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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2024-08-08 |
[Application of single-cell transcriptome sequencing in mechanistic toxicology]
2022-Jan-06, Zhonghua yu fang yi xue za zhi [Chinese journal of preventive medicine]
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序技术在机制毒理学研究中的发展、原理、方法、应用及局限性 | 单细胞RNA测序技术能够识别组织微环境中化学暴露下的异质细胞反应,有助于发现敏感反应细胞和关键分子事件 | 文章讨论了单细胞转录组测序技术在机制毒理学研究中的局限性 | 探索毒性机制和作用模式的新视角 | 单细胞转录组测序技术在毒理学研究中的应用 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 982 | 2024-08-08 |
Apelin Alleviates Meniscus Endothelial Cell Apoptosis in Osteoarthritis
2022, Disease markers
DOI:10.1155/2022/3556372
PMID:35069930
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研究论文 | 本研究探讨了apelin在骨关节炎中对半月板内皮细胞凋亡的保护作用 | 利用单细胞RNA测序和流式细胞术,首次识别出半月板中表达HOXA13和RASGRF2的两个内皮细胞亚群,并证实apelin通过下调caspase 3和BID来抑制这些亚群的凋亡 | NA | 研究apelin在骨关节炎中对半月板内皮细胞的保护作用 | 骨关节炎中的半月板内皮细胞 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从患者中纯化的半月板内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 983 | 2024-08-08 |
Dynamic inference of cell developmental complex energy landscape from time series single-cell transcriptomic data
2022-01, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009821
PMID:35073331
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研究论文 | 本研究提出了一种基于图的非线性Fokker-Planck方程模型GraphFP,用于从时间序列单细胞转录组数据中重建细胞状态转换的复杂势能景观 | GraphFP模型明确考虑了细胞间的非线性相互作用,并通过动态最优传输框架和伴随方法有效解决了模型推断问题 | NA | 旨在从时间序列单细胞转录组数据中重建细胞状态转换过程并揭示细胞间的非线性相互作用 | 时间序列单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非线性Fokker-Planck方程 | 转录组数据 | 小鼠胚胎大脑皮层发育的时间序列scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 984 | 2024-08-08 |
Clinical challenges of tissue preparation for spatial transcriptome
2022-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.669
PMID:35083877
|
研究论文 | 本文研究了影响空间转录组学质量的潜在因素,特别是在肺癌、癌旁或正常组织中的应用 | 强调了样本处理时间及干燥条件对空间转录组学样本质量的关键影响 | 未发现组织学评分与RNA完整性数(RIN)和唯一分子标识符(UMI)之间的显著相关性 | 旨在定义影响空间转录组学质量的潜在因素 | 研究了肺癌、癌旁或正常组织的空间转录组学质量 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学测序 | NA | 组织样本 | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 985 | 2024-08-08 |
Molecular mechanisms governing circulating immune cell heterogeneity across different species revealed by single-cell sequencing
2022-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.689
PMID:35092700
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术,比较了12个物种的免疫细胞单细胞转录组,揭示了循环免疫细胞在不同物种间的异质性和组成 | 首次提供了跨物种外周血单核细胞(PBMCs)的单细胞转录组图谱的综合分析 | NA | 深入理解外周血单核细胞的细胞分类学和基本功能,以及在进化生物学、发育生物学和免疫系统疾病中的应用 | 12个物种的免疫细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | 12个物种的免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 986 | 2024-08-08 |
Dissecting the heterogeneity of the microenvironment in primary and recurrent nasopharyngeal carcinomas using single-cell RNA sequencing
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2026583
PMID:35096485
|
研究论文 | 本研究首次使用单细胞RNA测序技术分析了四例原发性鼻咽癌和两例复发性鼻咽癌的约60,000个细胞的转录组,以深入了解复发性鼻咽癌在放射治疗区域内的动态变化 | 首次对复发性鼻咽癌的免疫微环境进行单细胞RNA测序分析,揭示了免疫细胞和肿瘤细胞的异质性及其在复发性鼻咽癌中的变化 | 研究样本相对有限,可能影响结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术深入了解复发性鼻咽癌的免疫微环境,以促进针对性的免疫治疗 | 原发性鼻咽癌和复发性鼻咽癌的免疫细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约60,000个细胞,来自四例原发性鼻咽癌和两例复发性鼻咽癌病例 | NA | NA | NA | NA |
| 987 | 2024-08-08 |
Identification of a unique tumor cell subset employing myeloid transcriptional circuits to create an immunomodulatory microenvironment in glioblastoma
