单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-09-08	Increased stromal PFKFB3-mediated glycolysis in inflammatory bowel disease contributes to intestinal inflammation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.966067 PMID:36405760	研究论文	研究探讨了PFKFB3在炎症性肠病（IBD）中的作用及其对肠道炎症的影响	首次揭示了PFKFB3在IBD患者中的表达增加，并探讨了其在肠道炎症中的作用	NA	研究PFKFB3在IBD中的作用及其对肠道炎症的影响	炎症性肠病患者的肠道样本和纤维母细胞	NA	炎症性肠病	单细胞测序、ssGSEA、海马实时细胞代谢分析	NA	基因表达数据	IBD患者和健康对照者的肠道样本
62	2024-09-08	Single-cell and single-nuclei RNA sequencing as powerful tools to decipher cellular heterogeneity and dysregulation in neurodegenerative diseases 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.884748 PMID:36353512	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的细胞异质性和失调方面的最新进展	介绍了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的应用，提供了新的细胞类型和状态的识别方法	讨论了在研究阿尔茨海默病和帕金森病中应用这些技术的挑战和局限性	探讨单细胞和单核RNA测序技术在理解神经退行性疾病中的应用	阿尔茨海默病和帕金森病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
63	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis and cell-cluster deconvolution of the human preovulatory follicular fluid cells provide insights into the pathophysiology of ovarian hyporesponse 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.945347 PMID:36339426	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和细胞簇反卷积，探讨了人类排卵前卵泡液细胞在卵巢低反应性中的病理生理机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢低反应患者与正常反应患者在卵泡液细胞类型和基因表达上的差异，并发现了与卵巢反应性相关的关键细胞簇	研究样本量较小，仅包括18名IVF患者，可能影响结果的普适性	探讨卵巢低反应性的病理生理机制，并评估其在IVF临床结果预测中的作用	人类排卵前卵泡液中的体细胞	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18名接受IVF治疗的患者
64	2024-09-07	Establishment of inclusive single-cell transcriptome atlases from mouse and human tooth as powerful resource for dental research 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1021459 PMID:36299483	研究论文	本文通过整合人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，为牙科研究提供了强大的资源	本文首次整合了人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，并发现了小鼠牙釉质细胞谱系的新候选转录调控因子以及人类牙齿特定上皮区室之间的发育联系	NA	建立全面的单细胞转录组图谱，以促进对牙齿生物学、发育和疾病的创新研究	人和小鼠的牙齿组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同类型的牙齿组织（健康和疾病）的人和小鼠样本
65	2024-09-07	Analysis on heterogeneity of hepatocellular carcinoma immune cells and a molecular risk model by integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1012303 PMID:36311759	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性，并构建了一个分子风险模型	本研究首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了HCC免疫细胞的异质性，并构建了一个基于异质性的八基因预后分层签名	本研究仅使用了Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据，可能存在数据来源的局限性	研究HCC免疫细胞的异质性，并构建一个分子风险模型以精确评估预后风险	肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性及分子风险模型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	使用了GSE149614、HCCDB18、GSA14520和GSE76427数据集中的样本
66	2024-09-07	Recent advances in deciphering oligodendrocyte heterogeneity with single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.1025012 PMID:36313617	综述	本文综述了单细胞转录组学在解析少突胶质细胞异质性方面的最新进展	引入单细胞和单核RNA测序技术揭示了健康中枢神经系统和多种疾病中少突胶质细胞的广泛异质性	NA	总结当前对哺乳动物中枢神经系统中少突胶质细胞异质性的理解	少突胶质细胞的异质性及其在健康和疾病中的功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	NA
