单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 1081 - 1100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1081 | 2024-08-08 |
Allelic variation in class I HLA determines CD8+ T cell repertoire shape and cross-reactive memory responses to SARS-CoV-2
2022-01-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abk3070
PMID:34793243
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研究论文 | 本研究利用单细胞多组学技术，分析了四种主要HLA I类等位基因在SARS-CoV-2感染中对CD8 T细胞反应的影响 | 首次通过单细胞多组学技术，统一体外表征了CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应，并揭示了HLA基因型对表位特异性、TCRα/β序列多样性和预存SARS-CoV-2反应性记忆T细胞池利用的关键影响 | NA | 研究HLA I类等位基因变异如何影响CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞多组学技术 | NA | 单细胞转录组 | 四种主要HLA I类等位基因 | NA | NA | NA | NA |
| 1082 | 2024-08-08 |
Resolving the difference between left-sided and right-sided colorectal cancer by single-cell sequencing
2022-01-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152616
PMID:34793335
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了左半和右半结直肠癌的单细胞转录组，揭示了两者在免疫细胞状态和分子特征上的差异 | 首次发现左半结直肠癌中存在一种潜在的新型RBP4+NTS+癌细胞亚群，并且左半结直肠癌中的调节性T细胞显示出更高的免疫治疗相关基因表达水平 | 研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性 | 探究左半和右半结直肠癌在单细胞水平上的差异及其对预后的影响 | 左半和右半结直肠癌的单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27,927个单细胞来自3名左半和3名右半结直肠癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1083 | 2024-08-08 |
DISCO: a database of Deeply Integrated human Single-Cell Omics data
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1020
PMID:34791375
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研究论文 | 本文介绍了一个名为DISCO的数据库，该数据库整合了大量的人类单细胞组学数据，并提供了多种工具用于数据集成和分析 | DISCO数据库首次提供了公开可用的整合细胞图谱，具有标准化元数据和多种在线工具，如FastIntegration和CELLiD，用于大规模单细胞数据集成和细胞类型识别 | NA | 开发一个多功能平台，用于探索已发表的单细胞数据并高效地与用户自己的数据进行集成分析 | 人类单细胞组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 超过1800万个细胞，来自4593个样本，涵盖107种组织/细胞系/类器官，158种疾病，以及20种平台 | NA | NA | NA | NA |
| 1084 | 2024-08-08 |
The misuse of distributional assumptions in functional class scoring gene-set and pathway analysis
2022-01-04, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkab365
PMID:34791175
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研究论文 | 本文研究了基因集分析（GSA）中功能类评分（FCS）方法对多元正态分布假设的误用问题 | 首次系统分析了多元正态分布假设在基因集分析中的适用性，并评估了非正态分布对FCS方法统计效能的影响 | 研究主要集中在FCS方法上，未涵盖所有GSA方法 | 探讨多元基因表达数据是否符合多元正态分布，并评估非正态分布对FCS方法统计效能的影响 | 24个RNA数据集，包括癌症患者和正常个体的微阵列实验、RNA测序和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 微阵列实验, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 24个RNA数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1085 | 2024-08-08 |
High-Throughput Multimodal Single-Cell Targeted DNA and Surface Protein Analysis Using the Mission Bio Tapestri Platform
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_12
PMID:34766272
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研究论文 | 本文介绍了使用Mission Bio Tapestri平台进行高通量多模态单细胞靶向DNA和表面蛋白分析的方法 | 该技术结合了单细胞测序和分析，能够解析个体样本中的高分辨率基因组多样性，并增加了对表面蛋白标记表达的分析能力 | NA | 旨在通过基因组信息提供预测能力，进一步指导治疗策略 | 癌症生物学中的基因型-表型展示多样性及疾病进程结果 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据和表面蛋白标记表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1086 | 2024-08-08 |
Generation of Centered Log-Ratio Normalized Antibody-Derived Tag Counts from Large Single-Cell Sequencing Datasets
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_14
PMID:34766274
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研究论文 | 本文介绍了从大规模单细胞测序数据集中生成中心对数比归一化的抗体衍生标签计数的详细步骤 | 本文提供了使用云计算从大型CITE-seq数据集生成中心对数比归一化CITE-seq数据的详细步骤 | NA | 探讨单细胞分析中新技术的应用，特别是CITE-seq和REAP-seq方法 | 单细胞蛋白表达分析 | 生物信息学 | NA | CITE-seq | NA | 数据集 | 大规模单细胞测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1087 | 2024-08-08 |
Combined Measurement of RNA and Protein Expression on a Single-Cell Level
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_16
PMID:34766276
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研究论文 | 本文描述了一种结合单细胞RNA测序和蛋白质表达分析的新技术，使用BD Rhapsody单细胞分析系统进行3' mRNA全转录组分析（WTA），并结合AbO和样本标签文库制备 | 开发了一种新的单细胞多组学方法，结合转录和表面蛋白表达分析，使用大量与寡核苷酸偶联的抗体（AbOs）进行表面标记检测，克服了传统流式细胞术中使用有限表面标记的限制 | 目前免疫细胞分离基于RNA表达谱预测的表面标记表达，常受转录和蛋白质表达模式之间低相关性的限制 | 克服转录和蛋白质表达模式之间的低相关性，提高免疫细胞功能和异质性分析的准确性 | 单细胞RNA和蛋白质表达 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（sc-RNAseq） | NA | RNA和蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1088 | 2024-08-08 |
Live Cell Genomics: Cell-Specific Transcriptome Capture in Live Single Cells from Complex Tissues
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1752-6_40
PMID:34766318
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为体内转录组分析（TIVA）的单细胞分析程序，用于从活体组织中准确获取特定细胞的转录组 | 首次使用细胞穿透肽（CPPs）结合光激活技术，实现了从活体单细胞中非侵入性地准确分离单细胞mRNA | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞转录组，以更好地理解细胞异质性及其在正常功能和疾病发展中的作用 | 单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 细胞穿透肽（CPPs） | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1089 | 2024-08-08 |
Exposure to Tobacco Smoking Induces a subset of Activated Tumor-resident Tregs in Non-Small Cell Lung Cancer
2022-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2021.101261
PMID:34768099
|
研究论文 | 研究烟草烟雾暴露对非小细胞肺癌中肿瘤内调节性T细胞亚群的影响 | 定义了一种与吸烟相关的肿瘤特异性调节性T细胞亚群ADAM12 CTLA4 Tregs，并发现其在吸烟史患者中的比例显著增加 | NA | 探讨烟草烟雾如何影响肺癌的肿瘤免疫环境 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤内T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个研究中的非小细胞肺癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1090 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals hidden information in trypanosomatids
2022-01, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2021.10.006
PMID:34774423
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术揭示了双宿主寄生虫在从媒介到宿主过渡期间的发展阶段特异性基因表达模式 | 使用单细胞转录组学技术揭示了寄生虫发展阶段的隐藏信息 | NA | 研究双宿主寄生虫在环境极端条件下的适应性和生存机制 | 双宿主寄生虫的发展阶段特异性基因表达 | 转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1091 | 2024-08-08 |
Loss of H2R Signaling Disrupts Neutrophil Homeostasis and Promotes Inflammation-Associated Colonic Tumorigenesis in Mice
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.003
PMID:34781022
|
研究论文 | 本研究探讨了H2R信号在先天免疫细胞中的下游效应，特别是中性粒细胞在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。 | 首次揭示了H2R信号缺失如何影响中性粒细胞的稳态及其在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。 | 研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果。 | 精确阐明H2R激活在先天免疫细胞中的下游效应。 | 小鼠中性粒细胞和肠道上皮细胞。 | 免疫学 | 结肠肿瘤 | 单细胞RNA测序，RNA测序 | NA | RNA | 野生型和H2R缺陷小鼠的中性粒细胞。 | NA | NA | NA | NA |
| 1092 | 2024-08-08 |
SPICA: Swiss portal for immune cell analysis
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1055
PMID:34747477
|
research paper | SPICA是一个专注于探索和分析免疫细胞单细胞RNA-seq数据的网络资源 | SPICA与其他单细胞数据库不同，它托管了经过精心策划的、特定细胞类型的参考图谱，这些图谱以高分辨率描述免疫细胞状态，并分析了在这些图谱背景下发表的单细胞数据 | NA | 开发一个用于免疫细胞单细胞转录组数据探索和分析的网络资源 | 免疫细胞的单细胞RNA-seq数据 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1093 | 2024-08-08 |
scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1032
PMID:34761274
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scEnhancer的单细胞增强子资源数据库，涵盖了三种物种中数百种组织/细胞类型的14527776个增强子和63658600个增强子-基因相互作用 | 利用单细胞测序技术scATAC-seq在单细胞水平上注释增强子和启动子，并通过无监督学习方法和顺式调控网络算法识别增强子-基因连接 | NA | 旨在为单细胞水平上增强子对目标基因的调控功能分析提供一个全面的资源 | 单细胞增强子及其与基因的相互作用 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | 无监督学习方法 | 单细胞数据 | 1196906个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1094 | 2024-08-08 |
Dysregulated Immunometabolism Is Associated with the Generation of Myeloid-Derived Suppressor Cells in Staphylococcus aureus Chronic Infection
2022, Journal of innate immunity
IF:4.7Q2
DOI:10.1159/000519306
PMID:34763332
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和功能代谢分析，深入探讨了慢性金黄色葡萄球菌感染中髓源抑制细胞（MDSCs）的生成和维持机制 | 首次揭示了MDSCs不仅在骨髓中产生，还在金黄色葡萄球菌感染的小鼠的骨髓外部位产生，并发现MDSCs的高糖酵解活性和高葡萄糖消耗率对其终末分化至关重要 | NA | 探讨慢性金黄色葡萄球菌感染中MDSCs的生成和维持机制 | 髓源抑制细胞（MDSCs）及其在慢性金黄色葡萄球菌感染中的代谢特征 | NA | 慢性感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 金黄色葡萄球菌感染的小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1095 | 2024-08-08 |
Heterogeneity and complexity of the prostate epithelium: New findings from single-cell RNA sequencing studies
2022-01-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2021.10.035
PMID:34728312
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨了前列腺上皮的异质性和复杂性 | 发现了前列腺管近端区域的新型腔上皮细胞群及其与远端腔上皮细胞的区别 | 研究主要集中在小鼠前列腺，对人类前列腺的比较研究较少 | 揭示前列腺上皮的细胞异质性及其在疾病和癌症中的相关性 | 前列腺上皮细胞的异质性及其在不同环境下的可塑性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类前列腺样本，具体数量未详述 | NA | NA | NA | NA |
| 1096 | 2024-08-08 |
Are dropout imputation methods for scRNA-seq effective for scATAC-seq data?