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2030020
PMID:35096487
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,开发了一种计算方法来描绘胶质母细胞瘤的免疫特征并识别新的分子亚群,以用于免疫治疗 | 发现了新的胶质母细胞瘤细胞亚群TC-6,该亚群具有免疫入侵特征,并与肿瘤相关巨噬细胞相互作用,形成免疫抑制性微环境 | NA | 揭示胶质母细胞瘤免疫微环境的异质性,并为优化胶质母细胞瘤免疫治疗提供新见解 | 胶质母细胞瘤细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 988 | 2024-08-08 |
Neuronal identities derived by misexpression of the POU IV sensory determinant in a protovertebrate
2022-01-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2118817119
PMID:35042818
|
研究论文 | 研究在原脊椎动物中通过错误表达POU IV感觉决定因子导致神经元身份的变化 | 发现错误表达POU IV感觉决定因子会导致表皮细胞转变为具有混合感觉细胞类型特性的细胞,这些细胞同时表达PSC和BTN的特性 | NA | 探讨通过靶向错误表达细胞决定因子来重编程细胞类型的机会和挑战 | 原脊椎动物中的感觉细胞类型及其转变 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 989 | 2024-08-08 |
Pathogenic TNF-α drives peripheral nerve inflammation in an Aire-deficient model of autoimmunity
2022-01-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2114406119
PMID:35058362
|
研究论文 | 本文研究了在自身免疫调节因子(Aire)缺陷的小鼠模型中,病理性TNF-α如何驱动外周神经炎症,并探讨了其对自身免疫性脱髓鞘的影响。 | 通过单细胞RNA测序和细胞间配体-受体相互作用的分析,揭示了巨噬细胞介导的TNF-α信号轴在自身免疫性脱髓鞘中的作用机制。 | NA | 探索在自身免疫性神经炎症中,免疫细胞从修复状态转变为炎症状态的分子机制,并寻找新的治疗靶点。 | Aire缺陷小鼠模型的坐骨神经,以及其中的多种髓样、先天淋巴样和淋巴样细胞类型。 | 自身免疫疾病 | 自身免疫性神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Aire缺陷小鼠模型的坐骨神经样本 | NA | NA | NA | NA |
| 990 | 2024-08-08 |
Statistics or biology: the zero-inflation controversy about scRNA-seq data
2022-01-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02601-5
PMID:35063006
|
研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序数据中大量零值的来源和处理方式,并评估了非生物学零值对数据分析的影响 | 介绍了五种在计算基准测试中添加非生物学零值的机制,并讨论了非生物学零值的开放性问题 | NA | 解决关于单细胞RNA测序数据中零值处理的争议 | 单细胞RNA测序数据中的零值 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 991 | 2024-08-08 |
Coal dust exposure triggers heterogeneity of transcriptional profiles in mouse pneumoconiosis and Vitamin D remedies
2022-01-20, Particle and fibre toxicology
IF:7.2Q1
DOI:10.1186/s12989-022-00449-y
PMID:35057792
|
研究论文 | 本研究主要探讨了可吸入大小的煤尘颗粒(CDP)在老鼠中的肺毒性,使用无偏差的单细胞RNA测序技术,并分析了煤尘颗粒对肺部稳态的影响。 | 这是首次在老鼠中重建煤尘肺病的病理进展和转录组模式的研究。 | NA | 研究煤尘颗粒对肺部稳态的影响及其分子变化。 | 老鼠的肺部组织和细胞。 | 数字病理学 | 尘肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 老鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 992 | 2024-08-08 |
Investigation of fiber utilization in the rumen of dairy cows based on metagenome-assembled genomes and single-cell RNA sequencing
2022-01-20, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-021-01211-w
PMID:35057854
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组组装基因组和单细胞RNA测序技术,探讨了奶牛瘤胃中纤维利用的相关微生物和细胞亚型 | 首次通过宏基因组组装基因组和单细胞RNA测序技术,揭示了瘤胃中纤维消化、VFA吸收和代谢的关键微生物基因组和上皮细胞亚型 | NA | 研究奶牛瘤胃中纤维消化和VFA吸收代谢的微生物和细胞机制 | 奶牛瘤胃中的微生物和上皮细胞 | NA | NA | 宏基因组组装基因组、单细胞RNA测序 | NA | 基因组、转录组 | 52头处于泌乳中期的奶牛,20,728个瘤胃上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 993 | 2024-08-08 |
Interpreting success or failure of peanut oral immunotherapy
2022-01-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI155255
PMID:35040441
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和配对的T细胞受体α/β测序,研究了与花生口服免疫疗法(OIT)结果相关的花生反应性CD4+ Th细胞表型和基因特征 | 首次描述了与OIT结果相关的花生反应性CD4+ Th细胞的特定亚群和基因特征 | 并非所有患者都对OIT有反应,且治疗停止后可能重新对花生产生敏感 | 旨在识别影响并预测OIT结果的生物标志物 | 花生反应性CD4+ Th细胞表型和基因特征 | NA | 食物过敏 | 单细胞RNA测序,T细胞受体α/β测序 | NA | 基因 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 994 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of early chick hypothalamic development reveals that hypothalamic cells are induced from prethalamic-like progenitors
