单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 1021 - 1040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1021 | 2024-08-08 |
Integrating pathway knowledge with deep neural networks to reduce the dimensionality in single-cell RNA-seq data
2022-Jan-03, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-021-00285-4
PMID:34980200
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研究论文 | 本文提出了一种结合通路知识的深度神经网络，用于降低单细胞RNA测序数据的维度，并提高结果的可解释性 | 将通路知识与深度神经网络结合，提供了一种生物学上有意义的单细胞RNA测序数据表示方法 | NA | 旨在通过结合通路知识和深度神经网络，提高单细胞RNA测序数据分析的可解释性和准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 数千个人类和小鼠细胞 |
| 1022 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals a pro-invasive cancer-associated fibroblast subgroup associated with poor clinical outcomes in patients with gastric cancer
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.60540
PMID:34976204
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群及其在肿瘤微环境中的动态交流 | 发现了四种具有不同特性的CAF亚群，并揭示了它们与肿瘤微环境中免疫细胞亚群的相互作用 | NA | 深入理解胃癌中CAF亚群的分类、功能、激活阶段和空间分布，以推动针对CAFs的转化研究 | 胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8对胃癌和邻近黏膜样本 |
| 1023 | 2024-08-08 |
Antigen presentation and interferon signatures in B cells driven by localized ablative cancer immunotherapy correlate with extended survival
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.65773
PMID:34976205
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研究论文 | 研究通过结合光热疗法和免疫刺激剂N-二氢半乳糖基壳聚糖的局部消融免疫疗法，探讨了B细胞在肿瘤微环境中的转录变化及其与乳腺癌患者生存期的关联。 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了局部消融免疫疗法对B细胞的激活作用，并发现了与延长生存期相关的免疫反应和抗原呈递基因表达模式。 | 研究主要在鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证结果。 | 探讨局部消融免疫疗法对B细胞激活的影响及其在乳腺癌治疗中的潜在应用。 | B细胞在肿瘤微环境中的转录变化及其与乳腺癌患者生存期的关联。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠模型中的B细胞 |
| 1024 | 2024-08-08 |
Mitochondrial STAT3 exacerbates LPS-induced sepsis by driving CPT1a-mediated fatty acid oxidation
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.63751
PMID:34976224
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研究论文 | 研究揭示了线粒体STAT3通过诱导CPT1a稳定化介导的脂肪酸氧化在LPS诱导的脓毒症中的作用 | 首次发现线粒体STAT3在巨噬细胞中通过调节CPT1a的稳定性和脂肪酸氧化加剧LPS诱导的脓毒症 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证 | 探讨线粒体STAT3在LPS诱导的脓毒症中的功能及其机制 | 线粒体STAT3在巨噬细胞中的作用及其对脂肪酸氧化的影响 | NA | 脓毒症 | 流式细胞术, 免疫荧光染色, 代谢分析, 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 质谱分析, ChIP实验 | NA | RNA, 蛋白质 | 诱导性线粒体STAT3敲入小鼠模型 |
| 1025 | 2024-08-08 |
Advancement of Single-Cell Sequencing in Medulloblastoma
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1952-0_7
PMID:34978689
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研究论文 | 本文介绍了单细胞测序技术在脑癌中的应用及其进展 | 单细胞测序技术从手动方法发展到自动化，为肿瘤学领域提供了新的见解 | NA | 探讨单细胞测序技术在脑癌研究中的应用 | 单细胞测序技术及其在脑癌中的应用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和多组学数据 | 小规模和商业平台 |
| 1026 | 2024-08-08 |
Correction: SDImpute: A statistical block imputation method based on cell-level and gene-level information for dropouts in single-cell RNA-seq data
2022-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009770
PMID:34986151
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1027 | 2024-08-08 |
Role of synovial fibroblast subsets across synovial pathotypes in rheumatoid arthritis: a deconvolution analysis
2022-01, RMD open
IF:5.1Q1
DOI:10.1136/rmdopen-2021-001949
PMID:34987094
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研究论文 | 本研究通过整合已发表的单细胞RNA测序数据和未发表的内部数据，评估了不同滑膜成纤维细胞亚群对早期未治疗关节炎中滑膜病理类型的贡献及其与临床特征的关系 | 本研究揭示了滑膜病理类型与滑膜成纤维细胞亚型之间的先前未探索的关联，为个性化治疗提供了新的见解 | NA | 评估滑膜成纤维细胞亚群在早期未治疗关节炎中对滑膜病理类型的贡献及其与临床特征的关系 | 滑膜成纤维细胞亚群及其在不同滑膜病理类型中的分布和作用 | 数字病理学 | 风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 87名早期未治疗关节炎患者 |
