单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1167 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-05 |
Tumor vessel co-option: The past & the future
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.965277
PMID:36119528
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综述 | 本文综述了肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用，并探讨了利用新一代技术如单细胞RNA测序来研究VCO的可能性 | 提出利用单细胞RNA测序等新技术来深入研究VCO过程中肿瘤内皮细胞（ECs）和其他细胞类型的生物学特性 | 目前对VCO的分子机制和共选血管细胞类型的特征了解不足，缺乏抑制VCO的治疗策略 | 探讨VCO的分子机制，并利用新技术研究VCO过程中的细胞类型，以开发新的治疗策略 | 肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 62 | 2024-09-05 |
TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0272302
PMID:36084081
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research paper | 本文介绍了TMExplorer，一个用于肿瘤微环境单细胞RNA测序数据的数据库和搜索工具 | TMExplorer提供了一个易于访问的界面，用于收集和展示多种癌症类型的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据 | NA | 构建一个全面的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据库，并创建相应的R包TMExplorer以促进对肿瘤微环境的研究 | 肿瘤微环境中的各种细胞类型，包括间质成纤维细胞、免疫细胞和恶性细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 涉及多种癌症类型的数据集 |
| 63 | 2024-09-04 |
Define and visualize pathological architectures of human tissues from spatially resolved transcriptomics using deep learning
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.029
PMID:36090815
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESEPT的深度学习框架，用于从空间转录组学数据中表征和可视化组织结构 | RESEPT能够通过空间保留的图神经网络学习三维嵌入，并将嵌入映射到RGB图像中进行可视化，从而准确地推断和可视化组织结构 | NA | 开发一种新的计算框架，以从空间转录组学数据中揭示复杂人类疾病的病理结构和功能分区 | 人类和鼠类皮质组织的空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络，卷积神经网络 | 基因表达数据 | 基于10x Genomics Visium空间转录组学数据集的多个样本，包括人类和鼠类皮质组织以及自家的阿尔茨海默病样本和胶质母细胞瘤样本 |
| 64 | 2024-09-04 |
Bioinformatics analysis identified apolipoprotein E as a hub gene regulating neuroinflammation in macrophages and microglia following spinal cord injury
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964138
PMID:36091018
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据集GSE159638，鉴定了载脂蛋白E（APOE）作为调节脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的关键基因 | 首次通过单细胞分析揭示了APOE在脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中的中心作用，并验证了其在小鼠模型中的转录变化 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在更多种类的模型中验证APOE的作用 | 探讨脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的调节机制 | 巨噬细胞和微胶质细胞在脊髓损伤后的神经炎症反应 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 数据集GSE159638中的单细胞RNA测序数据 |
| 65 | 2024-09-04 |
Deciphering colorectal cancer immune microenvironment transcriptional landscape on single cell resolution - A role for immunotherapy
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.959705
PMID:36032085
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结直肠癌（CRC）免疫微环境研究中的应用，探讨其在精准免疫治疗发展中的潜力 | 介绍了scRNA-seq技术在揭示复杂生物系统如癌症和免疫系统中细胞异质性的重要性，以及其在个性化药物开发中的应用 | NA | 探讨scRNA-seq在结直肠癌精准免疫治疗中的应用潜力 | 结直肠癌的免疫微环境和治疗抵抗机制 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 66 | 2024-09-04 |
Sampling and ranking spatial transcriptomics data embeddings to identify tissue architecture
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.912813
PMID:36035139
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研究论文 | 本文开发了一种名为MP-MIM的嵌入评估方法，结合基于消息传递的嵌入转换和空间自相关分析，用于选择有效的嵌入以推断组织架构 | 提出了一种新的嵌入评估方法MP-MIM，该方法结合了消息传递和空间自相关分析，以提高空间转录组数据分析的准确性 | NA | 开发一种新的方法来选择新的测试数据的有效嵌入，并提高深度学习工具在空间转录组分析中的可用性 | 空间转录组数据嵌入的选择和排名 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络 | 基因表达数据 | 16个来自人类大脑的空间转录组样本 |
