单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 1061 - 1080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1061 | 2024-08-08 |
SC-MEB: spatial clustering with hidden Markov random field using empirical Bayes
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab466
PMID:34849574
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SC-MEB的经验贝叶斯方法，用于空间聚类分析，利用隐马尔可夫随机场进行空间转录组数据分析 | SC-MEB不仅计算效率高且可扩展到大规模样本，还能选择平滑参数和聚类数量，优于现有的方法如BayesSpace | NA | 通过空间转录组数据识别细胞集群，以扩展对细胞类型和状态如何受微环境调控的理解 | 人类背外侧前额叶皮质组织和老鼠下丘脑前区的空间转录组数据，以及结直肠癌和COVID-19患者的结肠数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | 隐马尔可夫随机场 | 转录组数据 | 大规模样本 |
| 1062 | 2024-08-08 |
Expression Atlas update: gene and protein expression in multiple species
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1030
PMID:34850121
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研究论文 | 本文介绍了EMBL-EBI表达图谱数据库的更新，该数据库整合了来自超过4500个表达研究的数据，涵盖超过65种不同物种，旨在帮助研究人员了解基因或蛋白质在不同组织、条件下的表达情况 | 表达图谱数据库通过专家审核和标准化分析流程，提供了易于可视化的数据，并区分了批量表达图谱和单细胞表达图谱 | NA | 旨在提供一个全面的基因和蛋白质表达数据库，帮助研究人员探索基因或蛋白质在不同条件下的表达模式 | 基因和蛋白质在不同物种、组织和条件下的表达情况 | NA | NA | RNA测序，蛋白质组学 | NA | 基因和蛋白质表达数据 | 超过4500个表达研究，涉及超过65种不同物种 |
| 1063 | 2024-08-08 |
Gene family evolution underlies cell-type diversification in the hypothalamus of teleosts
2022-01, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-021-01580-3
PMID:34824389
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了斑马鱼和墨西哥四须鲃的视丘细胞类型多样性，发现大多数细胞类型在两种鱼类中共享，并探讨了基因家族进化和旁系同源基因表达变化对细胞多样性的影响。 | 首次揭示了斑马鱼和墨西哥四须鲃视丘细胞类型多样性的共享性，并探讨了基因家族进化和旁系同源基因表达变化对细胞多样性的贡献。 | 研究仅限于斑马鱼和墨西哥四须鲃两种鱼类，可能无法完全代表所有硬骨鱼类的细胞类型多样性。 | 探究硬骨鱼类视丘细胞类型多样性及其进化机制。 | 斑马鱼和墨西哥四须鲃的视丘细胞。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约130,000个视丘细胞 |
| 1064 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Multicellular Ecosystem of Nucleus Pulposus during Degeneration Progression
2022-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202103631
PMID:34825784
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了人类椎间盘软骨核（NP）在退变过程中的多细胞生态系统 | 发现了六种新型人类NP细胞（NPCs）群体，并探索了它们在不同退变阶段的潜在功能差异，以及NP中免疫细胞的新类型 | NA | 揭示椎间盘软骨核（NP）退变过程中的分子复杂性和细胞异质性 | 人类椎间盘软骨核（NP）细胞及其在退变过程中的变化 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个NP组织样本 |
| 1065 | 2024-08-08 |
Functional heterogeneity of immune defenses in molluscan oysters Crassostrea hongkongensis revealed by high-throughput single-cell transcriptome
2022-Jan, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2021.11.027
PMID:34843943
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了香港牡蛎Crassostrea hongkongensis免疫细胞的功能异质性 | 首次通过单细胞转录组测序技术详细描绘了香港牡蛎免疫细胞的多样性和功能异质性 | NA | 探究香港牡蛎免疫细胞的功能异质性及其在免疫防御中的作用 | 香港牡蛎Crassostrea hongkongensis的免疫细胞 | NA | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 十三种亚群的免疫细胞 |
| 1066 | 2024-08-08 |
BNT162b2 vaccine induces divergent B cell responses to SARS-CoV-2 S1 and S2
2022-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-01088-9
PMID:34848871
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研究论文 | 研究BNT162b2疫苗接种后对SARS-CoV-2 S1和S2蛋白的B细胞反应 | 首次整合B细胞受体分析和单细胞转录组学，研究疫苗接种前后的B细胞反应 | NA | 探讨BNT162b2疫苗接种后对SARS-CoV-2刺突蛋白抗体的生成及其对新变种的保护程度 | BNT162b2疫苗接种后的B细胞反应 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | B细胞受体数据 | NA |
| 1067 | 2024-08-08 |
Pathogenic Mechanisms Underlying Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2022-01-24, Annual review of pathology
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综述 | 本文综述了特发性肺纤维化（IPF）的发病机制，涉及细胞类型和信号通路的复杂相互作用 | 近期单细胞RNA测序研究揭示了一种具有异常基底细胞特征的新型AEC，可能干扰正常的上皮修复并促进促纤维化表型 | NA | 探讨IPF的发病机制，利用新型生物信息学工具发现疾病通路、细胞特异性机制和细胞间相互作用 | 特发性肺纤维化的发病机制 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1068 | 2024-08-08 |