67	2024-09-07	Spatial transcriptomics technology in cancer research 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1019111 PMID:36313703	综述	本文综述了空间转录组学技术在癌症研究中的最新进展和应用前景，并探讨了其面临的挑战	空间转录组学技术能够构建空间组织图谱，并表征癌症的时空异质性，有助于识别和理解肿瘤界面和三级淋巴结构等特殊空间区域	本文未具体提及空间转录组学技术的局限性	探讨空间转录组学技术在癌症研究中的应用及其前景	空间转录组学技术在多种癌症类型中的空间异质性分析	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
68	2024-09-07	From multitude to singularity: An up-to-date overview of scRNA-seq data generation and analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.994069 PMID:36263428	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成和分析的最新进展	介绍了从批量RNA测序到当前能够生成数十万细胞的单细胞技术的演变，以及计算工作流程的改进	未提及具体的技术或计算方法的局限性	探讨scRNA-seq技术在生物医学研究中的应用及其发展	单细胞RNA测序技术及其数据分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	数十万细胞
69	2024-09-06	Characterization of cancer-related fibroblasts (CAF) in hepatocellular carcinoma and construction of CAF-based risk signature based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1009789 PMID:36211448	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建了CAF相关的风险特征	首次基于单细胞RNA测序数据识别出肝细胞癌中的四个CAF簇，并构建了包含六个基因的CAF相关风险特征，用于预测肝细胞癌的预后	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探索肝细胞癌中CAF的特征，并建立基于CAF的风险特征以预测肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）及其相关的风险特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	Lasso回归	RNA测序数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据
70	2024-09-06	Prognostic characteristics of immune subtypes associated with acute myeloid leukemia and their identification in cell subsets based on single-cell sequencing analysis 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.990034 PMID:36211454	研究论文	研究分析了急性髓系白血病（AML）患者的免疫亚型特征及其在细胞亚群中的识别	通过单细胞测序分析，识别了与AML预后相关的九个关键免疫基因，并构建了预测模型	研究结果需要在更大样本量的研究中进一步验证	探讨AML患者的免疫微环境特征及其在细胞亚群中的表达，并构建预后评估模型	急性髓系白血病（AML）患者的免疫亚型和细胞亚群	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	151名AML患者
71	2024-09-05	Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.935749 PMID:36186467	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别与鼻咽癌（NPC）相关的潜在分子标志物PKP1和肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs），并探讨其在NPC治疗中的潜在价值	首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了PKP1与肿瘤浸润B细胞在鼻咽癌发展中的相互作用及其治疗潜力	NA	旨在通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别鼻咽癌中的新型生物标志物	鼻咽癌（NPC）中的分子标志物和免疫细胞	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
72	2024-09-05	Tumor vessel co-option: The past & the future 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.965277 PMID:36119528	综述	本文综述了肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用，并探讨了利用新一代技术如单细胞RNA测序来研究VCO的可能性	提出利用单细胞RNA测序等新技术来深入研究VCO过程中肿瘤内皮细胞（ECs）和其他细胞类型的生物学特性	目前对VCO的分子机制和共选血管细胞类型的特征了解不足，缺乏抑制VCO的治疗策略	探讨VCO的分子机制，并利用新技术研究VCO过程中的细胞类型，以开发新的治疗策略	肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
73	2024-09-05	TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0272302 PMID:36084081	research paper	本文介绍了TMExplorer，一个用于肿瘤微环境单细胞RNA测序数据的数据库和搜索工具	TMExplorer提供了一个易于访问的界面，用于收集和展示多种癌症类型的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据	NA	构建一个全面的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据库，并创建相应的R包TMExplorer以促进对肿瘤微环境的研究	肿瘤微环境中的各种细胞类型，包括间质成纤维细胞、免疫细胞和恶性细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涉及多种癌症类型的数据集
