鼠的中性粒细胞。
1088	2024-08-08	SPICA: Swiss portal for immune cell analysis 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1055 PMID:34747477	research paper	SPICA是一个专注于探索和分析免疫细胞单细胞RNA-seq数据的网络资源	SPICA与其他单细胞数据库不同，它托管了经过精心策划的、特定细胞类型的参考图谱，这些图谱以高分辨率描述免疫细胞状态，并分析了在这些图谱背景下发表的单细胞数据	NA	开发一个用于免疫细胞单细胞转录组数据探索和分析的网络资源	免疫细胞的单细胞RNA-seq数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	NA
1089	2024-08-08	scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1032 PMID:34761274	研究论文	本文介绍了一个名为scEnhancer的单细胞增强子资源数据库，涵盖了三种物种中数百种组织/细胞类型的14527776个增强子和63658600个增强子-基因相互作用	利用单细胞测序技术scATAC-seq在单细胞水平上注释增强子和启动子，并通过无监督学习方法和顺式调控网络算法识别增强子-基因连接	NA	旨在为单细胞水平上增强子对目标基因的调控功能分析提供一个全面的资源	单细胞增强子及其与基因的相互作用	生物信息学	NA	scATAC-seq	无监督学习方法	单细胞数据	1196906个单细胞
1090	2024-08-08	Dysregulated Immunometabolism Is Associated with the Generation of Myeloid-Derived Suppressor Cells in Staphylococcus aureus Chronic Infection 2022, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000519306 PMID:34763332	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和功能代谢分析，深入探讨了慢性金黄色葡萄球菌感染中髓源抑制细胞（MDSCs）的生成和维持机制	首次揭示了MDSCs不仅在骨髓中产生，还在金黄色葡萄球菌感染的小鼠的骨髓外部位产生，并发现MDSCs的高糖酵解活性和高葡萄糖消耗率对其终末分化至关重要	NA	探讨慢性金黄色葡萄球菌感染中MDSCs的生成和维持机制	髓源抑制细胞（MDSCs）及其在慢性金黄色葡萄球菌感染中的代谢特征	NA	慢性感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	金黄色葡萄球菌感染的小鼠
1091	2024-08-08	Heterogeneity and complexity of the prostate epithelium: New findings from single-cell RNA sequencing studies 2022-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2021.10.035 PMID:34728312	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨了前列腺上皮的异质性和复杂性	发现了前列腺管近端区域的新型腔上皮细胞群及其与远端腔上皮细胞的区别	研究主要集中在小鼠前列腺，对人类前列腺的比较研究较少	揭示前列腺上皮的细胞异质性及其在疾病和癌症中的相关性	前列腺上皮细胞的异质性及其在不同环境下的可塑性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠和人类前列腺样本，具体数量未详述
1092	2024-08-08	Are dropout imputation methods for scRNA-seq effective for scATAC-seq data? 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab442 PMID:34718405	研究论文	本文评估了几种先进的scRNA-seq插补方法在scATAC-seq数据中推断缺失峰的有效性	首次系统评估了scRNA-seq插补方法在scATAC-seq数据中的应用	不同方法在不同数据集上的表现差异较大，使用时应谨慎	评估scRNA-seq插补方法在scATAC-seq数据中的有效性	scATAC-seq数据中的缺失峰	单细胞测序	NA	ATAC-seq	NA	scATAC-seq数据	未具体说明
1093	2024-08-08	PCMDB: a curated and comprehensive resource of plant cell markers 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab949 PMID:34718712	研究论文	本文介绍了一个名为PCMDB的植物细胞标记数据库，该数据库通过手动筛选超过13万篇研究出版物，收集了22种组织中263种细胞类型的81,117个细胞标记基因。	PCMDB是首个为植物研究社区设计的全面且经过精心策划的细胞标记数据库，支持多种分析工具和可视化方法。	NA	开发一个全面的植物细胞标记数据库，以支持细胞类型注释和单细胞研究。	植物细胞标记基因和细胞类型。	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	81,117个细胞标记基因，涉及263种细胞类型和22种组织，涵盖6种植物物种。
1094	2024-08-08	A Single-Cell RNA-Seq-Based Approach for Genome-Wide Identification of Cell Essential Genes 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1720-5_18 PMID:34709625	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的高通量方法，用于鉴定足细胞必需基因	该研究利用单细胞RNA测序技术，通过分析所有单个细胞中表达的基因，识别特定细胞类型的必需基因	该方法目前仅在鼠足细胞中进行了验证，尚未在其他细胞类型中广泛应用	旨在开发一种高效的方法来识别特定细胞类型的必需基因	鼠足细胞的必需基因	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼠足细胞的单细胞样本