Peanut oral immunotherapy differentially suppresses clonally distinct subsets of T helper cells
2022-01-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI150634
PMID:34813505
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和配对的T细胞受体α/β测序，评估了12名花生过敏患者在口服免疫治疗（OIT）过程中CD154+和CD137+花生反应性辅助T细胞的转录组 | 本研究首次揭示了OIT过程中不同临床反应与花生反应性CD4+ T细胞的预先存在特征以及Th2细胞亚群的抑制之间的关系 | 本研究仅涉及12名患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨口服免疫治疗（OIT）对花生过敏患者临床结果的免疫学基础 | 花生过敏患者的CD154+和CD137+花生反应性辅助T细胞 | 免疫学 | 食物过敏 | 单细胞RNA测序，T细胞受体α/β测序 | NA | 转录组数据 | 12名花生过敏患者 |
| 1069 | 2024-08-08 |
Comparative Proteome Signatures of Trace Samples by Multiplexed Data-Independent Acquisition
2022-01, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2021.100177
PMID:34793982
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研究论文 | 本文结合DIA和Tandem-Mass-Tag（TMT）-multiplexing两种分析策略，开发了一种新的、独立于鉴定的蛋白质组数据分析流程，用于从超低输入样本中生成高度可重复的、定量的蛋白质组特征 | 本文开发了一种新的、独立于鉴定的蛋白质组数据分析流程，允许在数百个样本中定量比较DIA-TMT蛋白质组特征，无需考虑其生物学来源，以识别细胞类型和单个蛋白质敲除 | NA | 旨在通过结合DIA和TMT-multiplexing技术，提高单细胞蛋白质组分析的可重复性和定量性 | 超低输入样本的蛋白质组特征 | 蛋白质组学 | NA | DIA和Tandem-Mass-Tag（TMT）-multiplexing | NA | 蛋白质组数据 | 数百个样本 |
| 1070 | 2024-08-08 |
Macrophage-Targeted Therapy Unlocks Antitumoral Cross-talk between IFNγ-Secreting Lymphocytes and IL12-Producing Dendritic Cells
2022-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0326
PMID:34795032
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研究论文 | 本研究评估了使用BLZ945（一种小分子CSF1R抑制剂）治疗的小鼠肺肿瘤免疫微环境，通过单细胞RNA测序和机制验证方法，揭示了CSF1R靶向治疗如何重塑CSF1R细胞景观并激活抗肿瘤细胞间的交叉对话。 | 首次展示了CSF1R靶向治疗不仅通过细胞耗竭，而是通过重塑CSF1R细胞景观来激活抗肿瘤细胞间的交叉对话，包括IFNγ产生的自然杀伤细胞和T细胞以及IL12产生的树突状细胞。 | 研究主要在动物模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。 | 探讨CSF1R抑制剂在肺肿瘤免疫治疗中的作用机制。 | 小鼠肺肿瘤中的免疫细胞，特别是CSF1R细胞及其在肿瘤微环境中的作用。 | 免疫学 | 肺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 1071 | 2024-08-08 |
Early lung carcinogenesis and tumor microenvironment observed by single-cell transcriptome analysis
2022-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2021.101277
PMID:34800916
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究了从不吸烟患者的肺磨玻璃结节（GGN）和正常肺组织中观察到的早期肺癌发生和肿瘤微环境 | 首次揭示了肺癌细胞中与小泡处理和表面活性物质稳态相关的基因集富集，以及肿瘤微环境中免疫细胞的特定变化 | 研究样本仅来自6名从不吸烟的患者，可能限制了结果的普遍性 | 探讨早期肺癌发生过程中癌细胞特异性标志物和肿瘤微环境的变化 | 从不吸烟患者的肺磨玻璃结节和正常肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11个肺磨玻璃结节和正常肺组织样本，来自6名从不吸烟患者 |
| 1072 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of Bisphenol A exposure reveals the key roles of the testicular microenvironment in male reproduction
2022-Jan, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2021.112449
PMID:34808557
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析研究了双酚A暴露对睾丸微环境的影响及其在男性生殖中的关键作用 | 首次系统分析了青春期人类睾丸中细胞类型组成的显著变化，并构建了青少年睾丸中生殖细胞与体细胞之间的细胞间通信网络 | NA | 揭示双酚A在支持细胞和男性生殖中的生殖毒性和分子机制 | 人类睾丸中的生殖细胞和体细胞 | NA | 非阻塞性无精症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1073 | 2024-08-08 |
Establishment of Trophoblast-Like Tissue Model from Human Pluripotent Stem Cells in Three-Dimensional Culture System
2022-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202100031
PMID:34813178
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研究论文 | 本文报道了从人多能干细胞（hPSCs）在三维（3D）培养系统中生成滋养层样组织模型的方法 | 该研究首次成功在体外建立了从hPSCs到3D滋养层样组织模型，这一模型能够展示微绒毛结构并分泌人胎盘特异性激素 | NA | 旨在深入理解人类早期胎盘发育的机制，并探索其在发育生物学和妊娠障碍研究中的应用潜力 | 人多能干细胞（hPSCs）及其在三维培养系统中的滋养层样组织模型 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 3D培养系统 | 细胞 | NA |
| 1074 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals How the Aryl Hydrocarbon Receptor Shapes Cellular Differentiation Potency in the Mouse Colon
