单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2024-08-08	scIAE: an integrative autoencoder-based ensemble classification framework for single-cell RNA-seq data 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab508 PMID:34913057	研究论文	本文提出了一种基于集成学习的自编码器框架scIAE，用于单细胞RNA测序数据的分类	scIAE框架通过集成多个随机投影和综合可分解的自编码器，有效处理了单细胞基因表达数据的高维度和稀疏性问题	NA	研究旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞类型识别和疾病状态预测的准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	NA
1042	2024-08-08	Reinvestigation of Classic T Cell Subsets and Identification of Novel Cell Subpopulations by Single-Cell RNA Sequencing 2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100581 PMID:34911770	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术重新评估经典T细胞亚群，并识别出新的细胞亚群	发现并命名了一种新型T细胞亚群——IFN信号相关基因高表达T细胞（ISAG T细胞），并证明了ISAGs是该细胞亚群的主要贡献者	NA	探索单细胞RNA测序聚类群体与细胞表面标记定义的经典T细胞亚群之间的关系	人类外周血单个核细胞（PBMCs）中的T细胞亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	62,235个单细胞转录组
1043	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals abnormal fluctuations in human eight-cell embryos associated with blastocyst formation failure 2022-01-04, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaab069 PMID:34904654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人类八细胞胚胎的基因表达，特别是那些未能形成囊胚的胚胎	首次揭示了人类八细胞胚胎中与囊胚形成失败相关的异常基因表达模式	研究样本量较小，且依赖于数据库中的共享数据	探究人类早期胚胎发育中导致发育停滞的分子机制	人类八细胞胚胎及其发育潜力	NA	不孕症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确
1044	2024-08-08	Advances in single-cell sequencing and its application to musculoskeletal system research 2022-Jan, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13161 PMID:34888976	综述	本文综述了单细胞测序技术在肌肉骨骼系统研究中的应用及其最新进展	单细胞测序技术能够分析单个细胞的异质性，推动了多组学研究的发展	文章讨论了单细胞测序技术面临的挑战和未来发展潜力	探讨单细胞测序技术在肌肉骨骼医学中的应用前景	肌肉骨骼系统的细胞或组织异质性研究	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
1045	2024-08-08	CAMML: Multi-Label Immune Cell-Typing and Stemness Analysis for Single-Cell RNA-sequencing 2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:34890149	研究论文	本文介绍了一种名为CAMML的新型单细胞RNA测序细胞类型分类方法，该方法利用细胞类型特异性加权基因集对每个细胞进行评分，支持单标签和多标签分类	CAMML方法能够处理免疫微环境中细胞类型重叠的问题，支持多标签分类，相较于现有方法具有更强的适应性和鲁棒性	NA	开发一种新的单细胞RNA测序细胞类型分类方法，以解决细胞类型重叠和数据稀疏性问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1046	2024-08-08	Identifying Cell Type-Specific Chemokine Correlates with Hierarchical Signal Extraction from Single-Cell Transcriptomes 2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:34890154	研究论文	本文通过结合信号提取神经网络架构和公理化特征归因，基于单细胞基因表达谱对组织样本进行分类	提出的方法不仅可解释，而且对噪声具有鲁棒性，仅需要5%的基因和23%的细胞即可在模拟组织样本中以超过70%的准确率区分信号与噪声	NA	旨在识别与特定标签相关的细胞和基因子集	单细胞转录组数据中的细胞类型特异性趋化因子相关性	机器学习	结直肠癌	单细胞测序	神经网络	基因表达数据	在模拟组织样本中需要5%的基因和23%的细胞
1047	2024-08-08	CloudPred: Predicting Patient Phenotypes From Single-cell RNA-seq 2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:34890161	研究论文	本文开发了一种可解释的机器学习算法CloudPred，用于从单细胞RNA测序数据中预测个体的疾病表型	CloudPred通过一种新颖的端到端可微学习算法，结合生物学上合理的细胞类型混合模型，自动推断对表型重要的细胞亚群，无需先验注释	NA	开发一种新的机器学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中预测临床表型并识别相关细胞	单细胞RNA测序数据和疾病表型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	可微学习算法	单细胞RNA测序数据	142名狼疮患者和对照组