2022-01-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110251
PMID:35045288
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和杂交链反应技术,分析了早期小鸡下丘脑发育的多个阶段,揭示了下丘脑细胞从类似前下丘脑的前体细胞中诱导出来的过程 | 本研究首次详细描述了小鸡下丘脑发育的组织结构,并识别了多个先前未被表征的下丘脑诱导、区域化和神经发生的候选调控因子 | NA | 阐明新生下丘脑的组织结构,并识别可能控制其诱导和后续发育的分子机制 | 早期小鸡下丘脑的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序(RNA-seq)和杂交链反应(HCR) | NA | RNA序列数据 | 多个早期下丘脑发育阶段的小鸡样本 | NA | NA | NA | NA |
| 995 | 2024-08-08 |
Molecular Landscape of the Coagulome of Oral Squamous Cell Carcinoma
2022-Jan-17, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14020460
PMID:35053621
|
研究论文 | 研究口腔鳞状细胞癌(OSCC)的凝血组及其与肿瘤微环境(TME)的关联 | 发现OSCC中F3和PLAU的mRNA表达水平最高,并观察到单细胞水平上的凝血和纤维蛋白溶解亚群共存现象 | 需要进一步研究凝血过程对肿瘤适应性免疫反应的潜在负面调节作用 | 探讨OSCC的凝血组及其与肿瘤微环境的联系 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)的凝血组 | NA | 口腔鳞状细胞癌 | bulk tumor DNA/RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | DNA/RNA | 使用The Cancer Genome Atlas的数据和OSCC细胞培养数据 | NA | NA | NA | NA |
| 996 | 2024-08-08 |
Utilizing Shared Big Data to Identify Liver Cancer Dedifferentiation Markers
2022-Jan-14, Studies in health technology and informatics
DOI:10.3233/SHTI210862
PMID:35062095
|
研究论文 | 本研究利用公开的单细胞RNA测序数据,重新分析大数据以识别肝癌干细胞的去分化标志物 | 首次在大数据重新分析中识别出肝癌干细胞的去分化因子Msh Homeobox 2,并发现其在肝癌干细胞中显著上调 | NA | 通过重新分析大数据,探索和识别肝癌干细胞的去分化标志物 | 肝癌干细胞和健康肝细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 997 | 2024-08-08 |
Restoring FAS Expression via Lipid-Encapsulated FAS DNA Nanoparticle Delivery Is Sufficient to Suppress Colon Tumor Growth In Vivo
2022-Jan-12, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14020361
PMID:35053524
|
研究论文 | 本研究通过脂质包裹的FAS DNA纳米粒子递送恢复FAS表达,以抑制体内结肠肿瘤生长 | 设计并合成了密码子使用优化的鼠和人FAS cDNA,并将其封装到阳离子脂质中形成纳米粒子,用于体内外抑制结肠肿瘤生长 | NA | 探讨恢复FAS表达是否足以抑制结直肠癌的发展 | 结直肠癌患者的结肠肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及鼠和人的结肠肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 998 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolism during SARS-CoV-2 and HIV-1 infections
2022-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.01.10.475725
PMID:35043114
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学方法,比较了SARS-CoV-2和HIV-1感染患者的免疫反应和代谢差异 | 首次系统比较了SARS-CoV-2和HIV-1感染的单细胞转录组数据,揭示了两种病毒感染的共同和独特免疫反应及代谢特征 | NA | 理解SARS-CoV-2和HIV-1感染的相似性和差异性,为疾病进展和疫苗及疗法开发提供依据 | SARS-CoV-2和HIV-1感染患者的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 94,442个PBMCs样本,来自7名COVID-19患者和9名HIV-1患者 | NA | NA | NA | NA |
| 999 | 2024-08-08 |
Expression of Lineage Transcription Factors Identifies Differences in Transition States of Induced Human Oligodendrocyte Differentiation
2022-01-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11020241
PMID:35053357
|
研究论文 | 本文通过定量图像分析和单细胞转录组学方法,比较了不同转录因子组合在诱导人源少突胶质细胞分化中的效果 | 研究发现,与单独使用SOX10相比,SOX10与OLIG2和NKX6.2的组合能增加iOLs的数量并促进更复杂的形态和更高的髓鞘标记基因表达水平 | NA | 研究不同转录因子组合在诱导人源少突胶质细胞分化中的效果 | 人源诱导少突胶质细胞的分化过程 | 细胞生物学 | NA | 定量图像分析、单细胞转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1000 | 2024-08-08 |
Towards Tabula Gallus
2022-Jan-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23020613
PMID:35054796
|
研究论文 | Tabula Gallus项目旨在创建鸡体和鸡胚中每种细胞类型的地图 | 该项目将生成单细胞转录组数据的综合目录,并提供研究该物种生物学的工具,类似于其他正在进行的细胞图谱项目 | NA | 研究鸡和其他鸟类的基本科学,并最终增进对人类健康和疾病的理解 | 鸡体和鸡胚中的每种细胞类型 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |