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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 681 | 2024-08-08 |
The Cellular and Molecular Landscape of Synchronous Pediatric Sialoblastoma and Hepatoblastoma
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.893206
PMID:35860547
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研究论文 | 本文报道了一例6个月大婴儿同时患有腮腺胚细胞瘤(SBL)和肝母细胞瘤(HB)的病例,并通过全外显子测序(WES)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了肿瘤的细胞和分子特征。 | 首次详细描述了同时发生的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤的细胞和分子特征,并揭示了化疗后肿瘤细胞的成熟变化。 | 病例数量有限,研究结果可能不适用于所有同时发生的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤病例。 | 揭示同时发生的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤的细胞异质性和化疗后的适应性变化。 | 腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤的细胞和分子特征。 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 全外显子测序(WES),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据,转录组数据 | 一例6个月大婴儿的腮腺胚细胞瘤和肝母细胞瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 682 | 2024-08-08 |
Identification and Validation of Immune-Related Long Non-Coding RNA Signature for Predicting Immunotherapeutic Response and Prognosis in NSCLC Patients Treated With Immunotherapy
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.899925
PMID:35860577
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研究论文 | 本研究通过转录组数据识别并验证了与免疫治疗反应和非小细胞肺癌(NSCLC)患者预后相关的免疫相关长非编码RNA(lncRNA)特征。 | 首次识别并验证了39个与免疫治疗反应相关的lncRNA,其中38个被功能注释,并构建了一个新的四lncRNA特征来预测免疫治疗反应和预后。 | NA | 识别并验证与免疫治疗反应和NSCLC患者预后相关的免疫相关lncRNA特征。 | 非小细胞肺癌(NSCLC)患者的免疫治疗反应和预后。 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析 | LASSO和多元Cox分析 | 转录组数据 | 7,693个新的lncRNA被识别,涉及NSCLC和黑色素瘤患者的四个独立数据集。 | NA | NA | NA | NA |
| 683 | 2024-08-08 |
Patient Derived Organoids Confirm That PI3K/AKT Signalling Is an Escape Pathway for Radioresistance and a Target for Therapy in Rectal Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.920444
PMID:35860583
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研究论文 | 本研究使用患者来源的类器官模型,探讨了直肠癌对化学放疗抵抗的机制,并验证了PI3K/AKT信号通路作为治疗靶点的有效性 | 首次通过患者来源的类器官模型和单细胞测序技术,证实了PI3K/AKT/mTOR通路在直肠癌放疗抵抗中的作用,并测试了双PI3K/mTOR抑制剂在提高癌细胞对放疗敏感性方面的效果 | 研究主要集中在实验室模型上,需要进一步的临床试验来验证这些发现 | 理解直肠癌对化学放疗抵抗的机制,并探索新的治疗策略 | 直肠癌患者来源的类器官模型 | 数字病理学 | 直肠癌 | 单细胞测序,CRISPR-Cas9 | NA | 转录组数据 | 涉及多个患者来源的类器官模型和结直肠癌细胞系HCT116 | NA | NA | NA | NA |
| 684 | 2024-08-08 |
Tracing the cell-type-specific modules of immune responses during COVID-19 progression using scDisProcema
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.066
PMID:35811838
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研究论文 | 本研究提出了一种名为scDisProcema的基因共表达网络构建流程,用于追踪COVID-19进展过程中免疫系统响应的动态变化 | scDisProcema能够更方便地利用scRNA-seq数据提供的异质性信息,并有助于探索疾病进展和器官发育过程中的分子变化 | NA | 深入研究COVID-19免疫响应的分子机制 | COVID-19进展过程中细胞类型特异性分子网络的动态变化 | 数字病理学 | COVID-19 | scRNA-seq | 基因共表达网络 | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 685 | 2024-08-08 |
A Novel Prognostic Signature Revealed the Interaction of Immune Cells in Tumor Microenvironment Based on Single-Cell RNA Sequencing for Lung Adenocarcinoma
2022, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2022/6555810
PMID:35812244
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用,并构建了一个新的预后标志物。 | 本文创新性地利用单细胞RNA测序数据,结合WGCNA和LASSO分析,构建了一个包含5个基因的风险模型,用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应。 | NA | 研究肺腺癌中浸润性免疫细胞的作用,并寻找潜在的治疗靶点。 | 肺腺癌患者的肿瘤微环境中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | WGCNA, LASSO | 基因表达数据 | 使用了来自FDZSH和两个公共数据集的单细胞RNA测序数据,以及来自TCGA的肺腺癌患者生物信息学数据。 | NA | NA | NA | NA |
| 686 | 2024-08-08 |
DDOST Correlated with Malignancies and Immune Microenvironment in Gliomas
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.917014
PMID:35812432
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研究论文 | 本文研究了DDOST在胶质瘤中的表达及其与恶性程度和免疫微环境的关系 | 首次探讨了DDOST在胶质瘤中的作用及其对患者预后的影响 | NA | 探究DDOST在胶质瘤中的作用及其对患者预后的影响 | DDOST在胶质瘤中的表达及其与恶性程度和免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序分析, GSEA, 免疫浸润分析, 突变分析 | NA | 组织微阵列 | 使用了CGGA 325和CGGA 693数据集进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 687 | 2024-08-08 |