1048	2024-08-08	A Compass to Guide Insights into TH17 Cellular Metabolism and Autoimmunity 2022, Immunometabolism DOI:10.20900/immunometab20220001 PMID:34900348	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和代谢图谱数据，探讨了TH17细胞代谢及其在自身免疫和慢性炎症中的作用	本文首次强调了多胺途径在调节TH17/Treg细胞功能中的关键作用，并提出其作为治疗靶点的潜力	NA	研究TH17细胞代谢及其在自身免疫疾病中的作用	TH17细胞和Treg细胞的代谢差异	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	代谢图谱数据	NA
1049	2024-08-08	Spatial genomics enables multi-modal study of clonal heterogeneity in tissues 2022-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-04217-4 PMID:34912115	研究论文	本文开发了一种名为slide-DNA-seq的方法，用于从完整组织切片中捕获空间解析的DNA序列，并展示了该方法在保留局部肿瘤结构和发现不同肿瘤克隆及其拷贝数变异方面的应用	开发了一种新的空间基因组学方法slide-DNA-seq，能够准确测量基因组序列的空间位置及其表型输出，为研究细胞内和细胞外因素对基因表达和细胞表型的贡献提供了多功能平台	NA	研究细胞内和细胞外因素如何影响基因表达、蛋白质丰度和其他细胞表型	肿瘤克隆及其拷贝数变异，以及它们与肿瘤微环境的关系	数字病理学	NA	slide-DNA-seq	NA	基因组序列	包括小鼠转移模型和人类原发性癌症样本
1050	2024-08-08	Hubness reduction improves clustering and trajectory inference in single-cell transcriptomic data 2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab795 PMID:34871374	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序（scRNAseq）数据中的中心性现象，并探讨了减少中心性对聚类、轨迹推断和可视化的影响	本文首次探讨了通过直接修正中心性来避免剧烈降维，从而保留更多信息的可能性	NA	研究单细胞RNA测序数据中的中心性现象及其对数据分析的影响	单细胞RNA测序数据中的中心性现象	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
1051	2024-08-08	Single-cell sequencing demonstrates complex resistance landscape in CLL and MCL treated with BTK and BCL2 inhibitors 2022-01-25, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006211 PMID:34861696	研究论文	本研究通过单细胞DNA测序分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）和套细胞淋巴瘤（MCL）患者在接受Bruton酪氨酸激酶（BTK）抑制剂和B细胞淋巴瘤2（BCL2）抑制剂治疗后产生的抗药性基因组景观	首次报道了BCL2抗药性突变在套细胞淋巴瘤（MCL）患者中的出现，并揭示了CLL和MCL在靶向治疗下的复杂克隆抗药性机制	研究样本仅限于8名患者，可能不足以全面代表所有CLL和MCL患者的抗药性情况	探究CLL和MCL患者在接受BTK和BCL2抑制剂治疗后的基因组抗药性机制	慢性淋巴细胞白血病（CLL）和套细胞淋巴瘤（MCL）患者	数字病理学	白血病	单细胞DNA测序	NA	DNA	8名患者
1052	2024-08-08	Matrix factorization for biomedical link prediction and scRNA-seq data imputation: an empirical survey 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab479 PMID:34864871	综述	本文综述了矩阵分解方法在生物医学链接预测和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补中的应用	本文系统地比较了15个真实数据集上的代表性矩阵分解方法，并提供了选择不同生物医学矩阵完成任务的矩阵分解方法的一般指南	NA	评估矩阵分解方法在不同场景下的性能，并为生物医学链接预测和scRNA-seq数据插补提供改进方向	生物医学链接预测和单细胞RNA测序数据插补	生物信息学	NA	矩阵分解	矩阵分解方法	生物医学数据，单细胞RNA测序数据	15个真实数据集
1053	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of mouse left ventricle reveals cellular diversity and intercommunication 2022-01-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00016.2021 PMID:34859688	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠左心室的细胞景观，揭示了细胞多样性和细胞间通信网络	首次详细描述了小鼠左心室的单细胞转录组特征，并揭示了细胞亚型及其潜在功能	NA	探索小鼠左心室的细胞多样性和细胞间通信，寻找心血管疾病的治疗靶点	小鼠左心室的细胞景观	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入 (tSNE)	转录组数据	小鼠左心室的细胞