| 67 | 2024-09-04 |
SETD2 regulates gene transcription patterns and is associated with radiosensitivity in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.935601
PMID:36035179
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研究论文 | 研究探讨了SETD2在肺腺癌中的作用及其与放射敏感性的关联 | 首次揭示SETD2作为放射敏感性标志物，并通过多组学分析展示了SETD2增强染色质可及性和基因转录的模式 | 研究主要集中在细胞和分子层面，临床验证和实际应用效果需进一步研究 | 识别与肺腺癌放射敏感性相关的表观遗传生物标志物，以促进精准医学 | 肺腺癌及其放射敏感性 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及肺腺癌的批量RNA测序和单细胞RNA测序 |
| 68 | 2024-09-04 |
Single-cell immunology of SARS-CoV-2 infection
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01131-y
PMID:34931002
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研究论文 | 本文利用单细胞技术研究SARS-CoV-2感染的免疫学机制，并提供标准化数据集和可视化工具 | 采用单细胞技术深入分析个体细胞间的免疫反应异质性，揭示COVID-19发病机制的分子机制 | NA | 深入理解与SARS-CoV-2保护性或病理性免疫相关的免疫细胞亚群和分子因子，促进COVID-19疫苗和治疗药物的开发 | SARS-CoV-2感染的免疫细胞亚群和分子因子 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组学、单细胞多组学分析 | NA | 单细胞数据 | 超过320万个细胞 |
| 69 | 2024-09-02 |
Spatially Resolved Transcriptomes of Mammalian Kidneys Illustrate the Molecular Complexity and Interactions of Functional Nephron Segments
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.873923
PMID:35872784
|
研究论文 | 本研究使用空间转录组测序（ST-seq）技术，对正常小鼠和人类肾脏进行分析，揭示了功能性肾单位结构在分子层面的复杂性和相互作用 | 首次应用ST-seq技术于正常哺乳动物肾脏，提供了跨物种的生理学和细胞间通信的转录组学见解 | 研究仅限于正常肾脏，未涉及病理状态下的肾脏 | 深入理解哺乳动物肾脏功能性肾单位结构的复杂性 | 小鼠和人类的正常肾脏 | 数字病理学 | NA | 空间转录组测序（ST-seq） | NA | 转录组数据 | 6只小鼠和4个人类肾脏 |
| 70 | 2024-09-02 |
Theories, laws, and models in evo-devo
2022-01, Journal of experimental zoology. Part B, Molecular and developmental evolution
DOI:10.1002/jez.b.23096
PMID:34570438
|
综述 | 本文回顾了进化发育生物学（evo-devo）中的一些理论、模型和定律，包括历史上的重演理论、原型理论以及新的框架移位理论、发育工具箱、ABC模型等 | 文章提出了对von Baer定律的重新审视以及对时钟模型修正的可能性，并探讨了利用高通量测序数据发展新理论和模型的前景 | 文章指出evo-devo中所谓的“定律”实际上只是特定谱系趋势的概括，且“体计划”作为一种原型，其科学意义常被忽视 | 探讨和总结进化发育生物学中的理论、模型和定律，并展望未来的发展方向 | 进化发育生物学中的理论、模型和定律 | NA | NA | 高通量测序，单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-09-01 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Changes of Tumor Immune Microenvironment in Oral Squamous Cell Carcinoma After Chemotherapy
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.914120
PMID:35784460
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research paper | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了化疗后口腔鳞状细胞癌中肿瘤免疫微环境的变化 | 本研究首次在单细胞转录组水平揭示了化疗后口腔鳞状细胞癌中肿瘤微环境的特征 | NA | 研究化疗对口腔鳞状细胞癌中肿瘤细胞和肿瘤微环境的影响 | 口腔鳞状细胞癌化疗后的肿瘤微环境 | digital pathology | 口腔癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 72 | 2024-09-01 |
Applications and Achievements of Single-Cell Sequencing in Gastrointestinal Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.905571
PMID:35785171
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在胃肠癌研究中的应用及其最新进展 | 单细胞测序技术提供了比大规模测序技术更准确的数据，能够解析细胞和分子层面的单细胞分辨率特征 | NA | 探讨单细胞测序技术在胃肠癌研究中的应用 | 胃肠癌的来源、异质性、微环境信息以及诊断和治疗方法 | 数字病理学 | 胃肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和表观基因组数据 | NA |
| 73 | 2024-09-01 |
Progress and Prospect of Immunotherapy for Triple-Negative Breast Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.919072
PMID:35795050
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）免疫治疗的进展和前景 | 介绍了基于免疫分子疗法、溶瘤病毒疗法和过继免疫细胞转移疗法等多种新型免疫治疗方法 | 目前免疫治疗在乳腺癌患者中的总体反应不强，且存在一系列挑战和机遇 | 探讨三阴性乳腺癌免疫治疗的新发现、临床试验结果及未来发展方向 | 三阴性乳腺癌（TNBC）及其免疫治疗策略 | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 免疫检查点抑制剂（ICIs）、单细胞测序、CRISPR基因编辑 | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-31 |
Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis Constructed the Ubiquitination-Related Signature in Glioma and Identified USP4 as a Novel Biomarker
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.915709
PMID:35774799
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和单细胞测序分析构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并鉴定了USP4作为新的生物标志物。 | 首次构建了胶质瘤中的泛素化相关特征，并发现了USP4作为潜在的胶质瘤生物标志物。 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，需要进一步的临床验证和实验支持。 | 探讨泛素化基因在胶质瘤中的作用，并寻找新的胶质瘤生物标志物。 | 胶质瘤患者的泛素化基因及其在肿瘤微环境中的作用。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的胶质瘤患者数据，分为训练组和验证组。 |
| 75 | 2024-08-31 |
Somatic variant calling from single-cell DNA sequencing data
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.013
PMID:35782734
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综述 | 本文综述了单细胞DNA测序数据中体细胞变异识别的当前方法 | NA | NA | 帮助用户根据自身数据选择合适的工具 | 单细胞DNA测序数据中的体细胞变异识别方法 | 测序技术 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | DNA测序数据 | NA |
| 76 | 2024-08-31 |
Intestinal strictures in Crohn's disease: a 2021 update
2022, Therapeutic advances in gastroenterology
IF:3.9Q1
DOI:10.1177/17562848221104951
PMID:35757383
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综述 | 本文综述了2021年关于克罗恩病（CD）肠道狭窄的最新进展，重点讨论了纤维化机制、诊断和治疗的新技术 | 介绍了单细胞测序、多组学和人工智能等新技术在肠道狭窄研究中的应用 | 目前尚无特定的抗纤维化治疗方法，且肠道纤维化的评估方法不够可靠 | 旨在提供关于纤维化的及时信息，并为改善肠道狭窄的诊断、治疗和预后奠定基础 | 克罗恩病患者的肠道狭窄 | NA | 克罗恩病 | 单细胞测序、多组学、人工智能 | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-31 |
Emerging artificial intelligence applications in Spatial Transcriptomics analysis
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.056
PMID:35765645
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综述 | 本文综述了当前用于空间转录组学分析的人工智能方法 | 介绍了利用机器学习和深度学习技术处理空间转录组学数据分析的新型计算方法 | NA | 综述空间转录组学分析中的人工智能应用 | 空间转录组学数据分析 | 机器学习 | NA | 机器学习, 深度学习 | NA | 转录组数据 | NA |
| 78 | 2024-08-31 |
Detection of infiltrating fibroblasts by single-cell transcriptomics in human kidney allografts
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0267704
PMID:35657798
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析人肾移植活检样本，以揭示不同的细胞类型和状态，并深入了解同种异体免疫损伤的复杂异质性 | 通过单细胞转录组学技术，首次揭示了肾移植后不同时间点纤维化与非纤维化组织中成纤维细胞的来源差异，以及这些细胞在移植后免疫反应中的作用 | 研究未涉及T细胞介导的排斥反应 | 探索单细胞RNA测序技术在人肾移植活检中的应用，以揭示细胞类型和状态，并为移植受者的个性化护理提供新机制见解 | 来自三个个体的肾皮质活检样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 7217个高质量的单细胞转录组 |
| 79 | 2024-08-30 |
Glycan Profiling by Sequencing to Uncover Multicellular Communication: Launching Glycobiology in Single Cells and Microbiomes
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.919168
PMID:35712658
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGR-seq的新技术，用于在单细胞水平上同时分析糖类和RNA，并将其应用于异质细胞群和微生物群的表面糖类分析 | 首次开发了一种能够在单细胞水平上分析糖组的技术，通过使用DNA条形码凝集素将糖信息转化为基因信息，从而实现糖类和RNA的同时分析 | NA | 探索糖类在细胞间和细胞与微生物间通信中的功能，扩展糖生物学到单细胞和微生物群水平 | 单细胞和微生物群中的糖类 | 生物技术 | NA | scGR-seq | NA | 糖类和RNA | 异质细胞群和微生物群中的单个细胞 |
| 80 | 2024-08-30 |
Myocardial-Treg Crosstalk: How to Tame a Wolf
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.914033
PMID:35693830
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综述 | 本文综述了心肌梗死（MI）后心肌调节T细胞（Tregs）在组织修复和局部炎症控制中的核心作用 | 讨论了心肌微环境如何通过塑造肌球蛋白特异性T细胞向调节表型发展，从而控制潜在的自体攻击性局部免疫反应 | NA | 探讨心肌梗死后免疫系统如何通过Tregs协调组织修复和控制炎症反应 | 心肌调节T细胞（Tregs）及其在心肌梗死修复中的作用 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学和T细胞受体分析 | NA | 图像 | 使用转基因小鼠模型进行研究 |