单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 1001 - 1020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1001 | 2024-08-08 |
Danger signal extracellular calcium initiates differentiation of monocytes into SPP1/osteopontin-producing macrophages
2022-01-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-04507-3
PMID:35022393
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研究论文 | 研究探讨了在没有初级信号的情况下，细胞外钙和钙蛋白颗粒如何诱导单核细胞分化为钙巨噬细胞，并分析了其形态和功能特征。 | 首次展示了在没有初级信号的情况下，细胞外钙和钙蛋白颗粒可以直接诱导单核细胞分化为钙巨噬细胞，并详细描述了这一过程的分子机制。 | 研究主要集中在健康对照和类风湿关节炎患者的单核细胞上，未涉及其他疾病状态或更广泛的人群。 | 揭示在没有初级信号的情况下，细胞外钙对单核细胞的影响及其分化机制。 | 健康对照和类风湿关节炎患者的单核细胞及其分化后的巨噬细胞。 | 细胞生物学 | 类风湿关节炎 | scRNA-seq, DNA微阵列, 蛋白质组学, 成像流式细胞术 | NA | 细胞 | 健康对照和类风湿关节炎患者的血液样本 |
| 1002 | 2024-08-08 |
The immune-suppressive landscape in lepromatous leprosy revealed by single-cell RNA sequencing
2022-Jan-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00353-3
PMID:35013182
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了瘤型麻风病中的免疫抑制性景观 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了瘤型麻风病中免疫细胞的特定表达模式和相互作用 | NA | 探究瘤型麻风病中细胞内细菌逃避或调节宿主免疫反应的分子机制 | 瘤型麻风病患者的皮肤活检和外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 麻风病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 瘤型麻风病患者和健康对照组的外周血单个核细胞及皮肤活检样本 |
| 1003 | 2024-08-08 |
Zero-preserving imputation of single-cell RNA-seq data
2022-01-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27729-z
PMID:35017482
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研究论文 | 本文提出了一种基于低秩矩阵近似的方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的大量假零值，同时保持生物学上未表达的基因（真正的生物学零值）在零表达水平 | 本文的创新点在于提出了一种新的方法，能够在填补假零值的同时保留真正的生物学零值，并通过理论证明和实验验证了其相对于其他方法的优势 | NA | 研究目的是解决单细胞RNA测序数据分析中的一个关键挑战，即大量假零值的问题 | 研究对象是单细胞RNA测序数据中的假零值 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩矩阵近似 | 基因表达数据 | NA |
| 1004 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics using combinatorial fluorescence spectral and lifetime encoding, imaging and analysis
2022-01-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27798-0
PMID:35013281
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MOSAICA的空间转录组技术，该技术结合了mRNA和蛋白质标记的原位标记、组合式荧光光谱和寿命编码探针、光谱和时间分辨荧光成像以及基于机器学习的解码方法 | MOSAICA技术通过组合式荧光光谱和寿命编码探针，实现了在空间背景下多重mRNA分析的高效性和简化性 | NA | 开发一种新的空间转录组技术，以提高多重mRNA分析的效率和简化性 | 固定的大肠癌细胞和临床黑色素瘤福尔马林固定石蜡包埋组织 | 数字病理学 | 大肠癌, 黑色素瘤 | 组合式荧光光谱和寿命编码探针, 光谱和时间分辨荧光成像 | 机器学习 | 图像 | 10-plex目标检测 |
| 1005 | 2024-08-08 |
Pembrolizumab and decitabine for refractory or relapsed acute myeloid leukemia
2022-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003392
PMID:35017151