1095	2024-08-08	Astrocyte Reactivity in Alzheimer's Disease: Therapeutic Opportunities to Promote Repair 2022, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/1567205018666211029164106 PMID:34719372	综述	本文综述了星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用及其在疾病发展中的潜在治疗机会	单细胞转录组学揭示了阿尔茨海默病脑中的星形胶质细胞与正常健康星形胶质细胞的差异，并探讨了针对星形胶质细胞的干预措施在治疗阿尔茨海默病中的潜在价值	NA	探讨星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用及通过调控星形胶质细胞功能作为未来治疗途径的可能性	星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的角色及其治疗潜力	神经退行性疾病	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
1096	2024-08-08	Identification of lncRNAs involved in maternal-to-zygotic transition of in vitro-produced porcine embryos by single-cell RNA-seq 2022-Jan, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.14034 PMID:34725864	研究论文	本研究基于先前发表的单细胞RNA测序数据，系统分析了猪体外受精和早期孤雌激活胚胎中长非编码RNA（lncRNA）的表达动态	首次详细比较了猪体外受精和孤雌激活胚胎中lncRNA的表达差异，并揭示了这些差异与胚胎发育特定阶段的信号通路相关	研究仅限于体外受精和孤雌激活胚胎，未涉及体内胚胎的比较	探究猪早期胚胎发育过程中lncRNA的表达动态及其在母源到合子过渡中的作用	猪的成熟卵母细胞和体外受精及早期孤雌激活胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括猪成熟卵母细胞和1至8细胞阶段的体外受精及孤雌激活胚胎
1097	2024-08-08	Relationships between type 2 diabetes, cell dysfunction, and redox signaling: A meta-analysis of single-cell gene expression of human pancreatic α- and β-cells 2022-Jan, Journal of diabetes IF:3.0Q2 DOI:10.1111/1753-0407.13236 PMID:34725923	meta-分析	本研究通过单细胞RNA测序数据的meta分析，探讨了2型糖尿病与细胞功能障碍及氧化还原信号之间的关系。	利用单细胞RNA测序技术深入研究了2型糖尿病中α-和β-细胞的转录组变化，并评估了氧化还原信号在其中的作用。	研究仅基于六项研究的单细胞RNA测序数据，可能存在样本量和研究多样性的限制。	旨在深入理解2型糖尿病中α-和β-细胞的细胞机制及其与氧化还原信号的关系。	研究对象包括来自健康供体和2型糖尿病患者的胰腺胰岛α-和β-细胞。	NA	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究包括来自六项研究的单细胞RNA测序数据
1098	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing and bioinformatics as tools to decipher cancer heterogenicity and mechanisms of drug resistance 2022-01, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2021.114811 PMID:34673017	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术和生物信息学分析在解析癌症异质性和药物抗性机制中的作用	单细胞RNA测序技术和相关的生物信息学聚类及差异表达分析为癌症研究提供了新的工具，能够在单细胞分辨率下剖析肿瘤	NA	探讨单细胞RNA测序技术在解析癌症异质性和细胞系依赖性药物抗性中的作用	癌症异质性和药物抗性机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1099	2024-08-08	HSP90-Specific nIR Probe Identifies Aggressive Prostate Cancers: Translation from Preclinical Models to a Human Phase I Study 2022-01, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-21-0334 PMID:34675120	研究论文	本文开发了一种针对HSP90的近红外荧光探针HS196，用于区分非侵袭性和侵袭性前列腺癌，并在人体I期研究中验证了其有效性	首次将HSP90特异性近红外探针应用于临床，用于检测侵袭性前列腺癌	NA	开发一种非侵入性测试方法，以区分非侵袭性和侵袭性前列腺癌	前列腺癌的侵袭性检测	数字病理学	前列腺癌	近红外荧光成像	NA	图像	涉及前列腺切除标本中的恶性结节
1100	2024-08-08	TNFα Induces LGR5+ Stem Cell Dysfunction In Patients With Crohn's Disease 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.10.010 PMID:34700029	研究论文	本研究评估了肿瘤坏死因子α（TNFα）在健康对照和克罗恩病（CD）患者来源的肠类器官中的肠上皮反应	发现TNFα在CD患者来源的肠类器官中引起LGR5+干细胞功能障碍，而外源性PGE2治疗可以恢复这些干细胞的功能	NA	研究TNFα在克罗恩病中的作用及其对肠上皮细胞的影响	健康对照和克罗恩病患者的肠类器官	NA	克罗恩病	免疫组织化学、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	细胞	克罗恩病患者和健康对照的肠类器官