74	2024-09-04	Define and visualize pathological architectures of human tissues from spatially resolved transcriptomics using deep learning 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.029 PMID:36090815	研究论文	本文介绍了一种名为RESEPT的深度学习框架，用于从空间转录组学数据中表征和可视化组织结构	RESEPT能够通过空间保留的图神经网络学习三维嵌入，并将嵌入映射到RGB图像中进行可视化，从而准确地推断和可视化组织结构	NA	开发一种新的计算框架，以从空间转录组学数据中揭示复杂人类疾病的病理结构和功能分区	人类和鼠类皮质组织的空间转录组学数据	机器学习	NA	空间转录组学	图神经网络，卷积神经网络	基因表达数据	基于10x Genomics Visium空间转录组学数据集的多个样本，包括人类和鼠类皮质组织以及自家的阿尔茨海默病样本和胶质母细胞瘤样本
75	2024-09-04	Bioinformatics analysis identified apolipoprotein E as a hub gene regulating neuroinflammation in macrophages and microglia following spinal cord injury 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.964138 PMID:36091018	研究论文	本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据集GSE159638，鉴定了载脂蛋白E（APOE）作为调节脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的关键基因	首次通过单细胞分析揭示了APOE在脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中的中心作用，并验证了其在小鼠模型中的转录变化	研究主要基于小鼠模型，未来需在更多种类的模型中验证APOE的作用	探讨脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的调节机制	巨噬细胞和微胶质细胞在脊髓损伤后的神经炎症反应	生物信息学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	数据集GSE159638中的单细胞RNA测序数据
76	2024-09-04	Deciphering colorectal cancer immune microenvironment transcriptional landscape on single cell resolution - A role for immunotherapy 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.959705 PMID:36032085	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结直肠癌（CRC）免疫微环境研究中的应用，探讨其在精准免疫治疗发展中的潜力	介绍了scRNA-seq技术在揭示复杂生物系统如癌症和免疫系统中细胞异质性的重要性，以及其在个性化药物开发中的应用	NA	探讨scRNA-seq在结直肠癌精准免疫治疗中的应用潜力	结直肠癌的免疫微环境和治疗抵抗机制	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
77	2024-09-04	Sampling and ranking spatial transcriptomics data embeddings to identify tissue architecture 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.912813 PMID:36035139	研究论文	本文开发了一种名为MP-MIM的嵌入评估方法，结合基于消息传递的嵌入转换和空间自相关分析，用于选择有效的嵌入以推断组织架构	提出了一种新的嵌入评估方法MP-MIM，该方法结合了消息传递和空间自相关分析，以提高空间转录组数据分析的准确性	NA	开发一种新的方法来选择新的测试数据的有效嵌入，并提高深度学习工具在空间转录组分析中的可用性	空间转录组数据嵌入的选择和排名	生物信息学	NA	空间转录组学	图卷积网络	基因表达数据	16个来自人类大脑的空间转录组样本
78	2024-09-04	SETD2 regulates gene transcription patterns and is associated with radiosensitivity in lung adenocarcinoma 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.935601 PMID:36035179	研究论文	研究探讨了SETD2在肺腺癌中的作用及其与放射敏感性的关联	首次揭示SETD2作为放射敏感性标志物，并通过多组学分析展示了SETD2增强染色质可及性和基因转录的模式	研究主要集中在细胞和分子层面，临床验证和实际应用效果需进一步研究	识别与肺腺癌放射敏感性相关的表观遗传生物标志物，以促进精准医学	肺腺癌及其放射敏感性	数字病理学	肺腺癌	RNA测序	NA	RNA	涉及肺腺癌的批量RNA测序和单细胞RNA测序
79	2024-09-04	Single-cell immunology of SARS-CoV-2 infection 2022-01, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01131-y PMID:34931002	研究论文	本文利用单细胞技术研究SARS-CoV-2感染的免疫学机制，并提供标准化数据集和可视化工具	采用单细胞技术深入分析个体细胞间的免疫反应异质性，揭示COVID-19发病机制的分子机制	NA	深入理解与SARS-CoV-2保护性或病理性免疫相关的免疫细胞亚群和分子因子，促进COVID-19疫苗和治疗药物的开发	SARS-CoV-2感染的免疫细胞亚群和分子因子	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学、单细胞多组学分析	NA	单细胞数据	超过320万个细胞
80	2024-09-02	Spatially Resolved Transcriptomes of Mammalian Kidneys Illustrate the Molecular Complexity and Interactions of Functional Nephron Segments 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.873923 PMID:35872784	研究论文	本研究使用空间转录组测序（ST-seq）技术，对正常小鼠和人类肾脏进行分析，揭示了功能性肾单位结构在分子层面的复杂性和相互作用	首次应用ST-seq技术于正常哺乳动物肾脏，提供了跨物种的生理学和细胞间通信的转录组学见解	研究仅限于正常肾脏，未涉及病理状态下的肾脏	深入理解哺乳动物肾脏功能性肾单位结构的复杂性	小鼠和人类的正常肾脏	数字病理学	NA	空间转录组测序（ST-seq）	NA	转录组数据	6只小鼠和4个人类肾脏