Tumor-Infiltrated CD8+ T Cell 10-Gene Signature Related to Clear Cell Renal Cell Carcinoma Prognosis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.930921
PMID:35812454
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研究论文 | 本研究探讨了浸润性CD8+ T细胞表达的十个基因与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后的关系 | 首次提出浸润性CD8+ T细胞的十个基因作为潜在的ccRCC预后生物标志物 | NA | 阐明浸润性CD8+ T细胞在ccRCC中的保护作用并识别与预后改善相关的候选基因 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC) | 数字病理学 | 肾癌 | 下一代测序(bulk sequencing和single-cell sequencing) | NA | 基因表达数据 | ccRCC、papillary renal cell carcinoma(papRCC)及对照肾脏活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 688 | 2024-08-08 |
Dissecting Immunosuppressive Cell Communication Patterns Reveals JunB Proto-Oncogene (JUNB) Shaping a Non-Inflamed Tumor Microenvironment
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.883583
PMID:35812726
|
研究论文 | 本文通过整合两个单细胞RNA测序数据集,分析免疫抑制细胞在肿瘤微环境中的通信模式,并识别出关键基因JUNB。 | 首次构建了免疫抑制细胞与肿瘤细胞间的细胞间通信特征,揭示了JUNB在非炎症性肿瘤微环境中的作用。 | NA | 探究免疫抑制细胞在肿瘤微环境中的通信模式及其对肿瘤发展的影响。 | 免疫抑制细胞、肿瘤细胞及其相互作用。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及两个不同肿瘤类型的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 689 | 2024-08-08 |
Arginine Regulates Zygotic Genome Activation in Porcine Embryos Under Nutrition Restriction
2022, Frontiers in veterinary science
IF:2.6Q1
DOI:10.3389/fvets.2022.921406
PMID:35812864
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研究论文 | 本研究探讨了精氨酸在营养限制条件下对猪胚胎合子基因组激活(ZGA)的调控作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了精氨酸代谢相关基因与ZGA关键基因的显著相关性,并证实了精氨酸通过促进多胺合成调控ZGA的作用 | 研究仅限于体外培养的猪胚胎,未涉及体内环境的影响 | 探究精氨酸在营养限制条件下对猪胚胎发育的影响及其分子机制 | 猪胚胎从合子到桑葚胚阶段的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个猪胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
| 690 | 2024-08-08 |
Significance of Liver Zonation in Hepatocellular Carcinoma
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.806408
PMID:35813194
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光染色技术,探讨了肝分区在肝细胞癌中的重要性 | 首次通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光染色技术,揭示了肝分区相关基因在肝细胞癌中的作用 | 仅限于对肝细胞癌的研究,未涉及其他类型的肝癌 | 探讨肝分区在肝细胞癌中的重要性及其对预后的影响 | 肝细胞癌中的肝分区特征 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 三基因模型 | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 691 | 2024-08-08 |
Identification of Up-Regulated ANXA3 Resulting in Fracture Non-Union in Patients With T2DM
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.890941
PMID:35813617
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研究论文 | 本研究使用加权共表达网络分析(WGCNA)方法,识别与T2DM和骨折愈合相关的易感模块和枢纽基因,并通过单细胞RNA测序和qRT-PCR验证其在临床样本中的表达。 | 本研究首次进行了关于T2DM对骨折愈合影响的基因组学研究,并识别了一些特征模块和枢纽基因,这些发现有助于进一步探究分子机制。 | NA | 探究T2DM与骨折不愈合之间的分子机制,并寻找潜在的生物标志物和治疗靶点。 | T2DM患者的骨折愈合过程及相关的枢纽基因。 | NA | 糖尿病 | 加权共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 涉及多个GEO数据库的数据集,具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 692 | 2024-08-08 |
Mass Cytometry and Single-Cell Transcriptome Analyses Reveal the Immune Cell Characteristics of Ulcerative Colitis
2022, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2022.859645
PMID:35813827
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研究论文 | 本文通过质谱流式细胞术和单细胞转录组测序分析了活动性溃疡性结肠炎(UCa)、非活动性溃疡性结肠炎(UCin)和健康对照(HC)的免疫细胞特征 | 发现了新的免疫细胞亚群,这些亚群可以区分UCa、UCin和HC,有助于区分UCa和UCin患者 | NA | 研究活动性和非活动性溃疡性结肠炎的免疫细胞特征差异 | 活动性溃疡性结肠炎(UCa)、非活动性溃疡性结肠炎(UCin)和健康对照(HC)的免疫细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 质谱流式细胞术(CyTOF)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞 | UCa、UCin和HC的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 693 | 2024-08-08 |
WormBase single-cell tools
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac018
PMID:35814290