| 1028 | 2024-08-08 |
Decoding gene regulation in the fly brain
2022-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04262-z
PMID:34987221
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研究论文 | 本文通过单细胞染色质可及性分析和单细胞转录组数据整合，研究了果蝇大脑中细胞类型水平的基因调控网络 | 本文利用DeepFlyBrain揭示了增强子结构，为理解神经元调控多样性提供了新的视角，并可用于设计特定时间点的细胞类型的遗传驱动线 | NA | 研究果蝇大脑中细胞类型水平的基因调控网络 | 果蝇大脑中的神经元和胶质细胞类型及其基因调控网络 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组分析，三维形态分类，电子显微镜连接组映射 | DeepFlyBrain | 单细胞染色质可及性数据，单细胞转录组数据 | 240,919个单细胞，跨越9个发育时间点 |
| 1029 | 2024-08-08 |
CRISPRi links COVID-19 GWAS loci to LZTFL1 and RAVER1
2022-Jan, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103806
PMID:34998241
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研究论文 | 本研究利用CRISPRi技术分析了与COVID-19疾病严重程度相关的基因组位点对LZTFL1和RAVER1基因表达的影响 | 首次通过CRISPRi技术验证了COVID-19 GWAS位点对LZTFL1和RAVER1基因表达的调控作用 | 研究主要集中在肺上皮细胞，可能无法完全代表所有受影响的细胞类型 | 确定与COVID-19疾病严重程度相关的遗传变异如何影响邻近基因的表达 | COVID-19疾病严重程度相关的遗传变异及其对LZTFL1和RAVER1基因表达的影响 | 基因组学 | COVID-19 | CRISPRi | NA | RNA-seq | 涉及人类和猴子的肺单核/细胞样本 |
| 1030 | 2024-08-08 |
Landscape of cancer-associated fibroblasts identifies the secreted biglycan as a protumor and immunosuppressive factor in triple-negative breast cancer
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.2020984
PMID:35003899
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研究论文 | 研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用，并鉴定出分泌型蛋白biglycan作为促肿瘤和免疫抑制因子 | 首次在TNBC中详细探讨了CAFs与肿瘤细胞及免疫细胞的相互作用，并发现了biglycan作为新的促肿瘤和免疫抑制因子 | 研究主要集中在CAFs和biglycan的作用，对其他潜在的免疫调节因子的探索有限 | 探讨CAFs在TNBC中的作用及潜在的介导因子 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）、三阴性乳腺癌（TNBC）、biglycan蛋白 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序、质谱分析 | NA | RNA、细胞培养介质 | 包括来自正常和肿瘤样本的初级成纤维细胞，以及TNBC队列中的CAFs |
| 1031 | 2024-08-08 |
An integrated brain-specific network identifies genes associated with neuropathologic and clinical traits of Alzheimer's disease
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab522
PMID:34953465
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研究论文 | 本研究开发了一种基于阿尔茨海默病大脑基因网络的方法，用于预测与阿尔茨海默病相关的基因，并通过独立遗传、转录组、蛋白质组数据以及神经病理学和临床数据进行系统验证 | 构建的网络在预测阿尔茨海默病相关基因方面优于现有网络，并揭示了细胞类型特异性的早期病理关联 | NA | 旨在识别与阿尔茨海默病相关的风险基因 | 阿尔茨海默病的遗传风险基因 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 基因网络 | 遗传数据、转录组数据、蛋白质组数据、神经病理学数据、临床数据 | 使用了来自Mount Sinai脑库研究、宗教秩序研究、记忆和衰老项目以及巴尔的摩衰老纵向研究的数据 |
| 1032 | 2024-08-08 |
Understanding of mouse and human bladder at single-cell resolution: integrated analysis of trajectory and cell-cell interactive networks based on multiple scRNA-seq datasets
2022-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13170
PMID:34951074
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，详细解析了小鼠和人类膀胱在单细胞水平上的轨迹和细胞间相互作用网络 | 创建了迄今为止最大的整合膀胱数据集，并发现了多种基因的伪时间模式以及细胞间信号传导的特定模式 | NA | 详细解析小鼠和人类膀胱在单细胞水平上的生物学特性 | 小鼠和人类膀胱的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共收集了超过50,000个细胞，包括16,688个小鼠膀胱细胞和22,080个人类膀胱细胞 |
| 1033 | 2024-08-08 |
Lineage recording in human cerebral organoids
2022-01, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01344-8
PMID:34969984
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研究论文 | 本文介绍了iTracer技术，一种结合报告条形码和可诱导的CRISPR-Cas9疤痕的谱系记录器，用于研究人脑类器官发育中的克隆性和谱系动态 | iTracer技术能够直接测量谱系关系，并兼容单细胞和空间转录组学 | NA | 探索脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态 | 人脑类器官 | 干细胞研究 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1034 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Discrete Steps in Regulatory T Cell Development in the Human Thymus