2022-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-21-0378
PMID:34815312
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和高级分析策略，探讨了芳香烃受体（Ahr）在调节小鼠结肠隐窝稳态中的作用 | 本研究首次揭示了Ahr缺失对隐窝相关上皮细胞类型和亚型的促进作用，以及对单细胞熵和RNA速度长度的影响 | NA | 探讨Ahr在调节结肠隐窝稳态中的作用 | 小鼠结肠隐窝中的上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 野生型和肠道特异性Ahr敲除小鼠的结肠隐窝 |
| 1075 | 2024-08-08 |
Stem cell aging in the skeletal muscle: The importance of communication
2022-01, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2021.101528
PMID:34818593
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综述 | 本文综述了骨骼肌中卫星细胞功能衰退的分子过程及其在衰老中的作用 | 强调了单细胞测序技术在研究骨骼肌衰老中的新兴应用，特别是在卫星细胞群体异质性和与微环境中其他细胞类型的分子相互作用方面 | 文中提到的许多外在因素仍未明确 | 探讨卫星细胞在衰老过程中的功能衰退机制及其与环境的相互作用 | 骨骼肌中的卫星细胞及其在衰老中的功能衰退 | NA | NA | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 1076 | 2024-08-08 |
bollito: a flexible pipeline for comprehensive single-cell RNA-seq analyses
2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab758
PMID:34788788
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研究论文 | bollito是一个用于全面分析单细胞RNA-seq数据的自动化、灵活且可并行化的计算管道 | bollito整合了超过30种最先进的工具，涵盖了从质量控制到RNA速度分析的多个单细胞分析任务，并且其模块化设计使得易于集成其他软件包以扩展功能 | NA | 开发一个全面的单细胞RNA-seq数据分析管道 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达矩阵 | NA |
| 1077 | 2024-08-08 |
Allelic variation in class I HLA determines CD8+ T cell repertoire shape and cross-reactive memory responses to SARS-CoV-2
2022-01-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abk3070
PMID:34793243
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研究论文 | 本研究利用单细胞多组学技术，分析了四种主要HLA I类等位基因在SARS-CoV-2感染中对CD8 T细胞反应的影响 | 首次通过单细胞多组学技术，统一体外表征了CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应，并揭示了HLA基因型对表位特异性、TCRα/β序列多样性和预存SARS-CoV-2反应性记忆T细胞池利用的关键影响 | NA | 研究HLA I类等位基因变异如何影响CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞多组学技术 | NA | 单细胞转录组 | 四种主要HLA I类等位基因 |
| 1078 | 2024-08-08 |
Resolving the difference between left-sided and right-sided colorectal cancer by single-cell sequencing
2022-01-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152616
PMID:34793335
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了左半和右半结直肠癌的单细胞转录组，揭示了两者在免疫细胞状态和分子特征上的差异 | 首次发现左半结直肠癌中存在一种潜在的新型RBP4+NTS+癌细胞亚群，并且左半结直肠癌中的调节性T细胞显示出更高的免疫治疗相关基因表达水平 | 研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性 | 探究左半和右半结直肠癌在单细胞水平上的差异及其对预后的影响 | 左半和右半结直肠癌的单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27,927个单细胞来自3名左半和3名右半结直肠癌患者 |
| 1079 | 2024-08-08 |
DISCO: a database of Deeply Integrated human Single-Cell Omics data
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1020
PMID:34791375
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研究论文 | 本文介绍了一个名为DISCO的数据库，该数据库整合了大量的人类单细胞组学数据，并提供了多种工具用于数据集成和分析 | DISCO数据库首次提供了公开可用的整合细胞图谱，具有标准化元数据和多种在线工具，如FastIntegration和CELLiD，用于大规模单细胞数据集成和细胞类型识别 | NA | 开发一个多功能平台，用于探索已发表的单细胞数据并高效地与用户自己的数据进行集成分析 | 人类单细胞组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 超过1800万个细胞，来自4593个样本，涵盖107种组织/细胞系/类器官，158种疾病，以及20种平台 |
| 1080 | 2024-08-08 |
The misuse of distributional assumptions in functional class scoring gene-set and pathway analysis
2022-01-04, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkab365
PMID:34791175
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研究论文 | 本文研究了基因集分析（GSA）中功能类评分（FCS）方法对多元正态分布假设的误用问题 | 首次系统分析了多元正态分布假设在基因集分析中的适用性，并评估了非正态分布对FCS方法统计效能的影响 | 研究主要集中在FCS方法上，未涵盖所有GSA方法 | 探讨多元基因表达数据是否符合多元正态分布，并评估非正态分布对FCS方法统计效能的影响 | 24个RNA数据集，包括癌症患者和正常个体的微阵列实验、RNA测序和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 微阵列实验, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 24个RNA数据集 |