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研究论文 | 本文介绍了两个用于单细胞RNA测序数据交互式处理的网络应用:scdefg用于差异表达分析,wormcells-viz用于基因表达可视化 | 开发了两个新的网络应用工具,专门用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析和基因表达可视化 | NA | 提供工具以促进单细胞RNA测序数据在Caenorhabditis elegans研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用WormBase策划的公共Caenorhabditis elegans数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 694 | 2024-08-08 |
Plac1 Remodels the Tumor Immune Evasion Microenvironment and Predicts Therapeutic Response in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.919436
PMID:35814442
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研究论文 | 本文研究了Plac1在头颈鳞状细胞癌中的生物学功能和预后价值 | 发现Plac1在肿瘤微环境中具有双重免疫抑制功能,并构建了一个15基因的预后标志物 | NA | 探讨Plac1在头颈鳞状细胞癌中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力 | Plac1在头颈鳞状细胞癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了TCGA和GEO数据库的大量RNA测序数据以及单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 695 | 2024-08-08 |
ASCL2 Affects the Efficacy of Immunotherapy in Colon Adenocarcinoma Based on Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.829640
PMID:35774798
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,探讨了ASCL2在结肠腺癌中对免疫治疗效果的影响及其潜在机制 | 首次揭示了ASCL2与癌症干细胞的正相关性,并通过负调控DUSP4间接影响肿瘤免疫细胞浸润,进而影响免疫治疗效果 | 研究主要集中在ASCL2与DUSP4的关系及其对免疫治疗的影响,未涉及其他可能的调控机制 | 探讨ASCL2在结肠腺癌中的生物学功能及其对免疫治疗效果的影响 | 结肠腺癌中的ASCL2表达及其与癌症干细胞和肿瘤免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 结肠腺癌 | 单细胞RNA测序 | WGCNA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 696 | 2024-08-08 |
Direct FACS Isolation of Neural Stem/Progenitor Lineages from the Adult Brain
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2409-8_8
PMID:35776349
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研究论文 | 本文提供了一种简化的协议,用于直接从鼠脑中收获和分离神经干细胞谱系,以便为单细胞RNA测序提供输入材料 | 该方法能够在神经干细胞谱系的 niche 环境中阐明真实的转录特征和激活的通路 | 主要挑战是成年神经干细胞数量有限,以及体外培养和扩增对其特性的显著改变 | 理解调节神经干细胞/祖细胞在脑内功能的机制,为维持或增强神经功能的发展再生策略提供关键步骤 | 成年脑中的神经干细胞和祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 697 | 2024-08-08 |
Hydrogels for Single-Cell Microgel Production: Recent Advances and Applications
2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2022.891461
PMID:35782502
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综述 | 本文综述了水凝胶在单细胞微凝胶生产中的最新进展和应用 | 介绍了水凝胶在微流控液滴生产中的应用,提供了新颖且更稳健的分析和筛选应用 | NA | 探讨水凝胶在单细胞微凝胶生产中的应用及其在细胞生物学研究中的潜力 | 单细胞技术及其在细胞生物学研究中的应用 | 生物技术 | NA | 微流控技术 | NA | 液滴 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 698 | 2024-08-08 |
MarkerCount: A stable, count-based cell type identifier for single-cell RNA-seq experiments
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.06.010
PMID:35782735
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MarkerCount的细胞类型识别工具,该工具基于单细胞RNA测序实验中表达标记的数量进行细胞类型识别 | MarkerCount不仅能够识别已知细胞群体,还能识别可能代表已知细胞类型未知亚群或未知表型肿瘤细胞的未知集群 | NA | 开发一种稳定的细胞类型识别工具,用于单细胞RNA测序实验的下游分析 | 单细胞RNA测序实验中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用公开可用的数据集和标记数据库进行评估 | NA | NA | NA | NA |
| 699 | 2024-08-08 |
Bridging Glycomics and Genomics: New Uses of Functional Genetics in the Study of Cellular Glycosylation
2022, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2022.934584
PMID:35782863
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综述 | 本文综述了功能基因组学技术在细胞糖基化研究中的应用 | 介绍了ChIP-seq、RNA-seq、CRISPR基因组筛选和scRNA-seq等新技术在糖基化状态基因组基础研究中的应用 | NA | 深入理解糖基化调控机制及其在疾病中的变化 | 细胞表面的糖蛋白和糖脂抗原 | 基因组学 | NA | ChIP-seq, RNA-seq, CRISPR, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 700 | 2024-08-08 |
Holliday Cross-Recognition Protein HJURP: Association With the Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma and With Patient Prognosis
2022, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2022.1610506
PMID:35783358
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研究论文 | 本文探讨了Holliday交叉识别蛋白HJURP与肝细胞癌肿瘤微环境及患者预后的关系 | 使用单细胞RNA测序和IOBR软件包分析HJURP在肿瘤微环境中的潜在作用,并建立了基于HJURP表达的预后预测模型 | NA | 研究HJURP与肝细胞癌肿瘤微环境的关系及对患者预后的影响 | HJURP蛋白及其在肝细胞癌中的表达与作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及正常肝脏组织和肝细胞癌组织的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |