单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-08	Identifying In Vitro Cultured Human Hepatocytes Markers with Machine Learning Methods Based on Single-Cell RNA-Seq Data 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.916309 PMID:35706505	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，识别体外培养的人肝细胞在不同分化时期的标志物	本研究通过先进的计算分析方法，解决了肝细胞分化过程中的异质性问题，并挖掘了不同分化时期的生物标志物	NA	阐明肝细胞发育的过程和机制，为细胞移植相关的肝病治疗策略提供潜在目标	体外培养的人肝细胞及其分化过程中的标志物	机器学习	NA	单细胞RNA测序	随机森林、k-最近邻、决策树	转录组数据	一批压缩和有效的分类特征
82	2024-08-29	CCPE: cell cycle pseudotime estimation for single cell RNA-seq data 2022-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1236 PMID:34931240	研究论文	本文开发了一种名为CCPE的新型细胞周期伪时间估计方法，用于从单细胞RNA测序数据中表征细胞周期时间和识别细胞周期阶段	CCPE使用一种判别性螺旋来表征细胞周期的循环过程，并估计每个细胞沿细胞周期的伪时间	NA	开发一种有效的方法来预测细胞周期伪时间并识别细胞周期阶段	单细胞RNA测序数据中的细胞周期	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种模拟和真实的单细胞RNA测序数据集
83	2024-08-29	Transcriptomic signatures associated with autoimmune thyroiditis in papillary thyroid carcinoma and cancer immunotherapy-induced thyroid dysfunction 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.019 PMID:35664236	研究论文	本研究探讨了甲状腺乳头状癌（PTC）与桥本甲状腺炎（HT）共存现象及其转录组基础，以及免疫治疗相关甲状腺功能障碍的分子标志物	首次揭示了PTC患者中HT与复发之间的负相关性，并发现了HT患者中PD-1相关基因的高表达与CD8 T细胞激活的潜在关联	研究主要基于回顾性数据分析，未来需通过前瞻性研究进一步验证	探索PTC与HT共存的转录组基础及免疫治疗相关甲状腺功能障碍的分子机制	甲状腺乳头状癌患者及接受免疫治疗的患者的甲状腺功能障碍	数字病理学	甲状腺癌	转录组分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据，单细胞数据	468名PTC患者，22,155名PTC患者（元分析），17,438个细胞（单细胞转录组分析），39,123名患者（甲状腺不良事件分析）
84	2024-08-29	Comparative Toxicotranscriptomics of Single Cell RNA-Seq and Conventional RNA-Seq in TCDD-Exposed Testicular Tissue 2022, Frontiers in toxicology IF:3.6Q2 DOI:10.3389/ftox.2022.821116 PMID:35615540	研究论文	本报告比较了两种转录组学方法（常规RNA-seq和单细胞RNA测序）在暴露于TCDD的成年斑马鱼睾丸组织中的结果和局限性	单细胞RNA测序能够揭示异质组织中特定细胞类型的转录组动态	单细胞RNA测序中的细胞解离效应和转录组覆盖度降低可能影响毒理学研究	探讨单细胞RNA测序与常规RNA-seq在转录组学和毒理学上的差异	暴露于TCDD的成年斑马鱼睾丸组织	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	控制组和TCDD暴露组的配对样本
85	2024-08-29	Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.853035 PMID:35586548	研究论文	研究揭示了顺铂化疗引起的外周神经病变中，顺铂如何影响酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元的特定亚群和K+通道	发现了顺铂通过靶向外向K电流（可能通过K2P18.1通道）影响神经元功能，并暗示维生素E可能具有神经保护作用	NA	探讨顺铂化疗引起的外周神经病变的细胞机制	酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组分析和电生理分析	NA	转录组数据和电生理数据	小鼠的酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元
86	2024-08-28	Extrinsic KRAS Signaling Shapes the Pancreatic Microenvironment Through Fibroblast Reprogramming 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.02.016 PMID:35245687	研究论文	研究了致癌KRAS信号如何通过重编程胰腺成纤维细胞来塑造胰腺肿瘤微环境	揭示了非细胞自主的致癌KRAS信号如何重编程胰腺成纤维细胞，激活炎症基因表达程序，从而影响肿瘤微环境	NA	探讨致癌KRAS在胰腺肿瘤微环境中的作用机制	胰腺肿瘤微环境和成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用遗传工程小鼠模型
87	2024-08-28	An Optimized Tissue Dissociation Protocol for Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Fresh and Cultured Human Skin Biopsies 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.872688 PMID:35573685	研究论文	本文介绍了一种优化的组织解离协议，用于从新鲜和培养的人类皮肤活检中制备高质量的皮肤细胞悬浮液，以便进行深入的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。	该协议能够从新鲜解离的小型皮肤活检中持续分离出大量高存活率的皮肤细胞，并成功识别了罕见的细胞群，如肥大细胞。	NA	旨在开发一种高效的组织解离协议，以促进对人类皮肤病理和皮肤移植实验的单细胞RNA测序发现。	新鲜和培养的人类皮肤活检。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	小型新鲜解离的皮肤活检和培养的皮肤活检碎片
88	2024-08-28	The Comprehensive Analysis Identified an Autophagy Signature for the Prognosis and the Immunotherapy Efficiency Prediction in Lung Adenocarcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.749241 PMID:35529878	研究论文	本研究通过综合分析鉴定出一种自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	本研究首次发现并验证了一种基于自噬相关基因的特征，能够预测肺腺癌患者的预后和免疫检查点治疗的效率	NA	鉴定一种新的自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	肿瘤样本2181个，正常样本419个，独立验证队列70个肺腺癌患者
89	2024-08-28	Foam Cells in Atherosclerosis: Novel Insights Into Its Origins, Consequences, and Molecular Mechanisms 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.845942 PMID:35498045	综述	本文综述了泡沫细胞在动脉粥样硬化中的起源、后果及分子机制的新见解	采用谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术，揭示了来自单核细胞和血管平滑肌细胞（VSMC）的泡沫细胞亚型，并发现了核受体、非编码RNA和肠道微生物群等新机制	单核细胞的异质性和非编码RNA的复杂性为靶向泡沫细胞带来了挑战	总结泡沫细胞在动脉粥样硬化斑块中的起源、后果和分子机制的新见解	泡沫细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
90	2024-08-28	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Inter-Tumor Heterogeneity in Bilateral Papillary Thyroid Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.840811 PMID:35515000	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了双侧乳头状甲状腺癌中的肿瘤间异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境，揭示了其细胞组成和表型特征	研究样本量相对较小，且仅限于特定的甲状腺癌类型	探究双侧乳头状甲状腺癌肿瘤微环境中的细胞组成和表型特征	双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	29,561个细胞来自3对双侧乳头状甲状腺癌和1个非肿瘤甲状腺样本
91	2024-08-27	Single-Cell RNA Sequencing of Urinary Cells Reveals Distinct Cellular Diversity in COVID-19-Associated AKI 2022-01-27, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/KID.0005522021 PMID:35368565	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了COVID-19相关急性肾损伤患者的尿液细胞，揭示了其细胞多样性和基因表达差异	首次使用单细胞RNA测序技术非侵入性地研究COVID-19相关急性肾损伤的细胞变化，并提供了尿液膀胱细胞直接被SARS-CoV-2感染的初步证据	样本量较小，且仅包括住院患者	探究COVID-19相关急性肾损伤在尿液细胞中的表现和机制	COVID-19相关急性肾损伤患者的尿液细胞	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	细胞	共分析了30,076个细胞，来自8名COVID-19患者和4名非COVID-19急性肾损伤患者
92	2024-08-27	Loss of Function of the Neural Cell Adhesion Molecule NrCAM Regulates Differentiation, Proliferation and Neurogenesis in Early Postnatal Hypothalamic Tanycytes 2022, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2022.832961 PMID:35464310	研究论文	本文研究了神经细胞粘附分子NrCAM在早期新生小鼠下丘脑tanycytes中的功能丧失对分化、增殖和神经发生的影响	首次提供了NrCAM在成年小鼠tanycytes中调控作用的证据，并使用单细胞RNA测序技术揭示了tanycyte特异性基因表达的变化	NrCAM缺陷小鼠中观察到的tanycyte减少和标记物丢失仅与轻微的代谢表型相关，可能需要进一步研究以揭示更深层次的影响	探讨NrCAM在tanycytes中的功能及其对细胞稳态的调控作用	下丘脑tanycytes及NrCAM的功能	神经科学	NA	免疫组织化学分析、杂交分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠及E16胚胎小鼠
93	2024-08-27	Next-Generation and Single-Cell Sequencing Approaches to Study Atherosclerosis and Vascular Inflammation Pathophysiology: A Systematic Review 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.849675 PMID:35419441	综述	本文综述了利用单细胞和下一代测序技术研究动脉粥样硬化和血管炎症病理生理学的现有数据	单细胞和下一代测序方法提供了比以往方法更高分辨率的阐明动脉粥样硬化的新手段	研究主要集中在平滑肌细胞、巨噬细胞和干细胞/祖细胞对疾病的贡献上，而对其他细胞类型如淋巴细胞和内皮细胞的贡献关注较少	旨在全面评估利用单细胞和下一代测序技术发表的数据，以识别动脉粥样硬化和血管炎症的关键细胞和分子贡献	动脉粥样硬化和血管炎症的病理生理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序和下一代测序	NA	基因组数据	34项研究符合叙事综合分析，其中16篇文章仅使用单细胞测序，10篇使用下一代测序，8篇使用这两种方法的组合
94	2024-08-27	Analysis of Half a Billion Datapoints Across Ten Machine-Learning Algorithms Identifies Key Elements Associated With Insulin Transcription in Human Pancreatic Islet Cells 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.853863 PMID:35399953	研究论文	本研究通过分析超过4.9亿个数据点，比较了10种不同的机器学习工作流程，以识别与人类胰腺单细胞转录组中胰岛素转录相关基因	本研究首次在大规模数据集上比较了多种机器学习算法，特别是随机森林算法显示出高预测能力和敏感性	NA	比较不同机器学习工作流程在大数据分析中的表现，并识别与胰岛素转录相关的关键元素	人类胰腺单细胞转录组数据	机器学习	糖尿病	机器学习	随机森林	转录组数据	训练数据集包含11,652个样本，验证数据集包含2,913个样本
95	2024-08-26	The Transcriptional Cell Atlas of Testis Development in Sheep at Pre-Sexual Maturity 2022-Jan-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb44020033 PMID:35723319	研究论文	本研究使用10× Genomics Chromium单细胞RNA测序技术，对三只三个月大的公羊睾丸发育过程中的12,843个睾丸细胞进行了测序，并鉴定了多种细胞类型及其特定标记基因	首次在羊的睾丸发育过程中使用单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型及其在不同分化状态下的特定标记基因	NA	探索羊睾丸在性成熟前的发育过程及其细胞类型和分化状态	羊睾丸中的细胞类型及其在性成熟前的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	12,843个睾丸细胞
96	2024-08-26	Basal-Like Cell-Conditioned Medium Exerts Anti-Fibrotic Effects In Vitro and In Vivo 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.844119 PMID:35350187	研究论文	研究证实基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的抑制作用	首次通过单细胞RNA测序和体外实验证实基底样细胞通过旁分泌机制抑制特发性肺纤维化中的纤维化过程	NA	验证基底样细胞在特发性肺纤维化中的存在及其对纤维化的影响	特发性肺纤维化中的基底样细胞及其对纤维化的影响	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织样本及受博来霉素损伤的实验鼠
97	2024-08-26	Exploring the Genomic Patterns in Human and Mouse Cerebellums Via Single-Cell Sequencing and Machine Learning Method 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.857851 PMID:35309141	研究论文	本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索人鼠小脑的基因组模式	使用基因表达谱作为特征，实现了对不同小脑细胞类型的高效分类，揭示了人鼠小脑基因组模式的显著差异	NA	识别人鼠小脑四种亚细胞类型之间的转录差异	人鼠小脑的四种亚细胞类型：Golgi、颗粒、中间神经元和单极刷细胞	机器学习	NA	单细胞测序	分类模型	基因表达数据	共使用了321,387个单细胞测序数据，包括四种细胞类型：Golgi（5,048个，1.57%）、颗粒（250,307个，77.88%）、中间神经元（60,526个，18.83%）和单极刷细胞（5,506个，1.72%）
98	2024-08-25	Adaptation of the Oxygen Sensing System during Lung Development 2022, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2022/9714669 PMID:35242281	研究论文	研究了在肺发育过程中氧气感应系统的适应性及其目标，即缺氧诱导因子（HIF）调控基因（HRGs）	通过整合qPCR、免疫印迹、杂交和单细胞RNA测序数据，详细描绘了氧气感应系统在肺发育中的变化	系统性缺氧或roxadustat治疗仅显示出HRGs的有限反应	理解肺发育从囊状到肺泡阶段的氧气感应系统组件的相互作用，以对抗与早产相关的疾病	肺发育中的氧气感应系统和HIF调控基因	NA	早产相关疾病	qPCR、免疫印迹、杂交、单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
99	2024-08-25	Insights Gained and Future Outlook From scRNAseq Studies in Autoimmune Rheumatic Diseases 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.849050 PMID:35251048	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在自身免疫性风湿病研究中的主要发现，并展望了新兴的单细胞技术（如免疫组库测序和空间转录组学）在扩展对免疫和基质细胞行为的理解方面的潜力。	scRNAseq作为一种强大的新工具，能够评估风湿病中的生物异质性和单个细胞功能，揭示了新的细胞群和关键分子特征。	目前scRNAseq在风湿病领域的应用尚未充分利用新兴的单细胞技术，如免疫组库测序和空间转录组学。	探讨scRNAseq在自身免疫性风湿病研究中的应用，并展望新兴单细胞技术在扩展对免疫和基质细胞行为理解方面的潜力。	自身免疫性风湿病及其相关细胞和分子机制。	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
100	2024-08-25	A Necroptosis-Related Prognostic Model of Uveal Melanoma Was Constructed by Single-Cell Sequencing Analysis and Weighted Co-Expression Network Analysis Based on Public Databases 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.847624 PMID:35242144	研究论文	本研究通过单细胞测序分析和加权共表达网络分析，构建了一个与坏死性凋亡相关的葡萄膜黑色素瘤预后模型	首次通过单细胞测序和加权共表达网络分析，构建了与坏死性凋亡相关的葡萄膜黑色素瘤预后模型，并通过细胞实验验证了模型中关键基因ITPA的作用	NA	研究坏死性凋亡在葡萄膜黑色素瘤中的临床意义，并构建预后模型	葡萄膜黑色素瘤患者及其预后	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞测序分析，加权共表达网络分析	COX回归，Lasso回归	基因表达数据	使用GEO数据库的GSE139829数据集和TCGA数据进行分析，具体样本数量未详细说明