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研究论文 | 本文报告了一项针对复发或难治性急性髓系白血病（AML）患者的初步研究，评估了pembrolizumab和decitabine联合治疗的可行性 | 首次在人体中测试了pembrolizumab和decitabine联合治疗的可行性，并观察到免疫相关的不良事件与免疫学变化 | 这是一项单机构、单臂、开放标签的初步研究，样本量较小 | 探索免疫检查点阻断和去甲基化药物在急性髓系白血病中的协同作用 | 复发或难治性急性髓系白血病患者 | NA | 急性髓系白血病 | T细胞受体β测序、单细胞免疫表型和RNA表达分析 | NA | 免疫学数据 | 10名患者 |
| 1006 | 2024-08-08 |
Genetic and Transcriptional Contributions to Relapse in Normal Karyotype Acute Myeloid Leukemia
2022-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0050
PMID:35019859
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研究论文 | 研究旨在深入理解急性髓系白血病（AML）复发后的克隆和转录适应性 | 通过增强的全基因组测序和深度覆盖的单细胞RNA测序，识别了个体细胞中的表达突变，区分正常细胞和AML细胞，并识别了亚克隆特异性细胞状态 | 研究样本仅限于六例正常核型AML病例，可能限制了结果的普遍性 | 探究AML复发后克隆和转录的适应性变化 | 急性髓系白血病患者的初诊和复发样本 | 数字病理学 | 血液病 | 全基因组测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 六例正常核型AML病例，共142,642个高质量细胞 |
| 1007 | 2024-08-08 |
Cell trajectory modeling identifies a primitive trophoblast state defined by BCAM enrichment
2022-01-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199840
PMID:35020896
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了早期胎盘发育中的细胞状态，特别是滋养层细胞的分化轨迹，并识别出由BCAM富集定义的原始滋养层细胞状态 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了早期胎盘中滋养层细胞的异质性，并解析了人类滋养层前体细胞中的基因网络，识别出BCAM作为原始前体细胞标记物和可能的调节因子 | NA | 研究人类滋养层前体细胞的维持和分化过程 | 早期胎盘发育中的滋养层细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自第一孕期胎盘的样本 |
| 1008 | 2024-08-08 |
Contribution of Transcriptome to Elucidate the Biology of Plasmodium spp
2022, Current topics in medicinal chemistry
IF:2.9Q3
|
综述 | 本文综述了应用于阐明疟原虫如何逃避免疫系统和颠覆宿主生理以调控其生物途径的新技术 | 介绍了微阵列、RNA测序和单细胞RNA测序等技术在发现转录本和改变基因表达调控概念方面的贡献 | NA | 探讨新技术在揭示疟原虫生物学、生理学、疫苗靶点和寄生虫信号传导中新角色方面的贡献 | 疟原虫的生物学和生理学 | 基因组学 | 疟疾 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1009 | 2024-08-08 |
Itaconate and derivatives reduce interferon responses and inflammation in influenza A virus infection
2022-01, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1010219
PMID:35025971
|
研究论文 | 研究评估了内源性衣康酸及其衍生物在外源应用下对流感A病毒感染宿主反应的影响 | 发现衣康酸及其衍生物能减少干扰素反应和炎症，具有免疫调节和抗病毒作用 | NA | 探索衣康酸及其衍生物在流感A病毒感染中的免疫调节和抗病毒效果 | 衣康酸及其衍生物对流感A病毒感染的宿主反应 | NA | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括感染流感A病毒的小鼠、人外周血单个核细胞和人肺组织 |
| 1010 | 2024-08-08 |
Data-driven modeling predicts gene regulatory network dynamics during the differentiation of multipotential hematopoietic progenitors
2022-01, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009779
PMID:35030198
|
研究论文 | 本研究利用瞬态基因表达模式推断包含关键转录因子和细胞因子受体的十二基因基因调控网络（GRN）的遗传结构和动态 | 研究展示了高分辨率时间序列数据与数据驱动动态模型的结合如何揭示可能被掩盖的发育事件的动态和因果关系 | NA | 预测多能造血祖细胞分化过程中基因调控网络的动态 | 多能造血祖细胞分化过程中的基因调控网络 | 基因调控 | NA | 基因表达数据分析 | 动态模型 | 基因表达数据 | 诱导细胞系分化为红细胞和嗜中性粒细胞的高时间分辨率基因表达数据 |
| 1011 | 2024-08-08 |
Triple-Decker Sandwich Cultures of Intestinal Organoids for Long-Term Live Imaging, Uniform Perturbation, and Statistical Sampling
2022-Jan, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.330
PMID:35030297
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研究论文 | 本文介绍了一种名为“三层三明治”的新型肠道类器官培养方法，该方法通过多层水凝胶嵌入，实现了类器官在共面z轴上的均匀排列，从而改善了类器官的生长和存活率，并便于长期共聚焦成像和分子扰动。 | 开发了一种新的“三层三明治”培养方法，通过多层水凝胶嵌入，实现了类器官在共面z轴上的均匀排列，改善了类器官的生长和存活率，并便于长期共聚焦成像和分子扰动。 | NA | 研究肠道类器官的长期活体成像、均匀扰动和统计采样。 | 肠道类器官，包括小鼠和人类的肠道类器官。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 小鼠和人类的肠道类器官 |
| 1012 | 2024-08-08 |
Obesity modulates cell-cell interactions during ovarian folliculogenesis
2022-Jan-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103627
PMID:35005562
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了肥胖如何影响卵巢卵泡细胞及其相互作用 | 首次系统揭示了肥胖条件下卵巢卵泡细胞亚群的变化及其相互作用机制 | NA | 探究肥胖对卵巢卵泡发生过程中细胞间相互作用的影响 | 肥胖和正常饮食的小鼠模型中的卵巢卵泡细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 肥胖和正常饮食的小鼠模型 |
| 1013 | 2024-08-08 |
SARS-CoV-2 reactive and neutralizing antibodies discovered by single-cell sequencing of plasma cells and mammalian display
2022-01-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110242
PMID:34998467
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研究论文 | 本文介绍了一种结合单细胞抗体谱测序和哺乳动物展示的技术流程，用于研究16名康复患者血浆细胞的特异性，并发现针对SARS-CoV-2抗原的高亲和力中和抗体 | 首次利用单细胞测序和哺乳动物展示技术研究血浆细胞的特异性，并发现了一系列针对SARS-CoV-2的高亲和力中和抗体 | NA | 研究SARS-CoV-2感染后血浆细胞的特异性及其产生的中和抗体 | SARS-CoV-2感染的康复患者血浆细胞及其产生的中和抗体 | 生物技术 | COVID-19 | 单细胞测序，哺乳动物展示 | NA | 抗体谱 | 16名康复患者 |
| 1014 | 2024-08-08 |
Dense functional and molecular readout of a circuit hub in sensory cortex
2022-Jan-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abl5981
PMID:34990233
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研究论文 | 本文通过结合双光子钙成像和空间转录组学技术，研究了初级体感皮层中层2或3的主要神经亚类的行为相关反应，并探讨了分子分类与功能角色的关系。 | 本文首次识别了一种名为Baz1a的兴奋性内丘脑细胞类型，该细胞类型具有高度的触觉特征选择性，并能在家养状态下维持刺激反应性。 | NA | 探讨分子分类是否能预测不同的功能角色 | 初级体感皮层中层2或3的主要神经亚类 | 数字病理学 | NA | 双光子钙成像，空间转录组学 | NA | 图像 | 小鼠 |
| 1015 | 2024-08-08 |
Stress conditions promote Leishmania hybridization in vitro marked by expression of the ancestral gamete fusogen HAP2 as revealed by single-cell RNA-seq
2022-01-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73488
PMID:34994687
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研究论文 | 本文研究了在DNA损伤压力条件下，利什曼原虫在体外培养中混合的能力增强，并通过单细胞RNA测序揭示了与祖先配子融合蛋白HAP2表达相关的转录组特征。 | 首次展示了在DNA损伤压力下，利什曼原虫在体外培养中混合效率的显著提高，并扩展到其他物种，能够生成种内和种间杂交体。 | NA | 研究利什曼原虫在体外培养中混合的能力及其转录组特征。 | 利什曼原虫的混合能力和相关基因表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及L747和MA37两个亲本系的单细胞RNA测序 |
| 1016 | 2024-08-08 |
Three tissue resident macrophage subsets coexist across organs with conserved origins and life cycles
2022-Jan-07, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abf7777
PMID:34995099
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和随机森林模型，揭示了小鼠心脏、肝脏、肺、肾脏和大脑中存在三种共存的组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们的起源和生活周期 | 首次揭示了三种共存的组织驻留巨噬细胞亚群在多个器官中的存在，并阐明了它们的生活周期和基因特征 | NA | 探讨不同组织中巨噬细胞亚群的关系及其生活周期和基因特征 | 小鼠心脏、肝脏、肺、肾脏和大脑中的组织驻留巨噬细胞亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 基因表达数据 | 涉及17个组织的小鼠样本和人类单细胞RNA测序数据 |
| 1017 | 2024-08-08 |
A novel graph-based k-partitioning approach improves the detection of gene-gene correlations by single-cell RNA sequencing
2022-Jan-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-08235-4
PMID:34996359
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图的k-分区方法，通过合并转录组学上相似的细胞来减少单细胞RNA测序数据中的“dropout”效应，从而提高基因间相关性的检测 | 提出了一种新颖的基于图的k-分区方法，通过合并转录组学上相似的细胞来减少单细胞RNA测序数据中的零值，从而恢复基因间的相关性 | NA | 旨在通过一种新颖的基于图的k-分区方法，减少单细胞RNA测序数据中的“dropout”效应，从而检测基因间的共表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因间相关性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图算法 | 转录组数据 | 涉及三个独立的单细胞RNA测序数据集，其中一个数据集包含85对相关基因和100个集群 |
| 1018 | 2024-08-08 |
Single cell analysis reveals inhibition of angiogenesis attenuates the progression of heterotopic ossification in Mkx-/- mice
2022-Jan-07, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-021-00175-9
PMID:34996891
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研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示了抑制血管生成可以减轻Mkx-/-小鼠异位骨化的进展 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了异位骨化中血管生成基因表达程序的激活，并证明了抑制血管生成可以作为治疗异位骨化的新策略 | NA | 研究异位骨化的病理机制并提出潜在的治疗方法 | 人类肌腱异位骨化组织和Mkx小鼠肌腱 | 数字病理学 | 异位骨化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和Mkx小鼠肌腱，Mkx突变小鼠和创伤性异位骨化大鼠模型 |
| 1019 | 2024-08-08 |
Discovering cell types using manifold learning and enhanced visualization of single-cell RNA-Seq data
2022-01-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-03613-0
PMID:34996927
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研究论文 | 本文介绍了一种结合非线性降维技术和聚类算法的方法，用于识别不同细胞类型的代表性聚类，并通过评估不同降维技术与聚类的组合在十三种公开的scRNA-seq数据集上的表现，进一步进行了基因集富集分析以评估所提出方法的性能。 | 本文引入了结合非线性降维技术和聚类算法的方法，通过改进的局部线性嵌入与独立成分分析的组合，在不同数据集上相对于现有无监督方法取得了最佳的整体性能。 | NA | 识别与疾病相关的目标细胞类型，以促进疾病研究。 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型。 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 非线性降维技术与聚类算法 | 基因表达数据 | 十三种不同组织、大小和技术的公开scRNA-seq数据集 |
| 1020 | 2024-08-08 |
scDIOR: single cell RNA-seq data IO software
2022-Jan-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04528-3
PMID:34991457
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research paper | 本文介绍了一种名为scDIOR的软件，用于在R和Python平台之间进行单细胞RNA-seq数据转换 | scDIOR通过HDF5格式实现了跨平台的数据转换，支持多种数据类型，并能在IDE或命令行界面中使用少量代码进行快速操作 | NA | 开发一种高效且用户友好的软件，用于解决R和Python平台间单细胞组学数据转换的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq和空间解析转录组学数据 | NA |