1054	2024-08-08	Single-Cell Sequencing for Everybody 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1944-5_15 PMID:34870822	研究论文	本文描述了Smart-seq2协议，用于单细胞全长mRNA测序，适用于多种细胞类型，且成本相对较低	介绍了Smart-seq2协议，该协议易于优化并适用于标准分子生物学实验室	NA	帮助新手研究人员选择最佳的单细胞测序协议	单细胞全长mRNA测序协议	NA	NA	单细胞测序	NA	mRNA序列	多种细胞类型
1055	2024-08-08	Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets 2022-01, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2021.11.025 PMID:34871816	研究论文	本文开发了一种增强的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工作流程，用于揭示冠状动脉疾病中的细胞间对话和候选药物靶点	本文设计了一个用户友好的、可重复的工作流程，并开发了一个交互式网络应用程序PlaqView，以促进对心血管单细胞数据集的进一步探索和分析	NA	开发和应用scRNA-seq分析工作流程，以研究动脉粥样硬化斑块微环境并发现潜在的治疗方法	冠状动脉疾病中的细胞间对话和候选药物靶点	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞数据	使用了Wirka等人之前发表的人类冠状单细胞数据集
1056	2024-08-08	Serglycin Is Involved in Adipose Tissue Inflammation in Obesity 2022-01-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100231 PMID:34872979	研究论文	本研究探讨了serglycin在饮食诱导的肥胖相关脂肪组织炎症中的作用	首次揭示了serglycin在调节肥胖诱导的脂肪炎症中的作用	NA	研究serglycin表达对饮食诱导的脂肪组织炎症的影响	serglycin在肥胖条件下对脂肪组织炎症的影响	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用C57BL/6J遗传背景的小鼠进行8周高脂高蔗糖饮食实验
1057	2024-08-08	GNN-based embedding for clustering scRNA-seq data 2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab787 PMID:34850828	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络（GNN）的嵌入方法graph-sc，用于聚类单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	graph-sc方法利用图自编码器网络为scRNA-seq细胞数据创建嵌入，相比其他竞争技术在各种数据集上表现更优，且具有更高的计算效率和稳定性	尽管在多个数据集上表现良好，但并没有一种方法能在所有分析的数据集上始终表现最佳	开发一种新的聚类方法，用于预测细胞类别分配和推断细胞身份	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	图神经网络（GNN）	图自编码器网络	单细胞RNA测序数据	涉及模拟和真实scRNA-seq数据集
1058	2024-08-08	Enhancing biological signals and detection rates in single-cell RNA-seq experiments with cDNA library equalization 2022-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1071 PMID:34850101	研究论文	本文研究了在单细胞RNA测序实验中，通过等量化cDNA文库浓度来提高基因检测率和增强生物信号的方法	提出了在单细胞实验中不一致执行的cDNA文库浓度等量化步骤，以改善基因检测率、增强生物信号并减少技术伪影	NA	评估等量化步骤对不同单细胞RNA测序协议的影响	单细胞RNA测序数据中的基因检测率和生物信号	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	实验中使用了不同等量化步骤的体外实验样本，具体数量未详细说明
1059	2024-08-08	High-Throughput Functional Screening of Antigen-Specific T Cells Based on Droplet Microfluidics at a Single-Cell Level 2022-01-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.1c03678 PMID:34852202	研究论文	本文介绍了一种基于液滴微流控平台的高通量功能性筛选肿瘤抗原特异性T细胞的方法	开发了一种新的液滴微流控平台，用于高通量功能性筛选和分离肿瘤抗原特异性T细胞	NA	旨在提高基于T细胞的癌症免疫疗法的效率	肿瘤抗原特异性T细胞	数字病理学	NA	液滴微流控技术	NA	荧光信号	单个细胞水平
1060	2024-08-08	Deep learning-based advances and applications for single-cell RNA-sequencing data analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab473 PMID:34849562	研究论文	本文总结了基于深度学习的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法及其应用，并探讨了深度学习技术在scRNA-seq数据分析中的未来展望和挑战	深度学习技术能够克服scRNA-seq数据在上游和下游分析中的独特挑战	NA	旨在支持深度学习工具在生物医学领域的应用，并帮助生物学家和生物信息学家探索这一快速发展的领域	单细胞RNA测序数据分析	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习	scRNA-seq数据	NA