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab442
PMID:34718405
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研究论文 | 本文评估了几种先进的scRNA-seq插补方法在scATAC-seq数据中推断缺失峰的有效性 | 首次系统评估了scRNA-seq插补方法在scATAC-seq数据中的应用 | 不同方法在不同数据集上的表现差异较大，使用时应谨慎 | 评估scRNA-seq插补方法在scATAC-seq数据中的有效性 | scATAC-seq数据中的缺失峰 | 单细胞测序 | NA | ATAC-seq | NA | scATAC-seq数据 | 未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 1097 | 2024-08-08 |
PCMDB: a curated and comprehensive resource of plant cell markers
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab949
PMID:34718712
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研究论文 | 本文介绍了一个名为PCMDB的植物细胞标记数据库，该数据库通过手动筛选超过13万篇研究出版物，收集了22种组织中263种细胞类型的81,117个细胞标记基因。 | PCMDB是首个为植物研究社区设计的全面且经过精心策划的细胞标记数据库，支持多种分析工具和可视化方法。 | NA | 开发一个全面的植物细胞标记数据库，以支持细胞类型注释和单细胞研究。 | 植物细胞标记基因和细胞类型。 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 81,117个细胞标记基因，涉及263种细胞类型和22种组织，涵盖6种植物物种。 | NA | NA | NA | NA |
| 1098 | 2024-08-08 |
A Single-Cell RNA-Seq-Based Approach for Genome-Wide Identification of Cell Essential Genes
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1720-5_18
PMID:34709625
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的高通量方法，用于鉴定足细胞必需基因 | 该研究利用单细胞RNA测序技术，通过分析所有单个细胞中表达的基因，识别特定细胞类型的必需基因 | 该方法目前仅在鼠足细胞中进行了验证，尚未在其他细胞类型中广泛应用 | 旨在开发一种高效的方法来识别特定细胞类型的必需基因 | 鼠足细胞的必需基因 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠足细胞的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1099 | 2024-08-08 |
Astrocyte Reactivity in Alzheimer's Disease: Therapeutic Opportunities to Promote Repair
2022, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
|
综述 | 本文综述了星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用及其在疾病发展中的潜在治疗机会 | 单细胞转录组学揭示了阿尔茨海默病脑中的星形胶质细胞与正常健康星形胶质细胞的差异，并探讨了针对星形胶质细胞的干预措施在治疗阿尔茨海默病中的潜在价值 | NA | 探讨星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用及通过调控星形胶质细胞功能作为未来治疗途径的可能性 | 星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的角色及其治疗潜力 | 神经退行性疾病 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1100 | 2024-08-08 |
Identification of lncRNAs involved in maternal-to-zygotic transition of in vitro-produced porcine embryos by single-cell RNA-seq
2022-Jan, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene
DOI:10.1111/rda.14034
PMID:34725864
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研究论文 | 本研究基于先前发表的单细胞RNA测序数据，系统分析了猪体外受精和早期孤雌激活胚胎中长非编码RNA（lncRNA）的表达动态 | 首次详细比较了猪体外受精和孤雌激活胚胎中lncRNA的表达差异，并揭示了这些差异与胚胎发育特定阶段的信号通路相关 | 研究仅限于体外受精和孤雌激活胚胎，未涉及体内胚胎的比较 | 探究猪早期胚胎发育过程中lncRNA的表达动态及其在母源到合子过渡中的作用 | 猪的成熟卵母细胞和体外受精及早期孤雌激活胚胎 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 包括猪成熟卵母细胞和1至8细胞阶段的体外受精及孤雌激活胚胎 | NA | NA | NA | NA |