2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100506
PMID:34937744
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研究论文 | 本文通过结合单细胞转录组学和流式细胞术，揭示了人类胸腺中调节性T细胞发育的三个主要阶段 | 首次详细描述了人类胸腺中调节性T细胞发育的三个主要阶段，并提出了每个阶段的特征基因和表面标记 | 文中提到循环成熟的效应调节性T细胞的发育起源尚不明确，这可能会在使用胸腺组织作为稳定细胞来源进行细胞疗法时引起注意 | 阐明人类胸腺中调节性T细胞的发育过程，为细胞疗法提供更成熟的细胞来源 | 人类胸腺中的调节性T细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 1035 | 2024-08-08 |
A census of the lung: CellCards from LungMAP
2022-01-10, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.11.007
PMID:34936882
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪等技术的新数据，创建了一个全面的肺细胞普查，包括细胞类型的身份、功能、标记、发育谱系、异质性、再生潜力、疾病关联和关键实验工具。 | 首次利用最新的单细胞RNA测序技术，对肺细胞进行全面普查，提供了详细的细胞类型信息和功能属性。 | NA | 旨在通过创建一个全面的肺细胞普查，促进呼吸健康的研究和支持。 | 人类肺部的细胞类型及其功能和属性。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA |
| 1036 | 2024-08-08 |
Ubiquitin-conjugating enzyme V variant 1 enables cellular responses toward fibroblast growth factor signaling in endothelium
2022-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202100808RRR
PMID:34921695
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研究论文 | 本文探讨了泛素结合酶V变体1（UBE2V1）在调节内皮细胞中成纤维细胞生长因子信号传导的作用 | 首次详细研究了UBE2V1在血管生成中的作用，特别是在成纤维细胞生长因子2诱导的血管生成中的关键作用 | 主要集中在体外和体内实验，可能需要更多临床数据支持 | 阐明UBE2V1在调节内皮细胞行为和血管生成中的作用 | 内皮细胞（ECs）和人类脐静脉内皮细胞（HUVECs） | NA | NA | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 多种细胞类型，特别是内皮细胞 |
| 1037 | 2024-08-08 |
Cytokine and Nitric Oxide-Dependent Gene Regulation in Islet Endocrine and Nonendocrine Cells
2022, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqab063
PMID:34927076
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研究论文 | 本文探讨了细胞因子及一氧化氮在胰岛内分泌和非内分泌细胞中的基因调控作用 | 提出细胞因子信号在生理上有保护β细胞免受多种环境压力的作用，并通过单细胞RNA测序验证了这一假设 | NA | 研究细胞因子和一氧化氮在胰岛内分泌细胞中的保护作用及其机制 | 小鼠胰岛细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胰岛细胞在18小时细胞因子暴露后的单细胞RNA测序数据 |
| 1038 | 2024-08-08 |
LRRK2 correlates with macrophage infiltration in pan-cancer
2022-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.11.037
PMID:34929286
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研究论文 | 本文探讨了LRRK2在泛癌水平上的致癌作用，并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了其与生存事件的相关性 | 首次在泛癌水平上研究LRRK2对肿瘤微环境中巨噬细胞招募的影响，并提供了基于干扰LRRK2表达和活性的治疗策略 | NA | 研究LRRK2在泛癌中的作用及其对患者生存概率的影响 | LRRK2在不同癌症类型中的作用及其对巨噬细胞功能的影响 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1039 | 2024-08-08 |
Sequencing of a Chinese tetralogy of Fallot cohort reveals clustering mutations in myogenic heart progenitors
2022-01-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152198
PMID:34905512
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research paper | 本研究对146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体进行了全基因组测序分析，并与欧洲队列数据进行比较，揭示了TOF发病机制中的基因突变热点。 | 通过整合单细胞和空间转录组学数据，发现了与TOF相关的候选基因在心肌前体细胞中的表达富集，以及在心肌细胞分化轨迹中的特定基因共表达模块。 | NA | 揭示法洛四联症（TOF）的遗传机制及其对早期心脏发育的影响。 | 146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体。 | digital pathology | 先天性心脏病 | 全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体 |
| 1040 | 2024-08-08 |
Tumor immune microenvironment lncRNAs
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab504
PMID:34891154
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综述 | 本文综述了长非编码RNA（lncRNA）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的细胞类型特异性表达及其调控功能，并强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究这些特异性功能中的作用 | 本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决细胞类型特异性lncRNA功能发现中的潜力 | 目前大多数lncRNA研究依赖于批量RNA测序数据，这限制了对细胞类型特异性lncRNA功能的发现 | 探讨lncRNA在肿瘤和免疫细胞中的特异性表达，并总结其在细胞类型层面的调控功能 | 肿瘤免疫微环境中的长非编码RNA（lncRNA） | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |